ECOLOGÍA MICROBIANA Y MÉTODOS DE ESTUDIO

1)Concepto general de ecología microbiana.

La ecología microbiana estudia las propiedades y el comportamiento de los
microorganismos en su ambiente natural, sea el suelo, aguas, alimentos, animales y su
estudio interesa a los investigadores por muchos aspectos de dominio público
2)Señale dos ecosistemas diferentes por su tamaño y diversidad biológica, analice las
fuentes de energía y de nutrientes y las poblaciones microbianas dominantes.
Sinecología: que analiza las interacciones en un determinado lugar, considerando las
especies, los factores bióticos y abióticos en ese lugar (suelo, mar, estanque).
Autoecología: en contraste con la anterior, comprende el estudio de una especie y el
efecto que sobre ella en particular ejerce el ambiente (ejemplo: estudio de una cepa de
Rhizobium, de patógenos vegetales, etc.)
3)¿Por qué la población microbiana del suelo es tan diversa en composición?
El suelo está compuesto de cinco componentes principales: la fracción mineral, la
orgánica, agua, aire y organismos vivos. El esquema siguiente resume las proporciones
de cada uno, aunque los valores varían con los suelos y con la profundidad. De la
fracción inanimada, la cantidad de materia orgánica y mineral es relativamente
constante en un sitio dado, mientras que el aire y agua fluctúan (representan
aproximadamente la mitad del volumen del suelo y constituyen el espacio poroso)
Materiales orgánicos de origen animal o vegetal llegan o son formados en el suelo,
donde son descompuestos por las actividades microbianas. La materia orgánica que no
es completamente degradada contribuye a la formación del humus, material amorfo,
formado por una mezcla compleja de sustancias altamente polimerizadas. Dentro de esta
fracción, una pequeña proporción es soluble en agua (azúcares, aminoácidos), pero la
mayor parte consiste en materiales oscuros, insolubles.
4)Señale ejemplos de poblaciones autóctonas y zimógenas en una campo con pradera natural y
en otro suelo que recibe residuos de cosechas.
Habitat : Es un área que posee cierto grado de uniformidad y cuyas características se supone que
son de significado ecológico: superficie de una hoja, plantas o animales, el mar, una parcela de
suelo fértil, porción de arena de desierto, etc. Su tamaño varía. Denota un conjunto de
condiciones favorables o desfavorables para la vida, y es más específico que el término
ambiente.
Las superficies son de importancia considerable como habitats microbianos, los nutrientes se
pueden concentrar sobre ellas y estimular el desarrollo de numerosas especies. Se emplean
portaobjetos solos o con algún aditivo nutritivo, enterradas en el suelo o sumergidas en aguas.
Luego de algún tiempo se aprecia en el microscopio la formación de microcolonias, que se
adhieren a la película, muy semejantes a las que se forman en superficies naturales (biofilms).
Nicho ecológico: Interesa conocer las actividades de los microorganismos. El que un organismo
esté presente en un ecosistema no quiere decir que esté activo. Así, una transformación
bioquímica específica es una buena prueba de que el grupo existe y está activo. Se aplica el
término nicho a las funciones que el organismo realiza. El ambiente es como la dirección y el
nicho la función del organismo
5)Analice las causas de las diferencias de las velocidades de crecimiento de un
microorganismo (celulolítico) en el suelo y en medio de cultivo.
Se denomina crecimiento equilibrado a aquél en el que todos la biomasa, número de células,
cantidad de proteínas, de ADN, etc., evolucionan en paralelo. El crecimiento equilibrado
probablemente ocurra en muy contadas ocasiones en condiciones naturales.Por tanto, es
principalmente un concepto de aplicación en el laboratorio. Sin embargo, es útil porque permite
estudiar el crecimiento de microorganismos.
Uno de los sistemas más importantes para la identificación de microorganismos es observar su
crecimiento en sustancias alimenticias artificiales preparadas en el laboratorio. El material
alimenticio en el que crecen los microorganismos es el Medio de Cultivo y el crecimiento de
los microorganismos es el Cultivo. Se han preparado más de 10.000 medios de cultivo diferente
6)Analice y de ejemplos de interacciones biológicas en el ecosistema suelo-planta-
microorganismos
INTERRELACIONES BENEFICAS :
Comensalismo
Mutualismo (protocoperacion)
Simbiosis
INTERRELACIONES ANTAGONICAS
Competencia
Amensalismo
PREDACION
7)¿Qué fracción del suelo está en directa relación con la actividad biológica y por qué?
La actividad biológica es considerada como un índice de la fertilidad de los suelos. Cuando los
residuos vegetales son incorporados al suelo varios compuestos orgánicos se descomponen. La
descomposición es un proceso biológico donde el colapso físico y la transformación bioquímica
de las moléculas de los complejos orgánicos de los materiales muertos se convierten en
moléculas simples e inorgánicas (Juma, 1998).
