Polycopie Biochimie Structurale DR ADIDA H PDF
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Département : Biologie
Polycopié pédagogique
Habilitation Universitaire
Premier Palier
Dossier numéro (à remplir par l’administration) : ……………………………
Titre
Biochimie Structurale
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Université Oran1 Faculté SNV Département de Biologie
2ème année SNV Module : Biochimie Structurale Dr ADIDA-CHERIF H
Biochimie Structurale
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Avant-propos
Dans le premier chapitre, nous avons donné les notions de base sur les glucides, suivi par des
exercices et leurs corrigés.
Le deuxième chapitre est consacré à l’étude des structures des lipides, leurs classification et
propriétés physico-chimiques. À la fin de résumé nous trouvons des exercices proposés avec
leurs corrigés.
Le troisième chapitre décrit les structures et les classes des acides aminés. Ainsi que les
propriétés de base de ces molécules. Nous trouvons après des exercices pour bien comprendre
les caractères de ces acides aminés.
Dans le quatrième chapitre, nous avons étudié les peptides en se basant sur les différentes
méthodes de détermination de la structure d'un peptide, suivi bien-sûr par des exercices et
leurs corrigés bien détaillés.
Enfin, dans le cinquième chapitre décrit les différentes classes des protéines et les méthodes
de séparation les plus utilisés. À la fin de ce chapitre nous trouvons des exercices et leurs
corrigés
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SOMMAIRE
INTRODUCTION ……………………………………………… 1
Chapitre I : LES GLUCIDES………………………………………………... 2
EXERCICES …………………………………………………… 9
CORRIGÉS …………………………………………………….. 12
Chapitre II : LES LIPIDES …………………………………………………... 16
EXERCICES …………………………………………………… 25
CORRIGÉS …………………………………………………….. 27
Chapitre III: LES ACIDES AMINÉS ……………………………………….. 30
EXERCICES …………………………………………………… 33
CORRIGÉS …………………………………………………….. 35
Chapitre IV : LES PEPTIDES ………………………………………………... 38
EXERCICES …………………………………………………… 43
CORRIGÉS …………………………………………………….. 45
Chapitre V: LES PROTÉINES……………………………………………… 50
EXERCICES ………………………………………………… 54
CORRIGÉS ………………………………………………… 56
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES……………………………………… 58
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INTRODUCTION
La biochimie est l’étude de corrélation entre la structure des molécules biologiques et les
conséquences sur leur activité. Elle permet de comprendre selon quels "processus chimiques"
fonctionnent les organismes vivants, des plus simples jusqu'aux plus complexes.
Les structures et les propriétés de ces molécules sont abordées dans des chapitres distingués,
ce qui devrait permettre d’intégrer de façon plus aisée la diversité des molécules du vivant.
Après chaque chapitre, nous proposons des exercices avec des corrigés détailles.
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Objectifs
1. Définition
Glucides
Oses Osides
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Les osides
Holosides Hétérosides
Homopolyosides Hétéropolyosides
Un seul type d’oses Plusieurs types
d’oses
D- glycéraldéhyde L- glycéraldéhyde
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Deux molécules sont dite isomères si elles ont la même formule brute, mais la formule
développé, semi- développé et la représentation spatiale différente.
3.4.1. Enantiomère
Sont deux molécules qui sont images en miroir l’une de l’autre, comme le sont les deux
mains, on parle de la série D et L.
3.4.2. Diastéréo-isomères
Représentent le cas des composés qui ont au moins 2 carbones asymétriques, ils sont des
stéréo-isomées qui ne sont pas énantiomères. Exemple : le D-glucose et le D-gulose (car ils
différent par la configuration de 2 sur 4 de leurs C*).
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5. Les osides
Les osides sont des molécules qui donnent par hydrolyse 2 ou plusieurs molécules d’oses.
Ces oses peuvent être identiques ou différents.
Deux oses sont unis entre eux par une liaison osidique (ou glycosidique) pour donner un
diholoside.
Selon le mode de liaison des 2 oses le diholoside est non réducteur ou réducteur.
