Scribd Logo
Cargar

¡Te damos la bienvenida a Scribd!

  • 117 vistas

    Nick Bioinf

    Cargado por

    Nick Kevin Silva G
    Este documento proporciona información sobre diseño de primers. Define primers universales y degenerados, explica la importancia de conocer la temperatura de fusión y cómo se calcula. Además, da recomendaciones para diseñar primers como tamaño, contenido GC, estructuras secundarias. Finalmente, usando la secuencia NM_000024.6 de Homo sapiens, diseña una pareja de primers con Tm entre 55-65°C y producto menor a 450pb usando Oligo Explorer.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    Nick Bioinf

    Cargado por

    Nick Kevin Silva G
    117 vistas4 páginas
    Este documento proporciona información sobre diseño de primers. Define primers universales y degenerados, explica la importancia de conocer la temperatura de fusión y cómo se calcula. Además, da recomendaciones para diseñar primers como tamaño, contenido GC, estructuras secundarias. Finalmente, usando la secuencia NM_000024.6 de Homo sapiens, diseña una pareja de primers con Tm entre 55-65°C y producto menor a 450pb usando Oligo Explorer.

    Derechos de autor

    © © All Rights Reserved

    Formatos disponibles

    PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    ¿Le pareció útil este documento?

    ¿Este contenido es inapropiado?

    Este documento proporciona información sobre diseño de primers. Define primers universales y degenerados, explica la importancia de conocer la temperatura de fusión y cómo se calcula. Además, da recomendaciones para diseñar primers como tamaño, contenido GC, estructuras secundarias. Finalmente, usando la secuencia NM_000024.6 de Homo sapiens, diseña una pareja de primers con Tm entre 55-65°C y producto menor a 450pb usando Oligo Explorer.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como pdf o txt
    117 vistas4 páginas

    Nick Bioinf

    Cargado por

    Nick Kevin Silva G
    Este documento proporciona información sobre diseño de primers. Define primers universales y degenerados, explica la importancia de conocer la temperatura de fusión y cómo se calcula. Además, da recomendaciones para diseñar primers como tamaño, contenido GC, estructuras secundarias. Finalmente, usando la secuencia NM_000024.6 de Homo sapiens, diseña una pareja de primers con Tm entre 55-65°C y producto menor a 450pb usando Oligo Explorer.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como pdf o txt
    Está en la página 1de 4

    Nick Silva Guaranda

    BIOTECNOLOGÍA

    TALLER DISEÑO DE PRIMERS


    1.Defina que es un primer universal y un primer degenerado
    Primer universal: Es un primer que está diseñado para funcionar con múltiples especies o en
    varios contextos experimentales. Estos primers universales se diseñan de manera que puedan
    emparejarse con regiones conservadas en diferentes especies, lo que permite amplificar un
    fragmento específico de ADN en una variedad de organismos.

    Primer degenerado: Es un primer que permite amplificar secuencias de ADN que pueden
    tener variaciones genéticas en diferentes organismos o muestras.

    2. ¿Qué es la temperatura de melting?

    a. ¿Por qué es importante conocer esta temperatura?

    La temperatura melting o de fusión del cebador (Tm), por definición, es la temperatura a la


    cual la mitad del dúplex de ADN se disocia para convertirse en monocatenario e indica
    laestabilidad del dúplex. Los cebadores con temperaturas de fusión en el rango de 52-58 oC
    generalmente producen los mejores resultados.

    b. ¿Cómo se calcula la temperatura de melting?

    La ecuación más simple para calcular la Tm está dada por la Regla de Wallace:

    Tm = 2(A+T) + 4(G+C)

    3. ¿Cuáles son las recomendaciones que se deben de tomar en cuenta al momento de


    diseñar un primer?

     Los primers deberán "rodear" a la secuencia deseada, de tal manera que queden entre
    ella y no pierdan bases de la selección.
     Los primers están por lo general entre los 18-25 pares de bases.
     Cada primer deberá tener una Tm entre 55-65°C y un contenido de G/C del 50-60%.
     Cada primer deberá tener un extremo 3’ que hibride bien con la secuencia molde
    (template).
     Los primers no deberán formar dímeros o “hairpins” (estructuras secundarias en las que
    se pliega el oligo sobre sí mismo).
    4. De acuerdo con los criterios visto en clase, se desea amplificar la secuencia de referencia
    disponible en GenBank con el número: NM_000024.6

    a. ¿A qué organismo corresponde la secuencia?

    Homo sapiens adrenoceptor beta 2 (ADRB2), mRNA

    b. Usando uno de los programas para diseños de primers vistos en clase, diseñe una
    pareja de cebadores cuyo producto de amplificación no sea mayor a 450bp.
    Secuencia de cebadores

    Explique cuál fue el programa seleccionado por usted para hacer el diseño.

    Oligo Explorer: es una herramienta eficiente y fácil de usar para determinar las propiedades de
    los cebadores como Tm, GC%, bucles de cebadores y dímeros de cebadores.

    Forward

    HETERODIMEROS

    HOMODIMEROS

    Forward: se observan los Homodimeros y heterodimeros.

    Reverse

    LOOPS

    Reverse: se observan los homodimeros, heterodimeros y también la presencia de los Loops.


    c. Analice y reporte las Tm, longitudes de primers, %GC y la formación de estructuras
    secundarias.

    Se puede observar en la herramienta de oligo Explorer la


    característica de los primers forward y reverse con rango de
    diferencia mínima.

    Forward

    Tm: 64,9 oC

    Reverse
    Longitud: 19
    Tm: 63,5 oC GC% : 57,9%

    También podría gustarte