Guia Lab Bioquimica265
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INTRODUCCIN
SOLUCIONES
Una solucin es una mezcla homognea de dos o ms componentes. El
componente que esta en mayor proporcin se llama solvente y el o los
componentes que estn en menor proporcin se llaman solutos. En soluciones
lquidas, el solvente es un lquido, mientras que los solutos pueden ser slidos,
lquidos o gases. La gran mayora de las soluciones usadas en bioqumica son
soluciones acuosas (solvente agua). Para caracterizar una solucin no basta con
indicar sus componentes sino que tambin la proporcin en que estos estn
presentes en la solucin, es decir, la concentracin de cada uno de los solutos en
la solucin.
UNIDADES DE CONCENTRACIN
Las ms usadas en la prctica son de dos tipos:
Unidades de concentracin referidas a volumen: indican cantidad de soluto
disuelto por unidad de volumen de solucin.
Ejemplo: la molaridad, la normalidad, porcentaje p/v, g/l, etc.
NaCl
Na+ + Cl -
Por cada mol de NaCl slido se form 1 mol de Na+ y 1 mol de Cl- .
Luego:
Concentracin de Na+
= 1 mol
Concentracin de Cl = 1 mol
Ejemplo: Para molculas distintas, como MgCl2
MgCl2
Mg+2 + 2 Cl-
= 1 mol
= 2 mol
PREPARACIN DE SOLUCIONES
Para preparar una solucin de un soluto dado se puede usar el soluto puro
(generalmente slido) o una solucin concentrada de l en el mismo solvente
(solucin stock). Este ltimo caso constituye una dilucin.
Para diluciones rige la relacin:
V1 x C1 = V2 x C2 (balance de masa soluto)
V1= volumen de la solucin concentrada
C1= concentracin de la solucin concentrada
V2 =Volumen de la solucin diluda
C2 = concentracin de la solucin diluda
C1 y C2 pueden ser unidades de concentracin de cualquier sistema referido a
volumen.
Ejemplo: En un matraz aforado de 100 ml se colocaron 10 ml de una solucin 2M
de cloruro de sodio y se afor con agua.
Cul ser la concentracin de la solucin resultante?
Nuestro sentido comn nos dice que la respuesta ser 0.2 M, ya que la solucin
se diluy 10 veces. El clculo segn la relacin dad sera:
C2 = V1 x C1 / V2 = 10 ml x 2M / 100 ml
10 ml x 2M = 100 ml x XM
donde X = 0.2 M
II pH Y TAMPONES
CIDOS Y BASES
De acuerdo a la definicin de Bronsted:
1. CIDO: es un compuesto que tiende a ceder protones al medio.
2. BASE: es un compuesto que tiende a captar protones del medio.
En medio acuoso, la reaccin correspondiente de un cido HA ser:
HA + H2O
H3O + A-
HA
H+ + A-
(1)
BH+
(2)
BH+ es el cido conjugado de B.
Ejemplos de bases segn Bronsted: los compuestos orgnicos bsicos que deben
su basicidad al grupo funcional amino.
FUERZA DE CIDOS Y BASES
Un cido o una base fuerte es el que esta completamente disociado en solucin.
En cambio en cido dbil esta solamente parcialmente disociado y la base
parcialmente protonada.
cidos fuertes: HCl, HNO3, HClO4, H2SO4 (ambos protones), H3PO4 (solamente el
primer protn que se disocia).
Bases fuertes: NaOH, KOH, etc.
cidos y bases dbiles: prcticamente todos los cidos y bases orgnicos
pertenecen a este grupo.
CIDOS Y BASES DBILES
a. CIDOS DBILES
Consideramos a modo de ejemplo el cido actico, HOAC.
Frmula estructural: CH3 - COOH
Este cido dbil posee un solo protn cido. En solucin acuosa coexisten en
equilibrio molculas de la especie protonada con molculas del anin acetato
(Oac-) y protones.
