Replicación de ADN
Replicación de ADN
Replicación de ADN
17/Oct/2019
TEMA 3: REPLICACIÓN DEL ADN
Su propósito es la transmisión fiel de la información de una célula a otra. Antes de la división celular
se debe dar la duplicación del genoma completo a través de:
Maquinaria de copia.
Mecanismos de corrección (pues la célula comete errores que se deben reparar).
Daños o alteraciones por agentes externos.
La finalidad del proceso de replicación es tomar el DNA (la doble hélice) existente y copiarlo.
Cuándo ocurre:
- División celular:
Mitótica (Eucariotas) relación con los cromosomas.
Amitótica (Procariotas) por fisión binaria, fisión múltiple o gemación.
- División de mitocondrias.
- División de cloroplastos.
- Replicación de plásmidos (en células procariotas).
- Reparación y recombinación del DNA.
El DNA siempre va a estar como cromatina, es decir, unido a proteínas. Para replicar el DNA (para
poder realizar el proceso de mitosis) ese DNA debe encontrarse en su forma laxa: remodelación de
la cromatina. Entran a jugar un papel importante las modificaciones de las histonas para pasar de
heterocromatina a eucromatina, incluso, llegar al estado más laxo = tener DNA libre.
MODULO 2 FLUJO INFORMACIÓN GENÉTICA
Cómo ocurre:
- Complementariedad
Adenina con Timina y Guanina con Citosina.
La cadena nueva siempre va a ser
complementaria al templete (llamado
también cadena patrón, cadena molde,
cadena madre o cadena vieja).
Propiedades de la Replicación
Resumen: tenemos dos hebras parentales (5’-3’ y 3’-5’ complementarias), tenemos burbujas de
replicación generadas en unos sitios ya establecidos que se llaman los orígenes de replicación (región
de inicio), en donde va a llegar la maquinar y se va encargar de replicar el DNA de forma bidireccional
(dos sentidos, hacia un lado y hacia el otro, el opuesto). Luego, tendremos DNA viejo con DNA nuevo,
y las hebras parentales que van a continuar estando emparejadas).
Sentido de la Replicación
El sentido de la replicación, siempre, sin excepción a la regla, va a ser el mismo. La polimerización
de la cadena complementaria o nueva es 5’-3’, debido a que la polimerasa sólo funciona cuando hay
un 3’ libre, por lo tanto, la cadena vieja o templete (la que se va a copiar) tendrá un sentido 3’-5’ =
se lee en sentido 3’-5’.
INICIO
1. Origen de replicación: Secuencias repetitivas que se encuentran a lo largo de los cromosomas y
muestran dónde va a llegar la maquinaria, secuencias conservadas (por ser muy similares en
todas las células desde las bacterias hasta las eucariotas), organizadas en tándem (secuencias
que se repiten muchas veces una detrás de otra, como los telómeros, los centrómeros y
claramente los orígenes de replicación). Ej.: el Ori C en la E. Coli.
Aquí la maquinaria empieza a trabajar. Marca el ciclo de inicio de la bidireccionalidad, es decir,
a partir de ese punto neutro, de ese punto cero es que se empieza a contar: quien va a ser
cadena molde, quien va a ser cadena líder, quien va a ser cadena rezagada, etc.
2. Replicón: Se forma tras la llegada de las proteínas (maquinaria) al origen de replicación.
Contiene el ojo (apertura de la doble hélice) y la horquilla de replicación (sitio donde se va ir
abriendo la hélice). Nota - foto: cromosoma circular, célula procariota.
3. Complejo de pre-iniciación: Proteínas que liberan el DNA (estaba asociado a histonas) lo sueltan
de la histona, lo dejan de forma lineal, tocan y abren las hebras, para generar la burbuja. La
polimerasa llega y finalmente se sintetiza el ADN. Están involucradas múltiples proteínas con
múltiples funciones, entran: helicasas (algunas veces), topoisomerasas, proteínas de apoyo,
proteínas remodeladoras de la cromatina (sueltan las histonas), etc.
