Tema 2: Funciones biológicas de los ácidos nucleicos

Tema 2: Funciones biológicas de los ácidos nucleicos

• El paso de información del DNA al RNA y proteínas determina la forma,
tamaño y funcionamiento de cualquier organismo vivo.
– Proceso extremadamente preciso y rápido
– Se pueden copiar moléculas que contienen millones de bases.
– Se requiere un gran número de proteínas
1era Característica principal
2. La replicación comienza en un origen y usualmente procede
bidireccionalmente.
– John Cairns (Biólogo Molecular): creció a E. coli en un medio con timidina tritiada
marcada con 3H. Demostró que las dos hebras son replicadas al mismo tiempo y que la
replicación es bidireccional.
3. Origen monofocal (procariotas) o Multifocal (eucariotas).
4. La replicación del DNA procede en la dirección 5´→3´ y es semidiscontinua.
– Una nueva hebra de DNA siempre es sintetizada en la dirección 5´→3´, siendo el extremo
3´OH libre el punto en el que el DNA es elongado.

Velocidad de la replicación
1000-2000 n/min Procariotas
100-200 n/min Eucariotas
5. EL DNA es sintetizado por DNA polimerasas.

La síntesis de ADN es universal, su catálisis es efectuada en cada caso por distintas enzimas
bajo la denominación común de ADN polimerasas. Estrictamente su nombre es más completo,
polimerasas de ADN dirigidas por ADN (o dependientes de ADN), para indicar tanto la
molécula que sintetizan como la que emplean como molde.

Polimerasas de ADN o de ARN que utilizan distintos moldes

EL DNA es degradado por nucleasas.
• El DNA es degradado por enzimas llamadas nucleasas y DNAsas específicas para el DNA
• Exonucleasas: degradan el DNA desde los extremos (dirección 5´→3´ o 3´→5´)
removiendo nucleótidos en DNA simple banda o doble banda.
• Endonucleasas: pueden romper el DNA en cualquier secuencia convirtiéndolo en
fragmentos cada vez más pequeños.
.- La DNA polimerasa dirigida por DNA necesita:
.- Sustratos: se utilizan como sustratos el conjunto de los cuatro dNTPs: dATP, dGTP, dCTP, dTTP, de cada uno de ellos queda
incorporado en el ADN nuevo la parte dNMP de la molécula.
.- Un templado que dirige que dNTP va a ser ingresado a la siguiente posición, definiendo la precisión del proceso de replicación.
• Se cometen errores cada 109 o 1010 nucleótidos
• Actividad exonuclasa 3´→5´ de la DNA polimerasa, chequea cada nucleótido después de que es agregado (proofreading =
lectura de prueba).
.- Una secuencia iniciadora (cebador o primer). Un cebador (de RNA) es un segmento de hebra complementario al templado con un
grupo 3´OH libre al cual puede anexarse un nuevo nucleótido. La DNA polimerasa solo puede añadir nucleótidos a una hebra
preexistente.
.- Cofactores: Para una actividad óptima se requiere un ion metálico divalente como cofactor, asociado a los dNTPs. Este papel in vivo lo
desempeña el magnesio (Mg+2)
Mecanismo de reacción de la polimerización de ADN.
• El mecanismo de acción de las DNA polimerasas es un ataque nucleofílico por parte del
3ÓH del nucleótido en el extremo 3´terminal de la cadena creciente al grupo 5´fosfato del
deoxinucleótido 5´ trifosfato.
• Se libera el grupo pirofosfato, de acuerdo a la siguiente reacción:
(dNMP)n + dNTP → (dNMP)n+1 + Ppi
• La reacción está dirigida por el apareamiento entre las bases y la subsecuente
degradación del pirofosfato por parte de la enzima pirofosfatasa.

La ruptura del enlace fosfoanhidrido del dNTP proporciona la energía necesaria para impulsar la
reacción, ayudada por la subsiguiente hidrólisis del PPi.
 DNA polimerasa
I II III
Gen estructural polA polB polC (dnaE)
Subunidades 1 >4 > 10
Peso molecular (Da) 103.000 88.000 830.000
3´→5´ exonucleasa Si Si Si
(proodreading)
5´→3´ exonucleasa Si No No
Taza de polimerización 16-20 40 250-1000
(nt/seg)
Sitio de acción Limpieza de fragmentos Reparación del DNA Principal enzima de
replicación

DNA polimersas III de E. coli.

