Cerema XXXXXXX

Natura 2000 et infrastructures de transport

Recommandations pour l’évaluation des incidences
Novembre 2020

Photo éventuelle
Crédit photo : © Nicolas Georges/Cerema
 Rapport d’étude du Cerema

Natura 2000 et infrastructures

de transport
Recommandations pour l’évaluation des incidences

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Version Date Commentaire

1 13 novembre 2020 /

Affaire suivie par

Nicolas GEORGES - Département DCEDI – Service Infrastructures & Environnement

Tél. : 04 42 24 77 39

Courriel : nicolas.georges@cerema.fr

Cerema Méditerranée – 30, rue Albert Einstein – CS70499 – 13593 Aix-en-Provence cedex 3

Références
n° d’affaire : C15EA0021
Partenaire : DGITM

Rapport Nom

Établi par Nicolas GEORGES

Avec la
Christophe PINEAU (Cerema ouest)
participation de
Virginie BILLON (Cerema centre-est)
Luc CHRETIEN (Cerema est)
Contrôlé par
Stéphanie LEBRET (Direction départementale des territoires Haute-Garonne)
Agnès ROSSO-DARMET (Cerema Méditerranée)

Validé par Charlotte LE BRIS (Cerema Direction Territoires & ville)

Résumé de l'étude :

Cette note d’information offre un panorama synthétique, théorique et pratique de l’évaluation des incidences Natura
2000. Elle s’appuie sur quatre parties relatives à la définition du réseau écologique européen Natura 2000, la
législation sous-tendant l’évaluation des incidences, le déroulé de ce type d’évaluation et des recommandations
permettant d’éviter les écueils récurrents constatés sur les dossiers relatifs aux infrastructures de transports.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 2

SOMMAIRE
INTRODUCTION........................................................................................................................4

1 LE RÉSEAU NATURA 2000..................................................................................................5

1.1 Natura 2000, un réseau européen......................................................................................5
1.2 Le réseau Natura 2000 en France......................................................................................6

2 CADRE LÉGISLATIF ET RÉGLEMENTAIRE DE L’ÉVALUATION DES INCIDENCES.......7

2.1 Le cadre juridique de la Directive 92/43/CEE.....................................................................7
2.2 Le cadre législatif et réglementaire général français..........................................................8
2.2.1 Les principes du dispositif actuel...................................................................................................................................................................8

2.2.2 Les projets concernés par l’évaluation des incidences...................................................................................................................................8

2.2.3 Les sites Natura 2000 concernés par l’évaluation des incidences..................................................................................................................9

2.2.4 Les habitats naturels et les espèces concernées par l’évaluation des incidences.........................................................................................10

2.2.5 Le cas des sites abritant des habitats naturels et des espèces prioritaires...................................................................................................10

3 LE DOSSIER D’ÉVALUATION DES INCIDENCES NATURA 2000....................................11

3.1 Principes de réalisation.....................................................................................................11
3.2 Les étapes de réalisation de l’évaluation des incidences................................................12
3.2.1 Déterminer si le projet est susceptible d'avoir ou non une incidence sur un ou plusieurs sites Natura 2000.................................................12

3.2.2 Analyser précisément les incidences du projet sur le site Natura 2000........................................................................................................13

3.2.3 Limiter les incidences dommageables par des mesures d’évitement et de réduction....................................................................................14

3.2.4 Argumenter le scénario de projet retenu et compenser les incidences résiduelles significatives...................................................................14

3.3 Relation avec la Commission européenne.......................................................................15

4 LES POINTS CLÉS DE L’ÉVALUATION DES INCIDENCES.............................................17

4.1 La recherche des solutions alternatives...........................................................................17
4.2 La définition de l'aire d’influence du projet.......................................................................18
4.3 La notion de "raisons impératives d’intérêt public majeur"...............................................20
4.4 Le champ d'évaluation des incidences.............................................................................21
4.5 L'appréciation de l'état de conservation dans l’analyse...................................................22
4.6 Le soin de la qualification des incidences (significatives ou non)...................................23
4.7 L’importance de la forme...................................................................................................23

5 RÉFÉRENCES RÉGLEMENTAIRES...................................................................................24
5.1 Textes européens..............................................................................................................24
5.2 Code de l'environnement..................................................................................................24
5.3 Circulaires.........................................................................................................................24

6 POUR ALLER PLUS LOIN..................................................................................................25

 Introduction
Le réseau écologique européen Natura 2000 constitue un pivot de la préservation de la
biodiversité de l’Union européenne. Toute incidence sur son intégrité et sa cohérence doit
donc faire l’objet d’une évaluation adaptée.

Les maîtres d'ouvrage et concepteurs d'infrastructures ont donc l’obligation de réaliser

l'évaluation des incidences de leurs projets pouvant impacter des sites du réseau Natura
2000.

Cette note vise à les aider et se compose ainsi :

• Une première partie rappelant la consistance et l’état du réseau Natura 2000 ;
• Une deuxième partie cadrant les exigences réglementaires et législatives
associées à l'évaluation des incidences ;
• Une troisième partie présentant la constitution générale d’un dossier d’évaluation
des incidences ;
• une quatrième partie proposant des recommandations sur les points clés du
dossier d’évaluation des incidences.

Elle a pour objectif d’éclairer les maîtres d’ouvrage et leurs bureaux d’étude sur les
conditions techniques et méthodologiques de bonne réalisation des évaluations
d'incidences sur les sites Natura 2000.
Elle met l'accent sur les questions essentielles posées par la réglementation relative à
Natura 2000 et plus généralement par l’évolution des doctrines nationales relatives aux
procédures d’évaluation des dommages environnementaux, que ce soit pour des projets
neufs ou des travaux d’entretien des réseaux.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 4

 1 Le réseau Natura 2000

1.1 Natura 2000, un réseau européen

Le réseau Natura 2000 est un réseau écologique européen composé de sites abritant des
habitats naturels ou des espèces de flore et faune sauvages d'intérêt communautaire ;
c’est-à-dire des milieux naturels et des espèces rares ou menacés pour lesquels le
territoire de l’Union européenne porte une responsabilité quant à leur maintien ou leur
rétablissement dans un état de conservation favorable.

Le réseau Natura 2000 vise donc à préserver ce patrimoine naturel, avec l’ambition de
concilier préservation de la biodiversité et développement d’activités humaines lorsque
cela est possible. En ce sens, le réseau Natura 2000 ne conduit pas à « la mise sous
cloche » d’un territoire, mais permet un développement économique dès lors que ce
dernier n’est pas préjudiciable au maintien des habitats ou espèces concernés.

Ce réseau est composé de sites désignés par chacun des États membres de l’UE, en
application de deux directives européennes :
 Directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009 1, concernant la conservation des
oiseaux sauvages, dite « Directive Oiseaux » ;
 Directive 92/43/CEE du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats
naturels, ainsi que de la faune et de la flore sauvages, dite « Directive Habitats,
Faune, Flore ».