Una vez lograda la apertura del DNA, se empieza a ejecutar el proceso (a replicar) partiendo de una
hebra vieja se comienza a sintetizar una hebra nueva siempre en sentido 5’-3’. De forma general, la
encargada de ejecutar el proceso es la proteína DNA polimerasa (protagonista), y para ello, necesita
unos requerimientos básicos: los dntp (nucleótidos) porque lo que va a copiar es el nucleótido, Mg+2
(magnesio), otras enzimas asociadas, el templete (el molde del que va a copiar, porque la polimerasa
no puede generar una cadena de novo sino una copia), un primer o cebador (RNA), y requiere
activamente energía (ATP) para poder formar los enlaces fosfodiester. La función de la polimerasa
es catalizar la unión de los dntp, los nucleótidos.
MODULO 2 FLUJO INFORMACIÓN GENÉTICA
Fue aislada por primera vez en 1956: Arthur Kornberg descubrió una enzima en la
bacteria Escherichia coli, la DNA polimerasa, con la cual sintetizó por primera vez ácido
desoxirribonucleico (ADN) en el tubo de ensayo, lo que le valió el Nobel que compartió con su
maestro y amigo Ochoa. Posteriormente, en los comienzos de los años setenta, postuló y descubrió
que para la iniciación de la replicación del ADN se requería una pequeña molécula de ácido
ribonucleico, el ARN iniciador. Más tarde, desarrolló un sistema de replicación in vitro utilizando la
ADN polimerasa replicativa, así como otras proteínas que resultaron ser también necesarias para la
replicación del ADN. Por ello, es llamado el padre de la replicación del ADN.
Existen otras polimerasas, están las polimerasas de baipás que usualmente se activan cuando hay
algún tipo de daño (pero no se van a incluir aquí en replicación sino en daño y reparación).
Las polimerasas tienen múltiples funciones = son polifuncionales, por ejemplo: tienen actividad
primasa, tienen actividad polimerizante y tienen actividad de reparación o de edición. Entonces,
además de ser polimerasas (donde su función neta es sintetizar una nueva cadena) tienen funciones
adicionales, por eso se dice que son enzimas polifuncionales (pueden ejecutar diferentes tareas al
mismo tiempo) y que algunas tienen especialidad y otras un proceso diferente.
Procesividad: las polimerasas pueden hacer múltiples ciclos catalíticos con un solo
reconocimiento del templete, es decir: se genera la burbuja, llega la polimerasa y de ahí en
adelante inicia; y finaliza cuando se le acaba el DNA para polimerizar. No necesita estarse
despegando de la cadena y volviendo a pegarse, un único reconocimiento y ejecuta todo el
proceso.
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ETAPAS DE LA REPLICACIÓN
Prepriming > Reconocimiento del origen de replicación (antes de la adición del primer).
Formación del ojo de replicación > Apertura del DNA.
Priming > Adición del primer.
Cargador del gancho de replicación > El PCNA, la polimerasa se establece e inicia la síntesis de
la hebra.
Síntesis de las hebras > Tanto líder como retrasada.
Edición > Polimerasa lee lo sintetizado y corrige sus errores. Ejemplo de error: aparear una G
con una A o una T con una C.
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El Prepriming ocurre siempre en el origen de replicación, a donde llegan los complejos de iniciación
y marcan el sitio para que lleguen también las proteínas encargadas de formar la burbuja de
replicación, es decir, abrir el DNA.
La helicasa rompe los puentes de hidrogeno iniciando con la secuencia A-T (encontrada en el origen
de replicación) para tener dos hebras separadas. Sin embargo, por complementariedad y cercanía
estas hebras pueden volver a unirse, para evitarlo, llegan las proteínas enlazantes de hebra sencilla
ss (entonces su función es mantener las hebras separadas), y se forma finalmente la burbuja de
replicación. La helicasa siempre va ir abriendo el DNA, generando la horquilla, pero a medida que
empuja a la doble hebra el DNA va a sufrir tensiones, se puede superenrollar (incluso puede tener
rupturas), y para evitar ese proceso llega la topoisomerasa, también llamada girasa (su función es,
por lo tanto, desenrollar el DNA). A diferencia de la helicasa, la girasa sí puede romper los enlaces
fosfodiester (clasifica como exonucleasa por romper el DNA), gira la cadena y desenrolla. Existen las
topoisomerasas I y II, una que rompe de afuera hacia adentro y la otra de adentro hacia fuera.
