Université Hassiba Ben Bouali de Chlef.

Faculté de Sciences de la nature et de la vie, Département Eau, environnement et

Développement Durable

Cours Master 2 : Biodiversité et Environnement

Matière : Cycles biogéochimiques et changement globaux (UEF1)

Chargée du module : RAHIM Zohra

Les cycles biogéochimiques

On peut matérialiser l’ensemble des échanges au sein d’un écosystème pour un

élément donné. Le caractère cyclique de ce fonctionnement a donné le nom de cycle
biogéochimique.

Définition

Ces cycles se matérialisent sous la forme de réservoirs et de transferts entre ces

réservoirs. Un même élément au sein de ces cycles peut se présenter sous différentes formes
chimiques (voire physiques). Les premiers de ces cycles sont ceux de l’eau (même s’il ne
s’agit pas exactement d’un élément) et de l’oxygène. Ils sont les cycles fondamentaux du
monde vivant.
De même, on s’intéresse beaucoup aux cycles des nutriments : azote, carbone, soufre
phosphore.

L’azote constitue aujourd’hui un polluant sous la forme de nitrates (NO3) qui est lié aux
pratiques agricoles intensives qui conduisent à des ajouts importants de matière organique à la
surface des champs. Cette matière est dégradée et relâche beaucoup d’azote sous la forme
d’ammoniaque (NH4OH (ou ammonium)), lequel est ensuite transformé en nitrates. De
nombreux travaux sont consacrés à cet élément pour limiter ces pollutions.

Le phosphore est également un élément important car il est présent généralement en faibles
quantités et constitue ainsi un élément qui limite la croissance des organismes. Sous l’effet

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des activités anthropiques, des quantités importantes de phosphore peuvent être propagées
dans l’environnement et provoquer un fort déséquilibre des écosystèmes (connu par exemple
sous la forme des marées vertes).

Le carbone est bien évidemment un élément dont le cycle est particulièrement important. Le
carbone est un élément fondamental dans la constitution de tous les organismes. On peut
analyser le cycle du carbone à différentes échelles. A l’échelle d’une journée on peut
caractériser les échanges des organismes avec leur milieu (photosynthèse, respiration,
transpiration…) ; à l’échelle d’une année on intégrera les fluctuations saisonnières (croissance
des feuillages puis dégradation des feuilles dans le sol). A cette échelle on peut définir un
bilan équilibré qui correspond au cycle "naturel", ce qui permet à contrario de caractériser les
perturbations de ce cycle par les activités anthropiques qui ont pour effet d’accroître les
teneurs en CO2 dans l’atmosphère. Sur une échelle temporelle plus importante, on peut voir
que de grandes variations des réservoirs existent comme celle qui a conduit au cours de l’ère
primaire à la formation des charbons, charbons qui sont aujourd’hui brûlés par les activités
humaines (voir les modules n°1 et 3 sur les fluctuations du CO2 et l’effet de serre).

La notion de cycles biogéochimiques

La figure illustre la circulation de l’énergie et des éléments (nutriments) au sein de

l’écosystème et son caractère cyclique. L’énergie solaire provoque le fonctionnement de
système via la photosynthèse des plantes. Energie et nutriments circulent ensuite au sein des
différents compartiments (plantes, herbivores, carnivores) puis sont relâchés via les réactions
de dégradation à nouveau sous une forme minérale dans l’écosystème où ils sont à nouveau
disponibles. Lors de ces réactions et directement par les organismes, l’énergie est également
retournée vers le système, notamment sous forme de chaleur et de mouvement.

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1-Le cycle du carbone :

On appelle cycle du carbone le déplacement du carbone, sous ses diverses formes, entre la
surface de la Terre, son intérieur et l'atmosphère. Les principaux mécanismes de l'échange de
carbone sont la photosynthèse, la respiration et l'oxydation. Un transfert a lieu entre les
organismes vivants, l'atmosphère, la terre et l’eau. Au cours des millions d'années, le cycle du
carbone a concentré de grandes quantités de carbone dans la roche-mère, principalement sous
forme de calcaire, et dans les combustibles fossiles.

On se représente le cycle du carbone sous forme de quatre réservoirs ou bassins

interconnectés : l'atmosphère, la biosphère terrestre, les océans et les sédiments.

Le taux d'échange de carbone entre les réservoirs est appelé flux. Ces réservoirs sont
soit des sources de carbone soit des puits de carbone. Les puits de carbone absorbent le

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carbone d'une autre partie du cycle du carbone alors que les sources de carbone libèrent du
carbone. Par exemple, les plantes vertes absorbent le carbone de l'atmosphère et sont
considérées comme un puits de carbone. Une usine qui libère du carbone dans l'atmosphère
est considérée comme une source de carbone.

La figure : présente le cycle global du carbone et ses flux entre les quatre sphères
"superficielles" de la Planète : lithosphère, hydrosphère, biosphère et atmosphère.

2-Le cycle d’azote :

Le cycle d’azote est intéressant car les composés azotés jouent un rôle important dans :
1-Le réchauffement climatique
2-Pollution atmosphérique
3- Pluies acides
4- Destruction de l’ozone stratosphérique
Le recyclage se fait sur terre comme en mer
Contrairement au cycle de carbone l’azote atmosphérique N2 ne peut pas directement être
utilisé par les plantes, car ses deux atomes sont très fortement liés par une liaison triple.

2-1-Les étapes principales du cycle :

A-La fixation de l’azote

Réalisée par des cyanobactéries et de certaines bactéries libres ou vivant en symbiose

avec les plantes (entre autres, des légumineuses). Ainsi se fait la conversion de l'azote minéral
en azote organique. La réaction chimique peut s'écrire :

2 N2 + 3 (CH2O) + 3 H2O  4 NH4+ + 3 CO2

B- La nitrification

De manière globale, c'est une oxydation enzymatique par les bactéries des sols et de l’eau.

