Cinetica Enzimatica-Ejericios Resuletos
Cinetica Enzimatica-Ejericios Resuletos
Cinetica Enzimatica-Ejericios Resuletos
1. La enzima Glicerol-3 fosfato deshidrogenasa se inactiva irreversiblemente en presencia de ciclohehanediona con una c
120.0 5
4.5 f(x) = − 0.0263639
0.0052218
100.0 0.999359944
R² = 0.973553438
100.372575309941 exp( − 0.005221885872125
f(x) = 99.5386691137798 0.026363917956255 x ) 4
0.999359944600631
R² = 0.973553438330406
3.5
80.0
3
60.0 2.5
2
40.0
1.5
1
20.0
0.5
0.0 0
0 20 40 60 80 100 120 140 0 20
0.03
0.015
0.01
0.005
0
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 1.1
0.005
0
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 1.1
Ensayo actividad d
2. La enzima málico deshidrogenasa cataliza la reducción de oxaloacetato con NADH, a malato y NAD+. En el siguiente e
t Absorbancia
(min) (nm) 1.6
0.00 1.34
0.10 1.28 1.4
0.20 1.26 f(x) = 0.092415277935468 x² − 0.348424921445195 x + 1.3235635
1.2 R² = 0.993031044928666
0.30 1.22
0.50 1.16 1
0.85 1.10 0.8
1.50 1.02
2.00 0.99 0.6
0.4
0.2
0
0.00 0.50 1.00 1.50 2.00
1.6
1.4
f(x) = −0.092415277935468
0.345945945945946x²x−+0.348424921445195
1.32810810810811 x + 1.3235635
1.2 R² = 0.979669935422148
0.993031044928666
1
0.8
0.6
0.4
0.2
0
0.00 0.50 1.00 1.50 2.00
3. En el siguiente experimento con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo germinadas se varió la concentración d
40.000
f(x) = 1.27229285714286 x + 0.12689285714286
35.000 R² = 0.999592397114046
30.000
25.000
20.000
15.000
0.000
0 5 10 15 20 25 30 35
1.4
1.2
0.8
0.6
0.4
0.2
0
1 2 3 4 5 6
4. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes concentraciones de enzima y a diferentes concen
4.500
4.000
2.500
2.000
1.500
f(x) = − 4.96017048794826 x² + 4.82224720752499 x + 0.354983303938859
1.000 R² = 0.988223681110189
8
f(x)
f(x) == −− 0.164285714285714 x²
x² ++ 2.10314285714286
f(x) = − 0.202107142857143
0.228571428571428 x² + 2.34155 x xx+ ++0.768199999999997
2.51914285714286 0.964000000000002
0.573000000000004
7 R²
R² == 0.985043674362004
R² = 0.987326549896803
0.991695169843756
6
0
0 1 2 3 4 5 6 7
2.5
2
f(x) = 0.064276650854375 x + 0.545212683293329
1.5 R² = 0.998813141543636
2
f(x) = 0.064276650854375 x + 0.545212683293329
1.5 R² = 0.998813141543636
5. Problema sobre un ensayo de actividad enzimática. Considere a la enzima Invertasa, que cataliza la hidrólisis de Sacar
𝑣=(𝑉_𝑚𝑎𝑥
.𝑆)/(𝐾_𝑚+𝑆
)
𝑣/𝑉_𝑚𝑎𝑥 𝑣/𝑉_𝑚𝑎𝑥 =
=𝑆/(𝐾_𝑚+𝑆)
S 0.25
Km 0.5
¿qué fracción representa esto de la Vmax que se podría calcular en esta reacción si se variase la cantidad de sacarosa?
𝑣/𝑉_𝑚𝑎𝑥 = 0.33333333
¿Cuánto sustrato habría que añadir para que la velocidad observada alcanzase 0.95% de la Vmax?
𝑉_𝑚𝑎𝑥=𝑆/((𝑘_𝑚+𝑆))
¿Qué importancia podría tener esto para la posible aplicación industrial de la enzima?
