Póster bioquímica: Estructura del Agua

Estudiantes: Leonela Pérez Reyes, Karen Zamora Acuña y Jimena Zamora Arce.
Nota para el docente: el póster se quiere hacer no como un resumen chorreado, sino que a partir de
imágenes y palabras claves para cada apartado.

¿Qué es el agua?
El agua está compuesta de dos elementos: hidrógeno y oxígeno; cada molécula de
agua contiene dos partes de hidrógeno y una de oxígeno, por esta razón su fórmula se
presenta como H2O. El agua es el único elemento que se encuentra en la naturaleza en
estado sólido, líquido y gaseoso.
El agua es esencial para la vida y para el desarrollo de las sociedades. Posee
propiedades únicas, que la hacen esencial para la vida.  El agua cubre más del 70 % de la
superficie del planeta; se encuentra en océanos, lagos, ríos; en el aire, en el suelo. Es la
fuente y el sustento de la vida, contribuye a regular el clima del mundo y con su fuerza
formidable modela la Tierra. 

Características
Características inusuales (artículo F)
1. Al estar en fase sólida y derretirse, la densidad va a incrementar ya que se sabe que el
hielo flota en el agua.
2. Relacionado a la característica anterior, si se tuviera un gráfico mostrando el
comportamiento de la densidad del agua, se puede ver que al subir la temperatura
hasta 4°C la densidad aumenta, pero después de este punto crítico, empieza a bajar.
Por lo que el agua alcanza su densidad máxima a los 4°C.
3. A bajas temperaturas (-30°C para abajo) el agua disminuye su viscosidad con
incremento de presión (hasta 2 kbar).
4. El coeficiente de auto-difusión incrementa con presión y pasa por un máximo a 3kbar
si la temperatura está por debajo de -30°C
5. Con aumento de temperatura, su capacidad calorífica y compresibilidad pasan por un
mínimo (temperaturas de 30 a 40°C)
6. El agua en estado líquido a temperatura ambiente presenta una punta de ebullición,
punto de fusión, calor de evaporización y tensión superficial lo suficientemente alta,
el agua siempre es la excepción, este tiene propiedades inesperadas en comparación
con compuestos con átomos similares. 

Estructura
Distintos modelos propuestos
i. Bernal y su modelo (artículo B) 

La importancia del agua en los ecosistemas y procesos

biológicos siempre ha sido fundamental es por eso por lo que
Bernal le surgió ese interés por entender la estructura de esta
molécula en estado líquido, Para 1933 se publicó un artículo
sobre la estructura del agua líquida, y además se abordó una
gama impresionantemente amplia de problemas de hielo y
soluciones iónicas.
 Este desarrolló una serie de ideas proponiendo modelo para el agua
que se basaban en las características principales de su patrón de
difracción de rayos X. Este básicamente consistía en que él tomó varias
pelotas de goma y las unió con varillas de diferentes longitudes tomadas
al azar de una distribución particular de longitudes. Bernal creyó que
con un patrón de difracción es de rayo X del agua iba a comprender la
estructura, Sin embargo, a pesar del éxito de este modelo,
posteriormente la encontró insatisfactorio. 

El documento de 1933 estableció que la estructura electrónica de la molécula de agua era

casi tetraédrica. Además, el modelo final de la molécula de agua que se le ocurrió fue de
manera tanto conceptual como semicuantitativa mente lo que se usa hoy en día. 

ii. Modelo mixto del agua

La idea principal que tenía Bernal era la de una

que estructura líquida se basa en la de los gases
comprimidos. A medida que se comprime un gas,
los átomos o moléculas se juntan y, en
consecuencia, interactúan cada vez con más fuerza.
Una mayor compresión da como resultado un
mayor aumento de las interacciones
intermoleculares hasta que llega un punto en el que
las moléculas comienzan a cohesionarse y el
líquido se condensa.

