Talleres de Bioquimica America 2015 PDF
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Biomoléculas
Propósito
Las moléculas que se extraen de los organismos vivos están constituidas unos
pocos tipos de elementos, de los cuales los más frecuentes son C, H y O, pero
también pueden contener N, P y S.
Funciones químicas
Las moléculas orgánicas expresan sus propiedades mediante las llamadas
funciones orgánicas que son arreglos definidos de átomos de carbono,
oxígeno, hidrógeno, fósforo, azufre y nitrógeno. Las funciones orgánicas
pueden ser oxigenadas simples: alcohol, aldehído, cetona, ácido, azufradas
como tiol y nitrogenadas como las aminas; o pueden ser compuestas (éter,
éster, anhídrido, amida, tioéster) que resultan de la combinación de dos
funciones simples, generalmente por eliminación de una molécula de agua.
Una sola molécula pude contener varias funciones, por ejemplo los azúcares
contiene funciones alcohol y aldehído o cetona, los aminoácidos tiene
funciones amina y carboxilo y algunos en sus radicales pueden tener otras
funciones, algunos lípidos son esteres.
Talleres de Bioquímica 3 Luz B. Pardo R.
Función
Nombre Estructura
Simple Compuesta: formada por
Alcohol R-OH SI NO
Aldehído
Cetona
Ácido
Amina
Ester NO Alcohol + ácido
Anhídrido
Tioéster
Ester fosfórico
Amida
T2. En el siguiente esquema señale mediante una elipse las regiones de las
moléculas que tienen afinidad por el agua y mediante un rectángulo, aquellas que no
la tienen.
H3C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
O CH2
CH2
O
CH2
O O CH OH H2
C C
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2C O P O C NH2
H2
H3C C C C C C C CH2
C C C C C C C O
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
Carbohidratos
O
H2
C C OH
H2
O C HO C C
H2
C OH
H O
(1) (2)
O
H C OH
HO C H3C CH
O OH
(3) (4)
HO OH O OH
CH CH O C CH OH
OH HO OH HO
(5) (6)
HO OH HO
OH CH CH CH2
H2C CH O CH CH CH
HO HC O HO OH
(7) (8)
Talleres de Bioquímica 6 Luz B. Pardo R.
T4. Además del criterio anterior qué compuestos presentan una función
aldehído o cetona?
T7. Señale los carbonos asimétricos que presentan los siguientes compuestos:
Talleres de Bioquímica 7 Luz B. Pardo R.
O O
C H C H
H C OH H C OH
H C OH H C OH
H C OH HO C H
H C OH H C OH
H H
D L
se encuentra localizado a la derecha se dice que es un isómero D, si se
encuentra localizado a la izquierda se dice que es un isómero L.
La nomenclatura D y L no tiene nada que ver con la isomería óptica dextrógiro
y levógiro, la cual solamente se puede observar mediante la utilización de un
el polarímetro y que se designa con (+) y (-) respectivamente.
donde:
Monosacáridos
Los carbohidratos que están constituidos por una sola molécula reciben el
nombre de monosacáridos y se clasifican de acuerdo con el número de
carbonos que presentan y del grupo no alcohólico que los caracteriza.
H C H + CH3 CH2OH
C H
H C OH O
HO C H + HO P OH
H C OH OH
H C OH
H C OH
H
glucosa.
Talleres de Bioquímica 11 Luz B. Pardo R.
O OH
H
C H C
H C OH H C OH
HO C H HO C H O
H C OH H C OH
H C OH H C
H C OH H C OH
H H
O O
Furano Pirano
que lo hacen al pirano, piranosas.
CH2 OH
H H
O
H OH
OH OH
OH H
Talleres de Bioquímica 12 Luz B. Pardo R.
Posterior
O
Perpendicular al Arriba
plano del papel Abajo
Anterior
H OH
C
H C OH
O
HO C H O
H C OH
H C
H C OH
H
CH2OH CH2 OH b
H H H OH
O O
H OH H OH
OH OH OH H
OH H OH H
H C OH
C O
HO C H
H C OH
H C OH
H C OH
H
Talleres de Bioquímica 14 Luz B. Pardo R.
O O
C H COOH C H COOH
C H C C C
H C OH C C C
HO C H C C C
H C OH C C C
H C OH C C C
H C OH C C C
OH H OH H
OH H OH H
O O
+
Disacáridos
Los disacáridos corresponden a glicósidos (éteres) de dos monosacáridos. El
éter puede involucrar uno o ambos hidroxilos anoméricos. Si se conserva uno
de los hidroxilos anoméricos libre, el disacárido es reductor.
Para dar nombre a los disacáridos reductores se tienen en cuenta las
siguientes normas:
Se considera como monosacárido principal al que conserva su hidroxilo
anomérico libre.
Se antepone como sustituyente, terminado en il (entre paréntesis) el
monosacárido que utiliza su hidroxilo anomérico para el enlace.
El enlace formado se indica mediante el número del carbono seguido de la
letra O, por ejemplo 4-O
Oligosacáridos
Los oligosacáridos son moléculas formadas por la polimerización de unos
cuantos monosacáridos, muchos de ellos se unen a proteínas o a lípidos para
constituir glucoproteínas y glucolípidos Ejemplos de estas son los antígenos
que determinan los grupos sanguíneos.
Talleres de Bioquímica 18 Luz B. Pardo R.
Polisacáridos
Existen moléculas de carbohidratos formadas por la polimerización de un gran
número de monosacáridos llamados polisacáridos. Los polisacáridos pueden
ser lineales o ramificado, los más abundantes son el glucógeno, la celulosa y
el almidón, todos ellos formados por polimerización de glucosa. La celulosa
es un polímero lineal formado por enlaces de tipo b 1-4, mientras que el
almidón y el glucógeno son polímeros ramificados con enlaces 1-4 y 1-6.
Almidón Glucógeno
¿Por qué los rumiantes pueden utilizar la celulosa como fuente de energía y
los humanos no?
Talleres de Bioquímica 21 Luz B. Pardo R.
Lípidos
En contraste con los carbohidratos, no existe una definición química adecuada
de lípido, puesto que en este grupo de sustancias se presenta variabilidad
estructural, y por ello se definen en términos de solubilidad.
Aceite lubricante No Sí No No
Cera de abeja No Sí Sí Sí
Ácidos grasos
R-(CH2)n-COOH
Principales ácidos grasos saturados
Talleres de Bioquímica 22 Luz B. Pardo R.
Butírico 4
Presente en algunas grasas en pequeñas cantidades
Valérico 5 (mantequilla). Producto final del metabolismo de
carbohidratos en el rumen.
Caproico 6
Caprílico 8
Presente en muchas grasas de origen vegetal
Cáprico 10
Láurico 12 Presente en plantas aromáticas (canela, laurel, coco)
Mirístico 14 Presente en frutos de palmas y nueces
Palmítico 16 Presente en casi todos los triglicéridos animales y
Esteárico 18 vegetales
Acilglicéridos
Usualmente los ácidos grasos se encuentran formando ésteres con el glicerol
(propanotriol) u otros alcoholes.
H2C OH
HO CH
H2C OH
Glicerol
Fosfolípidos
Cuando el hidroxilo libre de un di glicérido se esterifica con ácido fosfórico se
forma un compuesto llamado ácido fosfatídico.
O
CH3
H3 C H2
C OH
+ HO C
HO N
C NH2 H2N CH
CH3 H2
H2C CH2
H 2C OH
T5. ¿Qué amino alcohol se encuentra en las lecitinas y cuál en las cefalinas?