Le réseau Natura 2000 repose sur deux types de zonages :

 les Zones de Protection Spéciale (ZPS), désignées au titre des oiseaux figurant à
l’annexe I de la « Directive Oiseaux » ;
 les Zones Spéciales de Conservation (ZSC), désignées au titre des habitats
naturels et des espèces animales et végétales figurant respectivement aux
annexes I et II de la « Directive Habitats, Faune, Flore ».

Un site Natura 2000 peut donc être une ZPS, une ZSC ou encore les deux, sur la base du
même périmètre ou de deux périmètres différents. Il est toujours accompagné de son
Formulaire Standard de Données (FSD), qui constitue sa fiche d’identification à l’échelle
européenne et qui liste les habitats naturels et les espèces ayant justifié sa désignation.
Préalablement à sa désignation formelle en ZPS ou ZSC, un site Natura 2000 est appelé
Site d’Importance Communautaire (SIC), lorsque la proposition de site est acceptée par
l’Union européenne.
1 Cette directive remplace la première « Directive Oiseaux » 79/409/CEE du 2 avril 1979, qui avait le
même objet, en intégrant ses modifications successives et en la codifiant.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 5

Le réseau européen des sites Natura 2000 est constitué de 26918 sites pour les deux
directives pour plus d’1,3 million de km² (dont 551 899 km² de territoires marins), soit 18
% du territoire de l’Union européenne (Source baromètre Natura 2000/CE, décembre
20192).

1.2 Le réseau Natura 2000 en France

Fin 2019, le réseau français des sites Natura 2000 comprenait quant à lui 1776 sites
terrestres et marins couvrant 13 % du territoire métropolitain (Source baromètre Natura
2000/CE, décembre 2019).

En France, pour chaque site, un DOCument d’OBjectifs (DOCOB) doit être élaboré. Il
s’agit d’un plan d’actions pour le site, approuvé par le préfet. Il établit un diagnostic
écologique et socio-économique du site, définit les enjeux et les objectifs de conservation,
précise les actions nécessaires à la préservation des habitats et espèces d’intérêt
communautaire identifiés sur le site.
Le DOCOB est un document opérationnel pour la gestion du site, complétant le FSD, qui
est quant à lui sa fiche de référence administrative. Ces deux documents sont des
références nécessaires à l’évaluation des incidences. Ils sont usuellement
téléchargeables sur les sites internet de l’INPN ou des DREAL.

2 Source baromètre Natura 2000 :

https://ec.europa.eu/environment/nature/info/pubs/docs/nat2000newsl/EN%20Natura%202000%2048%20WEB.pdf

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 6

 2 Cadre législatif et réglementaire de l’évaluation des
incidences

2.1 Le cadre juridique de la Directive 92/43/CEE

L’article 6 de la « Directive Habitats, Faune, Flore » 92/43/CEE précise que les États
membres de l’UE doivent prendre des mesures de conservation répondant aux exigences
écologiques des habitats naturels et des espèces présents sur les sites Natura 2000,
mais ils doivent également prendre les mesures appropriées pour éviter la détérioration
des habitats naturels et des habitats d'espèces ainsi que les perturbations significatives
touchant les espèces pour lesquelles les sites ont été désignés.

C’est dans ce but que l’évaluation des incidences Natura 2000 et sa procédure ont été
instaurées par les paragraphes 3 et 4 de l’article 6 de la « Directive Habitats, Faune,
Flore » 92/43/CEE. Ceux-ci sont la base de la transposition en droit national et de la
procédure associée :

«... 3. Tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site
mais susceptible d'affecter ce site de manière significative, individuellement ou en
conjugaison avec d'autres plans et projets, fait l'objet d'une évaluation appropriée
de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site.
Compte tenu des conclusions de l'évaluation des incidences sur le site et sous
réserve des dispositions du paragraphe 4, les autorités nationales compétentes ne
marquent leur accord sur ce plan ou projet qu'après s'être assurées qu'il ne portera
pas atteinte à l'intégrité du site concerné et après avoir pris, le cas échéant, l'avis
du public.

4. Si, en dépit de conclusions négatives de l'évaluation des incidences sur le site

et en l'absence de solutions alternatives, un plan ou projet doit néanmoins être
réalisé pour des raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature
sociale ou économique, l'État membre prend toute mesure compensatoire
nécessaire pour assurer que la cohérence globale de Natura 2000 est protégée.
L'État membre informe la Commission des mesures compensatoires adoptées.

Lorsque le site concerné est un site abritant un type d'habitat naturel et/ou une
espèce prioritaires, seules peuvent être évoquées des considérations liées à la
santé de l'homme et à la sécurité publique ou à des conséquences bénéfiques
primordiales pour l'environnement ou, après avis de la Commission, à d'autres
raisons impératives d'intérêt public majeur. »

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 7

2.2 Le cadre législatif et réglementaire général français

L’article L. 414-4 du code de l’environnement constitue la transposition en droit national

des dispositions des paragraphes 3 et 4 de l’article 6 de la Directive 92/43/CEE, qui
explicite les modalités de mise en œuvre de l’évaluation des incidences Natura 2000.
L’article R. 414-23 du code de l’environnement explicite quant à lui le contenu du dossier
d'évaluation des incidences Natura 2000 que doit élaborer le maître d’ouvrage, dès lors
que son projet doit être évalué.

2.2.1 Les principes du dispositif actuel

Le principe est que le réseau écologique européen Natura 2000 n’interdit pas a priori la
réalisation de projets sur ou à proximité des sites le constituant, dès lors que ces projets
n’affectent pas significativement, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, le
ou les sites concernés.

Dans le cas contraire ou en cas de doute, le projet doit être soumis à l’évaluation de ses
incidences sur les sites susceptibles d’être impactés négativement.
L’évaluation des incidences a donc pour objectif de vérifier la compatibilité du projet avec
les objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 concernés (i.e. l’état de
conservation favorable des habitats naturels et les espèces d’intérêt communautaires qui
les justifient), et plus globalement le maintien des objectifs du réseau Natura 2000.

L’autorité compétente doit s’opposer à tout projet si l’évaluation des incidences Natura
2000 est absente, insuffisante ou s'il en résulte que sa réalisation peut porter atteinte aux
objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 concernés.

Lorsqu'une évaluation conclut à une atteinte aux objectifs de conservation d'un site
Natura 2000 et en l'absence de solutions alternatives, l'autorité compétente ne peut
donner son accord que pour des raisons impératives d'intérêt public majeur. Dans ce cas,
elle s'assure que des mesures compensatoires, à la charge du bénéficiaire du projet, sont
prises pour maintenir la cohérence globale du réseau Natura 2000. Si un habitat ou une
espèce prioritaire est impacté, l’avis de la commission européenne doit être demandé.

