Guia de Laboratorio #3 Bioinformatica IIPAC 2024 (2) bruh

Análisis Bioinformático
Con el uso de las herramientas bioinformáticas y el manejo de las bases

de datos aprendidas en el laboratorio, disponibles en el NCBI, completa la
siguiente información que se presenta a continuación:
1. BÚSQUEDA DEL GEN Y DISEÑO DE PRIMER

Tomando en cuenta el gen 16S Ribosomal RNA ingresa al sitio principal del GenBank y en el
apartado selecciona la opción nucleótido, realiza una búsqueda de la secuencia de referencia para
la bacteria Escherichia coli y según los resultados obtenidos a continuación completa la siguiente
información:
a) Locus o código de referencia: NR_024570
b) Tamaño en pares de bases (pb) de la secuencia lineal de rRNA: 1450 bp
c) Secuencia en formato FASTA:
>NR_024570.1 Escherichia coli strain U 5/41 16S ribosomal RNA, partial sequence
AGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAG
TCGAACGGTAACAGGAAG
CAGCTTGCTGCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAA
CTGCCTGATGGAGGGGGA
TAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGCACAAAGAGG
GGGACCTTAGGGCCTCTT
GCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCAC
CTAGGCGACGATCCCTAG
CTGGTCTGAGAGGATGACCAGCAACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTC
CTACGGGAGGCAGCAGTG
GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCNGCGTGTATGA
AGAAGGCCTTCGGGTTGT
AAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCATTGA
CGTTACCCGCAGAAGAA
GCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG
TTAATCGGAATTACTGGGC
GTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCA
ACCTGGGAACTGCATCTG
ATACTGGCAAGCTTGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGG
TGAAATGCGTAGAGATCT
GGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAG
GTGCGAAAGCGTGGGGAGC
AAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGA
GGTTGTGCCCTTGAGGCG
TGGCTTCCGGANNTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA
AGGTTAAAACTCAAATGAA
TTGACGGGGGCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGC
GAAGAACCTTACCTGGTC
TTGACATCCACGGAAGTTTTCAGAGATGAGAATGTGCCTTCGGGAACCGTGA
GACAGGTGCTGCATGGCT
GTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC
CCTTATCCTTTGTTGCCA
GCGGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAG
GTGGGGATGACGTCAAGTC
ATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAA
GAGAAGCGACCTCGCGAG
AGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC
GACTCCATGAAGTCGGAA
TCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTG
TACACACCGCCCGTCACA
CCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACTTCGGGAGGGCG
DISEÑO DE PRIMERS
a. Gráfico de los primers obtenidos

b. Tomando en cuenta el tamaño total del gen 16S Ribosomal en un ensayo invitro para
amplificar mediante PCR un fragmento de aproximadamente 600 pb que juego de primers
utilizaría
Datos del juego de primers seleccionado:
Secuencia Forward primer:

Secuencia Reverse primer;
Tamaño (pb) específico del fragmento amplificado:
2. EVALUACIÒN DE LOS PRIMERS SELECCIONADOS

Antes de realizar la amplificación de la sección del gen de interés siempre es importante corroborar
parámetros que son importantes entre cada primers. Su diseño de PCR será con el empleo de la
enzima Taq-polimerasa y el uso de buffer estándar cada primers se emplearà a una concentración
de 100nM. A partir de los datos descritos anteriormente muestre una captura de pantalla
explicando los resultados obtenidos:
3. Secuencia Proteica 16S rRNA
Base de Datos Protein
Ingresa al sitio principal de la NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y en la columna derecha frente

a tu monitor da clic sobre la base de datos protein (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/) realiza
una búsqueda de la proteína Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA
Del genero Pseudomonasy según los resultados obtenidos a continuación completa la siguiente
información:
Cantidad de aminoácidos que la componen: 434 aa

Secuencia de aminoácidos:
>OHQ68137.1 16S rRNA (cytosine(967)-C(5))-methyltransferase
[Pseudomonas aeruginosa]
MNPRLAACQALAAVLAGRASLSGALPPQLDKVAPRDRGLTQELAFGAARWQPRLQALAARLLQKPF
KAAD
TDIHALLLIGLYQLLYTRIPPHAAIGETVGCADKLKKGWAKGVLNAVLRRAQREGETLLAEVDRDP
SARL
GHPRWLLKALKQAWPEQLDALCAANNAHPPMTLRVNRRHGERDAYLAELAEAGIEARACDYSRDGI
QLAA
PRDVRELPGFAEGRVSVQDEAAQLAAELLESAPGQRVLDACCAPGGKTCHLLETQPELAEVVAVDL
EESR
LVRVRENLQRLGLQASLVAADARATGEWWDGKPFQRILLDAPCSATGVIRRHPDIKLARKPEDIAA
LAHL
QGELLDALWPTLEVGGVLLYATCSVMPAENSDSIAAFLARTPGARELDLPGPWGMKQPHGRQLLPQ
VEGH
DGFYYAKLIKISAR
4. Base de Datos Nucleotide
Posteriormente ingresa a la base de datos nucleotide (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) y

a continuación coloca la secuencia de nucleótidos Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA que
componen a dicha secuencia que sintetiza para la proteína 16S:
Nota: si la secuencia es muy larga solo copia un fragmento a partir del símbolo `>` y su
código de acceso incluyendo la descripción completa de la secuencia encontrada.
Locus: NR_026078
Tamaño (pb): 1537 bp
Secuencia de Nucleótidos:
>NR_026078.1 Pseudomonas aeruginosa strain DSM 50071 16S ribosomal