 DNA polimerasa I de E. coli

Proceso por medio del cual el primer de

RNA es eliminado por la actividad 5´→3´
exonucleasa de la DNApol I y reemplazado
por la actividad polimerasa de la misma
enzima
 El sistema de replicación del DNA (El replicosoma)
• 20 o más proteínas, cada una realizando una actividad específica.
– Helicasa (proteína DnaB): se mueve a lo largo del DNA y separa las hebras usando la energía del ATP
– Topoisomerasas: rompen y reconectan una o ambas cadenas, permitiendo que giren y se alivie la tensión.
– Proteínas de unión al DNA: estabilizan la estructura de la hebras separadas
– Primasas: sintetizan los pequeños fragmentos de RNA usados como cebadores
– Ligasas: unen los fragmentos de Okasaki
 Fases del proceso de replicación
1. Iniciación: ocurre en el origen de replicación (OriC)
Proteína Función

Proteína DnaA Reconoce la secuencia de origen, abre el dúplex en un sitio específico en

el origen
Proteína DnaB (Helicasa) Separa las hebras del DNA

Proteína DnaC Requerida para la unión de DnaA en el origen

HU Proteína tipo histona, estimula la iniciación

Primasa (Proteína DnaG) Sintetiza los cebadores de RNA

Proteínas de unión a DNA de Se unen a DNA simple banda

simple banda (SSB)
RNA polimerasa Facilita la actividad de la DnaA

Topoisomerasa Alivia el estrés torsional en la cadena de DNA

Dam metilasa (deoxyadenosinmetilasa) Metila la secuencia (5´)GATC en el OriC (y a lo largo de la hebra de ADN)

245 pb

El origen de replicación se compone de 4 repeticiones de una secuencia de 9 pb que une la proteína de iniciación, el producto del gen dnaA, secuencia 5’-TTATNCANA-
3’. A la izquierda de estos lugares hay 3 repeticiones directas de una secuencia de 13 pb que contiene una cantidad abundante de A y T, y que por tanto, puede
desnaturalizarse con facilidad. La secuencia es 5’-GATCTNTTNTTTT-3’, secuencias DUE. Esta secuencia contiene también lugares de unión para varias proteínas
básicas (HU e IHF) que facilitan que el DNA se doble, un paso importante de la secuencia que conduce a la iniciación.
 Eventos de formación del complejo de iniciación:

(HU e IHF)

Microscopía electrónica de los complejos a nivel del

origen en la iniciación, la figura siguiente muestra (1) la
formación del complejo de preiniciación en oriC y (2) la
horquilla tras 1 min de replicación

La proteína Dna A reconoce específicamente esas secuencias de 9 pb y

forma una estructura nucleoprotéica, de aproximadamente 20 monómeros,
enrollada por el DNA; el DNA va a estar distorsionado y va a facilitar la
apertura (los DUE se abren dando lugar a la burbuja de replicación) y allí se
incorporan DnaC y DnaB. DnaB (helicasa) forma un complejo
con DnaC (cargador de helicasa) y este complejo DnaB/DnaC interacciona
con DnaA.
 2. Elongación

Proteína Función
SSB Proteínas de unión a DNA simple
banda
DnaB (helicasa) Desenrrolla el DNA
Primasa Sintetiza el cebador de RNA
DNA polimerasa III Elongación de la nueva hebra
DNA polimerasa I Excisión de los cebadores de RNA
DNA ligasa Unión de los fragmentos de
Okasaki
DNA girasa Alivio del estrés torsional
(Topoisomerasa)
Síntesis continua de la cadena 5’ -3’

A T C G A A C C G T T G C A C C G T T G C A C
U A G C T T G G C A A C G T G

Síntesis continua de la cadena en dirección 5'3'. La síntesis de esta cadena no plantea ningún
problema. Así, una vez separadas ambas cadenas, se sintetiza el primer y la ADN pol. III (una de las
enzimas que unen los nucleótidos) va a elongar la cadena en dirección 5'3'.
Síntesis discontinua de la cadena 3’ -5’

