Lokiarchaea son parientes cercanos de

Euryarchaeota, sin cerrar la brecha entre

procariotas y eucariotas
Universidad del Quindío, Armenia, Quindío. Facultad de ciencias básicas y tecnologías, programa de Biología.
1
Ardila-Tirado, Johan M. 2 Dorado-Vargas, Rosa V. 3Mesa-Mejía, Gabriela. 4Mora-Muñoz, Evelyn. 5Sanchez-Cruz,
Tania. 6Solarte-Peñafiel, Valentina. 7Ramirez-Cifuentes, Juan E. *Gómez-Marulanda, Jorge H.
1
johanm.ardilat@uqvirtual.edu.co 2 rosav.doradov@uqvirtual.edu.co 3gabriela.mesam@uqvirtual.edu.co
4
evelyn.moram@uqvirtual.edu.co 5tania.sanchezc@uqvirtual.eud.co 6valentina.solartep@uqvirtual.edu.co
7
juane.ramirezc1@uqvirtual.edu.co, *jorgeh.gomezm@uqvirtual.edu.co

Título:
Lokiarchaea son parientes cercanos de Euryarchaeota, sin cerrar la
brecha entre procariotas y eucariotas
Autor:
Da Cunha, Forterre, et. al
Editorial:
© 2017 Da Cunh
Fecha del copyright:
12 junio 2017
La conjetura de los eocitos, en la que Eukarya
surgió del dominio Archaea, se ha visto
soportada en los últimos años por el
descubrimiento de un nuevo phylum asociado al
dominio de las arqueas, “Lokiarchaeota” se
alude como un Phylum propuesto para integrar
la sistemática de las arqueas.

Fig 1. Comparación y concatenación de diferentes subconjuntos de las 36 proteínas

universales. una. Diagrama de las longitudes de los aminoácidos de las 36 proteínas
universales, obtenido después de la alineación y el recorte del conjunto de datos seleccionado
(detalles en Tabla S1 ). Las proteínas ribosómicas y no ribosómicas se indican en barras
sólidas y con hash, respectivamente. Los marcadores para los que se obtuvo la monofilia de
Archaea en su árbol filogenético se indican en rojo, mientras que los relacionados con la
parafilia de Archaea se indican en azul. * indica alineaciones que apoyan estadísticamente en
la prueba AU la topología de Woese o de eocitos (en rojo y azul, respectivamente)
 Su importancia proviene del análisis
filogenético que demostraría la existencia
de una agrupación monofilética compuesta
conjuntamente por las Lokiarqueotas y las
eucariotas, por lo que se considera a este
nuevo organismo como el eslabón perdido
entre eucariotas y su origen procariota , a
partir de estudios metagenómicos.

Tabla 1. Análisis comparativo de los 36 árboles filogenéticos individuales obtenidos con los conjuntos de datos inicial y
curado.
Propone la hipótesis que, Eukarya
surge dentro de “Lokiarchaeota”,.
en un árbol reconstruido a partir
del análisis de 36 proteínas
universales con resultados
concatenados. Sin embargo, las
cladísticas individuales mostraron
que las fracciones de nucleótidos
de proteínas lokiarqueales son
parafiléticas y no monofiléticas
como se creía Fig 2. Inserciones de tipo eucariota en las proteínas lokiarqueales EF2. una. ML árbol filogenético de EF2 con el conjunto de datos inicial
(626 posiciones). La barra de escala representa el número medio de sustituciones por sitio. Los valores en los nodos representan el soporte
calculado por bootstrap no paramétrico (de 100). B. Las representaciones esquemáticas de las tres proteínas EF2 lokiarqueales con los cinco
dominios diferentes indicados por líneas coloreadas y las posiciones de las inserciones eucariotas específicas indicaron triángulos azules. C.
Se muestran las alineaciones de las 6 inserciones observadas de la proteína EF2 (arCOG01559). Los nombres de los organismos
correspondientes a Archaea y Eukarya se indican respectivamente en negro y azul, y las secuencias de lokiarchaeal están rodeadas de
amarillo. Las inserciones A1, 2, 3 y C3 están alineadas con secuencias eucariotas Ria (parálogo EF2), mientras que B3 y D3 están alineadas
con secuencias eucariotas EF2 y Snu5 (parálogo EF2), respectivamente. Alineaciones detalladas en
 Las filogenias de los indicadores individuales
dieron como resultado al menos dos subconjuntos
de materiales estructurales, ya sea que sostienen
el árbol de la vida del Woese o del Eocyte. Para
sorpresa de los investigadores, la eliminación de
una sola proteína, el factor de elongación EF2, es
suficiente para romper lo que se creía una
relación muy cercana entre
Eukaryotes-Lokiarchaea.

