Química Biológica / Unidad 2

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ENZIMAS
1. Introducción
La vida depende de la existencia de unos catalizadores muy potentes y altamente específicos denominados
enzimas. De hecho, todos los pasos de todos los procesos metabólicos están catalizados por enzimas y la
capacidad catalítica se considera, junto con la capacidad de autorreplicación, una de las características
fundamentales de la vida. Con la excepción de un pequeño grupo de moléculas de RNA catalítico (los
ribozimas), todas las enzimas conocidas son proteínas.
En la actualidad se conocen más de 2000 enzimas diferentes, muchas de las cuales se han aislado en forma
pura. Se utilizan potentes técnicas para conocer su estructura, su funcionalidad y sus mecanismos de
actuación.

2. Las enzimas como catalizadores

La función principal de las enzimas es actuar como catalizadores de las reacciones de los seres vivos. Todas
las reacciones químicas tienen lugar porque cierta fracción de la población de moléculas reactantes poseen
la suficiente energía como para alcanzar un estado activado, llamado estado de transición, en el que es
muy elevada la probabilidad de que se rompan o se establezcan enlaces para formar los productos. Este
estado de transición reside en la cima de la barrera energética que separa los reactantes de los productos,
como muestra la Figura 1. En ella se observa el diagrama de energía para una reacción química, no
catalizada y catalizada, donde la energía libre de activación es la cantidad de energía necesaria para llevar
todas las moléculas de un mol de sustancia, a una temperatura determinada, al estado de transición.

Figura 1.
Evolución energética de una reacción química. Se observa la diferencia energética entre los
estados de transición de las reacciones catalizada y no catalizada.

Existen dos métodos generales mediante los cuales puede acelerarse la velocidad de una reacción química.
Uno de ellos es la elevación de la temperatura (ya que provoca un incremento en la velocidad de las
moléculas); el otro consiste en utilizar un catalizador. El catalizador se combina con los reactantes de modo
transitorio activándolos, produciendo un estado de transición de menor energía que en la reacción no
catalizada. Una vez formados los productos el catalizador queda libre, y puede ser de nuevo utilizado.
La Tabla 1 muestra una comparación de las energías de activación para la descomposición del peróxido de
hidrógeno, en ausencia o presencia de un catalizador. En ella se puede apreciar cómo el catalizador
enzimático baja aún más la barrera energética que ha de superarse desde el nivel de reactivos para alcanzar
el estado de transición. Esta es una característica común de las enzimas. Su alto poder catalítico se debe en
parte a su alta especificidad por los sustratos, la cuál puede ser absoluta para un único sustrato o relativa,
cuando permite la reacción de compuestos diferentes pero con una estructura similar.
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Tabla 1
Descomposición enzimática del agua oxigenada. comparación de las energías de activación para la
descomposición del peróxido de hidrógeno, en ausencia o presencia de un catalizador

Reacción Catalizador Temperatura Energía

(ºC) (Kcal/mol)

Descomposición Ninguno 20 18
de H2O2
Fe2+ 22 10
Catalasa 22 1,7

La especificidad de las enzimas es muy importante para los seres vivos. Cada célula contiene varios cientos
de miles de compuestos diferentes, y existen muchas combinaciones posibles entre las reacciones químicas
que estos compuestos pueden experimentar. Las enzimas cuidan de que tengan lugar, de manera específica,
aquellas reacciones que son esenciales e indispensables para que la célula viva.
Además de la especificidad y la alta eficiencia, otras dos características que diferencian a las enzimas de los
catalizadores químicos, son que las enzimas pueden saturarse por sustrato y tienen capacidad para regular
su actividad.

3. Nomenclatura y clasificación de las enzimas

Muchas enzimas han sido designadas añadiendo el sufijo -asa al nombre del sustrato, es decir, la molécula
sobre la cuál ejerce su actividad catalítica. Por ejemplo la ureasa cataliza la hidrólisis de la urea, y la
arginasa cataliza la hidrólisis de la arginina (a urea y ornitina). Otras enzimas han recibido su nombre en
función del tipo de reacción que catalizan; así la Gliceraldehído-3P-deshidrogenasa cataliza la oxidación del
la Gliceraldehído-3P. Incluso algunas se conocen de hace mucho tiempo y mantienen su nombre, sin dar
información alguna del sustrato o la reacción que catalizan (tripsina).
No obstante existe una clasificación sistemática de las enzimas que las divide en 6 grandes grupos, cada
uno de los cuales se divide a su vez en subclases:
1: Oxido-reductasas (reacciones de oxido-reducción)
2: Transferasas (transfieren grupos funcionales)
3: Hidrolasas (reacciones de hidrólisis),
4: Liasas (reacciones de adición a los dobles enlaces)
5: Isomerasas (reacciones de isomerización)
6: Ligasas (formación de enlaces con consumo de ATP).

