Datos Generales: Formación Académica

Datos Generales
INSTITUCIÓN PRINCIPAL
Universidad de la República/ Facultad de Química - UDeLaR / CCBG - DETEMA / Uruguay
DIRECCIÓN INSTITUCIONAL
Institución: Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR / Sector Educación
Superior/Público
OSCAR NÉSTOR VENTURA / CCBG-DETEMA
PÉREZ Dirección: CCBG DETEMA / Isidoro de María 1610 / cc 1157 / 11800 / Montevideo , Montevideo ,
Dr. Uruguay
Teléfono: (598) 29248396
onv@fq.edu.uy Correo electrónico/Sitio Web: onv@fq.edu.uy http://ccbg.fq.edu.uy
http://ccbg.fq.edu.uy
CCBG, DETEMA, Facultad
de Química, UdelaR, Isidoro Formación
de María 1614, CC1157, 11
800 Montevideo, Uruguay
+59899501368
Formación académica
CONCLUIDA
Ciencias Naturales y Exacta
s / Ciencias Químicas DOCTORADO
Categorización actual: Nivel
III (Activo) Doctorado en Química (1983 - 1987)
Universidad de la República - Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
Fecha de publicación: 07/06/2019
Título de la disertación/tesis/defensa: Estudio químico cuántico de la importancia de los complejos
Última actualización: 06/05/2019 de enlace de hidrógeno en la reactividad química
Tutor/es: Ramón M. Sosa
Obtención del título: 1993
Palabras Clave: Química computational Enlaces de Hidrógeno Complejos moleculares Químico-
Física
Areas de conocimiento:
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros,
Electroquímica / Química Teórica y Computacional
Electroquímica / Química Computacional
MAESTRÍA
Magister en Química (1981 - 1982)

Título de la disertación/tesis/defensa: Estudios sobre bioquímica cuántica. La teoría electrónica del
cáncer y aspectos relacionados
Tutor/es: Ramón M. Sosa
GRADO
Bachiller en Química (1975 - 1981)

Título de la disertación/tesis/defensa:
Palabras Clave: Química
Electroquímica /
Formación complementaria
CONCLUIDA
POSDOCTORADOS
(1984 - 1985)
Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Autonoma de Barcelona , España
CURSOS DE CORTA DURACIÓN
Teoremas Hiperviriales (01/1981 - 01/1981)

Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Invstigaciones Fisicoquimicas Teoricas y
Aplicadas , Argentina
10 horas
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física Atómica, Molecular y Química / Física
Molecular
Curso Avanzado de Química Teórica (01/1981 - 01/1981)

10 horas
Metodología Hartree-Fock (01/1981 - 01/1981)

10 horas
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física Atómica, Molecular y Química / Física
Molecular
Idiomas
Alemán
Entiende bien / Habla bien / Lee bien / Escribe bien
Español
Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
Francés
Entiende bien / Lee bien /
Inglés
Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
Areas de actuación
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
Ciencias Químicas /Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica /Química Teórica y
Computacional
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS

Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente /Ciencias Medioambientales /Riles,
Efluentes, Tratamientos de agua
Actuación profesional
SECTOR EDUCACIÓN SUPERIOR/PÚBLICO - PROGRAMA DE DESARROLLO DE LAS CIENCIAS
BÁSICAS - URUGUAY
VÍNCULOS CON LA INSTITUCIÓN
Colaborador (01/1987 - a la fecha)

Area Química, Investigador Grado 5.
ACTIVIDADES
PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO
Caracterización fisicoquímica de plásticos polivinílicos y polímeros derivados de aldehidos de

importancia química y bioquímica (01/1988 - 12/1991 )
Dotación total US$ 34.903. Integrantes: Oscar Néstor Ventura Pérez (Responsable)
Area Química
Investigación
Concluido
Alumnos encargados en el proyecto:
Pregrado:4
Maestría/Magister:1
Equipo:
GESTIÓN ACADÉMICA
Comisión de Ingreso de Investigadores (01/2006 - 12/2009 )

Facultad de Química
Participación en consejos y comisiones
SECTOR EDUCACIÓN SUPERIOR/PÚBLICO - UNIVERSIDAD DE LA REPÚBLICA - URUGUAY
Facultad de Química - UDeLaR

Funcionario/Empleado (01/1977 - a la fecha)

Profesor catedrático efectivo ,40 horas semanales / Dedicación total
Cátedra de Química Cuántica
Funcionario/Empleado (01/1989 - 12/1997)

Profesor agregado ,40 horas semanales / Dedicación total
Química Cuántica

Profesor agregado ,40 horas semanales
Química Cuántica

Asistente interino ,20 horas semanales
Químico-Física
ACTIVIDADES
PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO
Nanotransductores en procesos celulares de señales redox efectuadas por especies reactivas de

oxígeno. Óxido-reducción de residuos con azufre y selenio en proteínas, inhibidores y biomiméticos
involucrados en los procesos de regulación redox (04/2011 - 03/2015 )
La propuesta consiste en apuntalar diversas líneas de investigación convergentes en un programa
de enzimología computacional. Si bien el programa se plantea para financiamiento a 48 meses, las
previsiones de equipamiento, formación de capital computacional y recursos humanos, dentro de
una temática novedosa y relativamente poco desarrollada, apunta a un programa a largo plazo (10-
15 años) donde naturalmente las líneas de investigación irán mutando de acuerdo al conocimiento
generado. El centro temático de la propuesta es el funcionamiento de ROS, específicamente H2O2
como mensajero secundario que afecta la actividad y conformación de enzimas involucradas en la
reparación de oxidación de proteínas. Las enzimas a estudiarse funcionan todas por oxidación de
azufre a disulfuro, sulfóxidos, sulfenos, sulfinos, sulfonas (y las especies equivalentes para selenio).
No todas las enzimas involucradas en el proceso de oxidación de tioles van a ser investigadas en
este programa, sino que se eligieron algunas en particular, que presentan características
interesantes y novedosas. Desde el punto de vista temático, el interés de este proyecto descansa en
dos aspectos. Por un lado, el hecho de que para las enzimas que proponemos estudiar, los
mecanismos de acción detallados, así como las variables fisicoquímicas que los afectan no son
completamente conocidas a nivel molecular. Por otro lado, el estudio de inhibidores y biomiméticos
nos permite una aproximación biotecnológica hacia la fabricación de enzimas artificiales para
actuar, por ejemplo, como antioxidantes sintéticos o reaccionar a las señales de aumento de
concentración de H2O2. Las siguientes son las líneas de investigación. a) Desarrollo de software de
bioinformática estructural. b) Investigación de reacciones químicas en medio acuoso a distintos pH,
para determinar estructuras, interacciones, espectros y propiedades energéticas de las reacciones
orgánicas que están en el centro del proceso catalítico, pero realizadas sobre modelos en solución
acuosa. c) Investigación de reactivos para reconocimiento de sulfinos y sulfonas, para intentar
obtener compuestos que reaccionen más fácilmente con estos que con sulfenos, para usar como
reactivos de reconocimiento específico. d) Investigación sobre biomiméticos, moléculas simples
(complejos metálicos o macrociclos orgánicos) que mimticen la acciòn de la Gpx. e) Investigaciones
sobre complejos metálicos de Cys, HCys y Sec, para entender el efecto catalítico de los iones Zn+2
y Cu+2 en interacción con los tioles, y cómo modifica esta interacción la oxidabilidad de los tioles (o
selenoles) unidos a él. f) Investigaciones sobre PTP1B (fosforilación y oxidación por H2O2) para
entender su inactivaciòn reversible e irreversible, en particular en sus reacciones con H2O2,
investigando su estabilidad en el tiempo mediante cálculos QM/MM de dinámica molecular. g)
Investigaciones sobre el complejo peroxiredoxina/sulfiredoxina para comprender la importancia de
la transformación sulfénico/sulfínico como señal celular y de qué manera se evita la inactivación
irreversible. h) Investigaciones sobre Betaína-homocisteína S-metiltransferasa y Methiona-R-
sulfóxido reductasas `para determinar las estructuras y la energética del mecanismo de
transferencia de metilo a la HCys, la oxidación de Met a MetSo y la reducción enantiomérica de la
misma, considerando la diferencia de eficiencia entre Cys y Sec. i) Investigaciones sobre mutación
de Cys con HCys y Sec.
20 horas semanales
Facultad de Química , CCBG, DETEMA
Investigación
Coordinador o Responsable
En Marcha
Pregrado:1
Especialización:1
Doctorado:2
Financiación:
Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
Equipo: SAENZ-MENDEZ, P , BOTTINELLI, F. , E. BERMUDEZ , KIENINGER, M. , VEGA-TEIJIDO,
M. , IRVING, K , K , SEGOVIA, M.
Palabras clave: bioquímica computacional proteínas Química computacional tioles
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física Atómica, Molecular y Química / Química
computacional
Formación de dioxinas en la combustión : visión micro, meso y macro (01/2005 - 01/2010 )
10 horas semanales
Desarrollo
Coordinador o Responsable
Concluido
Doctorado:1
Financiación:
Equipo: SEGOVIA, MARC EDUARDO (Responsable)
Structural bioinformatics: obtaining 3D models of short bioactive peptides from multiple sequences
using Feedback Restrained Molecular Dynamics (01/2004 - 12/2004 )

Desarrollo
En Marcha
Financiación:
Institución del exterior, Apoyo financiero
Equipo: KIENINGER, MARTINA (Responsable)
Estudio computacional de la activación de oxígeno molecular en complejos mono y binucleares de Fe y

Cu con importancia biológica (01/2000 - 12/2002 )
Proyecto financiado por CSIC, US$ 20.000
Desarrollo
En Marcha
Equipo: KIENINGER, MARTINA (Responsable)
Estudio computacional de la Química Atmosférica de los radicales CF3O: una contribución a las
transformaciones de los hidrofluorocarbonos en la atmósfera (01/1997 - 12/1999 )

Desarrollo
En Marcha
Financiación:
Equipo: SEGOVIA, MARC EDUARDO (Responsable)
Study of intramolecular proton transfer in excited states of hydrogen bonded molecules (01/1995 -
12/1997 )
Proyecto en cooperación con Alemania, España y Polonia, financiado por la Comunidad Económica
Europea (US$ 480.000) y el BID (US$ 190.000). Financiador(es): Universidad de La República -
UDELAR (Cooperación); Max Planck Institut Fur Physik Und Astrophysik Garching - MPA
(Cooperación); Universitat Autonoma de Girona - U.A.G. (Cooperación); Universidad de Poznan -
UP (Cooperación); Universidad de Wroclaw - UW (Cooperación); Universidad de Torun - UT
(Cooperación); Comisión de Las Comunidades Europeas - C.C.E.E. (Apoyo financiero); Banco
Interamericano de Desarrollo - BID (Apoyo financiero)
Desarrollo
En Marcha
Equipo: DIERCKSEN, GEERD H.F. , KARWOWSKI, JACEK , BANCEWICZ, MALGORZATA ,
DURAN I PORTAS, MIQUEL , SOSA, RAMÓN M. , LATAJKA, ZDZISLAW
Construcción de memorias moleculares multifotónicas: estudio de los procesos básicos (01/1993 -

12/1996 )
Proyecto financiado por el Instituto de Cooperación Iberoamericana, US$ 20.000. Financiador(es):
Universidad de La República - UDELAR (Cooperación); Universitat Autonoma de Girona - U.A.G.
(Cooperación); Instituto de Cooperación Iberoamericana - ICI (Apoyo financiero)
Desarrollo
En Marcha
Equipo: DURAN I PORTAS, MIQUEL
Estudio teórico de reacciones de descomposición de ozono en la atmósfera (01/1993 - 12/1994 )

Proyecto en cooperación con Brasil y Polonia. Parte uruguaya financiada por la Comisión Sectorial
de Investigación Científica, UDELAR, US$ 15.000. Financiador(es): Universidad de La República -
UDELAR (Cooperación); Universidade de São Paulo - USP; Universidad de Wroclaw - UW
Desarrollo
En Marcha
Equipo: LATAJKA, ZDZISLAW , CANUTO, SYLVIO
Static and dynamic aspects of the solvent influence on reactions involving transformation of the
aldehyde group with applications to enzymatic processes (01/1990 - 12/1994 )

Desarrollo
En Marcha
Equipo: TOMASI, JACOPO
Estudio computacional de complejos de enlace de hidrógeno neutros en estados excitados e ionizados

(01/1991 - 12/1993 )

Desarrollo
En Marcha
Equipo: DIERCKSEN, GEERD H.F.
Ab initio and laser-spectroscopical study of hydrogen- bonded clusters in free jets (01/1989 - 12/1992 )
Financiador(es): Universidad de La República - UDELAR (Cooperación); Universidad Autonoma de
Barcelona - U.A.B. (Cooperación); Universitat Heidelberg (Ruprecht-Karls) - R.K.U.H.*
(Cooperación); Max Planck Institut Fur Physik Und Astrophysik Garching - MPA (Cooperación);
Comisión de Las Comunidades Europeas - C.C.E.E. (Apoyo financiero).
Investigación
Concluido
Equipo: DIERCKSEN, GEERD H.F. , BERTRAN, JUAN
Theoretical and experimental pharmacological approach to Chagas disease: specific action o new drugs
against Tripanothione Reductase with low Glutathione Reductase inactivation-related toxicity
(01/1989 - 12/1991 )

Desarrollo
En Marcha
Equipo: PAULINO, MARGOT
Estudio Teórico sobre Catálisis Heterogénea: Mecanismos de Reacciones Químicas Importantes para
la Obtención de Energía a Bajo Costo (01/1982 - 01/1983 )

Desarrollo
En Marcha
Equipo: SOSA, RAMÓN M.
DIRECCIÓN Y ADMINISTRACIÓN
Director de unidad (02/1999 - 03/2002 )

Director de unidad (01/1991 - 05/1992 )

Director del Instituto de Química (01/1990 - 05/1992 )
DOCENCIA
Química (07/2004 - 11/2004 )
Grado
Asignaturas:
Fisicoquímica Molecular Básica, horas
Química (03/2004 - 07/2004 )

Grado
Asignaturas:
Introducción a la Bioinformática, horas
Química (07/2003 - 11/2003 )

Grado
Asignaturas:
Mecánica Cuántica, horas
Química Computacional, horas
Química (03/2002 - 07/2002 )

Grado
Asignaturas:
Fisicoquímica Molecular Básica, horas
Química (07/2000 - 07/2000 )

Grado
Asignaturas:
Modelado Molecular, horas
Química (04/1999 - 07/1999 )

Grado
Asignaturas:
Química (01/1999 - 06/1999 )

