BAB 1

PENDAHULUAN
A.LATAR BELAKANG
Metode pemisahan merupakan aspek penting dalam bidang ilmu kimia karena kebanyakan
materi yang terdapat dialam dapat berupa campuran. Untuk memperoleh materi murni dari
suatu campuran , kita harus melakukan suatu pemisahan. Berbagai teknik pemisahan dapat
diterapkan untuk memisahkan campuran .Seiring dengan kemajuan zaman yang semakin
pesat di negara-negara berkermbangakan selalu diikuti pula dengan kemajuan ilmu
pengetahuan yang semakin marak di bidang teknologi. Salah satu diantaranya adalah
pengembangan di bidang Biologi Molekuler.Bidang ilmu pengetahuan Biologi Molekuler ini
telah dimulai pada akhir abad ke 19, setelah rnetode elektroforesis ditemukan dan dipakai
untuk menganalisa berbagai kegiatan penelitian di bidang Kimia, Biologi (Genetika,
Taksonomi dan Bio-sistematik). Ringkasnya metode elektroforesis ini mulai berkembang
akhir abad ke 19 setelah ditemukan penelitian yang menunjukkan adanya efek dari listrik
terhadap partikel-partikel atau molekul-molekulyang bermuatan listrik, dalam ha1 ini
termasuk juga protein (Pornet, Quincke, Hardy. dalamRichardson dkk, 1986). menurut
passteur dkk. (1988) elektroforesis berasal dari bahasaJunani yang mempunyai arti transport
atau perpindahan melalui partikel-partikel listrik.

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA
(McPherson and Moller, 2006) Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen
DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Sebelum dilakukan PCR dengan
sampel penelitian, perlu dilakukan optimasi agar didapatkan komposisi dan kondisi PCR
yang sesuai sehingga mendapatkan hasil PCR yang optimal. Seorang teknisi laboratorium
dalam mendampingi penelitian atau mengerjakan penelitian dengan PCR seharusnya
mengetahui tahapan yang dilakukan jika sampel dan reagen sudah siap untuk dianalisa.
Tulisan ini diharapkan mampu memberikan gambaran kepada teknisi laboratorium ataupun
peneliti baru yang akan mengerjakan penelitian amplifikasi DNA sampel darah khususnya
darah sapi Peranakan Ongole (PO) menggunakan metode PCR . PCR melibatkan tiga tahap
siklus temperatur yang berurutan yaitu denaturasi template (94 – 95oC), annealing
(penempelan) pasangan primer pada untai ganda DNA target (50 – 60o ) dan pemanjangan
(72oC). Faktorfaktor yang menentukan keberhasilan PCR diantaranya adalah 1) konsentrasi
dan kualitas DNA, 2) temperatur annealing dari kedua primer, 3) konsentrasi MgCl2, 4)
enzim polimerase, 5) konsentrasi dan kualitas primer, 6) jumlah siklus PCR, 7)
deoksinukleotida triphosphate (dNTP), dan faktor lain seperti larutan buffer (Gelfand and
White, 1990). Pada tahapan optimasi PCR kita dapat membuat variasi tahapan PCR baik
waktu, suhu dan komposisi PCR. Pada tulisan ini kami menggunakan contoh optimasi gen
Leptin pada DNA Sapi dengan ukuran produk PCR 467bp, dengan variasi konsentrasi primer
dan suhu annealing. Suhu annealing yang digunakan dapat dihitung berdasarkan (Tm-5) oC
sampai dengan (Tm +5)oC (Handoyo dan Rudiretna, 2001). Pada mesin PCR variasi suhu
annealing ini dilakukan dengan memasukkan program gradient. Produk PCR yang dihasilkan
kemudian dielektroforesis. Hasil elektroforesis ini dianalisa dengan membandingkan
ketebalan band secara visual. Band optimal yang dimaksud adalah band yang tebal,
tunggal/single dan sesuai ukuran target (Irmawati, 2003). Konsentrasi primer dan suhu

1
annealing yang menghasilkan band yang optimal inilah yang selanjutnya digunakan untuk
PCR pada sampel penelitian.