2.2.2 Les projets concernés par l’évaluation des incidences

Le dispositif d’évaluation des incidences Natura 2000 repose aujourd’hui principalement

sur un système de listes positives qui fixent les projets soumis à évaluation.
Un projet, par sa nature, ses dimensions et sa localisation, peut être soumis à évaluation
de ses incidences selon quatre modalités différentes :
1. Au titre du 1° du III de l’art. L. 414-4 du code de l’environnement, le projet est
soumis à un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration et
appartient à une des catégories de la liste nationale détaillée à l’art. R. 414-19 du
code de l’environnement. Sauf mention contraire, un projet figurant sur cette liste
nationale est soumis à l'obligation d'évaluation des incidences Natura 2000, que le

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 8

 territoire qu'il couvre ou que sa localisation géographique soit située ou non dans
le périmètre d'un site Natura 2000. On retiendra, à titre d’exemples, dans cette
catégorie : les projets soumis à évaluation environnementale et les IOTA soumises
à autorisation ou déclaration ;
2. Au titre du 2° du III de l’art. L. 414-4, le projet est soumis à un régime administratif
d'autorisation, d'approbation ou de déclaration et appartient à une des catégories
de la liste locale arrêtée par le préfet de département ou le préfet maritime ;
3. Au titre du IV de l’art. L. 414-4, le projet ne relève pas d’un régime administratif
d'autorisation, d'approbation ou de déclaration mais appartient à une des
catégories de la liste locale, arrêtée par le préfet de département ou le préfet
maritime, sur la base de la liste nationale de référence détaillée à l’art. R. 414-27
du code de l’environnement. On retiendra, à titre d’exemples, dans cette
catégorie : les IOTA sous seuil de déclaration, les travaux non courants sur pont ou
viaduc, les travaux sur parois rocheuses, etc. ;
4. Au titre du IV bis de l’art. L. 414-4, le projet ne figure sur aucune liste nationale ou
locale, mais est susceptible d’avoir des incidences significatives sur un site Natura
2000. Dans ce cas, il fait l'objet d'une évaluation des incidences Natura 2000 sur
décision motivée de l'autorité administrative. Il s’agit d’une clause filet permettant
de respecter l’esprit de l’article 6 de la Directive 92/43/CEE, afin qu’aucun projet
pouvant avoir une incidence ne soit écarté de l’évaluation.

Pour connaître les listes locales applicables, s’adresser aux services de la DREAL,
DDT-M, et/ou de la préfecture maritime.

2.2.3 Les sites Natura 2000 concernés par l’évaluation des incidences

La Commission européenne (2007/2012) et la jurisprudence ont précisé ce point en

affirmant que l’évaluation des incidences ne s’impose qu’aux sites retenus sur la liste des
sites sélectionnés comme Sites d’Importance Communautaire arrêtée par la Commission
européenne.

Intitulé Sigle Évaluation des incidences

Souhaitable mais non

Proposition de Site d’Importance Communautaire pSIC
obligatoire

Site d’Importance Communautaire SIC Obligatoire

Zone Spéciale de Conservation ZSC Obligatoire

Zone de Protection Spéciale ZPS Obligatoire

Les pSIC sont des propositions de sites pouvant intégrer le réseau Natura 2000. Il s’agit
en quelque sorte du réservoir de sites dont dispose la France pour créer de nouveaux
sites Natura 2000. Impacter leur intégrité et les habitats et espèces qui les justifient
revient donc à nuire aux options ménagées par la politique publique de protection de la
nature, en obérant leur éventuelle proposition au réseau Natura 2000. Évaluer les
incidences d’un projet, notamment public, sur un pSIC relève donc de la cohérence de

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 9

l’action publique.

2.2.4 Les habitats naturels et les espèces concernées par l’évaluation des
incidences

L’évaluation des incidences Natura 2000 d’un projet porte uniquement sur les habitats
naturels et les espèces d’intérêt communautaire justifiant la désignation du site au sein du
réseau Natura 2000 et identifiés par le FSD du site.

Il se peut que le DOCOB du site mentionne des habitats naturels et des espèces d’intérêt
communautaire qui ne figurent pas au FSD en vigueur. Par principe de précaution et pour
anticiper une mise à jour des données du FSD sur la base de celles du DOCOB, il est
donc toujours préférable d’évaluer les incidences sur tous les habitats naturels et des
espèces d’intérêt communautaire identifiés par le DOCOB et le FSD pour sécuriser
juridiquement l’analyse.

Enfin, l’évaluation des incidences n’a pas vocation à traiter l’impact du projet sur
l’ensemble des espèces patrimoniales ou protégées par le droit national.

2.2.5 Le cas des sites abritant des habitats naturels et des espèces
prioritaires

Les dispositions du paragraphe 4 de l’article 6 de la Directive 92/43/CEE, et leur

transposition en droit français au L. 414-4 VIII du code de l’environnement, accordent un
traitement spécifique aux projets concernant des sites Natura 2000 abritant un type
d'habitat naturel et/ou une espèce prioritaire identifié par un astérisque (*) aux annexes I
et II de la Directive 92/43/CEE.

Ainsi, pour un projet ayant des incidences significatives sur des habitats naturels et/ou
espèces prioritaires, la délivrance de l’autorisation n’est permise que pour des
considérations liées à la santé de l'homme et à la sécurité publique ou à des
conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement, ou après avis de la
Commission européenne dès lors que le projet est justifié par des raisons impératives
d’intérêt public majeur.

Malgré une rédaction équivoque des textes, la Commission européenne (2000) précise
toutefois que les dispositions précédentes s’appliquent uniquement lorsque le projet a
une incidence sur un habitat naturel ou une espèce prioritaire justifiant la désignation du
site (selon son FSD ou son DOCOB), et non par la seule atteinte au site les abritant.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 10

 3 Le dossier d’évaluation des incidences Natura 2000
L’évaluation des incidences Natura 2000 s’appuie en priorité sur les régimes
d’encadrement existants (études d’impact, autorisation environnementale, etc.), mais elle
est bien spécifique dans son approche.

Le projet ne peut être autorisé que si l’évaluation de ses incidences conclut à l’absence
d’atteinte significative aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000.
Dans le cas contraire, seules des raisons impératives d'intérêt public majeur peuvent être
invoquées et sous réserve de mesures compensatoires.

La procédure instituée au 2ème alinéa du VI de l’article L. 414-4 du code de

l’environnement et précisée au II de l’article R. 414-24 de ce même code permet à
l’autorité décisionnaire de s’opposer à la réalisation d’un projet au titre de Natura 2000
alors même que l’encadrement juridique dont il relève ne l’avait pas prévu (par exemple
les activités soumises à simple déclaration).

L’article R. 414-23 du code de l’environnement décrit le contenu de l’évaluation. Celui-ci

est composite et dépend de l’existence ou de l’absence d’incidence sur un site Natura
2000. L’objet de l’évaluation des incidences Natura 2000 est de déterminer si l’activité
envisagée portera atteinte à l’intégrité du site (objectifs de conservation des habitats et
espèces végétales et animales ayant justifié la désignation du site). La détermination
d’atteinte aux objectifs de conservation d’un site ne peut être envisagée qu’au cas par
cas, au regard de la nature exacte du projet et du site Natura 2000 considérés.