O H2 C O C R1
R2 C O CH OH
H2 C O P O R+
Además de los lípidos que contienen glicerol hay algunos que no lo contienen,
o contienen además un alcohol diferente del glicerol. Entre estos pueden
mencionarse las ceras, los esfingolípidos, los terpenoides y los esteroides.
Plasmalógenos
H2 H2 H2 H2 H2 H
C C C C C C
H3C C C C C C CH2OH
H2 H2 H2 H2 H
Ceras
Las ceras son ésteres de ácidos grasos y un alcohol diferente del glicerol. El
más frecuente de los alcoholes presentes en las ceras es el alcohol cetílico
(16 C).
Esfingolípidos
OH
H2 H H2 H2 H2 H2 H2 H2
C C C C C C C C
HO CH C C C C C C C CH3
H H2 H2 H2 H2 H2 H2
NH2
Esteroides
H2C 3 5 6 CH2
C C
H2 H2
Eicosanoides
15
12
20
OH
Talleres de Bioquímica 30 Luz B. Pardo R.
HO O HO
R1 R1 R1
D E F
R2 R2 R2
O HO HO
PG1 = trans 13 PG2 = cis 5, trans 13 PG3 = cis 5, trans 13, cis 17
Aminoácidos y Proteínas
Aminoácidos
Los aminoácidos que usualmente forman parte de las proteínas son alfa-L-
aminoácidos que difieren en la naturaleza del radical, el cual confiere las
propiedades específicas de cada aminoácido. La estructura general de los
aminoácidos es:
Talleres de Bioquímica 32 Luz B. Pardo R.
Valores de pKa
Índice
Aminoácidos
hidropático *
COOH NH3+ Radical
Alanina (Ala, A) 2,3 9,7 1,8
Arginina (Arg, R) 2,2 9,0 12,5 -4,5
Asparagina (Asn, N) 2,0 8,8 -3,5
Aspártico (Asp, D) 1,9 9,6 3,7 -3,5
Cisteína (Cis, C) 2,0 10,3 8,2 2,5
Fenilalanina (Fal, Phe, F) 1,8 9,1 2,8
Glicina (Gli, G) 2,3 9,6 -0,4
Glutámico (Glu, E) 2,2 9,7 4,3 -3,5
Glutamina (Glu, Q) 2,2 9,1 -3,5
Histidina (His, H) 1,8 9,2 6,0 -3,2
Isoleucina (Ile, I) 2,4 9,6 4,5
Leucina (Leu, L) 2,4 9,6 3,8
Lisina (Lis, K) 2,2 9,0 10,5 -3,9
Metionina (Met, M) 2,3 9,2 1,9
Prolina (Pro, P) 2,0 10,6 -1,6
Serina (Ser, S) 2,2 9,2 -0,8
Tirosina (Tir, Y) 2,2 9,2 10,5 -1.3
Treonina (Tre, T) 2,1 9,1 -0,7
Triptófano (Tri, Trp, W) 2,8 9,4 -0,9
Valina (Val, V) 2,3 9,6 4.2
Las propiedades de los aminoácidos son las del grupo amino, las del carboxilo
y las propias de cada radical. Según las características del radical de los
aminoácidos, estos se clasifican como de radical apolar, polar ionizable y polar
NO ionizable
Talleres de Bioquímica 36 Luz B. Pardo R.
T2. Complete el siguiente cuadro que relaciona los nombres y estructuras de los
aminoácidos y su clasificación)
Clasificación
Abreviatura Aminoácido Nombre químico
(PNI, PI, NP)
A, ala Alanina aminopropiónico
R arg Arginina aminoguanidino-valérico
D asp Aspártico aminosuccinico
C cis Cisteína aminobtiopropiónico
F fal Fenilalanina aminobfenil propiónico
G gli Glicina - aminoácético
E glu Glutámico aminoglutárico
H his Histidina aminobimidazol propiónico
I ile Isoleucina aminobetilbmetil-propiónico
L leu Leucina amino-- metil valérico
K lis Lisina diaminocapróico
M met Metionina aminometil-tiobutírico
P pro Prolina pirrolidin carboxílico
S ser Serina amino-bhidroxi propiónico
Y tir Tirosina aminobparahidroxifenil propiónico
T tre Treonina amino-bhidroxi butírico
W tri Triptófano aminobindol propiónico
V val Valina amino-isovalérico
H H H O
H O H+ H O
H+
N+ C C N+ C C N C
H KCOOH H K NH3+ H C O-
-
O H O
H R H R R H
pH<pK1 pH = pI pH>pK2
211 212 213 214 215 216 217 218 219 220
COOH Carga
pK
pH
Estado iónico de cada radical a los valores de pH indicados
↓
2
4
6
8
10
12
T5. ¿Qué hormonas, de las anteriores, espera Ud. que tengan el mismo
punto isoeléctrico?
Péptidos
El enlace peptídico es la base de la estructuración de las proteínas.
O O O O
H2 N CH C OH H2N CH C OH H2N CH C OH H2N CH C OH
CH3 CH2 CH2 CH2
SH CH2 CH CH3
CH2 CH3
H2 O NH
C NH H2 O
H2O
NH2
O O O O
H H H
H2N CH C N CH C N CH C N CH C OH
CH3 CH2 CH2 CH2
SH CH2 CH CH3
CH2 CH3
NH
C NH
NH2
Talleres de Bioquímica 42 Luz B. Pardo R.
CH C C OH CH C C OH
H2 N O O H2N O- O
Talleres de Bioquímica 43 Luz B. Pardo R.
¿Es posible que las dos esferas giren ¿Es posible que las dos esferas giren
alrededor del eje? ¿Por qué? alrededor del eje? ¿Por qué?
T8. Que similitud encuentra Ud. entre los dibujos delos esquemas y las dos
posibles formas de los enlaces peptídicos?
T9. Es posible el libre giro del carbono carbonilo y el nitrógeno amino
alrededor del en lace peptídico?
T10. ¿De acuerdo con el esquema, qué son los ángulos (fi) y (psi) en los
grupos peptídicos y qué importancia tienen.
T11. Indique los aminoácidos que pueden generar las siguientes interacciones
ente sus radicales.
Interacciones de Van
Puentes de hidrógeno der Waals
Enlaces
electrostáticos
Aminoácidos
Aminoácidos Aminoácidos
Niveles de organización
Nivel Primario:
En un péptido no es lo mismo composición que secuencia, la secuencia
indica el orden de los aminoácidos en la cadena peptídica y esta
genéticamente determinada, la composición es la información sobre el
contenido de aminoácidos del péptido.
T12. Una péptido contiene los siguientes aminoácidos: ALA; CIS; LIS; VAL.
¿Cuáles son las posibles secuencias que puede presentar dicho péptido?
Nivel secundario
Los dos principales tipos de organización secundaria son: Hélice alfa y Banda
beta. Esquemáticamente se pueden representar como se muestra a
continuación
Talleres de Bioquímica 46 Luz B. Pardo R.
Nivel terciario
Nivel cuaternario
.
T16. Identifique los motivos proteicos representados.
Talleres de Bioquímica 51 Luz B. Pardo R.
Purificación de proteínas
Solubilidad
Diferencia en su punto isoeléctrico
Tamaño molecular
Afinidad
10 0
Proteina A
Proteina B
SOLUBILIDAD 80
Proteina C
60
40
20
0
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 10 0
% SATURACION
S 2 S1
Y ml Vp
1 S2
en donde:
50,5(S 2 S1 )
X gramos =
1 0,3S2
Las moléculas proteicas debido a las propiedades de los aminoácidos que las
componen pueden adquirir carga eléctrica en función del pH del medio en que
se encuentran.