B.TUJUAN PEMBUATAN MAKALAH

A. Mengetahui definisi teori elektroforesis dan pcr

B. Mengetahui Jenis-Jenis Elektroforesis
C. Mengetahui medium pendukung dari Elektroforesis
D. Mengetahui komponen alat elekroforesis
E. Mengetahui komponen-komponen untuk reaksi pcr
F. Mengetahui prosedur kerja pcr DNA dan elektroforesis DNA
G. Manfaat elektroforesis dan pcr
H. Cara perawatan alat elektroforesis dan pcr

I.

2
 BAB 2
PEMBAHASAN

A.DEFINISI ELKTROFORESIS DAN PCR

a. Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan suatu partikel/ spesies/ ion atau
partikel koloid berdasarkan kemampuan berpindah melalui medium konduktif,
biasanya berupa larutan bufer, sebagai respon adanya suatu medan listrik (Harvey
2000). Secara teknis, elektroforesis merupakan istilah yang diberikan untuk migrasi
partikel yang bermuatan akibat diberikan arus listrik searah atau DC (Direct Current).
Umumnya teknik dari cikal-bakal elektroforesis digunakan untuk menentukan muatan
dari suatu koloid (Patnaik 2004). Teknik elektroforesis ditentukan oleh ciri molekular
ionik dan adanya muatan sebagai sifat fisik. Arah dan laju pergerakan tergantung pada
spot dan intensitas muatan ionik (Rouessac 2007). Bufer elektroda digunakan untuk
konduktor arus dengan menjadi jembatan konduksi diantara dua elektroda sehingga
memungkinkan terjadinya aliran medan listrik (Skoog 2002).

b. PCR ( polymerase chain reaction )

PCR merupakan suatu teknik amplifikasi DNA secara in vitro yang mampu
mengamplifikasi segmen tertentu dari keseluruhan genom bakteri. Proses amplifikasi
PCR melibatkan variasi suhu yang mendekati suhu didih air, jadi diperlukan enzim
polimerase yang tetap stabil dalam temperatur yang tinggi. Pada proses PCR, enzim
polimerase yang digunakan berasal dari bakteri Thermus aquaticus (Taq) yang hidup
di lingkungan bersuhu lebih dari 90 oC.

3
B.JENIS-JENIS ELEKTROFORESIS DAN PCR
a. Elektroforesis
1. Elektroforesis kertas

Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah
ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi
sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada
muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan,
konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut.

Sesuai dengan perkembangan ilmu bahan, elektroforesis kertas menjadi fasa

pertama dari perkembangan elektroforesis zona. Dengan menggunakan medium
kertas, pemisahan dan analisis terhadap asam amino, peptida, nukleotida, dan ion-
ion logam yang kecil dapat dilakukan.

4
 Kelemahan penggunaan kertas selulosa asetat adalah: adanya gangguan yang
disebabkan oleh adanya gugus OH- yang terdapat pada selulosa yang dapat
berinteraksi dengan molekul polar sehingga daya migrasi molekul tersebut
terganggu dan menjadi lebih rendah (Harjadi 1993). Kelemahan ini dapat diatasi
dengan cara asetilasi gugus hidroksil dengan menggunakan kertas selulosa asetat
yang tidak polar. Hal ini menyebabkan migrasi molekul polar tidak terganggu,
resolusi lebih baik, dan proses pemisahan berlangsung lebih cepat.
Keuntungan penggunaan kertas selulosa asetat adalah:
 proses migrasi lebih cepat
 pemisahan spot menjadi lebih kecil
 mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri
 mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit.
Pada elektroforesis kertas selulosa asetat, kertas selulosa asetat harus
dibersihkan dengan cara kering dalam percobaan ini. Cara kering lebih baik
resolusinya dan spotnya lebih kecil daripada cara basah. Oleh karena itu,
percobaan ini menggunakan medium selulosa asetat.

