Le Diagnostic

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Le diagnostic

 le diagnostic des candidoses profondes reste difficile. Malgré la


mise à disposition récente de nouveaux antifongiques, ces
infections restent associées à une mortalité préoccupante, en
grande partie liée à la difficulté d’établir un diagnostic précoce.
En effet, le pronostic des infections fongiques invasives est
étroitement lié à la précocité d’instauration du traitement et
donc du diagnostic. Le diagnostic biologique des candidoses
repose d’abord sur un examen direct des produits biologiques,
qui vise à mettre en évidence la présence de blastospores ou de
formes mycéliennes de Candida . La valeur de cet examen varie
en fonction du type de prélèvement, et le caractère pathogène
de la levure ne pourra être affirmé qu’après confrontation des
résultats au contexte clinique. Parallèlement, une mise en
culture sur milieu(x) spécifique(s) sera réalisée, permettant
d’isoler le micro-organisme. Dans un second temps, il
conviendra d’identifier précisément l’(les) espèce(s)
de Candida en cause, en faisant appel aux techniques
conventionnelles (tests biochimiques et immunologiques) ou
aux nouvelles technologies (biologie moléculaire et
protéomique). L’étude de la sensibilité aux antifongiques ne
sera envisagée que dans certaines circonstances (infections
profondes ou récidivantes, exposition préalable aux
antifongiques azolés). En l’absence de prélèvement(s)
profond(s) disponible(s), les techniques indirectes (recherche
d’anticorps, d’antigènes ou d’acides nucléiques) seront d’une
aide précieuse au diagnostic de candidose profonde.
Revue Francophone des Laboratoires
Volume 2013, Issue 450, March 2013, Pages 47-61
Le diagnostic est fait du vivant du malade dans seulement 15-40
% des cas.
Les hémocultures sont négatives dans 50 % des candidoses
généralisées. Toute hémoculture positive doit être traitée.
Les tests immunologiques Candida , antigène et
anticorps Candida, permettent d'orienter le diagnostic .
Le dosage du β-D-glucane 2 fois/sem. chez un patient fébrile
très immunodéprimé (aplasie prolongée, etc.) peut permettre de
suspecter le diagnostic et de débuter un traitement
précocement, le β-D-glucane n'est pas spécifique du Candida ,
produit par d'autres champignons : Pneumocystis , Aspergillus ,
etc.
Guide de thérapeutique Perlemuter
10e édition
, 2019

Méthodes de diagnostic biologique des candidoses


systémiques+00

2.1. Examen mycologique
2.1.1. Prélèvements
Les prélèvements doivent être faits avant tout traitement antifongique,
d'une façon stérile et acheminés le plus rapidement possible au
laboratoire pour éviter une éventuelle multiplication des
levures [2], [4] :

le prélèvement sanguin est réalisé en première intention. Le sang
est ensemencé directement sur milieu de culture (Sabouraud
liquide ou autre milieu). Le volume du sang recommandé est de
10 ml ;

d'autres prélèvements peuvent être nécessaires à la demande
diagnostique :

des prélèvements aux portes d’entrées possibles (cathéters,
sondes, valves…) ;

des prélèvements de divers liquides biologiques (liquide
céphalorachidien, liquide bronchoalvéolaire, urines…) ;

des fragments de biopsies (cutanée, hépatique, pulmonaire…)
qui sont réalisés selon des arguments cliniques et radiologiques.
La biopsie doit être partagée en deux fragments : un fragment,
fixé dans du liquide de Bouin ou du formol, sera destiné à
l'examen histopathologique, L'autre, placé dans du sérum
physiologique stérile, permettra l'examen mycologique ;
2.1.2. Examen direct
Il consiste à la recherche des levures bourgeonnantes associées
ou non à des pseudofilaments.

Pour l’examen direct des prélévement liquides notamment


l’hémoculture , un examen entre lame et lamelle un frottis
réalisé et coloré au Giemsa , les levures apparaissent colorées en
bleu violet

2.1.3. Culture
Elle est indispensable puisqu'elle permet :

●l'augmentation de la sensibilité de l'examen direct ;

●l'identification de la levure en cause ;

●la numération des levures nécessaire à l'interprétation des


résultats ;

●la réalisation de l'antifongigramme.


L'ensemencement se fait habituellement sur milieu Sabouraud–
chloramphénicol–actidione, en plus du milieu Sabouraud–
chloramphénicol. L'incubation se fait à 37 °C. La lecture se fait
au bout de 24 à 48 heures [2], [4]. L'examen macroscopique des
cultures montrera des colonies blanches, humides. Leur examen
microscopique mettra en évidence des levures bourgeonnantes.
L'hémoculture qui est un examen clé dans le diagnostic des
candidoses systémiques reste de sensibilité faible (40 à 60 %)
malgré le développement des systèmes récents pour améliorer
la sensibilité<aza des hémocultures (système Isolator [lyse–
centrifugation], automates). Ce qui implique qu'une
hémoculture négative n'élimine pas le diagnostic d'une
candidose systémique. Cependant, une seule hémoculture
positive confirme
le diagnostic [6], [16], [17].
La méthode de lyse–centrifugation comporte une étape de lyse
des cellules sanguines puis, une centrifugation pour se
débarrasser du surnageant et pour concentrer les agents
infectieux. Le culot sera ensemencé sur milieu de culture. Cette
méthode qui est de réalisation délicate a un intérêt quand les
prélèvements sont effectués sous antifongiques ou si une
infection mixte levures–bactéries est suspectée.

