1843年、ドイツ東部のヴィスマールにルーツを持つソルブ系ドイツ人(当時はスウェーデン領だったため出生時の国籍はスウェーデン)の父デーヴィッド、イギリス人の母マーガレット(旧姓、メイソン)の三男としてロンドン北部クラプトン(en, 旧ミドルセックス州 現在のハックニー区)で生まれた。サトウ家は非国教徒でルーテル派の宗教心篤い家柄であった。父親は兄弟で一番優秀だったアーネストをケンブリッジ大学に進学させたかったが、階級差別の激しい当時、中産階級出身の非国教徒が学位を取れる保証がなかったため[3]、プロテスタント系のミル・ヒル・スクールに入学、1859年首席で卒業、宗教を問わないユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドンに進学、ローレンス・オリファント卿著・『エルギン卿遣日使節録』[4] を読んで日本に憧れ、1861年にイギリス外務省(領事部門)へ通訳生(首席合格、年俸 200ポンド)として入省、駐