La relacin entre la concentracin de las especies nombradas a una temperatura
determinada est dada por la constante de equilibrio de la reaccin de disociacin,
llamada constante de acidez, Ka:
HOAc
OAc-
Ka = [ OAc- ] [ H+ ] / [HOAc ]
H+
(3)
(4)
0.1
Kb = [ BH+ ] / [ B ] [H+ ]
(5)
Ka x Kb = Kw
Siendo Kw = constante de disociacin del agua
Kw = [H+ ] [OH- ] = 10-14 ( 25 C)
ECUACIN DE HENDERSON HASSELBACH
En forma anloga a lo visto para el cido actico ( HOAc), se puede generalizar
para un cido dbil que denominaremos HA:
Ka = [A- ] [H+ ] / [HA ]
Despejando H+ y aplicando log se obtiene la ecuacin de Henderson Hasselbach
pH = pKa + log [ A- ] / [ HA ]
(6)
zona
tam ponante
0
punto de equivalencia
m l NaOH
Na+ + OHH2 O
OAc- + H+
TABLA 1
COMPUESTO
pKa (20 C)
1.96
Glicina
2.45
3.1
cido frmico
3.75
cido actico
4.75
4.75
5.40
6.15
7.00
7.21
7.55
7.77
8.08
12.30
SELECCIN DE UN TAMPN
Para la seleccin de un sistema buffer adecuado se deben considerar las
siguientes variables:
a. El pH al cual deseamos trabajar
b. La capacidad tamponante requerida
Otros aspectos importantes a considerar son:
c. Solubilidad de los compuestos
10
d.
e.
f.
g.
c = x
12
I
----------------------------->
Luz transmitida
b
bc
(1)
(2)
Luego:
A = bc
(3)
Ley de Lambert - Beer
Por conveniencia se usa el siguiente sistema de unidades:
b = camino ptico en cm.
c = concentracin en M
= coeficiente de extincin molar, en cm-1 x M-1
13
pendiente = 1
T = 10- cb
C
C
Figura N 1
( M-1 cm 1)
31.800
10.400
12.500
La riboflavina tiene color amarillo, debido a que su nica banda en la regin del
visible a 445 nm, corresponde a absorcin de luz azul.
INSTRUMENTOS DE MEDICIN
Los componentes bsicos de todos los instrumentos que se usan en
absorciometra de UV / visible son:
Fuente de luz
Filtros o monocromador, que permite seleccionar la longitud de onda.
Portador de muestra
Detector
Dispositivo que permite la lectura de la medida directamente o inscriptor
15
LA FUENTE DE LUZ
No existe una fuente de luz que proporcione radiacin de todo el rango espectral
UV / visible de suficiente intensidad, por consiguiente, se usan fuentes diferentes:
Fuente de luz visible: lmpara de tungsteno. Sirve para
aproximadamente.
340 850 nm
16
A (problema)
A (estndar)
17
mezcla que contiene otros compuestos que absorben en la misma regin que
el compuesto a determinar y / o el instrumento de la mediada permite medir
solamente en el rango visible.
Ejemplo: determinacin de protenas.
Cuando se monta un mtodo fotocolorimtrico, pueden existir tres
posibilidades:
a. Que la sustancia sea coloreada y que presente un mximo de absorcin
caracterstico solo para ella y por lo tanto, esta podra usarse para su
determinacin fotocolorimtrica.
b. La sustancia en solucin es incolora, y por lo tanto, se aprovecha alguna
propiedad qumica de ella (poder reductor, oxidante, de sustitucin de
grupos, etc. ) para desarrollar una reaccin coloreada que sirve entonces
para determinar su concentracin.
c. La sustancia en solucin, a pesar de ser incolora, presenta un mximo de
absorcin caracterstico, generalmente a longitudes de onda cortas (UV)
que puede ser usada para su determinacin.
BIBLIOGRAFA
H. WILLARD, L. MERRIT, J.DEAN INSTRUMENTAL METHODS OF
ANLYSIS
G. EWING INSTRUMENTAL METHODS OF CHEMICAL ANLYSIS
A. STROBEL INSTRUMENTACIN QUMICA
S.B. BROWN, ED, AN INTRODUCTION TO SPECTROSCOPY FOR
BIOCHEMISTS
18
TRABAJO PRCTICO
I.- DETERMINACIN DE PROTENAS
INTRODUCCIN
Se han descrito un gran nmero de mtodos para la cuantificacin de protenas.
