Chimie Biochimie

PASS/LAS option santé 2023

1. Acides aminés
2. Peptides et protéines
Protides

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Peptides - Protéines
1. Définition
2. Liaison peptidique
3. Nomenclature
4. Ionisation
5. Structure - conformation
6. Classification
7. Propriétés
8. Méthodes d’étude
9. Illustrations
 1. Définition
Condensation linéaire d’acides aminés
Acides a aminés

n < 100

P E P T I D E S

n < 20 n > 20

oligopeptides polypeptides

1. Définition
Condensation linéaire d’acides aminés
Acides a aminés

n > 100

P R O T E I N E S
une seule plusieurs
chaîne chaînes
peptidique identiques ou non
monomériques multimériques
 2. Liaison peptidique
Condensation de la fonction aCOOH d’un acide aminé
avec la fonction aNH2 d’un autre acide aminé
è formation d’une liaison amide
= liaison peptidique

Fonct° acide Fonct° amine Liaison amide

R R’ R R’
COOH + H2N
H2N—C—COOH N—C—COOH H2N—C—CO—NH—C—COOH
CO—NH
H H H H
Acide aminé 1 Acide aminé 2 H 2O Dipeptide

Liaison stable, l’hydrolyse spontanée est quasiment nulle

q Caractères
– orientation

N C
Carbone a H
O
C Carbone a + 2

H N N C
H
C C N C
C
H
Carbone a + 1
O
q Caractères
– orientation
– coplanéité de Ca, C, O, N, H, et C a+1

plane

C H C H C H
°° +
C N C N C N
O C O- C O C
Formes limites d’écriture Structure mésomère

q Caractères
– orientation
– coplanéité de Ca, C, O, N, H, et C a+1
– rotation des plans : angles F et Y
– disposition « trans » privilégiée

Carbone a H
O
C Carbone a + 2

H N N C
H
C C N
F C
y
C
H
Carbone a + 1
O
q Caractères
– orientation
– coplanéité de Ca, C, O, N, H, et C a+1
– rotation des plans : angles F et Y
– disposition « trans » privilégiée
– donneur et accepteur d'interaction Hydrogène

Carbone a C
H
O
Carbone a + 2
H N N C
H
C C N C
C
H
O Carbone a + 1
 3. Nomenclature
q Nomenclature des chaînes peptidiques
– acides aminés de la chaîne peptidique = résidus
– nom des résidus = nom des AA + suffixe -yl
(sauf AA dont le groupe a carboxylique est libre)
– acides aminés numérotés de gauche à droite à
partir de l’extrémité N-terminale
– acides aminés aux extrémités de la chaîne
• N-terminal pour la fonction amine libre (a-NH2)
• C-terminal pour la fonction carboxylique libre (a-COOH)
q Types de peptides
– Linéaires
– Cycliques
 4. Ionisation

q Extrémités N et C terminales (pratiquement

toujours présentes)
– une fonction amine
– une fonction acide carboxylique
q Chaînes latérales (selon la composition)
– des fonctions « amine »
– des fonctions acide carboxylique

COOH + ++ COO- + ++ N+ COO-

+ +
N+ + + N
+ +
%
FORME FORME FORME
POSITIVE ZWITTERIONIQUE NEGATIVE

pHi pH
FORME MOLECULAIRE MAJORITAIRE

FORME FORME
POSITIVE FORME NEGATIVE
ZWITTERIONIQUE

CHARGE ELECTRIQUE GLOBALE

pH < pHi pH > pHi
CHARGE POSITIVE CHARGE NEGATIVE
AUGMENTE AUGMENTE

Ionisation des peptides

 5. Structure - Conformation
G (NH2) Dimère
I
R Monomère
I
D Hélice a Domaine
I
F
I
W
....

L
I
D Feuillet b
I
S
I
T(COOH) Structures
primaire secondaire tertiaire quaternaire
ordre des motifs structuraux organisation interne organisation des
acides aminés de base liée au repliement sous unités

1. Structure primaire
= ordre d'enchaînement des acides aminés
succession des liaisons peptidiques
numérotation depuis extrémité N-term à C-term
symbole uni-littéral ou abréviation de 3 lettres

glycine Gly G méthionine Met M cystéine Cys C phényl alanine Phe F

alanine Ala A proline Pro P glutamine Gln Q tryptophane Trp W

valine Val V sérine Ser S asparagine Asn N histidine His H

leucine Leu L thréonine Thr T a. glutamique Glu E lysine Lys K

isoleucine Ileu I tyrosine Tyr Y a. aspartique Asp D arginine Arg R

(H2N)G1-R-D-F-W....L-D-S-Tn(COOH)
Gly-Arg-Asp-Phe-Trp…...Leu-Asp-Ser-Tyr
2. Structure secondaire