Par ailleurs, la supériorité des automates d'hémoculture sur les


systèmes manuels n'est plus à démontrer. On distingue les
automates Bactec system (Becton-Dickinson) et BacT/Alert
system (BioMérieux). De nombreuses études ont évalué ces
automates en utilisant différents milieux : BacT/Alert Fan
Aerobic, Plus Aerobic/F, Mycosis IC/F [18], [19]. Les résultats
montrent une supériorité des milieux BacT/Alert sur les milieux
Plus Aerobic/F. Mycosis IC/F qui est un milieu spécifique pour
les champignons est plus efficace que les deux milieux
précédents. En effet, Il est plus sensible et plus précoce pour le
diagnostic des candidoses systémiques, particulièrement quand
il s'agit des espèces C. albicans et C. glabrata qui représentent
70 % des espèces incriminées et quand il y a présence
concomitante des levures et des bactéries. Cette association est
commune représentant 18 à 21 % des fongémies. Dans cette
situation, l'absence de détection des levures dans les milieux
bactériens peut être due à l'inhibition de la croissance des
levures par le développement plus rapide des bactéries ou par la
production des substances antifongiques par ces dernières. D'où
l'intérêt d'associer Mycosis IC/F aux milieux bactériens au cours
de syndrome septicémique chez les patients à haut risque et cela
pour augmenter la sensibilité et la rapidité du diagnostic des
candidoses systémiques.
2.1.4. Identification
2.1.4.1. Identification de C. albicans
L'identification de C. albicans qui est l'espèce la plus fréquemment
isolée, repose sur des tests morphologiques et biochimiques.
Tests morphologiques.
Test de filamentation sur sérum. Il consiste à réaliser une suspension
de levures dans du sérum de cheval et l'incuber à 37 °C pendant trois
heures. La détection des tubes germinatifs, ne présentant aucune
constriction au niveau de la base, affirme la présence de C. albicans.
La spécificité et la sensibilité de ce test sont respectivement de 100 %
et de 86,3 %. Son principal inconvénient est l'impossibilité de
détection des éventuelles associations dans deux tiers des
cas [2], [20], [21].
Test de chlamydosporulation. Il consiste à ensemencer les levures en
anaérobie sur des milieux pauvres : riz–agar–tween (RAT), pomme de
terre–carotte–bile (PCB). L'incubation se fait à 25 °C pendant
48 heures. La présence de chlamydospores terminales qui sont des
spores globuleuses, à paroi épaisse, mesurant environ 10 à 15 μm, est
caractéristique de l'espèce C. albicans [2], [20], [21].
Milieux de primo-isolement. Les milieux de primo-isolement
comportant des substrats fluorogènes ou chromogènes spécifiques
de C. albicans ont été récemment proposés.
Fluoroplate Candida R : (Merck). Il est utilisé pour l'identification
de C. albicans. La révélation se fait grâce à la présence d'un substrat
fluorescent après incubation pendant 24 à 48 heures. La sensibilité et
la spécificité de ce milieu sont respectivement de 99,3 et 99,7 % [22].
Albicans ID : (Bio00000000Mérieux). Grâce à la présence d'un
substrat chromogène, les colonies de C. albicans obtenues après une
incubation pendant 24 à 48 heures se colorent en bleu. La sensibilité
de ce milieu est de 97,6 % et sa spécificité est de 90 % [20].
Candida ID : (BioMérieux). Au bout de 24 à 48 heures, les colonies
de C. albicans se colorent en bleu alors que celles
de C. tropicalis, C. guilliermondii, C. kefyr et de C. lusitaniae se
colorent en rose. Sa sensibilité varie de 94,9 à 95,5 % et sa spécificité
est comprise entre 95,7 et 100 % [20], [23], [24].
CHROMagar Candida : (Becton-Dickinson). Ce milieu contient un
substrat chromogène permettant l'identification après 24 à 48 heures
de C. albicans (vert) ainsi que C. tropicalis (bleu métallique)
et C. krusei (rose pâle) avec une sensibilité de 98,9 % et une
spécificité dépassant 99 % pour chacune de ces espèces [20], [24].
Ainsi, ces deux derniers milieux chromogènes présentent l'avantage de
révéler l'association de C. albicans avec d'autres espèces [20].
Étude de l'assimilation des sucres. Elle se fait à l'aide des galeries
commercialisées. Parmi les plus utilisées nous citerons :

API 20C Aux (BioMérieux) : elle est fondée sur l'assimilation de


19 sucres différents, elle permet d'identifier 43 levures
différentes [25], [26] ;

ID 32C (BioMérieux) : elle comporte une étude de l'assimilation


de 29 sucres et de la résistance à l'actidione ainsi qu'un test à
l'esculine. Soixante-trois levures différentes sont référencées.
Ces deux galeries donnent un résultat en 48 à 72 heures. La
croissance de la levure se traduit par une opacité de la cupule
contenant le sucre.

La lecture visuelle n'est pas toujours facile. Pour ID 32 C, il


existe un lecteur automatique couplé à un logiciel
d'identification qui simplifie la lecture [20] ;

Auxacolor (Biorad) : elle utilise des réactions colorées pour


mettre en évidence l'assimilation des sucres. Treize sucres sont
étudiés ainsi que la résistance à l'actidione et la révélation de la
phénoloxydase. Vingt-cinq levures seulement sont référencées
parmi les plus courantes. La lecture se fait en 24 à 48 heures. Les
avantages de cette méthode sont : sa facilité de lecture, sa bonne
sensibilité (91,9 %) et son excellente spécificité (91,2 %) [26] ;