Este problema sugiere que la cantidad de sustrato es uno de los factores importantes a considerar cuando se desea emplea
5
4.5 a) Calcule Km y Vmax para ca
f(x)
f(x) == 0.744879868908388
0.815287879384954 ln(x)
ln(x) ++ 5.18278582783657
4.57440289476066
R²
R² == 0.968174353420292
0.98680905104731
4
3.5
3
2.5 b) ¿Cambian las Vmax? Expli
3
d) ¿Cúantos y cuáles valores
2.5
f(x) = 0.013598507338267 x + 0.492557044029396
f(x)R²==0.004031855431742
0.999775790616448x + 0.239585817661356
f(x) = 0.013424019060535 x + 0.218796179059565
R²2= 0.999515788820015
R² = 0.999990881970881
0.5
0
-100 0 100 200 300 400 500 600
Problema sobre la energía de activación
7. Para la enzima catalasa se realizó un experimento en el que se determinó la velocidad de descomposición del peróxido
Sin enzima
7.00E-08 -1.50E+01
0.00325
-1.55E+01
6.00E-08
f(x) = 2.74487361456208E-09 exp( 0.101901323391761 x ) -1.60E+01
5.00E-08 R² = 0.999415393955322
-1.65E+01
4.00E-08 -1.70E+01
-1.75E+01
3.00E-08
-1.80E+01
2.00E-08
-1.85E+01
1.00E-08 -1.90E+01
-1.95E+01
0.00E+00
0 5 10 15 20 25 30 35 -2.00E+01
Con enzima
0.0700 -2.6
0.00325 0.00
0.0600 -2.7
f(x) = 0.000643884892086 x + 0.038422661870504
0.0500 R² = 0.942514582192855
-2.8
0.0400 -2.9
0.0300
-3
0.0200
-3.1
0.0100
-3.2
0.0000
0 5 10 15 20 25 30 35 -3.3
𝑚=ln(𝑘_2/𝑘_1 ) 𝑚=𝑙𝑛 𝑚=𝑙𝑛(𝑣_2/𝑣_1 )
𝑚=∆𝑦/∆𝑥 𝑚=(∆ ln 𝑚=(𝑙𝑛𝑘_2−𝑙𝑛𝑘_1) /(∆ 1/𝑇) (((𝑘_2.𝑅)/(𝑘_1. /(∆ 1/𝑇)
〖 (𝑘) 〗 )/(∆ /(1/𝑇_2 −1/𝑇_1 ) 𝑅)))/(∆ 1/𝑇)
1/𝑇)
𝐸_𝑎=𝑚 𝑥 𝑅 𝑥 −1
8. Los valores de Km y Vmax siguientes se determinaron midiendo la hidrólisis de bromuro de acetilcolina catalizada por
T T Km Kcat
(ºC) (K) (mM) (mmol min-1 pmol_[E]t-1)
1/T (K)
20 293 0.00341297 0.403 0.307
25 298 0.0033557 0.375 0.322
30 303 0.00330033 0.335 0.340
35 308 0.00324675 0.305 0.362
45 318 0.00314465 1.500 0.013
1.6
1.2
1 Importante
0.8
0.6
0.4
f(x) = − 8.61257862E-05 x³ + 0.007114743935 x² − 0.187916262354 x
0.2 + 1.91063881402
0
15 20 25 30 35 40 45 50
0
0.0031 0.00315 0.0032 0.00325 0.0033 0.00335 0.0034 0.00345 𝐸_𝑎=𝑚 𝑥 𝑅 𝑥 −
-0.5
-1
f(x) = − 989.423624225362 x + 2.19147320378555
-1.5 R² = 0.9942418813915
-2
-2.5
-3
-3.5
-4
-4.5
-2
-2.5
-3
-3.5
-4
-4.5
-5
Este punto presenta una mezcla de los efectos de la temperatura sobre la velocidad de catálisis y sobre la velo
9. Los siguientes valores de velocidad inicial de enzimas fueron obtenidos para la alfa-Quimotripsina actúando sobre un
pH Vel
5.4 10
5.6 19
5.8 32
6.4 99
6.5 112
6.6 141
6.8 192
7.2 260
7.4 280
7.8 300
8.0 328
8.4 331
9.0 327
350
a) Determine los valores de p
f(x) = 10.701694 x⁴ − 327.27361 x³ + 3682.2115 x² − 17956.333 x + 32043.073
300
A partir de la curva dibujada,
250
b) Diga que residuos de amin
200
0
5 5.5 6 6.5 7 7.5 6,71
8 8.5 9 9.5 Importante Consecuentemente, se espera
pKa
