Chapitre II

Les bactéries typiques sont des organismes unicellulaires procaryotes, Elles n’ont pas de
noyau et leur génome est le plus petit des cellules vivantes.

Les bactéries se divisent en Eubactéries et en Archaebactéries.

1- Technique d’observation de la cellule bactérienne

1.1 Observation de la cellule

La mise au point du premier microscope par A. Van Leeuwenhok marque le point de

départ de la microbiologie. Depuis, cet appareil a été largement amélioré. Avec des
grossissements pouvant aller jusqu’à 2500 x, on peut observer des structures de l’ordre de
1 uM.

On distingue :

l’observation entre lame et lamelle, dite à l’état frais de bactéries en milieu liquide

Sa variante , la coloration à l’encre de Chine, pour mettre en évidence la capsule.

les capsules correspondent au halo clair entourant les corps bactériens en noir.

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Observation des frottis séchés, fixés et colorés.

Les colorations de Gram et de Ziehl-Nielsen permettent la reconnaissance des bactéries

pathogènes, d’autres font apparaitre spécifiquement les cils, les flagelles, les spores…

Les frottis sont observés à l’immersion avec une goutte d’huile spéciale entre l’objectif et
la préparation, cela permet d’obtenir une image plus nette.

On a également l’examen sur fond noir pour observer les Tréponèmes (syphilis).

L’observation en contraste de phase pour les détail morphologiques des micro-organismes

vivants non colorés

Toutes ces méthodes font partie de la microscopie photonique (utilisation du rayonnement

lumineux).

Pour observer des structures de l’ordre de 5 nm à 10 nm, on utilise la microscopie

électronique.

Certaines structures peuvent retenir ou laisser passer les électrons. Cette approche
nécessite ou non la fixation de l’échantillon.

Fixation par le tétra oxyde d’osmium et inclusion dans de la résine d’époxy, réalisation de
coupes ultrafines. Ces coupes sont observées après un traitement par des sels de métaux
lourds :

Sels d’uranium ou de plomb (coloration positive)

L’acide phosphotungstique (coloration négative)

Vaporisation d’uranium ou d’Or (ombrage et structure fine de la bactérie)

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 Plaquettes humaines incubées en présence de Staphylocoques dorés.

Le procédé le plus récent de cryodécapage ne nécessite pas les étapes de fixation et

d’inclusion.

Après une congélation très rapide de l’échantillon, ce dernier est cassé dans une enceinte
réfrigérée. on réalise un moule avec un film de platine et de carbone après la dissolution de
l’échantillon biologique par un mélange d’eau de javel et d’acide Sulfurique.

E. coli en Cryodecapage.

La microscopie électronique à balayage (MEB), permet d’obtenir des images « en relief »

3D. de la cellule bactrienne.

Staphylococcus aureus.

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Enfin, les méthodes immunocytochimiques, permettent de localiser dans la cellule des
molécules bactériennes. On utilise des anticorps marqués par la peroxydase, la biotine ou des
molécules fluorescentes comme la fluorescéine. La formation d’un complexe stable antigène-
anticorps permet de repérer l presnce d’une molécule x dans la cellule.

Neisseria meningitidis

Invasion d’une cellule épitheliale par Shigella flexneri

Des cellules Hela sont infectées par Shigella analysées par immunofluorescence. Bleu: F-
actin; vert: bactérie; rouge: protéine bactérienne secrétée, impliquée dans l’invasion

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1.2 Séparation des constituants cellulaires.

On utilise l’ultracentrifugation ou la centrifugation sur gradient de densité (gradient de

Saccharose), pour séparer le différents organites cellulaires.

Avant cela il faut les libérer et ouvrir les différentes enveloppes membranes, paroi…

Plusieurs méthodes pour le faire :

-Les ultrasons

-Les enzymes, lysozyme qui détruit la paroi bactérienne.

-La pression osmotique, après traitement au lysozyme, les bactéries sont placées en
milieu hypotonique, gonflent et éclatent.

-La pression mécanique, ou broyage par des billes en verre pour casser la paroi et la
membrane.

-Le froid ou cryolise (congélation décongélation successives.

1.3 La composition chimique d’une bactérie

On peut obtenir séparément les glucides, les lipides , les protéine et les acides nucléiques.