Fungichrom : (International Mycoplasma). Cette galerie est


fondée sur l'hydrolyse des substrats chromogènes couplée aux
tests d'assimilation colorimétrique des sucres. Elle associe la
mise en évidence de l'uréase, de la phénoloxydase et de la
résistance à l'actidione, à l'assimilation de sept sucres. La lecture
se fait en 24 à 48 heures. Elle est caractérisée par une sensibilité
de 97,7 % et une spécificité de 99,8 %. Par ailleurs, elle permet
de détecter les éventuelles associations [20], [27].
Tests enzymatiques. Le fongiscreen 4H (Biorad) permet d'identifier
en quatre heures les quatre levures les plus pathogènes et les plus
fréquentes : C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata et
Cryptococcus neoformans. Elle est fondée sur la recherche de cinq
enzymes spécifiques, la réduction du tétrazolium et l'assimilation du
tréhalose. Ce test a une sensibilité de 93,6 % et une spécificité de
98,7 % [20].
Bichrolatex Albicans : (Fumouze Diagnostics). C'est un test
d'agglutination de levures et de particules de latex sensibilisées par des
anticorps monoclonaux spécifiques de C. albicans.
Il est de réalisation facile et rapide. Il a une excellente sensibilité et
spécificité de 100 %. Cependant, il ne permet pas d'identifier les
associations [28], [29].
2.1.4.2. Identification de C. dubliniensis
Cette espèce partage plusieurs caractères phénotypiques
avec C. albicans incluant la capacité de formation des tubes
germinatifs et des chlamydospores terminales. Ces similarités
phénotypiques causent des problèmes significatifs pour l'identification
de C. dubliniensis par les méthodes de routine.
Plusieurs études ont été effectuées à la recherche d'une méthode
appropriée à l'identification de C. dubliniensis. Des méthodes
morphologiques, immunologiques et moléculaires ont été décrites.
Étude de l'assimilation des sucres. Plusieurs études ont été réalisées
à la recherche des particularités de C. dubliniensis sur le plan de son
assimilation des sucres. Elles ont montré que dans la majorité des cas,
cette espèce n'assimile pas le xylose et le α-méthyl-D-glucoside alors
que C. albicans les assimile dans la plupart des cas. Les galeries les
plus fiables à cette identification sont API 20C Aux et ID 32C. L'étude
de Ellepola et al. a montré que l'assimilation de xylose et de α-méthyl-
D-glucoside a été négative respectivement pour 100 et 95 % des
isolats de C. dubliniensis et positive pour 100 et 91 % des isolats
de C. albicans [30].
CHROMagar Candida. Ce milieu peut permettre la distinction
entre C. dubliniensis et C. albicans après incubation à 37 °C pendant
48 heures. Les colonies de C. albicans apparaissent vertes claires
alors que celles de C. dubliniensis sont vertes foncées [30].
La croissance à 45 °C. L'incubation des isolats à 45 °C pendant 24 à
48 heures peut permettre de différencier les deux espèces. Les
différents milieux utilisés sont :

Sabouraud–dextrose–agar ;

Yeast peptone dextrose ;


Emmon's modified Sabouraud glucose agar.

Sur ces milieux C. dubliniensis ne pousse pas après incubation à


45 °C pendant 24 à 48 heures alors que C. albicans pousse [31].
Milieux spécifiques. Récemment, plusieurs milieux ont été essayés
permettant la distinction entre C. dubliniensis et C. albicans en se
fondant sur la formation des chlamydospores et sur l'aspect des
colonies. Ce sont surtout les milieux Casein–agar, Staib–agar et
Sunflower–agar qui ont donné de bons résultats.
Le milieu Casein–agar. Après incubation à 24 °C pendant 48 heures,
97,2 % des isolats de C. dubliniensis produisent des chlamydospores
abondantes alors que 92,5 % des isolats de C. albicans ne produisent
pas des chlamydospores [32].
Le milieu Staib–agar. Après incubation à 30 °C pendant 48 à
72 heures, 97,7 % des isolats de C. dubliniensis forment des colonies
rugueuses et produisent des chlamydospores abondantes alors que
100 % des isolats de C. albicans forment des colonies lisses et ne
produisent pas des chlamydospores [33].
Le milieu Sunflower–agar. Après incubation à 28 °C pendant 24 à
48 heures, 100 % des isolats de C. dubliniensis forment des colonies
rugueuses et produisent des chlamydospores abondantes alors que
96,2 % des isolats de C. albicans forment des colonies lisses et ne
produisent pas des chlamydospores [34].
Immunofluorescence directe. Elle utilise des anticorps anti-
C. dubliniensis permettant de différencier les isolats
de C. dubliniensis de C. albicans [35].
La révélation se fait par un conjugué anti-IgG conjugué à la
fluorescéine.

Méthodes moléculaires. Plusieurs méthodes moléculaires sont


utilisées pour la distinction entre les deux espèces [36], [37] :
● l'amplification spécifique de la région ITS 2 (internal transcribed
spacer 2) du ADNr par Seminested PCR ;
● le séquençage de la région ITS 2 du ADNr ;

● la PCR–RFLP (restriction fragment length polymorphism).


Au cours de cette méthode, la région ITS du C. dubliniensis est
digérée par l'enzyme B1nI alors que celle de C. albicans reste intacte.
2.1.4.3. Identification des autres espèces
Étude de l'assimilation des sucres. Cette étude se fait par les galeries
API 20C Aux, ID 32 C, Auxacolor, Fungichrom [20], [25], [26], [27].
Milieux de primo-isolement. Le CHROMagar permet
d'identifier C. tropicalis et C. krusei [20], [24].
Tests enzymatiques. Le fongiscreen 4 H permet
d'identifier C. tropicalis et C. glabrata [20].
Krusei color test: (Fumouze). Il est fondée sur l'agglutination des
particules de latex et permet d'identifier C. krusei [12], [13].
Glabrata RTT: (Fumouze Diagnostics). Glabrata RTT test est fondé
sur l'hydrolyse du tréhalose et non du maltose. Il permet
d'identifier C. glabrata en 20 minutes. Il est caractérisé par une très
bonne sensibilité comprise entre 95,8 et 98,4 % et une excellente
spécificité variant de 98,9 à 100 % [38], [39], [40].
En pratique, on peut utiliser une de ces méthodes, mais il faut garder
un esprit critique et toujours comparer le résultat donné par ces
galeries avec les caractères morphologiques obtenus sur PCB ou RAT.

2.1.5. Interprétation
Elle dépendra du site d'isolement et de l'espèce isolée [7], [41], [42] :

site normalement colonisé par des levures : bouche, crachats,


lavage bronchoalvéolaire, selles, urines, vagin… La mise en
évidence de Candida sp au niveau de ces sites est insuffisante
pour affirmer la pathogénicité de cette levure. Pour le considérer
comme pathogène, il faut que :

l'examen direct soit positif (la présence de pseudofilaments et
des filaments confirment davantage la pathogénicité de la
levure) ;

la culture soit abondante ;

La numération peut se faire en appréciant le nombre de colonies


de 1+ à 4+ :

+ : inférieur à dix colonies ;


++ : inférieur à 10 à 50 colonies ;


+++ :supérieur à 50 colonies bien isolées ;


++++ : supérieur 50 colonies en nappe.