Los residuos de los cultivos contienen principalmente compuestos complejos de carbono que se
originan en las paredes celulares. Estas cadenas de carbono, con cantidades variables de
oxígeno, hidrógeno, nitrógeno, fósforo y azufre adjuntos, son las bases para los azúcares
simples y los aminoácidos.
La descomposición sucesiva del material muerto y la materia orgánica modificada resulta en la
formación de una materia orgánica más compleja llamada humus.
El humus afecta las propiedades del suelo y su color que se vuelve más oscuro; incrementa la
agregación del suelo y la estabilidad de los agregados; aumenta la capacidad de intercambio
catiónico y aporta nitrógeno, fósforo y otros nutrientes durante su lenta descomposición.
El humus está formado por sustancias húmicas complejas (ácido húmico y huminas, ácidos
fúlvicos) que permanecen en el suelo después de la descomposición de los residuos.
El humus también cumple una función importante en la estructura del suelo. Sin humus los
suelos con altos contenidos de limo o arcilla se compactarían fácilmente al ser labrados. Los
polisacáridos son las sustancias que realmente unen las partículas de suelo; la materia orgánica
más resistente mantiene unidos los microagregados mientras que los ácidos fúlvicos ligan los
macroagregados. Los azúcares, los aminoácidos y los fosfolípidos son las fuentes de nitrógeno,
fósforo y azufre para los microorganismos y el crecimiento de las plantas.
La actividad de excavación de las lombrices aporta canales para la entrada de aire y el paso del
agua, lo cual tiene un importante efecto sobre la difusión del oxígeno en la zona radical y en el
drenaje. Las lombrices de tierra que habitan en las raíces crean numerosos canales a lo largo y a
lo ancho de la superficie del suelo, cuando los residuos son conservados en la superficie del
suelo incrementando la porosidad general. Los canales largos verticales creados por las
lombrices que excavan en profundidad contribuyen a incrementar sensiblemente la infiltración
del agua bajo condiciones de intensas lluvias o en condiciones de suelos saturados. Las
lombrices mejoran la agregación del suelo.
8) Señale técnicas de estudio a aplicar para incluir a aquellos microorganismos “no
cultivables”
a. Los métodos basados en ácido nucleico han tenido un gran avance en la última década,
apareciendo técnicas altamente sensibles y específicas, capaces de detectar y cuantificar
pequeñas cantidades de ADN (Ácido Desoxirribonucleico) o ARN (Ácido
Ribonucleico) de microorganismos no cultivables in vitro o desde un microorganismo
aislado desde un cultivo. Este avance también ha permitido estudiar los mecanismos de
resistencia bacteriana y desarrollar la epidemiología molecular. Existen actualmente
numerosas variantes de técnicas para amplificar, detectar y secuenciar los ácidos
nucleicos. La técnica más utilizada en microbiología para realizar la amplificación de
ácidos nucleicos es la Reacción de Polimerasa en Cadena (RPC) en combinación con un
variado número de técnicas para detectar esta amplificación, tales como la RPC
convencional y la RPC en tiempo real. Se obtienen resultados dentro de 30 minutos a
dos horas .
La secuenciación de productos de RPC, permite la identificación de bacterias a través
de la comparación del resultado de la secuenciación con secuencias ya conocidas en
bases de datos. Una de las técnicas más utilizadas para este fin, es la secuenciación del
ARN ribosomal 16S, la cual permite detectar e identificar microorganismos no
cultivables, fastidiosos o de lento crecimiento .
La epidemiología molecular consiste en el estudio de la diseminación de un
microorganismo entre pacientes, personal de salud y el entorno ambiental (brote), a
través de la comparación de genomas de un microorganismo aislado desde diferentes
sitios, mediante múltiples tecnologías tales como, la Electroforesis de Campo Pulsado
(PFGE) y el Multilocus Sequence Typing (MLST) .
b. Tecnica FISH
c. Las técnicas electroforesis dependientes de la secuencia (EDS) se basan en la
separación electroforética de fragmentos de ADN amplificados por PCR (amplicones).
Estos amplicones poseen secuencias específicas de igual longitud y son separados en
una matriz de poliacrilamida que contiene un gradiente desnaturalizante de urea y
formamida (electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante químico (DGGE)) o
bien un gradiente de temperatura (electroforesis en gel con gradiente de temperatura
(TGGE) y electroforesis en gel con gradiente temporal de temperatura (TTGE))
(Muyzer, 1999; Huys et al., 2008). En la TGGE, el gradiente de temperatura se crea a lo
largo de la longitud del gel, mientras que en TTGE el gradiente de temperatura es
temporal se forma gradualmente durante el funcionamiento Capítulo 1 70 de la
electroforesis (Huys et al., 2008). Estas técnicas se utilizan para comparar la diversidad
de comunidades microbianas, monitorear la dinámica poblacional, detectar
microorganismos no cultivables y hacer análisis de mutaciones.
9) En caso de la actividad respiratoria, ¿cómo evaluaría las actividades reales y las
potenciales?