En utilisant des enzymes comme des endopeptidases, exopeptidases, glucosidases,

endonucléases, exonucléases et lipases associés des techniques de chromatographie et de
séquençage des protéines ou des acides nucléiques on a pu déterminer la composition
chimique globale de Escherichia coli.

Composition élémentaire d’Escherchia coli

Elément % du poids sec

Carbone 50 +/- 5
Azote 10 à 15
Phosphore 3.2
Soufre 1.1
Cendre 12.5
Sels fixe 7.25
Sels libres 5.5

Macromolécules
Protéines 50
ADN 3à4
ARN 10
Polysaccharides 4à5
Lipides 10 à 15

Pool de métabolites
Acides aminés, Nucléotides libres, sucres acide organiques, esters, oligopeptides, ATP,
vitamines, coenzymes.

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2-Morphologie cellulaire

2.1 Formes des cellules bactériennes : les bactéries sont des organismes unicellulaires de
formes variées

- bactéries de forme arrondies ou cocci, isolées, en chaînette, en amas (nombre variable

de cellules) : Staphylocoques, Streptocoques …

- bactéries de forme allongée ou bacilles isolés, en chaînette ou amas, de longueur et

diamètre variables : E.coli, Salmonella, Bacillus etc…

- bactéries de forme spiralée spirilles, spirochètes comme Treponema

- un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant des

moisissures : les Actinomycètes

2.2 Taille : les bactéries les plus petites ont une taille d’environ 0,2 µm (Chlamydia) et les
plus longues certains Spirochètes peuvent atteindre 250 µm de long. En moyenne la taille se
situe entre 1 et 10 µm

2.3 Associations cellulaires : une espèce bactérienne peut apparaître sous forme de cellules
isolées séparées ou en groupements caractéristiques variables selon les espèces : association
par paires, en amas réguliers, en chaînette, par quatre (tétrades) etc… Cependant il faut
savoir que les groupements ne sont caractéristiques qu’au sortir de l’habitat naturel de la
bactérie; exemples :

- Les Staphylocoques isolés d’un pus présentent des groupements

caractéristiques en « grappe de raisin »

-Les Streptocoques isolés d’un lait forment des chaînettes

Ensuite lorsque ces bactéries sont cultivées sur milieux synthétiques les groupements
caractéristiques sont généralement perdus.

Dans la nature certaines bactéries vivent en groupes de cellules peu différenciées :

Cyanobactéries qui forment des trichomes.

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Les coques

Forme Mode de Schéma Exemples

groupement

Forme sphérique Isolés mais le plus Genre eisseria (.

souvent meningitidis : méningite
De 0.5 à 2 µm Diplocoques en cérébrospinale)
grain de café

Chaînette Genre Streptococcus (S.

pyogenes : lésions cutanées,
otites, conjonctivites ; S.
pneuminiae : pneumonies, otites,
sinusites)

Amas réguliers, Genre Staphylococcus

grappe de raisin

tétrades Genre Sarcina (flore intestinale),

Genre Deinococcus (non

pathogène)

Les bacilles

Forme Mode de Schéma Exemples

groupement

Droits Isolés le plus Famille des entérobactéries

souvent, en paires
0 à 6 µm de long (diplobacilles), en (commensales intestins),
Genre Bacillus (sol, eaux,
0.5 à 2 µm de large chaînes
plantes ;
extrémités plates,
pathogènes = anthracis
arrondies ou
(charbon), cereus et subtilis
carrées
(intox alim))

Incurvés Genre Vibrio (V. Cholerae :

choléra)

Coccobacilles Genre Acinetobacter

(infections
Courts et larges,
ressemblant à des nosocomiales), Haemophilus
influenza (infections

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coques respiratoires, méningite de
l’enfant, grippe espagnole)

Autres formes : Palissades ou lettres Genre Corynebacterium

(diphtheriae)
Extrémités
renflées Genre Fusobacterium
(infections
Extrémités
bronchopulmonaires)
fuselées
Genre Bifidobacterium (flore
Extrémités en
intestinale : probiotique =
forme de crosse
protège contre bactéries
pathogènes)

Les bactéries spiralées

Forme Mode de groupement Schéma Exemples

Distinction sur le Isolés Les spirochètes :

nombre et l’amplitude Treponema pallidum
des spirales (syphilis)

Taille 5 à 500 µm

Autres formes de bactéries

Forme Schéma Exemples

Bactéries pédonculées Genre Caulobacter (non pathogènes)

Bactéries filamenteuses Genres Actinomyces (souvent associé à des

inflammations sans être pathogènes)

Genre Streptomyces (tellurique = sol)

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 Eléments constants et inconstants de la structure bactérienne

Certaines structure sont présentes chez toutes les bactéries, ce sont les éléments « constants » ;
d’autres sont retrouvés seulement chez certaines bactéries : ce sont les éléments
« inconstants » ou « facultatifs ».