Pour certains prélèvements, un comptage sera plus précis
permettant d'exprimer le résultat en nombre de CFU/ml (colonie
formant unité par millilitre). Si cela est facile et recommandé
pour les urines ou d'autres prélèvements liquides, c'est beaucoup
plus fastidieux pour les selles ou les crachats qu'il faudra peser
ou homogénéiser ;


site normalement stérile : Sang, LCR, biopsie.
En présence des Candida sp dans ces sites, la pathogénicité est
certaine.
2.1.6. Antifongigramme
Il permet de détecter in vitro l'existence d'une éventuelle résistance
aux antifongiques et la détermination des concentrations minimales
inhibitrices (CMI). Cependant, il est difficile d'établir de bonnes
corrélations entre une valeur de CMI in vitro et la réponse clinique au
traitement.

La méthode E test est la meilleure technique. Elle utilise des


bandelettes imprégnées d'un gradient d'antifongique. Elle permet de
déterminer en milieu gélosé les CMI du fluconazole, de l'itraconazole
et de la flucytosine pour Candida sp [5], [43].

2.2. Le diagnostic immunologique

2.2.1. Détection d'anticorps
La recherche d'anticorps spécifiques se heurte à une difficulté
d'interprétation. En effet, la distinction entre colonisation et invasion
est difficile vu la fréquence d'une sérologie positive chez des porteurs
asymptomatiques même à des taux élevés. Par ailleurs, la sérologie est
souvent faiblement négative chez les patients neutropéniques. Cela
donne toute la valeur à l'étude de la cinétique des anticorps. En effet,
une séroconversion ou une ascension significative, entre deux ou
plusieurs prélèvements du taux d'anticorps quelle que soit la méthode
utilisée, ont une valeur diagnostique beaucoup plus importante qu'un
titre isolé.
Plusieurs méthodes sérologiques ont été décrites pour le diagnostic de
candidoses systémiques. Chacune d'entre elles réalise un compromis
plus ou moins réussi entre sensibilité, spécificité, rapidité et coût.

Schématiquement, on peut distinguer deux types de méthodes [4] :


les méthodes utilisant des antigènes totaux figurés ou solubles,


riches en mannanes (immunofluorescence indirecte (IFI),
enzyme linked immunosorbent assay (Elisa), hémagglutination
passive, électrosynérèse) ;
Ces méthodes proposent un seuil quantitatif discriminant au-delà
duquel la candidose est probable. Elles sont généralement
simples et peu onéreuses fournissant un élément de surveillance
des patients à risque.

La méthode Platelia qui est une Elisa utilisant le mannane


comme antigène, est la plus appropriée [6], [12]. Elle est
caractérisée par une sensibilité variant de 50 à 53 % et une
spécificité allant de 80 à 94 % ;

les méthodes utilisant des antigènes exprimés au cours du


processus invasif : plusieurs antigènes essentiellement
cytoplasmiques ont été décrits. Les mieux caractérisés sont :
L'énolase vacuolaire de 48 kDa et la sous-unité 47 kDa de la
HSP 90 (heat schock protein 90).
Les anticorps dirigés contre ces antigènes sont mis en évidence
par la méthode western blot ou Elisa. Ils permettent un
diagnostic de candidose plus spécifique.

Par ailleurs, il existe d'autres tests sérologiques qui visent à


détecter les anticorps envers les tubes germinatifs par un test
d'IFI ou une méthode de coélectrosynérèse [4] ;

les méthodes en cours d'évaluation. Récemment, des études ont


été faites sur la recherche des anticorps dirigés contre des
fragments natifs de la paroi cellulaire (Ac anti-CW) et des
anticorps dirigés contre la phosphopeptidomannane qui est une
fraction de la paroi cellulaire (Ac anti-PPM). Ces études
rapportent que les patients ayant une candidose systémique ont
un taux élevé d’immunoglobulines de type G anti-CW et anti-
PPM en les comparant à un groupe témoin [44].
Par ailleurs, Les IgG1 anti-CW et les IgG2 anti-PPM sont des
marqueurs précoces des candidoses systémiques. L'élévation associée
du taux de ces deux types d'anticorps a une sensibilité de 92 % et une
spécificité de 100 % [45].

2.2.2. Détection d'antigènes circulants


Face aux difficultés d'interprétation que soulèvent les hémocultures et
la recherche d'anticorps, la détection d'antigènes circulants paraît le
seul remède. Cependant, elle est caractérisée par un défaut de
sensibilité.
2.2.2.1. La recherche des mannanes
Les tests permettant de détecter l'antigène mannane pariétal qui est un
composant majeur de la paroi cellulaire sont :

Pastorex Candida : Il est fondé sur le principe d'agglutination


des particules de latex sensibilisées par un anticorps monoclonal
antimannane pariétal de C. albicans. Il nécessite un traitement
préalable du sérum à 100 °C pour dissocier les immuns
complexes évitant ainsi les faux négatifs. Il est d'excellente
spécificité variant de 95 à 100 %. Cependant, sa sensibilité est
faible (20 %). Cela est dû au caractère transitoire de
l'antigènemie [3], [7], [46], [47] ;

