Mehanna 4

THSE
En vue de l'obtention du
DOCTORAT DE LUNIVERSIT DE TOULOUSE

Dlivr par Linstitut National Polytechnique de Toulouse
Spcialit : Gnie des Procds et de lenvironnement
Par Maha MEHANNA

Soutenue le 19 janvier 2009
Titre : Mcanismes de transfert direct en corrosion microbienne des aciers :
Application Geobacter sulfurreducens et lhydrognase de Clostridium acetobutylicum
Rapporteurs :
JURY
Examinateurs :
Co-directrice de thse :
Directeur de thse :
Mme
M.
Mme
M.
Mme
M.
Marie LIBERT
Philippe REFAIT
Nadine PEBERE
Damien FERON
Marie-Line DELIA
Alain BERGEL
Ecole doctorale : Mcanique, Energtique, Gnie civil, & Procds

Unit de recherche : Laboratoire de Gnie Chimique
Remerciements
Le prsent travail a t effectu au sein du Laboratoire de Gnie Chimique (LGC) de

lInstitut National Polytechnique de Toulouse (INPT) grce au soutien financier du CNRS qui
ma attribu une bourse et qui a financ le projet SMILE GdRE+.
Je remercie M. Jol Bertrand, directeur du LGC de my avoir acueillie et de mavoir permis
de vivre une exprience enrichissante grce la diversit culturelle prsente au LGC (plus de
trente nationalits).
Jexprime toute ma reconnaissante mes encadrants pour lopportunit quils mont offerte
et la confiance quils mont tmoigne le long de mes annes passes au LGC. Puissent-ils
trouver dans ces quelques lignes le signe de ma profonde gratitude et la promesse dune
longue amiti. Tout dabord, je remercie mon directeur de thse Alain Bergel pour sa
disponibilit, son altruisme dmesur, ses ides innovantes, sa bonne humeur et sa gnrosit,
cest grce lui que jai pu participer neufs congrs dont cinq internationaux, deux
europens et deux franais. Je remercie galement ma co-directrice de thse Marie-Line
Dlia pour sa dlicatesse, sa gentillesse, sa finesse, son attention, son soucis du dtail, cest
grce elle que je suis venue en France. Je remercie Rgine Bassguy, pour avoir suivi de
trs prs mon travail, pour tout le temps quelle ma consacr, pour mavoir aide
comprendre les Rp, pour la fourme, les fraises et les bouquets de menthe pour le taboul,
cest grce elle que jai dcouvert quun professeur pouvait garder une me denfant. Le
dvouement de trois encadrants ayant chacun des comptences dans des domaines trs
diffrents ma grandement facilit la tche me permettant ainsi de mener bien ce travail de
thse pluridisciplinaire et a transform en plaisirs mes devoirs.
Je remercie Mme Marie Libert et M. Philippe Refait qui ont accept dvaluer mon travail de
thse et den tre les rapporteurs. Merci galement Mme Nadine Pbre et Monsieur
Damien Fron qui ont accept de participer lexamen de mon travail avec une mention
spciale M. Fron pour ses conseils aviss tout le long de ma thse. Jai particulirement
apprci lintrt que tous les membres du jury de ma soutenance ont port la lecture
attentive de mon travail et lenthousiasme quils ont exprim devant mes rsultats.
Je remercie galement tous les membres du dpartement BioSym qui ont contribu rendre
agrable mes annes au LGC et notamment Luc Etcheverry pour sa prcieuse aide technique,
son enthousiasme, sa disponibilit et je lui souhaite le meilleur dans ses projets futurs.
Je voudrais remercier Jocelyne Barale et Claudine Lorenzon pour leur aide administrative,
Marie-Line De Solan pour son travail en microscopie lectronique et Bernard Galy pour
mavoir emmene rcuprer les chantillons denzyme.
Je ne saurais oublier tous les doctorants et post-doctorants que jai ctoy durant mes annes
au LGC et qui ont particip, de prs ou de loin, rendre enchanteur mon sjour. Je pense
notamment Nancy, Benjamin, Youssef, Alain, Suhuttaya, Claire, Lo, Sandrine, Liz, Luis,
Caroline, Huberson, Phong, les deux Nicolas (le musicien et le prsident), Flicie, Ilyes,
Amlie, Edgard, Zo, Fahima, Natahlie, Alicia, Isariebelle, avec lesquels jai partag des
moments intenses et des aventures inoubliables.
Je remercie aussi M. Rolf Gubner davoir bien voulu maccueillir au Corrosion and Metal
research Institute de Stockholm me permettant ainsi de vivre une exprience fort
enrichissante autant sur le plan scientifique quhumain. Mention spciale aux professeurs et
collgues sudois : Ingemar, Namurata, les deux Martin, Karin et Dag qui ont rendu mon
aventure sudoise formidable.
Je tiens galement remercier tout particulirement mon pre scientifique et spirituel, M.
Michel Azzi pour mavoir donn le got des sciences, pour son soutien dans les moments
difficiles et pour ses encouragements permanents.
Je souhaite remercier ma famille en France Marie-Claude et Rafael pour leur accueil, leur
gnrosit et leur soutien ainsi que ma professeur de piano Mme Paule Mis pour ses conseils
sur la vie et ses prires.
Finalement, je ne saurais jamais assez remercier mes parents Aziz et Marie et mes frres
Emile et Maher auxquels je dois tout.
ii
Mcanismes de transfert direct en corrosion microbienne des aciers :

Application Geobacter sulfurreducens et lhydrognase de Clostridium acetobutylicum.
Rsum
La corrosion induite par les micro-organismes (CIM) gnre des pertes conomiques mondiales
chiffres en milliards deuros par an. Il est communment admis que les bactries sulfato-rductrices (BSR)
jouent un rle cl dans la CIM anarobie des aciers. Malgr cette unanimit, les essais en laboratoire peinent
reproduire la corrosion des aciers observes en milieu naturel; bien plus, ils nexpliquent pas quel est llment
qui dclenche la corrosion, puisque les BSR prsentes dans de nombreux environnements naturels ninduisent
pas systmatiquement de corrosion. Lobjectif de ce travail est dvaluer la pertinence dans le domaine de la
CIM de nouveaux mcanismes de transferts lectroniques entre aciers et protines ou cellules microbiennes.
La premire partie de la thse value leffet dune [Fe]-hydrognase sur les processus de corrosion
anarobie des aciers au carbone. Lhypothse dune catalyse directe de la rduction des protons par des
hydrognases adsorbes a souvent t suggre dans la bibliographie, elle est ici clairement dmontre.
Lhydrognase de Clostridium acetobutylicum, quelle soit active, dsactive ou dnature acclre la corrosion
de lacier au carbone. La prsence de phosphate dans le milieu rend les interprtations plus complexes mais ne
modifie pas le mcanisme. Une nouvelle hypothse est avance qui donne un rle essentiel aux centres fer-soufre
de la protine. La catalyse de la corrosion par les hydrognases pourrait donc tre rapproche des mcanismes
bien connus de catalyse par le sulfure de fer. Dans ce cas ltat redox des centres fer-soufre serait une cl
essentielle de lapparition ou non de la corrosion.
La deuxime partie lucide le rle de Geobacter sulfurreducens sur la corrosion anarobie de trois types
de matriaux : aciers au carbone (1145), ferritique (403) et austnitiques (304L et 316L). Les rsultats mettent en
vidence pour la premire fois que des cellules bactriennes adhres induisent un anoblissement du potentiel
libre des aciers et acclrent la corrosion des aciers faiblement allis par un mcanisme de transfert direct
dlectrons. Suivant les concentrations daccepteurs et de donneurs dlectrons en solution, G. sulfurreducens
peut accentuer la propagation de la corrosion en catalysant directement la rduction cathodique ou, au contraire,
en absence daccepteurs et en excs de donneurs, protger contre la corrosion. Lapparition de la corrosion ne
peut donc tre induite que par la conjonction dfavorable de plusieurs paramtres.
Ces rsultats obtenus en laboratoire apportent de nouvelles voies dinvestigations des phnomnes de CIM qui
doivent maintenant tre confrontes aux milieux naturels.
Mots-cls : Biocorrosion, corrosion microbienne, transfert lectronique direct, hydrognase, Geobacter
sulfurreducens, aciers.
Direct electron transfer mechanisms in microbial corrosion of steels:

Application to Geobacter sulfurreducens and hydrogenase from Clostridium acetobutylicum.
Abstract
Microbially influenced corrosion (MIC) costs billions of euros per year. It is commonly agreed that
sulphate-reducing bacteria (SRB) play a key role in anaerobic MIC of steels. In spite of this, laboratory
experiments have difficulty in reproducing the corrosion of steels that is observed in natural environments.
Moreover, they do not explain what triggers corrosion since SRB, ubiquitous in natural environments, do not
systematically induce corrosion. The aim of this work was to evaluate the relevance of new electron transfer
mechanisms between steels and proteins or microbial cells in the domain of MIC.
The first part of the thesis evaluates the impact of [Fe]-hydrogenase on the anaerobic corrosion of mild
steels. The direct catalysis of proton reduction by hydrogenases has often been suggested in the literature; here, it
is clearly demonstrated. Hydrogenase from Clostridium acetobutylicum, whether it is active, deactivated on
denatured, can accelerate the corrosion of mild steel. The presence of a phosphate medium makes the
interpretations more complex without modifying the mechanism. A new hypothesis implying the crucial role of
iron-sulphur clusters contained in the protein is brought to light. Corrosion catalysis by hydrogenases could be
compared with well-known mechanisms of corrosion catalysis by iron sulphide. In this case, the redox state of
iron-sulphur clusters would play a key role in the occurrence of corrosion.
The second part elucidates the role of Geobacter sulfurreducens in anaerobic corrosion of three types of
steels: mild steel (1145), ferritic (403) and austenitic steels (304L and 316L). Results show, for the first time,
that adherent bacterial cells induce open circuit potential ennoblement of steels and accelerate the corrosion of
slightly alloyed steels by a direct electron transfer mechanism. Depending on the concentrations of the electron
acceptors and donors in the medium, G. sulfurreducens could either enhance corrosion propagation by direct
catalysis of proton reduction or, in the absence of acceptors and with an excess of donors, protect against
corrosion. Thus the occurrence of corrosion relies on the unfavourable conjunction of many parameters.
These results obtained in laboratory conditions open new paths for investigating MIC in natural environments.
Keywords: Biocorrosion, microbial corrosion, direct electron transfer, hydrogenase, Geobacter sulfurreducens,
steels.
iii
A mes parents Aziz et Marie

et mes frres Emile et Maher
iv
Sommaire
INTRODUCTION GENERALE ........................................................................................... 5
CHAPITRE I : TRANSFERTS ELECTRONIQUES MATERIAUX / MICROORGANISMES ANAEROBIES .......................................................................................... 13