Electroforesis.
+ - o
A B C
+ -
PO 3 H2 Fosfo 6,0
Trietilaminoetil 10,0
En el caso del ejemplo la resina solo es útil a pH por debajo de 7,5, y como las
proteínas usualmente se desnaturan fácilmente a pH por debajo de 4,5, la
zona verdaderamente útil de la resina esta entre pH 5 y 7. A pH 7,0 las
proteínas A y C tienen carga negativa, mientras que la B y D tendrán carga
positiva. En consecuencia las proteínas B y D por tener la misma carga de la
resina no se fijaran a ella, mientras que las A y C quedarán retenidas por tener
carga contraria a la de la resina. La proteínas que se fijan a la resina
posteriormente serán eluídas por remplazo con otros iones de mayor afinidad
por la resina (usualmente se emplea KCl).
Talleres de Bioquímica 61 Luz B. Pardo R.
P 1.1 P 1.2
Talleres de Bioquímica 67 Luz B. Pardo R.
P 2.1 P 2.2
P 3.1 P 3.2
P 4.1 P 4.2
Localización tentativa
Localización cierta
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Talleres de Bioquímica 68 Luz B. Pardo R.
1 2 3 4 5 6 7 8 9
El fragmento P1.1 lleva el marcador izquierdo y el P1...2 el derecho, además
esto se obtuvieron por un procedimiento que específicamente rompe por
por tanto los aminoácidos que estaban en las posiciones 4 y 5 deben paras a
las posiciones 2 y 3.
1 2 3 4 5 6 7 8 9
es: .
Como los componentes del fragmento P2.1 son:
Talleres de Bioquímica 69 Luz B. Pardo R.
los aminoácidos que ocupan las posiciones 7 y 6 deben pasar a ocupar las
posiciones 4 y 5.
1 2 3 4 5 6 7 8 9
1 2 3 4 5 6 7 8 9
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Ejemplo de secuenciación
Talleres de Bioquímica 71 Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioquímica 72 Luz B. Pardo R.
Secuencia definitiva I G M C R C M C F C F E L
Talleres de Bioquímica 73 Luz B. Pardo R.
N
N 4 N 6
5 5 7
3 1
8
2 2 4
6 9
1 3 N
N N
Pirimidina Purina
Adenina: 6-amino-purina
Guanina: 2-amino, 6-oxo-purina
Timina: 2,4-dioxo, 5 metil-pirimidina
Citosina: 2-oxo, 4 amino-pirimidina
Talleres de Bioquímica 75 Luz B. Pardo R.
Los heterocíclicos nitrogenados son bases, y los azúcares son neutros, por lo
tanto la acidez debe ser causada por el compuesto fosforilado.
T3. Dibuje la estructura del compuesto que contiene fosforo
T4. ¿Por qué la nucleína no era reductora, si los azúcares contenidos en ella,
si lo son?
N N
N
N N N
P O P O
Nucleósidos y nucleótidos
Según el grado de hidrólisis de los ácidos nucleicos se pueden aislar dos tipos
de compuestos: unos fosforilado (nucleótido) y otros no fosforilados
(nucleósidos).
Nucleósido
Base nitrogenada
N
N
N
N
O
H2 O
HO P O C
OH
Pentofuranosa
Ácido fosfórico
Nucleótido
T6. Dibuje la estructura completa de un nucleótido que contenga purina y otro que
contenga pirimidina
J.D. WATSON
F.H.C. CRICK
Bibliografía
(1) Pauling, L. y Corey, R.B., Nature, 171, 346(1953);
Proc.U.S.Nat.Sci., 39, 84(1953).
(2) Furberg, S. Acta Chem.Scand., 6, 634 (1952).
(3) Chargaff, e. Para la referencia ver Zamenhof, S., Brawerman,
G. y Chargaff, E., Biochem. Biophys. Acta, 9, 402 (1952).
(4) Wyatt, G.R., J. Gen.Physiol., 36, 201 (1952).
(5) Astbury, W.T., Symp.Soc.Exp.Biol. 1, Nucleic Acid, 66
(Cambridge University Press, 1947).
(6) Wilkins, M.H.F. y Randall, J.T., Biochim. Biophys. Acta, 10, 192
(1953)
Otra forma de DNA es la Z, que presenta giro hacia la izquierda, una elevación
de 0,38 nm y 12 pares por vuelta. Este tipo de estructura solamente ocurre
con ciertas secuencias específicas especialmente cuando se alternas C y G.
Talleres de Bioquímica 82 Luz B. Pardo R.
A. Tipo de enlace
B. Tipo de enlace
C. Tipo de enlace
D. Tipo de Base
E. Tipo de Base
T18. ¿Qué estructura puede adoptar cada una de las siguientes por
formación de puentes de hidrógeno entre bases complementarias
subrayadas?
5’. . . . . . . . . T G C G A T A C T C A T C G C A. . . . . . . . 3’
3’. . . . . . . . . A C G C T A C T C A T A G C G T. . . . . . . . . . 5’
5’. . . . . . . . . T G C G A T G A G T A T C G C A. . . . . . . 3’
Talleres de Bioquímica 84 Luz B. Pardo R.
T24. ¿Por qué se puede afirmar que el agente transformador no son las
proteínas?
Catálisis Biológica
Propósito
Algo de historia
Génesis 9:18-29
Y los hijos de Noé que salieron del arca fueron Sem, Cam y Jafet; y Cam es el
padre de Canaán. Estos tres son los hijos de Noé, y de ellos fue llena toda la
tierra.
Después comenzó Noé a labrar la tierra, y plantó una viña; y bebió del vino, y
se embriagó, y estaba descubierto en medio de su tienda. Y Cam, padre de
Canaán, vio la desnudez de su padre, y lo dijo a sus dos hermanos que
estaban afuera. Entonces Sem y Jafet tomaron la ropa, y la pusieron sobre
sus propios hombros, y andando hacia atrás, cubrieron la desnudez de su
padre, teniendo vueltos sus rostros, y así no vieron la desnudez de su padre.
Y despertó Noé de su embriaguez, y supo lo que le había hecho su hijo más
joven, y dijo: Maldito sea Canaán; Siervo de siervos será a sus hermanos.
Dijo más: Bendito por Jehová mi Dios sea Sem, y sea Canaán su siervo.
Engrandezca Dios a Jafet, y habite en las tiendas de Sem,Y sea Canaán su
siervo.
Y vivió Noé después del diluvio trescientos cincuenta años. Y fueron todos los
días de Noé novecientos cincuenta años; y murió.
¿Hay algo en esta historia narrada por Moisés, algo que pueda considerarse
relacionado con las enzimas?
Talleres de Bioquímica 89 Luz B. Pardo R.
¿Quién aisló por primera vez una enzima en forma cristalina? ¿Cuál fue la
enzima cristalizada?
1. Oxidorreductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas
Las liasas son enzimas que remueven grupos de sus sustratos (no por
hidrólisis), dejando dobles enlaces; o inversamente, agregan grupos a dobles
enlaces, las ligasas también conocidas como sintetasas, son enzimas que
catalizan la unión de dos moléculas a expensas del rompimiento de un enlace
de alta energía.