5.1.Diholoside non réducteur : liaison osido-oside
Osyl: le 1er ose dont à la fonction hémiacétalique engagée dans la liaison osidique,
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6. Polysacharide
Sont des polymères de la famille des glucides constitués de plusieurs oses liés entre eux par
des liaisons osidiques. On distingue deux catégories de polysaccharides :
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EXERCICES
Exercice N°01
3. Laquelle (lesquelles) des affirmations suivantes relatives au glucose est (sont) exacte(s)?
a. C’est un cétohexose.
b. Il est le carburant essentiel des cellules animales.
c. Il possède trois carbones asymétriques.
d. Il existe naturellement sous la forme d’un isomère de la série D.
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Exercice N°02
Indiquer si chacune des paires suivantes de sucres est formée d'une paire d'anomères,
d'épimères, de diastéréoisomères, d'énantiomères ou d'une paire d'aldose-cétose :
D-Glycéraldéhyde et Dihydroxyacétone
D-Glucose et D-Mannose
D-Glucose et D-Fructose
α-D-Glucose et β-D-Glucose
D-Ribose et D-Ribulose
D-Galactose et D-Glucose
D-Mannose et D-Galactose
Exercice N°03
Observer les oses A et B, pour chaque ose donner :
1- A quelle série d’oses appartiennent-ils ? Lequel est un aldose ?
Un cétose ?
2- Nombre de C* ?
3- Ose A : Son nom ? Le nom de ses épimères ? Représenter les
en projection de Fisher.
4- Dessiner l’isomère de A, le nommer ?
5- Représenter selon Haworth les formes cycliques pyraniques de A et furaniques de B, les
nommer ?
Exercice N°04
On considère les glucides suivants.
A : α-D-glucopyranosyl-(1→2)-β-D-fructofuranoside.
B : β-Dgalactopyranosyl-(1→4)-β-D-glucopyranose.
C : α-D-glucopyranosyl-(1→4)-α-D-glucopyranose.
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A B C
Structure
cyclique
Est-il
réducteur ? et
pourquoi ?
Exercice N°05
1. Représenter le α-D-galactopyranosyl (1 6) α-D-glucopyranosyl (1 2) β-
fructofuranoside.
2. Ce composé a-t-il un pouvoir réducteur ?
3. Une solution fraîche de ce composé présente-elle le phénomène de mutarotation ?
Exercice N°06
Soit le diholoside ci-dessous :
1- Quel est le nom de ce composé suivant la nomenclature officielle ?
2- Ce diholoside est-il réducteur ? Pourquoi ?
CH2OH
O O
CH2
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CORRIGÉS
Exercice N°01
a b c d e
1 X X X
2 X
3 X X
4 X X X
5 X X X
6 X
Exercice N°02
D-Glycéraldéhyde et Dihydroxyacétone Isomères de fonction aldose-cétose
D-Glucose et D-Mannose Epiméres en C2
D-Glucose et D-Fructose Isomères de fonction aldose-cétose
α-D-Glucose et β-D-Glucose Anoméres
D-Ribose et D-Ribulose Isomères de fonction aldose-cétose
D-Galactose et D-Glucose Epimères en C4
D-Mannose et D-Galactose Diastéréoisomères
Exercice N°03
1. Les deux oses appartiennent à la série D.
A : Aldose, B : Cétose
2. Nombre de C* : pour l’ose A c’est 4 C*. Pour l’ose B c’est 3 C*
Nombre de stéréoisoméres: A : 2n-2= 24= 16
B : 2n-3= 23 = 8
3. A : D-Mannose. Epimères : le D Glucose en C2, D-altrose en C3 et D-Talose en C4.
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Exercice N°04
A (saccharose) B (lactose) C (maltose)
Structure
cyclique
Est-il le diholoside formé n’est le diholoside formé est le diholoside formé est réducteur
réducteur ? pas réducteur car il ne réducteur car il possède car il possède un OH
et possède plus un OH un OH hémiacétalique hémiacétalique libre.
pourquoi ? hémiacétalique libre. libre.
Exercice N°05
1. la représentation du : α-D-galactopyranosyl (1 6) α-D-glucopyranosyl (1 2) β-
fructofuranoside :
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2. Le raffinose est un triholoside non réducteur. Il ne donne pas de réaction positive avec la
liqueur de Fehling (précipité rouge). Ce résultat s'explique par le fait que chaque ose
constitutif engage sa fonction réductrice dans une liaison glycosidique.