2. Elektroforesis gel

Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-

5
protein. Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media.
Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam
dan fase bergerak (eluen). Fase diam berfungsi "menyaring" objek yang akan
dipisah, sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah.
Sering kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga
kestabilan objek elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada
masing-masing ujung aparat elektroforesis gel.
Zat yang akan dielektroforesis dimuat pada kolom (disebut well) pada sisi
elektroda negatif. Apabila aliran listrik diberikan, terjadi aliran elektron dan zat
objek akan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif.
Kecepatan pergerakan ini berbeda-beda, tergantung dari muatan dan berat molekul
DNA. Kisi-kisi gel berfungsi sebagai pemisah. Objek yang berberat molekul lebih
besar akan lebih lambat berpindah.

Gambar Prosedur Kerja Elektroforesis Gel

3. Elektroforesis kapiler

6
 Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk
memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan
resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer. Metode ini

mulai digunakan secara luas pada akhir tahun 1940 untuk aplikasi dalam
berbagai bidang seperti bioteknologi, kimia, lingkungan, dan analisis farmasi.
Elektroforesis kapiler menggunakan listrik bertegangan tinggi yang
menyebabkan semua komponen ion atau molekul netral bergerak ke katoda.
Deteksi dapat dilakukan dengan teknik pendeteksian spektrometri atau
elektrokimia. Teknik pemisahan ini dipengaruhi oleh tegangan listrik,
koefisien difusi, panjang, dan diameter pipa kapiler, serta konsentrasi sampel.
Metode ini memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik namun boros listrik
karena menggunakan tegangan tinggi dan alatnya juga mahal.

Elektroforesis kapiler (CE), juga dikenal sebagai zona elektroforesis kapiler, dapat
digunakan untuk memisahkan spesies ion oleh muatan mereka dan gesekan
kekuatan dan radius hidrodinamika. Elektroforesis , bermuatan listrik bergerak
analit dalam konduktif cairan menengah bawah pengaruh suatu medan listrik .
Diperkenalkan pada tahun 1960-an, teknik elektroforesis kapiler (CE) dirancang
untuk spesies terpisah berdasarkan ukuran mereka untuk mengisi rasio dalam
interior sebuah kapiler kecil penuh dengan elektrolit.
b..PCR
1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP); metode ini digunakan untuk
membedakan organisme berdasarkan analisis model derifat dari perbedaan DNA.

7
2. Inverse-PCR, metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen internal yang diketahui.
Template didigesti dengan enzim restriksi yang memotong bagian luar daerah yang akan
diamplifikasi, fragmen restriksi yang dihasilkan ditempelkan dengan ligasi dan diamplifikasi
dengan menggunakan sekuen primer yang memiliki titik ujung yang memiliki jarak yang jauh
satu sama lain dengan segmen eksternal yang telah tergabung. Metode ini khusus digunakan
untuk mengidentifikasi ”sekuen antara” dari beragam gen.
3. Nested-PCR, proses ini memungkinkan untuk mengurangi kontaminasi pada produk
selama amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak diperlukan. Dua set primer digunakan
untuk mendukung metode ini, set kedua mengamplifikasi target kedua selama proses pertama
berlangsung. Sekuens DNA target dari satu set primer yang disebut primer inner disimpan di
antara sekuens target set kedua dari primer yang disebut sebagai outer primer. Pada
prakteknya, reaksi pertama dari PCR menggunakan outer primer, lalu reaksi PCR kedua
dilakukan dengan inner primer atau nested primer menggunakan hasil dari produk reaksi
yang pertama sebagai target amplifikasi. Nested primer akan menyatu dengan produk PCR
yang pertama dan menghasilkan produk yang lebih pendek daripada produk yang pertama.
4. Quantitative-PCR; digunakan untuk pengukuran berulang dari hasil produk PCR. Metode
ini secara tidak langsung digunakan untuk mengukur kuantitas, dimulai dari jumlah DNA,
cDNA, atau RNA. Hasil dari metode ini juga menampilkan copy dari sampel
5. Reverse Transcriptase (RT-PCR); metode ini digunakan untuk amplifikasi, isolasi atau
identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA. Metode ini dibantu oleh reverse transcriptase
(mengubah RNA menjadi cDNA), mencakup pemetaan, menggambarkan kapan dan dimana
gen diekspresikan.
6. Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) bertujuan untuk mendeteksi
polimorfisme pada tingkat DNA. Metode ini dikembangkan oleh Welsh and Mc Clelland
(1990) dengan cara mengkombinasikan teknik PCR menggunakan primer – primer dengan
sequens acak untuk keperluan amplifikasi lokus acak dari genom.

