UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA

ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA

AMBIENTAL

CURSO:
Biotecnología
INFORME:
INFORME "USO DEL PROGRAMA SNAPGENE, SIMULACION DE UN GEL
DE AGAROSA Y APLICACIÓN DE GENE 16S"
DOCENTE:

Blgo. Soto Gonzales, Hebert Hernan

PRESENTADO POR:
Adriana Fernanda Quiroz Canchaco

MOQUEGUA- PERÚ

2024
 ÍNDICE
1. INTRODUCCIÓN ............................................................................................................................ 3
2. OBJETIVOS ..................................................................................................................................... 3
2.1. Objetivo general .......................................................................................................................... 3
2.2. Objetivos específicos .................................................................................................................. 3
3. MARCO TEÓRICO ......................................................................................................................... 4
3.1. Snapgene ..................................................................................................................................... 4
3.2. Plásmido ..................................................................................................................................... 4
4. METODOLOGÍA ............................................................................................................................. 4
5. RESULTADOS ............................................................................................................................... 10
6. CONCLUSIONES........................................................................................................................... 10
7. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS .............................................................................................. 10
 1. INTRODUCCIÓN
La electroforesis en gel de agarosa se utiliza combinados para separar moléculas en función de su
carga, tamaño y forma. Se trata de un medio de separación eficaz para las biomoléculas cargadas
como el ADN, el ARN y las proteínas. El software SnapGene nos proporciona la manera de realizar
esa simulación utilizando las secuencias de ADN de las cepas bacterianas. SnapGene proporciona
herramientas que le permitir planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de
biología molecular.

La electroforesis es una técnica de laboratorio que se utiliza para separar moléculas de ADN, ARN
o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover
las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los geles para separar ADN suelen estar hechos
de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas pulverizadas.

Por ello, brinda la confianza necesaria con respecto a la eficiencia de tratamiento de secuenciación
de ADN en SNAPGENE.ADN. La electroforesis en geles de agarosa, también llamada
poliacrilamida es una de las metodologías más utilizadas en el laboratorio en todo lo relacionado
con el trabajo con ácidos nucleicos. La electroforesis puede separar fragmentos de ADN y ARN
en función de su tamaño, poder visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma
determinar el contenido de ácidos nucleicos que se encuentra en una muestra, teniendo una
estimación de su concentración y grado de entereza. Podemos además extraer del gel los
fragmentos de ADN que sean de interés, para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones.

2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo general
• Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa, utilizando el software
SnapGene.

2.2. Objetivos específicos

• Aplicar conceptos básicos sobre la secuenciación de ADN, así como el uso de los
programas de simulación.
• Utilizar plataformas digitales como el NCBI.
• Reconocer la interfaz del software SNAPGENE y sus funcionalidades básicas.
 3. MARCO TEÓRICO
3.1. Snapgene
GSL Biotech SnapGene es un programa de biología molecular utilizado para documentar
secuencias de ADN. Es similar a SnapGene Viewer, que es gratuito, pero no ofrece las mismas
funciones avanzadas que SnapGene. Ambos programas están disponibles para Windows, macOS
y Linux.

Este software proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos
sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-Fusion del programa
simula funciones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.

Asimismo, proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de ADN y

soporta una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGenees un gran recurso
de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de ADN.

3.2. Plásmido
Un plásmido es una molécula pequeña de ADN circular que se encuentra en las bacterias y algunos
otros organismos microscópicos. Los plásmidos están separados físicamente del ADN
cromosómico y se replican de manera independiente. Habitualmente tienen un número reducido
de genes (cabe señalar, algunos asociados a la resistencia a los antibióticos), y se pueden transmitir
de una célula a otra.

4. METODOLOGÍA
• Iniciamos ingresando a la página de NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/para poder
identificar nuestras bacterias de nuestro artículo seleccionado.
• UbicamosloscódigosesNuestroartículohttp://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_artt
ext&pid=S2313-29572020000300215&lang=espara poder ubicarlo en nuestra página.

• Procedemos a colocar nuestro nucleótido y nuestro primer código en nuestro NCBI.

• Nos da el dicho resultado de nuestro código.

• En la parte inferior observamos el origen

• Creamos nuestro archivo para nuestro snapgene y lo descargamos en fasta.

• Procedemos a abrir nuestro SnapGene y oprimimos open file para abrir nuestro archivo
guardado

• Seleccionamos nuestra primera secuencia

• Aceptamos los términos para abrir el archivo.

• Nos da el siguiente resultado de la secuencia

• Procedemos a realizar el mismo procedimiento con nuestros 13 códigos.}

• Al culminar nuestros códigos procedemos a realizar la simulación

 • Seleccionamos nuestras 13 secuencias y aceptamos los términos

• Finalmente nos da nuestra secuencia realizada en nuestro SnapGene.

CUESTIONARIO

¿Qué es electroforesis y cuáles son sus aplicaciones?