4. Cofactores enzimáticos
La actividad de algunas enzimas depende solamente de su estructura como proteína, mientras que otras
necesitan, además, uno o más componentes no proteicos, llamados cofactores. El cofactor puede ser un ion
metálico o bien una molécula orgánica, llamada coenzima, aunque algunos enzimas necesitan de ambos. El
cofactor puede estar fuertemente unido a la proteína (suele ser el ión metálico, aunque puede igualmente ser
un coenzima) y recibe entonces el nombre de grupo prostético, o débilmente unido, por lo que en realidad
actúa como un sustrato específico de la enzima (co-sustrato; suele ser una molécula orgánica, coenzima). La
Tabla 3 muestra una relación de iones metálicos que actúan como cofactores de enzimas.
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Tabla 3: Iones metálicos como cofactores.

La Tabla 4 muestra algunos de los coenzimas más habituales en la catálisis enzimática.

Tabla 4: Algunas coenzimas mayoritarias en catálisis enzimática.

En las enzimas el cofactor puede actuar como centro catalítico primario, grupo puente para reunir el sustrato
y la enzima ó agente estabilizante de la actividad enzimática (conformación).
Por su parte cada uno de los coenzimas catalogados suele contener en su estructura, alguna vitamina
(sustancias orgánicas que, en cantidades mínimas, son vitales para el funcionamiento de todas las células, y
deben figurar en la dieta de algunas especies) o molécula derivada de ella. Los coenzimas actúan por lo
general como transportadores intermedios de átomos específicos o de electrones.

5. Modelos de actuación de las enzimas

Para explicar la actividad catalítica de las enzimas, se ha propuesto un mecanismo general, en dos etapas:
S + E ES P + E
En la primera etapa, la enzima (E) se une a la molécula de sustrato (S), para formar el complejo enzima-
sustrato (ES). En una segunda etapa, el complejo se fragmenta dando lugar al producto (P) y a la enzima
(E), que vuelve a estar disponible para reaccionar con otra molécula de sustrato. Por lo general, la molécula
de enzima es mucho mayor que la del sustrato por lo que sólo una pequeña parte de la enzima está
implicada en la formación del complejo; esta región que interacciona con el sustrato y en la que tiene lugar la
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reacción, se denomina sitio activo de la enzima. El sitio activo es una región tridimensional de la enzima
con una distribución de los grupos única para posibilitar la unión a su sustrato específico. Dichos grupos del
enzima no tienen por qué ser necesariamente consecutivos en la secuencia de la proteína y reciben el
nombre de centros catalíticos.
El modelo más conocido sobre el mecanismo de reacción de las enzimas es el de Fischer, quien propuso
que la molécula de sustrato se adapta al centro activo de la enzima del mismo modo que lo haría una llave al
encajar en una cerradura, es decir, que tienen una relación estructural complementaria (Figura 2). No
obstante, esta hipótesis tiene ciertas limitaciones: si el centro activo posee una estructura prediseñada para
el sustrato, en caso de que sea reversible el proceso dicho debería estar perfectamente diseñado para que
también encaje el producto de la reacción. De la misma forma, la teoría de la llave-cerradura tampoco
explica bien el fenómeno de la inhibición enzimática.

Figura 2.
Modelos de acción enzimática.
Modelo llave-cerradura de Fischer.

Otra hipótesis más aceptada actualmente es la del enzima flexible o de ajuste inducido (modelo de
Koshland), que sugiere que el sitio activo no necesita ser una cavidad geométricamente rígida y
preexistente, sino que dicho sitio activo debe tener una disposición espacial, precisa y específica, de ciertos
grupos de la enzima que en presencia del sustrato se adaptan a su estructura cuando interaccionan con él
(Figura 3).

Figura 3.
Modelos de acción enzimática.
Modelo de ajuste inducido
de Koshland.