Eléments CO7STA7TS Eléments FACULTATIFS

Paroi (Gram+ : PG ; Gram- : mbr ext + PG) Capsule

Membrane plasmique Mésosome (rôle incertain)

cytoplasme Plasmide

Périplasme (espace périplasmique) Vacuole à gaz (bactéries aquatiques)

Ribosomes Inclusions de réserves

Polysomes Pili = fimbriae

Appareil nucléaire : chromosome unique Flagelles

Chromatophore (bactéries photosynthétiques)

Endospore (bactéries sporulant)

3-La Paroi

Enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie, donc responsable de la forme des cellules.
(« représentez-vous ça comme une bombonne de gaz »)

Elle protège des variations de pression osmotique (mer).

Elle est absente chez les Mollicutes (Mycoplasma).

La partie commune à toutes les parois bactériennes est le PEPTIDOGLYCA7E, enveloppe

la plus interne (en dehors des bactéries halophiles ou thermophiles et des mollicutes qui n’ont
pas de paroi !).

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3.1 Composition chimique

Principaux constituants chimiques présents dans la paroi des bactéries Gram positif et
Gram négatif :

Paroi des bactéries Gram (+) Paroi des bactéries Gram (-)

Osamines : N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (ANAM)

Acides teïchoiques et lipoteïchoiques Pas d’acides teïchoiques ni lipoteïchoiques

(polymères de polyribitol phosphate ou
polyglycérol phosphate)

Acides aminés dont 4 majeurs : Ala (D et L) Mêmes acides aminés

D-Glu, L-Lys, acide diaminopomélique
(DAP) (moins de L-Lys et de DAP)

Peu de lipides (1 à 2 %) Lipides en grande quantité (10 à 20 % dans

la membrane externe)

Composition du peptidoglycane

a- La chaîne polysaccharidique : faite d'une alternance de molécules de N-

acétylglucosamine (NAG) et d'acide N-acétylmuramique (NAM)
b- De chaînes latérales peptidiques identiques, composés de 4 acides aminés (tétrapeptides),
attachées aux NAM
c- Un ensemble de ponts « inter peptidiques » (pentapeptide)

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3.2 Structure Moléculaire

Membrane externe 7 à 8 nm
Peptidoglycane

De 20 à 80 nm Espace périplasmique
Peptidoglycane 2nm 10% de
(80 à 90% de la paroi) la paroi
Espace périplasmique Espace périplasmique
Membrane plasmique 7.5 nm Membrane plasmique 7.5 nm

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3.2.1 Paroi Gram +

Le peptidoglycane est le constituant majeur (90%)

Le reste correspond à un feutrage d’acide Teichoïque (10%)

Le peptidoglycane est très solide, les liaisons croisées entre chaînes glucidiques sont
nombreuses.

Présence de flagelles

3.2.2 Paroi Gram-

Beaucoup plus complexes

Il y a plusieurs couches :

1. Peptidoglycane
2. Phospholipides
3. Lipopolysaccharides (LPS)

 Le peptidoglycane est en couche mince peu dense (< 15 % du poids sec).

 L'autre constituant essentiel est un lipide complexe (A) couplé à la
glucosamine et à des résidus phosphore qui est amphiphile, possédant une partie
hydrophobe et une hydrophile. Il y a analogie entre les appellations « endotoxine
», « lipide A » et « membrane externe ».

On peut avoir des chocs endotoxiniques dus à ça.

Cette toxine est accrochée à la bactérie et non libérée dans le milieu. C’est donc la
structure qui est toxique.

 Sur les résidus glucosamine, des polysaccharides complexes sont fixés et

forment la partie la plus externe de la paroi.

Ils sont essentiels pour la physiologie bactérienne dans les processus de

pénétration de nutriments ou de toxiques, ils sont spécifiques de sous-espèces ou
de types et comportent des sucres originaux : antigènes O (AG O).