3. Phénomène de mutarotation d'une solution fraîche de raffinose. Une solution fraîche de
raffinose ne présente pas de mutarotation, car les fonctions réductrices sont engagées dans les
liaisons osidiques.
Exercice N°06
- Le nom de diholoside : β-D-galactopyranosyl (1→6) α-D-glucopyranose.
- Oui, ce diholoside est réducteur. Car, il porte une fonction carbonyle en C1 du α-D-
glucopyranose est libre.
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1. Définition
Ce sont des molécules organiques (C, H, O).
Ce sont des molécules insolubles dans l’eau (lipos) et solubles dans les solvants organiques
apolaires comme benzène, chloroforme, éther,…
Ils sont caractérisés par la présence dans la molécule d’au moins un acide gras ou chaîne
grasse.
2. Classification des lipides
La classification est basée sur la structure chimique :
Glycérides
Lipides simples
Cérides
(C, H, O)
Stérides
Lipides
Glycérophospholipides
Lipides complexes
Glycéroglycolipides
(C, H, O, N, P, S)
Sphingolipides
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3.1.1. La nomenclature
Il existe pour chaque acide gras saturé un nom systématique et un symbole qui se basent sur
sa composition chimique, et un nom courant qui rappelle son origine.
Le Symbole Cn:0
Cn : nombre de carbones
0 : indique que la chaîne est saturée (absence de double
liaison)
Exemple :
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La série ωp
p : est la position de la première double liaison notée par rapport à la
position ω (le carbone 1 est celui du
groupement méthyle terminal).
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6 Caproique 0
8 Caprylique 0
10 Caprique 0
12 Laurique 0
14 Myristique 0
16 Palmitique 0
16 Palmitoléique 1 9
18 Stéarique 0
20 Arachidique 0
22 Béhénique 0
24 Lignocérique 0
18 Linoléique 2 9, 12
18 Linolénique 3 9, 12, 15
20 Arachidonique 4 5, 8, 11, 14
Fonction alcool sur
24 Cérébronique 0
C2
26 Cérotique 0
28 Montanique 0
30 Mellisique 0
32 Laccéroique 0
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- Ce sont des esters d’acides gras + Alcool. On peut distinguer trois types d’alcool qui sont
estérifié par des acides gras, citons :
Glycérol → Glycérides
Cholestérol → Stérides
Alcool à poids moléculaire élevé → Cérides.
4.1. Les glycérides
Ce sont des esters d’acide gras (AG) et de glycérol, qui sont formés par l’union des
groupements hydroxyles polaires (OH) du glycérol avec les carboxylates (COOH) polaires des
acides gras.
Un, deux ou trois molécules d’AG estérifient le glycérol. (monoglycérides, diglycérides, et
triglycérides).
Dans un triglycéride, si les trois acides gras sont identiques, le glycéride est dit « homogène »,
s’ils sont différents, il est dit « hétérogène »
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4.2.Les stérides
Ce sont des esters d’acide gras et de stérol, créés par une estérification entre le groupe
hydroxyle d'un stérol et un acide gras.
4.3.Les cérides
Ce sont des mono-esters d'acides gras et d'alcools aliphatiques à longue chaîne « alcool gras
».
Alcool gras : il est principalement : alcools primaires, saturés et non ramifiés. Il est très
apolaire donc hydrophobe et solide à température ambiante avec une température de fusion
très élevée.
Liaison ester
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5.3.Les sphingolipides
Les sphingolipides sont constitué d'un squelette de type sphingoide, un diolamine à chaîne
carbonée longue.
Le squelette sphingoide peut être une molécule dite:
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EXERCICES
Exercice N°01 :
- trioléylglycérol
- 2-stéaryl-dipalmitylglycérol
- 1-palmityl-2-linoléyl-3-laurylglycérol
- galctosyl-dilinolénylglycérol
- 1-palmityl-2-oleyl-phosphatidylcholine
Exercice N°02 :
Soient les acides gras suivants : C16 : 0 ; C18 : 0 ; C18 : 1 (w9); C18 : 2 (w6) ; C20 : 4 (w6)
Exercice N°03 :
Exercice N°04 :
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*Le carbone α' du glycérol est liée à une molécule d'acide phosphorique, laquelle est liée à
une molécule d'Ethanolamine.