Grado
Asignaturas:
Química Cuántica, horas
Química (11/1998 - 01/1999 )

Grado
Asignaturas:
Química Cuántica, horas
Química (04/1998 - 07/1998 )

Grado
Asignaturas:
EXTENSIÓN
Divulgación científica en contaminación ambiental (12/2007 - 12/2011 )

Facultad de Química, CCBG, DETEMA
5 horas
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente /
Ciencias Medioambientales / Contaminación
CAPACITACIÓN/ENTRENAMIENTOS DICTADOS
(01/2005 - 12/2005)
BADENES, María Paula. Estudios sobre reacciones químicas de dioxinas. Estudiante de

Postdoctorado enviada por Carlos J. Cobos del INIFTA para trabajar durante un año en
Montevideo
(01/1998 - 12/1998)
JORGE, Nelly (Universidad Nacional del Nordeste, Argentina). Estructura y calor de formación de
biperóxidos cíclicos. Orientación de la docente para la realización de cálculos ab initio y de
funcionales de la densidad
(01/1996 - 12/1996)
KIENINGER, Martina. Estudios sobre nucleasas químicas. Deutsche Krebsforschungszentrum,

Alexander Von Humboldt Stiftung. (Tutor)
(01/1996 - 12/1996)
(01/1996 - 12/1996)
OTRA ACTIVIDAD TÉCNICO-CIENTÍFICA RELEVANTE
Referee Científico para el International Journal of Quantum Chemistry, EEUU (01/1999 - a la fecha )
Referee científico para el Journal of Physical Chemistry (01/1996 - a la fecha )
Referee científico para Theochem (01/1995 - a la fecha )
Referee Científico para Cell and Molecular Biology, EEUU (01/2004 - 12/2004 )
Referee Científico para Anales de la Asociación Química Argentina (01/2000 - 12/2000 )
Referee científico para el Advances in Quantum Chemistry (01/1997 - 12/1997 )
GESTIÓN ACADÉMICA
Consejero Titular por el Orden Docente (04/1998 - a la fecha )

Consejo de la Facultad
Delegado área básica - CSIC, UDELAR (01/2000 - 12/2002 )
Claustrista (01/1998 - 12/2002 )

Claustro de la Facultad
Comisión Interfacultades de Ingeniería Química (01/1998 - 12/1999 )
Comisión de Estructura Docente (01/1998 - 01/1999 )
Comisión de Investigación Científica (01/1998 - 12/1998 )
Claustrista (01/1994 - 01/1995 )

Integrante Comisión de Instituto (12/1990 - 05/1992 )
Consejero Suplente (12/1990 - 05/1992 )

Comisión de Equipamiento Informático (01/1991 - 12/1991 )
Comisión Técnica de Magister en Química y Doctorado (01/1989 - 12/1990 )
Comisión de Redacción de Revista Científica (01/1989 - 01/1990 )
Comisión Central de Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (01/1988 - 01/1990 )
Comisión de Reestructura de Facultad de Química (01/1988 - 12/1989 )
Consejero Suplente (04/1985 - 04/1989 )

Cursos y Asuntos Curriculares (01/1986 - 01/1987 )
Claustrista (01/1985 - 01/1987 )

Comisión de Investigación Científica (01/1985 - 01/1987 )
SECTOR EDUCACIÓN SUPERIOR/PÚBLICO - UNIVERSIDAD DE LA REPÚBLICA - URUGUAY
Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación - UDeLaR


Profesor agregado ,40 horas semanales
Facultad de Humanidades y Ciencias. Química Cuántica

Asistente ,20 horas semanales
Facultad de Humanidades y Ciencias. Químico-Física

Profesor adjunto interino ,40 horas semanales
Facultad de Humanidades y Ciencias

Asistente ,40 horas semanales

Ayudante ,20 horas semanales

Ayudante Grado 1 ,20 horas semanales
Facultad de Humanidades y Ciencias. Ayudante de investigaciones
CARGA HORARIA
Carga horaria de docencia: 3 horas

Carga horaria de investigación: 30 horas
Carga horaria de formación RRHH: 10 horas
Carga horaria de extensión: 7 horas
Carga horaria de gestión: 10 horas
Producción científica/tecnológica
Especializado en la aplicación de métodos de la Química Computacional para la solución de
problemas químicos y bioquímicos. Desde 1977, en que inicié mis actividades de investigación,
empleé prácticamente todos los métodos desarrollados para cálculos de geometrías, energías,
espectroscopía y caminos de reacción, en forma estática y dinámica. Las contribuciones más
importantes que he realizado para resolver problemas en las áreas mencionadas son las siguientes:
(a) determinación de caminos de reacción para transformaciones químicas donde el solvente
participa activamente, tales como la isomerización de los ácidos hidroxámicos, reacciones de
enolización y aldólicas o dehalogenación; (b) la producción de información termoquímica para
compuestos pequeños pero de estructura electrónica complicada, como por ejemplo los óxidos de
flúor, los radicales ROO. y moléculas de azufre tales como el sulfino, en muchos casos proveyendo
correcciones a determinaciones experimentales no demasiado precisas; (c) la investigación de
sustancias orgánicas halogenadas tanto como contaminantes como usadas en reemplazo de
contaminantes, por ejemplo los hidrocarburos perfluorados, triflorometanol, bencenos y fenoles
clorados, y policlorobenzofuranos; (d) estudio de reacciones enzimáticas y propuesta de nuevos
mecanismos de acción, por ejemplo para laldosa reductasa, epóxido hidrolasa y dehalogenasas,
apoyando y retroalimentando a los estudios experimentales; (e) estudios sobre complejos de
metales de transición (Fe, Rh, Re, Tc) y sobre interacción entre moléculas orgánicas y nanopartículas
(por ej. el coating de partículas de oro). En el presente, mis investigaciones apuntan a cuatro
grandes programas, que tienen puntos en común y dentro de los cuales se inscriben mis proyectos
de investigación. El primero (ECOCOP) se centra en emplear las herramientas de la química teórica
para resolver problemas en química atmosférica (contaminantes orgánicos persistentes) y en
general problemas de contaminación (por ejemplo cloroorgánicos). El segundo programa (BIOCAB)
apunta al estudio de mecanismos de reacción enzimáticos, especialmente metaloenzimas, como por
ejemplo las oxigenasas y peroxidasas, pero también otras como la aldol reductasa o las fosfatasas
humanas. Un tercer (QUICOMAD) se centra en el estudio de la química de la madera,
particularmente procesos de pulpado como el Kraft y de blanqueo (con ClO2, H2O2,
peroxocarbónico, etc). Finalmente, el programa BASINMOL se centra en estudios básicos de
problemas termoquímicos y su elaboración mesoscópica para realizar cálculos de ingeniería
química molecular, en particular en combustión y química atmosférica. El producto de estos
estudios es comunicado periódicamente a la comunidad científica. Hasta Abril 2019, he producido
más de 125 artículos científicos y he hecho más de 150 comunicaciones a congresos, conferencias
invitadas y minicursillos, en unos 30 países de las Américas, Europa y África. Al presente se
mantiene colaboración con científicos de Argentina, México, USA, Francia, Italia, Alemania y Grecia.
Al presente se encuentra en desarrollo un macroproyecto para convertir el CCBG en un centro de
referencia en estudios termoquímicos y cinéticos de reacciones atmosféricas con grupos
experimentales y teóricos de Argentins, Italia y Grecia.
Producción bibliográfica
ARTÍCULOS PUBLICADOS
ARBITRADOS
Diffusion and reptation quantum Monte Carlo study of the NaK molecule (Completo, 2019)
MARC SEGOVIA , VENTURA, O.N.
Molecular Physics, v.: 117 6 , p.:813 - 822, 2019
Palabras clave: Quantum monte carlo dipole moment dissociation energy NaK
Medio de divulgación: Papel
ISSN: 00268976
DOI: https://doi.org/10.1080/00268976.2018.1543900
https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00268976.2018.1543900
Diffusion Monte Carlo (DMC) and Reptation Monte Carlo (RMC) methods, have been applied to
study some properties of the NaK molecule. Hartree?Fock (HF), Density Functional (DFT) and
single and double configuration interaction (SDCI) wavefunctions with a valence quadruple zeta
atomic natural orbital (VQZ/ANO) basis set were used as trial wavefunctions. Values for the
potential energy curve, dissociation energy and dipole moment were calculated for all methods and
compared with experimental results and previous theoretical derivations. Quantum Monte Carlo
(QMC) calculations were shown to be useful methods to recover correlation in NaK, essential to
obtain a reasonable description of the molecule. The equilibrium distance yield a value close to the
experimental one. The dissociation energy, however, is not so good, and the minimum error is about
4% of the experimental value, except when a coupled-clusters method is used. In this case, a
conventional CCSD(T) calculation with an extended aug-pc-4 basis set gives a much better
agreement to experiment. However, neither the CCSD(T) nor other MO and DFT methods are able
to reproduce correctly the large dipole moment of this molecule. Even DMC methods with a simple
HF trial wavefunction are able to give a better agreement to experiment, although they have a
larger error bar.
Tropospheric degradation of propanethiol initiated by Cl radicals: kinetics, mechanism and

computational studies (Completo, 2019)
Alejandro L. Cardona , María Belén Blanco , VENTURA, O.N. , Mariano A. Teruel
Chemical Physics Letters, v.: 723 p.:69 - 75, 2019
Palabras clave: kinetics mechanims radicals chlorine thiols
ISSN: 00092614
DOI: https://doi.org/10.1016/j.cplett.2019.03.032
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0009261419302118
The rate coefficient for the reaction of Cl radicals with n-propanethiol has been determined at
298?K and atmospheric pressure to be: (2.37?±?0.66)?×?10?10 cm3 molecule?1 s?1. Dipropyl
disulfide, sulfur dioxide, and propionaldehyde, were observed as main reaction products. The yield
of formation of dipropyl disulfide was quantified. Potential energy surfaces and thermodynamic
data at 298?K were calculated for the gauche and trans conformers of n-propanethiol using the
CBS-QB3, M06-D3/cc-pVTZ and M06-2X/cc-pVTZ levels of theory. We concluded that the
formation of the prereactive complex in which chlorine is ?bound? to the sulfur atom is the decisive
step in the reaction paths.
Computational Evidence Suggests That 1-Chloroethanol May Be an Intermediate in the Thermal

Decomposition of 2-Chloroethanol into Acetaldehyde and HCl (Completo, 2019) Trabajo relevante
Zoi Salta , Agnie M. Kosmas , VENTURA, O.N. , Vincenzo Barone

Journal of Physical Chemistry A, v.: 123 10 , p.:1983 - 1988, 2019
ISSN: 10895639
DOI: 10.1021/acs.jpca.8b11966
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.8b11966
The dehalogenation of 2-chloroethanol (2ClEtOH) in the gas phase with and without the
participation of catalytic water molecules has been investigated using methods rooted into the
density functional theory. The well-known HCl elimination leading to vinyl alcohol (VA) was
compared to the alternative elimination route toward oxirane and shown to be kinetically and
thermodynamically more favorable. However, the isomerization of VA to acetaldehyde in the gas
phase, in the absence of water, was shown to be kinetically and thermodynamically less favorable
than the recombination of VA and HCl to form the isomeric 1-chloroethanol (1ClEtOH) species. At
the ?B97X-D/cc-pVTZ level of calculation, this species is more stable than 2ClEtOH by about 6 kcal
mol?1 at 298 K, and the reaction barrier for VA to 1ClEtOH is 23 kcal mol?1 versus 55 kcal mol?1
for the direct transformation of VA to acetaldehyde. In a successive step, 1ClEtOH can decompose
directly to acetaldehyde and HCl with a lower barrier (29 kcal mol?1) than that of VA to the same
products (55 kcal mol?1). The calculations were repeated using a single ancillary water molecule
(W) in the complexes 2ClEtOH_W and 1ClEtOH_W. The latter adduct is now more stable than
2ClEtOH_W by about 8 kcal mol?1 at 298 K, implying that the water molecule increased the
already higher stability of 1ClEtOH in the gas phase. However, this catalytic water molecule lowers
dramatically the barrier for the interconversion of VA to acetaldehyde (from 55 to 7 kcal mol?1).
This barrier is now smaller than the one for the conversion to 1ClEtOH (which also decreases, but
not so much, from 23 to 13 kcal mol?1). Thus, it is concluded that while 1ClEtOH may be a plausible
intermediate in the gas phase dehalogenation of 2ClEtOH, it is unlikely that it plays a major role in
water complexes (or, by inference, aqueous solution). It is also shown that neither in the gas phase
nor in the cluster with one water molecule, the oxirane path is more favorable than the VA alcohol
path. Additionally, a direct conversion of 2ClEtOH to 1ClEtOH through a transition state which
resembles a VA molecule in a complex with a chlorine atom and a hydrogen atom on both sides of
this planar species was found. This reaction path has also lower activation energy than the
conversion to oxirane but not as low as the conversion to VA.
Basis Set Effects in the Description of the Cl-O Bond in ClO and XClO/ClOX Isomers (X?=?H, O, and Cl)
Using DFT and CCSD(T) Methods (Completo, 2019)
K. IRVING , Martina Kieninger , VENTURA, O.N.
Journal of Chemistry, v.: 2019 Article ID 4057848, , 2019
Medio de divulgación: Internet
Escrito por invitación
ISSN: 20909071
DOI: https://doi.org/10.1155/2019/4057848
https://www.hindawi.com/journals/jchem/2019/4057848/abs/
The performance of a group of density functional methods of progressive complexity for the
description of the ClO bond in a series of chlorine oxides was investigated. The simplest ClO radical
species and the two isomeric structures XClO/ClOX for each X?=?H, Cl, and O were studied using
the PW91, TPSS, B3LYP, PBE0, M06, M06-2X, BMK, and B2PLYP functionals. Geometry
optimizations and reaction enthalpies and enthalpies of formation for each species were calculated
using Pople basis sets and the (aug)-cc-pVnZ Dunning sets, with ?=?D, T, Q, 5, and 6. For the
calculation of enthalpies of formation, atomization and isodesmic reactions were employed. Both
the precision of the methods with respect to the increase of the basis sets, as well as their accuracy,
were gauged by comparing the results with the more accurate CCSD(T) calculations, performed
using the same basis sets as for the DFT methods. The results obtained employing composite
chemical methods (G4, CBS-QB3, and W1BD) were also used for the comparisons, as well as the
experimental results when they are available. The results obtained show that error compensation is
the key for successful description of molecular properties (geometries and energies) by carefully
selecting the method and basis sets. In general, expansion of the one-electron basis set to the limit
of completeness does not improve results at the DFT level, but just the opposite. The enthalpies of
formation calculated at the CCSD(T)/aug-cc-pV6Z for the species considered are generally in
agreement with experimental determinations and the most accurate theoretical values. Different
sources of error in the calculations are discussed in detail.
Theoretical study of the microhydration of 1?chloro and 2?chloro ethanol as a clue for their relative
propensity toward dehalogenation (Completo, 2019)
George Petsis , Zoi Salta , Agnie M. Kosmas , VENTURA, O.N.
International Journal of Quantum Chemistry, 2019
ISSN: 00207608
DOI: https://doi.org/10.1002/qua.25931
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/qua.25931
This work reports a computational analysis of hydrogen?bonded clusters of mono?, di?, tri?, and
tetrahydrates of the chlorohydrins CH3CHClOH (1ClEtOH) and CH2ClCH2OH (2ClEtOH). The
goal of the study is to assess the role of the water solvent into the facilitation of the initial step for
dehalogenation of these compounds, a process of interest in several contexts. Molecular orbital
methods (MP2), density functional methods (B3LYP, M06, and ?B97X?D), and composite model
chemistries (CBS?QB3, G4) were employed to investigate the structure, electronic distribution, and
hydrogen?bonded structure of seven monohydrates, six dihydrates, five trihydrates, and five
tetrahydrates of both species. Standard reaction enthalpy and standard Gibbs free reaction energy
(urn:x-wiley:00207608:media:qua25931:qua25931-math-0001) were computed for all
aggregates with respect to n independent water molecules and with respect to the dimer, trimer,
and tetramer of water, respectively, in order to evaluate stability and hydrogen bonding network.
The influence of the water chains on the length and vibrational frequencies, especially of the C?Cl
and O?H bonds, was evaluated. Hydrogen bonding in the complexes is discussed at length.
Computational characterization of the herbicide metolachlor and its mono-hydroxylated