C. MEDIUM PENDUKUNG DARI ELEKTROFORESIS

Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan medium pendukung untuk
mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan.
Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan medium pendukung yang banyak dipakai
untuk separasi protein dan asam nukleat. Efek penguapan juga dapat diturunkan
minimal jika elektroforesis dilakukan di medium pendukung yang dicelupkan dengan
larutan buffer. Pemisahan sempurna suatu campuran dapat terjadi efektif dalam zona

8
tertentu.
Meskipun medium pendukung relatif stabil (inert), komposisinya mungkin akan
menyebabkan penyerapan, migrasi elektron (elektro osmosis) atau penyaringan
berdasarkan ukuran molekulnya, yang kesemuanya mempengaruhi kecepatan gerak
senyawa.
1. Cellulose asetat

2. Larutan Buffer
Larutan buffer (penyangga) ini menstabilkan pH medium pendukung. Buffer juga
dapat mempengaruhi kecepatan gerak senyawa karena beberapa hal, yaitu :
a. Komposisi
Buffer harus tidak mengikat senyawa yang dipisahkan karena akan
mempengaruhi kecepatan gerak. Buffer borat dipakai untuk memisahkan
karbohidrat, karena dapat membentuk gabungan yang bermuatan listrik
dengan karbohidrat.
b. Konsentrasi
Dengan naiknya kekuatan ion buffer, jumlah arus listrik yang terbawa
meningkat dan bagian aliran yang dibawa sampel menurun, sehingga
memperlambat geraknya. Kekuatan ion tinggi dalam buffer akan
meningkatkan arus keseluruhan sehingga panas juga meningkat, biasanya
dipilih 0,05 -0,10M.
c. pH
Tingkat ionisasi asam-asam organik akan bertambah apabila pH bertambah,
sebaliknya untuk basa-basa organik,oleh sebab itu tingkat kecepatan geraknya
juga terpengaruh oleh pH. Kedua pengaruh dapat terjadi pada senyawa seperti
asam aminoyang memiliki sifat asam dan basa.
3. Medan elektrik
Apabila voltase diberikan diantara dua elektroda, arus ditentukan oleh tahanan
dalam medium.
a. Voltase
Apabila jarak antara dua elektroda adalah 1 meter dan perbedaan potensial
antara keduanya adalah V volt sehingga gradient potensialnya adalah V/1m.
Kenaikan gradient potensial akan menyebabkan kecepatan gerak ion.
b. Aliran listrik

9
 Arus aliran listrik dalam larutan antara dua elektroda disebabkan umumnya
oleh ion buffer dan sedikit oleh ion dalam sampel. Kenaikan voltase akan
meningkatkan jumlah muatan yang dipindahkan setiap detik kearah elektroda.
Jarak yang ditempuh ion akan sebanding dengan waktunya.
c. Tahanan
Medium elektroforesa menimbulkan pada aliran ion sebanding dengan jenis
medium, jenis buffer dan konsentrasinya. Tahanan akan meningkat dengan
bertambahnya jarak antara elektroda, namun berkurang dengan bertambahnya
luas permukaan elektroda dan konsentrasi ion dalam buffer.

D.KOMPONEN ALAT ELEKTROFORESIS

a. Larutan elektrolit: larutan pembawa komponen umumnya buffer dengan pH
tertentu.
b. Zat pendukung: tempat pemisahan terjadi. Biasanya berupa kertas(selulosa asetat,
selulosa nitrat), gel kanji, gel polikrilamid, busa poliuretan, agar-agar.
c. Elektroda: dengan anoda dan katoda yang dihubungkan arus listrik.