I.1. Introduction..................................................................................................................... 14
I.2. Rle des bactries dans la corrosion anarobie des aciers.......................................... 15
I.2.1. Relation entre bactries sulfurognes et corrosion............................................. 15
I.2.2. Mcanismes de corrosion induite par les bactries sulfurognes....................... 16
I.2.3. Rle dautres types de bactries sur la corrosion des aciers .............................. 21
I.3. Rle des hydrognases dans la corrosion des aciers .................................................... 22
I.4. Transfert dlectrons dans les piles combustibles microbiennes (PACMs) ........... 24
I.4.1. Le concept des PACMs...................................................................................... 24
I.4.2. Mcanismes de transfert indirect entre une bactrie et une lectrode................ 25
I.4.3. Mcanismes de transfert direct entre une bactrie et une lectrode................... 27
I.5. Positionnement de ltude .............................................................................................. 30
CHAPITRE II : MATERIELS ET METHODES.............................................................. 32

II.1. Matriels et milieux....................................................................................................... 33
II.1.1. Les lectrodes de travail ................................................................................... 33
II.1.1.1. Nomenclature ..................................................................................... 33
II.1.1.2. Traitement de surface pr-exprimental .................................................................... 34
II.1.2. Electrodes de rfrence et contre-lectrodes .................................................... 34
II.1.3. Racteurs........................................................................................................... 35
II.1.3.1 Cellule galvanique............................................................................... 35
II.1.3.2. Cellule lectrochimique ..................................................................... 35
II.1.3.3. Racteurs anarobies.......................................................................... 36
II.2. Milieux............................................................................................................................ 37
II.2.1. Milieux tampons pour les expriences avec la [Fe]-hydrognase de Clostridium
acetobutylicum............................................................................................................. 37
II.2.2. Milieu de culture pour Geobacter sulfurreducens............................................ 38
II.3. Mthodes ........................................................................................................................ 38
II.3.1. Les techniques exprimentales lectrochimiques ............................................. 38
II.3.1.1. Mesure du potentiel libre de corrosion .............................................. 38
II.3.1.2. Les diffrentes mthodes de mesure des rsistances de polarisation 39
II.3.1.3. Mthode voltampromtrique : courbe de piqration ....................... 39
II.3.2. Les techniques microscopiques dobservation et danalyse de surface............ 39
II.3.2.1. Microscopie lectronique balayage (MEB) .................................. 39
II.3.2.2. Diffraction par rayons X.................................................................... 40
II.3.2.3. Microscopie pifluorescence .......................................................... 40
II.3.2.3.1 Estimation du taux de recouvrement bactrien ...................... 41
II.3.2.4. Microscopie force atomique ........................................................... 42

II.3.3. Les techniques analytiques de dosage .............................................................. 44
II.3.3.1. Mthode enzymatique de dosage dactate ....................................... 44
II.3.3.2. Mesure de labsorbance par spectrophotomtrie ............................... 44
II.3.3.3. Mesure des ions par torche plasma ................................................. 45
CHAPITRE III : ROLE DE LA [Fe]-HYDROGENASE DE CLOSTRIDIUM

ACETOBUTYLICUM DANS LA CORROSION ANAEROBIE DE LACIER AU
CARBONE ......................................................................................................................... 46
III. 1. Introduction ................................................................................................................ 47
III.2. Les hydrognases ......................................................................................................... 47
III.2.1. Classifications des hydrognases .................................................................... 47
III.2.2. Structure tridimensionnelle de la [Fe]-hydrognase de Clostridium .............. 48
III.3. Travail prliminaire .................................................................................................... 49
III.3.1. Mise au point des mthodes de mesure des rsistances de polarisation.......... 49
III.3.2. Mise au point dune technique de nettoyage des produits de corrosion.......... 55
III. 4. Etat de lart et positionnement de ltude ................................................................ 56
III.5. Article 1 ...................................................................................................................... 59
III.5.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 1................................................ 60
III.6. Article 2 ...................................................................................................................... 74
III.6.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 2 ................................................ 75
III.7. Ebauche darticle 3 ..................................................................................................... 93
III.7.1. Principaux rsultats prsents dans lbauche darticle 3 .............................. 94
III.8. Rsultats complmentaires en prsence dun accepteur terminal dlectrons .... 108
III.8.1. Dans une solution de phosphate 100 mM, pH 7,2......................................... 108
III.8.2. Dans une solution de phosphate 10 mM, pH 7,2........................................... 113
III.9. Conclusions gnrales sur les travaux raliss avec lhydrognase ..................... 119
CHAPITRE IV : INFLUENCE DE GEOBACTER SULFURREDUCENS SUR LA

CORROSION DE TROIS TYPES DACIERS ................................................................ 120
IV.1. Introduction................................................................................................................ 121
IV.2. Justification du choix de la souche bactrienne ...................................................... 121
IV.3 Le travail ralis ......................................................................................................... 122
IV.4. Article 1 ...................................................................................................................... 124
IV.4.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 1............................................... 125
IV.4.2. Diffrences entre Ecorr et Eoc.......................................................................... 126

IV.4.3. Mcanismes gnraux ................................................................................... 127
IV.5. Article 2 ...................................................................................................................... 135
IV.5.1. Travail prliminaire....................................................................................... 136
IV.5.3. Rsultats supplmentaires ............................................................................. 157
IV.6. Article 3....................................................................................................................... 158
IV.6.2. Analyse par pifluorescence.......................................................................... 159
IV.7. Article 4 ...................................................................................................................... 168
IV.7.2. Rsultats supplmentaires ............................................................................ 178
IV.7.2.1. Mise au point de la technique de nettoyage ................................... 178
IV.7.2.2. Observations des chantillons aprs nettoyage.............................. 179
IV.8. Conclusions gnrales pour les travaux en prsence de Geobacter sulfurreducens
............................................................................................................................................... 181
CHAPITRE V : CONCLUSION GENERALE ................................................................ 182
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.......................................................................... 187
Introduction gnrale
Introduction gnrale
Introduction gnrale sur la biocorrosion anarobie
La corrosion : enjeux socio-conomiques
La corrosion des mtaux est un processus lectrochimique caractris par la

dissolution d'un mtal de valence zro (M). La raction lectrochimique implique est une
raction doxydation o le mtal perd des lectrons et passe de son tat de valence zro une
n+
forme ionique M :
n+
M M + ne-
(1)
Pour que cette raction puisse se produire sur le matriau, il faut qu'une raction de rduction
se droule simultanment: les lectrons issus de loxydation sont utiliss pour transformer des
espces prsentes dans le milieu.
La corrosion prsente un enjeu conomique considrable estim entre 1 et 4 % du produit
national brut (PNB) des pays industrialiss. Ainsi par exemple, le Centre Franais de
lAnticorrosion, CEFRACOR value 28 milliards deuros les pertes conomiques gnrs
par la corrosion, en France, chaque anne.
Aux Etats-Unis, un rapport publi par le NACE (National Association of Corrosion
Engineers) en 2002, value les cots directs de la corrosion cest--dire les cots engendrs
par les dgts directs tels que le remplacement de tuyaux, lutilisation dinhibiteurs et les
services de maintenance des installations, etc 276 milliards de dollars amricains par an,
soit 3,1% du PNB du pays. Les cots indirects de la corrosion, comme les pertes occasionnes
par l'arrt des installations et les pertes de production, les dlais de livraisons prolongs, les
consommations de gazole leves dues aux dviations ou le temps d'attente dans un bouchon
lors de la rparation d'un pont, sont plus difficiles dterminer, mais avec une estimation
optimiste, ils peuvent tre considrs comme gaux aux cots directs. Cela veut dire que les
cots totaux de la corrosion pourraient atteindre les 6% du PNB des Etats-Unis (Koch et al.
2001). Les rsultats de ce rapport sont prsents dans le tableau 1. Cette analyse ralise sur
une priode de deux ans, estime les pertes 137,9 de milliards de US dollars par an
engendres dans les cinq principaux secteurs conomiques. Le secteur le plus touch est celui
des services publics avec des pertes de 47,9 milliards de dollars amricains par an, soit 34,7%
du dficit total. Cette tude comprend seulement une partie de l'activit conomique des EtatsUnis, lextrapolation de ces rsultats lchelle nationale, sur tous les secteurs, donne comme
rsultat 276 milliards de dollars US par an soit 970 US $ par habitant.
Introduction gnrale
Secteur
conomique
Service public
Transport
Infrastructures
Gouvernement
Production et
fabrication
Branche
Conduites deaux potables et uses
Rseau lectrique
Rseau de gaz naturel
Total
Vhicules motoriss
Bateaux
Avions
Trains
Transports de matires dangereuses
Total
Ponts des autoroutes
Stockage des matires dangereuses
Pipelines pour liquides et gaz
Canaux et ports
Total
Dfense
Stockage de dchets nuclaires
Total
Pte papier et papier
Raffinage du ptrole
Industrie alimentaire
Produits chimiques, pharmaceutiques et ptrochimiques
Electromnager
Exploration et production du ptrole et du gaz
Agriculture
Mines
Total
Cots en
milliards de $
36
6,9
5
47,9
23,4
2,7
2,2
0,5
0,9
29,7
8,3
7
7
0,3
22,6
20
0,1
20,1
6
3,7
2,1
1 ,7
1,5
1,4
1,1
0,1
17,6
Tableau 1 : Cots de la corrosion en milliards de dollars amricains par an pour les cinq
principaux secteurs conomiques aux Etats-Unis (Koch et al. 2001).
Les consquences de la corrosion ne se limitent pas des cots conomiques, mais elles
concernent galement la sant (corrosion des alliages dentaires et des implants mtalliques
dans le corps), la scurit (pannes de vhicules, rupture de structures, contamination des
canettes de produits alimentaires), l'environnement (pollution des ports par les biocides,
utilisation de peintures qui seront interdites par les nouvelles normes), etc
La corrosion induite par les micro-organismes
Flemming et al. (1996) estiment que 20% des problmes de corrosion sont lis la
prsence de micro-organismes. En Grande-Bretagne, lvaluation a atteint mme 50% des
dgts engendrs par la corrosion (Booth, 1964). La corrosion induite par les microorganismes est responsable de 75% de la corrosion dans lindustrie ptrolire et de 50% des
dgts causs dans les pipelines et les conduits souterrains (Walch et al., 1992).
Introduction gnrale
Encore connue sous les noms de : biodtrioration des matriaux mtalliques, corrosion
biochimique, corrosion influence ou induite par les micro-organismes (CIM), corrosion
microbienne, corrosion bactrienne (seuls ces deux derniers termes tant retenus dans la
norme ISO 8044 (1999)), la biocorrosion a t dfinie pour la premire fois en France par
Chantereau en 1980. Pour dfinir cette altration particulire des matriaux, il a propos : la
corrosion bactrienne rassemble tous les phnomnes de corrosion o les bactries agissent
directement ou par lintermdiaire de leur mtabolisme en crant les conditions favorables
son tablissement . La biocorrosion correspond donc la dtrioration acclre dun
matriau due la prsence de biofilms sa surface (Beech et al., 2004). Toute surface dans un
environnement non strile peut tre colonise par des microorganismes qui peuvent former un
biofilm. Plus de 99% des bactries se dveloppent en biofilms (Coghlan, 1996 ; Donlan et al.,
2002) sur une grande varit de surfaces telles que les mtaux, les plastiques, les tissus
vivants (humains et vgtaux), les surfaces minrales (pierres, btons). Un biofilm peut tre
constitu dune seule espce bactrienne ou de plusieurs espces de bactries mais aussi de
champignons, algues, protozoaires (Lock, 1993). La capacit dadaptation des microorganismes formant un biofilm est exceptionnelle ce qui limite lefficacit des moyens de
lutte contre la corrosion. Ainsi, des biofilms bactriens peuvent se dvelopper des
tempratures allant de -12C +115C, des pH de 0 13, dans des milieux aqueux de
salinits 0 saturation, sous des pressions de 0,01 bar 1400 bars, la surface de tous les
matriaux, en prsence de biocides, la surface de lampes ultraviolets ou de sources
radioactives (Flemming, 1996). En effet, les bactries contenues dans un biofilm prsentent
des caractristiques trs diffrentes de leurs homologues planctoniques (bactries libres en
suspension) parmi lesquelles :
la production dexopolymres
des modifications structurales, par exemple la disparition des flagelles (Flemming, 1990 ;
Costerton et al., 1995),
la mise en place dun systme de communication chimique, appel quorum sensing
(Parsek et al., 2000),
une augmentation significative de leur rsistance aux agents antimicrobiens (dsinfectants,
antibiotiques, inhibiteurs de corrosion) et aux stress environnementaux (dshydratation,
privation nutritionnelle, rayonnements ultraviolets) (Frank et al., 1990 ; Morton et al.,
1998 ; Mah et al., 2001 ; Campanac et al., 2002) ce qui rend le biofilm plus tenace et par
suite la lutte pour lliminer plus difficile.
Le dveloppement dun biofilm se droule en plusieurs tapes (Figure 1). La premire
consiste en ladhsion rversible des bactries sur une surface par des liaisons chimiques non
covalentes. Lors de la deuxime tape daccumulation, les bactries scrtent des polymres
extracellulaires. Ces exopolymres reprsentent 85 98% de la matire organique du biofilm,
les bactries ne constituent quune faible portion du volume total. Les exopolymres
comprennent des polysaccharides, des protines, des glycoprotines et des lipoprotines et
forment une matrice qui renforce la structure du biofilm tout en lui conservant une grande
plasticit. Au cours de la troisime tape, les micro-organismes se divisent et forment des
micro-colonies dont la structuration implique lexpression de gnes lis au quorum
sensing . La quatrime tape consiste en la maturation du biofilm qui devient pais. La
dernire tape est la phase de dispersion : sous leffet des forces hydrodynamiques, les
bactries se dtachent de la matrice, retournent ltat planctonique, et peuvent ainsi
coloniser dautres surfaces (Characklis et al., 1990 ; Lappin-Scott et al., 1995 ; PrigentCombaret et al., 2005).
Introduction gnrale
Figure 1 : Diffrentes tapes de la formation dun biofilm (Stoodley et al., 2002).
Le biofilm peut accumuler les substances issues de lenvironnement, de la dtrioration du