photodegradation products (Completo, 2019)
Zoi Salta , Agnie M. Kosmas , VENTURA, O.N.
Theoretical Chemistry accounts (Print), v.: 137 p.:151 2019
Palabras clave: herbicides metolachlor photodegradation conformational analysys hydroxylation
density functional theory
ISSN: 1432881X
DOI: https://doi.org/10.1007/s00214-018-2353-6
https://link.springer.com/article/10.1007/s00214-018-2353-6
Electronic structure calculations have been performed for the characterization of the different
conformers of the herbicide metolachlor (MC), (2-chloro-N-(2-methyl-6-ethylphenyl)-N-(2-
methoxy-1-methylethyl) acetamide), the radical structures obtained through the photo chemical
breaking of the C?Cl bond and the most important, experimentally identified mono-hydroxylated
photo-fragmentation products. Only the S-metolachlor enantiomer that shows herbicide activity
was studied. The goal of the study has been twofold. The first target has been the conformational
analysis of the neutral molecule and the corresponding radical. Ten different conformers were
identified for the S-metolachlor enantiomer, all of them exhibiting a near perpendicular disposition
of the amidyl and the phenyl planes. They were classified into two families of minima depending on
the orientation of the carbonyl group (either cis or trans with respect to the phenyl ring). All the
minima in the S-cis family were found to lie higher than those in the S-trans family. The free energy
of isomerization between the lowest minima of each family was found to be ?G0298 ?=?6.2 kcal/mol,
while the isomerization barrier around the amide C?N bond causing atropisomerism was calculated
to be 34.9 kcal/mol (in good agreement with the experimental energy of activation, 36.9?±?3
kcal/mol) [45]. The second part of the work is devoted to the computational characterization of the
most important isomeric forms of the metolachlor radical and the major photodegradation mono-
hydroxylated metabolites formed through the coupling of the metolachlor radical with OH.
Reaction enthalpies and free energies for the various hydroxylation pathways have been calculated.
Based on their order, the relative significance of the various hydroxylation channels is justified and
the preference in the phenyl ring hydroxylation is established. The lowest exothermicity value
determined, ??5.8 kcal/mol at the M06/6-31?+?G(d,p) level, corresponds to phenyl group
hydroxylation at the p-position with regard to C?N bond, in excellent agreement with the
experimental findings.
Theoretical study of the reactions of the hydroselenyl radical (HSe?) with the selenenic radical (HSeO?)
(Completo, 2018)
VENTURA, O.N. , VEGA-TEIJIDO, M. A. , KIENINGER, M.
Journal of Molecular Modeling, v.: 24 p.:3 2018
Palabras clave: selenium radicals sulfur radicas Ahlrichs M06
ISSN: 09485023
https://link.springer.com/journal/894
The formation of selenium species in some biological processes involves the generation of ionic and
radical intermediates such as RSe?, RSe?, RSeO?, and RSeO?, among others. We performed a
theoretical study of the possible mechanisms for the reaction of the two simplest Se radicals?the
hydroselenyl (HSe?) and selenenic (HSeO?) radicals, in which the possible products, intermediates,
and transition-state structures were investigated. Density functional theory (DFT) was applied at
the B3LYP/6?311++G(3df,3pd) level and the Ahlrichs Coulomb fitting basis sets were employed
with an effective core potential (ECP) for both Se atoms. The same procedure was used to calculate
the electronic density. All calculations were also performed using the M06-2X functional, which
describes weaker bonds better than B3LYP does. In the reaction of interest, the so-called CR
complex (HSe····SeOH) is formed initially. After passing through the transition state TS1, cis-
HSeSeOH is obtained as a product. If a low barrier is then overcome (passing through the transition
state TS32), the trans-HSeSeOH species is obtained. The CR complex can also rearrange into the
intermediate INT after overcoming the barrier presented by the transition state TS2. Additionally,
the decomposition of INT to H2O and 1Se2 is possible through another transition state. This
reaction is not included in this study. We also observed a second possible route for the conversion
of INT to one of the HSeSeOH species; this route occurs through two pathways (with transition
states TS31 and TS32). A comparison of some of the results with those obtained for sulfur analogs
along the same pathways is also presented in this work.
Structural insights into human microsomal epoxide hydrolase by combined homology modeling,
molecular dynamics simulations, and molecular docking calculations (Completo, 2017)
VENTURA, O.N. , SAENZ-MÉNDEZ, P. , KATZ, A. , PÉREZ-KEMPERER, M. L. , VAZQUEZ, M.
Proteins: Structure, Function and Genetics (E), v.: 85 4 , p.:720 - 730, 2017
Palabras clave: human microsomal epoxide hydrolase epoxide hydrolase computational chemistry
molecular docking nomology modeling molecular dynamics
ISSN: 10970134
DOI: https://doi.org/10.1002/prot.25251
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/10970134
A new homology model of human microsomal epoxide hydrolase was derived based on multiple
templates. The model obtained was fully evaluated, including MD simulations and ensemble?based
docking, showing that the quality of the structure is better than that of only previously known
model. Particularly, a catalytic triad was clearly identified, in agreement with the experimental
information available. Analysis of intermediates in the enzymatic mechanism led to the
identification of key residues for substrate binding, stereoselectivity, and intermediate stabilization
during the reaction. In particular, we have confirmed the role of the oxyanion hole and the
conserved motif (HGXP) in epoxide hydrolases, in excellent agreement with known experimental
and computational data on similar systems. The model obtained is the first one that fully agrees with
all the experimental observations on the system.
Using density functional theory to increase the accuracy of experimental crystal structures: The case of
potassium peroxocarbonate (Completo, 2017)
FACCIO, R. , SAENZ-MÉNDEZ, P. , KIENINGER, M. , VENTURA
Journal of Molecular Structure, v.: 1146 p.:1 - 4, 2017
Palabras clave: Potassium peroxocarbonate Density functional theory Crystal structure
optimization
ISSN: 00222860
DOI: 10.1016/j.molstruc.2017.05.115
https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-
85019665660&partnerID=40&md5=ef2c6f2b0bc463490d8
A first principles simulation of the crystal structure of potassium peroxocarbonate is presented,
using density functional methods (both local and semilocal) for the calculations. An experimental
crystal structure with a seemingly inconsistent disposition of the peroxide bonds was used as initial
input. Both geometry optimizations of the molecular structure and optimization of the cell size
were performed. While cell parameters and heavier atom positions determined at the GGA level are
very close to the experimental ones, there are important discrepancies in the positioning of the
hydrogen atoms. As a result of these calculations, it was shown that the assignment of the peroxydic
hydrogens and the peroxydic bond in the experimental structure was incorrect. A more accurate
structure is presented and geometrical as well as cell parameters described. It is also shown that
LDA is not accurate enough to describe this type of ionic crystals, because of overbinding of the
ions, leading to incorrect cell parameters and volume. Our methodology was validated using DFT
methods with several basis sets.
Atmospheric reactivity of HC [triple bond, length as m-dash] CCH 2 OH (2-propyn-1-ol) toward OH

radicals: experimental determination and theoretical comparison with its alkyne analogue (Completo,
2015)
GIBILISCO, RG , KIENINGER, MARTINA , VENTURA, O.N. , TERUEL, MA
RSC Advances, v.: 5 129 , p.:106668 - 106679, 2015
Palabras clave: Atmospheric chemistry Chemical kinetics Theoretical chemistry
Lugar de publicación: London
ISSN: 20462069
DOI: 10.1039/C5RA19432F
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/ra/c5ra19432f#!divAbstract
The rate coefficient for the reaction of propargyl alcohol (2-propyn-1-ol, 2P1OL) with OH radicals
has been determined using gas chromatography with a flame ionization detector (GC/FID) at 298 K
and atmospheric pressure. The experimental value obtained by the relative method using methyl
methacrylate and butyl acrylate as references was (2.05 ± 0.30) × 10−11 cm3 per molecule per s.
The present value was compared with previous determinations and a theoretical study of the
reaction was performed in order to explain the differences in reactivity of the alcohol with that of
the corresponding alkyne (propyne, P). A full discussion of the addition and abstraction mechanisms
was developed for 2P1OL at the density functional and ab initio composite model levels. It was
found that addition is much faster than abstraction for propyne but occurs at approximately the
same rate for 2P1OL. In this last case, however, abstraction of hydrogen from the C1 carbon leads
to a complex which can react further to yield addition products. Thermodynamic and kinetic data
calculated for these reactions suggest that the products would be the 1,2- and 1,3-propanediol
radicals. These products would react further with O2, in the case where it is present in the reaction
mixture.
Improved homology model of cyclohexanone monooxygenase from Acinetobacter calcoaceticus based

on multiple templates (Completo, 2014)
E. BERMUDEZ , VENTURA, O.N. , ERIKSSON, LA , SAENZ.MÉNDEZ, P
Computational Biology and Chemistry, v.: 49 p.:14 - 22, 2014
Palabras clave: enzimología computacional
ISSN: 14769271
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927114000140
A new homology model of cyclohexanone monooxygenase (CHMO) from Acinetobacter
calcoaceticus is derived based on multiple templates, and in particular the crystal structure of
CHMO from Rhodococcus sp. The derived model was fully evaluated, showing that the quality of
the new structure was improved over previous models. Critically, the nicotinamide cofactor is
included in the model for the first time. Analysis of several molecular dynamics snapshots of
intermediates in the enzymatic mechanism led to a description of key residues for cofactor binding
and intermediate stabilization during the reaction, in particular Arg327 and the well known
conserved motif (FxGxxxHxxxW) in BaeyerVilliger monooxygenases, in excellent agreement with
known experimental and computational data.
Theoretical insight into the mechanism for the inhibition of the cysteine protease cathepsin B by 1, 2, 4-
thiadiazole derivatives (Completo, 2014)
VEGA-TEIJIDO, MA , MALUF, SEC , BONTURI, CR , VENTURA, O.N. , AMABRANO, JR
Journal of Molecular Modeling, v.: 20 6 , p.:1 - 14, 2014
Palabras clave: Proteínas DFT mecanismo de reacción
ISSN: 09485023
http://link.springer.com/article/10.1007/s00894-014-2254-0
Several cellular disorders have been related to the overexpression of the cysteine protease
cathepsin B (CatB), such as rheumatic arthritis, muscular dystrophy, osteoporosis, Alzheimers
disease, and tumor metastasis. Therefore, inhibiting CatB may be a way to control unregulated
cellular functions and prevent tissue malformations. The inhibitory action of 1,2,4-thiadiazole
(TDZ) derivatives has been associated in the literature with their ability to form disulfide bridges
with the catalytic cysteine of CatB. In this work, we present molecular modeling and docking
studies of a series of eight 1,2,4-thiadiazole compounds. Substitutions at two positions (3 and 5) on
the 1,2,4-thiadiazole ring were analyzed, and the docking scores were correlated to experimental
data. A correlation was found with the sequence of scores of four related compounds with different
substituents at position 5. No correlation was observed for changes at position 3. In addition,
quantum chemistry calculations were performed on smaller molecular models to study the
mechanism of inhibition of TDZ at the active site of CatB. All possible protonation states of the
ligand and the active site residues were assessed. The tautomeric form in which the proton is
located on N2 was identified as the species that has the structural and energetic characteristics
that would allow the ring opening of 1,2,4-thiadiazole.
Density functional and chemical model study of the competition between methyl and hydrogen
scission of propane and β-scission of the propyl radical (Completo, 2013)
SEGOVIA; ME , IRVING, K , VENTURA, O.N.
Theoretical Chemistry Accounts (E), v.: 132 1 , p.:1 - 18, 2013
Palabras clave: kinetics
ISSN: 14322234
In this work, we study the competence between the reactions of hydrogen and methyl scission
during thermal cracking and combustion of propane, the emergence of the two isomers of the
propyl radical, n-propyl and i-propyl, and their subsequent β-scission reaction to ethene and methyl
radical. The purpose of the study was to analyze the accuracy of density functional (DFT) methods
as applied on this relatively well-known subset of the reactions implied in the production of
propylene oxide from propane and propene. ...
EXPERIMENTAL AND THEORETICAL STUDY OF THE MOVEMENT OF THE WPD FLEXIBLE LOOP OF
HUMAN PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE PTP1B IN COMPLEX WITH HALIDE IONS (Completo,
2012) Trabajo relevante
KATZ, A , SAENZ.MÉNDEZ, P , COUSIDO-SIAH, A. , PODJARNY, AD , VENTURA, O.N.