Platelia Candida : C'est un test Elisa qui utilise un anticorps


monoclonal EB-CA1 qui reconnaît le mannane. Son seuil de
détection est de 0,25 ng/ml. Sa sensibilité est de 40 % et sa
spécificité est de 98 % [6], [9], [12], [48].
2.2.2.2. La recherche d'énolase
L'énolase est un antigène cytoplasmique de Candida sp de 48 kDa. Il
est détecté par la méthode western blot qui met en évidence la bande
48 kDa. Sa sensibilité varie de 71,8 à 75 % et sa spécificité est
comprise entre 96 et 100 %. Cependant, son coût est très
élevé [14], [46], [47], [48], [49], [50].
2.2.3. Détection des métabolites
2.2.3.1. β−(1–3)-D-glucane
C'est un métabolite existant dans la paroi fongique. Sa recherche se
fait par une méthode colorimétrique commercialisée sous le nom
du Fungitec G test [14], [46], [47], [51] qui nécessite deux heures pour
être réalisé. Ce test a été évalué au cours de plusieurs études qui ont
montré la présence d'une concentration élevée de β−(1–3)-D-glucane
chez les patients atteints de candidoses systémiques. Ce test est très
sensible puisqu'il permet de détecter 20 pg/ml. Cependant, un taux
positif n'indique pas la nature du champignon en cause puisque le
glucane est un composant pariétal de la plupart des champignons
pathogènes. Il peut donc être présent dans le sang des patients atteints
des mycoses invasives notamment à Aspergillus sp [3], [7], [46], [47].
Par ailleurs, des faux positifs ont été détectés chez les hémodialysés et
les sujets traités par des immunoglobulines humaines.

2.2.3.2. D-arabinitol
C'est un métabolite de la plupart des espèces de Candida. Il peut être
déterminé par chromatographie à gaz ou par Elisa.

L'Elisa est la méthode la plus employée utilisant le D-arabinitol


déshydrogénase de C. tropicalis ou de C. albicans. La recherche du
D-arabinitol peut se faire soit dans les urines ou dans le sérum. Le
taux du D-arabinitol est proportionnel à la créatinine puisque son
excrétion se fait par voie rénale. Par ailleurs, le D-arabinitol et le L-
arabinitol sont présents chez l'homme.
Par conséquent, c'est l'augmentation du rapport D-arabinitol/L-
arabinitol ou du rapport D-arabinitol/créatine dans le sérum ou dans
les urines du patient qui est un indicateur candidose
systémique [3], [7], [14], [52].

2.2.4. Détection des acides nucléiques


La détection des acides nucléiques est fondée sur les méthodes
d'amplification génique : polymerase chain reaction (PCR).
Récemment, plusieurs techniques utilisant la PCR ont été mises au
point pour amplifier et mettre en évidence l'ADN des espèces de
Candida pathogènes.
La PCR peut être réalisée sur le sang, le sérum, ou les biopsies
d'organes.

L'extraction d'ADN à partir du sérum est la plus recommandée


puisqu'elle est la plus facile.

La majorité des études amplifie les régions ITS (internal transcribed


spaces) des gènes cibles ADNr. Ces gènes ont la particularité d'être
multirépétés, spécifiques d'espèce et très
conservés [8], [53], [54], [55], [56], [57], [58].
Les meilleurs résultats sont obtenus avec la PCR nichée et la PCR en
temps réel. La révélation se fait par un southern blot utilisant des
sondes radioactives ou des sondes à révélation immunoenzymatique.
Ces sondes sont spécifiques des quatre espèces les plus incriminées
dans les candidoses systémiques : C. albicans, C. tropicalis,
C. parapsilosis et C. glabrata permettant l'identification de
l'espèce [8], [53], [54], [55], [56], [57], [58].
Selon la méthode et la cible amplifiée, la sensibilité de la méthode
évaluée varie de 1 à 500 levures/ml de sang. La PCR nichée est
caractérisée par une bonne spécificité (98 %) et d'une très bonne
sensibilité [8], [53]. Cependant, ces résultats publiés sont à interpréter
avec prudence dans la mesure où cette méthode est une source de faux
positifs. En effet, cette méthode qui consiste à réamplifier des produits
déjà amplifiés n'est pas en mesure de contrôler les contaminations par
des produits préalablement amplifiés. Ces dernières sont une source
majeure de faux positifs.
La PCR en temps réel semble prometteuse. Ces principaux avantages
par rapport à une PCR conventionnelle sont la diminution du risque de
contamination et donc de faux positifs et la quantification de l'ADN
fongique dans l'échantillon. Cela rend possible l'évaluation des effets
thérapeutiques sur la charge de l'agent fongique [54], [57].
Dans une étude évaluant la PCR en temps réel chez 122 patients ayant
une candidose systémique suspectée ou confirmée, la sensibilité était
de 100 % et la spécificité de 97 % [59].
Par ailleurs, des méthodes moléculaires d'identification sont décrites
pour les espèces de Candida non identifiées par les méthodes
habituelles. Cependant, ces méthodes ne sont pas simples et ont un
coût élevé.

3. Discussion

Pendant ces trois dernières décennies, les candidoses systémiques sont


devenues une cause importante de morbidité et de mortalité.

Les signes cliniques sont très polymorphes et peu spécifiques rendant


le diagnostic clinique difficile. Le diagnostic de candidose systémique
doit être suspecté devant toute fièvre persistante et résistante à une
antibiothérapie prolongée et à large spectre chez un sujet présentant
des facteurs de risque.

Le diagnostic certain de candidose systémique repose essentiellement


sur l'hémoculture qui reste la technique de référence. Cependant, sa
sensibilité est faible (40 à 60 %) et son résultat est tardif (trois à cinq
jours) [6], [12].
L'identification de l'espèce qui est indispensable à l'adaptation du
traitement retarde davantage le résultat. Cela aggrave le pronostic qui
dépend de la précocité du traitement. L'identification des levures
s'effectue selon des critères phénotypiques (production des filaments
et des chlamydospores) et selon l'assimilation de certains sucres. Ces
techniques se font sur des colonies isolées et nécessitent 24 à
48 heures après l'isolement pour l'identification de l'espèce.

Des progrès importants ont été réalisés dans le domaine


d'identification par les milieux chromogènes qui permettent à la fois
l'isolement de la levure et l'identification de l'espèce. Ainsi, il y a eu
un gain de 24 à 48 heures. Ces milieux peuvent aussi identifier les
associations qui sont non mises en évidence par les méthodes
classiques [60], [61].
Il existe également des tests d'identification rapide qui ont été réalisés
d'une part, pour C. albicans qui est l'espèce la plus fréquemment
isolée et d'autre part pour C. krusei et C. glabrata qui sont des espèces
à sensibilité réduite aux azolés et dont la fréquence a nettement
augmenté ces dernières années. Ce sont Bichrolatex albicans
pour C. albicans, krusei color test pour C. krusei et Glabrata RTT
pour C. glabrata.
Ces tests sont pratiqués sur des colonies isolées permettant de gagner
au moins 24 heures pour l'identification.