support ou de lactivit microbienne. Parmi ces substances, il peut y avoir des acides amins,
des acides organiques, des enzymes, des sucres, des alcools, etc. Certaines de ces substances
peuvent tre l'origine des problmes de corrosion (Flemming et al., 1996). Lactivit
microbienne joue un rle cl dans la dgradation des substances organiques, la corrosion et la
gnration de gaz travers la mdiation des ractions doxydo-rduction (Feugas et al., 1996 ;
Bryers et al., 2008 ; Small et al., 2008).
Les moyens de prvention contre la biocorrosion englobent la protection cathodique,
lutilisation de revtements ou de biocides qui ne sont pas toujours sans impact sur
lenvironnement : lajout de substances anti-salissures ou de substances antifongiques dans les
conduites deau prsente par exemple un impact ngatif sur la nature, laddition de loxyde de
bis-(tributyltain) dans les revtements est galement nocive pour la faune et la flore
aquatique. Plusieurs chercheurs ont tent de limiter la CIM en testant des sels inorganiques.
Ainsi Rincon et al. (2008), Schwermer et al. (2008) et Rempel et al. (2008) ont montr
lefficacit des molybdates et des nitrates pour limiter la biocorrosion des oloducs et
gazoducs. Dautres chercheurs se sont intresss lamlioration du matriau lui-mme en
ajoutant des lments mtalliques dans sa composition : laddition simultane de cuivre et de
niobium dans un acier austnitique inoxydable lui confre des proprits anti-microbiennes,
notamment contre Escherichia Coli (Baena et al., 2006).
Certaines solutions sont apportes par les bactries elles-mmes : en Australie, par exemple,
des chercheurs ont dvelopp une peinture, pour les coques des bateaux, base dalgues dans
laquelle ils ont intgr une bactrie Pseudoalteromonas tunicata, qui exsude des substances
empchant les organismes marins de prolifrer (Franks et al., 2006). Par ailleurs, laddition de
P. fragi ou de P. polymyxa dans la matrice sol-gel du revtement amliore la rsistance la
corrosion dun facteur 10 par rapport une peinture abiotique (Akid et al., 2008). Dautres
tudes montrent linfluence des produits du mtabolisme de certaines bactries dans la lutte
contre la biocorrosion : la gramicidine S produite par le biofilm de Bacillus brevis inhibe la
corrosion induite par les bactries sulfato-rductrices (BSR), les polyglutamate et
Introduction gnrale
polyaspartate scrts par B. subtilis inhibent la corrosion de laluminium 2024 (rnek et al.,
2002 ; Mansfeld et al., 2002). De mme pour B. licheniformis qui produit une couche
adhsive protectrice de gamma-polyglutamate (Zuo et al., 2007). Par contre, des divergences
existent au sein dune mme famille : ainsi par exemple, les souches de Bacillus (Bacillus
licheniformis T6-5 et Bacillus firmus H2O-1) produisent des substances antimicrobiennes
efficaces qui empchent la formation de biofilms nocifs produits par une autre souche de
Bacillus (Bacillus pumilus LF4) et rduisent aussi la viabilit et ladhsion dun consortium
de bactries sulfato-rductrices (BSR) (Korenblum et al., 2008). Les substances polymriques
extracellulaires (en anglais EPS) secrtes par Desulfovibrio indonesiensis et D. vulgaris
favorisent la corrosion alors que celles de D. alaskensis linhibent (Stadler et al., 2008).
Dautres bactries sont galement responsables des pertes defficacit des inhibiteurs
commerciaux base dacide carboxylique ou desters. En effet, Serratia marcescens ACE2 et
Bacillus cereus ACE4 sont capables de dgrader les hydrocarbures aromatiques et
aliphatiques prsents dans ces inhibiteurs en les utilisant comme unique source de carbone
(Rajasekar et al. 2007 a). Ceci peut sexpliquer par la prsence des enzymes contenues dans
les micro-organismes : en effet, il a t dmontr que la souche ACE2 possde des enzymes
telles que la catalase, la cytochrome oxidase et la peroxidase qui dgradent les alcanes
linaires (C10-C20) et ramifis prsents dans le ptrole (Rajasekar et al. 2007 b ;
Muthukumar et al., 2007).
Tous ces exemples montrent la complexit de lintervention des micro-organismes dans la
dtrioration du matriau, cest pourquoi il est ncessaire didentifier les micro-organismes
impliqus, de bien comprendre les phnomnes de cette biocorrosion en lucidant les
mcanismes afin de trouver des solutions efficaces et radicales.
Les biofilms lectroactifs
Au dbut des annes 2000, la dcouverte que des biofilms peuvent transfrer des
lectrons directement llectrode et produire de lnergie vient bouleverser les recherches
dans le domaine des piles combustibles microbiennes (PACMs). En effet, il a t dmontr
quun biofilm marin est capable dchanger des lectrons avec le support conducteur la
surface duquel il se dveloppe do le nom de biofilm lectroactif (Reimers et al, 2001). Leur
exprience est constitue dune anode enfonce de quelques centimtres dans les sdiments
marins connecte via une rsistance externe la cathode place au-dessus, dans leau de mer.
Les micro-organismes des sdiments lorigine de la production dnergie sont adhrs sous
forme de biofilm sur la surface de lanode (Lovley, 2006). Le principe de la PACM en
sdiment est bas sur la conversion de la matire organique des sdiments par des microorganismes en produits de fermentation, le plus connu tant lactate. Les micro-organismes
adhrs sur lanode oxydent alors ces produits de fermentation en CO2 en transfrant les
lectrons lanode (Bond et al, 2002). Ces lectrons se dplacent ensuite dans le circuit
lectrique extrieur jusqu la cathode place dans leau de mer pour effectuer la rduction de
loxygne. Dans le mme temps, les chercheurs du Laboratoire de Gnie Chimique ont
montr que de lacier inoxydable recouvert de biofilm marin constituait une excellente
cathode de pile combustible : la rduction de loxygne sur ce matriau industriel tait
similaire celle ralise sur platine (Bergel et Fron, Brevet 2002, extension internationale
2003). A partir de ces dcouvertes innovantes, plusieurs quipes de recherches se sont
intresses aux biofilms lectroactifs pour dvelopper des PACMs performantes (cf. Chapitre
I, section I.4.).
10
Introduction gnrale
Parmi les micro-organismes les plus tudis, la famille des Geobacteraceae a t identifie
comme prdominante dans la population bactrienne sur lanode dune PACM enfonce dans
des sdiments marins, plus particulirement, la souche Geobacter sulfurreducens est la plus
efficace pour transfrer des lectrons directement llectrode (Lovley, 2006).
En 2004, Dinh et al., ont remarqu que des biofilms lectroactifs pourraient tre corrosifs. Ils
isolent partir de biofilms naturels, deux micro-organismes anarobies, qui utilisent le fer
comme unique donneur dlectrons : un isolat Desulfobacterium-like qui rduit le sulfate et
une bactrie Methanobacterium-like qui produit du mthane et affirment que ces microorganismes jouent un rle dans la biocorrosion. Malgr les trs nombreuses recherches dans le
domaine des PACMs, limplication des biofilms lectroactifs dans la biocorrosion na t
voque quune seule fois dans la littrature par Dinh et al. (2004).
Prsentation du plan des chapitres
Le travail prsent dans ce manuscrit repose sur une approche pluridisciplinaire autour
de llectrochimie et de la microbiologie. Ltude a t ralise au sein du Laboratoire de
Gnie Chimique (UMR 5503) dans le cadre du groupement de recherche europen GRDE+
SMILE (Surfaces of Materials in living Environments) en collaboration avec deux autres
laboratoires :
-Le Laboratoire dIngnierie des Systmes Biologiques et des Procds (LISBP) CNRSINSA, Toulouse, France, qui a purifi et fourni lhydrognase.
-Le Corrosion and Metal Research Institute, KIMAB, Stockholm, Sude, pour ses
comptences en lectrochimie et microscopie force atomique (AFM).
Ce travail de thse consiste aborder la biocorrosion anarobie par une double approche :
enzymatique et bactrienne. Le but de cette thse est dexplorer et didentifier de nouvelles
pistes dans le domaine de la biocorrosion anarobie, de bien dfinir le rle et les mcanismes
de nouveaux micro-organismes et enzymes impliqus dans la CIM et de vrifier la pertinence
de nouveaux mcanismes en biocorrosion.
Le chapitre I est une synthse bibliographique prsentant ltat de lart dans les domaines de
la biocorrosion anarobie et des piles combustibles microbiennes et le positionnement de
ltude.
Le chapitre II dtaille les matriels et mthodes ; il dcrit les conditions exprimentales
utilises.
Les chapitres III et IV prsentent les rsultats obtenus et sarticulent autour de sept
publications (2 publies, 3 soumises et 2 soumettre).
Des tudes rcentes ont dmontr lintrt dune approche enzymatique pour tudier la CIM
que ce soit en milieu arobie (Landoulsi, 2008, thse de doctorat) ou anarobie (Bryant et al.,
1993 ; Zadvorny et al., 2006). Nanmoins, le rle des hydrognases issues des bactries
sulfato-rductrices dans la biocorrosion anarobie demeure un sujet de controverse. Cest
pourquoi, le rle dune hydrognase de Clostridium acetobutilicum dans la CIM anarobie est
analys dans le chapitre III afin de vrifier la pertinence ou non de nouveaux mcanismes en
biocorrosion. Dautant plus que ce travail sinscrit comme une suite logique une thse
prcdente ralise dans notre laboratoire avec dautres types dhydrognases et qui a abouti
des rsultats fructueux (Da Silva, 2002, thse de doctorat).
Le chapitre IV prsente pour la premire fois limplication dans la CIM anarobie, dune
bactrie lectroactive Geobacter sulfurreducens qui fait lobjet actuellement de nombreuses
11
Introduction gnrale
tudes sur les PACMs dont entre autres, une thse qui a t soutenue lanne dernire dans
notre laboratoire (Dumas, 2007, thse de doctorat) sur la catalyse lectro-microbienne -par
G. sulfurreducens- dans les piles combustibles et qui a t rcompense par le prix
Lopold Escande. Notre travail a prouv pour la premire fois la pertinence du mcanisme de
transfert direct dans le domaine de la biocorrosion. Ltude a t ralise en testant 4 types
diffrents daciers dans des milieux distincts. Un stage de deux mois effectu au sein du
KIMAB a permis une meilleure comprhension des mcanismes impliqus.
Le dernier chapitre (V) consiste en une conclusion globale des rsultats prsents dans les
chapitres prcdents et ouvre des perspectives qui dcoulent de ce travail.
12
Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies
Chapitre I
Transferts lectroniques
matriaux / micro-organismes
anarobies
13