Biophysical Reviews and Letters, v.: 3 3 , p.:197 - 217, 2012
Palabras clave: enzimología computacional
ISSN: 17930480
Protein tyrosine phosphorylation is a post-translational modification mechanism, crucial for the
regulation of nearly all aspects of cell life. This dynamic, reversible process is regulated by the
balanced opposing activity of protein tyrosine kinases and protein tyrosine phosphatases. In
particular, the protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) is implicated in the regulation of the
insulin-receptor activity, leptin-stimulated signal transduction pathways and other clinically
relevant metabolic routes, and it has been found overexpressed or ...
Calculations of the infrared and Raman spectra of simple thiols and thiolwater complexes (Completo,
2011)
KIENINGER, MARTINA , VENTURA, O.N.
International Journal of Quantum Chemistry, v.: 111 7-8 , p.:1843 - 1857, 2011
Palabras clave: Raman Spectroscopy
computacional
ISSN: 00207608
DOI: 10.1002/qua.22890
http://onlinelibrary.wiley.com.proxy.timbo.org.uy:443/doi/10.1002/qua.22890/abstract;jsessionid=4B10
The frequencies and intensities of infrared and Raman spectra of H2S, CH3SH, CH3CH2SH, and
CH2[DOUBLE BOND]CHCH2SH, isolated and complexed with one water molecule acting as a
proton acceptor were calculated at the ab initio and density functional level. Hartree-Fock, MP2
and CCSD(T) methods were used both for the geometry optimization and spectra calculations at
the molecular orbital level. The B3LYP, PBE0, and M06 exchange-correlation potentials were
employed to calculate the same properties at the DFT level. Both Pople basis sets, 6-31+G(d) and 6-
311++G(3df,2pd), and Dunning basis sets, aug-cc-pVTZ and aug-cc-pVQZ, were used. SH and CS
frequency shifts upon water complexation were studied, and a discussion is performed on the
expected relation between the CH and CS Raman activities, in view of their usefulness for studies
in protein chemistry. Scaling factors for the vibrational frequencies were obtained for all the
combination of methods and basis sets, and shown to be completely similar to the ones present in
the literature when available. Scaling factors for the M06 method are presented for the first time
with these basis sets. © 2010 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem, 2010
Computational study on the partial dechlorination of the pesticide chloropicrin by sulfur species
(Completo, 2011)
VENTURA, O.N. , SAENZ-MENDEZ, P , BOTTINELLI, F.
Theoretical Chemistry accounts (Print), v.: 130 3 , 2011
Palabras clave: Chloropicrin
computacional
ISSN: 1432881X
DOI: 10.1007/s00214-011-1057-y
http://www.springerlink.com/content/77127807p7463027/
Density functional and MP2 calculations with extended basis sets were performed on the species
participating in both the previously suggested and a newly proposed mechanisms of partial
dechlorination of chloropicrin by simple sulfur species, both in gas phase and in a simulated water
environment. Thermochemistry of both mechanisms in the gas phase was also studied using the
chemical models G3 and G4. It is shown that the previously proposed reductive dehalogenation is
not thermodynamically feasible at room temperature, as it should be according to the experimental
evidence. Although inclusion of the solvent improves the results with respect to gas phase, the
thermodynamics of the proposed mechanism by Zheng et al. is still unfavorable for obtaining the
experimental products. An alternative mechanism is then proposed, involving the formation of
HSCl, which is the intermediate that then undergoes redox reactions. Such a mechanism is
exothermic and spontaneous, according to the computational results, and produces elementary
sulfur in agreement with the experimental facts.
On the structure, infrared and Raman spectra of the 2:1 cysteine-Zn complex (Completo, 2010)
Theoretical Chemistry accounts (Print), v.: 125 3-6 , p.:279 - 291, 2010
computacional
ISSN: 1432881X
Mechanism of Organocatalyzed Decarboxylative Knoevenagel-Doebner Reaction. A Theoretical Study

(Completo, 2010)
E. BERMUDEZ , VENTURA, O.N. , SAENZ-MENDEZ, P
The Journal of Physical Chemistry, v.: 114 50 , p.:13086 - 13092, 2010
Palabras clave: Knoevenagel−Doebner Reaction
computacional
Lugar de publicación: USA
ISSN: 15205207
DOI: 10.1021/jp109703f
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp109703f
We have investigated important intermediates and key transition states of the organocatalyzed
Knoevenagel condensation using density functional theory and two different basis sets (6-31 G(d,p)
and 6-311++G(2df,2pd)), both in gas phase and simulating the bulk solvent (pyridine) using the
PCM method. Calculated structures for reactants, intermediates, and key transition states suggest
that the secondary amine catalyst is essential, both for activating the aldehyde for nucleophilic
attack, and in the possible decarboxylation pathways. The calculated results are shown to agree
with available experimental information. On the basis of the results obtained, the studied
mechanism may be important in the understanding of vinylphenol production during malting and
brewing of wheat and barley grains.
Electronic and structural distortions in graphene induced by carbon vacancies and boron doping
(Completo, 2010) Trabajo relevante
FACCIO, R. , WERNER, L. F. , PARDO, H. , GOYENOLA, C. , VENTURA, O.N. , MOMBRU, A. W.

The Journal of Physical Chemistry, v.: A 114 44 , p.:18961 - 18971, 2010
Palabras clave: Boron Doping Graphene
computacional
ISSN: 15205207
DOI: 10.1021/jp106764h
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp106764h
We present an ab initioDFT/GGAstudy on the structural and electronic distortions of modified
graphene by the creation of vacancies, the inclusion of boron atoms, and the coexistence of both, by
means of total energy and band structure calculations. In the case of coexistence of boron atoms
and vacancy, the modified graphene presents spin polarization only when B atoms locate far from
vacancy. Thus, when a boron atom fills single and divacancies, it suppresses the spin polarization of
the charge density. In particular, when B atoms fill a divacancy, a new type of rearrangement occurs,
where a stable BC4 unit is formed inducing important out-of-plane distortions to graphene. All
these findings suggest that new chemical modifications to graphene and new types of vacancies can
be used to modify its electronic properties.
Regioselective epoxide ring-opening using boron trifluoride diethyl etherate: DFT study of an
alternative mechanism to explain the formation of syn-fluorohydrins (Completo, 2009)
SAENZ-MENDEZ, P , CACHAU, R.E. , SEOANE, G , VENTURA, O.N.
Journal of Molecular Structure Theochem, v.: 904 1-3 , p.:21 - 27, 2009
computacional
ISSN: 01661280
On the experimental structure of monoperoxocarbonic acid and the enthalpy of formation of carbonic
acid, peroxyformic acid and monoperoxocarbonic acid in gas phase (Completo, 2009)
KIENINGER, MARTINA , SAENZ-MENDEZ, P , VENTURA, O.N.
Chemical Physics Letters, v.: 480 1-3 , p.:52 - 56, 2009
computacional
ISSN: 00092614
Theoretical study of the structure of neutral, radical and anionic monoperoxo carbonic acid (Completo,
2009)
SAENZ-MENDEZ, P , ERIKSSON, L. F. , VENTURA, O.N.
computacional
ISSN: 01661280
Interaction of simple ions with water: Theoretical models for the study of ion hydration (Completo,
2009)
GANCHEFF, J. , KREMER, C. , VENTURA, O.N.
Journal of Chemical Education, v.: 86 12 , p.:1403 - 1407, 2009
computacional
ISSN: 00219584
Quantum model of catalysis based on a mobile proton revealed by subatomic x-ray and neutron
diffraction studies of h-aldose reductase. (Completo, 2008)
BLAKELEY, M. P. , RUIZ, F. , CACHAU, R.E. , HAZEMANN, I. , MEILLEUR, F. , MITSCHLER, A. ,
GINELL, S. , AFONINE, P. , VENTURA, O.N. , COUSIDO-SIAH, A. , HAERTLEIN, M. , JOACHIMIAK,
A. , MYLES, D. , PODJARNY, A. D.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v.: 105 p.:1844 -
1848, 2008
Palabras clave: proteins molecular dynamics
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física Atómica, Molecular y Química / Fï¿½sica
Molecular
ISSN: 00278424
Conformational analysis of trans-[ReO2(pn)2]+ in aqueous solution by NMR and DFT calculations

(Completo, 2008)
GANCHEFF, J. , KREMER, C. , SEOANE, G , VENTURA, O.N. , DOMINGUEZ, S.
Journal of Molecular Structure, v.: 892 1-3 , p.:21 - 27, 2008
computacional
ISSN: 00222860
http://dx.doi.org/10.1016/j.molstruc.2008.05.008
Fast pattern recognition of protein three dimensional features using a bit-pattern approach as a
prescreen (Resumen, 2007)
YEN P. , VENTURA, O.N. , BURT, S. , CACHAU, R.E.
Biophysical Journal, v.: 2007 Supl. S , p.:567 - 567, 2007
ISSN: 00063495
Structural characterization of peptides from phage-display libraries (Resumen, 2007)

CACHAU, R.E. , KRUMPE, L. R. H. , MORI, T. , VENTURA, O.N. , BURT, S.
ISSN: 00063495
Aldose reductase studied by comparative analysis of neutron scattering, X-ray ultra-high resolution
and QM electron density maps and molecular dynamics (Resumen, 2007)
CACHAU, R.E. , PODJARNY, A. D. , RUIZ, F. , VENTURA, O.N.
ISSN: 00063495
Comparison of large basis set DFT and MP2 calculations in the study of the barrier for internal rotation
of 2,3,5,6-tetrafluoroanisole (Completo, 2007)
KIENINGER, MARTINA , CACHAU, R.E. , OBERHAMMER, H. , VENTURA, O.N.
International Journal of Quantum Chemistry, v.: 107 p.:403 - 417, 2007
ISSN: 00207608
Adsorption of 2-thiobarbituric acid on gold nanoparticles. Identification of tautomeric forms

(Completo, 2007)
MENDEZ, E. , CERDA, M. F. , GANCHEFF, J. , TORRES, J. , KREMER, C. , CASTIGLIONI, J. ,
Journal of Physical Chemistry C, v.: 111 p.:3369 - 3383, 2007
ISSN: 19327447
In-silico nanobio-design. A new frontier in computational biology (Completo, 2007)

CACHAU, R.E. , GONZALEZ-NILO, D. , VENTURA, O.N. , FRITTS, M. J.
Current Topics in Medicinal Chemistry, v.: 7 p.:1537 - 1540, 2007
ISSN: 15680266
Use of bibliometric information to assist research policy making. A comparison of publication and
citation profiles of Full and Associate Professors at a School of Chemistry in Uruguay (Completo, 2006)
VENTURA, O.N. , MOMBRÚ, A.W.
Scientometrics, v.: 69 p.:287 - 313, 2006
Lugar de publicación: Netherlands
ISSN: 01389130
http://www.springerlink.com/content/e6288423j7n8ut63/?
p=8d99a96677474093a3ef4573571f713b&pi=0
Publication and citation profiles of Full and Associate Professors at the School of Chemistry of the
Universidad de la República in Uruguay were investigated. The groups do not exhibit markedly
different age averages. However, the average time since they started publishing, as well as other
characteristics of their publication records, like productivity or citations, set them apart. From the
point of view of both the number of papers per author and per year of activity, on one side, and of
the number of citations per year of activity, on the other, the group of Full Professors has
statistically significant larger averages than the Associate Professors. The impact of self-citations,
multi-authorship and internationalization of the publications were analyzed within the two groups
and shown to have no excessive or predictable influence on those parameters, except in the case of
few (≤ 2) or many (>8) authors. It is suggested in this paper that these two indicators, number of
papers per author per production year and number of citations per production year, combined in a
plot allowing a bidimensional ranking of the individuals in the groups, may be used profitably as one
of the components in the development of a policy toward promotion of Associate Professors. The
analysis showed also that the quotient of citations received to number of papers published, even
when derived from actual citation data of the scientists without involving the impact factors of the
journals in which they publish, are not good parameters to use for that purpose, essentially because
there is a reduction in the information content of the indicator with respect to those described
before.
A new perspective in the Lewis acid catalyzed ring opening of epoxides. Theoretical study of some
complexes of methanol, acetic acid, dimethylether, diethylether and ethylene oxide with boron
trifluoride (Completo, 2006)
VENTURA, O.N. , SAENZ-MENDEZ, P , CACHAU, R.E. , SEOANE, G , KIENINGER, MARTINA
Journal of Physical Chemistry A, v.: 110 p.:11734 - 11751, 2006
ISSN: 10895639
ReO2+ chelates with aliphatic diamines. Structural and proton transfer properties (Completo, 2006)
GANCHEFF, J. , KREMER, C. , VENTURA, O.N. , DOMINGUEZ, S. , BAZZICALUPI, C. , BIANCHI, A. ,
SUESCUN, L. , MOMBRÚ, A.W.
New Journal of Chemistry, v.: 30 p.:1650 - 1654, 2006
ISSN: 11440546
Density functional computational thermochemistry. Accurate determination of the enthalpy of

formation of perfluoropropane from DFT and ab initio calculations on isodesmic reactions (Completo,
2005)
VENTURA, O.N. , SEGOVIA, M.E.
ISSN: 00092614
Molecular structure and internal rotation of 2,3,5,6-tetrafluoroanisole as studied by gas-phase

electron diffraction and quantum chemical calculations (Completo, 2005)
BELYAKOV, A.V. , VENTURA, O.N. , KIENINGER, MARTINA , CACHAU, R.E. , OBERHAMMER, H.
ISSN: 10895639
A comparative density functional study of the torsional potential of 4-fluoro

(trifluoromethoxy)benzene and related species (Completo, 2004)
KIENINGER, MARTINA , VENTURA, O.N. , DIERCKSEN, G.H.F.
ISSN: 00092614
Ab Initio and Density Functional Study of Thionitroso XNS and Thiazyl Isomers XSN, X = H, F, Cl, Br,
OH, SH, NH2, CH3, CF3, and SiF3 (Completo, 2004)
DENIS, P. , VENTURA, O.N. , MAI, H.T. , NGUYEN, M.T.
Medio de divulgación: Otros
ISSN: 10895639
CCSDT study of the fluoroperoxyl radical, FOO (Completo, 2004)

DENIS, P. , VENTURA, O.N.
ISSN: 00092614
CCSDT study of the fluoroperoxyl radical, FOO (Errata, vol 385, pg 292, 2004) (Completo, 2004)
DENIS, P. , VENTURA, O.N.
ISSN: 00092614
Dichloro(cyclohexilidene-1-methylene)(phenyl)Te(IV). Looking for the theoretical treatment