10. Se realizaron estudios de inhibición para dos enzimas diferentes presentes en el suero bovino. Se varió la concentraci
Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol
a) [Bromolevamisol] 0 8
(mM)
[Sustrato] [FP]
(mM) Ve locidades iniciales (
1/[FP]
0.1 10 0.231 0.210
0.3 3.33333333 0.431 0.369
0.7 1.42857143 0.607 0.488
1.3 0.76923077 0.751 0.599
1.8 0.55555556 0.811 0.657
2.6 0.38461538 0.912 0.657
4.1 0.24390244 0.957 0.688
5.8 0.17241379 0.981 0.741
1.2
7 1
0
0 2 4 6 8 10 12
0.5
0
0.00 5.00 10.00 15.00 20.00 25.00 30.00
4.5
0.5
0
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8
11. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa de streptococcus sp. Esta enzima
[PEP] 75 200
(mM)
Velocidades
[FSM] (nmol min-1 mgProt-1)
(mM) 1/V
0 0.73 2.49 1.3698630
5 0.53 2.29 1.88679245
10 0.42 2.15 2.38095238
25 0.26 1.78 3.84615385
50 0.16 1.40 6.2500000
100 0.09 0.98 11.1111111
2.5
f(x) = 0.000141875495397 x² − 0.028782177915981 x + 2.44646058167185
R² = 0.996723021220254
2
𝐼_ 13
5
1.5 0
2,5/2 𝐼_ 62
5
1 0
12.0000000
8.0000000
ciclohehanediona con una cinética aparente de primer orden. Sin embargo, cuando se varía la concentración del agente inactivante
1/t 1/E
5
4.5 f(x) = − 0.026363917956255
0.005221885872125 x + 4.60888901566075
4.60054620297514
0.999359944600631
R² = 0.973553438330406 [CHD] (mM) 0.2
4 [CHD] (mM) 1
3.5
3 v = k2 [CHD][E]
2.5
k2 0.0264
2
k2 0.44
1.5
1
0.5
0
0 20 40 60 80 100 120 140
Las constantes aparentes calculadas varían linealmente con la cantidad de CHD empleada en el experimento y la línea cruz
En condiciones en las que [CHD] es mucho mayor que [E], la enzima se agota sin que la [CHD] disminuya apreciablemente
Ensayo actividad de una enzima
to y NAD+. En el siguiente experimento se siguió la desaparición del NADH, midiendo su absorbencia a 340 nm (e = 6220 M-1 cm-1).
1.6
1.4
424921445195 x + 1.32356354225955 f(x) = 0.084590880472055 x² − 0.335960141741379 x + 1.3268733615706
1.2 f(x) = − 0.32857142857143 x + 1.32285714285714
R² = 0.995567366157458
R² = 0.994360902255639
1
0.8
0.6
0.4
0.2
0
1.50 2.00 2.50 0.00 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50
Ley de Lambert-Beer
𝐴=𝜀𝑐𝑙
∆𝐴=𝜀∆𝑐𝑙
∆𝑐/∆𝑡=(∆𝐴
810810810811
424921445195 x + 1.32356354225955 ∆𝑐=∆𝐴/𝜀𝑙 = /∆𝑡)/𝜀𝑙 = 𝑚=∆𝐴/∆𝑡
m -0.3286 Uabs/min-1
l 1 cm
V 0
oncentración de enzima
se varió la concentración de la enzima en cubeta a dos concentraciones de sustrato y se obtuvieron los resultados siguientes:
V/E V/E
0.384 1.2614
0.4059 1.3169
0.39706667 1.27633333
0.3883 1.2847
0.37916 1.29128
0.3948 1.26273333
40.000
f(x) = 1.26721714285714 x + 0.23686666666667
35.000 R² = 0.999385492331834
30.000
25.000
20.000
15.000
0.000
30 35 0 5 10 15 20 25 30 35
b) ¿Qué pasa si dividimos la velocidad registrada por la cantidad de enzima añadida al ensayo?
