Fue rápidamente liberado luego de algunos días junto a Alejandro Toledo. Luego de eso pidió al gobierno que negociara la paz con el MRTA.
El proceso seguido en su contra fue anulado y reiniciado por lo que en junio de 2006 obtuvo una condena a 24 años en prisión. junto con otros miembros de la cúpula senderista y del MRTA.
La revolución imposible. -- Lima: EMISA, 1988. Los topos: la fuga del MRTA de la prisión de Canto Grande. -- Lima: Mosca Azul, 1991.
En los 60s fueron los enfrentamientos entre el ejército peruano y el MIR, y en los 80s y 90s sufrieron la actividad terrorista del MRTA y Sendero Luminoso.
En marzo del 2006 Isaac se mostró partidario de amnistiar a los líderes terroristas presos en cárceles peruanas: Abimael Guzmán Reynoso, de Sendero Luminoso, y Víctor Polay Campos, del Movimiento Revolucionario Tupac Amaru (MRTA).
Los elementos radicales entre los estudiantes regresaron rápidamente y, a mediados de los años 1980, las principales organizaciones terroristas del país, Sendero Luminoso y el MRTA, tuvieron una fuerte presencia en dicho campus.
Más allá del hecho mismo, la repercusión obtenida por el Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA), a nivel nacional e internacional, constituyó un duro cuestionamiento no sólo a la estrategia antisubversiva del gobierno, sino también a la capacidad operativa de las autoridades policiales y penales.
Debió enfrentar los efectos desastrosos del Fenómeno del Niño, el surgimiento de los grupos terroristas de Sendero Luminoso y el MRTA, y el agravamiento de la crisis económica que ocasionó una oleada de huelgas y paros laborales.
Actualmente se encuentra purgando su condena en la prisión de máxima seguridad ubicada en la Base Naval del Callao junto con cabecillas de la agrupación senderista y del MRTA.
A inicios de los años 1990, debido a un retiro estratégico del MRTA y a la fragmentación de los otros grupos izquierdistas en el campus (tanto legales como ilegales) Sendero Luminoso logró tener un rol predominante.
l Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA) fue una organización terrorista peruana de corte marxista-leninista, fundada en 1984 e inspirada en las guerrillas izquierdistas de otros países de la región, que inició su accionar terrorista en julio de 1985.
En conjunto con otras agrupaciones terroristas autodenominadas revolucionarias de la misma época como Sendero Luminoso, el MRTA se sirvió de asesinatos y atentados con coches bomba para aterrorizar a la población urbana.