(Completo, 2004)
VEGA-TEIJIDO, M. , ZUCKERMAN-SCHPECTOR, J. , VENTURA, O.N. , CARILLO, R.L. ,
CARACELLI, I. , GUADAGNIN, R.C. , BRAGA, A.L. , SILVEIRA, C.C.
Zeitschrift für Kristallographie, v.: 219 10 , p.:652 - 658, 2004
ISSN: 00442968
A new addition to the structural bioinformatics toolbox: 3D models of short bioactive peptides from
multiple sequences using feedback restrained molecular dynamics (FRMD) (Completo, 2003)
CACHAU, R.E. , GONZÁLEZ-SAPIENZA, G. , BURT, S. , VENTURA, O.N.
Cellular and Molecular Biology, v.: 49 6 , p.:973 - 983, 2003
ISSN: 01455680
Complete basis set and density functional determination of the enthalpy of formation of the
controversial HO3 radical. A discrepancy between theory and experiment (erratum, vol 365, pg 440,
2002) (Completo, 2003)
DENIS, P.A. , KIENINGER, MARTINA , VENTURA, O.N. , CACHAU, R.E. , DIERCKSEN, G.H.F.
ISSN: 00092614
Density functional computational thermochemistry: Determination of the enthalpy of formation of

methanethial-S,S-dioxide (sulfene) (Completo, 2003)
VENTURA, O.N. , KIENINGER, MARTINA , DENIS, P.A.
ISSN: 10895639
Density functional study of the decomposition pathways of nitroethane and 2-nitropropane (Completo,
2003)
DENIS, P.A. , VENTURA, O.N. , LE, H.T. , NGUYEN, M.T.
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Complete basis set and density functional determination of the enthalpy of formation of the
controversial HO3 radical: a discrepancy between theory and experiment (Completo, 2002)
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Computational determination of the enthalpy of formation of alkylthial S-oxides and alkylthione S-

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Density functional computational thermochemistry: solving the discrepancy between MO and DFT
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Density functional study of technetium and rhenium compounds (Completo, 2002)

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Low-temperature magnetic properties of LuBaCuFeO5+delta and TmBaCuFeO5+delta (Completo,

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MOMBRÚ, A.W. , GOETA, A.W. , PARDO, H. , LISBOA, P.N. , SUESCUN, L. , MARIEZCURRENA, R.A.
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Density functional computational thermochemistry: Isomerization of sulfine and its enthalpy of

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Density functional investigation of atmospheric sulfur chemistry II. The heat of formation of the XSO2
radicals X = H, CH3 (Completo, 2001)
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Hydroxamic chelates of boric acids, a density functional study (Completo, 2001)

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Transition states for H-radical reactions: LiFH as a stringent test case for density functional methods
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Ab initio MP2, MCSCF and MR-SDCI study on the structure of O4 and comparison with the
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Ab initio study of the structure of radical cations derived from H-bonded complexes: a comparison
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An AM1 semiempirical study of the mechanism of sintering for ZnO in the presence of water and
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Acidity of hydroxamic acids: an ab initio and semiempirical study (Completo, 1993) Trabajo relevante
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Isomerization of the formaldehyde radical cation and the failure of MP2 (Completo, 1993)
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lowest excited states of the water monomer and dimer (Completo, 1993)
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A semi-empirical study of the reaction of the hemimercaptal of methylglyoxal and glutathione at the
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Ab initio characterization of possible dissociation pathways for multiphoton ionization of the water
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Analysis of the gas-phase addition of water to formaldehyde. A semiempirical and ab initio study of
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Electroquímica / Química Matemática
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Challenges in Computational Chemical Physics. Quantum Modeling of Complex Molecular Systems (

Participación , 2015)
BOTTINELLI, F. , SAENZ.MÉNDEZ, P , VENTURA, O.N.
Número de volúmenes: 21
Edición: ,
Editorial: Springer, Heidelberg
Tipo de puplicación: Investigación
DOI: 10.1007/978-3-319-21626-3_14
Referado
En prensa
Escrito por invitación
Palabras clave: Proteínas, Enzimas, DFT
ISSN/ISBN: 9783319216256
Financiación/Cooperación:
Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR / Beca, Uruguay
www.springer.com
Dehalopeoxidase A (DHP A) is a detoxifying enzyme found in the marine worm Amphitrite ornata.
This enzyme converts halophenols found in the environment where the worm lives, into quinones
by dehalogenation. The enzyme has globin structure and function, but works also as a peroxidase in
the presence of H2O2 which binds to the iron present in the heme group. The initial step in the
enzymatic reaction path is the transformation of the heme Fe(III) ion into a ferryl (Fe = O) moiety. A
distal histidine, His55, is crucial for this process. His55 can occupy two positions, either in the distal
pocket of the active center (closed), or exposed to the solvent (open). NMR experiments show that
His55 moves between those positions in the resting state of the enzyme. For this process to occur it
is necessary that a gate, composed of a triad Asn37-Lys36-Lys51 and two carboxylates on the
heme group, suffer a conformational change before and after the passage of the histidine. We
examined computationally this process at the B3LYP/6-31G(d,p) level, within a PCM simulated
aqueous environment. This analysis leads us to propose a correction of the experimental structure
of the enzyme determined by X-ray crystallography and offers an explanation for different
conformations of the twin carboxylates at the heme group observed in the crystals. This new
proposal agrees with the experimentally determined electron density distributions and explains the
role of the His55 as a functional hook for the peroxide in the aqueous media.
Capítulos:
Computational Study of the Initial Step in the Mechanism of Dehaloperoxidase A: Determination of
the Protonation Scheme at the Active Site and the Movement of the His55 Residue
Organizadores: Jean Louis Rivail et al
Página inicial 1, Página final 20
New Developments in Quantum Chemistry ( Participación , 2009) Trabajo relevante
VENTURA, O.N. , SEGOVIA, M.E. , BADENES, M. P. , KIENINGER, MARTINA , BOTTINELLI, F. ,

IRVING, K.
Edición: ,
Editorial: Research Signpost, Kerala
En prensa
computacional
ISSN/ISBN:
Capítulos:
Computational Chemistry Tools for the Study of Environmental Chemistry Problems
Organizadores: A. J. Hernández, J. L Paz
Structure, Interactions and Reactivity ( Participación , 1992)

VENTURA, O.N.
Número de volúmenes: 2
Edición: ,
Editorial: , Amsterdam
computacional
ISSN/ISBN:
Capítulos:
Chemical reactivity
Organizadores: Serafín Fraga
Nuevas Tendencias en Química Teórica ( Participación , 1991)

VENTURA, O.N.
Edición: ,
Editorial: , Madrid
computacional
ISSN/ISBN:
Capítulos:
Procesos fisicoquímicos elementales y reacciones químicas
Organizadores: Serafín Fraga
Temas de Farmacología y Terapéutica Veterinaria ( Participación , 1983)

VENTURA, O.N.
Edición: ,
Editorial: , Montevideo
computacional
ISSN/ISBN:
Capítulos:
Modelos de Farmacología Teórica
Organizadores: Juan Hollenweger
PUBLICACIÓN DE TRABAJOS PRESENTADOS EN EVENTOS
Computational Approach to the Understanding of Lignin Residues Bleaching by Chlorine Dioxide

(2013)
Completo
IRVING, K , VENTURA, O.N.
Evento: Internacional
Descripción: 6th International Colloquium on Eucalyptus Pulp (6th ICEP)
Ciudad: Colonia del Sacramento
Año del evento: 2013
Anales/Proceedings:Proceedings of the 6th International Colloquium on Eucalyptus Pulp (6th
ICEP)
Publicación arbitrada
Palabras clave: Madera, DFT, Pulpado
Medio de divulgación: CD-Rom
https://drive.google.com/file/d/0B80kL1FdHLbJUldsRkh5bnd3cm8/edit
A theoretical chemistry study of the species involved in the oxidation of phenol and substituted
phenol to quinones by chlorine dioxide has been performed at different computational levels.
Model chemistry calculations employing complete basis sets methods and density functional
calculations using one of the most recently derived exchange-correlation functionals and a medium
size basis sets were employed for the purpose. Initial complexes, transition states, intermediates
and final products in gas phase (or non-dissociating solvents) as well as in bulk water simulated
using a polarizable continuum, were investigated. The results show that the reaction with one
chlorine dioxide molecule affords a tight molecular complex, where the chlorite ion stays linked to
the phenoxyl radical and water. Reaction with a second chlorine dioxide molecule produces several
possible intermediates. From them, o- and p-quinone formation are equally probable for phenol,
but para substitution is more likely when a methoxy group is present on an orto carbon in phenol. In
this case it is also observed the possible formation of formaldehyde and a ring-opening transition
state that may lead to an intermediate which can proceed to muconic acid derivatives after reaction
with hydroxide present in the basic media.
Estudios de docking y reactividad de derivados de 2-tiopiridina (2-tp) en catepsina B (CatB) (2013)

Resumen
VEGA-TEIJIDO, M. , BONTURI, C. , EL CHAMY MALUF, S. , SAMBRANO, J. R. , VENTURA, O.N.
Evento: Nacional
Descripción: 3er Encuentro Nacional de Ciencias Químicas-ENAQUI 3.0
Ciudad: Montevideo
Año del evento: 2013
Anales/Proceedings:3er Encuentro Nacional de Ciencias Químicas-ENAQUI 3.0
Publicación arbitrada
Editorial: Organizadores del 3er Encuentro Nacional de Ciencias Químicas-ENAQUI 3.0
La catepsina B (CatB) es una cisteína proteasa humana de la superfamilia de la papaína que actúa en
proteólisis y activación de otras proteasas. Su sobreactividad ha sido asociada a diversas
patologías[1] como enfermedad de Alzheimer, esclerosis múltiple y cáncer. Los derivados de 2-
tiopiridina inhiben covalentemente las cisteína proteasas[2]. En este trabajo presentamos un
estudio mediante docking[3] de una serie de 6 compuestos (A-F) y cálculos DFT usando B3LYP/6-
31+G** para estudiar la reactividad y selectividad por CatB. Los resultados de docking de la serie
muestran un escore de unión aumentando en correlación con el tamaño del ligando (con valores
entre 37,78 y 77,68 kcal/mol). Para los 3 ligandos mayores (D, E y F) se observa un mejor ajuste al
sitio activo y una menor distancia (3,02 - 3,96Å) entre el S de la Cys29 y el S del ligando que
reaccionará covalentemente. Los cálculos cuánticos de optimización de sistemas menores
(modelados del sistema completo) evidenciaron la necesidad de que un N del ligando inicialmente se
protone a expensas de la His199 para poder ser blanco del ataque nucleofílico del tiolato de la
Cys29. En todos los casos se protona el N de R3 (en A un anillo 2- piridil). Estos resultados son una
base para la compresión de las características químicas y estructurales que pueden guiar el
modelado y optimización de ligandos derivados de 2-tiopiridina como inhibidores de CatB y otras
proteasas. [1] Lecaille, F. et al. Chem. Rev. 2002 102 12:4459-4488. [2] Otto, H. H. & Schirmeister,
T. Chem. Rev. 1997 97: 133-171. [3] Programa GOLD:
http://www.ccdc.cam.ac.uk/Solutions/GoldSuite/Pages/GOLD.aspx
Producción técnica
TRABAJOS TÉCNICOS
(varios) (2008) Trabajo relevante
Informe o Pericia técnica

VENTURA, O.N.
Divulgación técnica sobre poblemas ambientales relacionados con industrias
País: Uruguay
Idioma: Español
Disponibilidad: Irrestricta

http://lascosasdenestor.blogspot.com
(varios) (2007) Trabajo relevante
Informe o Pericia técnica

VENTURA, O.N.
Divulgación técnica sobre poblemas ambientales relacionados con industrias
País: Uruguay
Idioma: Español
Disponibilidad: Irrestricta

http://ascosasdenestor.blogspot.com
Otras Producciones
ORGANIZACIÓN DE EVENTOS
Seminars of Molecular Physical Chemistry - III (2002)

VENTURA, O.N. , SQUIMO
Congreso
Sub Tipo: Organización
Lugar: Uruguay ,Montevideo
Idioma: Español
Medio divulgación: Otros
Institución Promotora/Financiadora: UDELAR
XXVIII Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (2002)

VENTURA, O.N.
Congreso
Idioma: Español
Duración: 1 semanas
Seminars of Molecular Physical Chemistry - II (2001)

Congreso
Idioma: Español
Seminars of Molecular Physical Chemistry - I. (2000)

Congreso
Idioma: Español
Spring Workshop in Quantum Chemistry (1993)

VENTURA, O.N. , SPRINGTUM
Congreso
Lugar: Uruguay ,Piriápolis
Idioma: Español
Institución Promotora/Financiadora: Comisión de la CE
II Escuela Latinoamericana de Química Teórica (1982)

VENTURA, O.N. , SOSA , RAMÓN, M.
Congreso
Idioma: Español
Evaluaciones
EVALUACIÓN DE PROYECTOS
COMITÉ EVALUACIÓN DE PROYECTOS
CTA Ciencias Exactas FCE ( 2018 / 2018 )

Sector Gobierno/Público / Agencia Nacional de Investigación e Innovación / Agencia Nacional de
Investigación e Innovación , Uruguay
Cantidad: De 5 a 20
EVALUACIÓN DE PUBLICACIONES
COMITÉ EDITORIAL
Journal of Molecular Modeling ( 2010 / 2010 )
Cantidad: Menos de 5
Evaluador en la actualidad
European Journal of Medicinal Chemistry ( 2009 / 2010 )
Journal of the Brazilian Chemical Society ( 2009 / 2010 )
Theoretical Chemistry Accounts ( 2009 / 2010 )
International Journal of Quantum Chemistry ( 2006 / 2010 )
Journal of Medicinal Chemistry ( 2005 / 2007 )
Chemical Physics Letters ( 2002 / 2010 )
Journal of Physical Chemistry A ( 2000 / 2010 )
Journal of Molecular Structure Theochem ( 2000 / 2010 )
Cantidad: De 5 a 20
JURADO DE TESIS
Doctorado Facultad de Química ( 2011 / 2015 )

Jurado de mesa de evaluación de tesis
Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR ,
Uruguay
Nivel de formación: Doctorado
Formación de RRHH
TUTORÍAS CONCLUIDAS
POSGRADO
Estudio del movimiento del lazo flexible WPD de la proteína tirosina fosfatasa humana PTP1B y los
factores que lo influyen (2011)
Tesis de doctorado
Uruguay
Programa: Doctorado en Química (UDELAR-PEDECIBA)
Nombre del orientado: Aline Katz
País/Idioma: Uruguay, Inglés
Palabras Clave: bioquímica computacional proteínas
computacional
Tesis en cotutoría con Alberto Podjarny de la Universidad de Estrasburgo. Tesis y defensa
realizadas íntegramente en inglés
Estudio del mecanismo de acción de dehaloperoxidasas (2008)