1.Écrire la formule développée de ce lipide.
2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide
3. Calculer son indice d'iode.
4. Calculer son indice de saponification.
PM glycérol = 92 g/mol ; PM acide stéarique : 284g/mol ; PM acide linoléique= 280g/mol ;
PM d'acide phosphorique= 98g/mol ; PM d'Ethanolamine= 61g/mol ; PM d’iode= 127g/mol.
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CORRIGÉS
Exercice N°01 :
1. Trioléylglycérol : lipide simple
CH – O – CO – (CH2)16 – CH3
CH – O – CO – R’
Exercice N°02 :
1. Nomination des différents acides gras :
Acide gras Noms d’acides gras
C16 : 0 Acide Palmitique
C18 : 0 Acide Stéarique
C18 : 19 Acide Oléique
C18 : 29,12 Acide Linoléique
C20 : 45,8,11,14 Acide Arachidonique
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2. Point de fusion : c’est la température à laquelle l’acide gras passe de l’état solide à l’état
liquide ou inversement. Il dépend de deux facteurs :
6. La langueur de la chaine hydrocarbonée : plus la langueur de chaine hydrocarbonée
augmente, plus le point de fusion augmente.
7. Le nombre d’insaturations : plus le nombre de doubles liaisons augmente, plus le point de
fusion diminue.
Exercice N°03 :
CH – O – CO – (CH2)16 – CH3
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4x127 857.14g
X 100g
L’indice d’iode = 59.26g
Exercice N°04 :
743g 4x127
100g x
I.I= 68.37g
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Objectifs
1. Définition
Sont des acides organiques contenant un groupement amine, les plus communs des acides aminés
sont les acides α –aminés de la série L. Seulement 20 acides α -aminés L sont utilisés pour
produire les protéines.
Un acide aminé est une molécule simple qui comprend une fonction
acide (–COOH) et une fonction amine (–NH2).
Acides aminés
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4. Propriétés physico-chimiques
- Les acides aminés sont des molécules solubles dans l'eau donc dans les liquides
physiologiques par leurs diverses propriétés.
- Les solutions d’acides aminés sont incolores
- La plupart des AA absorbent à une λ < 230 nm
- Les AA aromatiques absorbent vers 280 nm (ultraviolet).
5. Ionisations des acides aminés
- 2 fonctions ionisables sont portées par le C*, conférant aux acides aminés leur caractère
amphotère.
À pH acide (saturation en H+), les formes protonées, acides dominent. L'acide aminé est alors
un cation (aminoacide chargé positivement) portant un groupement COOH et un groupement
NH3+.
À pH basique (départ maximal des H+), les formes déprotonées dominent. L'acide aminé est
alors un anion (aminoacide chargé négativement) portant un groupement COO- et un
groupement NH2
Les acides aminés peuvent être séparé et analysé par différentes techniques:
Électrophorèse
Chromatographie sur résine échangeuse d'ions
6.1. Séparation des acides aminés par électrophorèse
Dans un milieu liquide ou semi-liquide sont plongé deux électrodes : Une cathode (chargé
négativement) et une anode (chargé positivement). Puis il aura un courant électrique qui
s’applique sur ces deux électrodes. Les molécules vont migrer en fonction de leurs charges.
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- Les acides aminés chargés négativement appelés les anions vont migrés vers l’anode
chargée positivement.
- Les acides aminés chargés positivement appelés les cations vont migrés vers la
cathode chargée négativement.
6.2. Séparation des acides aminés par Chromatographie sur résine échangeuse d'ions
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EXERCICES
Exercice N°01 :
Exercice N°02 :
D’après les valeurs de pKa des groupements α-carboxyle, α-aminé et chaines latérales du
tableau ci-dessous. Calculer le point isoélectrique des acides aminés.
Exercice N°03:
À quel schéma correspond la migration des deux acides aminés AA1 et AA2, lors d’une
électrophorèse sur papier à pH 9,8 ? Justifiez votre réponse.
a)
Anode AA1 pHi 3,1 Cathode
AA2 pHi 5,2
b)
c)
d)
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Exercice N° 04 :
Une électrophorèse sur papier est effectuée à pH = 6 sur un mélange d’acides aminés ( Gly,
Ala, Glu, Lys, Arg et ser).