I.1. Introduction
La biocorrosion nest pas, comme le souligne Damien Fron (Fron et al., 2002), une
nouvelle forme de corrosion mais rsulte de la conjonction dfavorable de trois facteurs (Fig.
1):
- un milieu aqueux gnralement jug peu agressif,
- un matriau rput compatible avec les conditions dexposition,
- des micro-organismes dont la prsence est le plus souvent inattendue.
Matriau
CIM
Microorganismes
Milieu
Figure 1 : Corrosion induite par les micro-organismes.
Les mcanismes de la biocorrosion sont varis refltant la diversit des diffrents types de
micro-organismes, de milieux et de matriaux. Actuellement, il est admis que les bactries
sulfato-rductrices (BSR) et thiosulfato-rductrices (BTR) jouent un rle prpondrant dans la
biocorrosion anarobie (Beech et al., 2004 ; Lee et al., 1995 ; Javaherdashti et al., 2006 ; Xu
et al., 2007) de nombreux types de mtaux comme les aciers inoxydables (Angell et al.,
2000), les aciers doux (Rao et al., 2000 ; Malard et al., 2008), les alliages cuivre-nickel
(Videla, 2001), etc. Par ailleurs, le rle cl des hydrognases prsentes dans certaines BSR a
souvent t suspect et dmontr dans des conditions de laboratoire (Bryant et al., 1991 ;
Zadvorny et al., 2006 ; DaSilva et al., 2002 ; 2004).
Il est communment admis que la corrosion microbienne des mtaux en milieux anarobies
est due la catalyse de la rduction du proton ou de leau :
2H+ + 2e- H2 ou 2H2O + 2e- H2 + 2OH-
(1)
Les BSR produisent mtaboliquement des ions sulfures:

SO42- + 4H2O + 8e- S2- + 8OH-
(2)
Les ions sulfures se combinent aux ions ferreux pour former des dpts de sulfure de fer
(FeS). Le FeS ainsi form catalyse la rduction du proton ou de leau sur la surface du
matriau, ce qui entrane une augmentation du transfert dlectrons donc une acclration de
la dissolution du mtal. La corrosion dpend de luniformit du dpt de FeS, de son tat
cristallin, de la nature de lacier, des dfauts de surface de lacier, etc. En ralit, les
mcanismes de biocorrosion sont certainement plus complexes que ce simple mcanisme et
restent difficiles lucider.
Bien que la plupart des recherches sur la biocorrosion anarobie se soient concentres sur les
BSR, des tudes rcentes ont dmontr limplication dautres types de bactries, comme les
bactries mthanognes (Zhang et al., 2003 ; Feugas et al., 1997) et les bactries clostridiales
(Ford et al., 1989 ; Walch et al., 1989).
14

Les mcanismes de CIM anarobie seront dtaills dans les paragraphes ci-dessous,
limplication de lhydrognase sera galement discute. La deuxime partie du chapitre est
consacre ltude des transferts lectroniques entre les matriaux et les micro-organismes
dans le domaine des piles combustible microbiennes (PACMs) et les avances majeures
notamment la dcouverte que des bactries peuvent changer des lectrons directement avec
des lectrodes solides sans besoin de mdiateur. La thse se situe au carrefour de ces deux
thmatiques de biocorrosion et de PACMs, toutes les deux mettant en jeu les transferts
lectroniques entre un micro-organisme ou une enzyme et une surface solide.
I.2. Rles des bactries dans la corrosion anarobie des aciers
I.2.1. Relation entre bactries sulfurognes et corrosion
Etymologiquement, une bactrie sulfurogne est une bactrie qui produit des ions
sulfures. Ces ions peuvent provenir de la rduction de composs oxyds comme le soufre luimme, le thiosulfate ou le sulfate. Toutes les bactries peuvent rejeter de faibles quantits de
sulfures quand elles consomment des protines par exemple. Par ailleurs, certaines bactries
utilisent des composs minraux soufrs comme accepteur dlectrons dans leur mtabolisme
nergtique et secrtent des sulfures. On y trouve les bactries sulfato-rductrices (BSR) et/ou
thiosulfato-rductrices (BTR) que nous appellerons aussi gnriquement bactries
sulfurognes. Le mtabolisme de ces bactries se caractrise par la rduction dun accepteur
terminal dlectrons : le sulfate, coupl loxydation dun donneur dlectrons, qui est le plus
souvent, une substance organique (lactate ou actate) ou lhydrogne (Fig. 2) (Dupont-Morral,
2004).
Figure 2 : Mtabolisme des BSR.
Il existe plus de deux cents espces de BSR avec des morphologies et des mtabolismes trs
diversifis : msophiles, thermophiles, Gram-ngatif, spores Gram-positif (Castro et al.,
2000). Les espces les plus tudies appartiennent au genre Desulfovibrio, la plupart ont t
isoles de sites de corrosion dans des pipelines (Padilla-Viveros et al., 2006). Le groupe des
BTR, est plus restreint et rassemble des bactries strictement anarobies Gram-ngatif, Grampositif et thermophiles (Klein et al., 2001). Signalons que dans les zones oxiques des
sdiments, le thiosulfate S2O32- peut tre oxyd en sulfate SO42- par des espces
chimiolithotrophes (telles que Thiobacillus), et cette oxydation peut tre incomplte dans les
zones anarobies par les BSR (Bak et al., 1987).
15

