Kapitel 14

123. Toomey, R., Freidank, D. & Rühe, J. Swelling Behavior of Thin, Surface-Attached Polymer
Networks. Macromolecules 37, 882–887 (2004).
124. Kotrade Philip F. & Rühe Jürgen. Malonic Acid Diazoesters for C−H Insertion Crosslinking
(CHic) Reactions: A Versatile Method for the Generation of Tailor‐Made Surfaces. An-
gewandte Chemie 129, 14597–14602 (2017).
125. Schuh, K., Prucker, O. & Rühe, J. Surface Attached Polymer Networks through Thermally
Induced Cross-Linking of Sulfonyl Azide Group Containing Polymers. Macromolecules 41,
9284–9289 (2008).
126. Rendl, M. et al. Simple One-Step Process for Immobilization of Biomolecules on Polymer
Substrates Based on Surface-Attached Polymer Networks. Langmuir 27, 6116–6123
(2011).
127. Pandiyarajan, C. K., Prucker, O., Zieger, B. & Rühe, J. Influence of the Molecular Structure
of Surface-Attached Poly( N -alkyl Acrylamide) Coatings on the Interaction of Surfaces
with Proteins, Cells and Blood Platelets: Influence of the Molecular Structure of Surface-
Attached Poly( N -alkyl Acrylamide) …. Macromol. Biosci. 13, 873–884 (2013).
128. Prucker, O., Brandstetter, T. & Rühe, J. Surface-attached hydrogel coatings via C,H-inser-
tion crosslinking for biomedical and bioanalytical applications (Review). Biointerphases
13, 010801 (2018).
129. Wörz, A., Berchtold, B., Moosmann, K., Prucker, O. & Rühe, J. Protein -resistant polymer
surfaces. Journal of Materials Chemistry 22, 19547–19561 (2012).
130. Dorvash, M. et al. Dynamic Modeling of Signal Transduction by mTOR Complexes in Can-
cer. http://biorxiv.org/lookup/doi/10.1101/633891 (2019) doi:10.1101/633891.
131. Sorribes, I. C. et al. Harnessing patient-specific response dynamics to optimize evolution-
ary therapies for metastatic clear cell renal cell carcinoma – Learning to adapt. bioRxiv
563130 (2019) doi:10.1101/563130.
132. Christopher, G. F. & Anna, S. L. Microfluidic methods for generating continuous droplet
streams. J. Phys. D: Appl. Phys. 40, R319–R336 (2007).
133. De Menech, M., Garstecki, P., Jousse, F. & Stone, H. A. Transition from squeezing to drip-
ping in a microfluidic T-shaped junction. J. Fluid Mech. 595, 141–161 (2008).
134. Slepička, P., Kasálková, N. S., Stránská, E., Bačáková, L. & Švorčík, V. Surface characteri‐
zation of plasma treated polymers for applications as biocompatible carriers. Express Pol-
ymer Letters 7, 535–545 (2013).
135. Baroud, C. N., Gallaire, F. & Dangla, R. Dynamics of microfluidic droplets. Lab on a Chip
10, 2032 (2010).
136. Garstecki, P., J. Fuerstman, M., A. Stone, H. & M. Whitesides, G. Formation of droplets
and bubbles in a microfluidic T-junction—scaling and mechanism of break-up. Lab on a
Chip 6, 437–446 (2006).
137. Rendl, M. Time-resolved analysis of biological reactions using liquid plugs of nanoliter
volume. (Albert-Ludwigs-Universität, 2014).
138. Lowe, K. C. Fluorinated blood substitutes and oxygen carriers. Journal of Fluorine Chem-
istry 109, 59–65 (2001).
139. Metzler, L. et al. Breaking the Interface: Efficient Extraction of Magnetic Beads from
Nanoliter Droplets for Automated Sequential Immunoassays. Anal. Chem. 92, 10283–
10290 (2020).
140. Schönberg, J.-N., Brandstetter, T. & Rühe, J. Particle Extraction in Plug-based Microfluid-
ics. Procedia Engineering 120, 96–99 (2015).
141. Camacho, J. M. & Sosa, V. Alternative method to calculate the magnetic field of perma-
nent magnets with azimuthal symmetry. Revista mexicana de física E 59, 8–17 (2013).