Todos representan ventajas y desventajas, la seleccin de uno en particular va a
depender de la protena que deseamos cuantificar, la sensibilidad deseada,
posibles interferencias y la sencillez del mtodo.
En general, los mtodos estn basados en reacciones qumicas, absorcin
ultravioleta, reacciones de fluorescencia y determinacin del nitrgeno.
METODO TURBIDIMTRICO
Las protenas precipitan cuando se mezclan con soluciones diluidas de cido
tricloroactico, sulfosaliclico o ferricianuro de potasio en cido actico. Este
mtodo tiene desventajas ya que no todas las protenas precipitan en la misma
cantidad e interfieren otras sustancias precipitables por cidos nucleicos. La
ventaja que presenta en uso es la rapidez de la determinacin. El rango til de
trabajo es entre 0.1 y 0.3 mg de protenas agregadas.
MTODOS COLORIMTRICOS
El mtodo colorimtrico ms difundido es el mtodo de Lwry, en que el color final
de la reaccin, es el resultado de la reaccin de Biuret de la protena con el in
cobre en medio alcalino y la reduccin del reactivo fosfomolbdico fosfotngstico
por la serina y triptfano presentes en las protenas.
Los mtodos de Biuret y Bradford se discutirn ms adelante en esta gua y son
los que se realizarn en el presente trabajo prctico.
MTODOS DE ABSORCIN ULTRAVIOLETA
La mayora de las protenas tiene un mximo de absorcin a 280 nm, debido
primariamente a la presencia de tirosina y triptfano, y secundariamente, la
fenilalanina y cistena. Por consiguiente, el coeficiente de extincin molar a 280 nm
vara de una protena a otra debido a su composicin aminoacdica. Ms an, los
cidos nucleicos que muchas veces estn como contaminantes en las
preparaciones de protenas, aunque tiene un mximo de absorcin a 260, tambin
lo hacen a 280 nm, falseando la lectura de las protenas. La razn de absorbancia
a 280 nm / 260 nm ha sido usada por Wargurg y Christian para eliminar la
interferencia de cidos nucleicos en la determinacin de protenas. El rango til de
trabajo es entre 0.1 y 0.6 mg / ml.
Por debajo de 230 nm, la extincin de una solucin de protenas sube
precipitadamente alcanzando un mximo a 190 nm, se debe principalmente al
enlace peptdico. En la prctica es ms conveniente medir la extincin a 210 nm,
ya que el coeficiente de extincin molar a esta longitud de onda es de cerca de
200 para la mayora de las protenas.
19
20
21
22
V0 =
23
R O P O
O
H2 O
Ez
ROH + Pi
Bao termoregulado a 37 C
EXPERIENCIA A
Curva de calibracin para la formacin de pnitrofenol
Prepare 6 tubos que contengan 0; 1.00; 2.00; 3.00; 4.00; 5.00 ml de una solucin
de pnitrofenol 60 M y enrase cada uno de los tubos con NaOH 0.02 M a 6.00 ml,
de volumen final. Mezcle bien, transfiera a la cubeta y lea absorbancia a 405 nm.
Como tubo blanco utilice el tubo que no contiene pnitrofenol y calibre el equipo.
Grafique A405 versus los moles de pnitrofenol en cada uno de los tubos. Use
esta curva estndar para analizar sus datos cinticos.
EXPERIENCIA B
Determinacin de la actividad de la fosfatasa cida de Germen de trigo
Ya que el ensayo de la fosfatasa se realiza a tiempo fijo, es necesario determinar
la dilucin correcta de enzima a usar el tiempo de ensayo con una misma
dilucin de enzima.