Archivo:PhylogeneticTree, Woese 1990.PNG

Un análisis filogenético sólido de las ARN polimerasas
con un nuevo subconjunto de datos señala que
Lokiarchaeota y los filos relacionados del superfilo
“Asgard” son un grupo hermano de Euryarchaeota, no
de Eukarya, y fortalecida la monofilia de Archaea con
su surgimiento en la estela que conduce a
Thaumarchaeota.

Fig 3. Árboles filogenéticos EF2, basados en el conjunto de datos

curado después de la inclusión de secuencias de batiarqueales. una.
Árbol filogenético ML de la secuencia completa (626 posiciones). B.
Árbol filogenético ML de la parte C-terminal únicamente (394
posiciones). Eury, Thaum, Cren y Euka representan Euryarchaeota,
Thaumarchaeota, Crenarchaeota y Eukaryotes. Árboles detallados en
T17 y T18 Higos. Las barras de escala representan el número medio
de sustituciones por sitio. Los valores en los nodos representan el
soporte calculado por bootstrap no paramétrico (de 100) y
aproximación de bootstrap ultrarrápida (1,000 réplicas), en negro y
rojo, respectivamente.
 El factor de Elongación de un organismo proteico.

Son sustancias proteicas indispensables para los ribosomas, pues gracias a estas es posible que
organismo como los arqueanos o los bacterianos puedan realizar una biosíntesis de proteína. Un
ejemplo recae en los EF2, pues están los a-EF2 que sirven para las arqueas, o los e-EF2 las
cuales son citoplasmáticos dentro de las eucariotas; la función en las EF2 es catalizar la
translocación del ARNt (Ácido Ribonucleico de transferencia) y ARNm (Ácido Ribonucleico
mensajero) del ribosoma al final de cada ronda de alargamiento.

Captura Tomada desde: Wikipedia/Factor de Elongación; Referencia:Weijland A, Harmark K, et. Al "Elongation factor Tu: a molecular switch in protein
biosynthesis".
Para sorpresa de los investigadores, la eliminación
de una sola proteína, el factor de elongación EF2,
es suficiente para romper lo que se creía una
relación muy cercana entre
Eukaryotes-Lokiarchae

Factor de elongación bacteriano EF-Tu (azul) durante la

combinación con un ARNt (rojo).
HIPÓTESIS DEL EOCITO- SISTEMA DE TRES DOMINIOS
Su importancia proviene del análisis filogenético que
demostraría la existencia de una agrupación
monofilética compuesta conjuntamente por las
Lokiarqueotas y las eucariotas, por lo que se considera a
este nuevo organismo como el eslabón perdido entre
eucariotas y su origen procariota , a partir de estudios
metagenómicos.Propone la hipótesis que, Eukarya
surge dentro de “Lokiarchaeota”,. en un árbol
reconstruido a partir del análisis de 36 proteínas
universales con resultados concatenados.

Fig 7. Filogenia de la ARN polimerasa. Filogenia bayesiana (LGmodel + Γ 4) de los alineamientos

concatenados de las dos subunidades de ARN polimerasa más grandes (1.463 posiciones) de un
número igual (39) de Archaea, Eukaryotes (azul) y Bacteria (rojo). Entre las Archaea,
Thaumarchaeota, Crenarchaeota, grupo I Euryarchaeota y grupo II Euryarchaeota se indican en
rosa, naranja, verde claro y verde oscuro, respectivamente. Los valores en los nodos representan
las probabilidades posteriores bayesianas. Árbol detallado en S30 Higo . Ver
 Sin embargo, las cladísticas individuales mostraron que
las fracciones de nucleótidos de proteínas lokiarqueales
son parafiléticas y no monofiléticas como se creía. Las
filogenias de los indicadores individuales dieron como
resultado al menos dos subconjuntos de materiales
estructurales, ya sea que sostienen el árbol de la vida del
Woese o del Eocyte.