Existen dos tipos de nombre para las enzimas, uno sistemático y otro trivial. El
sistemático se da de acuerdo con las reglas de nomenclatura que muestra la
acción de la enzima lo mas preciso posible y el trivial, lo suficientemente corto
para su uso común.
Clase 1 Oxidorreductasas
A esta clase pertenecen todas las enzimas que catalizan reacciones de oxido-
reducción. El sustrato que se oxida es considerado como dador de
hidrógenos. El nombre sistemático se dada como dador: aceptor
oxidorreductasa. El nombre trivial será deshidrogenasa. En las enzimas que
tienen O2 como aceptor se utiliza el nombre oxidasa.
El segundo número en el código, excepto si es 11, 13, 14, o 15, indica el grupo
dador que sufre oxidación, por ejemplo 1 indica que dador es un alcohol, 2 un
aldehído, cetona o ácido, etc. El tercer número, en las EC 1.11, 1.13, 1.14 y
1.15 indica el tipo de aceptor: 1 indica NAD o NADP como aceptor, 2 un
citocromo, 3 oxígeno molecular, 4 un desulfuro, 5 una quinona, 6 un grupo
nitrogenado, 7 una sulfo o ferro proteína, 8 una flavina
Clase 2 Transferasas.
Talleres de Bioquímica 96 Luz B. Pardo R.
Clase 3 Hidrolasas
Clase 4. Liasas
Las liasas son enzimas que rompen enlaces C-C, C-O. C-N u otros enlaces
por eliminación de átomos o radicales, dejando dobles enlaces o lo contrario.
El nombre sistemático se forma en la siguiente forma: sustrato grupo-liasa, el
guion es una parte importante del nombre, por ejemplo hidro-liasa. Los
nombres comunes usualmente incluyen los términos: decarbolxilasa, aldolasa,
deshidratasa. El segundo número del código indica el enlace roto. EC 4.1 son
carbón-carbón liasas, EC 4.2 son carbono-oxígeno liasas. El tercer número del
código da más información sobre el grupo eliminado. Por ejemplo CO 2 en EC
4.1.1, H2O en EC 4.2.1
Talleres de Bioquímica 97 Luz B. Pardo R.
Clase 5 Isomerasas
Clase 6 Ligasas
Las ligasas son enzimas que unen dos moléculas acompañada por la
hidrólisis de un enlace anhídrido de un nucleótido trifosfato Se recomienda
evitar el uso del termino sintetasa y remplazarlo por X – Y ligasa. El termino
sintasa se utiliza para reacciones complejas de síntesis que utilizan dadores d
energía diferentes a los nucleótidos trifosfato
Sustrato: Sustancia sobre la que actúa la enzima y que es activada por ésta.
Talleres de Bioquímica 98 Luz B. Pardo R.
Energía de activación
Existe una barrera que impide el libre paso de A a B, para poder hacerlo el
operario debe aplicar una fuera que permita llevar la piedra hasta la máxima
altura, desde la cual la piedra. Con igual probabilidad puede ir a B o regresar a
A,
¿Qué solución propone usted para disminuir la energía necesaria para hacer
llegar la piedra de A a B?
Talleres de Bioquímica 99 Luz B. Pardo R.
(1)
(2)
Para obtener una ecuación para el comportamiento de las reacciones
enzimáticas, Michaelis y Menten postularon la posibilidad de estudiarlas bajo
las condiciones de rapidez inicial y estado estable de la concentración del
complejo enzima sustrato (EA).
¿Qué modificación debe hacerse al mecanismo (2) para que rija la condición
de rapidez inicial y por qué?
Talleres de Bioquímica 101 Luz B. Pardo R.
(3)
(5)
Ka.[A]=
Talleres de Bioquímica 102 Luz B. Pardo R.
Ka =
Cuando Vo = ½ Vm
Ka =
Ka es:
Vm es:
Vf de [EA] =
Vd de [EA] =
Talleres de Bioquímica 103 Luz B. Pardo R.
Curvas de Progreso
La nomenclatura de Cleland
Cuando todos los sustratos se unen al sitio activo de la enzima antes de que
se libere alguno de los productos, se dice que el mecanismo es
SECUENCIAL; mientras que si es posible la adición de sustratos y la
liberación de productos en forma alternada, se dice que se trata de un
mecanismo PING-PONG, en este mecanismo la enzima oscila entre dos
formas enzimáticas diferentes ( E ) y ( E’ ).
Talleres de Bioquímica 106 Luz B. Pardo R.
Mecanismo ping-pong
Talleres de Bioquímica 107 Luz B. Pardo R.
Uni-Uni Bi-Bi.
Secuencial ordenado
Secuencial aleatorio
Ping-pong
Ecuación Gráfico
Sistema de Henri (Michaelis)
Vm . A
vo
Ka A
1
Sistema de LINEWEAVER - BURK vo
1 K 1 1
a
v o Vm A Vm
1
[A]
Sistema de HANES [A]
A vo
1 K
A a
vo Vm Vm
[A]
Talleres de Bioquímica 109 Luz B. Pardo R.
Sistema de HOFSTEE vo
vo
vo Ka Vm
A
vo
[A]
Sistema de
vo
EISENTHAL Y
CORNISH-
Vm
BOWDEN
Vm K a
1
v A
-[A] Ka
Cada recta se construye a partir de un par de puntos (-A y Vo). En este sistema la
constante de Michaelis y la rapidez máxima se estiman mediante la mediana de los estimativos de
estos parámetros (proyección de los puntos de corte de las distintas rectas sobre los respectivos
ejes). El número de posibles intersecciones en un gráfico de Eisenthal es:
n
N º int er secciones ( n 1)
2
Matemáticamente se puede estimar los parámetros al resolver el siguiente sistema
de ecuaciones simultaneas:
Talleres de Bioquímica 110 Luz B. Pardo R.
1 1
v 2 v1
Ka
1 1 1 1
. .
A 2 v 1 A 1 V2
1 1
A 2 A1
Vm
1 1 1 1
. .
A 2 v 1 A 1 V2
Lineweaver
Hanes
Hofstee
50 66,7
60 70,6
70 73,7
80 76,2
90 78,3
100 80,0
Inhibidores
Los inhibidores son sustancias químicas que disminuyen la rapidez de las
reacciones enzimáticas. Cleland clasifica los inhibidores de acuerdo con la
manera como el inhibidor se une a diferentes formas enzimáticas, de acuerdo
con este principio hay tres tipos de inhibidores., Competitivo (se une a la
enzima libre), A competitivo (se une al complejo enzima sustrato), No
competitivo (se une tanto a la enzima libre como al complejo enzima sustrato)
Cleland establece dos reglas básicas para la unión de ligandos a las enzimas:
Si el ligando se une a la misma forma enzimática con la que lo hace la enzima,
se afecta la pendiente de las gráficas de doble recíproco; si se une a diferente
forma enzimática, se afecta la intersección vertical.
Inhibición Competitiva
Talleres de Bioquímica 112 Luz B. Pardo R.
Inhibición A competitiva
( EA EP ) E
E EA
EAI
I
Talleres de Bioquímica 113 Luz B. Pardo R.
Inhibición NO competitiva
P
A
( EA EP ) E
EA
EAI
E EI
I
I
TIPO DE GRÁFICO
INHIBIDOR
Competitivo
A competitivo
No competitivo
Talleres de Bioquímica 114 Luz B. Pardo R.