Prepare un tubo que contenga 2.0 ml de amortiguador citrato de sodio 0.1 M;
EDTA 0.15 M, pH 5.0 y 2.0 ml de sustrato NPP 2.5 mM. A continuacin, preincube
el tubo en un bao termoregulado a 37C por un par de minutos y luego agregue
1.0 ml de la dilucin de la enzima (1:20). Mezcle e inmediatamente saque una
alcuota de 0.5 ml adicinelo a un tubo que contenga 5.5 ml de una solucin de
NaOH 0.1 M. Este es un control denominado tiempo cero de la reaccin, que le
permite calibrar el equipo de manera que solo mide la absorbancia del producto
liberado enzimaticamente. En paralelo prepare otros tubos que contengan la
misma mezcla de reaccin que el tiempo cero, agregue 1.0 ml de enzima e incube
respectivamente 15 y 30 min., luego saque una alcuota de 0.5 ml de cada uno de
los tubos y adicinela a los tubos que contengan 5.5 ml de NaOH 0.1 M.
Finalmente determine la absorbancia (405nm) de cada uno de los tubos utilizando
como blanco el tiempo cero. Recuerde que el ensayo se realiza en un volumen
final de 5 ml y que cada una alcuota de 0.5 ml de cada uno de los ensayos es
diluda a 6 ml para medir absorbancia.
i) Una vez realizadas las medidas correspondientes debe completar en forma de
tabla, lo siguiente:
N tubo
A405
moles Pi
1
2
3
4
0.0
0.0
Velocidad (moles /
min.)
0.0
25
BIBLIOGRAFA
Clark, J y Switzer, R. (1977): Experimental Biochemistry. Ed. Freeman &
Company, NY. 2 Edicin Pg. 77 85; 105 108.
Lehninger, A y col. Principios de Bioqumica.
Stryer, A. Bioqumica.
26
I)
II)
III)
IV)
V)
BIBLIOGRAFIA
Clark, J y Switzer, R. (1977): Experimental Biochemistry. Ed. Freeman &
Company, NY. 2 Edicin Pg. 77 85; 105 108.
Lehninger, A y col. Principios de Bioqumica.
Stryer, A. Bioqumica.
MATERIALES
-Amortiguador citrato de sodio 0.1 M, EDTA 0.15 M, pH 5.0
-sustrato p nitrofenil fosfato de sodio (NPP) 2.5 mM
-solucin de 0.1 M NaOH
-solucin stock de enzima 5 mg/ml en BSA 0.1% diluida 1:20
-bao termoregulado a 37c
27
28
ELUCIN DE LA MUESTRA
Con el fin de eludir la muestra, agregue sucesivamente de 15 ml de las soluciones
NaCl en concentraciones crecientes. Colecte el eludo de la columna en
fracciones de 3 ml cada una.
CUANTIFICACIN DE LA MUESTRA EN EL ELUATO
La cuantificacin de la protena en las distintas fracciones se realizar por la
tcnica de Biuret. Para ello tome 1 ml de las fracciones impares y agregue 4 ml de
reactivo de Biuret. Prepare el blanco correspondiente y un par de estndares
apropiados (4 y 8 mg de albmina).
Con los resultados de concentracin de protenas, construya un grfico en que en
la ordenada se seale el nmero de fraccin y en la abscisa la concentracin de
protenas por fraccin. Adems, indique con una flecha los cambios de solucin
salina.
CUESTIONARIO
1. Qu puede Ud. concluir del experimento realizado?
2. Qu resultado esperara, si la columna se equilibrara con tampn fosfato 20
mM pH 7.0 u NaCl 500 mM ? (la muestra aplicada est disuelta en el mismo
tampn).
3. Qu resultado esperara Ud. si la columna se equilibrara con tampn pH 5.0?
[pI (pto isoelctrico) de albmina es 5].
4. Si se realiza el mismo experimento utilizando leche como muestra, Qu
resultados esperara? (Podra identificar las fracciones que contienen lacto
albmina). Discuta.
5. Se tiene una solucin que contiene una enzima ms lacto albmina. Si a Ud. le
interesa slo la enzima y debe remover la lacto albmina, como realizara el
experimento si no posee columna?
BIBLIOGRAFA
Clark, J y Switzer, R. (1977): Experimental Biochemistry. Ed. Freeman &
Company, NY. 2 Edicin Pg. 16 20.