Exercice N°06 :
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CORRIGÉS
Exercice N°01 :
pK8,9 pK2,2
Pour calculer le pHi d’un acide aminé basique, on choisit les deux pK basiques.
Exercice N°02 :
pK1 (α-COOH) pK2 (α-NH3) pKR (chaines latérales) pHi
Justification
L’Histidine est acide aminé basique, c’est pour cette raison que le pHi est calculé à partir
des pK des deux groupement NH3+.
La tyrosine à 3 pK mais nous utilisons le pK 1 et le pK 2. Le radicale de la tyrosine porte un
groupement OH qui est un acide très faible donc le pHi dépond des pK des autres
groupements
La Cystéine à un groupement SH qui est plus acide que le groupement OH donc il
influence le pHi et ce dernier va être calculé à partir du pK1 et pKR.
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Exercice N°03 :
Justification
Pour trouver la charge des acides aminés il faut comparer pH du milieu par rapport au pHi des
AA : pH ˂ pHi AA+
pH > pHi AA-
pH = pHi AA0
pH milieu = 9.8 > pHi AA1=3.1 AA1-
Les deux acides aminés sont chargés négativement donc ils vont migrer vers l’anode qui est
chargé positivement.
Exercice N°04 :
1 Faux : La forme zwitterion d’un acide aminé possède une charge globale nulle
2 Faux : Le glutamate migre vers l’anode lors d’une électrophorèse à pH 12.
3 Faux : La tyrosine fait partie des acides aminés cyclique.
4 Faux : Les acides aminés des protéines appartiennent tous à la série L.
5 Faux : La méthionine est un acide aminé qui possède un atome de soufre
6 Vrai
7 Faux :
8 Vrai
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Exercice N° 06 :
Acides aminés pHi Charge à pH=12 Charge à pH=2
l’Acide glutamique 3,22 - +
Glycine 5,95 - +
Arginine 10,75 - +
Sur colonne échangeur d’anions (-), la phase stationnaire est chargé positivement. Le mélange
des 3 acides aminés doit être passé à travers la colonne.
D’abord à un pH =12, les 3 acides aminés sont chargés négativement, ces acides aminés
seront donc fixés par des liaisons ioniques sur la phase stationnaire dans la colonne.
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Objectifs
1. Définition
Un peptide est une molécule constituée d'acides aminés enchaînés par un lien peptidique.
La réaction d’un groupe COOH d’un acide aminé avec un groupe NH2 d’un autre acide
aminé donne un amide. La liaison formée est une liaison peptidique, cette liaison, une fois
formée, est très stable.
• Les chaînes peptidiques sont vectorisées : les liaisons peptidiques attachent les acides
aminés dans un ordre spécifique.
• Les aminoacides engagés dans une chaîne peptidique sont appelés résidus. Leur nom est
celui de l'aminoacide auquel on ajoute le suffixe « yl ».
• Les deux aminoacides aux extrémités de la chaîne sont appelés : N-terminal pour celui qui
a sa fonction aminée libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction COOH libre.
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Une liaison covalente (pont S-S) intra-chaines est présente et réalisée par l’oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystéines.
3.3. Peptide formé de plusieurs chaînes (polycaténaire)
Une liaison covalente (pont S-S) inter-chaines est présente et réalisée par l’oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystéines appartenant à deux chaines peptidiques différentes.
4. Détermination de la structure d'un peptide
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Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur un des
aminoacides participant à la liaison. Il s’agit de :
4.2.1. Bromure de cyanogène (BrCN) : hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de
la méthionine.
4.2.2. Le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) : hydrolyse la liaison peptidique du côté
amine de la cystéine.
4.2.3. Détermination de l’AA N-terminal d’un peptide :
Méthode de SANGER au DNFB (2,4 dinitro- fluorobenzène)
Le DNFB se fixe sur l’acide aminé N-terminal, qui porte une fonction NH2 libre.
Après hydrolyse au HCl, tous les AA sont libres, et l’acide aminé N-terminal est sous forme
de DNP-AA (dinitrophényl-AA).