June 5, 2018 | Author: Anonymous | Category: Trabajos y Tareas, Biología, Botánica,

Genética y Zoología
 Se han mantenido dos acalorados debates
respecto al surgimiento de la vida celular en
nuestro planeta. Para algunos académicos, dos
linajes nacieron del último ancestro celular,
uno que señala el surgimiento bacterias a raíz
de una monofilia, el otro que conduce a un
ancestro común de Archaea y Eukarya
(hipótesis de Woese), en tanto que otros
estudios sugieren que los eucariotas surgieron
dentro de un subgrupo de arqueas (hipótesis de
los eocitos)

File:Phylogenetic Tree of Prokaryota.png

Creado el: 29 de agosto de 2018
Árbol filogenético procariota actualizado al 2018, donde
se observa a Eukaryota como un subclado al interior de
Archaea.
 Estos análisis han sugerido que las eucariotas se
originaron a partir de arqueas complejas,
llamadas Lokiarchaeota, los primeros miembros
descritos del superfilo Asgard recientemente
propuesto.

File: .Lokiarchaeota.png
Creado el: año 2015
Lokiarchaeota.
Hallado el organismo que explica el origen de toda la vida
compleja en la tierra
Considerando la importancia de esta pregunta, realizamos nuevos análisis de las proteínas
universales de Lokiarchaea y nos dimos cuenta de que su afiliación a los eucariotas se debió muy
probablemente a diferentes sesgos, incluidas las secuencias quiméricas y la tasa desigual de
evolución de las proteínas.
 Desde Nuestros resultados, sugerimos aquí
que Lokiarchaea y parientes cercanos son un
grupo hermano de Euryarchaeota, no de
Eukarya. En particular, también mostramos
que las elecciones de los marcadores
universales para incluir en el análisis, tendrán
un impacto crítico en el escenario apoyado y
que algunos marcadores como la ARN
polimerasa apoyan el árbol de Woese
tradicional.

Fig 4. Impacto de la proteína EF2 en la alineación concatenada original.

una. ML árbol filogenético de la alineación concatenada original de los
36 marcadores (10,547 posiciones). B. ML árbol filogenético del
originalalineación concatenada después de la eliminación de la proteína
EF2 (9831 posiciones). C. ML árbol filogenético de la alineación
concatenada original después de la eliminación de la secuencia Loki 3 EF2
(10,547 posiciones). Árboles detallados en T19 , S21 y S23 Higos. Las
barras de escala
representan el número medio de sustituciones por sitio. Los valores en los
nodos representan el soporte calculado por bootstrap no paramétrico (de
100).
Sin embargo, estudios afirmaron que las
secuencias de proteínas Lokiarqueales tienen
diferentes historias evolutivas. Un nuevo
conjunto de datos indica que Lokiarchaeota,
NO de Eukarya, y respalda la monofila de
Archaea con su enraizamiento en la rama que
conduce a Thaumarchaeota.

Fig 5. Impacto de la proteína EF2 en la concatenación de los

conjuntos de datos curados. una. ML árbol filogenético de los
conjuntos de datos curados concatenados (8,367 posiciones). B. ML
árbol filogenético de los concatenados curados conjuntos de datos
después de la eliminación de la proteína EF2 (7724 posiciones). C.
ML árbol filogenético de los conjuntos de datos curados
concatenados después de la eliminación de la secuencia Loki 3 EF2
(8,425 posiciones).
 Bibliografías
-Bathyarchaeota: globally distributed metabolic generalists in anoxic environments Zhichao Zhou, Jie Pan, et.
Al https://doi.org/10.1093/femsre/fuy023

-Lydia Kreuter Faculty of Biology and Preclinical MedicineInstitute for Microbiology and Archaea Center
Brochier C, Gribaldo S, Zivanovic Y, Confalonieri F, Forterre P (2005a)
https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-642-38954-2_337

-Baker, B., Saw, J., Lind, A. et al. Genomic inference of the metabolism of cosmopolitan subsurface Archaea,
Hadesarchaea. Nat Microbiol 1, 16002 (2016). https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.2

-https://bioloblogeo.blogspot.com/2016/02/hadesarchaea-microbio-de-las.html