RNA, complete sequence
GAACTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCAGCAGGGGCCTTCAACACATGCAAGTC
GAG
CTTATGAAGGGAGCTTGCCTTGGATTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGT
AGT
GGGGGATAACGTCCGGAAACGGCCGCTAATACCGCATACGTCCTGAGGGAGAAAGTCGGGGATCTTC
GGA
CCTCACGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGAC
GAT
CCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAG
GCA
GCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCT
TCG
GATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTAAGTTAATACCTTGCTGTTTGACGTTACCAA
CAG
AATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAAT
TAC
TGGGCGTAAAGCGCGCGTAAGTGGTTCAGCAAGCTTGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAAC
TGC
ATCCAAAAGCTACTGAGCTAGAGTACGGTAGAGGTGGTAGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGT
AGA
TATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGTACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGT
GGG
GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGATCCT
TGA
GATCTTAGTGGCGCACGTAACGCGATAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTC
AAA
TGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTT
ACC
TGGCCTTGACATGCTGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACAGAGACACAGGTGCT
GCA
TGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTT
AGT
TACCAGCACCTCGGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGAC
GTC
AAGTCATCATGGCCCTTACGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAA
GCC
GCGAGTGGGAGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGA
AGT
CGGAATCGCTAGTAATCGTGAATCAGAATGTCACGGTGAATACGTCCCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCG
TCACACCATGGGAGTGGGTTGCTCCAGAAGTAGCTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGGTTACCACGGA
GTG
ATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTA
5. Búsqueda de Homología de Secuencias

BLASTn
A continuación, con la composición de nucleótidos correspondiente a Escherichia coli 16S

rRNA y Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA realiza un análisis de búsqueda de homología
entre ambas bacterias para el gen 16S empleando Blastn
(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) y completa los siguientes aspectos mostrando una
captura de pantalla con la explicación de los siguientes resultados:
1. Descripción de la secuencia:
2. Resultado de Gráfico:
3. Resultado de Alineamiento
6. Alineamiento Múltiple de Secuencia
MUSCLE
A continuación, realizaras un análisis de alineamiento de secuencias múltiples empleando la
herramienta MUSCLE (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/) dicho alineamiento se realizará a
través de la búsqueda de la secuencia 16S para los siguientes individuos:
1. Escherichia coli 16S rRNA 7. Helicobacter pylori 16S rRNA
2. Staphylococcus aureus 16S rRNA 8. Salmonella enterica 16S rRNA
3. Klebsiella pneumoniae 16S rRNA 9. Enterococcus faecium 16S rRNA
4. Acinetobacter baumannii 16S rRNA 10. Streptococcus pneumoniae 16S rRNA
5. Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA 11. Mycobacterium tuberculosis 16S
6. Bacillus subtilis 16S rRNA rRNA
12. Listeria monocytogenes 16S rRNA
Ahora mostraras una captura de pantalla de los siguientes resultados con su respectiva
interpretación:
1. Alineamiento en formato HTML:
2. Alineamiento en formato PEARSON/FASTA:
3. Resultado de la construcción del árbol filogenético

7. Predicción de Estructura Molecular
UniProt
Ahora con la ayuda de la herramienta (https://www.uniprot.org/) realizaremos la predicción de la

estructura de la proteína H U - a l p h a E s c h e r i c h i a c o l i ( s t r a i n K 1 2 ) , por lo tanto, deberá
presentar una captura de pantalla con su respectiva interpretación:
1. Resultado general de la predicción:
Alpha Fold:
Interprot:
8. Identificación de motivos conservados
MEME
Ahora con la ayuda de la herramienta MEME (https://meme-suite.org/meme/tools/meme) y

tomando en cuenta las siguientes secuencias de las proteínas, realizaras la búsqueda de 15
motivos mostrando los siguientes resultados:
Proteína:
1. Escherichia coli 16S rRNA
2. Pseudomonas aeruginosa 16S rRNA
1. Resultado HTML:
a) Patrón de plegamiento:
b) Ubicación de los motivos:
c) Tabla de nomenclatura para aminoácidos que conforman la proteína:

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1. BÚSQUEDA DEL GEN Y DISEÑO DE PRIMER

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b) Tamaño en pares de bases (pb) de la secuencia lineal de rRNA: 1450 bp

c) Secuencia en formato FASTA:

a. Gráfico de los primers obtenidos

Datos del juego de primers seleccionado:

Secuencia Forward primer:

2. EVALUACIÒN DE LOS PRIMERS SELECCIONADOS

3. Secuencia Proteica 16S rRNA

Base de Datos Protein

Ingresa al sitio principal de la NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y en la columna derecha frente

Cantidad de aminoácidos que la componen: 434 aa

4. Base de Datos Nucleotide

Posteriormente ingresa a la base de datos nucleotide (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) y

Tamaño (pb): 1537 bp

>NR_026078.1 Pseudomonas aeruginosa strain DSM 50071 16S ribosomal

5. Búsqueda de Homología de Secuencias

A continuación, con la composición de nucleótidos correspondiente a Escherichia coli 16S

1. Alineamiento en formato HTML:

2. Alineamiento en formato PEARSON/FASTA:

3. Resultado de la construcción del árbol filogenético

Ahora con la ayuda de la herramienta (https://www.uniprot.org/) realizaremos la predicción de la

1. Resultado general de la predicción:

Ahora con la ayuda de la herramienta MEME (https://meme-suite.org/meme/tools/meme) y

b) Ubicación de los motivos:

c) Tabla de nomenclatura para aminoácidos que conforman la proteína:

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