161
Literaturverzeichnis

142. Origin Help - Envelope. https://www.originlab.com/doc/Origin-Help/Envelope.

143. Hales, T. C. An overview of the Kepler conjecture. arXiv:math/9811071 (2002).
144. DeChancie, J. & Houk, K. N. The Origins of Femtomolar Protein−Ligand Binding: Hydro‐
gen-Bond Cooperativity and Desolvation Energetics in the Biotin−(Strept)Avidin Binding
Site. J. Am. Chem. Soc. 129, 5419–5429 (2007).
145. Swiecicki, J.-M. et al. How to unveil self-quenched fluorophores and subsequently map
the subcellular distribution of exogenous peptides. Scientific Reports 6, 20237 (2016).
146. ATTO-TEC GmbH. Atto-647N-Biotin, www.atto-tec.com/prod-
uct_info.php?info=p114_atto-647n.html. Atto-647N-Biotin, www.atto-tec.com/prod-
uct_info.php?info=p114_atto-647n.html https://www.atto-tec.com/prod-
uct_info.php?info=p114_atto-647n.html (2020).
147. Armbruster, D. A. & Pry, T. Limit of Blank, Limit of Detection and Limit of Quantitation.
Clin Biochem Rev 29, S49–S52 (2008).
148. Zhang, Y. & Noji, H. Digital Bioassays: Theory, Applications, and Perspectives. Anal. Chem.
89, 92–101 (2017).
149. Holstein, C. A., Griffin, M., Hong, J. & Sampson, P. D. Statistical Method for Determining
and Comparing Limits of Detection of Bioassays. Anal. Chem. 87, 9795–9801 (2015).
150. Landry, J. P., Ke, Y., Yu, G.-L. & Zhu, X. D. Measuring affinity constants of 1450 monoclonal
antibodies to peptide targets with a microarray-based label-free assay platform. J. Im-
munol. Methods 417, 86–96 (2015).
151. De Cicco, M., Abd Rahim, M. S. & Dames, S. A. Regulation of the Target of Rapamycin and
Other Phosphatidylinositol 3-Kinase-Related Kinases by Membrane Targeting. Mem-
branes (Basel) 5, 553–575 (2015).
152. Betz, C. & Hall, M. N. Where is mTOR and what is it doing there? J Cell Biol 203, 563–574
(2013).
153. Yuan, H.-X. & Guan, K.-L. The SIN1-PH Domain Connects mTORC2 to PI3K. Cancer Discov
5, 1127–1129 (2015).
154. Cooper, G. M. The cell: a molecular approach. (ASM Press [u.a.], 2000).
155. Pelt, S. van, Frijns, A. & Toonder, J. den. Microfluidic magnetic bead conveyor belt. Lab
Chip 17, 3826–3840 (2017).
156. Kojima, T. et al. PnBA/PDMAA-Based Iron-Loaded Micropillars Allow for Discrete Cell Ad-
hesion and Analysis of Actuation-Related Molecular Responses. Advanced Materials In-
terfaces 7, 1901806 (2020).
157. Lee, Y. et al. Considerably improved water and oil washability of highly conductive
stretchable fibers by chemical functionalization with fluorinated silane. J. Mater. Chem.
C 7, 12297–12305 (2019).
158. Scherag, F. D. et al. Blocking-Free and Substrate-Independent Serological Microarray Im-
munoassays. Biomacromolecules 19, 4641–4649 (2018).
159. Tuchinda, C., Srivannaboon, S. & Lim, H. W. Photoprotection by window glass, automo-
bile glass, and sunglasses. Journal of the American Academy of Dermatology 54, 845–854
(2006).
160. Ninham, B. W. On progress in forces since the DLVO theory. Advances in Colloid and In-
terface Science 83, 1–17 (1999).
161. Verwey, E. J. W. Theory of the Stability of Lyophobic Colloids. J. Phys. Chem. 51, 631–636
(1947).
162. Ortega-Vinuesa, J. L. & Bastos-González, D. A review of factors affecting the perfor-
mances of latex agglutination tests. Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition 12,
379–408 (2001).

162
 Kapitel 14

163. Becker, K. et al. Systematic Survey of Nonspecific Agglutination by Candida spp. in Latex
Assays. J Clin Microbiol 45, 1315–1318 (2007).
164. Alhabbab, R. Y. Precipitation and Agglutination Reactions. in Basic Serological Testing
(ed. Alhabbab, R. Y.) 23–30 (Springer International Publishing, 2018). doi:10.1007/978-3-
319-77694-1_3.
165. Molina‐Bolívar, J. A. & Galisteo‐González, F. Latex Immunoagglutination Assays. Journal
of Macromolecular Science, Part C: Polymer Reviews 45, 59–98 (2005).
166. Moser, Y., Lehnert, T. & M. Gijs, M. A. On-chip immuno-agglutination assay with analyte
capture by dynamic manipulation of superparamagnetic beads. Lab on a Chip 9, 3261–
3267 (2009).
167. Yip, C. K., Murata, K., Walz, T., Sabatini, D. M. & Kang, S. A. Structure of the Human mTOR
Complex I and Its Implications for Rapamycin Inhibition. Molecular Cell 38, 768–774
(2010).
168. Chen, X. et al. Cryo-EM structure of human mTOR complex 2. Cell Research 28, 518–528
(2018).
169. Carothers, W. H. Polymers and polyfunctionality. Trans. Faraday Soc. 32, 39–49 (1936).
170. Thedieck, K. et al. Inhibition of mTORC1 by Astrin and Stress Granules Prevents Apoptosis
in Cancer Cells. Cell 154, 859–874 (2013).
171. Teerapanich, P. et al. Nanofluidic Fluorescence Microscopy (NFM) for real-time monitor-
ing of protein binding kinetics and affinity studies. Biosensors and Bioelectronics 88, 25–
33 (2017).
172. Kishimoto, T., Akira, S. & Taga, T. Interleukin-6 and its receptor: a paradigm for cytokines.
Science 258, 593–597 (1992).
173. Huang, M., Yang, D., Xiang, M. & Wang, J. Role of interleukin-6 in regulation of immune
responses to remodeling after myocardial infarction. Heart Fail Rev 20, 25–38 (2015).