Las variaciones por unidad de tiempo en la actividad respiratoria pueden ser interpretadas como
reflejo de la actividad metabólica de los microorganismos que residen en determinado hábitat y
nos da idea de la dinámica de su biota ya que los procesos metabólicos que en él se desarrollan
varían en función de factores biofísicos, climáticos y del uso de la tierra. Mientras la actividad
deshidrogenasa es una medida representativa del metabolismo degradativo de un suelo (Skujins,
1976), puesto que se trata de un tipo de enzima exclusivamente intracelular que por tanto está
asociado a células viables, también se considera un buen indicador de la actividad microbiana
total.
Los microorganismos y los productos de su metabolismo son los componentes vivientes del
suelo y constituyen uno de los parámetros útiles para la medición de su fertilidad. Sin embargo,
la medida de la actividad de estos microorganismos es difícil de evaluar debido a la compleja
estructura de las comunidades que alberga y sus relaciones, sobre todo en función al ecosistema
u otros factores de efecto dominante (Bitton, 1983). Ya que los microorganismos reaccionan
fácil y rápidamente a estímulos ambientales, los parámetros de efectos específicos son difíciles
de determinar en medio de un gran número de variables influyentes que pueden ser
desconocidas o no constantes; es por ello que la variancia en los ensayos es crítica para los
procesos de detección de efectos y de interpretación de datos (Burton & Lanza, 1986).
10.Biomasa Microbiana :concepto y explique el fundamento de dos técnicas a aplicar para su
evaluación.
La biomasa microbiana es una variante ecológica, ya que se puede expresar como la medición
de la cantidad de bacterias en un volumen de agua, sedimento, suelo.
Representa la cantidad de energía almacenada por un segmento particular de la comunidad
biológica. Las s mediciones de la biomasa se emplean para determinar la producción de una
población y la transferencia de energía entre los diferentes niveles tróficos del ecosistema
recuento del número de células o midiendo la longi-tud de micelio presente en una muestra,
calculando el volumen y peso de tales propágulos al multiplicarlopor el peso específico, se
puede calcular el peso delos microhabitantes de una muestra de suelo, agua,alimentostécnica de
fumigación e inoculación (FI) (Jenkinsony Powlson, 1976) al desinfectar el suelo con
cloroformola mayoría de los microorganismos muere y sus restosson mineralizados al
reinocularlo con suelo fresco. Semiden los picos de CO2 de ambas muestras luego de un
período de incubación (Anexo práctico).
11.Indique una técnica que permita determinar la estructura de una comunidad microbiana
basada en el análisis de sus ácidos nucleicos.
Los alimentos fermentados, especialmente los que se producen de forma tradicional, se obtienen
mediante fermentaciones naturales, es decir, no se añaden inóculos sino que actúan los
microorganismos naturalmente presentes en el alimento. El uso de los métodos convencionales
para la identificación de cada uno de sus miembros resulta insuficiente. Una alternativa para la
determinación de la estructura microbiana de estos alimentos es aislar microorganismos y
tipificarlos; otra es utilizar métodos que no dependen del cultivo, en los que se extraen ácidos
nucleicos directamente del alimento
12.ejemplos de procesos oxidativos en los ciclos biogeoquimicos y sus consecuencias
ecológicas.
Solubilización-precipitaciónLa solubilización es un proceso muy importante ya que per-mite
hacer disponible a muchos elementos insolubles, como el caso del fósforo. Por el contrario, la
precipitación elimina de la solución del suelo nutrientes de las plantas, como el caso del hierro.
Son también procesos físico-químicos pero involucran pasos previos de acción microbio lógica.
Fijación – volatilizacion
fijación es la conversión de sustancias volátiles en No volátiles.
La volatilización es un proceso físico que puede llevar ala atmósfera productos formados por
vía biológica. Unejemplo es el caso del amonio producido por amonifica-ción, que en suelos
alcalinos, de baja capacidad de inter-cambio catiónico, puede perderse a la atmósfera.
Otrosejemplos son las pérdidas de nitrógeno como N2, N2O,por desnitrificación. Compuestos
azufrados se puedenperder también como H2S, mercaptanes, etc.
14)¿Que procesos ocurre prácticamente en todas las condiciones ambientales compatibles con la
vida?
Mineralización inmovilización
Oxidación reducción
Fijación volatilizacion
Solubilizacion precipitación
15)Indique procesos de solubilizacion y de precipitación de elementos realizados por los
microorganismos y sus consecuencias en la nutrición vegetal
Fósforo inorgánico : algunas bacterias solubilizan el fósforo inorgánico atraves de la producción
de ácidos orgánicos
La precipitación elimina de la solución del suelo nutrientes de las plantas como el caso del
hierro

Integrantes
Valeria Latorre sucnier
Liz Huanca Chilo
Vanessa Herrera Durand
Edwar Lening Bautista Gayona
Melissa Ashly Tuny Zea