Lehninger, A (1982). Biochemistry. 2 edicin. Editores Word. Capitulo 6. Pg.
127 129.
Freifelder, D. (1982) Physical Biochemistry . 2a. Edicin. Editores Freeman &
Company.
29
30
CUESTIONARIO
1. Qu puede concluir de las distintas fracciones que ha colectado?
2. de acuerdo al resultado que Ud. Obtuvo Qu podra decir, en forma
comparativa, del peso molecular de los compuestos?
3. Disee un mtodo experimental que le permita cuantificar la muestra eluda.
BIBLIOGRAFA
Clark, J y Switzer, R. (1977): Experimental Biochemistry. Ed. Freeman &
Company, NY. 2 Edicin Pg. 20 27.
Lehninger, A (1982). Principles Biochemistry. Capitulo 6. Pg. 127 129.
31
VI.-ELECTROFORESIS
El trmino electroforesis describi originalmente la migracin de partculas
cargadas a travs de un medio lquido o semislido bajo la influencia de un
potencial o campo elctrico. En la actualidad, el trmino se refiere a cualquier
tcnica por la cual las macromolculas se separan unas d otras en gradientes de
potencial elctrico en base a diferencias en sus cargas netas, sin importar el
medio de conduccin.
Las protenas son polielectrolitos y por lo tanto, son susceptibles de ser analizadas
electroforeticamente. Normalmente, las cadenas laterales de ciertos aminocidos
son los sitios ionizables en la protenas (arginina, pKa = 12; lisina; pKa = 9, 7 10,
7; cistena, pKa = 8, 5 9, 5; tirosina, pKa = 8, 5 10, 0; histidina, pKa = 6, 0 7 ,
0; cido aspartico y glutmico, pKa = 3, 9 5, 0) contribuyen a la carga neta de las
protenas, como tambin algunos grupos prostticos (ejemplo: NAD+). Otras
molculas, adems de protenas, pueden ser separadas por electroforesis
despus de formar complejos con los iones inorgnicos u otros grupos cargados.
Los principios de la electroforesis son simples: si dos electrodos se sumergen en
una solucin que contiene un electrolito y una suspensin de macromolculas
cargadas, stas se movilizaran hacia el electrodo de signo opuesto con una
fuerza proporcional a la magnitud de la carga en la macromolcula y a la
diferencia del potencial elctrico aplicado. Debido a que cada una de las partculas
que migran van a enfrentar una resistencia friccional a su movimiento, cada una
alcanzar rpidamente una velocidad mxima de migracin. Por lo tanto, si una
mezcla de estas macromolculas se expone a un campo elctrico constante, se
alcanzaran distintas velocidades mximas parta partculas de distintas cargas
netas.
Adems de la carga neta y el campo elctrico, hay muchos otros factores que
influencian la rapidez de la migracin electrofortica de protenas, incluyendo
tamao, pH y la naturaleza del medio a travs del cual ocurre la migracin.
La velocidad a la cual la protena migra hacia uno u otro electrodo durante la
electroforesis se llama movilidad electrofortica (usualmente expresada en cm2
seg.-1 volt-1 ) y es dependiente del nmero relativo de cadenas laterales de
aminocidos cargados positiva y negativamente.
El hecho que una cadena lateral de un aminocido tenga o no carga, es a su vez
determinado en parte por el pH de la solucin de protenas. A medida que el pH
baja, grupos cargados negativamente como COO- secundarios del cido aspartico
o glutmico y el O- de la tirosina se protonan y por lo tanto, las cargas negativas se
neutralizan. Al mismo tiempo, algunos grupos amino secundarios de la lisina y
arginina pueden aceptar protones adicionales, aumentando as, el nmero de
cargas positivas asociadas a la protena. Por el contrario, si el pH aumenta, los
protones se disocian de las cadenas laterales y la protena se hace mas negativa.
32
molculas migran a travs del gel separador, las diferentes protenas se separan
en bandas discretas de acuerdo a su movilidad. Al trmino de la corrida
electrofortica, las bandas se pueden identificar de varias formas:
1. El gel se puede teir por inmersin en colorante seguido de lavado exhaustivo
para remover colorante no unido. Si es necesaria informacin cuantitativa, se
puede medir la cantidad de colorante unido a cada una de las bandas en un
densitrometro.