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L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut être réalisée par des enzymes protéolytiques
(protéases ou encore peptidases)
4.3.1. Exopeptidase
4.3.2. Endopeptidase
L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i, (i+1). Il peut
être spécifique du résidu en position i ou (i+1).
L'hydrolyse d'un peptide par une endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques.
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EXERCICES
Exercice N°01
Exercice N°04
Donner les résultats des traitements suivants :
Val-Leu-Asp-Arg + Thermolysine ……………...…………..………………………
Leu-Phe-Arg-Lys-Met + Trypsine ………………..…………..………………………
Met-Val-Trp-Tyr+ chymotrypsine ……………….…………..………………………
Val-Phe-Trp-Asp-Pro + PITC + HCl …………………………..………………………
Phe-Val-Met-Arg-Leu + DNFB + HCl …………………………..………………………
Val-Leu-Arg-Asp + Dansylation + HCl …………………………………….…………………
Val-Leu-Asp-Arg + action de Sanger+HCl ……………………………..………………….
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Exercice N°06
Exercice N° 07
Soit un nanopeptide sujet à plusieurs analyses visant la détermination de sa séquence en
acides aminés. A la lumière des résultats suivants, déduire la séquence du polypeptide.
- Hydrolyse acide: (Ala2 , Arg , Lys2 , Met, Phe, Ser2);
- Digestion à la carboxypeptidase A: Ala;
- Digestion à la trypsine: (Ala, Arg), (Lys, Phe, Ser), (Lys), (Ala, Met, Ser)
- Traitement au bromure de cyanogène: (Ala, Arg, Lys2 , Met, Phe, Ser), (Ala, Ser)
- Digestion à la thermolysine: (Ala), (Ala, Arg, Ser), (Lys2 , Met, Phe, Ser)
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CORRIGÉS
Exercice N°01
1. Lys-Met-Ala-Gly
Lysyl-methionyl-alanyl-glycine
2. Val-Ser-Gly.
Valyl-seryl-glycine
Exercice N°02
1. La structure tétrapeptide: Asp-Gly- Glu-Arg
H2N-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COOH
CH2 H (CH2)2 (CH2)3
COOH COOH NH
C=NH2
NH2
3- L’enzyme qui peut libérer l’Arg de ce peptide: c’est la Carboxypeptidase
Carboxypeptidase : c’est une exopeptidase qui catalyse le clivage (de façon séquentielle) des
LP à partir de l’extrémité C-terminale.
Exercice N°03
1. La formule chimique développée de peptide:
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- Le chlorure de dansyl forme avec l’aminoacide N-terminal un dérivé dansylé qui se libère
après hydrolyse sous forme de Dansyl-aa très fluorescent. On en conclu que :
P = ……………………..Val-Ile-Leu-Lys
Phe---/Asx-Val-Ile-Leu
chymotrypsine
Puisque Thr est l’acide aminé N-terminal, et puisque la charge nette de P est-1, donc Asx et
Glx ne peuvent être que Glu et Asp (confirmé par l’étude de distribution de charges à pH
6,5). P s’écrit :
(+1) NH+3 Thr - Glu - Phe - Asp - Val - Ile - Leu – Lys (+1) NH+3 et (-1) COO-
Exercice N°07
Nanopeptide : ce constitue par 9 acides aminés
- Hydrolyse acide: (Ala2 , Arg , Lys2 , Met, Phe, Ser2) ça donne 9 acides aminés donc aucun
AA n’est détruit pas l’hydrolyse.
- Digestion à la carboxypeptidase A: c’est une exopeptidase qui catalyse le clivage (de façon
séquentielle) des liaisons peptidiques à partir de l’extrémité C-terminale. Donc C-terminal = Ala.
- Digestion à la trypsine: c’est une endopeptidase catalyse le clivage des liaisons peptidiques du
côté (-CO) de : Arg et Lys. Ça donne :
a. (Ala, Arg),
b. (Lys, Phe, Ser)
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c. (Lys),
d. (Ala,Met,Ser).
Puisque le C terminal est un Ala donc on peut savoir le fragment qui vient à la fin du peptide
C’est a ou d.