3.1 Principes de réalisation

Plusieurs principes président à la réalisation d’une évaluation des incidences :

 L’évaluation des incidences doit être réalisée lorsque le projet se trouve dans un
site Natura 2000, ou lorsque, bien que situé en dehors, il est susceptible de
l'affecter.
 L’évaluation des incidences est à la charge et de la responsabilité du porteur de
projet et doit prendre en considération d’éventuels effets cumulés. Il peut la réaliser
ou la faire réaliser par un bureau d'étude. Il doit donc évaluer les incidences
induites sur les objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000 par
les effets cumulés de l’ensemble des projets. Il s’agit des projets, en cours de
réalisation ou d’exploitation, autorisés, approuvés, déclarés mais non encore mis
en œuvre, ou en cours d’instruction.
 L’évaluation des incidences est ciblée sur les impacts du projet sur les habitats
naturels et les espèces d’intérêt communautaire ayant justifié la désignation du ou
des sites Natura 2000 concernés et non sur l’environnement dans son ensemble. Il
ne s’agira pas d’analyser les effets du projet sur l’ensemble des espèces et
habitats du site (ceci est réalisé dans l’étude d’impact), sauf si ces habitats ou

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 11

 espèces sont indispensables au maintien de l’état de conservation favorable des
habitats et espèces d’intérêt communautaire ayant justifié le site Natura 2000.
 L’évaluation des incidences est proportionnée à la nature et à l’importance des
projets en cause et aux enjeux de conservation des sites (habitats et espèces).
L’évaluation des incidences présente un niveau de détail variable selon
l’importance et la nature de l’activité, les enjeux de conservation du ou des sites
Natura 2000 concernés et l’existence ou non d’incidences potentielles du projet sur
ces sites. Ainsi, la précision du diagnostic (état initial) et l’importance des mesures
de réduction/suppression des impacts seront adaptées aux enjeux de conservation
des habitats naturels et des espèces d’intérêt communautaire.
 L’évaluation a pour objectif de déterminer si le projet aura une incidence
significative et dommageable sur un habitat ou une espèce d’intérêt
communautaire ayant justifié la désignation du site. L’évaluation doit donc être
conclusive.
 L’intégration de l’évaluation dans les procédures existantes : dans un souci de
simplification administrative, l’évaluation des incidences Natura 2000 est adossée
aux régimes encadrant les activités en cause. Elle constitue alors une pièce à part
entière du dossier de demande d’autorisation, de déclaration ou d’approbation de
l’activité, ou elle est alors intégrée dans l’étude d’impact.
 L’évaluation des incidences doit être précise et tenir compte de la version finale du
projet et de l’état réel du site avant projet. Elle doit donc, si nécessaire, connaître
des mises à jour, pour garder sa pertinence.
 Une dispense d’évaluation des incidences Natura 2000 et en conséquence une
procédure particulière sont définies au bénéfice du ministre de la Défense (pour
des motifs liés au secret de la défense nationale, et donc pas à toutes leurs
activités).

3.2 Les étapes de réalisation de l’évaluation des incidences

La réglementation a prévu une procédure en deux grandes étapes correspondant à

quatre niveaux d’analyse successifs répondant au niveau d’incidence envisagée. La
succession des étapes prévues doit être respectée :

3.2.1 Déterminer si le projet est susceptible d'avoir ou non une incidence sur
un ou plusieurs sites Natura 2000

Référence : art. R. 414-23 I

Cette première phase d’analyse consiste en un diagnostic préliminaire de la situation
permettant de savoir si le projet peut avoir une incidence dommageable sur un ou
plusieurs sites du réseau Natura 2000. Elle vise à argumenter et à conclure sur la
nécessité, ou non, de poursuivre l’évaluation des incidences.

Elle est constituée de :

1. Une présentation simplifiée du projet accompagnée d'une carte permettant de
localiser l'espace terrestre ou marin sur lequel il peut avoir des effets et les sites
Natura 2000 susceptibles d'être concernés par ces effets ; lorsque des travaux,
ouvrages ou aménagements sont à réaliser dans le périmètre d'un site Natura
2000, un plan de situation détaillé est fourni ;

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 12

 2. Un exposé sommaire des raisons pour lesquelles le projet est ou non susceptible
d'avoir une incidence sur un ou plusieurs sites Natura 2000 ; dans l'affirmative, cet
exposé précise la liste des sites Natura 2000 susceptibles d'être affectés, compte
tenu de la nature et de l'importance du projet, de sa localisation dans un site
Natura 2000 ou de la distance qui le sépare du ou des sites Natura 2000, de la
topographie, de l'hydrographie, du fonctionnement des écosystèmes, des
caractéristiques du ou des sites Natura 2000 et de leurs objectifs de conservation.

Cette évaluation préliminaire ne nécessite pas d’inventaires naturalistes de terrain mais

doit se fonder sur une parfaite connaissance des différents impacts potentiels du projet et
de leur aire d’influence, du diagnostic écologique du DOCOB et des diverses possibilités
de liens écologiques reliant le ou les sites Natura 2000.
Elle doit donc répondre à la question suivante : le projet peut-il avoir un impact négatif
quelconque sur les habitats naturels et/ou les espèces d’intérêt communautaire motivant
la désignation du site Natura 2000 et/ou sur les caractéristiques du site permettant de
maintenir ou de rétablir leur état de conservation favorable ?

Pour information, le formulaire CERFA n° 14734*03 de demande d’examen au cas par cas
préalable à la réalisation éventuelle d’une évaluation environnementale demande cette
analyse préalable.
Si la démonstration conclut de manière étayée à l’absence de possibilité d’incidence sur
un ou des sites Natura 2000, l’évaluation s’arrêtera donc à cette première étape. Dans le
cas contraire ou en cas de doute, l’évaluation se poursuit avec l’étape suivante.

3.2.2 Analyser précisément les incidences du projet sur le site Natura 2000

Référence : art. R. 414-23 II & III

Si l’évaluation préliminaire a conclu que le projet était susceptible d’avoir des incidences
sur un ou plusieurs sites Natura 2000, ou si elle n’a pas permis de certifier l’absence de
risque, il convient alors de poursuivre l’évaluation pour qualifier et quantifier plus
précisément les incidences au regard des objectifs de conservation du ou des sites
concernés, pour savoir si elles sont dommageables et significatives ou pas.

Il s’agit de réaliser une analyse des effets temporaires ou permanents, directs ou

indirects, que le projet peut avoir, individuellement ou en raison de ses effets cumulés
avec d'autres projets, sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces
d’intérêt communautaire qui ont justifié la désignation du ou des sites.

Cette étape de l’évaluation est cruciale. Pour être pertinente, elle doit valoriser autant que
possible les données écologiques présentées dans le FSD et le DOCOB du site concerné
(nature des habitats et espèces, préférences écologiques, fonctionnalités écologiques ou
hydrologiques, etc.) et mérite souvent d’être complétée par des inventaires naturalistes
de terrain pour valider l’état des connaissances, plus ou moins précis, du DOCOB. Afin d’
optimiser les temps et les coûts, il est vivement préconisé de mener des inventaires de
qualité permettant de répondre aux différents besoins afférents à l’évaluation des
incidences Natura 2000, à l’étude d’impact, ou à la demande de dérogation pour

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 13

destruction d’espèces protégées.