Rangkaian Alat Elektroforesis

Berdasarkan bentuk alat, elektroforesis dibagi menjadi dua:

1. Elektroforesis Planar
2. Elektroforesis Kolom
Pemisahan pada elektroforesis, selain disebabkan oleh fenomena
elektrokinetik, juga dapat disebabkan karena adanya filtrasi, yakni interaksi
dengan fasa diam. Pemisahan yang disebabkan karena interaksi tersebut tidak

10
 disebut elektroforesis, melainkan "elektrokromatografi". Arus yang digunakan
pada elektroforesis adalah arus DC dengan nilai tegangan kurang dari 1000 volt.
Apabila digunakan lebih dari 1000 volt maka akan terjadi efek pemanasan pada
media gel. Efek pemanasan tersebut disebut "efek Joule" yang disebabkan karena
adanya tumbukan partikel elektron. Efek pemanasan dapat dihilangkan dengan
dua cara, yakni:
1. Pendinginan
2. Efek Konveksi. Efek konveksi adalah suatu cara untuk membebaskan panas
dengan mengganti bentuk planar menjadi bentuk kolom atau kapiler. Kapiler
yang digunakan dibuat dari silika yang bermuatan netral atau negatif. Bagian
luar kapiler dilapisi dengan polimer agar bersifat lentur.

Electro Osmotic Flow (EOF)

Jika kapiler pada elektroforesis diberi tegangan, maka akan terjadi perpindahan
muatan ke arah kutub negatif (-). Perpindahan yang terjadi disebut "electroosmotic
flow (EOF)". Pergerakan elektrolit yang tidak dipengaruhi oleh EOF disebut
"elektroforetik". Prinsip kerja EOF dapat dilihat pada gambar berikut.

Dari gambar diatas dapat dilihat bahwa terjadi pemisahan anatara muatan
positif dengan muatan negatif akibat adanya lapis rangkap listrik. Lapis rangkap
listrik terjadi akibat pemberian tegangan yang sangat tinggi pada dinding pipa
kapiler. Sebelum diberi tegangan, permukaan kapiler akan bermuatan netral,
setelah diberi tegangan, maka ion negatif akan menempel pada permukaan sebagai

11
 lapis pertama. Ion positif akan mengikuti ion negatif membentuk lapisan pada
permukaan, dalam hal ini ion positif akan membentuk lapisan kedua. Sistem ini
disebut lapis rangkap listrik.
Kecepatan migrasi elektroforesis dipengaruhi oleh ukuran, bentuk, serta
muatan dari masing-masing komponen. Kecepatan migrasi yang tinggi akan
terjadi jika komponen memiliki muatan tinggi dan ukuran rendah, dengan kata
lain memiliki densitas muatan yang tinggi. Densitas muatan sendiri adalah
perbandingan anatara muatan dengan ukuran yang dimiliki oleh suatu komponen.

E.KOMPONEN-KOMPONEN UNTUK REAKSI PCR

a. DNA cetakan / DNA target Merupakan keseluruhan DNA sampel yang di dalamnya
terkandung fragmen DNA target.
b. Primer Primer adalah suatu oligonukleotida yang memiliki 10 sampai 40 pb (pb =
pasangan basa) dan merupakan komplementer dari DNA target. Pemilihan primer
yang tidak sesuai dapat menyebabkan tidak terjadinya reaksi polimerasi antara gen
target dengan primer. Berikut adalah kriteria pemilihan primer, yaitu : 1. Panjang
primer : 15-30 pb 2. Kandungan GC sekitar 50% 3. Temperatur penempelan kedua
primer tidak jauh berbeda 4. Urutan nukleotida yang sama harus dihindari 5. Tidak
boleh terjadi self dimmer, pair dimmer, atau hairpin
c. DNA Polimerase Merupakan enzim yang stabil dalam pemanasan dan umumnya
digunakan enzim Taq DNA polimerase (Taq = Thermus aquaticus). Enzim ini tetap
stabil mengamplifikasi DNA walaupun amplifikasi berjalan pada suhu mendekati titik
didih air.
d. Buffer / Dapar Buffer atau dapar yang digunakan umumnya mengandung MgCl2
yang mempengaruhi stabilitas dan kerja enzim polimerase.
e. dNTPS dNTPS atau deoxynukleotide Triphosphates merupakan suatu nukleotida
bebas yang berperan dalam perpanjangan primer melalui pembentukkan pasangan 11
basa dengan nukleotida dari DNA target (Innis M. and Gelfand D. in White Thomas,
1990