El modelo de líquido simple, o conocido como "empaquetamiento aleatorio". Bernal

y su equipo imaginaron el líquido como un conjunto irregular de átomos que tiene la
densidad correcta y en el que los átomos interactúan entre sí de una manera que es
consistente con las fuerzas que actúan entre ellos.  Sin embargo, esto fue solo la analogía
porque sabía que la molécula de agua es diferente.  A pesar de esto este modelo fue exitoso.
Lo que hicieron entonces fue el conocido modelo de “red aleatoria” este era
consistente con las propiedades conocidas de las moléculas de agua individuales. El modelo
de “red aleatoria” consistía en que las bolas negras son los átomos de oxígeno de las
moléculas de agua que se unen a otras moléculas de agua vecinas a través de pequeños
hidrógenos blancos, con cuatro moléculas de agua rodeando cada agua central este modelo
es inherentemente no cristalino y puede construirse para tener la
densidad del agua.

La visión final de Bernal de la estructura del agua es

esencialmente la de esta idea de red aleatoria. En esta red de
moléculas de agua, cada molécula interactúa con sus vecinas en una
geometría aproximadamente tetraédrica. 
Resultados de la simulación
Dinámica de las redes de enlaces de hidrógeno
La red de enlaces de hidrógeno en agua líquida se ha estudiado ampliamente en las
últimas décadas, pero aún persiste la controversia. Específicamente, basándose en
experimentos de dispersión de rayos X y Raman, Wernet et al. concluyó que la mayoría de
las moléculas de agua en el agua líquida están en dos configuraciones de enlaces de
hidrógeno con un fuerte donante y aceptor de enlaces de hidrógeno (donante único o SD)
en contraste con la estructura tetraédrica de cuatro enlaces de hidrógeno en el hielo. Sin
embargo, estudios teóricos previos mostraron que las moléculas de agua con un donante de
doble enlace de hidrógeno son dominantes en agua líquida. En este estudio, se recopilaron
instantáneas cada 2 fs durante la última
simulación AIMD.
Por lo tanto, las fracciones de las
configuraciones de donante doble (DD),
donante único (SD) y no donante (ND) de
nuestra simulación se resumen en la Fig. 5
junto con los resultados obtenidos de otros
cálculos teóricos. Según Wernet et al. en el
experimento de, alrededor del 80% de las
moléculas de agua en la fase líquida donan
solo un hidrógeno para formar un enlace de
hidrógeno con sus vecinos, y las
configuraciones DD y ND solo representan el
15% y el 5%, respectivamente. Sin embargo,
otros resultados teóricos predijeron alrededor
del 80% de las moléculas de agua están en la
configuración DD y solo alrededor del 20%
están en la configuración SD.
Los enlaces de hidrógeno y su dinámica
 Métodos para estudiar los enlaces de hidrógeno: Efecto Compton [NCS] y
Resonancia magnética nuclear [RMN] (artículo G)
Las propiedades del agua están dominadas por la interacción del enlace de hidrógeno que
da lugar a la formación de una red dinámica en la fase líquida estable. Este último impulsa
la termodinámica del agua y está en el origen de sus conocidas anomalías.
Si se compara con otros materiales, el agua es, en el sentido termodinámico, un sistema
muy complejo con muchas anomalías que caracterizan su diagrama de fase, particularmente
en la fase líquida.
 Las interacciones del enlace de hidrógeno intermolecular determinan la física química del
agua a granel y sus soluciones, y que la estructura HB del agua líquida depende de la
temperatura.
Al enfriarse, la interacción HB en el agua ordena a las moléculas vecinas más cercanas,
que gradualmente asumen la característica geometría tetraédrica similar al hielo: cada
molécula de agua teniendo cuatro vecinos más cercanos, un receptor de hidrógeno a dos de
ellos y un donante de hidrógeno de los otros dos.
El orden local del agua líquida a diferentes temperaturas, desde el régimen de
sobreenfriados a los sobrecalentados, y en diferentes formas de hielo y vasos se ha
discutido en el marco de las mediciones NCS y NMR. A pesar de que las dos técnicas
espectroscópicas no prueban directamente la estructura del sistema en estudio,
investigaciones previas han demostrado que son sensibles a la reordenación de la red de
enlaces de hidrógeno en el agua.

