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Cloudera、ブロード研究所と次世代ゲノム解析ツールキットを開発Apache Sparkを使用しCloudera Enterprise上でバイオインフォマティクス（生物情報学）の スタンダードとして、ゲノム研究の促進に向けデザインされたGATK4を開発 2016年4月6日 米国カリフォルニア州パロアルト発 － Apache Hadoopと最新のオープンソーステクノロジーをベースに、最も高速で最も使いやすく、セキュアなデータ管理と分析を実現するプラットフォームを提供するClouderaは、本日、生物医学とゲノム研究の世界最先端をいくマサチューセッツ工科大およびハーバード大の研究施設のブロード研究所との協業を発表しました。２つの組織は、次世代のゲノム解析ツールキット“GATK4"の開発を推進するために、今年度共同で作業を行います。 Cloudera Enterpriseは、臨床医や研究者お
What's new New publication on the NAR web server issue! https://doi.org/10.1093/nar/gkae358 (2024/05/16) Added Annotation tracks to Peak Browser, together with UI improvement (2023/10/25) Launched Diff Analysis tool enabling to detect differential peaks or differentially methylated regions (2023/10/25) New publication on the NAR web server issue! https://doi.org/10.1093/nar/gkac199 (2022/03/24) Ad
a reference DataBase of human STructural vARiation from sequencing data For the last several years, High Throughput Sequencing (HTS) has been widely used to highlight the molecular causes for inherited diseases. Among those causes Structural Variations (SVs) play a key role in human diseases. Different types of SVs exist including deletions, duplications, insertions, inversions and translocations.
Three ways to trim adaptor/primer sequences for paired-end reads
My learning notes for R, Unix, Perl, statistics, tools/resources, biology etc. everything about Bioinformatics 1. Understanding the adaptors (skip this part if you're familiar with the Illumina adaptor) Before trimming anything from the reads, let's get clear what the reads content is. Taking Trufseq reads (from Illumina HiSeq 2000) as example, here is the read file (fastq) looks like: $ cat r1.fq
The State of Variant Annotation: A Comparison of AnnoVar, snpEff and VEP Up until a few weeks ago, I thought variant classification was basically a solved problem. I mean, how hard can it be? We look at variants all the time and say things like, “Well that one is probably not too detrimental since it’s a 3 base insertion, but this frameshift is worth looking into.” What we fail to recognize is jus
NGSハンズオン講習会 NGS（次世代シーケンサー）から産出されるデータを活用できる人材を育成するために、2014年から2017年まで実施したハンズオン形式の講習会です。 本講習会は、NBDC運営委員会の人材育成分科会において策定したバイオインフォマティクス人材育成のためのカリキュラムに基づき実施しました。
2014年9月1-12日に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース の動画を 統合TV から公開しました。全15本、のべ約41時間の内容です。 関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページは、 http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014 をご覧ください。 YouTubeのリストも作成しました。リストを活用すると動画を連続再生することができます。またYouTube版では、Google ChromeやSafariを使うと倍速再生することが可能です。 各番組のタイトルおよびURLは下記のとおりです。 【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計～1-1. OS、ハード構成、1-2. ネットワーク基礎 http://togot
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