Ärkebiskopssätet flyttade hit på 1280-talet. Handlingar, som mera eller mindre direkt angår dess privilegier, finns ända från början av 1300-talet, egentliga stadfästelser på privilegierna från 1497 som uppstad. Redan på 1100-talet fanns här en köpstad. Myntning påbörjas i staden omkring 1200.[1]
Uppsala stad inrättades som kommun, enligt Förordning om kommunalstyrelse i stad (SFS 1862:14) den 1 januari 1863, då Sveriges kommunsystem infördes.
Den 1 januari 1947 (enligt beslut den 29 mars 1946) inkorporerades huvuddelarna av två kommuner i Uppsala stad: Bondkyrka landskommun med 6 159 invånare och omfattande en areal av 39,52 km² varav 38,73 km² land samt Gamla Uppsala landskommun med 1 989 invånare och omfattande en areal av 20,54 km² varav 20,45 km² land. Tre områden av Bondkyrka landskommun, omfattande en areal av 0,21 km² (varav allt land), inkorporerades inte i Uppsala stad utan överfördes till andra kommuner. Två områden av Gamla Uppsala landskommun inkorporerades inte heller i staden, utan överfördes istället till två andra kommuner. Det ena området hade 4 invånare och omfattade en areal av 3,31 km² (varav allt land) och överfördes till Bälinge landskommun. Det andra området, som hade 169 invånare och bestod av byarna Fullerö, Ekeby och Stjärnö, omfattade en areal av 11,61 km² (varav 11,35 km² land) och överfördes till Ärentuna landskommun.[2]
1 januari 1959 överfördes till staden och Heliga Trefaldighets församling från Vaksala landskommun och Danmarks församling ett obebott område omfattande en areal av 0,14 km², varav 0,13 km² land. I motsatt riktning (från staden till Vaksala landskommun) överfördes ett obebott område omfattande en areal av 0,11 km², varav 0,10 km² land.[3]
För registrerade fornfynd med mera så återfinns staden inom ett område definierat av sockenkod 0282[6] som motsvarar den omfattning staden hade kring 1950, vilket då också inkluderar Bondkyrka socken och Gamla Uppsala socken.
Uppsala stad omfattade den 1 januari 1952 en areal av 93,26 km², varav 91,95 km² land.[2] Efter nymätningar och arealberäkningar färdiga den 1 januari 1956 omfattade landskommunen den 1 januari 1961 en areal av 99,08 km², varav 98,13 km² land.[3]