163
Literaturverzeichnis

164
 Kapitel 15

15 Abkürzungsverzeichnis
Kürzel Definition
∆ Differenz
µg Mikrogramm
µL Mikroliter
BSA Rinder-Serum-Albumin
CHAPS 3-[(3-Cholamidopropyl)-dimethylammonio]-1-propansulfonat Hydrat
CHiC C,H-insertion crosslinking - C,H-Insertions-Vernetzungsreaktion
cm Zentimeter
Critical Micelle Concentration, englisch für Kritische Mizellbildungskonzentration in Tensidlö-
CMC
sungen
Cy5 Cyanin 5 (klassischer Fluoreszenzfarbstoff)
DMF Dimethylformamid
EDTA Ethylendiamintetraacetat
ELISA Enzyme-linked Immunosorbent Assay
FC3283 Perfluortripropylamin
FC43 Perfluortributylamin
Fluorethylen-Propylen - Copolymer der Monomere Tetrafluorethylen und Hexafluor-
FEP
propylen
g Gramm
G freie Enthalpie
H Enthalpie
h Stunde
HEPES 2-(4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl)-ethansulfonsäure
J Joule - Energieeinheit
kg Kilogramm
MABP Methacryloyl-Benzophenon
mbar Millibar
min Minute
mL Milliliter
mol SI-Einheit der Stoffmenge (6,02 10²³ Teilchen)
NaPi Natriumphosphatpuffer
nL Nanoliter
nm Nanometer
NP 40 Handelsname für Nonylphenolethoxylat (nichtionisches Tensid)
PBS Phosphatgepufferte Salzlösung
Phosphatgepufferte Salzlösung mit Zusatz des Tensids Tween 20 (wenn nicht anders vermerkt
PBST
bezieht es sich in dieser Arbeit immer auf eine Konzentration von 0,1-Vol%)
PDMAA Polydimethylacrylamid
Q Flussrate
RIPA "Radioimmunoprecipitation assay buffer" auf Basis von PBS, SDS, Triton X 100 …
ROI region of interest - auszuwertender Bereich
S Entropie
s Sekunde
SARS Schweres Akutes Respiratorisches Syndrom
SARS-CoV-2 Schweres akutes Atemwegssyndrom-Coronavirus-Typ 2
SDS Natriumdodecylsulfat
SLB "Sabatini Lysis Buffer" auf Basis von NaCl, HEPES, CHAPS, Tris-HCl

165
 Abkürzungsverzeichnis

SSNa Natriumstyrolsulfonat
T Temperatur
t Zeit
Teflon Handelsname für Polytetrafluorethylen
TNE Lysepuffer auf Basis von Tris–HCl, EDTA...
Tris-HCl Tris(hydroxymethyl)-aminomethanhydrochlorid
Triton X 100 Handelsname für (p-tert-Octylphenoxy)polyethoxyethanol
Tween 20 Handelsname für Poly(oxy-1,2-ethandiyl)-monododekansäuresorbitylester auch Polysorbat 20
USA Vereinigten Staaten von Amerika
ν Frequenz der elektromagnetischen Strahlung
𝜃 Kontaktwinkel
𝜃− Dynamischer Rückschreite-Kontaktwinkel
𝜃+ Dynamischer Fortschreite-Kontaktwinkel

166
 Danke!

Deklaration zur Zusammenarbeit

Teile der hier vorgestellten Ergebnisse entstanden in Zusammenarbeit mit Kooperationspart-
nerInnen und KollegInnen. Diese Beiträge wurden an den entsprechenden Stellen benannt
und sind hier nochmals zusammengefasst.