Notons aussi que des micro-organismes non sulfato-rducteurs peuvent galement avoir une
activit thiosulfato-rductrice tels que les genres Clostridium (Garcia et al., 2000) isols dans
les sols de rizires et les genres Thermoanaerobacter, Thermoanaerobacterium,
Thermoterrabacterium, Moorella, Thermosipho, Fervidobacterium isols principalement des
milieux ptroliers chauds et sals (Friedrich et al., 1996).
Les bactries sulfurognes ont t dtectes pour la premire fois en 1926 dans le milieu
ptrolier (Bastin et al., 1926) et ont t reconnues responsables de nombreux problmes. Par
exemple, en 1989, un oloduc dElf Congo, dans le Golfe de Guine, sest corrod aprs 16
ans de fonctionnement. Le segment corrod a t remplac, mais aprs un an loloduc sest
nouveau corrod. La vitesse de corrosion rapide (1mm/an suivant Crolet et al., 1996) a t
attribue la prsence des BSR et BTR (Magot et al., 1997). Quelques annes plus tard, un
oloduc dun offshore indien sest corrod aprs six ans de service. La corrosion localise
observe sur le pipeline tait due aux BSR (Samant et al., 1997). Pour donner un ordre de
grandeur sur linfluence des BSR, des tests dimpdances ont t ralis en prsence ou non
de BSR : en milieu abiotique, la vitesse de corrosion de lacier doux au dbut de lexprience
tait de 0,0061 mm/an et au bout de trente jours, elle a diminu jusqu atteindre 0,0004
mm/an alors quen prsence dun biofilm de BSR, au temps initial, la vitesse de corrosion
tait de 0,02 mm/an, et au bout de trente jours, elle a augment jusqu 1,7mm/an voire 3,7
mm/an cause de lattaque localise (Castaneda et al., 2008).
Les BSR produisent du sulfure dhydrogne (H2S) (Fig. 2) toxique, corrosif et responsable de
nombreux problmes environnementaux et conomiques tels que lacidification des
rservoirs, la contamination du gaz naturel et du ptrole, la corrosion des mtaux, le bouchage
des rservoirs d la prcipitation de sulfures mtalliques (Magot et al., 2000 ; Davidova et
al., 2001). En outre, les BSR dgradent les hydrocarbures aromatiques et aliphatiques (Rueter
et al., 1994). Les BTR conduisent aux mmes consquences suite la rduction du thiosulfate
en sulfure (Campaignolle et al., 1996 ; Crolet et al., 1996).
Bien que les BSR soient lies la corrosion anarobie, elles peuvent cependant jouer un rle
crucial dans la corrosion, en prsence de loxygne (Dupont-Morral, 2004). Ainsi, certaines
souches de BSR tolrent loxygne (Hardy et al., 1981 ; Abdollahi et al., 1990) ; de faibles
concentrations doxygne dissous, elles sont capables de respirer loxygne ou les ions
ferreux avec lhydrogne comme donneur dlectrons (Fauque et al., 2003 ; Dihn et al., 2004).
La corrosion induite par les BSR nest donc pas obligatoirement cantonne aux seules zones
parfaitement anarobies.
I.2.2. Mcanismes de corrosion induite par les bactries sulfurognes

Le mcanisme le plus connu pour expliquer la corrosion anarobie impliquant les
bactries sulfurognes (BSR et BTR) est la prcipitation du sulfure de fer (FeS), qui catalyse
ensuite la rduction du proton en hydrogne molculaire crant des zones cathodiques ct
de zones anodiques composes de fer (Fe) conduisant une pile galvanique qui provoque la
formation de piqres la surface du mtal (King et al., 1973) (Fig. 3).
16
Figure 3 : Mcanisme de corrosion par prcipitation des sulfures de fer par les BSR.
Pour expliquer que le dpt de sulfure de fer catalyse la rduction du proton ou de leau, il a
t propos que les BSR, de part leur activit, peuvent rguler localement le pH (Crolet,
1992). Localement, le sulfure dhydrogne produit par les BSR entrane la formation de FeS
et engendre laugmentation de lacidit (plus de protons libres). Sur les zones entourant le
dpt de FeS, le pH reste stable et neutre. Le mtabolisme bactrien pourrait donc induire une
pile par acidification diffrentielle : FeS tant la cathode (pH plus faible) et le fer lanode (pH
plus lev). De plus, en 1996, Campaignole dmontre quen prsence de BSR utilisant le
sulfate comme accepteur terminal dlectrons, la vitesse de corrosion peut se stabiliser
quelques mm par an tandis quelle atteint 1 cm par an, si ces bactries utilisent du thiosulfate.
Selon ces rsultats, le thiosulfate et la thiosulfato-rduction apparaissent un facteur de risque
majeur en biocorrosion, ce qui conforte en partie le modle de lautorgulation du pH, qui
prvoit (en thorie) une pile diffrentielle plus forte dans le cas du thiosulfate que dans celui
du sulfate. En laboratoire, des bactries sulfato-rductrices Desulfovibrio Capillatus isoles
doloducs mexicains provoquent des phnomnes de corrosion importants sur lacier doux
en prsence de thiosulfate qui est rduit mtaboliquement en sulfure (Miranda et al., 2006).
En parallle ce mcanisme largement admis, de nombreuses tudes ont propos dautres

mcanismes, complmentaires ou non, afin dexpliquer la CIM anarobie due laction des
BSR et BTR : dpolarisation cathodique par consommation dhydrogne (Von Wolzogen
Khr et al., 1934) ou par sulfure dhydrogne (H2S) (Costello, 1974); dpolarisation anodique
par formation de sulfure de fer (Wanklyn et al., 1952) ; possible production de phosphine
(PH3) qui acclre la dissolution du mtal en conditions anarobies (Iverson et al., 1884), pile
diffrentielle lie au pH (Crolet, 1995), pile de concentration induites par les substances exopolymriques (EPS) (Beech et al., 1995), cracking par lhydrogne (Mattson, 1989). Ces
mcanismes sont rsums dans le tableau 1 et sont dvelopps ci-dessous suivant lordre
chronologique dans lequel ils ont t proposs.
17
Rfrences
Mcanismes
Von Wolzogen Khr et al., 1934 Dpolarisation cathodique: consommation de

lH2 cathodique par les BSR
Wanklyn et al., 1952
Dpolarisation anodique par formation de FeS:

Fe2+ + S2- FeS
Costello, 1974
Dpolarisation cathodique par H2S:

H2S + e- HS- + H2
Iverson, 1984
Production de phosphines corrosives (PH3)
Mattson, 1989
Crolet, 1995
Cracking ou fissuration acclre par les

sulfures
Pile diffrentielle lie au pH
Beech et al., 1995
Pile de concentration induite par les EPS
Tableau 1 : Mcanismes suggrs pour la corrosion par les BSR/BTR.
Dpolarisation cathodique (1934) :
Le mcanisme le plus ancien qui a tent dexpliquer la corrosion induite par les BSR
est celui de la dpolarisation cathodique propos par Von Wolgozen Khr et Van der Vlugt en
1934. Grce leur activit hydrognase, les BSR utilisent lhydrogne produit par la
rduction du proton sur le matriau pour rduire le sulfate. La consommation de lhydrogne
entranerait un dsquilibre ractionnel et favoriserait la rduction du proton augmentant par
consquent loxydation du fer (Pankhania, 1988).
Raction anodique :
4 Fe 4 Fe2+ + 8eDissociation de leau :
8 H2O 8 H+ + 8OHRaction cathodique :
8 H+ + 8e- 8 H
Dpolarisation cathodique lie aux BSR : SO42- + 8 H S2- + 4 H2O
Produits de corrosion :
Fe2+ + S2- FeS
Produits de corrosion :
3 Fe2+ + 6 OH- 3 Fe(OH)2
Equation bilan:
4 Fe + SO42- + 4 H2O 3 Fe(OH)2 + FeS + 2 OH-
(3)
(4)
(5)
(6)
(7)
(8)
(9)
Ce mcanisme nest pas correct car il apprhende la corrosion comme un processus

globalement lquilibre. Il nest rappel ici que pour sa valeur danecdote historique, il a
donn lieu de svres controverses, et bien que sans fondement en gard la connaissance
actuelle des cintiques de corrosion, il apparait encore quelquefois dans les publications, plus
ou moins tacitement suggr. De nombreuses tudes ont t consacres la cintique de
rduction du proton, ou de leau suivant le pH considr, sur diffrents matriaux, en
particulier pour optimiser les procds de production dhydrogne par lectrolyse. Le
mcanisme se dcompose en deux tapes. La premire tape, la rduction mono-lectronique
18

dune molcule deau (raction de Volmer) donne un atome dhydrogne adsorb sur un site
mtallique (M-Hads) :
M + H2O + e- M-Hads + OH(o M reprsente un site dadsorption du proton)
(10)
Elle est suivie soit par une seconde rduction mono-lectronique de lhydrogne adsorb
(raction de Heyrovsky) :
M-Hads + H2O + e- M + H2 + OH-
(11)
soit par la combinaison de deux atomes dhydrogne adsorb (raction de Tafel):

2M-Hads 2M + H2
(12)
Les deux ractions de la seconde tape sont les tapes qui limitent la cintique du processus
sur les matriaux mtalliques et les aciers. La consommation du produit de ces ractions
(lhydrogne) ne peut donc pas avoir deffet sur la vitesse dextraction des lectrons du
matriau. Dans le courant des annes 80 plusieurs auteurs (Videla, 1988), dont en France
Jean-Louis Crolet (Crolet, 1990 ; Crolet et al., 1992 ; 1998), ont eu le mrite de mettre en
lumire linvalidit de ce mcanisme. Toutefois, ils utilisent souvent des termes impropres en
qualifiant la raction cathodique dirrversible. Dun point de vue thermodynamique, les
diffrentes tapes de la raction cathodique sont rversibles et la notion de
rversibilit/irrversibilit na rien voir avec le fait quelles limitent la vitesse. La confusion
entre les concepts dtape limitante et dirrversibilit ne contribue sans doute pas une claire
comprhension des mcanismes. En outre, certaines BSR pourvues dhydrognases ont la
capacit utiliser lhydrogne comme donneur dlectrons. La production dhydrogne par la
corrosion favorise donc la croissance de ces bactries qui, en retour, peuvent acclrer la
corrosion par lun des mcanismes dcrits ci-dessous. La consommation de lhydrogne par
les BSR peut donc favoriser la corrosion, mais par un chemin beaucoup plus indirect que
suppos par la thorie de dpolarisation cathodique.
Dpolarisation anodique (1952) :
Les auteurs (Wanklyn et al., 1952) supposent que les sulfures produits par les BSR ont
plutt une influence sur la branche anodique du processus de corrosion que sur la branche
cathodique. Pour eux, la dissolution du mtal :
Fe Fe2+ + 2e-
(13)
est favorise par la libration dions sulfures S2- par les bactries qui fait prcipiter les ions
Fe2+:
Fe2+ + S2- FeS
(14)
Ce mcanisme suppose que la vitesse de la raction anodique de dissolution du fer soit limite
par la prsence des ions ferreux (ou ferrique), ce qui parat toutefois assez peu probable.
19

Plus tard, Salvarreza et al., (1980) ont soulign que lactivation du mtal tait accrue par la
prsence des ions HS- et que la dissolution du fer passe par la formation dun compos
soluble, le FeHS+. En milieu contenant des chlorures, une faible concentration de sulfures
suffit promouvoir lactivation de lacier.
Dpolarisation cathodique par H2S (1974) :

