A.

Molekuler Docking

Pengertian
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada zaman ini dapat
membantu menjawab dan menjelaskan berbagai macam fenomena sains yang
terjadi disekitar kita. Begitu pun di bidang kimia farmasi yang semakin
berkembang dalam penemuan dan perancangan obat baru yang lebih baik
efikasinya dan meminimalisir efek samping yang terjadi. Di era modern ini,
metode pengembangan obat obatan sudah mulai masuk ke ranah ilmu
komputasi, dalam memahami struktur biologi molekuler dan penemuan obat
berdasarkan struktur. Hal ini disebut Computer aided drug design (desain obat
berbantu komputer). Salah satu metode yang digunakan adalah Molecular
Docking.
Secara bahasa, molecular berarti molekuler, dan docking berarti
penambatan, sehingga dapat diartikan penambatan molekuler. Dalam hal ini,
yang ditambatkan adalah molekul obat (ligan) pada reseptornya (target obat).
Molekul obat ini dapat berupa senyawa yang diprediksi memiliki aktivitas
farmakologis, baik itu senyawa dari ekstrak tumbuhan ataupun senyawa sintesis.

Penambatan ligan pada situs tambat protein reseptor

Docking digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi

dengan situs tambat reseptornya sehingga dapat diprediksi aktifitasnya. Ligan
biasanya berupa molekul kecil, atau dapat pula berupa protein. Sedangan reseptor
berupa rangkaian susunan asam amino protein, atau dapat pula berupa DNA atau
RNA yang terdapat dalam sel tubuh.

Salah satu contoh gambar 3D Protein reseptor

Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang terbaik dari
suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang

stabil. Informasi tentang oreintasi ini dapat digunakan untuk memprediksi

kekuatan hubungan atau afinitas antara dua molekul yang digunakan. Hubungan
antara molekul biologis yang relevan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat,
dan lipid memiliki peran penting dalam transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi
relatif dari dua pasangan yang berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang
dihasilkan.

Filosofi docking
Docking dilakukan untuk mensimulasikan secara komputasi proses
pengenalan molekul. Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi
protein dan ligan yang optimal sehingga energi bebas dari sistem secara
keseluruhan diminimalkan. docking membantu dalam mempelajari obat / ligan
atau interaksi reseptor / protein dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok
pada protein, mendapatkan geometri terbaik dari kompleks ligan reseptor , dan
menghitung energi interaksi dari ligan yang berbeda untuk merancang ligan yang
lebih efektif.

Penambatan molekul (molecular docking) merupakan prosedur yang

menggunakan komputer untuk memprediksi ikatan nonkovalen makromolekul,
molekul besar (reseptor), dan molekul kecil (ligan). Prosedur ini bertujuan
memprediksi model ikatan dominan antara ligan dengan protein yang telah diketahui
struktur tiga dimensinya. Prediksi ikatan molekul kecil dan protein tersebut sangat
penting dalam penampisan molekul virtual mirip obat untuk menemukan senyawa
penuntun untuk pengembangan obat selanjutnya. Penambatan molekul ini dapat
digunakan untuk penampisan senyawa besar, pengurutan hasil, dan pembuatan
hipotesis bagaimana sebuah ligan menghambat suatu reseptor. Penggunaan metode
panambatan molekular memberikan manfaat mempersempit fokus riset, menghemat
biaya penelitian, dan mengefektifkan waktu dan biaya penelitian.
Untuk melakukan docking, syarat pertama adalah struktur protein dan
ligan yang diinginkan. Biasanya struktur telah ditentukan dengan menggunakan
teknik biofisik seperti kristalografi sinar-x, atau spektroskopi NMR, kemudian
disimpan dalam Protein Data Bank. Sedangkan untuk ligan yang akan digunakan
dapat

dibuat

dengan

software

menggambar

kimia

seperti Chemdraw atau Marvinsketch. Struktur protein dan basis data ligan yang
potensial ini berfungsi sebagai input untuk program docking.
Program docking terdiri dari 2 bagian, yaitu docking algorithms /
docking pose dan scoring function. Docking algorithms/pose berfungsi untuk
mencari orientasi/konformasi suatu ligand terhadap situs tambat reseptornya
sehingga didapat konformasi yang paling stabil dari kompleks ligan-protein yang

terbentuk. Gugus gugus fungsional ligan akan berinteraksi dengan residu

residu asam amino protein reseptor sehingga membentuk ikatan intermolekular.
Kekuatan

ikatan

inilah

yang

dihitung

dan

diperingkatkan

(ranking)

dengan Scoring function.