Independientemente del modelo, una vez formado el complejo enzima sustrato, mediante un mecanismo de
distorsión, se activan los enlaces que hay que romper y se aproximan los grupos que hay que enlazar,
favoreciendo la formación del producto resultante de la reacción catalizada y quedando la enzima libre para
comenzar de nuevo el proceso catalítico. La Figura 4 muestra el caso de una enzima que nos sirve para
ilustrar el modelo de Koshland, en ella se puede ver como en el sitio activo, en el que se encuentran los
centros catalíticos y el cofactor (Zn), posee una conformación inicial que se modifica al interaccionar con el
sustrato y formal el complejo [ES.

Figura 4.
Modelo de ajuste inducido
deKoshland.
Carboxipeptidasa.
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6. Cinética enzimática.
Los principios generales de la cinética de las reacciones químicas son aplicables a las reacciones catalizadas
por las enzimas, en los seres vivos. No obstante, estas muestran (además del fenómeno de la especificidad,
antes comentado) un rasgo característico que no se observa en los catalizadores no enzimáticos, se trata de
la saturación por el sustrato, entendida en términos de ocupación de los centros activos de todas las
moléculas de enzima.
Estudiar el efecto de la concentración de sustrato sobre la actividad de una enzima no es sencillo si
pensamos que lógicamente la concentración del sustrato disminuye según avanza la reacción. Una
simplificación en los experimentos cinéticos consiste en medir la velocidad inicial (Vo). Si el tiempo es
suficientemente corto la disminución de sustrato será mínima y ésta podrá considerarse, por tanto, casi
constante. La Figura 5 muestra el efecto de distintas concentraciones de sustrato sobre la velocidad inicial de
la reacción catalizada por un enzima.

Figura 5.
Cinética enzimática.
Modelo de Michaelis-Menten.

En la cinética enzimática de la Figura 5 se distinguen tres fases:

 Para una concentración baja de sustrato, la velocidad de la reacción es directamente proporcional a
la concentración del sustrato (relación lineal), la cinética es de primer orden.
 Para una concentración alta de sustrato, la velocidad de la reacción se hace prácticamente constante
e independiente de la concentración de sustrato, la cinética se considera de orden cero.
 Para concentraciones de sustrato intermedias la velocidad del proceso deja de ser lineal, y a esta
zona se la denomina de cinética mixta.
Este comportamiento es característico de la mayoría de las enzimas y fue estudiado por Michaelis y Menten
en 1913. La velocidad de una reacción catalizada nos indica la cantidad de sustrato consumido, o producto
formado, por unidad de tiempo.
La curva que expresa la relación entre la concentración de sustrato y la velocidad inicial tiene la misma
forma para la mayoría de las enzimas; se trata de una hipérbola rectangular, cuya expresión algebraica viene
dada por la Ec. Michaelis-Menten.

Los términos Vmax (velocidad máxima) y Km (constante de Michaelis) son dos parámetros cinéticos

característicos de cada enzima, que pueden determinarse experimentalmente. La velocidad máxima se

obtiene cuando la velocidad de reacción se hace independiente de la concentración de sustrato. Este valor
depende de la cantidad de enzima que tengamos. La Km nos indica la concentración de sustrato a la cuál la
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velocidad de reacción es la mitad de la velocidad máxima, este parámetro es independiente de la

concentración de enzima, y es característico de cada enzima según el sustrato utilizado (si tiene varios).
A partir de esta ecuación podemos explicar matemáticamente las tres fases de la curva de Michaelis.
 A baja [S (es decir, si Km >>> [S) el término Km+[S podemos aproximarlo a la Km, quedando un
expresión del tipo:
V = k’ [S
Esta es una cinética de primer orden, que se caracteriza por una variación lineal de la V respecto al
tiempo.
 A altas [S (es decir, Km<<<<[S) despreciaríamos Km frente a [S, con lo que V = Vmax (que sería
constante); la cinética es de orden cero y se habría alcanzado la saturación por sustrato.
 El tramo intermedio, en el que la [S  Km correspondiente a una cinética de orden mixto y se ajusta
a la ecuación de Michaelis.
En muchos casos es de vital importancia conocer estos parámetros cinéticos. En principio, podrían obtenerse
de forma poco rigurosa a partir de la curva de Michaelis Menten, pero existen métodos gráficos más fiables
que facilitan el cálculo preciso de Km y la Vmax. Los cálculos se hacen en base a transformaciones
matemáticas de la ecuación de Michaelis; una de las expresiones más utilizadas es la representación de
Lineweaver-Burk, también conocida como de dobles inversos (Figura 6). En esta forma de cálculo se
representa 1/V frente a 1/S, obteniéndose una recta cuya intersección con el eje X es –1/Km y con el eje Y
es 1/Vmax, siendo la pendiente Km/Vmax.