L'identification rapide de l'espèce est extrêmement importante pour la


prise en charge des candidoses systémiques. Elle permet d'instaurer un
traitement adapté le plus rapidement possible.

Le choix de la méthode d'identification se fait selon sa simplicité, sa


rapidité et sa disponibilité. Ainsi, à titre d'exemple, la combinaison du
CHROMagar Candida et Glabrata RTT test permet l'identification
rapide des quatre espèces communes en pratique clinique
(C. albicans, C. tropicalis, C. krusei, C. glabrata).
C. dubliniensis qui est une espèce nouvellement décrite peut aussi
présenter une résistance au Fluconazole surtout chez les sujets qui ont
été traités par cette molécule. Cependant, les similarités phénotypiques
qui existent entre C. albicans et C. dubliniensis ne permettent pas
d'identifier cette dernière en routine.
Les méthodes phénotypiques (CHROMagar, milieux spécifiques….)
et l'étude de l'assimilation des sucres ne sont que des méthodes de
discrimination. L'identification de l'espèce par ces méthodes doit être
confirmée par une méthode de biologie moléculaire.

La distinction entre les deux espèces a des implications


épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques. En
effet, C. dubliniensis a une capacité de développer rapidement une
résistance au Fluconazole et paraît moins virulente
que C. albicans [11], [36]. L'identification de cette espèce en routine
permettra de mieux préciser sa vraie incidence, son rôle pathogène et
sa susceptibilité à développer une résistance aux antifongiques.
Par ailleurs, une biopsie d'organe positive confirme avec certitude le
diagnostic des candidoses systémiques. Cependant, il s'agit d'un geste
agressif mettant en jeu le pronostic vital des sujets à haut risque [7].
Au contraire, l'hémoculture est facile à réaliser mais elle manque de
sensibilité pour des raisons qui restent obscures et prend plusieurs
jours pour se positiver.
De considérables efforts ont été réalisés pour le développement des
méthodes fondées sur la détection d'antigènes et de métabolites pour
pallier l'absence des cultures. Parmi les marqueurs, le mannane est une
composante majeure de la paroi candidosique et est fortement
immunogène. En effet, il induit une réponse anticorps très
forte [6], [48]. La recherche de l'antigène mannane surtout par Platelia
Candida est la plus appropriée. Cette méthode a une excellente
spécificité (98 %). Cependant, sa sensibilité est faible spécialement
quand un seul sérum est testé. En effet, elle varie en fonction du
nombre de sérums testés par malade. L'étude de Sendid et al. a montré
que la sensibilité de la recherche de l'antigène mannane est de 40 % si
plusieurs sérums ont été testés et de 11 % si un seul sérum a été
testé [48]. Cela est dû au caractère fugace de l'antigènemie.
La méthode Platelia détectant les anticorps antimannane est
caractérisée par une bonne spécificité (94 %) et une faible sensibilité
(53 %) [6], [48].
La recherche d'anticorps antimannane et de mannane en même temps
a montré qu'avec une antigènemie élevée le taux d'anticorps diminue
et vice-versa. La balance qui existe entre l'antigènemie et le taux
d'anticorps sériques a aboutit à une nouvelle stratégie consistant à la
recherche combinée d'antigènes et d'anticorps. Cette combinaison est
caractérisée par une sensibilité comprise entre 80 et 100 % et une
spécificité de 93 % au cours des candidoses systémiques causées par
la majorité des espèces : C. albicans, C. glabrata et C. tropicalis qui
représentent 80 % des isolats. La sensibilité n'est que de 40 à 50 %
pour C. krusei et C. parapsilosis [6], [48]. En effet, le mannane se
trouve en grande abondance chez les premières espèces alors qu'il
existe en petite quantité chez les dernières, ce qui est responsable des
faux négatifs. L'association de la détection d'anticorps et d'antigènes
permet non seulement d'augmenter la sensibilité et la spécificité mais
aussi de réduire le délai du diagnostic.
Une étude effectuée par Poulain et al. a comparé la cinétique des
anticorps et des antigènes chez les patients non neutropéniques. Elle a
montré que les anticorps apparaissent les premiers suivis par les
antigènes puis par la positivité des hémocultures. Cependant, chez les
patients neutropéniques, les antigènes apparaissent les premiers suivis
des anticorps puis de la positivité des hémocultures. En effet, les
antigènes apparaissent en moyenne six jours avant l'hémoculture, alors
que les anticorps sept jours avant [12], [48].
L'association de la détection d'antigènes et d'anticorps est beaucoup
plus importante chez les malades atteints de candidose
hépatosplénique. Dans une étude réalisée par Sendid et al., les
antigènes et les anticorps ont été détecté 18 jours avant l'apparition des
signes radiologiques. Ces résultats sont très intéressants surtout que le
diagnostic des candidoses hépatospléniques est difficile [12]. En effet,
au cours de ces candidoses systémiques les hémocultures et les
biopsies sont fréquemment négatives même après l'apparition des
images radiologiques. Cela suggère que la surveillance régulière (tous
les trois jours) du mannane et d'anticorps antimannane permet un
diagnostic rapide et une instauration précoce du traitement [48].
Une autre constatation, c'est la concomitance du pic d'antigènes et de
la positivité de l'hémoculture. Cela implique que la sensibilité de
l'hémoculture augmente si elle est faite quand l'antigènemie est
positive [6].
Ces éléments contribuent ensemble à un diagnostic précoce et à
l'initiation d'un antifongique rapide permettant ainsi la diminution de
la mortalité.