Competitivo
A competitivo
No competitivo
[I] nm
0 10 20 30
Vo moles / minuto
[A] mM V0 V10 V20 V30
0 0 0 0 0
1 100.0 66.7 50.0 40.0
2 133.3 88.9 66.7 53.3
3 150.0 100.0 75.0 60.0
4 160.0 106.7 80.0 64.0
5 166.7 111.1 83.3 66.7
6 171.4 114.3 85.7 68.6
7 175.0 116.7 87.5 70.0
8 177.8 118.5 88.9 71.1
9 180.0 120.0 90.0 72.0
10 181.8 121.2 90.9 72.7
Autorregulación
k 3 Et
. A
n
V
K 0,5 n A n
A 0,9 V
R
A 0,1V
100
90
80
70
60
n=1
50
n=2
40 n=3
30 n=4
20
10
0
0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280
Carga Energetica
ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP
ADECUACIÓN
Modificación Modificación Química
Física
Elemento de Inmediata Rápida Lenta
mando
[A] Autorregulación
Proteo génesis
[ Et ] Proteólisis
controlada
Activación -
Regulación Inactivación
K3
alostérica tipo V controlada por
enzimas
Regulación
Ka
alostérica tipo K
orden cero, orden fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero,
este comportamiento es típico de as enzimas alostéricas.
Talleres de Bioquímica 126 Luz B. Pardo R.
Subsistema Procesador
Propósito
Generalidades
El metabolismo, (del griego. μεταβολή, cambio, e –ismo), es el conjunto de
reacciones químicas que ocurren en el interior de la célula para realizar las
transducciones de energía y las transformaciones de la materia necesarias
para el mantenimiento de la vida. En general se describen dos fases del
metabolismo: Anabolismo y catabolismo-
Observe las siguientes figuras, la primera se le puede describir con el termino
cata (del gr. κατὰ) y la segunda con ana (del gr. ἀνα)
T1. De acuerdo con las figuras, ¿Cómo interpreta usted los términos
catabolismo y anabolismo?
Activación
Para que los sustratos puedan ser utilizados por la célula como fuente de
energía, estos deben estar activos o adaptados.
Monosacáridos
La reacción de activación pata la glucosa es la siguiente:
(Consulte: http://www.brenda-enzymes.info/)
El proceso de activación se describe en términos de sustrato a activar,
activador, enzima activadora y producto activo. Loa sustratos a activar son:
monosacáridos, ácidos grasos glicerol y aminoácidos. Para cada uno de estos
sustratos existe un modelo de activación específico.
Eritrosa
Ácidos grasos
H3C
CH3
HO C HN CH2 O
C
H2 CH C H2C C
HO O OH
Ácido pantoténico
Talleres de Bioquímica 137 Luz B. Pardo R.
H2
H C
O N
C SH
C H2
H2C
CH2 HO
CH CH3
HN
C C
O OH
H3C C
O H2 P
N CH
O O
H2N C N
O
P
C C O
O OH
N N CH2
CH CH
C
H
CH CH
HO OH
Coenzima A
T4. Complete el siguiente esquema para el ácido dodecanoico
Talleres de Bioquímica 138 Luz B. Pardo R.
Aminoácidos
Los aminoácidos no tienen un proceso de activación sino de adaptación
consistente en la remoción del grupo amino y su remplazo por un grupo ceto.
Este proceso puede ocurrir en tres formas diferentes:
Transaminación
Desaminación oxidativa
Desaminación no oxidativa
Glutámico -cetoglutárico
O
H2
C C OH
HO CH C
NH2 O
Aspártico Oxalacético
O
C OH
H3 C CH
NH2
Alanina Pirúvico
Talleres de Bioquímica 139 Luz B. Pardo R.
Transaminación
Para el proceso de transaminación es indispensable el fosfato de piridoxal,
derivado de la piridoxina (vitamina B6), el cual se transforma en fosfato de
piridoxamina
OH OH
HO P O HC N HO P O HC N
O CH OH H2N CH2 OH
Transaminasa
Desaminación no oxidativa
La desaminación no oxidativa solo ocurre en hidroxi aminoácidos y
ocasionalmente con la cisteína. La desaminación se hace mediante un
proceso de deshidratación y rehidratación dependiente de una liasa. El
proceso tiene como intermediario un aminoácido con radical no saturado el
cual se transforma en iminoácido- El iminoácido se rehidrata, se forma un
cetoácido y se elimina el grupo amino en forma de amoniaco-
:
T7. De acuerdo con el modelo anterior represente al desaminación no
oxidativa de la treonina
O
C OH
H2N CH
CH CH3
HO
Talleres de Bioquímica 141 Luz B. Pardo R.
Desaminación oxidativa
La desaminación oxidativa ocurre únicamente con el ácido glutámico este
proceso permite la eliminación del grupo amino del glutámico en forma de
amoniaco. El agente oxidante es el NAD+ (nicotinamida adenina dinucleótido)
derivado de la niacina (Vitamina B3). La enzima que cataliza esta reacción es
la glutamato deshidrogenasa
N CH
H2N C N HO
OH
OH
C C CH CH O
CH CH H
N N OH O CH C C
CH CH C NH2
C HO O N+
H HO P
O CH O
HC CH
P O C
O
H
O
NAD+
HO HO
C O C O
NAD+ NADH + H+
H2N CH O C
CH2 CH2
H2C H2C
C O NH3 C O
HO HO
Glutámico -cetoglutárico
A reducido B oxidado
A oxidado B reducido
Suponga que A en su forma reducida (• representa un electrón) va a ser
oxidado por el oxidante B oxidado, en la reacción B se reducirá al ganar el
electrón que estaba en A oxidado. Cuando estos electrones se transfieren al
aceptor final de electrones de la cadena respiratoria, se libera energía, parte
de la cual, puede ser utilizada para la formación de ATP y el resto disipada en
forma de calor.
Potencial redox
El potencial redox mide la tendencia a ceder electrones. Un compuesto solo
puede oxidar a otro que tenga menor potencial redox (más negativo o menos
positivo), y solo podrá reducir a otro que tenga potencial redox menos positivo
o más negativo.
T3. ¿Sin tener en cuenta la especificidad de las enzimas, todos los sustratos
oxidables por NAD serían potencialmente oxidables por FAD? ¿Todos los
potencialmente oxidables por FAD podrían serlo por NAD?
Talleres de Bioquímica 146 Luz B. Pardo R.
Equivalencia E : G
Existe una equivalencia entre diferencias de potencial redox diferencias en el
cambio de energía libre la cual se establece mediante la ecuación de Faraday.
Ecuación de Faraday: G = -nFE
T4. Con los pares redox que se mencionan a continuación, forme una cadena
de transporte de electrones que incluya a todos los pares mencionados.
A ox /red 0,82 V
B ox /red 0,00 V
C ox /red- -0,32 V
D ox /red -0,25 V
E ox /red 0,25 V
T5. Localice los pares redox en el diagrama siguiente. Determine los valores
de (G) asociado con la diferencia de potencial redox (E) entre los pares
consecutivos a de la cadena. Marque con (↓) los sitios en los que
potencialmente se podría formar ATP
T6. ¿Qué diferencia, mínima, de potencial debe existir entre dos pares
consecutivos de la cadena respiratoria para que allí se pueda asociar la
fosforilación del ADP a ATP?
R1 R1 R1 R1
H C H C H H C H H C H
H C
H C H H C OH C
R2 R2 O
R2 R2
H3C C CH3 C H
Deshidrogenasa FAD
H3C C CH3 H C
CH3 R2
Talleres de Bioquímica 149 Luz B. Pardo R.