Interaksi ligan (biru toska) dengan asam amino protein reseptor (ungu)

Scoring function berfungsi untuk menghitung afinitas kompleks liganprotein reseptor yang terbentuk. Identifikasi ini didasarkan pada beberapa teori
seperti teori energi bebas Gibbs (Gbind). Nilai energi bebas Gibbs yang kecil
menunjukkan bahwa konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai
energi bebas Gibbs yang besar menunjukkan kurang stabilnya kompleks yang
terbentuk. Semakin negatif nilai yang dihasilkan, maka semakin baik afinitas
kompleks ligan-protein, sehingga diharapkan aktivitasnya pun semakin baik.

Prinsip

Penambatan molekul dilakukan berdasarkan prinsip bahwa reseptor

membentuk kompleks dengan ligan. Ikatan ini terpengaruh oleh struktur enzim yang
kaku dan fleksibel. Penambatan molekul akan mencari kandidat konformasi ikatan
reseptor dengan ligan secara komputasional menggunakan algoritma pencarian.
Perangkat lunak akan melakukan fungsi perhitungan mencari nilai energi bebas ikatan
Gibbs (?G), kecocokan energi (memprediksi afinitas ikatan), dan kandidat konformasi
ikatan reseptor dengan ligan, kecocokan geometris (menemukan metode ikatan yang
paling mungkin). Energi bebas ikatan sebanding dengan afinitas ligan dan ikatannya
terhadap protein. Interaksi protein dan ligan akan terbentuk apabila kompleks yang
dihasilkan memiliki energi bebas ikatan bernilai rendah. Semakin negatif energi ikatan
bebas maka afinitas ligan terhadap proteinnya semakin kuat. Energi bebas ikatan yang
rendah juga menunjukkan ikatan ligan dan reseptor yang stabil. Hasil analisis juga
mendapatkan posisi dan ikatan ligan terhadap reseptor.
Syarat Penambatan Molekul (Molekuler Docking)
Berikut beberapa syarat yang harus dipenuhi untuk melakukan prosedur
penambatan molekul:
Basis Data (Database)
Salah satu syarat pelaksanaan penambatan molekul adalah adanya struktur
protein reseptor yang dikehendaki. Reseptor atau target proses penambatan diperoleh
dari hasil eksperimen seperti spektroskopi NMR atau pun kristalografi sinar-x. Ligan
dan reseptor yang dikehendaki didapatkan melalui basis data/pangkalan data/database

berikut ini yang dikehendaki didapatkan melalui basis data/pangkalan data/database

berikut ini:

Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) merupakan basis data yang berisi kumpulan arsip mengenai
struktur makromolekul biologi dari seluruh dunia. Basis data ini didirikan oleh
Brookhaven National Laboratories (BNL) pada tahun 1971. Data struktur
makromolekul biologi dalam bentuk tiga dimensi ini didapatkan melalui eksperimen
menggunakan teknik kristalografi sinar X, resonansi magnet inti (Nuclear Magnetic
Resonance [NMR]), dan mikroskopi cyro-electron. Hasil percobaan tersebut
kemudian diproses dengan program komputer sehingga mendapatkan model molekul
yang sesuai dengan eksperimen. Basis data ini dapat digunakan untuk mencari struktur
protein reseptor yang hendak ditambatkan.

ZINC

ZINC merupakan basis data yang berisi senyawa-senyawa komersil yang dapat
digunakan untuk keperluan penambatan molekul ataupun penampisan virtual. Basis
data ini disediakan oleh Laboratorium Shoichet, Departemen Kimia Farmasi,
Universitas California San Fracisco dan arsip senyawa yang tersedia dipasok oleh
Cambridge, ChemDiv, Ryan, Asinex, Sigma-Aldrich, Maybridge, Specs, Cogmenex,
dan Otava. Basis data ini digunakan untuk mencari struktur ligan.