MEMBRA7E EXTER7E = LIPIDE A + AG O

 Présence de flagelles (l’insertion des flagelles diffère entre le Gram + et - )

 Présence de PORINES (protéines de passage) : seules structures de transport des composés

hydrophiles, essentielles à la vie de la bactérie mais aussi à l'action de certains antibiotiques.
D'autres protéines servent à la captation d'ions (fer), ou de vitamines (facteurs de
croissance).

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3.3 Fonction de la paroi

Afin d’étudier les rôles de la paroi, on utilise un enzyme lytique, le lysozyme.

Le lysozyme clive les liaisons β 1-4 glycosidiques entre le 7AG et le A7AM. Il en résulte
une destruction totale du peptidoglycane chez les bactéries Gram(+), et une
fragmentation de celui-ci chez les Gram(-) car le peptidoglycane est moins accessible à
cause de la membrane externe.

Expérience :

1- On place une souche de Bacillus subtilis (bacille Gram+) en milieu hypotonique :

la bactérie se comporte normalement.

2- Si on ajoute du lysozyme à cette suspension, les bactéries gonflent et éclatent.

3- On fait la même expérience en milieu isotonique, les bactéries n’éclatent pas en

présence de lysozyme, mais elles prennent une forme sphérique appellée :
PROTOPLASTE. Les protoplastes ne possèdent plus les propriétés antigéniques
de la bactérie, ne se divisent plus, ne fixent plus les bactériophages et sont
incapables de mobilité.

4- On fait la même expérience avec Escherichia coli (bacille Gram-) : en milieu

isotonique + lysozyme, les bactéries prennent une forme sphérique appelée :
SPHEROPLASTE. Les sphéroplastes conservent toutes les propriétés initiales de
la bactérie.

Rôle 1 de la paroi : assurer le maintien de la forme de la bactérie

Rôle 2 de la paroi : assurer une protection contre la pression osmotique intracellulaire

(car forte concentration en métabolites à l’intérieur de la cellule >> l’eau rentre).

Un protoplaste ne possède plus les propriétés antigéniques de la bactérie d’origine. En effet,

on trouve comme antigènes pariétaux (= de la paroi) :

- chez les Gram(+) : peptidoglycane + acides teïchoiques et lipoteïchoiques +

polyoside C chez les streptocoques .
- chez les Gram(-) : les antigènes O du LPS

Rôle 3 de la paroi : propriétés antigéniques

L’étude des protoplastes met également en évidence d’autres rôles :

Rôle 4 de la paroi : permettre la fixation des bactériophages. Ils reconnaissent des

récepteurs localisés sur le peptidoglycane des Gram(+) ou la membrane externe des Gram(-).
Cette propriété est utilisée pour l’identification de certaines bactéries : c’est la lysotypie.

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Rôle 5 de la paroi: participer à la mobilité. En effet, les flagelles sont implantés dans la
membrane cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de peptidoglycane
(d’où immobilité des protoplastes)

Rôle 6 de la paroi : toxicité. Chez les Gram(-), le LPS est une endotoxine (effet toxique porté
par le lipide A) qui peut donner fièvres et lésions.

Rôle 7 de la paroi : perméabilité. La paroi laisse passer de petites molécules comme l’eau,
les sels minéraux ou des métabolites simples. Par contre elle est plus ou moins perméable à
certains solvants (exemple l’alcool. cf coloration de Gram).

3.4 Coloration de Gram

Les différences de constitution et de structure chimique des parois Gram (+) et Gram (-)
permettent d’établir le principe de la coloration élaborée par Christian GRAM (1884) :

Certains groupes bactériens possèdent des parois très différentes de celles des Gram (+) et (-
). C’est le cas notamment des Archeobactéries et des Mycobactéries.

Chez LES ARCHAEBACTERIES, la paroi a une structure et une composition très différentes
des Eubactéries.

Mais elles peuvent être colorées par la méthode de Gram et apparaissent soit Gram+, soit
Gram- en fonction de la structure de leur paroi :

Les Gram + ont une paroi avec une couche épaisse et homogène de peptidoglycane mais
différent de celui des Eubactéries, on parle de pseudomuréine.

Les Gram- n’ont pas de mb externe ni de peptidoglycane, mais elles possèdent une couche
superficielle de sous-unités protéiques ou lipoprotéiques.

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