L’impact du projet, en phase chantier, en exploitation, voire en situation d’accident, doit

être envisagé sur chaque habitat naturel et espèce d’intérêt communautaire figurant au
FSD et DOCOB, mais également sur tout paramètre contribuant à leur état de
conservation dans un état favorable (fonctionnalité écologique, corridors, modes de
gestion, etc.).

A ce stade, si l’évaluation conclut de manière argumentée à l’absence d’effets

dommageables significatifs sur l’état de conservation des habitats naturels et des
espèces d’intérêt communautaire qui ont justifié la désignation du ou des sites Natura
2000, alors l’évaluation est achevée. Dans le cas contraire, la démarche se poursuit avec
l’étape suivante.

3.2.3 Limiter les incidences dommageables par des mesures d’évitement et

de réduction

Référence : art. R. 414-23 III

Puisque le projet génère des incidences dommageables significatives, il convient d’y
répondre en mettant en œuvre des mesures palliatives visant à les éviter et à les réduire.

Ces mesures sont de plusieurs ordres : adaptation de tracé, limitation des emprises,
adaptation des calendriers de travaux, mise en œuvre de solutions techniques
alternatives, mesures préventives diverses, mesures de gestion, etc.

Autant que possible, il faut favoriser tous les types de mesures permettant d’amplifier les
actions détaillées dans le DOCOB pour rétablir l’état de conservation des habitats et
espèces impactés. Les mesures doivent également être en cohérence avec les
prescriptions et les éventuelles interdictions figurant au DOCOB et aussi être intégrées
au titre de l’étude d’impact, du dossier loi sur l’eau ou de la demande de dérogation
Espèces protégées.

L’analyse des effets du projet est ensuite reconduite en intégrant l’application de ces
mesures. Si les effets dommageables sur l’état de conservation des habitats naturels et
des espèces d’intérêt communautaires qui ont justifié la désignation du ou des sites
Natura 2000 ne sont plus significatifs alors l’évaluation est achevée. Dans le cas
contraire, la démarche se poursuit avec l’étape suivante.

3.2.4 Argumenter le scénario de projet retenu et compenser les incidences

résiduelles significatives

Référence : art. R. 414-23 IV

Si, malgré la persistance d’effets dommageables significatifs après application des
mesures d’évitement et de réduction, le maître d’ouvrage souhaite maintenir son projet,

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 14

celui-ci ne pourra être approuvé, selon les modalités détaillées à l’art. L. 414-4, que si le
dossier d’évaluation des incidences présente les quatre points suivants :

 la description des solutions alternatives envisageables et les raisons pour

lesquelles il n'existe pas d'autre solution moins impactante sur les habitats naturels
et les espèces du site que celle retenue ;
 les éléments permettant de justifier les raisons impératives d'intérêt public majeur
nécessaires à l'approbation du projet ;
 la description des mesures compensatoires aux effets dommageables résiduels,
permettant une compensation efficace et proportionnée au regard de l'atteinte
portée aux objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 concernés et du
maintien de la cohérence globale du réseau Natura 2000. Ces mesures
compensatoires sont mises en place selon un calendrier permettant d'assurer une
continuité dans les capacités du réseau Natura 2000 à assurer la conservation des
habitats naturels et des espèces. Lorsque ces mesures compensatoires sont
fractionnées dans le temps et dans l'espace, elles résultent d'une approche
d'ensemble, permettant d'assurer cette continuité ;
 l'estimation des dépenses correspondantes et les modalités de prise en charge
des mesures compensatoires, qui sont assumées par le maître d'ouvrage.

A noter que les mesures compensatoires peuvent également être soumises à évaluation
des incidences, dès lors que leur nature et leur dimensionnement les font entrer dans le
champ d’application de la réglementation. Ainsi, la restauration à titre compensatoire
d’une pelouse sèche sur un site Natura 2000, aux dépens d’une lande constituant un
habitat d’intérêt communautaire propre ou de l’habitat d’une espèce animale d’intérêt
communautaire, doit être évaluée.

De même, la Commission européenne (2007/2012) entend que, dans une logique de

cohérence globale du réseau Natura 2000, tout site de compensation doit y être inclus.
Ce qui sous-entend la désignation des sites de compensation, positionnés hors site
Natura 2000, comme agrandissements de site ou nouveaux sites d’importance
communautaire.

3.3 Relation avec la Commission européenne

Pour tout projet ayant des effets dommageables résiduels significatifs nécessitant la mise
en œuvre de mesures compensatoires, l’Etat est tenu d’informer la Commission
européenne de la décision d’approbation et de la nature des mesures compensatoires.

Dès lors que les incidences portent sur un type d'habitat naturel et/ou une espèce
prioritaire et que le projet est justifié par des raisons impératives d’intérêt public majeur,
autres que des considérations liées à la santé de l'homme et à la sécurité publique ou à
des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement, l’avis de la Commission
européenne est requis avant approbation du projet.

Dans son avis, la Commission doit mettre en balance les valeurs écologiques affectées et

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 15

les raisons impératives invoquées, et évaluer les mesures compensatoires. Cet avis est
dépourvu de force obligatoire, mais en cas de non-conformité avec le droit
communautaire, des poursuites peuvent être engagées.
Un dossier d’information ou de demande d’avis de synthèse à la Commission est élaboré
sur la base de l’évaluation des incidences Natura 2000. Sa composition se fonde sur le
formulaire à utiliser pour informer la Commission européenne conformément à l'article 6,
paragraphe 4 annexé Document d'orientation concernant l'article 6, paragraphe 4, de la
directive «Habitats» (Commission européenne, 2007/2012). Il présente :

 Le cadre juridique ;
 Le demandeur ;
 L’objet (information ou demande d’avis) ;
 Le projet ;
 Les sites Natura 2000 concernés ;
 Les régions biogéographiques concernées ;
 Les habitats naturels et espèces d’intérêt communautaire ou prioritaires
concernés ;
 Les effets négatifs et les mesures d’atténuation adoptées ;
 Les solutions alternatives envisagées et l’argumentation de l’absence de solution
alternative ;
 Les raisons impératives de réalisation du projet ;
 Les mesures compensatoires envisagées et leur calendrier de mise en œuvre ;
 Des documents cartographiques nécessaires.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 16

 4 Les points clés de l’évaluation des incidences
Depuis les premières études d’évaluation des incidences Natura 2000, la qualité des
dossiers a été améliorée. Il reste cependant encore, comme le soulève l’Autorité
Environnementale dans sa note n°2015-N-03, des marges de progrès.

Pour les infrastructures de transport en tant que projet, sept points principaux font l’objet
de recommandations plus spécifiques :
 la recherche des solutions alternatives ;
 la définition de l'aire d’influence du projet ;
 la notion de raison impérative d'intérêt public majeur ;
 l'étendue du champ d'analyse des incidences (directes, indirectes, cumulatives
…) ;
 l’appréciation de l’état de conservation du site et des enjeux (état initial) ;
 l'évaluation des effets significatifs ;
 l’importance de la forme.

Les mesures d’évitement, de réduction et de compensation doivent également faire l’objet

d’une attention particulière. Elles ont déjà été traitées dans d’autres publications dédiées.