Pubchem

Pubchem merupakan basis data berisi senyawa organik, sifat-sifat senyawa, dan
struktur tiga dimensi senyawa tersebut. Basis data Pubchem dikelolah oleh National
Institute of Health (NIH), National Library of Medicine, Amerika Serikat. Basis data
ini umum digunakan untuk mencari struktur ligan yang akan digunakan dalam proses
penambatan.
Perangkat Lunak
Syarat lain untuk melakukan prosedur penambatan ialah adanya perangkat lunak yang
hendak digunakan. Perangkat lunak ini berfungsi dalam proses modifikasi berkas (file)
struktur tiga dimensi yang diperoleh dari basis data. Perangkat lunak ini juga berfungsi
dalam melakukan fungsi pencarian kecocokan energi serta kecocokan geometris
antara ligan dengan reseptor. Keberhasilan penambatan molekul bergantung pada
algoritma pencarian dan fungsi perhitungan ligan-protein.

Discovery Studio

Discovery studio merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh Dassault

Systemes Biova. Perangkat ini dapat digunakan dalam berbagai hal seperti
memvisualisasi berkas (file) struktur sebuah molekul, menjalankan simulasi kimia,
mengidentifikasi interaksi antara reseptor dengan ligan, dan masih banyak lagi.
Perangkat lunak ini digunakan untuk melakukan perbaikan terhadap berkas struktur
reseptor yang didapat dari basis data (database) dan juga mengkonversi format berkas
(file) sehingga dapat digunakan oleh program lainnya. Aplikasi ini juga dapat

digunakan untuk menganalisis hasil penambatan molekul, namun pada artikel

selanjutnya kita tidak menggunakan aplikasi Discovery Studio.

AutoDockTools

AutoDockTools merupakan aplikasi front-end dari aplikasi Autodock dan Autodock

Vina. Program AutoDockTools dalam penambatan molekul dapat digunakan dalam
mengubah struktur ligan atau reseptor yang digunakan, mencari parameter grid yang
sesuai, menjalankan penambatan, hingga menganalisa hasil penambatan. Sayangnya,
fitur menjalankan penambatan tidak dapat digunakan akibat adanya pesan galat
sehingga fitur ini dijalankan langsung menggunakan aplikasi Autodock Vina.

Autodock Vina

Autodock Vina merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh The Scripps
Research Institute. Perangkat lunak ini berfungsi dalam melakukan fungsi pencarian
dan penilaian sehingga percobaan mendapatkan data mengenai kecocokan energi dan
geomeris. Perangkat ini tidak memiliki antar muka grafis, sehingga penggunanya
harus terbiasa dengan antar muka teks walaupun perintah yang digunakan sebarnya
sangat sederhana. Penggunaan perangkat lunak Autodock Vina disebabkan oleh
manfaat yang dimilikinya berupa mudah digunakan, residu yang digunakan bersifat
fleksibel, akurat, dan cepat.

LigPlot+

LigPlot+ merupakan perangkat lunak antar muka grafis dari perangkat lunak
LIGPLOT dan DIMPLOT. Perangkat lunak ini dikembangkan oleh Roman
Laskowski. LigPlot+ digunakan pada proses penambatan dalam analisis hasil
penambatan molekul. Penggunaan perangkat ini disebabkan oleh hasil yang lebih jelas
dan mudah dimengerti.
B. Study Farmakopore
Pharmacophore discovery yaitu metode mencari kesamaan sifat fisikokimia
antara lain sifat elektronik, hidrofobik dan sterik dari senyawasenyawa yang
dilaporkan aktif kemudian dibangun suatu bagian 3D yang menggabungkan sifat
gugus-gugus maupun bagian senyawa yang diduga bertangung jawab terhadap
aktivitasnya (pharmacophore).
Farmakopore sering digunakan pada desain obat adalah adanya struktur 3D
yang hilang pada banyak makromolekul yang diinginkan. Banyak target obat
sekarang ini merupakan membrane bounded dan sejauh ini hanya beberapa
protein membrane yang berhasil dikristalisasi. Tidak adanya penentuan secara
eksperimen struktur 3D, penggunaan pendekatan berdasarkan ligan tidak langsung
termasuk farmakofor, merupakan satu-satunya cara untuk mendesain molekul
bioaktif yang baru secara rasional.
C. Molekuler Dinamic
D. Toxtree
E. Pre ADMET

Referensi

Patrick, G. (2001). Instant Notes in Medicinal Chemistry.

Philip E Bourne and Jenny Gu (2009). Structural Bioinformatics, Second edition.

J. Alvarez, and B. Shoichet (2005). Virtual Screening in Drug Discovery.
Arry Yanuar (2012). Penambatan Molekular: Praktek dan Aplikasi Virtual
Screening.