SCAPER

SCAPER
Identifikatori
Aliasi	SCAPER
Vanjski ID-jevi	OMIM: 611611 MGI: 1925976 HomoloGene: 32488 GeneCards: SCAPER
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 15 (čovjek)
Kraj	76,905,444 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 9 (miš)
Kraj	55,845,403 bp
Ortolozi
	49855
	244891
	ENSG00000140386
	244891
	Q9BY12
	n/a
NM_001145923; NM_020843; NM_001353009; NM_001353010; NM_001353011;
	NM_001353012
	NM_001081341; NM_175536; NM_001357652; NM_001357653
NP_001139395; NP_065894; NP_001339938; NP_001339939; NP_001339940;
	NP_001339941
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

SCAPER (engleski: S-phase CyclinA Associated Protein residing in the Endoplasmic Reticulum) je ljudski gen da dugom (q) kraku hromosoma 15 , skvenca 15q24.3. Prvi put identificiran je 2007.^[5]

Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (2000) mapirali su gen KIAA1454, kasnije nazvan SCAPER, na hromosomu 15. Scott (2007) je gen SCAPER preciznije locirao na na hromosom , sekvenca 15q24, na osnovu poravnanja SCAPER sekvence (GenBank AF242528) sa genomskom sekvencom.^[6]^[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.400 aminokiselina, a molekulska težina 158.287 Da.^[8].

10	20	30	40	50
MMASFQRSNS	HDKVRRIVAE	EGRTARNLIA	WSVPLESKDD	DGKPKCQTGG
KSKRTIQGTH	KTTKQSTAVD	CKITSSTTGD	KHFDKSPTKT	RHPRKIDLRA
RYWAFLFDNL	RRAVDEIYVT	CESDQSVVEC	KEVLMMLDNY	VRDFKALIDW
IQLQEKLEKT	DAQSRPTSLA	WEVKKMSPGR	HVIPSPSTDR	INVTSNARRS
LNFGGSTGTV	PAPRLAPTGV	SWADKVKAHH	TGSTASSEIT	PAQSCPPMTV
QKASRKNERK	DAEGWETVQR	GRPIRSRSTA	VMPKVSLATE	ATRSKDDSDK
ENVCLLPDES	IQKGQFVGDG	TSNTIESHPK	DSLHSCDHPL	AEKTQFTVST
LDDVKNSGSI	RDNYVRTSEI	SAVHIDTECV	SVMLQAGTPP	LQVNEEKFPA
EKARIENEMD	PSDISNSMAE	VLAKKEELAD	RLEKANEEAI	ASAIAEEEQL
TREIEAEENN	DINIETDNDS	DFSASMGSGS	VSFCGMSMDW	NDVLADYEAR
ESWRQNTSWG	DIVEEEPARP	PGHGIHMHEK	LSSPSRKRTI	AESKKKHEEK
QMKAQQLREK	LREEKTLKLQ	KLLEREKDVR	KWKEELLDQR	RRMMEEKLLH
AEFKREVQLQ	AIVKKAQEEE	AKVNEIAFIN	TLEAQNKRHD	VLSKLKEYEQ
RLNELQEERQ	RRQEEKQARD	EAVQERKRAL	EAERQARVEE	LLMKRKEQEA
RIEQQRQEKE	KAREDAARER	ARDREERLAA	LTAAQQEAME	ELQKKIQLKH
DESIRRHMEQ	IEQRKEKAAE	LSSGRHANTD	YAPKLTPYER	KKQCSLCNVL
ISSEVYLFSH	VKGRKHQQAV	RENTSIQGRE	LSDEEVEHLS	LKKYIIDIVV
ESTAPAEALK	DGEERQKNKK	KAKKIKARMN	FRAKEYESLM	ETKNSGSDSP
YKAKLQRLAK	DLLKQVQVQD	SGSWANNKVS	ALDRTLGEIT	RILEKENVAD
QIAFQAAGGL	TALEHILQAV	VPATNVNTVL	RIPPKSLCNA	INVYNLTCNN
CSENCSDVLF	SNKITFLMDL	LIHQLTVYVP	DENNTILGRN	TNKQVFEGLT
TGLLKVSAVV	LGCLIANRPD	GNCQPATPKI	PTQEMKNKPS	QGDPFNNRVQ
DLISYVVNMG	LIDKLCACFL	SVQGPVDENP	KMAIFLQHAA	GLLHAMCTLC
FAVTGRSYSI	FDNNRQDPTG	LTAALQATDL	AGVLHMLYCV	LFHGTILDPS
TASPKENYTQ	NTIQVAIQSL	RFFNSFAALH	LPAFQSIVGA	EGLSLAFRHM
ASSLLGHCSQ	VSCESLLHEV	IVCVGYFTVN	HPDNQVIVQS	GRHPTVLQKL
CQLPFQYFSD	PRLIKVLFPS	LIAACYNNHQ	NKIILEQEMS	CVLLATFIQD
LAQTPGQAEN	QPYQPKGKCL	GSQDYLELAN	RFPQQAWEEA	RQFFLKKEKK

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Gen

Ovaj gen nalazi se na Crick-lancu i ima 30 egzona.