A T C G A A C C G T T G C A C C G T T G C
T A G C T U
T G G C A A C G T G C C A A

Síntesis discontinua. La cadena complementaria no se va a replicar en sentido 3'5' sino que se

replica discontinuamente en dirección 5'3'. Primero se sintetiza el primer (ARN) y posteriormente
este se elonga con ADN. El ARN es posteriormente eliminado y los diferentes fragmentos sintetizados,
llamados fragmentos de Okazaki, son unidos entre sí.
Mecanismo de reacción de la DNA Ligasa
 1. Terminación
E.Coli E.Coli

Secuencias Ter 22pb (terminus)

Sitio de unión de la proteína Tus
el complejo proteína Tus - secuencia Ter es una señal de terminación de la replicación
(terminus utilization substance)

Al tener varios sitios de terminación Ter y contar con polaridad cruzada aseguramos la
terminación de la replicación, si un Ter muta, actuará el siguiente.
 Replicación en Eucariotas

•Mayor cantidad de ADN en la célula ecucariota.

•Asociación íntima del DNA con proteínas.

Orígenes de replicación llamados

ARS (autonomously replicating
sequences) 150 pb

Varios orígenes espaciados Transcriptasa inversa

entre 30.000 y 300.000 pb

La secuencia molde del telómero suele tener una longitud de

entre 9 y 28 nucleótidos y es característica de cada especie
p292.
 Transcripción
• Transformación de la información de un segmento de
DNA doble banda a una hebra de RNA con una
secuencia de bases complementaria a una de las hebras
de DNA por medio de un complejo enzimático.
– Más selectiva, solo se transcribe un gen o grupo de genes y
algunas porciones del DNA jamás son transcritas.
– RNA mensajero (mRNA): codifica la secuencia de
aminoácidos de uno o más polipéptidos especificados por un
gen o grupo de genes.
– RNA de transferencia (tRNA): lee la información especificada
en el mRNA y transfiere el aminoácido apropiado a la cadena
de polipéptidos creciente.
– RNA ribosomal (rRNA): son parte integral de los ribosomas, la
maquinaría enzimática de la síntesis de proteínas.
 Síntesis de RNA dependiente de DNA
Semejanzas entre Replicación y Transcripción
•Mecanismo químico fundamental: la polaridad (dirección de la síntesis) y el uso de un
templado.
•Tres fases: iniciación, elongación y terminación.

Diferencias entre Replicación y Transcripción

Transcripción Replicación
No requiere el uso de un primer (esto puede Requiere el uso de un primer
darse porque la transcripción no tiene que
ser tan exacta.
Se involucran segmentos limitados de toda Se sintetiza toda una nueva molécula de
la molécula de DNA. Moléculas mucho mas DNA tomando como templado una pre-
pequeñas. No pasan de unos cuantos miles existente. (Un ADN de un cromosoma
de nucleótidos y muchos de ellos son incluso humano contiene hasta 250 millones de
menores (Alberts, pag 333). pares de bases de longitud).
Sólo una de las hebras de DNA sirve como Ambas hebras del DNA son usadas como
templado y el dímero ADN-ARN no templado
permanece unido.
 Las RNA polimerasas
• Requiere DNA como templado, 4
ribonucleósidos 5´trifosfato (ATP,
GTP, UTP, CTP) y Mg2+.
• Elonga la molécula de RNA en
sentido 5´→3´ agregando
ribonucleótidos en el extremo
3´hidroxi terminal (ataque
nucleofílico), liberando PPi.

(NMP)n + NTP → (NMP)n+1 + PPi

• Es más activa cuando se une a DNA
doble banda. Sólo una de las hebras
de DNA sirve como templado y es
leída en sentido 3´→ 5´.
• El orden de inserción de los
nucleótidos es determinado por la
complementariedad de bases (G≡C,
A=U)
17 pb apertura de la 50-90 nt/seg
burbuja de transcripción
Las RNA polimerasas
• La RNA polimerasa no tiene actividad
reparadora 3´→5´
• Comete un error cada 104 nucleótidos
incorporados en el RNA en la
transcripción.
– Se producen muchas copias de RNA a partir
de la misma secuencia templado
– Todos los RNA son eventualmente degradados
y reemplazados.
– Un error en la molécula de RNA tiene menos
consecuencias que un error permanente en el
DNA.
Sub unidades de la ARN polimerasa

70
 • La síntesis del RNA es iniciada en promotores, secuencias específicas de DNA
las cuales dirigen la transcripción de segmentos adyacentes de DNA (genes).