 Efecto de soluto (artículo A)

Los solutos afectan la estructura del agua de mayor forma en la primera capa de
hidratación, donde se da el contacto del solvente con la capa de agua. Este efecto se explica
con la función de distribución radial del agua. La distribución de frecuencia radial del agua
líquida es dominada por el tamaño y empaquetamiento del agua, además de las fuerzas de
van der Waals.
Como se puede ver en la figura #(2) donde muestra el comportamiento del agua
líquida con un soluto hidrofóbico, se puede ver que hay crecimiento de altura del pico
dando una distribución ligeramente agudizada que indica un crecimiento de ordenamiento
del agua en la primera capa de hidratación aunque el efecto no es largo.
En contraste, los solutos afectan más en la estructura angular del agua (figura 3).
Los solutos apolares cambian la distribución bimodal del enlace de hidrógeno del agua a
una más parecida al hielo, de forma lineal, aumentando el ordenamiento del agua y
disminuyendo los enlaces de hidrógeno ordenados. Estos solutos carecen de poder crear
fuertes interacciones electrostáticas con el agua; su efecto es más geométrico: tienden a
desplazar los enlaces de hidrógeno más débiles a la capa de coordinación, reduciendo la
cantidad de estos enlaces doblados (figura d).
Para los solutos polares e iónicos se da el efecto opuesto. Cambian la distribución
bimodal del enlace de hidrógeno del agua a una forma más doblada, como consecuencia de
los fuertes interacciones electrostáticas que pueden hacer con el agua. Los dipolos del agua
tienden a alinearse enfrente o atrás de átomos con una larga carga atómica parcial dando
distorsión a los enlaces de hidrógeno del agua (figura e).

Resumen
Los solutos afectan la estructura del agua de mayor forma en la primera capa de
hidratación, donde se da el contacto del solvente con la capa de agua.
El comportamiento del agua líquida con un soluto hidrofóbico tiene como consecuencia un
crecimiento de ordenamiento del agua en la primera capa de hidratación.
Los solutos afectan más en la estructura angular del agua. Los apolares cambian la
distribución bimodal del enlace de hidrógeno del agua a una más parecida al hielo, de
forma lineal, aumentando el ordenamiento del agua y disminuyendo los enlaces de
hidrógeno ordenados. Estos no pueden crear fuertes interacciones electrostáticas con el
agua, su efecto geométrico es desplazar enlaces de hidrógeno más débiles a la capa de
coordinación, reduciendo la cantidad de estos enlaces doblados (figura d).
Para los solutos polares e iónicos se da el efecto opuesto. Cambian la distribución bimodal
del enlace de hidrógeno del agua a una forma más doblada, como consecuencia de los
fuertes interacciones electrostáticas que pueden hacer con el agua.

Viendo este comportamiento de enlaces de hidrógeno desde la temperatura se da un

resultado similar. Al enfriarse, la interacción HB en el agua ordena a las moléculas vecinas
más cercanas, que gradualmente asumen la característica geometría tetraédrica similar al
hielo.
Estas interacciones por temperatura se han discutido en el marco de las mediciones NCS y
NMR. A pesar de que las dos técnicas espectroscópicas no prueban directamente la
estructura del sistema en estudio, investigaciones previas han demostrado que son sensibles
a la reordenación de la red de enlaces de hidrógeno en el agua.

