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    Introduction à la Bioinformatique

    Pr Hakmaoui Abdelmalek
    2024

    1
    Qu’est ce que la bioinformatique?

    • Approche in silico de la biologie

    • Branche théorique complémentaire aux approches classiques


    de la Biologie

    • Science interdisciplinaire

    • Application : la médecine, la pharmacologie, l’agriculture …

    • Discipline qui évolue en fonction des nouveaux problèmes


    posés par la biologie.

    2
    Qu’est ce que la bioinformatique?

    • Le terme bioinformatique peut décrire toutes les applications informatiques résultant de ces
    recherches dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie.
    • Cela va de l'analyse du génome à la modélisation de l'évolution d'une population animale
    dans un environnement donné, en passant par la modélisation moléculaire, l'analyse
    d'image, le séquençage du génome, la reconstruction d'arbres phylogénétiques (phylogénie),
    etc.

    - Interprétation de l’information génétique (séquences) et structurale (repliement 3D)

    - La synthèse des données disponibles (à l’aide de modèles et de théories)

    - Enoncer des hypothèses généralisatrices (p.e: comment les protéines se replient ou


    comment les espèces évoluent)

    - Formuler des prédictions (p.e : localiser ou prédire la fonction d’un gène)

    3
    Qu’est ce que la bioinformatique?

    • Trois principales activités


     Acquisition & organisation des données
     Conception de logiciels
     Analyses des résultats des logiciels

    4
    Pourquoi la bioinformatique?

    • Une masse de données génomiques publiques : banques nucléiques,


    protéiques, génome …
    • Bioinformatique incontournables pour exploiter ces volumes de données publiques

    Information manipulée
     ADN (Génome)
     Séquences de nucléotides
     Séquence de gènes
     Banques de données
     ARN (Transcriptome)
     Séquence
     Structure
     Protéines (Protéome)
     Séquence
     Structure
     Réseaux d’intéraction
    5
    Pourquoi la bioinformatique?
    Le vocabulaire reflète les niveaux de modélisation
     Le biologiste : « molécule d’ADN », « nucléotides »
     Le bioinformaticien: « séquence génomique », « bases »
     L’algorithmicien: « chaine de caractère », « lettres »

    Décoder le texte de l’ADN: une manne de problèmes mathématiques, statistiques,


    algorithmiques, combinatoires…
    Qu’est ce que la bioinformatique?

    De l’ADN à la fonction cellulaire

    Séquence d’ADN
    (suite de gènes) Code pour

    Séquences d’AA

    Se replie en
    Protéines
    Structure 3D

    La fonction des détermine


    Responsable de protéines
    L’activité
    cellulaire

    7
    Défis
     Décoder l’information contenue dans les séquences d’ADN, i.e.
     Trouver les gènes
     Prédire la séquence d’AA produite par un gène
     Identifier les régions régulatrices du génome
     Étudier l’évolution des génomes …

     Génomique structurale:
     Prédire les structures 2D et 3D des protéines et des ARN
    structurels…

     Génomique fonctionnelle
     Étudier la régulation des gènes
     Étudier le niveau d’expression des gènes (microarrays)
     Déterminer les réseaux d’interaction entre les protéines…

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