Le terme de dpolarisation cathodique a t repris en 1974 (Costello), qui est
expliqu par la production de sulfure dhydrogne (H2S) par les BSR, qui agirait ensuite
comme un accepteur dlectrons pour former HS- et H2 :
2 H2S + 2e- H2 + 2 HS-
(15)
Dans ce cas, la dpolarisation cathodique consiste en une raction cathodique

supplmentaire cre par la prsence des BSR. La dnomination par un mme terme de deux
mcanismes, dont lun nest pas valide et lautre est correct dun point de vue thorique,
naide pas dmler lcheveau des mcanismes.
Production de phosphines corrosives (1984) :

Les BSR, peuvent librer de la phosphine (PH3), produite partir des phosphates PO43(Roels et al., 2005). Celle-ci ragit avec les ions ferreux (Fe2+) pour former des phosphures de
fer (Fe2P) (Glindemann et al., 1998). Dans ce mcanisme particulier, les sulfures de fer
formeraient un dpt protecteur alors que les phosphures de fer stimuleraient la corrosion
(Iverson et al., 1984). De plus, daprs Campaignolle (1996) et Monfort-Moros (2001), il ny
aurait corrosion que si le dpt de sulfures de fer est imparfait laissant ainsi aux phosphures
de fer la possibilit de se former.
Corrosion sous contrainte (1989) :
Le stress corrosion craking (SCC) est un type de corrosion d des contraintes

dans le matriau en prsence dun milieu corrosif (Matson, 1989), le cracking qui sinitie
gnralement au niveau des piqres (Byars, 1999). La prsence dune activit microbienne
peut augmenter drastiquement la corrosivit du milieu et par suite jouer un rle dans la
propagation de la corrosion par SCC. Au cours de la corrosion de lacier au carbone, dans un
milieu contenant des chlorures, des sulfates et des BSR, les deux atomes dhydrogne gnrs
par la raction de rduction de leau ou des protons ne peuvent se recombiner pour donner du
dihydrogne gazeux. En effet, les ions sulfures, issus du mtabolisme des BSR, rduisent la
vitesse de recombinaison des deux atomes dhydrogne en milieu chlorur. Ces atomes
dhydrogne diffusent alors lintrieur de lacier et saccumulent dans les imperfections
structurales du cristal pour former du dihydrogne gazeux. Ces molcules gazeuses sont trop
volumineuses pour pouvoir diffuser lextrieur du mtal, ce qui augmente les pressions
lintrieur du mtal (pressions trs leves de lordre de 104 atm) et endommage lacier. Ce
20

phnomne de pigeage du dihydrogne gazeux est connu en anglais sous le nom de
hydrogen embrittlement (Javaherdashti et al., 2006).
Pile de concentration induite par les EPS (1995) :
Les EPS renferment des groupements ioniques, des mtabolites tels que les acides et
leurs sels et provoquent une augmentation de la teneur en eau dans les irrgularits du
matriau mtallique (Beech et al., 1995 ; Sand, 1997). Une htrognit intrinsque stablit
alors modifiant ainsi lenvironnement physico-chimique et une diffrence entre
lenvironnement proche du mtal et le reste de la solution est cre entranant la variation du
potentiel lectrochimique. Cest la corrosion par pile de concentration. La diffrence par
rapport la corrosion galvanique, tient dans le fait que les ractions anodiques et cathodiques
ont lieu sur le mme mtal (Fe) alors que pour la corrosion galvanique, il y a couplage entre
deux mtaux de natures diffrentes (Fe et FeS). Seule la concentration du fluide qui baigne le
mtal varie en raison de laccumulation des EPS dans les cavits poreuses du mtal (Beech,
2004 ; Cristbal et al., 2006).
Autres mcanismes proposs pour expliquer la corrosion des matriaux par les
BSR:
La bactrie Desulfovibrio gabonensis isole partir dun pipeline corrod a besoin de

Fe2+ pour sa croissance. Le remplacement dans le milieu des ions Fe2+ par un copeau dacier
doux permet aux bactries de crotre pH 6,0 mais pas pH 7,4 ; aucune croissance ntant
observe pH 6,0 en absence de copeau. Lacidification par excrtion de produits tels lacide
actique augmente le taux de sulfures corrosifs (H2S, HS-). Les sulfures attaquent le fer
mtallique qui soxyde en Fe2+. Ainsi, la production dacides par les biofilms garantit la
disponibilit de Fe2+ pour les BSR et par consquence assure la persistance de la corrosion
(Marchal et al., 2001).
Lopes et al., (2006) ont suggr que D. desulfuricans endommage la couche passive de lacier
inoxydable 304L en dissolvant les ions nickel, ce qui influence, positivement le mtabolisme
des BSR favorisant ainsi la biocorrosion.
I.2.3. Rles dautres types de bactries dans la corrosion des aciers
Bien que de nombreuses tudes dmontrent la prsence souvent dominante des BSR
dans les biofilms prlevs sur des pipelines corrods (entre 11% et 73% de la totalit de la
communaut bactrienne ; Kleikemper et al., 2002 ; Ravenschlang et al., 2000), une tude
rcente ralise sur des pipelines mexicains montre que la proportion des BSR est parfois
faible bien que la corrosion soit prsente (Lopez et al., 2006). Lanalyse de la diversit
microbienne dnote la prsence de trois groupes physiologiques : anarobies facultatifs
(membres de Enterobactereaceae), halophiliques anarobiques carbohydrate fermentatives
(membres de Halanaerobiaceae) et rductrices de sulfates (membres de Desulfovibrionales).
21

Les espces Citrobacter spp., Entrobacter spp. et Halanaerobium spp. sont prdominantes.
La proportion de BSR est trs faible, Desulfovibrio spp. tant majoritaires (Neria-Gonzlez et
al., 2006).
Les bactries mthanognes (anarobies strictes) utilisent comme source dlectrons soit du
fer pur, soit le fer de lacier doux pour la rduction du CO2 en CH4 (Daniels et al., 1987).
Boopathy et al., (1991) ont compar les vitesses de corrosion des bactries mthanognes et
des BSR, ils ont trouv des vitesses de lordre de 10 14 mg/jour/dm pour les mthanognes
et 1,3-21 mg/jour/dm pour divers cultures pures de Desulfovibrio. Les analyses
phylogntiques des espces responsables de la corrosion ont dmontr limplication des
bactries Methanococcus thermolithotrophicum, Methanosarcina barkeri, Methanobacterium
thermoautotrophicum Methanobacterium bryantii, Methanospirillum hungatei ainsi que les
espces
bactriennes
hydrognotrophiques
Methanogenium,
Methanoplanus
et
Methanocalculus (Zhang et al., 2003). Le mcanisme propos (Feugas et al., 1997) pour
expliquer la corrosion observe est la dpolarisation cathodique par consommation de
lhydrogne, or ce mcanisme est incorrect (cf. Dpolarisation cathodique, section I.2.2).
Des espces actotrophiques de la famille de Methanosaetaceae peuvent aussi acclrer la
corrosion via la croissance syntrophique avec les BSR.
La bactrie clostridiale Clostridium acetobutylicum (Ford et al., 1989 ; Walch et al., 1989)
acclre galement la corrosion anarobie des aciers. Cest le mcanisme de corrosion sous
contrainte qui est privilgi (Edyvean et al., 1990) (cf. Corrosion par stress, section I.2.2) .
En conclusion, tous ces rsultats doivent tre interprts avec prcaution car plusieurs
facteurs, tels que la maturit et lge du biofilm, le nombre dchantillons ou mme les
techniques danalyse influencent la description de la communaut bactrienne. Il faut
certainement en retirer la ncessit deffectuer plus dtudes consacres lidentification des
micro-organismes rellement impliqus dans la MIC.
I.3. Rles des hydrognases dans la corrosion des aciers
Des tudes ont soulign un effet notable de lhydrognase sur la corrosion ainsi des
travaux ont dmontr que les vitesses de corrosion de lacier doux, dans leau de mer
artificielle strile sont similaires aux valeurs obtenues avec des souches non-corrosives de
BSR nayant pas une activit hydrognase (0,48 mm/an) alors quen prsence de souches de
BSR possdant une activit hydrognase, les vitesses de corrosion atteignent 7,79 mm/an
(Hilbert et al., 2000 ; Bryant et al., 1991). De plus, des dtecteurs de la prsence
dhydrognase sont commercialiss par Caprocco, au Canada afin de dtecter la corrosion
(Boivin et al., 1990). Bryant et al., (1993) ont montr une corrlation entre hydrognase et
corrosion. Leurs expriences consistent plonger des coupons daciers dans un vase B et le
connecter, uniquement par la phase gazeuse, un vase A contenant une solution Tris
tamponne, de lhydrognase et du mthyl viologne. Une couleur bleue apparat indiquant
que lhydrognase assure la rduction du mthyl viologne suivant la raction :
H2 + 2 MV2+ (incolore)
HASE
2 MV+ (bleu) + 2 H+
(16)
22