Diese Arbeit entstand im Rahmen des DFG-Projekts RU 489/31-1 in Kooperation mit Ulrike
Rehbein (ehemals Doktorandin im Arbeitskreis von Prof. K. Thedieck). Neben dem regelmäßi-
gen fachlichen Austausch wurden folgende Beiträge zu dieser Arbeit von Ulrike Rehbein bzw.
in Zusammenarbeit mit Ulrike Rehbein erarbeitet:

- Herstellung diverser Zelllysate für die Messungen im mikrofluidischen System.

o Wichtige Hinweise zur Handhabung von Antikörpern, Proteinen und Zelllysaten
- Etablierung der Sandwich-Immunassays für mTOR und AKT.
- Konzeption des TQREP-Peptids für die Durchführung des Kompetitiven Assays.

Darüber hinaus wurden folgende Beiträge von KollegInnen geleistet:

Holger Frey war ein hilfreicher Ansprechpartner, der wichtige Beiträge in folgenden Punkten
leistete:

- Programmierung des Arduino-Mikrocontrollers für die automatisierte Magnetfalle.

- Bedrucken von Objektträgern mit einem Mikroarray-Spotter

Tobias Weber und Sarah Schwenteck führten Experimente nach meinen Vorgaben durch:

- Experimente zur Tröpfchenstabilität

- Experimente zur Beschichtung von Glaskapillaren

Natalia Schatz synthetisierte die PDMAA-Copolymere, die in dieser Arbeit zum Einsatz kamen.

Emanuel Hecht trug zur theoretischen Herleitung des mittleren Abstands von Molekülen zu
einer Gefäßwand bei.

167
168
 Danke!

Danksagung
Ich möchte mich bei den zahlreichen Menschen bedanken, die zum Gelingen dieser Arbeit
beigetragen haben: Als erstes bedanke ich mich bei Prof. Jürgen Rühe, der es mir ermöglichte,
in seiner Arbeitsgruppe an diesem spannenden und interdisziplinären Thema zu arbeiten. Ich
habe unsere Gespräche stets als bereichernd und zielführend empfunden. Seine freundliche
und konstruktive Art schaffte dabei ein motivierendes Arbeitsklima, das sich auf die gesamte
Arbeitsgruppe überträgt. Mein besonderer Dank gilt auch Dr. Thomas Brandstetter, der mit
seiner authentischen Art immer für eine gute Atmosphäre sorgte und als Gruppenleiter stets
alle seine Mitarbeiter im Blick hatte – sowohl persönlich, als auch wissenschaftlich.

Bei Olivia Fellinger und Petra Wiloth bedanke ich mich für die ausgezeichnete Organisation
des Sekretariats. Sie boten stets eine freundliche und kompetente Anlaufstelle. Auch die Inf-
rastruktur in den Laboren war gut organisiert. Dafür bedanke ich mich bei Natalia Schatz, Mar-
tin Schönstein, Daniela Mössner, und Alexander Dietz. Mein besonderer Dank gilt Holger Frey,
der in vielfältiger Weise ein sehr hilfsbereiter und kompetenter Ansprechpartner war.

Bei meinen Kooperationspartnerinnen Prof. Kathrin Thedieck und Ulrike Rehbein möchte ich
mich für den bereichernden Kontakt bei der Arbeit an unserem interdisziplinären Projekt be-
danken. Ich habe viel über eure gut strukturierte Arbeitsweise in der Systembiologie gelernt
und habe mich bei euch stets willkommen gefühlt. Auch Birgit Holzwarth, die mit all ihrer Er-
fahrung und ihrer netten Art immer hilfsbereit zur Stelle war, gilt mein besonderer Dank.

Meinen KollegInnen möchte ich ganz herzlich für die tolle Atmosphäre am CPI danken. Ich
habe sehr gerne an eurer Seite gearbeitet! Dabei sind Freundschaften entstanden, die meine
Zeit am Lehrstuhl überdauern werden. Niklas Schönberg und Marc Zinggeler: Ihr habt mir den
Einstieg in meine Arbeit sehr erleichtert. Alexander Straub, Frank Scherag, Stefan Müllers, Si-
mon Schölch, Carmen Eger, Nathan Bentley, Patrick Fosso, Jonas Kost, Sarah Fontaine, Dennis
Rusitov, Florian Tritz, Thananthorn Kanokwijitsilp (aka Maii), Tobias Weber, Nicolas Geid, Anna
Luongo, Dan Song… Vielen Dank für die gute gemeinsame Zeit!

Meinen Eltern Berthold und Maria danke ich dafür, dass sie es mir ermöglicht haben meinen
Weg zu gehen. Auch während meiner Promotion haben sie, ebenso wie meine Schwiegerel-
tern Heidi und Otto, meine Familie und mich bedingungslos unterstützt.

Isa, Paula und Moritz: Vielen Dank, dass ihr mein Leben so sehr bereichert!

169
Auch die zahlreichen Software-Entwickler, die Beiträge zur Entwicklung von Open Source Soft-
ware leisten, möchte ich nicht vergessen. Vielen Dank für dieses Engagement! Besonders hilf-
reich für diese Arbeit waren ImageJ, FEMM, Inkscape und Gimp.

170