4.1 La recherche des solutions alternatives

Le paragraphe VII de l’article L. 414-4, précise les conditions nécessaires à une

éventuelle approbation d’un projet en cas de persistance d’effets dommageables
significatifs de ce dernier sur un site Natura 2000. Parmi celles-ci figure l'absence de
solutions alternatives au projet retenu.

Si cette condition apparaît en fin de l’évaluation des incidences, les réflexions sur les
variantes du projet, leur opportunité et l’argumentation de la solution retenue doivent
quant à elles être abordées précocement et sérieusement dans l’élaboration du projet
pour ne pas constituer un point de blocage au stade postérieur de l’évaluation des
incidences.

Il doit donc être clairement démontré que le projet est nécessaire et que la solution
retenue est la seule possible et la moins impactante pour les habitats naturels et les
espèces justifiant le site Natura 2000. Bien entendu, les seules considérations financières
ne sont pas admises.

Cette prise en compte très en amont du réseau Natura 2000 dans la réflexion sur un
projet est donc à intégrer dès les études d’opportunité d’itinéraire et de projet. La
traçabilité des argumentations et des décisions ayant permis de valider la solution
retenue doit être assurée et présentée dans le dossier.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 17

4.2 La définition de l'aire d’influence du projet

L’évaluation des incidences est une analyse qui se construit par étapes successives, la
première étape pouvant démontrer que le projet n’a pas d’incidences sur un ou plusieurs
sites Natura 2000 et ainsi clore l’évaluation.

En préalable à toute conclusion tangible quant au risque ou non d’incidence d’un projet
sur un ou plusieurs sites Natura 2000, la définition de son aire d’influence s’avère
primordiale. Celle-ci doit se fonder sur un raisonnement s’intéressant aux
fonctionnements écologiques nécessaires au maintien de l’intégrité du ou des sites
Natura 2000 concernés. Il est donc exclu de ne raisonner que sur les notions d’emprise
ou de distance entre le projet et les sites Natura 2000.

L’article R. 414-23, qui détaille le contenu d’une évaluation des incidences Natura 2000,
précise bien qu’il faut envisager les incidences au regard de la nature du projet, de la
distance, de la topographie, de l'hydrographie, du fonctionnement des écosystèmes, des
caractéristiques du ou des sites Natura 2000 et de leurs objectifs de conservation.

L’aire d’influence d’un projet se définit en fait selon les dimensions d’espace et de temps
et repose sur l’analyse de trois entrées complémentaires :

1. La connaissance de toutes les composantes du projet pouvant générer des effets

négatifs probables et cumulés, de sa phase de chantier à son exploitation/entretien
(emprises chantier, accès, zones d’emprunts ou de dépôts, implantation des
bassins ou murs anti-bruit, etc.) ;
2. La connaissance du site Natura 2000, des habitats naturels et des espèces
justifiant sa désignation, de leurs exigences biologiques et écologiques et des
facteurs contribuant à leur état de conservation favorable ;
3. La connaissance géographique du territoire entre le projet et les sites Natura 2000
concernés, dans une approche des fonctionnalités écologiques (notions de
corridors et de flux).

En premier lieu, il faut donc envisager l’ensemble des effets du projet : directs ou
indirects, temporaires ou permanents, cumulés avec ceux d’autres projets. Cela demande
une vision claire sur le projet, ses calendriers, ses procédés de réalisation, sa gestion en
phase d’exploitation et sur les effets directs ou indirects (modification des conditions
d’exploitation agricole, aménagement foncier agricole et forestier (AFAF), développement
urbain). Il s’agit de déterminer toutes les opérations exigées pour la réalisation et
l’exploitation du projet sur le long terme pouvant interagir négativement dans le temps
avec les habitats naturels et les espèces justifiants les sites Natura 2000 concernés.

Deuxièmement, il faut s’intéresser aux sites Natura 2000, aux caractéristiques

écologiques et aux dynamiques qui déterminent la répartition et le maintien des habitats
naturels et des populations d’espèces d’intérêt communautaire sur les sites. Il faut ainsi
identifier ce qui est nécessaire à la survie et au développement des habitats naturels et

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 18

espèces et qui pourrait être menacé par les incidences du projet (gîtes, alimentation
hydraulique, gestion agricole et forestière, tranquillité, déplacements, etc.).

Enfin, il convient d’analyser le territoire selon une approche géographique pour envisager
ce qui peut établir une connexion, ou faire barrage, entre le projet et les éléments
sensibles sur les sites Natura 2000. C’est dans ce cadre que prennent toute leur valeur la
topographie, l'hydrographie, l’orientation des vents dominants, les divers types de
corridors de la trame verte et bleue locale.

In fine, l’aire d’influence à envisager émerge au regard de la portée possible des effets du
projet sur les habitats naturels et les espèces réellement sensibles au sein des sites
Natura 2000 et sur tout élément utile à l’état de conservation et à la connexion écologique
des sites Natura 2000 (entre eux, en réseau, ou avec des milieux extérieurs vitaux).

De manière plus concrète vis-à-vis des infrastructures linéaires de transport, la définition

de leur aire d’influence peut s’appuyer sur une série de questions :

• Le projet a-t-il une emprise directe sur un ou plusieurs sites du réseau Natura
2000 ?
• Le projet intercepte-t-il ou détourne-t-il des écoulements diffus ou une nappe
pouvant conditionner la présence d’habitats naturels humides ou espèces
hygrophiles justifiant les sites Natura 2000 voisins ?
• Le projet coupe-t-il des corridors écologiques nécessaires à la dispersion,
l’alimentation ou la reproduction des espèces d’intérêt communautaires des sites
Natura 2000 voisins ? Ceci est particulièrement sensible pour les espèces
aquatiques, amphibies ou les chauves-souris.
• Le projet peut-il générer une pollution durant son chantier ou son exploitation sur
les sites Natura 2000 voisins ? Pour cela, il faut s’interroger sur les rejets des
bassins, le risque de déversement accidentel de matières polluantes, les besoins
en sel pour la viabilité hivernale, les abandons de macro-déchets sur les
accotements. En effet, ces polluants peuvent être emportés via le réseau
hydrographique ou le vent, et avoir un impact sur un site Natura 2000. Ainsi, dès
qu’un bassin a son exutoire sur un affluent allant vers un site Natura 2000, celui-ci
entre dans l’aire d’influence du projet.
• Le projet peut-il générer des perturbations de la faune durant son chantier ou son
exploitation sur les sites Natura 2000 voisins ? Ce point est particulièrement
sensible durant la période de reproduction des oiseaux. Le niveau de trafic routier
et son bruit, nouveau ou croissant, les bruits de chantier (engins, tirs de mine,
hélicoptère) peuvent perturber les espèces d’un site.
• Enfin, le projet peut-il réduire ou faire disparaître une activité agricole nécessaire à
l’entretien des habitats naturels constitutifs des sites Natura 2000 voisins.