H2O
es una R1
R1
hidratación H C H
C H
Hidratasa no una
H C H C OH
oxidación
R2 propiamente R2
dicha
R1
R1
H C H
H C H
Deshidrogenasa NAD+
H C OH
C
R2 O
R2
Las enzimas forman su nombre a partir del sustrato que es oxidado, por
ejemplo si el sustrato es in acil-CoA, la enzima se nombrara como acil-CoA
deshidrogenasa.
O O
H2
HO C C HO
C C OH OH
H2
O O
O O
HO HO
OH OH
O O
Talleres de Bioquímica 151 Luz B. Pardo R.
OH
+
H
HO P O-
OH O
HO P OH Fosfato
O OH
HO P
OH -
O
Fosforilo
O
O O
P
H O
C H2 P
N N C HO O
O P
O OH HO
CH
C C OH
H2 N C CH CH
N
CH OH
N
HO
ATP
1,3-bisfosfoglicerato
Fosfoenol piruvato
Succinil CoA
Fosfocreatina
T3. El siguiente compuesto contiene fosforilos que pueden ser de alta, o baja
energía. Identifíquelos-
OH
O P OH
O O
C
OH
CH O
HO C P
H2 OH
O
Recuerde que:
Talleres de Bioquímica 154 Luz B. Pardo R.
Isomerización
Los isómeros son moléculas que tienen la misma fórmula molecular pero
diferente fórmula estructural.
Isomería de cadena
Talleres de Bioquímica 156 Luz B. Pardo R.
H2 H3 C CH3
H3C C CH
C CH3
H2
CH3
n-butano 2-metil-propano (isobutano)
Isomería de posición
En este tipo de isomería las fórmulas estructurales difieren únicamente en la
posición de su grupo funcional sobre el esqueleto carbonado, por ejemplo:
H H
H HO
H3 C C H3 C C
C CH2OH C CH3
H H
H H
Butanol Isobutanol
Isomería de función
La presentan sustancias que con la misma fórmula molecular tienen distinto
grupo funcional, por ejemplo:
H2
C O
HO CH3 H3 C CH3
Etanol Metano-oxi-metano
Estereoisometría
Ocurre cuando dos moléculas con con la misma estructura presentan diferente
distribución espacial de sus átomos.
Talleres de Bioquímica 157 Luz B. Pardo R.
Isomería geométrica
Se debe ala presencia de enlaces múltiples que imposibilitan la rotación
alrededor de los mismos. Es característica de sustancias que presentan un
doble enlace carbono-carbono.
O O CH3
H
C C C CH
HO C CH3 HO C
H H
Isomería óptica
Existen sustancias que en disolución producen el giro de un haz de luz
polarizada plana, si el giro es hacia la derecha se denominan dextrógiras y si
es hacia la izquierda de denominan levógiras. La causa de la actividad óptica
radica en la asimetría molecular, debida a la presencia de carbonos
asimétricos.
Aldolización
Transaldolización transcetolización
Dador Aceptor
Dador Aceptor Enzima transformado transformado
cetosa aldosa aldosa cetosa
5C 5C Transcetolasa 3C 7C
7C Transaldolasa 6C
4C 3C
4C Transcetolasa 5C
5C 5C Transaldolasa
Fosfocetolización
T3. Mediante un esquema represente la acción de la fosfocetolasa sobre la
xilulosa-5-P
OH O
HO
O CH C OH
P C CH C
HO H2 H2
O OH
Xilulosa-5-P
Tiolisis
T4. ¿Cuál es el efecto de la tirolesa sobre el siguiente compuesto?
O O
H2 H2 H2 H2 H2 H2
C C C C C C C C
H3C C C C C C C C S-CoA
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
Palmitil-CoA
Talleres de Bioquímica 161 Luz B. Pardo R.
Fosforólisis
1. Activación de la hexosa.
2. Isomerización a un compuesto que permita una segunda fosforilación.
3. Segunda fosforilación de la hexosa.
Talleres de Bioquímica 167 Luz B. Pardo R.
¿Por qué dos de las estrategias posibles de utilización de las triosas son
antieconómicas metabólicamente hablando?
T4. Las reacciones alejadas del equilibrio son los puntos ideales para ejercer
regulación, Desde el punto de vista termodinámico, ¿qué reacciones de la
glicólisis se consideran irreversibles?
¿Cuál (es) reacción (es) de la glicólisis serán las mas adecuadas para ser
objeto de regulación? ¿Por qué?
T6. En la beta oxidación ocurren una serie de reacciones que tienen como
consecuencia la formación de los intermediarios que se muestran en el
siguiente cuadro, de acuerdo con el modelo incluido para la primera reacción.
Lugar en
Evento bioquímico Modelo la Enzima
secuencia
EC 6.2.1.3
NC3 AcilCoAsintetasa
Iniciación del proceso Activación 1 NS4 Ácido graso de
cadena larga: CoA
ligasa (AMP-
formadora)
EC
Aparición de un alcohol NC
NS
EC
Formación de acetil CoA NC
NS
EC
Formación de doble enlace NC
NS
EC
Formación de grupo ceto NC
NS
T7. Complete el esquema para el primer ciclo de oxidación del ácido palmítico.
Incluya las enzimas y otros sustratos necesarios-
3 NC = Nombre común
4 NS = Nombre sistemático
Talleres de Bioquímica 173 Luz B. Pardo R.
O
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
C C C C C C C C
H3C C C C C C C C OH
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
Ciclo de Krebs
Los objetivos del Ciclo de Krebs son:
Oxidar acetil~CoA a CO2
Generar equivalentes de reducción (NADH y FADH2).
Suministrar intermediarios para la síntesis de otros compuestos
(Aminoácidos, Ácidos grasos, Colesterol, Gluconeogénesis, Porfirinas).
Vincular derivados de aminoácidos al proceso terminal de oxidación.
T9. A continuación se muestran las reacciones del Ciclo de Krebs sin que
estén en orden secuencial. Atribuya a cada reacción el puesto que ocuparía en
una secuencia lógica y complete la información según el ejemplo incluido.
Reacción N° del puesto en la secuencia
lógica y enzima que la cataliza
Numero en la secuencia = [ 1 ]
Talleres de Bioquímica 176 Luz B. Pardo R.
EC = 2.3.3.1
Nombre corriente =
Citrato sintasa
Nombre sistemático =
acetil-CoA: oxalacetato C-
acetiltransferasa [tioester-
hidrolizante, (pro-S)-carboximetil
formadora]
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemático=
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemático=
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Talleres de Bioquímica 177 Luz B. Pardo R.
Nombre sistemático=
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemático=
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Talleres de Bioquímica 178 Luz B. Pardo R.
Nombre sistemático=
Número en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemático=
Talleres de Bioquímica 179 Luz B. Pardo R.
Fosforilación oxidativa
Complejo I
Es conocido como NADH Ubiquinona– reductasa.
Esta compuesto por 16 o más cadenas polipeptídicas.
Tiene FMN como grupo prostético.
Presenta de 5 a 8 centros ferrosulfurados (Fe – S).
Es el complejo más grande de la cadena respiratoria.
Complejo II
Recibe el nombre de Succinato: UQ – reductasa.
Es la única enzima del ciclo de Krebs unida a la membrana mitocondrial
interna.
Consta de 4 cadenas polipeptídicas, 1 citocromo, una molécula de FAD como
grupo prostético, 2 a 3 centros Fe – S.
Talleres de Bioquímica 182 Luz B. Pardo R.