Figura 6.
Cinética enzimática.
Representación de Lineweaver-Burk.

7. Inhibición enzimática
Existen sustancias que pueden impedir que la enzima desarrolle su actividad catalítica, ralentizando o
paralizando la reacción enzimática. A estas sustancias se las denomina inhibidores enzimáticos. Teniendo en
cuenta que las reacciones químicas en la célula están catalizadas por enzimas, es fácil intuir el papel de
muchos inhibidores enzimáticos que actúan como fármacos, antibióticos o conservantes; otros pueden ser
tóxicos, potentes venenos. Por ejemplo, la aspirina (acetilsalicilato) inhibe la enzima que cataliza el primer
paso en la síntesis de prostaglandinas, implicadas en la producción del dolor.
Se conocen dos tipos principales de inhibición: la reversible y a la irreversible. La primera implica una unión
“no covalente” del inhibidor y, por lo tanto, siempre puede revertirse. En la inhibición irreversible, el inhibidor
se une al enzima de forma “covalente” y permanente.

Inhibición reversible: los distintos modelos de inhibición reversible implican todos, la unión no covalente del
inhibidor con la enzima, pero difieren en los mecanismos por medio de los cuales reducen la actividad
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enzimática y en la forma en que afectan a la cinética de la reacción. Entre ellos están la inhibición
competitiva, la acompetitiva y la no competitiva.
 El inhibidor competitivo, es una sustancia similar en estructura al sustrato, con quien compite por el
sitio activo de la enzima.
K1 K2
E+S ES E+P
K-1

Ki
ES+I EIS

Como consecuencia, aunque la velocidad máxima no se altera, para alcanzarla sería necesario
poner más cantidad de sustrato en el medio de reacción. La eficacia de un inhibidor competitivo
depende de su concentración respecto a la del sustrato. Si hay un exceso de inhibidor éste bloqueará
los centros activos de las moléculas de enzima, resultando una inhibición total. No obstante, el
proceso es reversible si se procura exceso de sustrato, que desplazaría totalmente al inhibidor.
 El inhibidor acompetitivo reacciona con la enzima en un punto distinto al centro activo, pero sólo en
el caso de que ésta esté unida al sustrato formando el complejo ES, de esta forma impide que la
enzima desarrolle su actividad catalítica.

K1 K2
E+S ES E+P
K-1

Ki
ES+I EIS

 El inhibidor no competitivo puede combinarse tanto con la enzima libre como con el complejo
enzima-sustrato, sin afectar al sitio activo de la enzima.

K1 K2
E+S ES E+P
K-1

Ki
E+I EI
Ki2
ES+I EIS

Al no unirse el inhibidor al sitio activo, no se afecta la afinidad de la enzima por el sustrato y en este
caso la Km no se altera y la Vmax disminuye.

En la inhibición irreversible, el inhibidor se une covalentemente a la enzima y la inactiva de manera

irreversible. Casi todos los inhibidores irreversibles son sustancias tóxicas naturales o sintéticas. Se trata de
sustancias que reaccionan con algún grupo funcional importante para la catálisis, bloqueándolo e impidiendo
que la enzima desarrolle su actividad. En muchos casos la interacción se produce a través del sitio activo,
impidiendo de manera irreversible que el sustrato ocupe su lugar; tal es el caso del gas Sarín, que inhibe
irreversiblemente enzimas implicadas en la transmisión del impulso nervioso y su inhalación causa parálisis
rápida de las funciones vitales.
K1 K2
E+S ES E+P
K-1
E+I EI
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En la inhibición irreversible, cuando el inhibidor afecta al sitio activo se observaría una situación similar a la
inhibición competitiva, una disminución de la Vmax y un aumento aparente de la Km, si bien el proceso sería
completamente irreversible por sustrato, incapaz éste de desplazar al inhibidor del sitio activo. La inhibición
enzimática por modificación covalente constituye además una importante forma de regulación metabólica,
como veremos más adelante.