2. Cuando la protena en estudio es una enzima, se puede practicar tincin de la
actividad enzimtica.
3. Si la mezcla de protenas es radioactiva, las bandas se pueden detectar por
autoradiografa o fluorografia.
Los principales usos de la electroforesis discontinua son por una parte, determinar
pureza de una protena y en segundo termino para analizar los componentes de
una mezcla compleja. La pureza, es por supuesto, un termino relativo, ya que se
puede obtener una sola banda en el gel, debido a que las impurezas estn a
concentraciones muy bajas para ser detectadas.
GELES DE POLIACRILAMIDA EN CONDICIONES DESNATURANTES
En 1967, A. Shapiro, E. Viuela y J. Maizel mostraron que los pesos moleculares
para la mayor parte de la protenas se podan determinara midiendo la movilidad
electrofortica en geles de poliacrilamida que contiene un poderoso detergente de
carga negativa, dodecil sulfato de sodio (SDS). Esta tcnica fue perfeccionada dos
aos despus por K. Weber y M. Osborn.
A pH cercano al neutro, en 1% SDS y 0.1M - mercaptoetanol, la mayora de la
protenas, son cadenas que unen SDS, los puentes S S se rompen por le MSH
y la estructura segundaria se pierde. Los complejos resultantes que consisten en
subunidades proteicas y SDS asumen una configuracin en espiral al azar. La
protenas, as tratadas, se comportan como si tuvieran forma uniforme y razn
idntica carga / masa. Esto es debido a que la cantidad de SDS unido por unidad
de peso de protena es constante: 1.4 g. SDS / g. de protenas.
La carga es entonces determinada por SDS unido y no por la carga intrnseca de
los aminocidos. Debido a que los espirales al azar de la protena recubierto con
SDS, tiene igual razn carga a masa, uno puede esperar que la movilidad de cada
molcula proteica sea proporcional al nmero de enlaces peptdicos por
molculas, esto es, la movilidad seria proporcional al peso molecular. El gel se
comporta como un cedazo molecular a travs del cual deben pasar las
molculas. En cuanto mas pequeas sea la molcula migrara mas rpidamente a
travs del gel; por lo tanto, la movilidad aumenta con pesos moleculares
decrecientes.
34
35
Agua
TEMED
PROCEDIMIENTO
A. Limpiar las placas de vidrio con acetona y etanol.
B. Engrasar los espaciadores (0.15 cm de grosor) y armar la placa fijando pinzas.
C. Agregar el volumen necesario de la mezcla del gel separador hasta una altura
de 6 cm.
D. Borra el menisco, agregando suavemente por las paredes tampn 1.5 M Tris
HCl pH 8.8, 1.2% SDS, diluido 1: 4.
E. Dejar gelificar por 20 min.
F. Eliminar tampn diluido y lavar la superficie con agua destilada.
G. Preparar el gel espaciador
H. Agregar el volumen necesario sobre el gel separador. Colocar peineta de 8
10 surcos, evitando que queden burbujas de aire. Dejar gelificar por 20 min.
I. Una vez gelificado el gel espaciador, retirar la peineta y el espaciador basal y
colocar las placas en la cmara electrofortica.
J. Agregar el tampn de corrida al deposito inferior evitando atrapar aire en el
borde del gel.
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Figura 1b: La grafica entre el log del peso molecular (PM) y la migracin relativa
durante la electroforesis es lineal, lo cual permite conocer el PM de una protena
desconocida.
C.- PREPARACIN Y APLICACIN DE LA MUESTRA
A. La cantidad de protenas sericas a aplicar es de 30 a 60 g por surco.
B. Diluir las muestras con buffer muestra 1: 5. Agregar - mercaptoetanol 5%
final y hervir por 2 min.
C. Los volmenes recomendables a aplicar por surco son de 40 70 L
D. Aplicar las muestras con micro pipeta adecuada y agregar nuevamente tampn
de corrida sobre las muestras y el deposito superior.
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