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    Ramachandran

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    Sebastián Rodríguez Velásquez
    El documento describe el gráfico de Ramachandran, el cual indica las conformaciones permitidas y prohibidas de los polipéptidos. Solo tres pequeñas regiones del gráfico son físicamente accesibles para la mayoría de residuos. La glicina y la prolina tienen características especiales que les permiten adoptar conformaciones adicionales.

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    Ramachandran

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    El documento describe el gráfico de Ramachandran, el cual indica las conformaciones permitidas y prohibidas de los polipéptidos. Solo tres pequeñas regiones del gráfico son físicamente accesibles para la mayoría de residuos. La glicina y la prolina tienen características especiales que les permiten adoptar conformaciones adicionales.

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    Ramachandran

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    El documento describe el gráfico de Ramachandran, el cual indica las conformaciones permitidas y prohibidas de los polipéptidos. Solo tres pequeñas regiones del gráfico son físicamente accesibles para la mayoría de residuos. La glicina y la prolina tienen características especiales que les permiten adoptar conformaciones adicionales.

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    Valentinas Zora Cifuentes Paula Valentina Pinzón Gómez

    Maria Camila Ortiz Agudelo Brayan Daniel Oviedo Barreto


    Sebastián Rodríguez Velásquez

    Gráfico de Ramachandran

    El grafico de Ramachandran indica las conformaciones permitidas de polipéptidos, donde


    se calcula los valores phi (Φ,) y psi (Ψ) estéricamente permitidos con el fin de encontrar
    conformaciones estables y las conformaciones prohibidas, desde el punto de vista estérico
    corresponden a ángulos que causaban colisión de las esferas estas son conformaciones no
    permitidas de la cadena polipéptida que tienen valores phi (Φ,) y psi (Ψ) que llevaran los
    átomos más cerca que la distancia correspondiente de Van der Waals(es la distancia de
    contacto más cercana entre átomos no unidos) esta información se resume en el gráfico de
    Ramachandran.

    La mayor parte del gráfico de Ramachandran, representa conformaciones prohibidas de una


    cadena polipeptídica, solo tres regiones pequeñas del grafico son accesibles físicamente a la
    mayoría de los residuos, los valores observados phi (Φ,) y psi (Ψ) de estructuras
    determinadas con exactitud por lo general caen dentro de las regiones permitidas, sin
    embargo existen excepciones cómo lo son la Glicina y la Prolina.
    Se puede observar en el diagrama las zonas
    blancas las cuales indican las conformaciones
    donde los poplipeptidos estan más cercanos
    de su radios Van der Waals, esta regiones son
    estricamente no permitida para la mayoria de
    aminoacidos, las regiones que estan con rojo
    representan las conformaciones donde existen impedimentos de tipo esterico, las zonas que
    estan con amarillo muestran las regiones permitidas.

    La Glicina:

    La Gly es el unico aminoacido en el que su cadena no tiene un Carbono, por lo cual esta
    menos impedido estericamente que los otros aminoacidos. Por lo tanto su extensión phi
    (Φ,) y psi (Ψ)cubre un área más grande en el grafico de Ramachandran, debido a que por lo
    general en los residuos de Gly las cadenas polipeptidicas asumen conformaciones
    prohibidas para otros residuos. Las regiones no permitidas generalmente son impedimentos
    estericos entre el carbono de metílenico de la cadena lateral y los atomos de la cadena
    principal, la Glicina al no tener cadena lateral puede adoptar angulos phi y psi en todos los
    cuadrantes de la grafica.
    La Prolina:

    La cadena lateral ciclica de la Prolina limita la extension de los valores del angulo phi (Φ)
    alrededor de -60°, esto hace que sea el residuo aminoacido mas restrictivo desde el punto
    de vista conformacional, dedido a su cadena lateral ya que involucran impedimentos
    estericos entre el carbono metilénico de la cadena lateral y los átomos de la cadena
    principal. Siendo asi la Prolina uno de los aminoaciodos que menos cubre cuadrantes en el
    grafica de Ramachandran.

    Bibliografia:

    Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt(2007-),​ ​Fundamentos De Bioquimica-


    recuperado de
    https://books.google.com.co/books?id=FXDiqLK6GmAC&pg=PA133&lpg=PA133&dq=c
    omo%20saber%20los%20angulos%20permitidos%20en%20el%20grafico%20de%20ramac
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