Mais puisque le d ne contient pas d’Arg ni la lysine donc c’est le fragment C-terminal
L’ordre de chaque peptide doit changer en sort que la Lys ou Arg sera le C-terminal.
a. (Ala- Arg),
b. (Phe, Ser)-Lys),
c. (Lys),
d. (Ser, Met -Ala)
De plus, la digestion à la trypsine indique qu'une Lys est situé du côté C-terminal de Lys ou
Arg (libération d'une lysine avec la trypsine). Donc le fragment « C « est soit le 2eme soit le
3eme.
- Traitement au bromure de cyanogène donne deux peptides (Ala, Arg, Lys2 , Met, Phe, Ser),
(Ala, Ser).
- Le bromure de cyanogène (BrCN) : hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de
la méthionine. Donc cet acide aminé est le 1er de la chaine d.→(Met-Ser-Ala).
- Digestion à la thermolysine donne : (Ala), (Ala, Arg, Ser), (Lys2 , Met, Phe, Ser).
Ala+ Met,Ser+ 2Lys,1Ser,1Arg,1Ala,1Phe
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(Ser et Phe ) on peut pas savoir qui vient avant l’autre donc il faut les écrire entre ( ) séparé
par une virgule.
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Objectifs
1. Définition
Les protéines (ou les protides) sont des polymères (macromolécules) composée d’une ou
plusieurs chaînes d'acides aminés (chaines polypeptidiques) .
2. Structure des protéines
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tr: est le temps de rétention au cours d’une chromatographie ; c’est le temps durant
lequel les molécules sont retenues à l’intérieur des billes du gel.
Ve: est le volume d’élution ; volume de l’éluant qui permet la sortie (élution totale)
d’une molécule.
d: est le débit de la colonne : c’est un débit réglable (unité de temps qui permet la
sortie d’un volume donné de l’éluat).
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EXERCICES
Exercice N°01
Quel est le temps de rétention d’une protéine, séparer par chromatographie sur séphadex ; sachant que
le débit d de la colonne est de 4mL/min et le volume d’élution est de 68mL:
Exercice N°02
Les 5 protéines dont les masses moléculaires et les points isoélectriques sont donnés ci-
dessous, sont séparées par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS.
Donner l'ordre de leur migration du sommet (le point de dépôt des échantillons) à la partie
inférieure du gel.
a: alpha-Antitrypsine (PM: 45000, pI: 5,4),
b: Cytochrom c (PM: 13400, pI: 10,6),
c: Myoglobine (PM: 17000, pI: 7,0),
d: Albumine sérique (PM: 69000, pI: 4,8),
e: Transferrine (PM: 90000, pI: 5,9)
Exercice N°03
Dans quel ordre apparaîtront les protéines suivantes après filtration d’un mélange sur gel de
séphadex dont la limite d’exclusion est de 200 000 : myoglobine (MM = 16 000), catalase
(MM = 500 000), cytochrome C (MM = 12 000), chymotrypsinogène (MM = 26 000) et
sérumalbumine (MM = 65 000).
Exercice N°04
On détermine les temps de rétention (tr) au cours d’une chromatographie sur séphadex, des
protéines suivantes dont on connaît la masse moléculaire (MM) (le débit d de la colonne est
de 5mL/min) :
MM tr (min)
Aldolase 145 000 10,4
Lactate déshydrogénase 135 000 11,4
Phasphatase alcaline 80 000 18,4
Ovalbumine 45 000 26,2
Lactoglobuline 37 100 28,6
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CORRIGÉS
Exercice N°01
tr = Ve/d
tr: est le temps de rétention au cours d’une chromatographie ; c’est le temps durant lequel
les molécules sont retenues à l’intérieur des billes du gel.
Ve: est le volume d’élution ; volume de l’éluant qui permet la sortie (élution totale) d’une
molécule.
d: est le débit de la colonne : c’est un débit réglable (unité de temps qui permet la sortie
d’un volume donné de l’éluat).
Exercice N°02
L’ordre de migration des protéines du Sommet à la partie inférieure: e, d, a, c, b.
La séparation est réalisée en fonction de la taille des molécules (PM).
Exercice N°03
SAB 65 000, puis Chymotrypsine 26 000 ensuite myoglobine 16 000 et enfin CytC 12 000.