Lhydrognase augmente alors la dissolution du fer en consommant lhydrogne produit par
la raction cathodique de corrosion et ceci uniquement en prsence de phosphate, lorsque le
vase B est rempli dune solution dacide phosphorique (pH 2). Par contre, quand le vase B
contient de leau distille, il ny a pas de corrosion et si B renferme de lacide sulfurique, la
dissolution du fer nest que de 40 g contre 795 g pour lacide phosphorique. Ils ont propos
la raction chimique suivante entre lacier et les ions phosphates :
3Fe + 4H2PO4- Fe3(PO4)2 + 3H2 + 2HPO42-
(17)
Pour expliquer ces observations, il a t propos, au laboratoire de Gnie Chimique, le

mcanisme suivant de rduction des atomes d'hydrogne lis aux ions phosphate sur des
lectrodes en acier (Da Silva et al., 2004 a):
Une rduction lectrochimique en trois tapes :
H2PO4- + e- Had + HPO42Had + H2PO4-+ e- H2 + HPO422 Had H2
Couple avec lquilibre acido-basique :
H2O + HPO42- H2PO4- + OH-
(18)
(19)
(20)
(21)
La modlisation mathmatique de ce mcanisme a montr que la raction globale nest plus

limite par la dsorption de Had. La rapidit de cette raction peut alors expliquer l'influence
de la consommation de l'hydrogne sur l'augmentation de la corrosion mentionne
prcdemment dans les expriences des deux vases. Le fait qu'une raction ne soit plus
limite dans un sens permet que l'quilibre de la raction soit dplac par la modification des
concentrations des produits. Dans le cas des ractions 19 et 20, la consommation d'hydrogne
dplace l'quilibre de la raction dans la direction de la production d'hydrogne. Cela
provoque une augmentation de la vitesse de la raction cathodique.
Il a galement t dmontr que lhydrognase de Ralstonia eutropha catalyse la corrosion de
lacier doux quand elle est utilise dans une solution de phosphate sans besoin dun mdiateur
(Da Silva et al. 2004 b). Sur acier inoxydable, lhydrognase catalyse aussi la raction
cathodique par transfert direct dlectrons suivant les mcanismes proposs ci-dessous (Fig.
2A, B) (Da Silva et al., 2002 ; 2004 a ; 2004 c). Habituellement lhydrognase de R. eutropha
catalyse la rduction de NAD+ (raction 22) en utilisant un accepteur terminal dlectrons en
solution.
NAD+ + H+ + 2e-
A-
HASE
NADH
(22)
B-
Figure 4 : Mcanismes possibles pour expliquer linfluence de lhydrognase sur la raction

cathodique dans la corrosion des aciers inoxydables. (Da Silva et al., 2002).
23

Dans le mcanisme A, lhydrognase est adsorbe directement sur la surface de lacier alors
que dans le mcanisme B, le transfert lectronique se produit par lintermdiaire de
lhydrogne adsorb. Globalement, ces mcanismes sont similaires puisque tous les deux
reposent sur la catalyse de la raction cathodique par lenzyme, soit avec un transfert direct
dlectrons, soit par la consommation datomes dhydrogne sous forme adsorbe.
La capacit des hydrognases issues des bactries phototrophes T. roseopersicina, L.
modestohalophilus, oxyder des mtaux a t galement dmontre (Zadvorny et al., 2006).
Lajout dun mdiateur (mthyl viologne) acclre la raction mais loxydation peut
galement se produire en absence de mdiateur. Les mtaux oxyds sont le zinc, le fer, le
nickel et le cadmium sous forme de poudres. Le pH influence fortement la raction
doxydation ainsi pour le cadmium par exemple, pH 4, la raction est 5 fois plus rapide qu
pH 7, alors que pour le nickel, loxydation ne se produit qu pH 5.
M
HASE
Mn+ + ne-
(23)
Cependant, dautres travaux ont dmontr quil ny a pas de lien entre les hydrognases et la
corrosion, bien au contraire, il a t dmontr quune souche de SRB hydrognase-ngative
est plus corrosive quune souche hydrognase-positive (Kumar et al., 1999), et une autre
tude a montr que les hydrognases priplasmiques de D. vulgaris catalysent rversiblement
loxydo-rduction de lhydrogne et quil y a absence de corrosion (Dinh et al. 2004).
Limplication des hydrognases contenues dans les bactries ou libres en solution dans la
corrosion demeure un sujet de controverses.
I.4. Transfert dlectrons dans les piles combustibles microbiennes (PACMs)
I.4.1. Le concept des PACMs
Bien que le concept des piles combustible microbiennes (PACMs) soit ancien, avec
un dveloppement accentu dans les annes 60, lorsque la NASA sest intresse la
transformation des dchets organiques en lectricit sur les vols spatiaux, il connat un
vritable essor depuis le dbut du XXIme sicle avec une augmentation relle des puissances
dlivres ouvrant la voie des applications potentielles grande chelle : diversit des
combustibles en particulier issus des matires organiques, source dnergie et
dintensification dans les installations de traitement des effluents (stations dpuration
(Logan, 2005 ; Angenent et al., 2004 ; Rabaey et al., 2005) dchets des brasseries, dchets
agricoles (Min et al., 2005) et agroalimentaires (Heilmann et al., 2006)), sources
dlectricit dans les lieux retirs dpourvus dinfrastructure. En 1963, les premires piles
combustible biologiques furent commercialises en tant que sources dnergies dans les
radios, signaux lumineux et autres appareils en mer (Shukla et al., 2004) En vingt ans
(1986-2006), le nombre de publications sur les PACMs a t multipli par 15 et les densits
de puissances maximales ont augment dun facteur 100.
Une pile microbienne convertit lnergie disponible dans un substrat biodgradable en
lectricit grce lintervention de micro-organismes. A lanode, il y a oxydation des
composs organiques et les lectrons circulent dans le circuit lectrique externe jusqu la
24

cathode, o a lieu la rduction de loxygne. Le compartiment anodique est spar du
compartiment cathodique par une membrane changeuse de protons qui assure le transfert
ionique. Quelques tudes ont prsent des PACMs entirement microbiennes avec des microorganismes dans les deux compartiments.
Trois configurations dutilisation des micro-organismes dans des piles combustibles

sont tudies :
Les piles avec un bioracteur intgr (Fig. 5) : lhydrogne, issu du mtabolisme

bactrien partir du glucose, soxyde de faon abiotique lanode en ions H+. Les protons
diffusent travers la membrane vers la cathode. Les lectrons sont transmis lanode et se
dplacent dans le circuit extrieur jusqu la cathode o a lieu la rduction de loxygne.
Dans ce procd, seule une partie des lectrons disponibles dans le substrat (glucose) est
rcupre, il en rsulte laccumulation de produits organiques dans le compartiment
anodique.
Les piles microbiennes transfert dlectrons indirect, un mdiateur en solution assure

le passage des lectrons vers lanode.
Les piles microbiennes transfert dlectrons direct, le micro-organisme transfert

directement les lectrons issus de la raction biochimique lanode.
Figure 5 : Schma dune PACM montrant un mcanisme doxydation dhydrogne produit in

situ (Lovley 2006).
I.4.2. Mcanismes de transfert indirect entre une bactrie et une lectrode
Avant les annes 2000, il tait inimaginable quune bactrie puisse transfrer
directement les lectrons provenant de son mtabolisme interne une lectrode solide. Le
transfert lectronique tait alors ralis par lintermdiaire de mdiateurs ajouts dans le
milieu. Un mdiateur lectrochimique est une molcule qui peut soxyder puis se rduire et se
recycler, il peut catalyser soit la raction cathodique soit la raction anodique. La figure 6
reprsente un schma de mcanisme de transfert indirect en prsence dun mdiateur artificiel
du ct anodique dune PACM.
25
Figure 6 : Schma dune PACM utilisant un mcanisme de transfert indirect en prsence dun
mdiateur artificiel. Le mdiateur accepte les lectrons issus de loxydation du substrat
(glucose) et se rduit sur la bactrie puis soxyde lanode laquelle il transfre les
lectrons. Le mdiateur se rduit et soxyde ainsi durant plusieurs cycles. Dans ce systme, le
substrat (glucose) est partiellement oxyd en CO2 (Lovley, 2006).
Du ct anodique, les exemples de mdiateurs sont relativement nombreux. Les mdiateurs
les plus utiliss sont la thionine, le rouge neutre, les drivs de la phnazine, de la
phnothiazine, de la phnoxazine et de la quinone, notamment le 2-hydroxy-1,4naphtoquinone (HNQ) (Newman et al., 2000 ; Katz et al., 2003 ; Shukla et al., 2004). Ces
mdiateurs artificiels sont utiliss dans les PACMs microbiennes avec des bactries telles que
Escherichia coli (Emde et al., 1989 ; Park et al., 2000), Proteus vulgaris (Allen et el., 1993 ;
Kim et al., 2000), Propionibacterium freunreichii (Emde et al., 1990), Actinobacillus
succinogenes (Park et al., 2000) et les espces Pseudomonas spp. et Bacillus spp. (Katz et al.,
2003 ; Shukla et al., 2004).
De ct cathodique, un seul mdiateur artificiel a t test dans les PACMs : le rouge neutre
qui permet la rduction du dioxyde de carbone en mthane et le fumarate en succinate en
prsence dActinobacillus succinogenes (Park et al., 1999 a ; Park et al., 1999 b). Toutefois,
des ions mtalliques ont parfois t rajouts dans le compartiment cathodique pour faciliter le
transfert lectronique. Ainsi par exemple, une bactrie mangano-oxydante, Leptothrix
discophora oxyde les ions Mn+ en oxyde de manganse MnO2 en milieu arobie (Rhoads et
al., 2005). Ce dernier se rduit alors la cathode pour redonner lion Mn+. Un mcanisme
similaire est observ avec des bactries ferro-oxydantes telles que Thiobacillus ferroxidans ou
Acidithiobacillus ferrooxidans qui oxydent les ions Fe2+ en Fe3+. Ce sont les ions Fe3+ qui se
rduisent alors la cathode (Lopez-Lopez et al., 1999 ; Ter Heijne et al., 2007).
Mme si quelques mdiateurs ont montr une bonne efficacit, ce mode de transfert a de
nombreux dsavantages qui en font aujourdhui un procd dsuet (Schrder, 2007).
Linconvnient majeur est quune PACM base sur ce type de transfert a un fonctionnement
limit dans le temps : les applications des PACMs se font souvent en continu, et ncessitent
un renouvellement permanent ou discontinu de mdiateurs ce qui augmenterait le cot de
fonctionnement de la PACM. Ceci pose des problmes technologiques et mme
environnementaux car les mdiateurs sont connus pour tre des composs toxiques (Lovley,
2006 ; Schrder, 2007).
26
I.4.3. Mcanismes de transfert direct entre une bactrie et une lectrode
Reimers et al., ont dcouvert, en 2001 (Reimers et al., 2001), un nouveau type de
PACM qui a rvolutionn la recherche portant sur les interfaces micro-organismes/matriaux.
Ils ont mis en lumire que les bactries du biofilm pouvaient transfrer les lectrons
directement lanode. Le transfert direct dlectrons entre une bactrie et une lectrode
implique un contact entre la cellule bactrienne et la surface de llectrode. Contrairement au
mcanisme indirect, aucun compos dissous, ajout dans le milieu, nintervient pour
transporter les lectrons de la bactrie vers llectrode. Cette nouvelle PACM fournit de
llectricit partir des sdiments marins, un environnement naturel renfermant une flore
indigne et de la matire organique naturelle. Elle est constitue dune anode enfonce dans
les sdiments marins connecte via une rsistance externe la cathode place au-dessus dans
leau de mer (Fig. 7). Les micro-organismes des sdiments lorigine de la production
dnergie sont adhrs sous forme de biofilm la surface de lanode (Tender et al, 2002 ;
Ryckelynk et al., 2005 ; Reimers et al., 2006, Lovley, 2006). Ce biofilm est qualifi
dlectroactif car il est capable de transfrer les lectrons issus de loxydation des produits de
fermentation au support mtallique sur lequel il se dveloppe. Outre les sdiments marins,
tous les environnements naturels ou renfermant une flore microbienne complexe peuvent
constituer une source potentielle de biofilms lectroactifs. Une thse effectue au Laboratoire
de Gnie Chimique (LGC) sest intresse au dveloppement de biofilms lectroactifs dans
divers environnements naturels (tels que le terreau et leau provenant de la mangrove
guyanaise) partir de la flore indigne, dvaluer llectroactivit disolats issus des biofilms
ainsi forms et de caractriser les mcanismes de transfert dlectrons entre les bactries et le
matriau (Parot, 2007, thse de doctorat).
Figure 7 : Schma de PACM en sdiments marins. Les micro-organismes de la famille des