Ubiquinona
Su función es recoger electrones de los complejos I y II. Es liposoluble, por lo
que puede desplazarse por el interior de las dobles membranas lipídicas, para
llegar al complejo III. Puede ser reversiblemente reducida o pasar por estados
de semi reducción: UQ (Ubiquinona) - UQH (Semiquinona) UQH2 (Ubiquinol).
Se puede encontrar libre o asociada a proteínas.
Tiene una cadena lateral isoprenoide: n= 6-8 en microrganismos. n=10 (Q10)
en mamíferos
Citocromos
Son componentes de la cadena respiratoria: b y c.
Talleres de Bioquímica 183 Luz B. Pardo R.
Formación de ATP
El proceso de fosforilación del ADP para formar ATP se realiza a expensas de
la llamada fuerza protomotriz que es generada por un gradiente de protones a
través de la membrana interna de la mitocondria.
Los complejos de la cadena respiratoria bombean protones de la matriz
mitocondrial al espacio inter membrana. Los protones regresan a la matriz
gracias a la ATP sintasa, enzima que aprovecha la fuerza protomotriz para
formar el ATP.
Talleres de Bioquímica 185 Luz B. Pardo R.
O2 / HO- +0,82
Obtención de Energía
Propósito
GTP ADP
Pi GDP ATP
HO OH HO
O
CH CH CH2 H2 H2
C C C
O CH CH CH HO C C CH3
H2 H2
HO OH
Talleres de Bioquímica 190 Luz B. Pardo R.
OH OH
HO
P Glutamina Glutamato HO
O P
O NH2
O O O
H2C O OH O
CH CH H2C
1 CH CH
P
CH CH O PRA CH CH
O
HO OH O HO OH
PRPP P
OH
HO
La PRA reacciona con glicina para formar glicinamida ribótido (GAR) con
energía proveniente del ATP.
OH
OH CH2 NH2
HO
P ADP + PI HO O C
O ATP P
NH2 O
O NH
O 2
H2C O O
CH CH H2C
CH CH
CH CH GAR
Glicina CH CH
HO OH
HO OH
OH CH2 NH2 H
N
HO O C
P CH2 CH
O OH
NH
O O N-formil-THF THF HO O C O
H2C P
CH CH O NH
O O
GAR CH CH H2C
3 CH CH
HO OH
FGAR CH CH
HO OH
H H
N N
CH2 CH CH2 CH
OH OH
HO O C O ADP + Pi HO C O
P ATP P
O O HN
NH NH
O O O O
H2C H2C
CH CH 4 CH CH
FGAM
CH CH CH CH
Glutamina Glutamato
HO OH HO OH
H
N OH N
HC
CH2 CH HO CH
OH P
ADP + Pi O C
HO ATP N
C O O H2N
P HN O
O NH H2C
CH CH
O O
H2C 5 AIR
CH CH CH CH
FGAM HO OH
CH CH
HO OH
OH N HOOC
HC OH N
C
HO CH
P HO CH
O C CO2 P
N O C
O H2N N
O O H2N
H2C O
CH CH 6 H2C
CH CH
CH CH CAIR CH CH
HO OH HO OH
O O
C OH
HO C
H2C CH
HOOC
OH N
C NH
HO CH
P
O C O C NH2
N ATP ADP + Pi
O H2N
O C C
H2C O
CH CH O H2
7 N N C OH
CAIR CH CH P
CH CH Aspartico C O
H
HO OH CH CH OH
SAICAR
HO OH
O O
C OH
HO C O
H2C CH H2N C
NH
C
Fumarato N
O C NH2
H2N C
C C CH
O O N
O H2 H2 O
N 8
N C OH HO C
CH CH P P CH CH
SAICAR C O O
H
CH CH OH HO CH CH
AICAR
HO OH HO OH
Talleres de Bioquímica 194 Luz B. Pardo R.
AICAR recibe u7n nuevo grupo formilo trasportado por el ácido tetrahidro folico
y se transforma en 5-formaminoimidaxol-4-carboxamide ribótido (FAICAR).
O
O
H2N C
H2N C
C
N O CH C
H2N C Fumarato N
CH HN C
O N CH
H2 O N
C O H2
HO 9 O
P CH CH HO C
O P CH CH
CH CH O
HO
AICAR HO CH CH
HO OH FAICAR
HO OH
O CH C C
N
N H2O C N
HN C HC
CH C CH
O N N
H2 H2 N
O 10 HO O
HO C C
P CH CH CH CH
O P O
O
HO CH CH CH CH
OH
HO OH HO OH
FAICAR
IMP
Talleres de Bioquímica 195 Luz B. Pardo R.
Aspartico
Carbamoil-fosfato Carbamoil-aspartato
1
Pi 2 H2O
3
Ácido orótico Ácido dihidroorótico
H2O HCO3-
T4, Las enzimas enzimas (se da el nombre en ingles para facilitar la consulta
en BRENDA) que catalizan las reacciones son:
1. aspartate transcarbamoylase, ATCase
2. carbamoyl aspartate dehydratase
3. dihydroorotate dehydrogenase
4. orotate phosphoribosyltransferase
5. orotidine-5'-phosphate carboxylase:
Formación de reservas
Una de las características más importantes de la fase de absorción es la
formación de reservas de glucosa en forma de glucógeno y de ácidos grasos
en forma de triglicéridos-
.
Glucogenogénesis
HO
HO CH2
H 6 O
2
1 H
C C 5
4
C C
H 3
C OH
H OH
H OH
-D-glucopiranosa
HO H2 CH
O C HC
O
P O CH C O
CH N
O
O CH C NH
CH
HO P O HO
O OH O
O
P
OH
HO
UTP
Represente la molécula de UDP-glucosa
Talleres de Bioquímica 200 Luz B. Pardo R.
HO
CH2 O
HO H H
C C
C C
H OH
C H O
H H
H OH C H2
H
C C O
H C O H2 C OH
C O C
HO
C C H
HO H H OH
HO C C C
H HO
O H H
HO
CH2 C H
H
O
C OH
C
OH H
HO C H
(n = 4 - 15).
Talleres de Bioquímica 201 Luz B. Pardo R.
Síntesis de triglicéridos
La mayor parte de la energía se alacena en forma de triglicéridos. Los ácidos
grasos que forman parte de los triglicéridos se sintetizan en citoplasma a partir
de acetil CoA. Metabólicamente, el acetil CoA se origina en mitocondria por
beta oxidación de los ácidos grasos o por descarboxilación de piruvato.
Las reacciones catalizadas por la sintasa de ácidos grasos son las siguientes.
Paso Descripción Enzima
Condensación El primer paso es la b-cetoacil sintasa
transferencia del radical
acetilo al malonil-ACP5,
con formación de
acetoacetil-ACP y
liberación de CO2
Reducción del En este paso, se reduce b-cetoacil-ACP
acetoacetil-ACP el acetoacetil-ACP reductasa
mediante e NADPH a
hidroxibutiril-ACP
Deshidratación En esta reacción, el Hidroxiacil-ACP
hidroxibutiril-ACP es deshidratasa
deshidratado a butenoil-
ACP
Reducción del enoil- En el último paso, el Enoil-ACP reductasa
ACP butenoil-ACP es
reducido mediante
NADPH a butiril-ACP
Se repite hasta la formación de palmitil-AC
Síntesis de triglicéridos
Los triglicéridos se sintetizan a partir acil CoA y glicerol-P En el hígado el
glicerol-P se puede formar a partir de glicerol libre o por reducción de la
dihidroxiacetona-P. En tejido adiposo no se puede formar a partir de glicerol
libre.