Tesis de doctorado
Uruguay
Tipo de orientación: Tutor único o principal
Nombre del orientado: Fiorentina Bottinelli
País/Idioma: Uruguay, Español
computacional
Aspectos fisicoquímicos y sintéticos de la oligomerización de ciclohexadiendioles quirales (2006)
Tesis de doctorado
Uruguay
Nombre del orientado: SAENZ, Patricia
Los oligoinositoles conocidos tienen solamente un puente que conecta los monómeros, a semejanza
de los oligosacáridos. La presencia de un único puente es deseable para las aplicaciones de estos
compuestos como análogos (miméticos) de sacáridos debido a su semejanza, pero es detrimental
para la rigidez de la molécula. Ya que las propiedades más interesantes parecen provenir de la
disposición tridimensional, que depende directamente de la rigidez, es deseable contar con
oligoinositoles más rígidos. Una de las modificaciones más directas para lograr este fin consiste en
aumentar el número de puentes entre los monómeros. Se propone entonces la preparación de
oligociclitoles (oligoinositoles y oligoconduritoles) con dos puentes de unión entre los monómeros,
para realizar el estudio teórico y experimental de sus propiedades moleculares. La estructura de
estos compuestos es totalmente nueva, no existiendo antecedentes de ciclitoles unidos entre sí por
más de un puente
Química en solución acuosa de dioxocomplejos Re (V) (2005)

Tesis de doctorado
Uruguay
Nombre del orientado: GANCHEFF, Jorge
Estudio teórico y experimental de la conducción eléctrica del sistema YBa2Cu3-xMxO7-delta (M=Fe,

Co, Ni, Mn) en función de la sustitución química (2004)
Tesis de maestria
Uruguay
Programa: Maestría en Química (UDELAR-PEDECIBA)
Nombre del orientado: RABUFFETTI, Federico
El Plan de Trabajo del Postulante se centrará en el estudio experimental y computacional de
compuestos en la serie YBa2Cu3-xMxO7-d (M = Fe, Co, Ni, Mn). Esta serie está basada en el
compuesto original YBa2Cu3O7-d (YBCO), que es un cerámico superconductor a temperaturas
inferiores a 92K. Este cerámico presenta líneas de Cu3+ y planos de Cu2+, siendo estos últimos los
responsables de la existencia de superconductividad. Este compuesto tiene comportamiento
metálico a temperatura ambiente, pero éste se ve afectado cuando el compuesto se dopa con
metales de transición que sustituyen al ion Cu2+ en los planos CuO2. El interés en este sistema se
ha visto reforzado recientemente por su capacidad de transferencia de iones oxo a través de los
defectos inherentes a la estructura cristalina, lo que potencialmente es valioso por su posible
empleo como membranas en celdas combustibles (SOFC, solid oxide fuel cells). Esta posible
aplicación, de gran proyección tecnológica, depende de la disminución de la conductividad eléctrica
del compuesto para impedir el cortocircuito del dispositivo. Esta disminución puede lograrse a
través del dopado. Por lo tanto, el estudio de este sistema es importante tanto desde el tradicional
enfoque de la superconductividad de alta temperatura crítica, como a partir de las aplicaciones más
novedosas a nivel tecnológico, como es el caso de las celdas combustibles. En este trabajo de
Maestría, se plantea una parte experimental que consistirá en la síntesis y determinación
estructural de compuestos de la serie YBa2Cu3-xMxO7-d (M = Fe, Co, Ni, Mn), los que, además,
serán caracterizados desde el punto de vista eléctrico a través de su resistencia. Desde el punto de
vista computacional, entretanto, se realizará un estudio de la estructura electrónica de los
componentes de la serie. Para ello se emplearán programas de cálculo que permitan el estudio de
bandas de los compuestos, empleando métodos de funcionales de la densidad para sistemas
periódicos
Estudio teórico computacional de reacciones químicas de interés atmosférico (2004)

Tesis de doctorado
Uruguay
Nombre del orientado: DENIS, Pablo
Estudio computacional de la química atmosférica de los radicales CF3O. Una contribución a la

comprensión de las transformaciones de las especies hidrofluorocarbonadas en la atmósfera (2004)
Tesis de doctorado
Uruguay
Nombre del orientado: SEGOVIA, Marc
Estudio teórico computacional de reacciones químicas de interés atmosférico (2000)

Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: DENIS, Pablo
Estudio teórico-experimental de dioxo cmplejos de Re(V) y Tc(V) (1999)

Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: GANCHEFF, Jorge
Estudio MRCI de los estados excitados bajos del dímero de agua (1995)
Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: VILA, Fernando
Estudio teórico computacional de la reacción catalizada por la enzima glioxalasa (1993)

Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: CUBAS, María Luisa
Estudio teórico-experimental del efecto del H2O sobre las reacciones de condensación aldólica del
acetaldehído (1991)
Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: COITIÑO, Elena Laura
Influencia de la estructura superficial del platino en la electrorreducción del oxígeno molecular (1991)
Tesis de maestria
Uruguay
Nombre del orientado: ZINOLA, Carlos Fernando
GRADO
Computational Approach to the Understanding of Lignin Residues Bleaching by Chlorine Dioxide

(2013)
Tesis/Monografía de grado
Uruguay
Programa: Licenciatura en Química
Nombre del orientado: Kenneth Irving
Palabras Clave: Madera, pulpado, DFT
A theoretical chemistry study of the species involved in the oxidation of phenol and substituted
phenol to quinones by chlorine dioxide has been performed at different computational levels.
Model chemistry calculations employing complete basis sets methods and density functional
calculations using one of the most recently derived exchange-correlation functionals and a medium
size basis sets were employed for the purpose. Initial complexes, transition states, intermediates
and final products in gas phase (or non-dissociating solvents) as well as in bulk water simulated
using a polarizable continuum, were investigated. The results show that the reaction with one
chlorine dioxide molecule affords a tight molecular complex, where the chlorite ion stays linked to
the phenoxyl radical and water. Reaction with a second chlorine dioxide molecule produces several
possible intermediates. From them, o- and p-quinone formation are equally probable for phenol,
but para substitution is more likely when a methoxy group is present on an orto carbon in phenol. In
this case it is also observed the possible formation of formaldehyde and a ring-opening transition
state that may lead to an intermediate which can proceed to muconic acid derivatives after reaction
with hydroxide present in the basic media.
TUTORÍAS EN MARCHA
GRADO
Estudio computacional de la molécula de insulina (2015)

Tesis/Monografía de grado
Uruguay
Programa: Licenciatura en Química
Nombre del orientado: Francisco Laviano
Palabras Clave: Química Teórica Insulina
OTRAS
Estudio Teórico Computacional de las reacciones de 2-fluoropropeno con Cl y OH (2015)

Orientación de posdoctorado
Sector Extranjero/Internacional/Otros / Institución Extranjera / Universidad Nacional de Córdoba ,
Uruguay
Tipo de orientación: Asesor/Orientador
Nombre del orientado: Cynthia Rivela
Palabras Clave: Química atmosférica Química Teórica
Formación de la estudiante en el uso del cluster para la realización de cálculos DFT sobre los
compuestos citados. Además, cálculos de estados de transición, caminos de reacción y constantes
de velocidad de reacción, empleando la teoría variacional del estado de transición. Se enmarca
dentro de la tesis de doctorado de la estudiante (realizándose en la Universidad e Córdoba) sobre
estudios teóricos y experimentales de las reacciones en la atmósfera de hidrocarburos insaturados
halogenados.
Otros datos relevantes

PREMIOS, HONORES Y TÍTULOS
Investigador Principal G5 (2014)

(Nacional)
Pedeciba
Reevaluado por árbitros internacionales y confirmado como Investigador Principal, G5, del
Pedeciba, 25/6/2014
Profesor Titular Efectivo (G5) de Facultad de Química (2013)

(Nacional)
Facultad de Química, UdelaR
Confirmado como Profesor Titular (G5) de Facultad de Química, Diciembre 2013
Sistema Nacional de Investigadores Nivel III (2012)

(Nacional)
ANII
Fui evaluado y seleccionado por segunda vez como Investigador Grado III del SNI en el año 2012.
Fondo Nacional de Investigadores 2002-2004 (2005)

MEC, CONICYT
Premio Roberto Caldeyro Barcia (1999)

PEDECIBA-PNUD, Uruguay
Fondo Nacional de Investigadores 1999-2001 (1999)

MEC, CONICYT Uruguay
Mejor artículo de revisión en Química Cuántica (1992)

Folia Chimica Theoretica Latina
Premio Mejor Investigador Joven en Química (1991)

MEC-CONICYT, Uruguay-TWAS, Italia
Premio Nacional de Proyectos de Investigación (1981)

MEC, CONICYT, Uruguay
PRESENTACIONES EN EVENTOS
3er Encuentro Nacional de Ciencias Químicas-ENAQUI 3.0 , Montevideo, Uruguay (2013)

Congreso
Estudios de docking y reactividad de derivados de 2-tiopiridina (2-tp) en catepsina B (CatB)
Uruguay
Tipo de participación: Poster
Carga horaria: 40
Nombre de la institución promotora: Pedeciba Química
Palabras Clave: docking Química computacional Tirosina proteasas
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular / Química
Teórica y Computacional
La catepsina B (CatB) es una cisteína proteasa humana de la superfamilia de la papaína que actúa en
proteólisis y activación de otras proteasas. Su sobreactividad ha sido asociada a diversas
patologías[1] como enfermedad de Alzheimer, esclerosis múltiple y cáncer. Los derivados de 2-
tiopiridina inhiben covalentemente las cisteína proteasas[2]. En este trabajo presentamos un
estudio mediante docking[3] de una serie de 6 compuestos (A-F) y cálculos DFT usando B3LYP/6-
31+G** para estudiar la reactividad y selectividad por CatB. Los resultados de docking de la serie
muestran un escore de unión aumentando en correlación con el tamaño del ligando (con valores
entre 37,78 y 77,68 kcal/mol). Para los 3 ligandos mayores (D, E y F) se observa un mejor ajuste al
sitio activo y una menor distancia (3,02 - 3,96Å) entre el S de la Cys29 y el S del ligando que
reaccionará covalentemente. Los cálculos cuánticos de optimización de sistemas menores
(modelados del sistema completo) evidenciaron la necesidad de que un N del ligando inicialmente se
protone a expensas de la His199 para poder ser blanco del ataque nucleofílico del tiolato de la
Cys29. En todos los casos se protona el N de R3 (en A un anillo 2- piridil). Estos resultados son una
base para la compresión de las características químicas y estructurales que pueden guiar el
modelado y optimización de ligandos derivados de 2-tiopiridina como inhibidores de CatB y otras
proteasas. [1] Lecaille, F. et al. Chem. Rev. 2002 102 12:4459-4488. [2] Otto, H. H. & Schirmeister,
T. Chem. Rev. 1997 97: 133-171. [3] Programa GOLD:
http://www.ccdc.cam.ac.uk/Solutions/GoldSuite/Pages/GOLD.aspx
XVIII Simposio Nacional de Química Orgánica (2011)

Congreso
Estudio computacional de la especificidad por sustrato de la proteína FTO asociada al riesgo de
obesidad
Argentina
Palabras Clave: bioquímica computacional proteínas docking
Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física Atómica, Molecular y Química / Bioquímica
computacional
- Patricia Saenz Méndez, Maitia Labora, Aline Katz, Oscar N. Ventura. Estudio computacional de la
especificidad por sustrato de la proteína FTO asociada al riesgo de obesidad XVIII Simposio
Nacional de Química Orgánica, 2011, Carlos Paz, República Argentina.
XVIII Simposio Nacional de Química Orgánica, (2011)

Congreso
Diseño computacional de reacciones multicomponente para la síntesis de productos naturales y
farmacéuticos
Argentina
Palabras Clave: reacciones multicomponente Química computacional
computacional
- Eduardo Bermúdez, Oscar N. Ventura, Patricia Saenz Méndez. Diseño computacional de
reacciones multicomponente para la síntesis de productos naturales y farmacéuticos XVIII Simposio
Nacional de Química Orgánica, 2011, Carlos Paz, República Argentina.
Segundo Encuentro Nacional de Ciencias Químicas ENAQUI 2011 (2011)

Congreso
Diseño computacional de reacciones multicomponente para la síntesis de motivos estructurales
recurrentes en productos naturales
Uruguay
Nombre de la institución promotora: Pedeciba
Palabras Clave: reacciones multicomponente Química computacional
computacional
- Eduardo Bermúdez, Oscar N. Ventura, Patricia Saenz Méndez. Diseño computacional de
reacciones multicomponente para la síntesis de motivos estructurales recurrentes en productos
naturales Segundo Encuentro Nacional de Ciencias Químicas ENAQUI 2011, 2011, Montevideo,
Uruguay.