5 6
d) Sabiendo que la enzima pesa 220 000 grs/mol, haga una gráfica de Vmax vs mmol de enzima.
f) ¿En qué se parece el valor anterior a la Actividad específica = Vmax/mg de proteína en mmol min-1 mg de enzima-1?
g) ¿Qué pasa con la medida de actividad específica cuando la enzima no está pura?
re un ensayo de actividad enzimática
ataliza la hidrólisis de Sacarosa a fructosa y glucosa. Esta enzima posee una Km para sacarosa de 0.5 mM y una constante catalítica
𝑣/𝑉_𝑚𝑎𝑥 = 0.333333
mM
mM
e la cantidad de sacarosa?
mM sacarosa
erar cuando se desea emplear una enzima para aplicaciones industriales. En otras palabras, si el producto a tratar, que en este caso po
) ¿Cúantos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de la enzima por sus substratos?
vel(con catalasa)
(mol/s con 10nM·Et)
Ln (Vel)
-3.19418321
-3.07045582
-3.04492252
-3.001750
-2.93746337
-2.816750
saturación de la enzima, calcular la energía de activación de la reacción con o sin enzima y discuta sus resultados. (R=1.987 cal/mol
-1.50E+01
0.00325 0.0033 0.00335 0.0034 0.00345 0.0035 0.00355 0.0036 0.00365
-1.55E+01
-1.60E+01
-1.65E+01
-1.70E+01 f(x) = − 8556.26128140873 x + 11.5503318754267
R² = 0.999721559689236
-1.75E+01
-1.80E+01
-1.85E+01
-1.90E+01
-1.95E+01
-2.00E+01
-2.6
0.00325 0.0033 0.00335 0.0034 0.00345 0.0035 0.00355 0.0036 0.00365
-2.7
-2.8
-3
-3.1
-3.2
-3.3
𝑚=𝑙𝑛(𝑣_2/𝑣_1 )
𝑅)/(𝑘_1. /(∆ 1/𝑇)
∆ 1/𝑇)
kcal/mol
kcal/mol
Kcat
mmol min-1 pmol_[E]t-1)
Ln (Kcat)
-1.18090753
-1.13320373
-1.07880966
-1.01611107
-4.34280592
a) ¿Qué intervalo de termperaturas deberían emplearse como datos para calcular la energía de activación de la reacción
Al cambiar la temperatura las constantes de velocidad cambián y esto afecta el valor de Km. Esto es lógico, ya que la temp
En las temperaturas más altas se observa un claro efecto de desnaturalización de la proteína y por tanto una caida en la c
Dado que la energía de activación que deseamos medir es la del proceso catalítico, debemos considerar sólamente los pun
𝐸_𝑎=𝑚 𝑥 𝑅 𝑥 −1
R 1.987 cal/mol K
m -989.42
Ea 1.96597754 kcal/mol
ad de catálisis y sobre la velocidad de desnaturalización de la proteína.