Secuencias concenso ( no son idénticas pero

comparten varios nucleótidos) Una secuencia de
nucleótidos consenso se deduce de la comparación de
muchas secuencias que tienen la misma función
básica.

-35 = (5´)TTGACA(3´) -10 = (5´)TATAAT(3´)

UP (upstream
promoter),
promotor aguas
arriba, rico en AT,
en promotores de
genes altamente
expresados, - 40 y -
60. Se une a la
subunidad 

La eficiencia a la que la RNApol se une al promotor e inicia la transcripción depende de:

•La presencia de estas secuencia
•La separación entre ellas
•La distancia del sitio de inicio de la transcripción
Ciclo de transcripción de la ARN polimerasa

En bacterias, todas las moléculas de RNA

son sintetizadas por un solo tipo de RNA
polimerasa y el ciclo descrito en esta figura
tiene validez tanto para la producción de los
mRNA como de los RNA estructurales y
catalíticos.
 Terminación de la transcripción
Independiente de rho () Dependiente de rho ()
Las señales de
finalización están
codificadas en el
DNA, y muchas de
ellas actúan formando
una estructura en el
RNA que
desestabiliza la unión
de la polimerasa con
el RNA .

Alberts. Biología molecular pag 338.

15-290 nt antes del final de RNA En algunos genes no existe la señal conservada para formar la horquilla de
terminación entonces el factor rho actúa para terminar la transcripción
La responsabilidad de la terminación cae sobre las secuencias ya transcritas por la RNA polimerasa
 RNA polimerasas de Eucariotas
En Eucariotas
-RNA polimerasa I: Cataliza la síntesis del pre-rRNA (45S),
La caja TATA está localizada unos 25 nucleótidos
en el nucléolo. Posteriormente, se cortara el 45S en 28S, 18S por delante del punto de inicio de la transcripción.
y 5,8S
-RNA polimerasa II: Responsable de la síntesis del
precursor de los mRNA.
- RNA polimerasa III: Produce los tRNA y el rRNA 5S.

La RNA polimerasa II necesita los factores generales de transcripción

Factor de Transcripción Función
necesarios para la iniciación
RNA polimerasa II Cataliza la síntesis del RNA

TBP (proteína de unión a TATA) Reconoce específicamente la caja TATA (forma el complejo de inicio de la
Sub unidad de la TFIID transcripción junto con la ARN pol).
TFIIA Estabiliza la unión de TFIIB y TBP al promotor

TFIIB Se une a TBP, recluta el complejo RNApolII-TFIIF

Proteína mediadora Permite que las proteínas activadoras se comuniquen correctamente con la
polimerasa ll y con los factores generales de transcripción.
TFIIE Recluta a TFIIH (actividad ATPasa y helicasa).

TFIIF Previene la unión de la RNApolII a secuencias no específicas

TFIIH Desenrrolla el DNA en el promotor. También fosforila a la ARN pol, cambia su

conformación para la elongación. Libera los TF
Iniciación de la transcripción de la
RNA polimerasa II
Iniciación de la transcripción de la
RNA polimerasa II
 Elongación de la RNA polimerasa II
Factor de Transcripción Todos los factores de elongación mantienen la
necesarios para la elongación estructura del complejo RNA pol II-TFIIF, TFIIE,
TFIIH.
ELL

P-TEFb

SII (TFIIS)

Elongin (SIII)

Proteínas que disminuyen la probabilidad

de que la RNA polimerasa se disocie
antes de alcanzar el final del gen. Estos
factores se asocian con la RNA
polimerasa poco después de la iniciación
y ayudan a las polimerasas a avanzar a
través de la gran variedad de secuencias
que se encuentran en los genes
Pasos que llevan del gen a la proteína

345
Procesamiento del RNA (transcrito primario)

Procesamiento del mRNA: ocurre sólo en

eucariotas. Eliminación de intrones
(splicing), se agrega un nucleótido 5´cap
en el extremo 5´, y se le agrega una cola
de adeninas de 250 nt en el extremo 3´.

Procesamiento del tRNA: ocurre en

eucariotas y procariotas. Remoción de
secuencias en los extremos y la
modificación ciertas bases.

la secuencia que realmente codifica un gen eucariota

suele representar sólo una pequeña fracción de la
longitud total del gen.

Ovoalbúmina
Procesamiento del RNA (transcrito primario)
Paso inicial: Adición del 5´-cap (luego de los primeros 25 nt aprox.)