Congreso
Estudio computacional de la oxidación de tiolatos con peróxido de hidrógeno como modelo del rol
de cisteínas en oxidorreductasas
Uruguay
Palabras Clave: bioquímica computacional
computacional
- Camila Lacroze, Patricia Saenz Méndez, Oscar N. Ventura. Estudio computacional de la oxidación
de tiolatos con peróxido de hidrógeno como modelo del rol de cisteínas en oxidorreductasas
Segundo Encuentro Nacional de Ciencias Químicas ENAQUI 2011, 2011, Montevideo, Uruguay.
Ninth Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists,
WATOC 2011 (2011)
Congreso
Insights into the structural basis of microtubule stabilizing antitumoral agents (MSAAs) activity.
Prediction of the binding modes of Taxol and Laulimalide
España
Nombre de la institución promotora: Universidad de Santiago de Compostela
Palabras Clave: bioquímica computacional Química computacional
computacional
- Patricia Saenz Méndez, Gaston Pais, Gustavo Seoane, Oscar N. Ventura. Insights into the
structural basis of microtubule stabilizing antitumoral agents (MSAAs) activity. Prediction of the
binding modes of Taxol and Laulimalide Ninth Triennial Congress of the World Association of
Theoretical and Computational Chemists, WATOC 2011, 2011, Santiago de Compostela, España.
WATOC 2011 (2011)
Congreso
Computational study on how protonation changes affect some structural factors of
Dehaloperoxidase A
España
Palabras Clave: bioquímica computacional proteínas
computacional
- Fiorentina Bottinelli, Patricia Saenz Méndez, Oscar N. Ventura. Computational study on how
protonation changes affect some structural factors of Dehaloperoxidase A Ninth Triennial
Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, WATOC 2011,
2011, Santiago de Compostela, España.
WATOC 2011 (2011)
Congreso
Determination of chloride, bromide and iodide ions parameters for use in molecular simulations of
TIP3P compatible solvated systems with CHARMM27 force field
España
Palabras Clave: Química computacional campos de fuerza
computacional
- Aline Katz, Patricia Saenz-Méndez, Alexandra Cousido-Siah, Andre Mitschler, Alberto Podjarny,
Oscar N. Ventura. Determination of chloride, bromide and iodide ions parameters for use in
molecular simulations of TIP3P compatible solvated systems with CHARMM27 force field Ninth
Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, WATOC
2011, 2011, Santiago de Compostela, España.
XVI Brazilian Symposium on Theoretical Chemistry (2011)

Congreso
Computational study of the lipscomb and lindskog reaction paths for hydrolytic Zn enzymes.
Brasil
Tipo de participación: Expositor oral
Nombre de la institución promotora: Sociedad Brasilera de Química Teórica
Palabras Clave: bioquímica computacional Química computacional enzimas biomiméticos
ambiental

Congreso
Estudio teórico del mecanismo de inhibición de cisteína proteasas por derivados de 1,2,4-tiadiazol
(1,2,4-TDZ)
Uruguay
computacional
Mauricio A. Vega-Teijido;1 Sarah El Chamy Maluf;2 Camila Bonturi;2 Júlio R. Sambrano2 y Oscar N.
Ventura1 "Estudio teórico del mecanismo de inhibición de cisteína proteasas por derivados de
1,2,4-tiadiazol (1,2,4-TDZ). Segundo Encuentro Nacional de Ciencias Químicas (ENAQUI 2011),
organizado por PEDECIBA-Química, 24 al 26 de octubre de 2011, Torre de las Comuniaciones-
ANTEL, Montevideo
9nas Jornadas Red Temática de Medio Ambiente (2011)

Simposio
Minería de gran escala: sí, pero...
Uruguay
Nombre de la institución promotora: RETEMA, UDELAR
Palabras Clave: minería ambiente
ambiental
International Symposium Thiol Metabolism and Redox Regulation of Cellular Functions (2011)
Simposio
Modeling and docking studies of 1,2,4-thiadiazole and 2-thiopyridine derivatives in the active site
of the cysteine protease cathepsin B
Uruguay
Nombre de la institución promotora: Udelar - Instituto Pasteur
computacional
VEGA-TEIJIDO, M., EL CHAMY MALUF, S., BONTURI, C., VENTURA, ON, SAMBRANO, JR
Modeling and docking studies of 1,2,4-thiadiazole and 2-thiopyridine derivatives in the active site
of the cysteine protease cathepsin B. In: International Symposium Thiol Metabolism and Redox
Regulation of Cellular Functions, 2011, Casa Pueblo, Punta Ballena, Maldonado, Uruguay.

Congreso
Análisis de los factores estructurales responsables de la actividad de agentes estabilizadores de
microtúbulos (MSAA). Predicción de los sitios de unión de Taxol y de Laulimalida
Uruguay
Palabras Clave: Química computacional
computacional
- Gastón Pais, Gustavo Seoane, Oscar N. Ventura, Patricia Saenz Méndez. Análisis de los factores
estructurales responsables de la actividad de agentes estabilizadores de microtúbulos (MSAA).
Predicción de los sitios de unión de Taxol y de Laulimalida Segundo Encuentro Nacional de Ciencias
Químicas ENAQUI 2011, 2011, Montevideo, Uruguay.
Computational Modelling and Simulations of Biological Systems (2010)

Seminario
Molecular Simulations in the South of the World
Brasil
Tipo de participación: Conferencista invitado
Nombre de la institución promotora: Instituto Pasteur Uruguay
computacional
Computational Modelling and Simulations of Biological Systems (2010)

Seminario
Hamiltonians
Uruguay
Tipo de participación: Conferencista invitado
Nombre de la institución promotora: Instituto Pasteur Uruguay
computacional
XVII-Simposio Nacional de Química Orgánic (2009)

Congreso
Estudio teórico de la biosíntesis de la lignina
Argentina
Palabras Clave: Química computacional lignina
computacional
- Patricia Saenz Méndez, Oscar N. Ventura. Estudio teórico de la biosíntesis de la lignina XVII-
Simposio Nacional de Química Orgánica, 2009, Mendoza, República Argentina.
QUITEL-2009-XXXV Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (2009)

Congreso
Estudio DFT de un mecanismo alternativo de apertura de epóxidos con eterato de trifluoruro de
boro para dar syn-fluorohidrinas
Colombia
Palabras Clave: Química computacional DFT Fisicoquímica orgánica
computacional
- Patricia Saenz Méndez, Gustavo Seoane, Oscar N. Ventura. Estudio DFT de un mecanismo
alternativo de apertura de epóxidos con eterato de trifluoruro de boro para dar syn-fluorohidrinas
QUITEL-2009-XXXV Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina, 2009, San Andrés,
Colombia.
QUITEL-2009-XXXV Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (2009)

Congreso
Estudio experimental y computacional de reacciones químicas del ácido peroxocarbónico con
subproductos de descomposición de la lignina en CO2 supercrítico
Colombia
computacional
- Patricia Saenz Méndez, Virginia Aldabalde, Oscar N. Ventura. Estudio experimental y
computacional de reacciones químicas del ácido peroxocarbónico con subproductos de
descomposición de la lignina en CO2 supercrítico QUITEL-2009-XXXV Congreso de Químicos
Teóricos de Expresión Latina, 2009, San Andrés, Colombia.
Latin American School of Materials Science (2009)

Congreso
DFT on atmospheric chemistry
Chile
Nombre de la institución promotora: Universidad de Chile
Palabras Clave: Química computacional Química atmosférica
computacional
XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica (2009)

Congreso
Sarcosina oxidase monomérica, um sistema biológico capaz de evidenciar as diferenças
supramoleculares da família dos calcogênios
Brasil
Nombre de la institución promotora: Sociedad Brasilera de Química Teórica
computacional
VEGA-TEIJIDO MA; VENTURA, O.N.; ZUKERMAN-SCHPECTOR, J. Sarcosina oxidase
monomérica, um sistema biológico capaz de evidenciar as diferenças supramoleculares da família
dos calcogênios. In: XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2009. Poços de Caldas, MG, Brasil.
Livro de Resumos do XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2009
CONSTRUCCIÓN INSTITUCIONAL
hemos podido concretar el viejo sueño de desarrollar un cluster computacional propio construyéndolo con
sucesivas adiciones a partir de recursos provenientes de diversos proyectos. El cluster comenzó a instalarse
en 2008 y tuvo una primera etapa hasta 2011 en que contábamos con relativamente baja capacidad
computacional. Este fenómeno fue revertido en este período y en este momento el equipo cuenta con varios
servidores independientes de las marcas HP y Dell, que funcionan en paralelo gracias a una conexión de
internet propia de alta velocidad. Actualmente el cluster cuenta con 22 nodos, que en conjunto suman 352
cores.
Información adicional
ESTADÍSTICAS DE PUBLICACIÓN
Total de artículos publicados en revistas con referato........................................ 108

Total presentes en Scholar..............................................................................108
Total presentes en Thomson WOK................................................................... 101
Citas colectadas por el artículo más citado (Scholar)......................................... 65
Citas colectadas por el artículo más citado (Thomson WOK)...............................75
Total de citas Scopus a los artículos allí presentes........................................... 1450
Total de citas Thomson WOK...........................................................................1302
Factor de Impacto (Thomson WOK)................................................................. 12.89
h-factor (Thomson).......................................................................................... 21
h-factor (Scholar).............................................................................................22
PRODUCCIÓN PUBLICADA COMO AUTOR NO CIENTÍFICO
Paralelamente a mi carrera científica, desarrollo actividades de extensión universitaria sobre