Exercice N°04
Protéines Ve = d x tr
Aldolase 5 x 10,4 = 52 mL
LDH 5 x 11,4 = 57 mL
PAL 5 x 18,4 = 92 mL
Ovalbumine 5 x 26,2 = 131 mL
Lactoglobuline 5 x 28,6 = 143 mL
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2. La représentation graphique de Log MM = f (Ve) donne une droite qui fournit un moyen
rapide et relativement précis pour évaluer les MM des protéines inconnues.
MM Log MM log MM
80 000 4,96
45 000 4,65
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Références bibliographiques :
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INTRODUCTION ……………………………………………………………. 1
Chapitre I : LES GLUCIDES……………………………………………… 2
1. Définition………………………………………………………………………. 2
2. Classification des glucides……………………………………………………... 2
3. Structure linéaire des oses (la représentation de Fischer) …………………… 3
6.1. La série D et L des oses ………………………………………………………... 3
6.2. Filiation des aldoses……………………………………………………………. 4
6.3. Filiation des cétoses……………………………………………………………. 4
6.4. Les isomères …………………………………………………………………… 5
6.4.1. Enantiomère…………………………………………………………………….. 5
6.4.2. Diastéréo-isomères …………………………………………………………….. 5
6.4.3. Les épimères …………………………………………………………………… 5
6.4.4. Les isomères de fonctions……………………………………………………… 5
7. Structure cyclique des oses : structure de Haworth…………………………… 5
7.1. Cyclisation des oses ……………………………………………………………. 6
8. Les osides ……………………………………………………………………… 7
8.1. Diholoside non réducteur : liaison osido-oside………………………………… 7
8.2. Diholoside réducteur : liaison osido-ose……………………………………… 7
8.3. Nomenclature des diholosides …………………………………………………. 7
8.4. Polysacharide …………………………………………………………………... 8
EXERCICES………………………………………………………………….. 9
CORRIGÉS……………………………………………………………………. 12
Chapitre II : LES LIPIDES…………………………………………………... 16
1. Définition ……………………………………………………………………… 16
2. Classification des lipides……………………………………………………….. 16
3. les acides gras…………………………………………………………………... 17
3.1. Acides gras saturés…………………………………………………………… 17
3.1.1.La nomenclature……………………………………………………………… 17
3.2. Acides gras insaturés ………………………………………………………… 18
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1. Définition ………………………………………………………………............ 38
2. Les chaînes peptidiques et leur nomenclature………………………………… 38
3. Classification des peptides …………………………………………………… 39
3.1. Peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et linéaire………………… 39
3.2. Peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et cyclique………………… 39
3.3. Peptide formé de plusieurs chaînes (polycaténaire) …………………………… 39
4. Détermination de la structure d'un peptide…………………………………… 39
4.1. Hydrolyse chimique complète…………………………………………………. 39
4.2. Hydrolyse chimique spécifique………………………………………………… 40
4.2.1. Bromure de cyanogène (BrCN) ……………………………………………… 40
4.2.1. Le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) ……………………………………… 40
4.2.3. Détermination de l’AA N-terminal d’un peptide ……………………………… 40
4.2.4. Détermination du C-terminal d’un peptide…………………………………… 41
4.3. Hydrolyse enzymatique………………………………………………………… 42
4.3.1. Exopeptidase………………………………………………………………........ 42
4.3.2. Endopeptidase………………………………………………………………….... 42
EXERCICES………………………………………………………………....... 43
CORRIGÉS……………………………………………………………….......... 45
Chapitre V : LES PROTÉINES……………………………………………… 50
1. Définition………………………………………………………………................. 50
2. Structure des protéines ………………………………………………………… 50
2.1. Structure primaire ………………………………………………………………... 50
2.2. Structure secondaire …………………………………………………………… 50
2.3. Structure tertiaire ………………………………………………………………... 51
2.4. Structure quaternaire …………………………………………………………… 51
3. Quelques techniques de purification et d’étude des protéines ………………… 51
3.1. Electrophorèse sur gel …………………………………………………………… 51
3.2. Chromatographie d’exclusion moléculaire ou gel de filtration ou tamisage 52
moléculaire ……………………………………………………………….............
EXERCICES………………………………………………………………......... 54
CORRIGÉS……………………………………………………………….......... 56
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES……………………………………… 58
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