8. Reacciones multisustrato:
Las reacciones hasta ahora estudiadas son del tipo S-P, un mecanismo relativamente simple con un solo
sustrato que podría ajustarse a reacciones catalizadas por algunas enzimas pero es importante tener en
cuenta que la gran mayoría de las reacciones son multisustrato y suelen dar varios productos. Cuando una
enzima une dos o más sustratos y libera múltiples productos, el orden de los pasos para a ser una
característica importante del mecanismo de reacción. Hay distintos mecanismos que explican este tipo de
reacciones, por ejemplo casos en los que se utilicen dos sustratos S1 y S2 y se obtengan dos productos P1 y
P2.
a) Unión ordenada de los sustratos: en este caso un sustrato debe unirse antes de que el segundo
sustrato pueda unirse.
b) Unión aleatoria de los sustratos: en este caso cualquiera de los dos sustratos puede ser el primero en
unirse a la enzima.
c) Mecanismo “ping-pong”: en este caso primero se une un sustrato, se libera el primer producto, y a
continuación se une el segundo sustrato para así liberar el segundo producto.

9. Regulación enzimática
Una característica que diferencia las enzimas de los catalizadores químicos convencionales es su capacidad
para regular su propia actividad. Una enzima puede ser más o menos activa gracias a la existencia de
distintos niveles de regulación:
 Nivel de síntesis: que haya más o menos moléculas de la enzima.
 Nivel de actividad: que las moléculas de enzima existentes estén más o menos activas. Puede
llevarse a cabo por factores extrínsecos a la enzima, pH, Tª, [S, [I, o por factores intrínsecos a la
propia enzima; en este caso hablamos de enzimas reguladoras, enzimas que por su propia
naturaleza tienen mecanismos especiales de regulación. Están especializadas en regularse
respondiendo de forma muy sensible a señales externas.

Enzimas reguladoras: En la célula las enzimas operan en grupo, en rutas constituidas por varios pasos
enzimáticos. En cada ruta hay al menos una enzima reguladora que determina la velocidad de toda la ruta.
La modulación de las enzimas reguladoras ocurre mediante diferentes mecanismos: enzimas alostericas,
enzimas interconvertibles.
Enzimas alostéricas: las proteínas alostéricas son las que presentan otras conformaciones inducidas por la
unión de moduladores, en las enzimas reguladoras los cambios conformacionales interconvierten formas
más o menos activas. Los moduladores pueden ser inhibidores o estimuladores. En algunos casos el mismo
sustrato puede ser el modulador, la unión del sustrato origina cambios conformacionales que afectan la
actividad posterior de otros sitios en la proteína. Cuando el modulador es otra molécula diferente del sustrato,
los moduladores alostéricos no deben confundirse con los inhibidores acompetitivos y mixtos, estos últimos
no necesariamente producen cambios conformacionales.
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Las propiedades de las enzimas alostéricas son

muy diferentes a las enzimas comunes, sobre
todo en la estructura, porque además de los sitios
activos las reguladoras tienen otros sitios
reguladores o alostéricos para la fijación del
modulador siendo este sitio regulador muy
específico para solo su modulador. Las enzimas
con varios moduladores tienen generalmente
diferentes sitios de fijación específicos para cada
uno de ellos.

En algunos sistemas multienzimáticos la enzima reguladora es inhibida en forma específica por el producto
final de la ruta metabólica, siempre que este, el producto final, se acumule en exceso a las necesidades de la
célula. Cuándo la reacción de la enzima reguladora se hace lenta, todas las enzimas posteriores (no
reguladoras) operan a velocidad reducida, ya que sus sustratos se encuentran en menor concentración. De
esta forma se equilibra la velocidad de formación del producto final con las necesidades de la célula.
Este tipo de regulación se denomina “retroinhibición”. La acumulación del producto final de la ruta hace que
toda la ruta funcione más lentamente.

Enzimas modificadas en forma covalente: otra clase importante de enzimas reguladoras, la actividad se
modula por modificación covalente de la molécula enzimática. Pro lo general los grupos modificadores se
unen y se eliminan de la enzima por acción de otras enzimas, estos grupos pueden ser el fosforilo, adenililo,
uridililo entre otros, aunque la fosforilación es la más frecuente.