Interacciones hidrofóbicas e hidrofílicas: agua como solvente (Artículo A)

El agua es llamada el “solvente universal” ya que esta tiene la propiedad de servir

como disolvente a sustancias tan simples como la sal o más complejas como proteínas y
ácidos nucleicos. También es importante recalcar su efecto diferencial como solvente
porque este tiene más afinidad con ciertas sustancias que con otras.
El cuadro que tenemos acá nos muestra las solubilidades relativas en agua de una
variada selección de solutos. Los que están más arriba, que incluyen sustancias iónicas y
aminoácidos con carga que muestran una gran solubilidad con el agua se les llama
sustancias hidrofílicas mientras que los que están más abajo que muestran una solubilidad
baja son aminoácidos alifáticos y aromáticos junto con las colas de hidrocarburos de los
lípidos, y estos se les conoce como compuestos hidrofóbicos.

Resumen

El agua es el “solvente universal” ya que puede disolver sustancias simples y complejas.

También tiene un efecto diferencial por su afinidad con las diferentes sustancias.
La gráfica representa solubilidades relativas de muchos solutos distintos, dando como
resultado que los solventes de la parte superior tienen gran solubilidad y si están en la parte
inferior su solubilidad es baja.
 I. Bases físicas de la solvatación

La solubilidad de un soluto es proporcional al trabajo termodinámico o energía libre de

hidratación (ΔGhyd) necesaria para ser transferida al agua de un solvente de referencia. Si
esta energía es positiva significa que el soluto tiene poca solubilidad y si es negativa es que
tiene alta solubilidad con agua. ΔG hyd está directamente relacionado con las propiedades del
soluto, el agua y la fuerza de interacción entre estos dos. Aquí tiene importancia la tensión
superficial y la constante dieléctrica.
Para hidratar un soluto se ocupa realizar dos pasos: 1) creación de la cavidad en forma
del soluto en el agua (por aplicar trabajo a la tensión superficial) y 2) poner el soluto en esa
cavidad (interacciones soluto-agua y reestructuración del agua).
En el primer paso siempre se da una oposición a la formación de la disolución. Si
las interacciones agua-soluto son débiles por el soluto ser apolar, la cavidad formada
domina y la solubilidad es reducida debido a que las moléculas apolares reducen el área de
contacto entre agua-soluto; en cambio, con solutos polares/iónicos se da una alta
solubilidad porque el campo eléctrico de las partículas cargadas parcialmente del soluto
reorienta el agua por polarización dando como resultado un campo electrostático en el
soluto. Esto gracias a la constante dieléctrica tan alta del agua. 
En conclusión, tenemos dos grandes contribuciones a la solubilidad, la contribución de
la cavidad y la contribución electrostática.

Resumen

Solubilidad de soluto es proporcional al trabajo termodinámico o energía libre de

hidratación necesaria para ser transferida al agua de un solvente de referencia. Energía
positiva significa soluto con poca solubilidad, mientras que la negativa es alta solubilidad
en agua.
La tensión superficial y constante dieléctrica son importantes. Para hidratar un soluto se
ocupa realizar dos pasos:
1) Creación de la cavidad en forma del soluto en el agua (por aplicar trabajo a la tensión
superficial)
2) Poner el soluto en esa cavidad (interacciones soluto-agua y reestructuración del agua).
Hay dos grandes contribuciones a la solubilidad, la contribución de la cavidad y la
contribución electrostática.

II. Rol de la solvatación

El agua tiene la habilidad de solvatar distintos grupos de moléculas produciendo una fuerza
que permite que adopten estructuras o se autoensamblen de manera que los grupos
hidrofílicos queden expuestos al agua y que los hidrofóbicos son apartados del agua. Este
factor permite mejores ensamblajes, que las moléculas se plieguen mejor y el
mantenimiento preciso en proteínas, ácidos nucleicos y membranas.
El efecto hidrofóbico promociona:
a. Formación de núcleos apolares enterrados en aminoácidos en el plegamiento de
proteínas. 
b. Formación de hélices en ácidos nucleicos por bases apiladas
c. Formación de membranas lipídicas con una cola lipídica apolar.
d. Formación de complejos macromoleculares
e. Reconocimiento y unión específica de moléculas con grupos complementarios
superficiales apolares. 
El efecto hidrofílico funciona al revés que el efecto hidrofóbico; además este genera
fuerzas motrices que mantienen las partes polares e iónicas de proteínas, lípidos y ácidos
nucleicos en la superficie en contacto con el agua.
Al final, es importante mantener un balance entre las fuerzas polares y apolares de
solvatación ya que contribuyen a una excelente fidelidad y precisión del auto-ensamblaje.