Il convient donc de se poser ces questions très en amont pour définir l’aire d’influence du
projet la plus pertinente possible.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 19

4.3 La notion de "raisons impératives d’intérêt public majeur"

Dès lors qu’un projet a une incidence sur les objectifs de conservation d’un site Natura
2000, celui-ci ne peut être autorisé que pour des raisons impératives d’intérêt public
majeur. Il s’agit d’une condition sine qua non devant être envisagée dès les réflexions
amont sur le projet et sérieusement argumentée par le maître d’ouvrage, et ce d’autant
plus qu’il s’agit d’un projet pour lequel l’information ou l’avis de la Commission
européenne risque d’être requis.
En premier lieu, il faut retenir que la déclaration l’utilité publique d’un projet ne vaut pas
« raisons impératives d’intérêt public majeur » au sens de la Directive 92/43/CEE. Il est
délicat de proposer une définition générale de la notion de « raisons impératives d’intérêt
public majeur », qui doit être appréciée en fonction des projets et des besoins auxquels ils
répondent.

Il s’agit donc d’exposer, de manière compréhensible, sincère et cohérente, les faits

amenant à conclure que la réalisation du projet présente un intérêt public à long terme et
supérieur à celui de la conservation de l’intégrité des sites Natura 2000 concernés, qui
contribuent au patrimoine naturel de l’Union européenne. L’importance des sites Natura
2000 concernés pour la cohérence du réseau Natura 2000 mérite donc également d’être
envisagée, pour en apprécier les enjeux face à ceux du projet. Le caractère prioritaire des
habitats naturels ou espèces concernés, leur rareté au sein du réseau Natura 2000
français et européen et leur état de conservation sont des éléments importants
d’appréciation et de pondération de l’enjeu.

Pour la Commission européenne, il est raisonnable de considérer que les “raisons

impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique” se
réfèrent à des situations où les projets envisagés se révèlent indispensables et ont des
bénéfices à long terme :
• dans le cadre des initiatives ou des politiques visant à protéger des valeurs
fondamentales pour la population (santé, sécurité, environnement) ;
• dans le cadre de politiques fondamentales pour l’État et pour la société ;
• dans le cadre de la réalisation d’activités de nature économique ou sociale visant à
accomplir des obligations spécifiques de service public.

Lorsque le site Natura 2000 concerné abrite un type d’habitat naturel ou une espèce
prioritaire, seules peuvent être invoquées des considérations liées à la santé de l’homme
et à la sécurité publique ou à des conséquences bénéfiques primordiales pour
l’environnement ou, après avis de la Commission européenne, pour d’autres raisons
impératives d’intérêt public majeur.

Les infrastructures de transport ne peuvent se prévaloir des cas précisés ci-dessus, que
si le maître d’ouvrage l’argumente objectivement et sur la base de données tangibles.
L’étude d’impact et l’évaluation socio-économique d’un projet constituent une base
importante pour l’appréciation des raisons impératives d’intérêt public majeur pouvant
justifier l’opportunité et l’utilité d’un projet : accidentologie, pollutions, bruit, résorption de

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 20

risques pour l’environnement, aménagement du territoire, etc.

4.4 Le champ d'évaluation des incidences

L’évaluation des incidences doit s’intéresser à tous les impacts que la réalisation du projet
peut induire sur le site Natura 2000 et l’état de conservation favorable des habitats
naturels et des espèces qui justifient sa désignation.
C’est-à-dire que l’évaluation doit s’intéresser à la phase chantier et à la phase
exploitation d’un projet. La phase chantier est malheureusement trop souvent négligée,
alors qu’elle est susceptible de générer des impacts négatifs de court, moyen et long
termes. Pour la phase exploitation, il convient également de prendre en compte les
possibles incidences induites par les entretiens courants ou lourds et d’envisager celles
pouvant être liées à un accident vraisemblable.

L’évaluation des incidences reprend les principes d’une étude d’impact et doit envisager
les :
 incidences positives et négatives ;
 incidences directes, indirectes ;
 incidences cumulées ;
 incidences temporaires et permanentes.

Concernant les incidences cumulées, il est recommandé de s’approcher de l’esprit de

l’article 6.4 de la directive Habitats, Faune, Flore, qui sous-tend la réglementation
française, et d’aller au-delà de l’obligation réglementaire du II de l’art. R. 414-23 qui
impose au maître d’ouvrage de ne considérer que ses propres réalisations et projets. Il
faut donc prendre en compte tous les projets ayant une incidence durable sur le site
Natura 2000.
Il faut donc s’interroger sur les incidences précédemment évoquées sur les habitats
naturels et les espèces d’intérêt communautaire qui justifient la désignation du site Natura
2000 concerné.

De par son implantation, les choix techniques retenus, les procédés de réalisation du
chantier, son exploitation, ses modalités d’entretien, les risques d’accidents, le projet
peut-il générer :
 une destruction ou une altération d’habitat naturel ou d’habitat vital d’espèces
d’intérêt communautaire (destruction par emprise surfacique directe, AFAF,
dévoiement de réseau), fragmentation des milieux, modification de conditions
déterminantes pour l’habitat (hydraulique, conditions physico-chimiques, mode de
gestion, fréquentation, etc.), pollution ?
 une destruction des espèces d’intérêt communautaire ou une modification des
équilibres de leur population ?
 une perturbation des espèces d’intérêt communautaire (bruit, mouvement,
éclairage, coupure de corridors de déplacement, occupation d’une zone vitale
d’alimentation ou de repos, etc.) ?

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 21

Les réponses à cette série de question éclairent le déroulement de l’analyse des
incidences.

4.5 L'appréciation de l'état de conservation dans l’analyse

Dès que l’intégrité d’un site Natura 2000 est mise en cause par un projet, l’évaluation doit
permettre d’identifier ses incidences sur l'état de conservation des habitats naturels et
des espèces d’intérêt communautaires qui ont justifié sa désignation et de conclure sur
leur caractère significatif ou pas.
L’état de conservation des habitats naturels et espèces est donc au cœur de l’analyse,
mais reste une notion généralement appréhendée avec difficulté dans les évaluations.
L’article 1 de la directive Habitats, Faune, Flore en donne les définitions suivantes :
L’état de conservation d'un habitat naturel est l'effet de l'ensemble des influences
agissant sur un habitat naturel ainsi que sur les espèces typiques qu'il abrite, qui peuvent
affecter à long terme sa répartition naturelle, sa structure et ses fonctions ainsi que la
survie à long terme de ses espèces typiques sur le territoire de l’UE.

Cet état de conservation est considéré comme « favorable » pour un habitat naturel
lorsque :
 son aire de répartition naturelle ainsi que les superficies qu'il couvre au sein de
cette aire sont stables ou en extension et ;
 la structure et les fonctions spécifiques nécessaires à son maintien à long terme
existent et sont susceptibles de perdurer dans un avenir prévisible et ;
 l'état de conservation des espèces qui lui sont typiques est favorable.

L’état de conservation d'une espèce est quant à lui l'effet de l'ensemble des influences
qui, agissant sur l'espèce, peuvent affecter à long terme la répartition et l'importance de
ses populations sur le territoire de l’UE. Il est considéré comme « favorable » lorsque :
 les données relatives à la dynamique de la population de l'espèce en question
indiquent que cette espèce continue et est susceptible de continuer à long terme à
constituer un élément viable des habitats naturels auxquels elle appartient ;
 l'aire de répartition naturelle de l'espèce ne diminue ni ne risque de diminuer dans
un avenir prévisible et ;
 il existe et il continuera probablement d'exister un habitat suffisamment étendu
pour que ses populations se maintiennent à long terme.