Debido a que es un proceso que requiere energía entra ATP (adenosín trifosfato) y sale ADP
(adenosín difosfato). Cuando se habla de consumo de energía, llega el ATP y los enlaces del fosfato
que tiene el ATP son altamente energéticos, entonces al romper uno de esos enlaces se libera la
energía que la enzima requiere para trabajar. Por lo tanto, al romper el ATP se produce ADP y fosforo
inorgánico. No es que se consuma toda la molécula de ATP, lo que se consume es uno de los enlaces.
La curvatura hace referencia al nudo que se formó en la cadena y que la topoisomerasa puede soltar.
La replicación se considera un proceso anabólico porque es de construcción de forma general. La
helicasa, la topoisomerasa, la polimerasa, requieren energía, y todo lo que requiera energía se
considera como proceso anabólico.
MODULO 2 FLUJO INFORMACIÓN GENÉTICA
Si la cadena sencilla se deja sin proteínas enlazantes, se puede unir sobre ella misma o con la cadena
complementaria. Conforme la topoisomerasa va avanzando, va empujando a las proteínas
enlazantes, y estas se van soltanto para dejar el DNA libre.
Una vez generada la burbuja se debe replicar el DNA que está en cadena sencilla, para ello la
polimerasa tiene que llegar a trabajar sobre la hebra 3’-5’ porque la complementaria de ésta, es una
hebra 5’-3’ (sentido de la replicación)
Para que se dé la replicación tiene que llegar la primasa, encargada de depositar el primer o cebador
(ARN, entre 3-10 nucleótidos) y seguidamente llega la polimerasa, encargada de ir leyendo la
cadena templete e ir sintetizando. A medida que la polimerasa avanza, empuja, libera las enlazantes,
empuja la helicasa, el ojo se abre, la horquilla crece y se va sintetizando absolutamente todo.
Importante recordar que es procesiva, con un solo reconocimiento (primer) es suficiente para
iniciar. La polimerasa se libera cuando se encuentra con el otro frente de replicación o cuando
terminó la hebra y ya no tienen nada más que sintetizar, de lo contrario no se va a soltar. La
polimerasa siempre llega acompañada por el PCNA y éste por el cargador del gancho (clamp loader).
Está el DNA con el primer de RNA, el cargador del gancho y el gancho se unen, llegan al sitio donde
está el primer y como función del cargador se tiene simplemente posicionar el PCNA en el origen de
replicación. Una vez posicionado, llega la polimerasa y el PCNA afianza la unión polimerasa-DNA. La
polimerasa reconoce el primer, reconoce el hidroxilo libre de la hebra 3’ e inicia la síntesis, formando
los enlaces fosfodiester uno detrás del otro. Proteínas accesorias > ADN poli III como el complejo δ,
ε están asociadas a dos tipos de proteínas (función > refuerzo de unión):
Debido a que la cadena complementaria de la rezagada posee fragmentos de ARN + ADN (Okasaki)
y está discontinua, primeramente, se debe ir el primer y queda un espacio en blanco en donde llega
una polimerasa y rellena con ADN, aun así, quedan ciertos espacios en blanco, entonces llega la
ligasa, que une los pedazos de hebra para eliminar los espacios en ella y tener la cadena completa.
El DNA acabado de sintetizar se encuentra sólo y en la célula él nunca puede estar en forma sencilla
o solo, siempre debe estar como cromatina, es decir, como proteína. La imagen de abajo muestra
un frente de replicación, un DNA empaquetado. Conforme el frente de replicación avanza las
proteínas se van liberando (los octámeros de histonas se disocian) para permitir que el DNA quede
en cadena sencilla a través de las acetilaciones. Pero cuando el frente de replicación ha ido
avanzando, existe toda una región ya replicada y tiene que volverse a empaquetar deacetilando
(removiendo el acetilo adicionado) para que la histona vuelva a tener afinidad por el DNA. No es
que se libre todo el DNA, se replique y luego empaquete, sino que todo va ocurriendo de forma
simultánea, se libera sólo lo que se va necesitando y el resto vuelve a quedar empaquetado.