NH4+; NH3 ==enzymes= NOx

La nitrification transforme les produits de la fixation (NH4+, NH3) en NOx (soient

NO2- et NO3-), des nitrites et nitrates. C’est une réaction d’oxydation qui se fait par catalyse
enzymique reliée à des bactéries dans les sols et dans l’eau. La réaction en chaîne est de type:

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soit:

C-La dénitrification retourne l’azote à l’atmosphère sous sa forme moléculaire N2, avec
comme produit secondaire du CO2 et de l’oxyde d’azote N2O, un gaz à effet de serre qui
contribue à détruire la couche d’ozone dans la stratosphère. Il s’agit d’une réaction de
réduction de NO3- par l’intermédiaire de bactéries transformant la matière organique. La
réaction est de type :

Les principales réactions du cycle de l’azote

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3- Le cycle du phosphore :

Le cycle du phosphore est unique parmi les cycles biogéochimiques majeurs : il ne

possède pas de composante gazeuse, du moins en quantité significative (seulement le
phosphure d'hydrogène), et par conséquent n’affecte pratiquement pas l’atmosphère. Ce cycle
est appelé cycle sédimentaire car il s'effectue principalement entre les océans et les continents.

Le phosphore (P) est important pour la vie puisqu’il prend une part essentiel dans la
fabrication des acides nucléiques ARN et ADN. On le retrouve aussi dans le squelette des
organismes sous forme de PO4.

Origine : Pratiquement tout le phosphore en milieu terrestre est dérivé de l’altération des
phosphates de calcium des roches de surface, principalement de l’apatite. Bien que les sols
contiennent un grand volume de phosphore, une petite partie seulement est accessible aux
organismes vivants.

Transfert milieu terrestre-milieu aquatique : Ce phosphore est transformé dans les

écosystèmes terrestres et aquatiques en phosphore organique par le métabolisme des êtres
vivants. Par exemple, il est absorbé par les plantes et transféré aux animaux par leur
alimentation. Une autre partie est transportée vers les océans où une fraction est utilisée par
les organismes benthiques et ceux du plancton pour secréter leur squelette

Phosphore inorganique Phosphore organique ------Bactéries Plantes cultivées

Passage de l'état soluble à l'état

précipité et de l'état minéral à l'état
organique du phosphate dans les
milieux aquatiques

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Retour au milieu terrestre : Une partie est retournée aux sols à partir des excréments des
animaux et de la matière organique morte (par exemple avec les déjections d'oiseaux de mer
et les poissons migrateurs anadromes constituent une des seules sources de retour de
phosphore de l'océan vers les écosystèmes continentaux). Une autre fraction du phosphore se
dépose au fond de l’océan sous forme d’organismes morts ou de particules et est intégrée aux
sédiments. Ces derniers sont transformés progressivement en roches sédimentaires par
l’enfouissement ; beaucoup plus tard, les roches sont ramenées à la surface par les
mouvements tectoniques et le cycle recommence.

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Cycle de phosphore :

4-Cycle global du soufre

Le cycle du soufre est pour de nombreux aspects comparables à celui de l’azote,

excepté les entrées venant de la lithosphère par l’activité volcanique, et l’absence d’un
processus biologique de fixation du soufre de l’atmosphère dans les terres et les eaux. La
principale perturbation humaine du cycle global du soufre est la libération de SOx (SO2 plus
une petite quantité de SO3) résultant de la combustion d’huiles et de charbon et la fonte de
minerais de sulfite. Les gaz SOx endommagent la respiration humaine a fortes concentrations,
mais ils sont faiblement toxiques pour les plantes.

Le soufre est présent en petite quantité dans les organismes sous forme notamment
d'acide aminés méthionine et cystéine. Le soufre et les liaisons sulfures sont importantes pour
le métabolisme fonctionnel de nombreux champignons et être vivants.

4-1-les différentes étapes du cycle du soufre.

La fermentation anaérobie du soufre permet de convertir les composés organiques du

soufre en H2S.

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D'autres bactéries aérobics peuvent oxyder H2S en soufre et en acide sulfurique :

 Simple oxydation-réduction :

- bactérie du soufre sans couleur comme Beggiatoa ou Thiothrix :

2H2S + O2 => 2H2O + 2S

-Protobacteriaceae comme Thiobacillus thiooxidans qui oxydent le soufre en acide

sulfurique :

2S + 3O2 + 2H2O => 2H2SO4

 Réaction de photosynthèse dans les Rhodothiobacteriales de la même façon que pour

les Chlorothiobactériales (ou bactéries du soufre vertes), le soufre élémentaire est
formé en premier :

2H2S + CO2 => (CH2O)* + H2O + 2S avec de l'énergie lumineuse

Le soufre produit est stocké selon les espèces dans la cellule ou les secrétions des bactéries. Il
sera converti plus tard en acide sulfurique.

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5-Les interactions entre cycles :

Dans le monde réel, les cycles des éléments chimiques sont étroitement couplés .En
effet, les éléments comme C, N, P et S, constituants fondamentaux des molécules biologiques,
doivent être nécessairement présents en même temps pour que ces molécules puissent être
élaborées.

La partie organique du cycle de ces éléments (la biomasse vivante ou morte) est
identique. Leur libération de la matrice organique est contrôlée par le même processus de
décomposition (Scholes et al., 1999). Les cycles divergent ensuite, sachant que certains
éléments sont stockés dans l’atmosphère ou dans la lithosphère sous des formes parfois très
variées.

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