Resumido

El agua permite que distintos grupos de moléculas se auto ensamblen o adopten estructuras
donde la parte hidrofílica esté en contacto con agua mientras que la hidrofóbica no.

El efecto hidrofóbico promociona:

- Formación de núcleos apolares enterrados

- Formación de hélices
- Formación de membranas lipídicas con cola apolar
- Formación de complejos macromoleculares
- Reconocimiento y unión específica de moléculas
El efecto hidrofílico funciona al revés, además mantiene partes polares e iónicas en
contacto con agua.

Es importante mantener un balance entre fuerzas polares y apolares por su contribución a la

fidelidad y precisión del auto ensamblaje.

Funciones del agua

La singular estructura del agua le confiere unas características físicas y químicas de
gran trascendencia en sus funciones biológicas, sobre todo en las relacionadas con su
capacidad solvente, de transporte, estructural y termorreguladora.
El comportamiento térmico del agua es único y gracias a ello el agua es el principal
responsable del sistema termorregulador del organismo, manteniendo la temperatura
corporal constante, independientemente del entorno y de la actividad metabólica. Esta es
una de sus funciones más importantes. Tiene una alta conductividad térmica que permite la
distribución rápida y regular del calor corporal, evitando gradientes de temperatura entre las
diferentes zonas del organismo y favoreciendo la transferencia de calor a la piel para ser
evaporada. Su alto calor específico [1 kcal/kg ºC = 4180 J/kg·K], consecuencia de la gran
capacidad para almacenar energía en los puentes de hidrógeno, la convierte en un
excepcional amortiguador y regulador de los cambios térmicos.
El agua tiene un alto valor de tensión superficial, quedando las moléculas de la
superficie fuertemente atraídas, aunque algunas sustancias pueden romper esta atracción.
Tiene también unas excepcionales y únicas propiedades solventes. Debido a su
pequeño tamaño, a la naturaleza polar de sus enlaces H – O, a su estructura angular y a su
capacidad para formar puentes de hidrógeno, el agua es una molécula altamente reactiva
que puede disolver una gran variedad de sustancias (hidrófilas) iónicas y moleculares, pero
también evita la disolución de otras apolares (hidrófobas), efecto igualmente muy
importante para la vida.
La interacción hidrofóbica es la responsable de diversos procesos biológicos
importantes. En medios acuosos, la interacción con moléculas anfipáticas (o anfifílicas,
aquellas con grupos polares y apolares, como los detergentes o las sales biliares) determina
la formación de estructuras ordenadas. Este es el caso de las membranas celulares,
formando bicapas lipídicas [las moléculas de carácter anfifílico que forman las membranas
celulares son los fosfolípidos - doble capa fosfolipídica-]; de las micelas (importantes en la
digestión intestinal de lípidos, mediada por las sales biliares) o de los liposomas. Todos
ellos –membranas, micelas y liposomas- son estructuras muy estables mantenidas por las
fuerzas hidrofóbicas de las cadenas hidrocarbonadas y las interacciones iónicas de las
cabezas cargadas con el agua: el agua «arrincona» a las moléculas no polares,
manteniéndolas juntas. El efecto hidrófobico del agua, consecuencia de su gran cohesión,
resultó esencial para la formación y posterior evolución de las células.
 El agua (aceptando o donando protones) también contribuye en el mantenimiento
del pH, esencial para la vida, ya que la actividad de muchos procesos, como por ejemplo la
actividad enzimática, es pH dependiente. Mantiene el volumen vascular y permite la
circulación de la sangre. Es el medio en el que funcionan todos los sistemas de transporte,
permitiendo el intercambio de sustancias.