HO CH HO P OH
H2 C OH O
O OH
C
H2 H2 H2 H2 H2 H2
H3C C C C C C C CH2
C C C C C C C
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
Talleres de Bioquímica 207 Luz B. Pardo R.
H 2C OH H2 C
HO CH CH
H 2C OH H2 C
O
C
R1 S-CoA
H2C H2C
CH CH
H2C H2C
O
C
R2 S-CoA
Glucogenólisis
Tanto el musculo como el hígado degradan su glucógeno en postabsorción, La
glucosa obtenida en músculo debe ser utilizada allí mismo, mientras que la
obtenida por glucogenólisis hepática puede ser exportada como glucosa libre
a otros tejidos.
¿Qué enzima está presente en hígado y no en musculo para que ocurra esta
diferencia de distribución de la glucosa obtenida por glucogenólisis?
Dado que el glucógeno presenta dos tipos de enlace, alfa 1-4 y alfa 1-6, se
necesitan dos enzimas diferentes para su degradación. La degradación del
glucógeno comienza por los extremos no reductores mediante la enzima
glucógeno fosforilasa. Cuando quedan 4 residuos en la ramificación, actúa la
enzima desramificadora,
Gluconeogénesis
La gluconeogénesis es la formación de carbohidratos a partir de sustancias
que no los son, como el lactato, el glicerol y los aminoácidos glucogénicos.
Utiliza las mismas reacciones de la glicólisis excepto tres.
El siguiente esquema representa el proceso de gluconeogénesis:
Talleres de Bioquímica 210 Luz B. Pardo R.
Momentos metabólicos
T8. De acuerdo con las gráficas anteriores, ¿Hay relación entre los niveles de
glucosa y los de insulina? ¿Estas relaciones, si las hay, varían en función de la
dieta seguida?
1.
2.
Hígado 3.
4.
5
1.
Tejido adiposo
2.
Músculo 1.
esquelético 2.
M. Cardíaco 1.
1.
Eritrocitos
2.
1.
SNC
2.
1.
T. conectivo
2.
1.
Riñón
2.
1.
Pulmón
2.
Páncreas
T10. Complete la siguiente tabla con los órganos que realizan las funciones
incluidas en ella.
Talleres de Bioquímica 217 Luz B. Pardo R.
Órgano
Función
Absorción Post Absorción
Absorción de glucosa Na+ dependiente
Absorción e hidrólisis de disacáridos
Cobertura de necesidades energéticas
por oxidación de glucosa
Cobertura de necesidades energéticas
por boxidación6
Formación de amoníaco
Liponeogénesis10
Oxidación de cuerpos cetónicos
T13. ¿Cuáles son los posibles orígenes del glicerol-P, qué enzimas se
requieren, y en qué tejidos ocurren cada uno de estos procesos?
Ayuno
Demanda en 40 días
Fotosíntesis
Fase lumínica
Los siguientes gráficos ilustran los espectros de absorción de algunos
pigmentos vegetales y el de acción de la fotosíntesis.
T7. ¿En qué lugar del esquema anterior es posible acoplar la formación de
ATP?
T12.
Uno de los productos de la fase lumínica es utilizado para la reducción del
compuesto de 3 carbonos bis fosforilado. ¿Cuál es esta reacción?
T13. ¿Qué debe ocurrir antes de que pueda actuar la Aldolasa? ¿Qué
reacción cataliza esta Aldolasa?
Foto oxidación
La Rubisco, alternativamente a la carboxilación tiene capacidad para actuar
como oxigenasa, proceso al cual se denomina foto oxidación
HO
CH CH2 O
HO C O P OH
O OH
O OH
C CH 3-P-glicérico
O CH2 CH CH2 O
HO
P HO O P OH O
OH O
O Ribulosa-bis-P OH O C
P C OH
HO H2
OH
P-glicolico
C OH O C
C OH
H2N CH H
H2C OH
Transaminación
Fotosíntesis C4 y CAM
T18. ¿En la fotosíntesis C4, qué compuesto cumple una función similar a la
de la ribulosa bis fosfato? ¿Qué compuesto es el dador de CO2 para el Ciclo
de Calvin?
vaina, en las que se descarboxilan los ácidos C4 y se asimila el CO2 vía ciclo
de Calvin.
En las plantas CAM, el CO2 es capturado de noche por carboxilación del PEP
en el citosol. El malato formado se acumula en la vacuola. Durante el día, el
malato es transportado al cloroplasto donde se descarboxila. El CO2 liberado
es fijado por la rubisco. Los estomas de las plantas CAM abren de noche y
permanecen cerrados durante el día.
A Corte de la hoja de una planta que realiza fotosíntesis C3. B Corte de la hoja
de una planta con anatomía Kranz (espiral en alemán) que realiza fotosíntesis
C4. Tomado de:
Talleres de Bioquímica 237 Luz B. Pardo R.
http://books.google.com.co/books?id=30uScIaUo94C&pg=PA32&lpg=PA32&dq=anatomia+kranz+plantas&s
ource=bl&ots=uZmDOkRT5-&sig=C1yd-
YQ3_zlKzVpCYXMYT02caOI&hl=es#v=onepage&q=anatomia%20kranz%20plantas&f=false
Subsistema regulador
El éxito del metabolismo reside en el hecho de ser este un proceso muy bien
regulado, que puede cambiar fácilmente de un estado catabólico a uno
anabólico, en función de las necesidades el organismo.
No hay enzima
Proteolisis Proteosíntesis
Hay enzima
Regulación genética por síntesis de la enzima
Comunicación celular
Todo sistema de comunicación cuenta con tres elementos indispensables
Talleres de Bioquímica 239 Luz B. Pardo R.
Figura 2. Comparación del orden de reacción entre las enzimas que tienen
cinética hiperbólica y sigmoidal.
Carga Energetica
ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP
Regulación de la Glicólisis
Debido a que la principal función de la glicólisis es la producción de ATP, esta
vía solo debe funcionar cuando Se requiere ATP. El sitio de regulación más
importante de la vía es una enzima alostérica, la fosfofructoquinasa I.
Las enzimas alostéricas pueden encontrarse en uno de dos estados
denominados R (relajado) y T (tenso). La forma R presenta más afinidad por el
sustrato y por tanto muestra más actividad. Hay compuestos que tienden a
estabilizar las formas R y construyen efectores alostéricos positivos. Los que
se unen a las formas T, disminuyen la afinidad por el sustrato y por tanto la
actividad enzimática, a estas moléculas se les denomina efectores negativos.
La fosfofructoquinasa presenta dos sitios de unión para el ATP, uno es el sitio
de unión del sustrato y el otro el regulatorio. El ATP se puede unir al sitio
Talleres de Bioquímica 247 Luz B. Pardo R.
PFQ2OH PFQ2P
Actúa como Actúa como
quinasa fosfatasa
Talleres de Bioquímica 250 Luz B. Pardo R.
Regulación genética
Inducción
La proteína represora normalmente se encuentra activa y se une a la región
del operado con lo cual impide la fijación de la RNA polimerasa y en
consecuencia no hay transcripción y por lo tanto no se sintetizaran las
enzimas.
Represión
También existe un modelo Operón para< explicar< la represión de la síntesis
de algunas enzimas.
T3. Con los mismos componentes empleados para la inducción enzimática
describa como funcionaría el modelo de represión enzimática.