F.PROSEDUR KERJA PCR DNA DAN ELEKTROFORESIS DNA

a. Pcr DNA

12
a. Tahap pemisahan, peleburan, pelelehan, atau denaturasi. Pada tahap ini, ikatan
hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi unting tunggal. Tahap ini
berlangsung pada suhu tinggi, yaitu 94–96 °C. Biasanya, pada tahap awal PCR,
tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua unting
DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi
templat bagi primer.
b. Tahap penempelan. Primer menempel pada bagian DNA templat yang
komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara 45–60 °C.
Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan tidak
terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap
ini 1–2 menit.
c. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis
DNA polimerase yang dipakai. Dengan Taq polimerase, proses ini biasanya
dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.

B.Elektroforesis DNA

a. Buat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan 5 ml TAE 50x ke
dalam 245 ml akuades.
b. Buat gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan ke
dalam bufer TAE 1x hingga volume 20 ml. Larutan agarosa dididihkan hingga
larut sempurna.
c. Siapkan baki gel agarosa, lekatkan selotip di tiap ujung baki gel agarosa (pastikan
bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada lubang pada masing-masing ujung baki)
d. Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosa dengan posisi
hampir menyentuh dasar baki
e. Periksalah suhu larutan agarosa dengan cara menempelkan erlenmeyer ke tangan,
jika suhunya sudah turun hingga sekitar 50-60 0C, tambahkan 1 µl etidium bromid
(PERINGATAN KERAS!!, gunakan sarung tangan karena bersifat karsinogenik).
f. Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian tuangkan larutan ke dalam
baki gel agarosa, biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.
g. ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung baki.
h. masukkan baki yang telah berisi gel agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang
telah diisi dengan larutan bufer TAE 1x (pastikan bahwa gel terendam seluruhnya
dalam TAE).
i. siapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki elektroforesis.

13
 j. masukkan 10 µl sampel DNA dan 2 µl loading dye 6x ke dalam sumuran gel
agarosa dengan cara mencampurkan kedua bahan tersebut terlebih dahulu secara
merata pada kertas parafilm menggunakan mikropipet.
k. buatlah catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel DNA yang
dimasukkan.
l. hubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis (pastikan bahwa kabel
yang tersambung ke kutub negatif berada di dekat sumuran; jika tidak demikian,
ubahlah posisi baki/gel ke arah sebaliknya).
m. nyalakan sumber arus, aturlah volatase dan waktu running hingga diperoleh angka
70 V dan 45 menit dengan cara menekan tombol yang sesuai pada sumber arus.
n. jalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan tombol run pada
sumber arus.
o. elektroforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan sudah habis, yang
ditandai oleh adanya bunyi alarm. Matikan sumber arus dan angkatlah baki dari
tangki elektroforesis.
p. keluarkan gel dan letakkan di atas UV transluminator (letakkan selubung kaca
hitam di atas UV transluminator).
q. nyalakan UV transluminator, amati pita-pita DNA yang tervisualisasi.

G.MANFAAT PCR DAN ELEKTROFORESIS

a.pcr
dengan melakukan tes PCR kita dapat mengatahui penyakit sebagai berikut:
 HIV atau Human Immunodeficiency virus.
 Hepatistis B dan C.
 CMV atau Cytomegalovirus.
 Infeksi virus HPV atau Human Papillomavirus.
 Gangguan kencing nanah atau Gonore.
 Penyakit seksual Klamidia.
 Infeksi bakteri atau penyakit Lyme.

b.elektroforesis
elektroforesis berguna untuk mengetahui partikel baik seperti RNA,DNA dan protein.