L’analyse des incidences sur l’état de conservation doit donc se fonder sur des notions
d’échelles de répartition, de surfaces, de fonctionnalités, d’effectifs et de dynamique de
populations.
Les données nécessaires figurent généralement dans les FSD et DOCOB. Des synthèses
des états de conservation sont également produites aux niveaux national et européen.
Dans tous les cas, il convient de ne pas restreindre l’analyse des incidences sur l’état de

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 22

conservation à la seule échelle du site Natura 2000 considéré, mais de l’élargir à la zone
biogéographique concernée, et au réseau Natura 2000 français et européen, si
nécessaire.
A titre d’illustration, une faible incidence sur une espèce très rare, à la population peu
dynamique, à faible effectif et localisée sur peu de sites Natura est nécessairement
significative sur son état de conservation.

4.6 Le soin de la qualification des incidences (significatives ou

non)

La qualification des effets dommageables significatifs est un élément crucial de l’analyse

qui enclenche, ou non, la mise en œuvre de mesures de compensation et l’entrée dans la
procédure d’information ou de demande d’avis de la Commission européenne.
Il est donc prioritairement recherché, dans l’intérêt du réseau Natura 2000 et dans celui
du projet, que les effets dommageables ne soient jamais significatifs notamment pour les
habitats et espèces prioritaires.
Or, au-delà de la pertinence des mesures d’atténuation prévues, il est nécessaire que
l’argumentation développée pour estimer la significativité des incidences soit
techniquement et scientifiquement robuste et objective. En l’absence de démonstration
convaincante ou en cas de doute, un risque apparaît et le principe de précaution pourrait
être invoqué, considérant de fait l’incidence comme a priori significative.
Il y a donc un enjeu pour le maître d’ouvrage à être accompagné par un conseil qualifié et
expérimenté en écologie, connaissant les facteurs biologiques et écologiques, voire
anthropiques, déterminant les dynamiques des habitats naturels et des espèces et
capable de mobiliser l’ensemble des données disponibles dans les FSD, les DOCOB et la
bibliographie, et ce, de l’échelle locale à l’échelle européenne.
L’objectif est d’expliquer et de quantifier comment et en quoi les impacts du projet et les
effets curatifs des mesures se contrebalancent, ou pas, vis-à-vis des besoins des habitats
et des espèces d’intérêt communautaire considérés.

4.7 L’importance de la forme

Les habitats naturels et plus encore les espèces d’intérêt communautaire peuvent
également être traités au titre de l’étude d’impact, du dossier loi sur l’eau ou de la
demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèce protégée ; il convient donc
d’avoir la plus grande vigilance sur la cohérence des états initiaux, l’analyse d’impact et
les propositions de mesures entre les divers dossiers ou chapitres d’un même dossier, si
l’évaluation des incidences Natura 2000 est produite via le dossier d’étude d’impact ou
d’étude loi sur l’eau.

La clarté des argumentaires, de la démarche itérative, des démonstrations et des

cartographies est primordiale. La rédaction, notamment celle relative aux mesures
d’atténuation, doit faire apparaître sans ambiguïté l’engagement du maître d’ouvrage sur
leur mise en œuvre. L’évaluation des incidences Natura 2000 doit obligatoirement
conclure sur l’existence ou non d’un effet significatif (avéré ou présumé) du projet.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 23

 5 Références réglementaires

5.1 Textes européens

• Directive 79/409/CEE du Conseil du 02 avril 1979 concernant la conservation des

oiseaux sauvages.
• Directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des
habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage.
• Directive 2009/147/CE du Conseil du 30 novembre 2009 concernant la
conservation des oiseaux sauvages.

5.2 Code de l'environnement

• Article L. 122-1 du code de l'environnement.

• Article L. 414-1 à 5 du code de l'environnement.
• Article R. 414-19 à 29 du code de l'environnement.
• Arrêté du 16 novembre 2001 modifié relatif à la liste des types d'habitats naturels
et des espèces de faune et de flore sauvages qui peuvent justifier la désignation
de zones spéciales de conservation au titre du réseau écologique européen Natura
2000.
• Arrêté du 8 août 2016 modifiant l'arrêté du 16 novembre 2001 relatif à la liste des
types d'habitats naturels et des espèces de faune et de flore sauvages qui peuvent
justifier la désignation de zones spéciales de conservation au titre du réseau
écologique européen Natura 2000.

5.3 Circulaires

• Circulaire DNP/SDEN du 15 avril 2010 relative à l’évaluation des incidences

Natura 2000. Bulletin officiel n°8 du MEEDDME du 10 mai 2010.
• Circulaire du 26 décembre 2011 relative au régime d’autorisation administrative
propre à Natura 2000.

Natura 2000 et infrastructures de transport - Recommandations pour l’évaluation des incidences 24

6 Pour aller plus loin
Autorité environnementale, 2016. Note de l’Autorité environnementale sur les
évaluations Natura 2000. Ae n°2015-N-03.

Autorité environnementale, 2019. Note de l’Autorité environnementale sur les projets

d'infrastructures de transport routières. Ae n°2019-N-06

Cerema, 2016. Mesures compensatoires des impacts sur les milieux naturels -
Application aux projets d’infrastructures de transport. Note d’information
Environnement Santé Risque n°5. 16 p.

Cerema, 2016. Guide méthodologique. L’étude d’impact / Projets d’infrastructures

linéaires de transport. Collection | Références. Cerema. 174 p.

CGDD/DEB, 2013. Lignes directrices nationales sur la séquence éviter, réduire et

compenser les impacts sur les milieux naturels.

Commission européenne, 2000. Gérer les sites Natura 2000 — Les dispositions de
l’article 6 de la directive «habitats» (92/43/CEE). Luxembourg: Office des
publications officielles des Communautés européennes. 69 p.

Commission européenne, 2002. Évaluation des plans et projets ayant des

incidences significatives sur des sites Natura 2000. Luxembourg: Office des
publications officielles des Communautés européennes. 76 p.

Commission européenne, 2007/2012. Document d'orientation concernant l'article 6,

paragraphe 4, de la directive «Habitats». Clarification des concepts de : solutions
alternatives, raisons impératives d’intérêt public majeur, mesures compensatoires,
cohérence globale, avis de la commission. 30 p.

Cours des comptes européenne, 2017. Des efforts supplémentaires sont

nécessaires pour exploiter pleinement le potentiel du réseau Natura 2000. Rapport
spécial. Luxembourg: Office des publications officielles des Communautés
européennes. 63 p.

Ministère de l’écologie et du développement durable, 2004. Évaluation des

incidences des projets et programmes d’infrastructures et d’aménagement dur les
sites Natura 2000. 29 p.
 Conception ; Réalisation ; Edition : Cerema Méditerranée 2020

Cerema Méditerranée
30 rue Albert Einstein -CS 70 499 – 13593 Aix-en-Provence cedex 3
www.cerema.fr