) Determine los valores de pKa(s) del (los) grupo(s) involucrado(s) en este comportamiento.
partir de la curva dibujada, se puede ver que el punto de inflexión de la curva es paroximadamente de 6.7, lo que se da a un valor de a
o anterior nos indica que podría tratarse de algún aminoácido como la histidina. Menos probables, pero no se pueden descartar, serían
) Si el experimento se extendiera hacia la región más alcalina de la escala de pH que cabría esperar (explique su respuesta).
nalmente, la línea punteada de la figura anteríor indica de manera aproximada lo que se espera observar a valores de pH mucho más
onsecuentemente, se espera a que un pH superior a 10 u 11, la actividad comenzará a disminuir abruptamente y para un pH de 12 o 13
vino. Se varió la concentración de sustrato a en ausencia y en presencia de tres concentraciones diferentes de inhibidores de cada en
16 40 0 8 16 40
Interceptos [Bromolevamisol]
(mM)
0.956 0
1.330 8
1.700 16
2.820 40
3
f(x) = 0.046589285714286 x + 0.956071428571429
2.5 R² = 0.999998016716727
1.5
0.5
0
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
2.0 5.1 0.0 1.0 2.0 5.1
Interceptos [2hidroxisuccínico]
(mM)
0.73 0.0
1.03 1.0
1.34 2.0
2.28 5.1
2.5
30.00 1.5
0.5
0
0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0
1.6 1.8
Problema sobre inhibición
eptococcus sp. Esta enzima participa en la síntesis de la pared celular de las bacterias y cataliza la transferencia de un grupo piruvilo
1/V 1/[PEP]
0.40160643 0.01333333
0.43668122 0.0050000
0.46511628
0.56179775
0.71428571
1.02040816
Para identificar el tipo de inhibidor que actúa, se pueden emplear diversas estrategias, por ejemplo, se puede
mM
Importante Dado que las medidas de actividad se realizan sin añadir producto, una velocidad negativa carec
mM
El resultado anterior nos indica que la cinética de esta enzima no es hiperbólica, por lo que no podemos traza
b) Calcule el valor de la I50 para este inhibidor a la concentraciones más baja y más alta de sustrato emplea
Como puede observarse el valor de I50 decrese cuando hay menor cantidad de sustrato.
El valor de I50 nos indica cuanto inhibidor requerimos para inhibir la actividad de la enzima a la mitad en una
b-1) ¿Qué diferencias observa entre este parámetro calculado con diferentes concentraciones de sustrato?
Importante Es evidente que el resultado nos dice que si hay más sustrato disponible el inhibidor será menos
c) Suponga que encuentra reportados en la literatura otros inhibidores de esta enzima que actúan por un m
Como puede verse, si otros inhibidores se quisieran comparar con este, primero habría que asumir que el mec
En segundo término, los valores de I50 tendrán que haber sido determinados con la enzima ensayada en cond
Importante La respuesta a la pregunta que se plantea en el problema es NO. (no es posible comparar los va
ción del agente inactivante en la cubeta se observa que la cinética se modifica. Explique este resultado calcule el valor real de la con
Pendiente
-0.0052 0.0052
-0.0264 0.0264
mM-1 min-1
M-1 s-1
l experimento y la línea cruza el punto x,y (0,0). Esto nos indica que el orden de reacción para la CHD es también de 1 y la pendiente d
disminuya apreciablemente
40 nm (e = 6220 M-1 cm-1). Si se emplearon 35 ng de proteína de la preparación enzimática, en una cubeta de 3 mL, para este exper
1.3268733615706
2.00 2.50
=∆𝐴/∆𝑡
esultados siguientes:
e cabría esperar, debido a que, si tomamos como referencia la ecuación de Michaelis-Menten, notaremos que la velocidad es proporcio
dida al ensayo?
guntas anteriores?
mol min-1 mg de enzima-1?