H.PERAWATAN ELEKTROFRESIS DAN PCR

a.elektroforesis

14
1. Setiap selesai menggunakan alat, bak langsung dicuci denggan akuades
2. Simpan alat ditempatnya dalam keadaan kering
3. Buang gel agarosa kedalam sampah khusus limbah berbahaya
4. Setelah penggunaan, buffer running diletakkan kembali ke botol semula
5. Buang tip bekas EtBr kedalam sampah khusus limbah berbahaya
b.pcr
a. Selalu melepaskan kabel ups dari thermal cyler / pcr jika tidak digunakan.
b. Hindarkan dari getaran dan benturan.
c. Gunakan sarung tangan pada saat bekerja.
d. Jangan menggunakan spidol yang terlalu tebal pada tube sampel.
e. Jangan menuliskan identitas sampel pada tutup tube sampel.
f. Selalu memperhatikan support ring pada saat memasukkan sampel.
g. Hindari menyentuh tutup alat thermal cycler /pcr setelah beroperasi.
h. Jangan membuka tutup alat thermal cycler /pcr pada saat alat sedang beroperasi.
f. Buka tutup alat thermal cycler /pcr setelah digunakan dan di diamkan selama 30
menit.
i. Bersihkan alat thermal cycler/pcr jika selesai digunakan dan tutup kembali alat
thermal cycler / pcr untuk menghindarkan dari debu.

15
 BAB 3
PENUTUP

A.KESIMPULAN
Dengan makalah inj kita dapat mengetahui sebagai berikut :

A. Mengetahui definisi teori elektroforesis dan pcr

B. Mengetahui Jenis-Jenis Elektroforesis
C. Mengetahui medium pendukung dari Elektroforesis
D. Mengetahui komponen alat elekroforesis
E. Mengetahui komponen-komponen untuk reaksi pcr
F. Mengetahui prosedur kerja pcr DNA dan elektroforesis DNA
G. Manfaat elektroforesis dan pcr
H. Mengetahui cara perawatan elektroforesis dan pcr

B.SARAN
Pada setiap praktikum maupun pengambil sampel di harap agar selalu menggunkan APD
lengkap dan hati-hati dalam menggunakan alat-alat lab,patuhi aturan SOP yang ada dan
selalu mengikuti prosedur kerja.

16
 DAFTAR PUSTAKA
file:///C:/Users/asp_8/Downloads/Polymerase-Chain-Reaction-PCR%20(3).pdf ,file:///C:/Users/
asp_8/Downloads/952-1444-1-SM%20(1).pdf, file:///C:/Users/asp_8/Downloads/3248-6593-1-SM
%20(2).pdf,http://repository.unimus.ac.id/3023/4/Bab%202.pdf

INDONESIA JURNAL OF LABORATORY//https://ciputrahospital.com/pcr-test-untuk-mendeteksi-virus-

dan-bakteri/https://id.wikipedia.org/wiki/Reaksi_berantai_polimerase//https://
www.google.co.id/url?
sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uac=8&ved=0CBwQFjAA&url=http
%3A%2F%2Fdownload.fa.itb.ac.id%2Ffilenya%2FHandout%2520Kuliah%2FAnalisis
%2520Senyawa%2520Aktif%2FEle

https://www.google.co.id/url?
sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=7&cad=rja&uact=8&ved=0CEIQFjAG&url=http
%3A%2F%2Fkrishnapcandra.files.wordpress.com%2F2011%2F06%2Fpertemuan-ke-14-
dan-15_color.pdf&ei=hYwsVLq3OsWpuwTN4oLYDA&usg=AFQjCNFnRvYLpwMP-
30osiIuKXS6oZ5HIg&sig2=0j2IrFakZu8xGqt2itoh6Q&bvm=bv.76477589,d.c2E

http://helensonitahabibie.blogspot.com/2012/05/teori-elektrophoresis-kapiler.html
http://blog.ub.ac.id/fathulmubin/ http://biologi.fmipa.unand.ac.id/images/Download/SOP/SOP
%20Labor/SOP_Lab.%20Genetika%20dan%20Biomolekuler.pdf

17