La electroforesis es una técnica de laboratorio que se utiliza para separar moléculas de ADN, ARN
o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover
las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los poros del gel o la matriz actúa como un
tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas
más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas de una muestra, se usan estándares de
tamaños conocidos que se separan en el mismo gel y luego se comparan con la muestra. (NIH,
2024). Se utiliza en una gran variedad de aplicaciones como en medicina forense para determinarla
identidad de las personas que puedan haber participado en un delito, mediante la vinculación de
su patrón de ADN -su patrón de electroforesis- a uno que esté en una base de datos. El proyecto
genoma humano se llevó a cabo con algo que se llama electroforesis capilar, mediante la
separación de ADN en piezas más cortas y su separación en geles de electroforesis que permite a
los patrones de A, C, T y G ser caracterizados. También hijos muy importantes en la investigación
de proteínas, y en la investigación de mutaciones genéticas, porque cuando las proteínas o el ADN
están mutados, son con frecuencia más o menos largos, y por lo tanto, aparecen en un gel de
electroforesis de manera diferente de lo normal. Las pruebas de diagnóstico para muchos casos
todavía se realizan mediante electroforesis. Es una técnica muy utilizada en la investigación básica,
muy importante para la comprensión de la función de genes y proteínas, pero ahora ha irrumpido
en el área de diagnóstico clínico y forense.

¿Qué es el gen 16s y cuáles son sus aplicaciones?

El ARN ribosómico (ARNr) 16S es la macromolécula más ampliamente utilizada en estudios de

la filogenia y taxonomía bacteriana. Su aplicación como cronómetro molecular fue propuesta de
Carl Woese (Universidad de Illinois) a principios de la década de 1970. Los estudios de Woese
originaron la división de los procariotas en dos grupos o reinos: Eubacteria y Archaeo bacteria,
cuya divergencia es tan profunda como la encontrada entre ellos y los eucariotas. Además,
permitieron establecer las divisiones mayoritarias y subdivisiones dentro de ambos reinos
Posteriormente, Woese introdujo el término dominio para sustituir al reino como categoría
taxonómica de rango superior, y distribuyó a los organismos celulares en tres dominios: Bacteria,
Archaea y Eukarya, el último de los cuales engloba a todos los seres eucariotas. Desde entonces,
el análisis de los ARNr 16S se ha
utilizadoAmpliamenteparacaestablecerlasrelacionesfilogenéticadentrodelmundo procariota,
causando un profundo impacto en nuestra visión de la evolución y, como consecuencia, en la
clasificación e identificación bacteriana. (ELSEVIER, 2004).

Aplicaciones del gen 16 s en la ingeniería ambiental

Identificación de bacterias patógenas en aguas residuales: El análisis del gen 16S en aguas
residuales permite identificar bacterias patógenas que representan un riesgo para la Salud pública,
facilitando la toma de las medidas para prevenir enfermedades transmitidas por el agua. Monitoreo
de la biodegradación de hidrocarburos en suelos contaminados: Mediante el seguimiento de la
Comunidades microbianas del suelo contaminados. hidrocarburos, se puede evaluar la eficiencia
de estrategias biorremediadores para la degradación de estos contaminantes. Estudio del
microbiota intestinal del ganado: El análisis del gen 16S en el microbiota intestinal del ganado
permite comprender su papel en la digestión, la producción de metano y la salud animal,
optimizando la producción ganadera y reduciendo su impacto Ambiental.

5. RESULTADOS
Podemos observar que en nuestras secuencias no hay ninguna observación ya que

tiene un equilibrio constante en nuestras bacterias

6. CONCLUSIONES
Se logró el conocimiento del funcionamiento y las capacidades del software SnapGene.
Desarrollando la capacidad de diseño y simular procesos de electroforesis en gel de agarosa de
manera efectiva, lo cual es importante para la manipulación y análisis de secuencias genéticas en
contextos de investigación biológica. Se adquirió conocimiento sobre las aplicaciones prácticas de
la base de datos del NCBI. (Centro Nacional de Información Biotecnológica), relacionado a
términos de búsqueda y acceso a secuencias genéticas relevantes. Esto es determinante para
complementar y contextualizar los resultados obtenidos en experimentos de biología molecular y
genética. La integración exitosa entre el software SnapGene y la base de datos NCBI proporciona
una Plataforma robusta para la investigación en biología molecular. Esto facilita el diseño y la
ejecución de experimentos de electroforesis en gel de agarosa, mejorando la precisión y eficiencia
en el análisis de muestras genéticas.

7. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS
• Castillo, R., More, F., La Torre, M., Fernández, J., & Mialhe, E. (2020). Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú. volumen 22.
http://dx.doi.org/10.18271/ria.2020.656
• ELSEVIER. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del ARNr 16S:
fundamento,MelocotónyaplicacionesesmicrobiologíaClínica.https://www.elsevier.es/es-
revista-enfermedades-infecciosasmicrobiologia-clinica-28-articulo-identificacion-
bacteriana-mediantesecuenciacion-del-
13059055#:~:text=El%20ARN%20ribos%C3%B3mico%20(ARNr)%2016S,la%20d%C3
%A9cada%20de%2019702.
• PadillaC,DiezYo.,MartínezMETRO.,BárcenaYo.&GarcíaC.Argentinahttps://www.uco.es
/dptos/bioquimica-biol-
mol/pdfs/17%20ELECTROFORESIS%20ACS%20NUCLEICOS%20GELES%20AGA
ROSA.pdf