Está condesado como cromatina, puede quedar como eucromatina o heterocromatina. Se condensa
en su máximo estado como cromosoma cuando se pasa de la interfase y se llega a la mitosis en la
profase, prometafase.
Los telómeros son secuencias repetitivas de ADN no codificantes que terminan en una sola hebra,
siempre en forma circular, estabilizan la
estructura de los cromosomas de las células
eucariotas y están relacionados con la
longevidad. Elizabeth Blackburn, Carol W.
Greider y Jack W. Szostak descubrieron que los
telómeros son los que protegen a los
cromosomas porque están en los extremos y,
además, descubrieron que la síntesis de los
telómeros es por una enzima diferente a la
polimerasa, que también es una polimerasa, pero
se llama telomerasa. Su función es alargar los
telómeros, unir DNTP, crear una nueva cadena.
MODULO 2 FLUJO INFORMACIÓN GENÉTICA
REPASO
¿Cuándo ocurre la replicación del DNA en las células eucariotas?: en el proceso mitótico.
¿Dónde se genera la burbuja de replicación?: en sitios establecidos llamados orígenes de
replicación.
Si la cadena nueva tiene sentido 5’-3’ ¿qué sentido tendrá el templete o cadena vieja?: 3’-5’
¿Qué necesitamos en el INICIO para replicar?: etapas > orígenes de replicación (varios, por la
multifocalidad), formación del replicón y el complejo de pre-iniciación.
¿Para qué sirve el origen de replicación?: para que la maquinaria (proteínas) pueda llegar allí.
MODULO 2 FLUJO INFORMACIÓN GENÉTICA
¿Las curvaturas hacen referencia a la curvatura mayor y menor del DNA?: no, hace referencia al
nudo que se generó en la cadena. Sin embargo, es importante recordar que el ADN siempre
posee un surco mayor y un surco menor.
La replicación se considera un proceso anabólico porque es de construcción de forma general.
Intervienen proteínas como: helicasas, DNA polimerasas, primasas, ligasas, topoisomerasas,
enlazantes de hebra sencilla, cargador del gancho, el gancho, y si se analiza desde un punto de
vista más molecular, encontramos muchas más proteínas y actores.
Partimos siempre del hecho de que el DNA está como cromatina, ya sea eucromatina o
heterocromatina, siempre va a estar condensado (compactado con proteína). Cuando el DNA
se va a replicar, es decir, cuando se necesita sacar el DNA, el complejo remodelador de la
cromatina se encarga a través del proceso de acetilación de que las histonas pierdan la afinidad
por el DNA, y este quede de forma sencilla (conforme el frente de replicación va avanzando,
adelante de la helicasa, de la topoisomerasa, llega el complejo remodelador de la cromatina que
acetila las histonas).
A la región ya replicada, llega también un complejo remodelador de la cromatina que deacetila
la histona y esta vuelve a tener afinidad por el DNA, entonces nuevamente se encuentra el DNA
empaquetado. Es decir, se tiene DNA empaquetado en ambas cadenas “hijas” y DNA sencillo en
la burbuja de replicación.
La metilación incrementa la afinidad de las histonas por el DNA. Después de la división, cuando
la célula decide que no va a usar el cromosoma de forma sencilla, lo metila, dejándolo
superempaquetado, y de allí no se vuelve a sacar información. Esto es lo que ocurre con el
corpúsculo de Bar en la mujer.
Una de las primeras características dentro de la oncogénesis es que la telomerasa muta, es decir,
que la telomerasa todo el tiempo está activa. Y hay algunos genotipos de cáncer donde la
telomerasa no funciona, el telómero se acorta, pero la célula no se muere, esa es la regla. La
regla en una célula normal es que: si el telómero está muy corto y la célula siguió dividiéndose,
esa célula debe morir. En el cáncer como ha mutado tanto la célula, por más de que esta intente
activar los procesos de muerte no se va a morir o adquiere un genotipo que se llama la
senescencia replicativa y esto tiene una relación directa con la agresividad de la enfermedad.