M y una constante catalítica de 175 min-1. Si se mide su actividad en presencia de 0.25 mM de sacarosa con 25 pmol de enzima en la
a tratar, que en este caso podría ser un almibar hecho a base de sacarosa, posee una concentración de sustrato muy baja, o sea que nu
sultados. (R=1.987 cal/mol ºK)
de activación de la reacción catalizada por la enzima?
sto es lógico, ya que la temperatura también puede afectar la unión del sustrato a la proteína y este proceso se refleja en el valor de Km
y por tanto una caida en la catálisis.
onsiderar sólamente los puntos que reflejan el efecto de la temperatura sobre la reacción catalizada.
lo que se da a un valor de actividad de aproximadamente la mitad del máximo observado a un pH entre 8.5 y 9
se pueden descartar, serían los carboxilatos de Asp y Glu o el grupo SH de una cisteína libre (es decir que no esté formando puente de
que su respuesta).
a valores de pH mucho más alcalinos. En esas condiciones, la desprotonación masiva de muchos aminoácidos, es decir casi todas las his
ente y para un pH de 12 o 13 la enzima presentará una actividad nula. Esto es casi siempre cierto, pero cabe aclarar que algunas prote
egias, por ejemplo, se pueden ordenar los datos de manera que se tienen dos valores de velocidad y dos concentraciones de sustrato pa
una velocidad negativa carece de sentido, porque tendría que generarse sustrato en lugar de desaparecer.
or lo que no podemos trazar rectas, sino que deberíamos trazar curvas en esta figura. Por lo que lo único que podemos decir del tipo d
ncentraciones de sustrato?
ible el inhibidor será menos efectivo y refleja la existencia de un componente competitivo en la inhibición, lo que no significa que la inh
enzima que actúan por un mecanismo semejante a este compuesto, pero descubre que en varios casos los autores emplearon diferen
abría que asumir que el mecanismo de inhibición es el mismo. Esto suele hacerse en la investigación farmacológica, ya que a menudo lo
la enzima ensayada en condiciones idénticas, excepto por la adición del inhibidor en estudio.
o es posible comparar los valores puesto que no fueron medidos bajo las mismas condiciones)
alcule el valor real de la constante de velocidad de la reacción
mbién de 1 y la pendiente de esta gráfica nos indica el valor de la constante de 2do orden.
ta de 3 mL, para este experimento, determine la actividad de la enzima en unidades internacionales y la actividad específica de esta
que la velocidad es proporcional a la Velocidad máxima y a su vez la Vmax es proporcional a la concentración total de enzima añadida
on 25 pmol de enzima en la cubeta
rato muy baja, o sea que nuestro jarabe está muy diluído, deberemos añadir mucha más enzima, puesto que ésta estaría trabajando m
o se refleja en el valor de Km.
o esté formando puente de disulfuro. Aunque los pKa de los grupos R de estos últimos 3 aminoácidos en su forma libre se encuentran r
os, es decir casi todas las histidinas, los tioles y la gran mayoría de lisinas, así como muchas argininas, perderán su carga positiva provo
e aclarar que algunas proteínas de bacterias alcalofílicas y que se encuentran en medios extremos pueden soportar pH cercanos a 14 s
s un antibiótico sintetizado por ciertas bacterias del grupo streptomyces que inhibe a esta enzima. Usando el fosfoenolpiruvato (PEP
ue podemos decir del tipo de inhibición con estos datos es que podría ser complejo y que se necesita más información para determinar
s autores emplearon diferentes concentraciones de PEP para estudiar el efecto del inhibidor. ¿Sería válido comparar los valores de K
cológica, ya que a menudo los compuestos a ensayar son iguales en su estructura química, excepto por uno o dos substituyentes.
actividad específica de esta preparación.
ón total de enzima añadida
ue ésta estaría trabajando muy por debajo de su capacidad máxima. Por otro lado, una alternativa para ahorrar enzima, sería tratar el
forma libre se encuentran relativamente alejados de 7 (4.7 para los carboxilatos y 8 para el tiol), en el interior de las proteínas y espec
derán su carga positiva provocando la desestabilización de numerosos puentes de sal en la proteína, con lo que la estructura se verá sev
o dos substituyentes.
horrar enzima, sería tratar el jarabe concentrado y luego añadir el agua y los otros componentes de su almibar, para tener el producto
rior de las proteínas y especialmente en el sitio activo de las enzimas, se pueden observar desviaciones impertantes de los pKa, causada