§ Organisation tridimensionnelle d’enchaînements limités

d'acides aminés (10 - 20) de la protéine
– repliement grâce aux possibilités de rotation des
plans des liaisons peptidiques au niveau des carbones
a (angles F et Y)
– stabilisation de ces repliements par des interactions
hydrogène

§ Structures ordonnées
- hélices dont hélice a
- feuillets b
- coudes

Hélice a
q hélice droite > structure COOH
compacte
q 3,6 ac. aminés par tour
¨
q interactions hydrogène
O
N
C
entre CO (aa n) et NH (aa n+4)
I
H

O
N
C I
q chaînes latérales H

tournées vers l'extérieur

O
C N
I
H

représentation schématique NH2

 Feuillet plissé b

Interaction Chaîne latérale

hydrogène

q structure étirée : plissements au niv° Ca

q interactions hydrogène entre CO et NH
q orientations alternées des CO — NH
q chaînes latérales alternativement au
dessus et au dessous du plan schématiquement

Coudes
2 types de coude :
1. segment peptidique d'environ 4 résidus - 1 ou 2 interactions
hydrogène entre le 1er et le dernier résidu du coude
2. coude à Proline

COOH
3. Structure tertiaire
Organisation tridimensionnelle des éléments ordonnés
et/ou désordonnés
® aspect tridimensionnel d’une chaîne peptidique entière
• repliement grâce aux boucles et aux structures non ordonnées
• stabilisation par :
pont disulfure
interactions faibles

Feuillet b

Hélice a
Struct.
Structure
tertiaire
secondaire
Structure quaternaire

Structure IIIre : liaisons en cause

Interaction
par transfert
d'électrons
C
2

H2
H
-C

--

entre CO et NH
peptidiques

Interaction
entre chaîne latérale Interaction ionique
et CO peptidiques hydrophobe

Liaison disulfure
entre chaînes latérales Interaction
de Van der Waals

Interaction hydrogène
 Structure IIIre : aa impliqués

Liaison covalente Pont disulfure (—S—S—) entre 2 Cys

Interact° ionique Ac. aminés chargés : ex Lys+, Glu-
Interact° hydrogène Groupts CO et NH des liaisons peptidiques
Ac. aminés polaires : ex Ser
Interact° hydrophobe Ac. aminés aliphatiques : ex Ala
Ac. aminés aromatiques : ex Phe
Autres ac aminés : ex Met
Transfert d’électrons p Ac. aminés aromatiques : ex Phe

Van der Waals Tous les acides aminés

Structure tertiaire - conséquences

Ø Ensemble organisé compact

Ø Répartition :
v ac aminés polaires : périphérie
v ac aminés non polaires : centre

Ø Détermine la forme active – domaines fonctionnels

4. Structure quaternaire

Uniquement pour les protéines multimériques

comportant plusieurs sous unités

® aspect tridimensionnel de l'association des sous

unités

liaisons en cause : - interactions faibles +++

- ponts disulfures

6. Classification
q Holoprotéines
acides aminés
q Hétéroprotéines
acides aminés + élément(s) non
protéique(s) = groupement(s) prosthétique(s)

§ Phosphoprotéines.................... phosphore
§ Glycoprotéines......................... glycanes
§ Lipoprotéines........................... lipides
§ Nucléoprotéines...................... ac. nucléiques
§ Chromoprotéines..................... métal
Rôle des modifications post(co)-traductionnelles
Réguler l'activité des protéines

Ø les "étiqueter" afin qu'elles soient reconnues par

d'autres molécules ou par des systèmes de dégradation

Ø les ancrer dans une membrane

Ø les intégrer à une cascade de signalisation

Ø les "adresser" à un compartiment cellulaire

Ø définir une identité immunologique (groupes sanguins)

Phosphorylation

Ser
Thr
Tyr

phosphatase

Ø changements de conformation de la protéine

Ø modifications des propriétés fonctionnelles
Ø activation / inhibition
Ø régulations de voies métaboliques,transcription
de gènes…
 Glycosylation

q Glycoprotéines = protéines qui possèdent une

ou plusieurs chaînes oligosaccharidiques
(glycanes)

q Liaison covalente au squelette polypeptidique

Ø Liaison N Glycosidique
Ø Liaison O Glycosidique

Liaison N Glycosidique
fonction amide d’un résidu asparagine
& N. Acetyl-glucosamine
CH2 OH O Pr otéine
O NH C CH2
GlcNAc Asn
liaison N osidique

NH Ac

Liaison O Glycosidique
hydroxyle d’un résidu sérine, thréonine
& N. Acétyl-galactosamine
CH 2 OH
O liaison O osidique
GalNAc
O CH 2
Ser
NH Ac Pr otéine
Ü Rôles