La recherche d'énolase a été prometteuse. Elle a été caractérisée par


une sensibilité variant de 71, 8 à 75 % et une spécificité de 96 %.
Cependant, sa recherche a été limitée par son coût. Actuellement, le
test n'est plus commercialisé [46], [47], [48].
Par ailleurs, plusieurs études ont été réalisées sur la recherche des
métabolites en particulier le β-(1-3)-glucane et le D-arabinitol. La
recherche de β-(1-3)-glucane par Fungitec G test est rapide et très
sensible permettant ainsi un diagnostic précoce. Ce test se heurte à un
problème de spécificité puisque le glucane n'est pas spécifique
de Candida sp et est retrouvé au cours d'autres infections fongiques tel
que l'aspergillose [46].
L'étude de T. Obayashi pratiquée sur 41 malades atteints d'infections
fongiques a montré que d'une part, la recherche de glucane est
caractérisée par une sensibilité de 90 % et une spécificité de 100 % et
d'autre part, l'analyse du taux du glucane sur des prélèvements
successifs permet le suivi thérapeutique. En effet, l'augmentation ou la
persistance d'un taux élevé de Glucane est un élément de mauvais
pronostic [62].
Par ailleurs, une étude effectuée par Y. Takesue et al. a montré que le
β-(1-3)-glucane est un bon indicateur de candidoses systémiques pour
le traitement empirique chez les sujets présentant des facteurs de
risque [43].
Le D-arabinitol est un métabolite de la majorité des espèces
de Candida.
Les rapports D-arabinotol/L-arabinitol et D-arabinitol/Créatine
augmentent dans les candidoses systémiques. Le deuxième rapport se
positive dans les urines (3 à 31 jours) avant la positivité de
l'hémoculture et la normalisation du rapport corrèle avec la réponse
thérapeutique. Le monitoring régulier de ce rapport dans les urines
peut d'une part, constituer un élément de surveillance de candidose
systémique permettant un diagnostic précoce et d'autre part, tester
l'efficacité du traitement. Cependant, jusqu'à ce jour, peu d'études
prospectives faites sur un grand échantillon ont été réalisées. D'autres
études sont indispensables pour établir l'application du D-arabinitol
dans le diagnostic de routine des candidoses systémiques [3], [52].
Récemment, plusieurs PCR ont été mises au point pour amplifier et
mettre en évidence l'ADN des Candida pathogènes. Leurs avantages
sont nombreux. En effet, leur sensibilité est plus élevée que celle de
l'hémoculture, leur spécificité est excellente, leur délai de rendre le
résultat est court ne dépassant pas les dix heures et leur capacité
d'identifier l'espèce est bonne.
La PCR permet de rattraper les faux négatifs en hémoculture et en
culture des biopsies. La détection rapide et l'identification d'espèces
sont extrêmement importantes pour la prise en charge des patients
atteints de candidose systémique.

La majorité des PCR se limite aux cinq espèces les plus rencontrées au
cours des candidoses systémiques. Cependant, certaines PCR
permettent une identification d'un grand nombre d'espèces de Candida.

Plusieurs PCR sont utilisées : PCR conventionnelle, PCR nichée, PCR


en temps réel. Les limites de la PCR conventionnelle qui sont le risque
de faux positifs et l'absence de quantification, ont stimulé l'utilisation
de la PCR en temps réel pour le diagnostic de candidoses systémiques.

En effet, la PCR en temps réel diminue le risque de contamination et


donc des faux positifs et permet la quantification de l'ADN fongique
qui sert pour le suivi thérapeutique. Par ailleurs, elle peut être
appliquée sur le sérum ou sur les biopsies. En effet, elle a un grand
apport pour le diagnostic de candidoses hépatospléniques [14]. En
raison des grandes disparités des techniques publiées, il semble
particulièrement difficile de comparer les différents résultats publiés.
La PCR doit gagner en simplicité et en coût pour pouvoir
concurrencer les méthodes actuelles [54], [57], [59].
En conclusion, le diagnostic de candidoses systémiques se heurte à
plusieurs difficultés. Cela a pour conséquence un retard du traitement
et une aggravation du pronostic déjà mauvais. Ces constatations ont
amené à proposer un traitement préemptif en cas de colonisation. La
survenue d'une fièvre résistante à une antibiothérapie à large spectre
chez un sujet à risque sans documentation mycologique avec une
colonisation de plusieurs sites, autorise le début d'un traitement
préemptif. En effet, la colonisation à Candida sp favorise la survenue
d'une candidose systémique chez le patient fragilisé. L'espèce de
Candida responsable de candidose systémique est le plus souvent
d'origine endogène. C'est dans ce contexte que Pittet a défini, chez des
patients chirurgicaux, l'index de colonisation. Un index supérieur à 0,5
justifie un traitement préemptif afin d'améliorer le pronostic vital des
malades à risque [5], [15], [63], [64].

4. Conclusion

Le diagnostic des candidoses systémiques est difficile à établir vu la


non-spécificité des signes cliniques et les difficultés du diagnostic
biologique.

Malgré le développement de nouvelles méthodes, le diagnostic se fait


généralement d'une façon tardive aggravant le pronostic de la maladie
qui est déjà sombre.

L'hémoculture reste l'examen de référence, malgré sa faible sensibilité


et son résultat le plus souvent tardif.

La recherche d'antigènes est caractérisée par une bonne spécificité


mais une faible sensibilité. Cependant, l'association de la recherche
d'antigènes et d'anticorps a une bonne spécificité et une bonne
sensibilité.

La recherche des métabolites paraît prometteuse mais reste en cours


d'évaluation.
En dépit des résultats préliminaires, la PCR est capable de poser le
diagnostic de candidoses systémiques d'une façon précoce et
d'identifier l'espèce. Elle permet ainsi, d'instaurer un traitement le plus
rapidement possible et de l'adapter selon l'espèce. Bien que les
méthodes de PCR soient développées depuis longtemps, elles restent
non standardisées et non disponibles en routine.

En absence de preuve biologique, le diagnostic de candidose


systémique demeure présomptif.