Protein

Gen kodira protein od 1399 aminokiselina s predviđenom molekusskom težinom od 158 kilosdaltona. Ima motiv cinkova prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, signal ER za pronalaženje na C-kraju, četiri domene sa upredenom zavojnicom, šest potencijalnih RXL motiva i šest konsenzusnih Cdk fosforilacijskih mjesta.

Biohemija

Kodirani protein nalazi se u jedru i endoplazmatskom retikulumu. Nalazi se u svim testiranim tkivima. Čini se da ima ulogu u ćelijskom ciklusu.

Kloniranje i ekspresija

Da bi bolje razumjeli ulogu ciklina A (123835) i njegovih kompleksa sa CDK2 u prijelazu iz S u G2 / M fazu ćelijskog ciklusa, Tsang et al. (2007) biohemijski su prečistili interakcijski protein ciklina A, koji su nazvali SCAPER (fazni protein povezan sa ciklinom A u endoplazmatskom retikulumu). Izvedeni protein od 1,399 aminokiselina (158 kD) nije pokazao značajnu sličnost s poznatim ljudskim proteinima, ali je imao navodni motiv cinkovog prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, ER signal za pronalaženje na C-kraju, četiri domena sa upredenom zavojnicom , šest potencijalnih RXL motiva koji bi mogli dati vezu za cikline i šest konsenzusnih Cdk mjesta fosforilacije. Tsang et al. (2007) pokazali su da je SCAPER perinuklearni protein koji se nalazi u jezsru, ali pretežno u ER. Northern blot analizom otkrivena je sveprisutna ekspresija SCAPER-a u svim testiranim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u sjemenicima. SCAPER antitijelo pokazalo je da je prisutno u svim testiranim ćelijskim linijama.

RT-PCR analizom na panelu ljudskih tkiva, Tatour et al. (2017) primijetili su da je SCAPER izoforma 1 posvuda eksprimirana u svim ispitivanim tkivima, uključujući mrežnjaču i fetus i mozak odraslih, dok je izoforma 2 pokazala restriktivniji obrazac, s ekspresijom u mrežnjači, ali ne i u mozgu. Analiza privremene ekspresije RT-PCR ukupne RNK iz mišjeg oka i mozga u različitim razvojnim vremenskim tačkama (embrionski dan 14, postnatalni dan 0 i odrasla osoba) pokazala je da je Scaper u svim testiranim vremenskim tačkama bio visoko i podjednako izražen u oba tkiva. Imunobojenje mrežnjače odraslog miša pokazalo je da se Scaper nalazi u više slojeva mrežnjače, sa pretežnom lokalizacijom u citoplazmi. Najviši nivo ekspresije zabilježen je u pigmentnom epitelu mrežnice te u vanjskom i unutrašnjem segmentu fotoreceptora, s nižom ekspresijom u unutrašnjem sloju pleksiforme i sloju ganglijskih ćelija. Nije primijećena ekspresija u unutrašnjem jedarnom sloju.^[9]

Funkcija gena

Tsang et al. (2007) otkrili su da su razine SCAPER proteina i RNK bile relativno konstantne tokom čelijskog ciklusa i blago povišene u ranoj S-fazi. Tokom ćelijskog ciklusa, SCAPER je povezan sa kompleksima ciklina A/Cdk2. Motiv vezanja ciklina identificiran je u blizini N-kraja. RNKi-posredovano iscrpljivanje SCAPER-a smanjilo je citoplazmatski ciklin A i odgodilo fazni prijelaz G1 / S, dok je prekomjerna ekspresija SCAPER-a uzrokovala prelazak ciklina A iz jedra u citoplazmu, a rezultirala je i akumulacijom ćelija u M-fazi. Zaključili su da SCAPER predstavlja novi regulatorni protein ciklina A/Cdk2, koji privremeno održava ciklin A u citoplazmi.