La caperuza 5' metilada indica cuál es el extremo 5' de los mRNA eucariotas y ayuda a la célula a distinguir los mRNA de otros
tipos de moléculas de RNA presentes. ayuda al mRNA a ser procesado correctamente y exportado. También tiene un papel
importante en la traducción de los mRNA en el citosol.
Procesamiento del RNA (transcrito primario)
Remoción de los intrones: Splicing
Cuatro tipo de intrones:
En cada reacción de maduración o
•Grupo I: genes nucleares, mitocondriales y del ayuste se elimina un intrón. mediante
cloroplasto que codifican para rRNA, mRNA y dos reacciones consecutivas de
tRNA. transferencia de un grupo fosforilo
conocidas como transesterificación, este
proceso une dos exones y elimina el
•Grupo II: transcritos primarios de mRNA intrón.
mitocondriales y de cloroplastos de hongos, algas
y plantas.
Procesamiento del RNA (transcrito primario)
Splicing de los Intrones del Grupo I Splicing de los Intrones del Grupo II

No se requieren enzimas, ellos mismos llevan a cabo el proceso de splicing. En los del
grupo II, este mecanismo implica que la maquinaria de maduración debe reconocer tres porciones de la molécula
precursora de RNA: el lugar de rotura 5', el lugar de rotura 3' y el punto de ramificación en la secuencia del intrón que
forma la base del lazo eliminado.
La secuencia de nucleótidos indica dónde se tiene que producir el corte
 Procesamiento del RNA (transcrito primario)
•Grupo III: encontrados en los transcritos
primarios nucleares. Forman la misma estructura
de anillo de los del Grupo II pero requiere la
acción de complejos RNA-proteína
(ribonucleoproteínas nucleares pequeñas, snRNPs)
•Tienen 6 RNAs pequeños nucleares
(snRNA) (U1, U2, U3, U4, U5, U6)
 Procesamiento del RNA (transcrito primario)
Paso final: Adición de la cola 3´poli A. P357

La posición del extremo 3' de cada molécula de mRNA está especificado en último
término, por una señal codificada en el genoma. Estas señales son transcritas a
RNA cuando la RNA polimerasa II pasa sobre ellas y entonces son reconocidas
(como RNA) por una serie de proteínas de unión al RNA y enzimas procesadoras
de RNA.
10-30 nt 80-250 nt
•Grupo IV: la reacción de splicing
requiere ATP y una endonucleasa, se
encuentran en ciertos tRNAs
 Splicing Alternativo

Empalme alternativo de transcriptos

primarios idénticos que da como
resultado la síntesis de polipepticos
diferentes a partir de la información
codificada por un solo gen.
Ensamble de los genes que
(a) intervienen en la regulación del metabolismo del calcio y del fósforo.​ codifican una cadena pesada de
(b) péptido relacionado con el gen de la calcitonina Vasodilatador. anticuerpo.
 Procesamiento de los rRNA
50S rRNA 5S
(420 nt)

rRNA 23S
(2900 nt)
70S

34 proteínas

30S
rRNA 16S
(1540 nt)

21 proteínas

Estas metilaciones son importantes en el plegamiento y ensamblaje

de los ARNr finales. Pag 361 Alberts.
 Procesamiento de los rRNA

Eucariota 60S
rRNA 5.8S
(160 nt)

rRNA 5S
80S (120 nt)

rRNA 28S
(4700 nt)

33 proteínas
40S

rRNA 18S
(1900 nt)

49 proteínas
 Procesamiento de los tRNA
Tanto el proceso de corte
como el de la maduración
requieren que el tRNA
precursor esté plegado
correctamente en su
configuración de hoja de
trébol. Esta reacción de
maduración es
químicamente diferente de
la de la Maduración de los
pre-rnRNA; en lugar de
generarse un lazo, la
maduración del tRNA utiliza
un mecanismo de "cortar y
pegar" catalizado por
proteínas.

Tanto los tRNA bacterianos como los eucariotas suelen ser síntetizados en forma de precursores mas largos que van
siendo recortados hasta fabricar los tRNA maduros. Además, algunos precursores de tRNA (tanto en bacterias como en
eucariotas) contienen intrones que pueden ser eliminados.
Cerca de uno de cada
1O nucleotidos, de la
molécula de tRNA
madura es una versión
alterada del
ribonucleótido estándar
de G, U, C o A. P. 369