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Pathologie Biologie
Volume 55, Issue 5, June 2007, Pages 262-272

Traitement antifongique des candidoses systémiques


Les candidoses systémiques ont connu un essor considérable au
cours de cette dernière décade. Leur mauvais pronostic est lié
au retard thérapeutique secondaire à la difficulté du diagnostic
et à l'absence d'un consensus international clair concernant leur
prise en charge. L'arsenal thérapeutique approprié consiste en
l'amphotéricine B classique et ses formulations lipidiques, la 5-
fluorocytosine, le fluconazole, l'itraconazole et les nouveaux
antifongiques, notamment le voriconazole et la caspofungine.
L'utilisation de l'amphotéricine B est limitée par sa toxicité et
son administration astreignante et celle du fluconazole par le
développement potentiel de résistances sur des terrains
particuliers. Il apparaît cependant, grâce à la standardisation
des moyens de mesure de ces résistances que leur apparition
relève plus d'un vice de méthode que d'une réalité
microbiologique. De plus, l'interaction entre la levure et l'hôte
est tellement complexe que la résistance microbiologique est
peu, voire pas prédictive de résistance clinique. L'antifongique
de première intention dans les candidoses systémiques devrait
donc être le fluconazole en l'absence de résistance documentée
ou fortement suspectée. L'amphotéricine B sera utilisée dans ce
cas ainsi que dans certaines indications particulières
notamment les localisations cérébroméningées. Le traitement
sera dans tous les cas adaptés aux résultats des tests de
sensibilité et à l'évolution clinique.
Journal de Mycologie Médicale
Volume 16, Issue 1, March 2006, Pages 16-25

s cathéters doivent être retirés et mis en culture, les


hémocultures périphériques sont poursuivies jusqu'à
négativation.
Un fond d'œil est réalisé de façon systématique et des
localisations secondaires doivent être recherchées (peau, os,
etc.).
Un traitement est préconisé dans la mesure où :
 – 
il est impossible de déterminer les malades qui guérissent
uniquement après le retrait du cathéter ;
 – 
la mortalité après candidémie est élevée ;
 – 
les traitements par fluconazole ou échinocandines sont
efficaces et bien tolérés.
Un traitement empirique est démarré chez les malades à risque
(neutropéniques, réanimation, etc.) qui restent fébriles après 3
à 5 j d'antibiothérapie probabiliste à large spectre, ou qui
redeviennent fébriles sous antibiothérapie après une période
d'apyrexie. On assiste à une émergence hospitalière
de Candida ( krusei , glabrata ) de sensibilité diminuée ou
même résistantes au fluconazole .
Chez le neutropénique, et le non-neutropénique ayant été
exposé au fluconazole ou ayant des signes de gravité, le
traitement de référence est une échinocandine .
L' amphotéricine B liposomale est réservée en 2 e intention.
Attention à la mauvaise diffusion des échinocandines dans
l'œil en cas de localisation secondaire. Chez le non-
neutropénique sans signe de gravité et naïf de traitement
antifongique, du fluconazole peut être prescrit en 1 re intention.
Dans tous les cas, on ajustera le traitement aux résultats des
tests de sensibilité in vitro .
LIVRE
Candidoses invasives   PDF non disponible sur ClinicalKey
 Léon Perlemuter
Guide de thérapeutique Perlemuter,10e edition 2019

diAGNOSTIC TRAITEMENT PRÉCAUTION


S D'EMPLOI

Candidémie Échinocandine (p. ex.) : Retrait des


ou candidose CANCIDAS IV 70 mg à J1 cathéters, fond
invasive chez puis 50 mg/j d'œil et
les adultes ou amphotéricine B recherche de
neutropénique liposomale localisations
s AMBISOME 3-6 mg/kg/j secondaires
Pendant 14 j
après guérison
clinique et
microbiologiq
ue et la fin de
la neutropénie
diAGNOSTIC TRAITEMENT PRÉCAUTION
S D'EMPLOI

Ajuster le
traitement aux
résultats des
tests in vitro
Surveillance
les
complications
des
médicaments.
Pour
l' amphotérici
ne B :
créatinine et
kaliémie,
perfusion lente
≥4h

Candidémie Fluconazole 12 mg/kg/j IV Surveillance


chez les ou per os puis 6 mg/kg/j (sauf les
adultes non exposition préalable aux complications
neutropénique azolés, colonisation avec des
s * souche résistante) médicaments.
Alternatives : Pour
Échinocandine : caspofungi l' amphotérici
ne IV 70 mg J1 puis 50 mg/j ne B :
ou amphotéricine B créatinine et
liposomale kaliémie,
AMBISOME 3-6 mg/kg/j perfusion lente
≥4h

* Sauf allogreffés de moelle osseuse


où AMBISOME ou CANCIDAS doivent être envisagés.
Recommandations pour le traitement d'une candidémie après
identification de l'espèce (molécules inscrites dans l'ordre de
préférence, sauf indiqué dans les notes de bas de page) [1]
Espèce Population générale Population
de Candida hématologique

C. albicans Échinocandines Échinocandines


Fluconazole ** Amphotéricine B
Amphotéricine B liposomale
liposomale

C. galabrata Échinocandines
Amphotéricine B liposomale

C. krusei Échinocandines
Amphotéricine B liposomale
Relais oral : voriconazole

C. parapsilosis Fluconazole
Échinocandines ***

** Le fluconazole ne doit pas être choisi chez des malades graves
et en cas d'interactions médicamenteuses délétères mais il peut
être préféré en cas de sensibilité normale aux azolés chez des
malades stables.
*** Un relais par fluconazole est préféré mais une
échinocandine peut être poursuivie en cas d'évoluation
favorable clinique et microbiologique.
PRESCRIPTION: CANDIDOSE INVASIVE CHEZ LE SUJET
NEUTROPÉNIQUE (SAUF IDENTIFICATION DE CANDIDA
PARAPSILOSIS )
 • 
Caspofungine : dose de charge de 70 mg à J0, puis 50 mg/j

[1]. ECIL-6 guidelines for the treatment of invasive


candidiasis, aspergillosis and mucormycosis in
leukemia and hematopoietic stem cell transplant
patients, EHA,
2017, http://www.haematologica.org/content/102/3/433

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