Molekulska genetika

Kod četiri pacijenta iz tri nepovezane porodice s poremećajem intelektualnog invaliditeta i pigmentoznim retinitisomom (IDDRP), Tatour et. (2017) identificirali su homozigotnost ili spojenu heterozigotnost za mutacije u genu SCAPER (611611.0001-611611.0004). Primjećujući da fenotip mrežnjače povezan s nultiM SCAPER mutacijama nije urođen, već je prisutan u drugoj deceniji života, autori su sugerirali da u mrežnJAČI SCAPER nema razvojnu ulogu, već je važan za funkciju i/ili održavanje fotoreceptora.^[10]

Klinički značaj

Mutacije u ovom genu povezane su s intelektualnom invalidnošću i retinitis pigmentosa.^[11]^[12]^[13]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140386 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: 244891 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Tsang WY, Wang L, Chen Z, Sánchez I, Dynlacht BD (2007) SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J Cell Biol 178(4):621-633
^ Nagase, T., Kikuno, R., Ishikawa, K., Hirosawa, M., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143-150, 2000. PubMed: 10819331
^ Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 11/21/2007.
^ "UniProt, Q9BY12". Pristupljeno 18. 7. 2021.
^ Tsang, W. Y., Wang, L., Chen, Z., Sanchez, I., Dynlacht, B. D. SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J. Cell Biol. 178: 621-633, 2007. PubMed: 17698606
^ Tatour, Y., Sanchez-Navarro, I., Chervinsky, E., Hakonarson, H., Gawi, H., Tahsin-Swafiri, S., Leibu, R., Lopez-Molina, M. I., Fernandez-Sanz, G., Ayuso, C., Ben-Yosef, T. Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J. Med. Genet. 54: 698-704, 2017. PubMed: 28794130
^ Tatour Y, Sanchez-Navarro I, Chervinsky E, Hakonarson H, Gawi H, Tahsin-Swafiri S, Leibu R, Lopez-Molina MI, Fernandez-Sanz G, Ayuso C, Ben-Yosef, T (2017) Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J Med Genet 54:698-704
^ Jauregui R, Thomas AL, Liechty B, Velez G, Mahajan VB, Clark L, Tsang SH (2019) SCAPER-associated nonsyndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa. Am J Med Genet A 179(2):312-316
^ Kahrizi K, Huber M, Galetzka D, Dewi S, Schröder J, Weis E, Kariminejad A, Fattahi Z, Ropers HH, Schweiger S, Najmabadi H, Winter J (2019) Homozygous variants in the gene SCAPER cause syndromic intellectual disability. Am J Med Genet A

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140386 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: 244891 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[Tsang2007-5] Tsang WY, Wang L, Chen Z, Sánchez I, Dynlacht BD (2007) SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J Cell Biol 178(4):621-633

[6] Nagase, T., Kikuno, R., Ishikawa, K., Hirosawa, M., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143-150, 2000. PubMed: 10819331

[7] Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 11/21/2007.

[UniProt-8] "UniProt, Q9BY12". Pristupljeno 18. 7. 2021.

[9] Tsang, W. Y., Wang, L., Chen, Z., Sanchez, I., Dynlacht, B. D. SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J. Cell Biol. 178: 621-633, 2007. PubMed: 17698606

[10] Tatour, Y., Sanchez-Navarro, I., Chervinsky, E., Hakonarson, H., Gawi, H., Tahsin-Swafiri, S., Leibu, R., Lopez-Molina, M. I., Fernandez-Sanz, G., Ayuso, C., Ben-Yosef, T. Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J. Med. Genet. 54: 698-704, 2017. PubMed: 28794130

[Tatour2017-11] Tatour Y, Sanchez-Navarro I, Chervinsky E, Hakonarson H, Gawi H, Tahsin-Swafiri S, Leibu R, Lopez-Molina MI, Fernandez-Sanz G, Ayuso C, Ben-Yosef, T (2017) Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J Med Genet 54:698-704

[Jauregui2017-12] Jauregui R, Thomas AL, Liechty B, Velez G, Mahajan VB, Clark L, Tsang SH (2019) SCAPER-associated nonsyndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa. Am J Med Genet A 179(2):312-316

[Kahrizi2019-13] Kahrizi K, Huber M, Galetzka D, Dewi S, Schröder J, Weis E, Kariminejad A, Fattahi Z, Ropers HH, Schweiger S, Najmabadi H, Winter J (2019) Homozygous variants in the gene SCAPER cause syndromic intellectual disability. Am J Med Genet A

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]