aspectos de divulgación científica relacionados con la contaminación ambiental. He publicado más
de 160 artículos (171 en total, pero algunos son solo de estructura del sitio) con un total de 9,630
comentarios. Desde Diciembre de 2007 en que se activó el blog, se han leido 222,986 páginas, por
parte de 136,812 usuarios únicos, de los cuales una tercera parte son usurarios retornantes. Parte
del material aquí publicado se empleó a favor de Uruguay en el juicio de La Haya y ahi demostré a
fines de 2008 aproximadamente, que el río Gualeguaychú producía contaminación en el río
Uruguay, cosa que en 2011 han confirmado los estudios de laboratorios canadienses que Argentina
se niega a divulgar en la CARU. A raíz de estas informaciones se me realizaron numerosas
entrevistas en la prensa escrita, radial y televisada, una reseña incompleta de las cuales puede verse
en http://lascosasdenestor.blogspot.com/p/novedades.html
(28/03/2014)
Extensión
· Creador, autor y administrador del blog Las Cosas de Néstor
(http://lascosasdenestor.blogspot.com) para el empoderamiento de la sociedad civil mediante la
transmisión de conocimientos en áreas técnicas (pasteras, energía, contaminación, ambiente y
desarrollo). 13/10/2007-presente. Más de 170 artículos técnicos y de opinión publicados,
282.370 páginas vistas, 9.687 comentarios.
· Editor de la sección “Voces Tecnológicas” para el Semanario Voces, 2014-2015
· Editor del periódico electrónico diario El Telescopio (http://www.eltelescopio.com.uy),
2015-
· Conferencias de divulgación
“Calidad en Educación Superior en Contextos de Masividad”, Facultad de Química, Mesa redonda
moderada por el Pro-Rector de Enseñanza, 29 de septiembre de 2015
“Una forma diferente de hacer Química”, Jornada Taller Regional de Actualización Docente en
Química, Liceo Nº 1 de Fray Bentos, Sábado 12 de mayo de 2012
“Qué minería para qué desarrollo”, 9as Jornadas Red Temática de Medio Ambiente (RETEMA),
Facultad de Ciencias, UdelaR, 27-28 de octubre de 2011
· Publicaciones de divulgación
2015/09/18 – (El Telescopio, Uruguay) Rankings de Universidades: medir o no medir (III)
2015/08/23 – (El Telescopio, Uruguay) Los rankings universitarios (II). QS, amigos son los
amigos.
2015/08/03 – (El Telescopio, Uruguay) Markarián tiene razón y no la tiene (I)
2015/07/01 – (El Telescopio, Uruguay) ¿Perderás tu trabajo por un robot?
2015/06/01 – (El Telescopio, Uruguay) Competitividad y la ciencia encorsetada
2015/02/05 – (Voces Nº460, pág.14) Herramientas sociales para el investigador: Google
Scholar.
2014/12/11 – (Voces Nº459, pág.14) La computadora, un laboratorio químico.
2014/10/09 – (Voces Nº450, pág.15) La Ciencia y su medida: si no lo puedes medir, no lo puedes
controlar.
2014/09/25 – (Voces Nº448, pág.4) Confieso que he pecado.
2014/02/13 – (Voces Nº417, pág.15) ¿Dónde estamos? ¿Hacia dónde vamos?
2013/12/21 -- (Semanario Voces, Montevideo, Uruguay)Intentando desarrollar un modelo de
aproximación al narcotráfico
2013/10/18 -- (Semanario Voces, Montevideo, Uruguay)Dejar de actuar al golpe de balde
2013/08/01 -- (Semanario Voces, Montevideo, Uruguay) ¿País de primera con necesidades
básicas insatisfechas?
2013/06/20 – (Diario Cambio, Salto, Uruguay)Una forma alternativa de cubrir el costo
universitario
2013/05/31 – (Diario Cambio, Salto, Uruguay)La aparente gratuidad de la UdelaR y su injusticia
social
· Entrevistas
2015/04/18 – (El País, Uruguay, por V. Ruggiero y J.P.Correo)El agua pierde por goleada. Óscar
Ventura, profesor catedrático grado 5 de la Facultad de Química de la Universidad de la
República (UdelaR), explica que la contaminación en los espejos de agua de Uruguay se originó
por la falta de control de lo que se vierte…
2014/12/11 – (Opinar Nº279, Uruguay, por Fabricio Suárez)Los líderes no se compran en la
feria. El catedrático grado 5 de la Universidad de la República, Oscar Ventura, afirmó que “el
deterioro de la educación y el incremento de la criminalidad juegan a favor del clientelismo
básico…
2013/11/14 -- (Ámbito Financiero, Argentina) Desembarco papal en el conflicto por Botnia. ""A
mí en el Vaticano me habían preguntado qué está pasando, 'pásennos datos fidedignos,
confiables'. Yo les había enviado una intervención de un catedrático de química, Oscar Ventura, y
algunas otras cosas confiables respecto de los números que se manejan del lado argentino",
contó el religioso en diálogo con el portal oriental 10 Minutos."
2013/10/29 -- (Sabiendo más de Ud., Radio Vamos) El programa “Sabiendo más de Usted”, que
conducen Marcos Harispe y Federico Correa, entrevistó al Dr. Oscar Ventura, grado 5 en la
Facultad de Química y asesor del senador Pedro Bordaberry.
2013/10/25 -- (Canal 12, Calidad de Vida) ¿UPM contamina?
Argentina dice que la planta contamina y amenaza con ir a la Corte Internacional de La Haya
pero Uruguay asegura que no. Analizamos el tema junto a tres expertos.
2013/10/24 -- (Nuevo Siglo TV, El Ambiente en el Medio) UPM y la contaminación del río
Uruguay
2013/10/24 -- (Radio Finlandesa YLE, periodista Jaana Kanninen) Maailmanpolitiikan
arkipäivää, Tuliko Välimerestä kuoleman meri?
2013/10/23 -- (Canal 4, Santo y Seña)
2013/10/21 -- (Living Planet, Deutsche Welle) Living Planet
2013/10/18 -- (Semanario Voces, Montevideo, Uruguay) Dejar de actuar al golpe de balde, Por
Oscar Ventura
2013/10/17 -- (El Bocón, Montevideo, Uruguay) BRILLANTE EDITORIAL DEL INGENIERO
QUÍMICO OSCAR VENTURA EN DIARIO CAMBIO DE SALTO. Las relaciones entre ambos
países en lo que concierne a la administración del río limítrofe compartido están reguladas por el
Estatuto y el Digesto del río Uruguay. En ellos se distingue claramente lo que concierne a la
calidad de las aguas del río, que es una cosa, y lo que concierne a los efluentes, que es otra. Lo
primero es lo que está regulado por la CARU, los valores estándar, o límites que no deben ser
superados, para que las aguas puedan ser aprovechadas correctamente por ambos países están
establecidos en el Digesto.
2013/10/13 -- (Diario Cambio, Salto, Uruguay)Y la luz se hizo, por Oscar Ventura. Y no había
ningún monstruo bajo la cama, mire Ud. Se conocieron los datos de los análisis realizados por los
laboratorios canadienses contratados por la CARU para respaldar el trabajo de la comisión
binacional de científicos que monitorea UPM y la desembocadura del río Gualeguaychú.
Oficialmente, mediante un discurso bastante agresivo y culpabilizador, y mediante publicaciones
en la web, se conocieron las acusaciones argentinas acerca de los reiterados incumplimientos de
UPM, según ellos. Del lado uruguayo no ha habido reacción oficial, más allá de una tibia
respuesta inicial, y no se conocen los mismos datos que los argentinos han publicado.
2013/10/12 -- (CausaAbierta, Montevideo, Uruguay) Letal contraataque de Uruguay: El Río
Gualeguaychú contamina miles de veces más que UPM. El químico grado 5, Oscar Ventura –
asesor del senador Pedro Bordaberry–, señaló a El Observador que la contaminación del
Gualeguaychú es, en fósforo, 120 veces superior a la de UPM; en hierro vierte 14.034 veces más
kilos por día que la pastera; y en cromo, aporta 682 veces más kilos por día que la fábrica de
celulosa.
2013/10/12 -- (El Observador, Montevideo, Uruguay) El Río Gualeguaychú contamina miles de
veces más que UPM. ...El químico grado 5, Oscar Ventura –asesor del senador Pedro
Bordaberry –, señaló a El Observador que la contaminación del Gualeguaychú es, en fósforo,
120 veces superior a la de UPM; en hierro vierte 14.034 veces más kilos por día que la pastera; y
en cromo, aporta 682 veces más kilos por día que la fábrica de celulosa.
2013/10/11 -- (Brecha, Montevideo, Uruguay)Química para principiantes. UPM y la 'guerra
sucia' de información. En cuanto a la temperatura, los científicos consultados por Brecha
coinciden, en este punto, con la biblioteca esgrimida por las autoridades uruguayas: aplicar los
estándares del digesto a los efluentes “es como pretender que las aguas servidas tengan que
salir con la misma calidad que la del río, lo que carece totalmente de lógica”, explica el doctor en
química grado 5 Óscar Ventura (Facultad de Química-Udelar).
2013/10/11 -- (LR21, Montevideo, Uruguay) Larrañaga: “El canciller argentino, Héctor
Timerman, miente. Larrañaga hizo referencia a expresiones del químico Oscar Ventura, y al
editorial realizado por Esteban Valenti, los cuales expresan el hecho de la “no contaminación de
la planta de celulosa.
2013/10/11 -- (Montevideo.com, Web) La ciencia de la política. Para el Dr. Oscar Ventura,
Grado Cinco de la Facultad de Química (Udelar), la polémica por UPM “es un tema político, no
científico”. Ventura dijo a Montevideo Portal que los parámetros que utiliza Argentina para
medir la contaminación del Río Uruguay “son incorrectos”. Advirtió que recurrir a La Haya sería
“contraproducente” para Argentina.
2013/10/11 -- (América Economía, Web) Gobierno uruguayo no negocia su decisión por UPM y
espera ir a La Haya. El científico uruguayo Oscar Ventura , asesor del senador Pedro
Bordaberry, coincidió con Rucks en que UPM no contamina y dijo que los 40 parámetros que se
controlan están por debajo de los límites permitidos.
2013/10/11 -- (Radio El Espectador, Montevideo, Uruguay, con Emiliano Cotelo) Doctor en
Química Óscar Ventura: informe argentino comete error técnico al aplicar parámetros del río a
efluentes de UPM (vea aquí el video de la entrevista)
2013/10/11 -- (El Espectador, Montevideo, Uruguay)Ventura: "Timerman miente por
ignorancia o mala fe" En diálogo con En Perspectiva, el doctor en Química Oscar Ventura,
catedrático de la Universidad de la República, explicó los motivos por los cuales afirma que los
argumentos y datos brindados por el canciller argentino Héctor Timerman en contra del
funcionamiento de la planta de UPM "son mentira". Durante su argumentación, Ventura se
refirió al debate sobre la temperatura del agua, las concentraciones en los efluentes y hasta el
uso de endosulfán.
2013/10/11 -- (Todo el campo, Uruguay, Web) Químico Oscar Ventura, contundente, "UPM no
contamina"
2013/10/10 -- (RadioUruguay, Montevideo, Uruguay)“UPM no contamina”, según datos del
laboratorio canadiense que estudia el río Uruguay. “UPM no contamina, todos los parámetros
que se controlan están por debajo de sus límites. En la mayoría de los casos, muy por debajo de
los límites”, aseguró Oscar Ventura, científico de la Universidad de la República, al programa
Código País.
2013/10/10 -- (Radio Continental, Buenos Aires, Argentina con Nelson Castro)Científico
uruguayo: “Ninguna de las sustancias que se arrojan al río excede los parámetros" Oscar
Ventura es doctor en Química y asesor en su materia en el país vecino. Ambos países tienen los
mismos datos, el temas es la interpretación que hace cada uno.
2013/10/10 -- (Tiempo, Mercedes, Uruguay) Terrible error de Timerman. Urgando en internet,
Alejandro Villaverde encontró datos proporcionados por el Dr. Oscar Ventura, que ha
adecuado a esta publicación.
2013/10/10 -- (Canal 12, Código País, con Antonio Ladra y Aldo Silva)El conflicto interminable:
segunda parte. ¿UPM contamina o no? Recibimos al doctor en química y catedrático grado 5 de
la Universidad de la República, Oscar Ventura.
2013/10/07 -- (Radio Universal, Fuentes Confiables, Uruguay, con Aldo Silva) Entrevista en el
programa Fuentes Confiables al Químico Oscar Ventura (escuchar entrevista).
2013/10/07 -- (Telebuendía, Canal 4, Uruguay, con Daniel Castro) Entrevista al Dr. en Química
Óscar Ventura . UPM, la planta de la discordia.
2013/10/07 -- (La Opinión Popular, Entre Ríos, Argentina)¿El gobierno de Urribarri le exige a
las empresas entrerrianas lo mismo que a UPM? "Las mejoras solicitadas por el Presidente
uruguayo a UPM son innecesarias y no mejorarán ni empeorarán la salud del río Uruguay",
sostiene el catedrático uruguayo de la Universidad de la República, Dr. Oscar Ventura.
2013/10/06 -- (Día a Día Digital, Concordia, Argentina)Según un catedrático uruguayo, la
temperatura de los efluentes en E. Ríos se permiten hasta 45º, y UPM llegará a los 37º. “Las
mejoras solicitadas por el Presidente uruguayo a UPM son innecesarias y no mejorarán ni
empeorarán la salud del río Uruguay”, sostiene el catedrático uruguayo de la Universidad de la
República, Dr. Oscar Ventura, en una nota publica en el sitio La Fraybentina.
2013/10/04 -- (Poder Ciudadano, VTV, Montevideo, Uruguay, con Juan Miguel Capito y Miguel
Romano) UPM – Tercera parte ¿Cuánto contamina el Parque Industrial de
Gualeguaychú? Tercer bloque del programa del viernes 4 de octubre de 2013 con el Dr. en
Química Oscar N. Ventura (Profesor Catedrático (Grado 5) Udelar – Nivel 3 SNI (Grado 5)
Pedeciba).
2013/10/04 -- (Radio Sarandí, Hora de Cierre, Uruguay, con Juan Miguel Carzolio y Jaime
Clara) Entrevista al Químico Oscar Ventura sobre UPM (escuchar entrevista).
2013/10/03 -- (ICNDiario, Web) Los presuntos ambientalistas de Gualeguaychú vuelven al
ataque. En la nota periodística se señala que “El químico Óscar Ventura, catedrático de la
Facultad de Química de la Universidad de la República e investigador Grado 5, que sigue de
cerca los temas relacionados a la contaminación ambiental asegura que sólo el 5% de las
empresas industriales de Entre Ríos (Argentina) tienen los permisos necesarios.
2013/05/31 – (Brecha, por Aníbal Corti)El valor de la investigación fundamental está sobre
todo en la gente que se forma. La gran importancia de la creación de conocimientos para el
desarrollo del país se ha vuelto un lugar común en la política uruguaya. Sin embargo, como
ocurre con aquellos fieles que olvidan durante la semana los altos valores morales que profesan
los domingos, los políticos uruguayos rara vez se muestran interesados por lo que ocurre en el
mundo de la investigación…
PARTICIPACIÓN EN PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN
(los proyectos en los que participé anteriores al Nº19 fueron ya reportados en el informe del
período anterior)
19) “Biosíntesis y degradación de lignina. Obtención de sustancias químicas útiles a partir de
biomasa” Patricia Saenz-Méndez (responsable, Oscar N. Ventura (integrante del equipo), 2008-
actual. Financiamiento Pedeciba.
20) “Estudio del movimiento del lazo flexible WPD de la proteína tirosina fosfatasa humana PTP1B y
los factores que lo influyen” Aline Katz (responsable), Oscar N. Ventura (supervisor), 2010-2012,
Financiamiento ANII.
21) “Nanotransductores en procesos celulares de señales redox efectuados por especies reactivas de
oxígeno.” Oscar N. Ventura (responsable), 2011-2014, Financiamiento CSIC, UdelaR ($1.999.999).
22) “Estudio teórico de la resistencia a la insulina en la diabetes tipo II” Oscar N. Ventura
(responsable Uy), Oscar Olvera Neira (responsable Mx), 2013-actual. Financiación Proyectos
Fondos Conjuntos de Cooperación Uruguay-México.
23) “Lignin Biosynthesis and degradation”, Patricia Saenz-Méndez (responsible), Oscar N. Ventura
(integrante del equipo), 2007-actual. Financiamiento Örebro University, Örebro, Suecia.
24) “Motivos recurrentes en productos bioactivos: síntesis, predicción del perfil de actividad
biológica e identificación basada en el ligando de nuevos compuestos con actividad biológica
definida.”, Patricia Saenz-Méndez (responsable), Oscar N. Ventura (participante en el equipo).
Financiamiento Proyectos CSIC I+D, UdelaR.
25) “Estudio del movimiento del lazo flexible WPD de la proteína tirosina fosfatasa humana
PTP1B y los factores que lo influyen”, Aline Katz (responsable), Oscar N. Ventura (supervisor).
Financiamiento FCE Modalidad III; Proyecto de Tesis, ANII.
26) “Estudio teórico-experimental de la degradación troposférica de compuestos orgánicos
volátiles halogenados y azufrados”, Oscar N. Ventura (responsable), Marc E. Segovia, Kenneth
Irving (investigadores nacionales), Mariano Teruel (investigador argentino). Financiamiento CSIC
I+D 2015-2017.
Indicadores de producción
125
PRODUCCIÓN BIBLIOGRÁFICA
Artículos publicados en revistas científicas 118

Completo 115
Resumen 3
Trabajos en eventos 2
Libros y Capítulos 5
Capítulos de libro publicado 5
8
PRODUCCIÓN TÉCNICA
Trabajos técnicos 2
Otros tipos 6
11
EVALUACIONES
Evaluación de proyectos 1
Evaluación de publicaciones 9
Jurado de tesis 1
FORMACIÓN RRHH 16
Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas 14
Tesis de maestria 7
Tesis de doctorado 6
Tesis/Monografía de grado 1
Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha 2
Orientación de posdoctorado 1
Tesis/Monografía de grado 1

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Datos Generales

Magister en Química (1981 - 1982)

Bachiller en Química (1975 - 1981)

CURSOS DE CORTA DURACIÓN

Teoremas Hiperviriales (01/1981 - 01/1981)

Curso Avanzado de Química Teórica (01/1981 - 01/1981)

Metodología Hartree-Fock (01/1981 - 01/1981)

CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS

VÍNCULOS CON LA INSTITUCIÓN

Colaborador (01/1987 - a la fecha)

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO

Caracterización fisicoquímica de plásticos polivinílicos y polímeros derivados de aldehidos de

Comisión de Ingreso de Investigadores (01/2006 - 12/2009 )

SECTOR EDUCACIÓN SUPERIOR/PÚBLICO - UNIVERSIDAD DE LA REPÚBLICA - URUGUAY

Facultad de Química - UDeLaR

Funcionario/Empleado (01/1977 - a la fecha)

Funcionario/Empleado (01/1989 - 12/1997)

Funcionario/Empleado (01/1986 - 12/1989)

Funcionario/Empleado (01/1985 - 12/1986)

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO

Nanotransductores en procesos celulares de señales redox efectuadas por especies reactivas de

Formación de dioxinas en la combustión : visión micro, meso y macro (01/2005 - 01/2010 )

Cátedra de Química Cuántica

Estudio computacional de la activación de oxígeno molecular en complejos mono y binucleares de Fe y

Cátedra de Química Cuántica

Construcción de memorias moleculares multifotónicas: estudio de los procesos básicos (01/1993 -

Estudio teórico de reacciones de descomposición de ozono en la atmósfera (01/1993 - 12/1994 )

Cátedra de Química Cuántica

Estudio computacional de complejos de enlace de hidrógeno neutros en estados excitados e ionizados

Cátedra de Química Cuántica

Cátedra de Química Cuántica

Cátedra de Química Cuántica

Director de unidad (02/1999 - 03/2002 )

Director de unidad (01/1991 - 05/1992 )

Director del Instituto de Química (01/1990 - 05/1992 )

Química (03/2004 - 07/2004 )

Química (07/2003 - 11/2003 )

Química (03/2002 - 07/2002 )

Química (07/2000 - 07/2000 )

Química (04/1999 - 07/1999 )

Química (01/1999 - 06/1999 )

Química (11/1998 - 01/1999 )

Química (04/1998 - 07/1998 )

Divulgación científica en contaminación ambiental (12/2007 - 12/2011 )

BADENES, María Paula. Estudios sobre reacciones químicas de dioxinas. Estudiante de

KIENINGER, Martina. Estudios sobre nucleasas químicas. Deutsche Krebsforschungszentrum,

OTRA ACTIVIDAD TÉCNICO-CIENTÍFICA RELEVANTE

Referee científico para el Journal of Physical Chemistry (01/1996 - a la fecha )

Referee científico para Theochem (01/1995 - a la fecha )

Referee Científico para Anales de la Asociación Química Argentina (01/2000 - 12/2000 )

Referee científico para el Advances in Quantum Chemistry (01/1997 - 12/1997 )

Consejero Titular por el Orden Docente (04/1998 - a la fecha )

Delegado área básica - CSIC, UDELAR (01/2000 - 12/2002 )

Claustrista (01/1998 - 12/2002 )

Comisión Interfacultades de Ingeniería Química (01/1998 - 12/1999 )

Comisión de Estructura Docente (01/1998 - 01/1999 )

Comisión de Investigación Científica (01/1998 - 12/1998 )

Claustrista (01/1994 - 01/1995 )