Geobacteraceae peuvent oxyder lactate et transfrer les lectrons directement une anode
en graphite enfonce dans les sdiments. Les lectrons se dplacent la cathode sur laquelle
a lieu la rduction de loxygne (Lovley, 2006).
En 2002, une quipe de chercheurs amricains ont publi leurs travaux sur les PACMs et en
particulier sur les phnomnes se produisant lanode (Tender et al., 2002), conjointement
des chercheurs europens ont dpos un brevet dmontrant quun acier inoxydable recouvert
par un biofilm marin possdait des proprits proches de celle du platine, quant la rduction
cathodique de loxygne (Bergel et Fron, Brevet 2002, extension internationale en 2003).
27

Tandis que Tender et al. se focalisaient sur ltude de lanode et en particulier sur les
communauts bactriennes qui peuvent intervenir dans la production dlectricit (Tender et
al. 2002), Bergel et al., possdant une grande connaissance des phnomnes de biocorrosion
en milieu marin sur de lacier inoxydable, mettaient au point une cathode de PACM
comptitive (Bergel et al. 2005). Cest lissue de ces travaux, quun dfi a pu tre relev par
la mise au point de deux prototypes de PACM, lun en station marine et lautre directement
dans le port de Gnes (Italie) en utilisant comme matriaux dlectrodes : la cathode, de
lacier inoxydable ; lanode, galement de lacier inoxydable ou du graphite ou des DSA qui
sont des lectrodes base de titane recouvert doxydes diridium et de tantale (Dumas, 2007,
thse de doctorat). Les rsultats obtenus se sont avrs trs prometteurs pour lextrapolation
des PACMs lchelle pilote. Cest ce que Luc Etcheverry, assistant ingnieur au sein de
notre quipe au LGC souhaite dvelopper et exploiter en faisant des dmarches pour monter
sa start-up.
Une PACM possde de nombreux avantages par rapport aux autres types de piles
combustible : une PACM utilise des composs organiques comme combustible avec un
rendement faradique allant jusqu 90% pour les dernires configurations, elle peut
fonctionner temprature ambiante, le catalyseur microbien sauto-renouvle (Lovley,
2006).
Le mcanisme de transfert direct au sein du biofilm peut tre assur de deux faons :
production de mdiateurs par la bactrie elle-mme ou contact direct entre les cellules
bactriennes et llectrode.
Parmi les micro-organismes qui produisent eux-mmes leur mdiateur, citons : les
genres Pseudomonas (Rabaey et al., 2005 b ; Pham et al., 2008), et Shewanella (Kim et al.,
1999 ; Kim et al., 2002 ; Newman et al., 2000 ; Marsili et al., 2008) qui synthtisent des
phnazines et des flavines. Plus particulirement, la souche Pseudomonas aeruginosa KRP1
synthtise la phnazine-1-carboxamide et la pyocyanine qui facilitent le transfert lectronique
dans une PACM (Rabaey et al., 2005b). Shewanella oneidensis MR-1 (ancienne souche
Shewanella putrefaciens MR-1) synthtise la 2-amino-3-carboxy-1,4-naphthoquinone
(ACNQ) (Schrder, 2007), la flavine et la riboflavine-5-phosphate (Kim et al., 1999 ; Marsili
et al., 2008).
Parmis les bactries capables de transfrer des lectrons directement llectrode,

citons : Geobacter sulfurreducens (Bond et al., 2003), Geobacter metallireducens (Bond et
al., 2002), Rhodoferax ferrireducens (Chaudhuri et al., 2003), Desulfuromonas acetoxidans
(Bond et al., 2002), Desulfobulbus propionicus (Holmes et al., 2004a), Enterococcus
gallinarum (Kim et al., 2005), Synechocystis PCC6803, et Pelotomaculum
thermopropionicum (Gorby et al., 2006), Aeromonas hydrophila (Pham et al., 2003) et
Shewanella putrefaciens (Kim et al., 1999) mais galement Shewanella oneidensis.
Lhypothse avance est que le transfert direct ncessite la prsence de protines rdox sur la
surface de la membrane bactrienne permettant le transfert des lectrons de lintrieur de la
cellule vers llectrode. Ces protines pourraient tre les cytochromes de type c car ils
appartiennent la chane de transfert des lectrons chez les bactries. Ils sont supposs jouer
un rle majeur dans le transfert direct dlectrons (Chang et al., 2006). La figure 8 reprsente
un schma de mcanisme de transfert direct entre la bactrie et lanode.
28
Figure 8 : Schma dune PACM utilisant un mcanisme de transfert direct. Les bactries
oxydent le substrat (glucose) en dioxyde de carbone via des voies classiques du mtabolisme
tel que le cycle dacide tricarboxylique (Lovley, 2006).
Le contact direct entre la cellule bactrienne et llectrode suppose que seules les bactries de
la premire couche soient lectroactives (Lovley, 2006). Rcemment, il sest avr que mme
les bactries une certaine distance de llectrode peuvent transfrer des lectrons la surface
de lanode grce des pili conducteurs qui forment des nano-fils conducteurs (Reguera et al.,
2005). Les pili sont connects aux cytochromes au travers desquels le transfert dlectrons
vers lextrieur seffectue. En effet, il a t montr que Geobacter sulfurreducens et
Shewanella oneidensis sont capables de rduire des oxydes de fer grce aux pili (Gorby et al.,
2006 ; Logan et al., 2006 ; Shrder, 2007). Nanmoins, les pilis existent galement chez des
bactries non mtallo-rductrices telles que Synechocystis PCC6803 et Pelotomaculum
thermopropionicum rvlant ainsi que les nano-fils conducteurs constituent une stratgie
commune de transfert lectronique (Gorby et al., 2006).
Actuellement, de nombreuses recherches sintressent la comprhension des mcanismes de
transfert direct, notamment chez G. sulfurreducens puisque cette espce produit les densits
de courant les plus leves par rapport nimporte quelle autre culture microbienne quelle
soit pure ou mixte (Richter et al., 2008). La comprhension de ces mcanismes dchange
dlectrons entre les bactries adhres et llectrode sest faite peu peu, grce des tudes
prcdentes ralises sur les mcanismes de transfert lectronique lors de la rduction
doxydes de mtaux comme les oxydes de fer ou de manganse (Lovley et al., 1987; Myers et
al., 1988; Lovley et al., 1996). En effet, ces oxydes tant insolubles, ils ne peuvent pntrer
dans la cellule, le transfert lectronique, de la mme faon quen prsence dune lectrode, est
donc extracellulaire. galement, les travaux raliss en biormdiation ont montr que G.
sulfurreducens peut rduire des mtaux toxiques comme U(VI), Tc(VII), Co(III) et V(V)
(Anderson et al., 2002 ; 2003 ; Holmes et al., 2002 ; Caccavo et al., 1994 ; Finneran et al.,
2002 ; Lloyd et al., 2001 ; Ortiz-Bernard et al., 2004 ; Butler et al., 2006). Dans ces cas de
transfert lectronique, limplication de cytochromes membranaires de type c et de pili
conducteurs a t prouve (Holmes et al. 2006). A noter que le gnome de G. sulfurreducens
renferme 111 cytochromes de types c ce qui constitue le nombre le plus lev de cytochromes
qui soit report dans un micro-organisme de squence connue (Ding et al., 2006). Les
cytochromes extra-membranaires S, OmcS, et dans une moindre mesure OmcE, sont
indispensables pour le transfert lectronique (Kim et al., 2008 a). Par contre, OmcB (export
par la protine rductrice doxyde G oxpG travers la membrane externe) est essentiel pour
29

un transfert dlectrons optimal aux accepteurs dlectrons insolubles (oxydes de Fe(III) ou de
Mn (VI)) (Kim et al., 2008 b) mais nest pas indispensable pour le transfert lectronique des
lectrodes solides (Mehta et al., 2006). Ainsi, bien que les oxydes de Fe(III) et les lectrodes
soient tous les deux des accepteurs dlectrons extracellulaires, il existe une diffrence
significative au niveau des voies de transfert dlectrons, do la complexit. Des protines
membranaires externes telles que OmpJ et les pilis sont galement impliqus dans la chane
de transfert lectronique notamment aux oxydes de Fe(III) et Mn(IV) (Afkar et al., 2005 ;
Holmes et al., 2006). Cependant, les pilis ne sont pas indispensables pour la production
dlectricit mais ils sont ncessaires pour tablir la connexion lectrique entre les bactries et
les particules doxydes de Fe(III) (Reguera et al., 2005) et surtout pour obtenir des densits de
puissances maximales. En effet, la puissance dune PACM inocule par G. sulfurreducens a
t multiplie par 10 aprs la formation des nano-fils conducteurs (Reguera et al., 2006).
I.5. Positionnement de ltude
Il est gnralement admis que le dpt de sulfure de fer induits par lactivit de
bactries sulfato-rductrices (BSR) et thiosulfato-rductrices (TRB) joue un rle cl dans la
corrosion anarobie des aciers. Malgr cette unanimit, les manipulations de laboratoire
peinent reproduire la corrosion des aciers faiblement allis observe en milieux industriel et
naturel ; bien plus, elles nexpliquent pas quel est llment qui dclenche la corrosion,
puisque les BSR, prsentes dans pratiquement tous les biofilms marins pais, ninduisent pas
systmatiquement de corrosion. Certaines tudes ont dmontres que les enzymes
hydrognases prsentes dans les BSR seraient indispensables, dautres le rcusent. Toutefois,
il nest pas encore possible de reproduire en laboratoire par un systme enzymatique simple
les phnomnes observs en milieu naturel en conditions anarobies, comme cela est fait
couramment en conditions arobies (Marconnet, 2007, thse de doctorat; Landoulsi, 2008
thse de doctorat).
Le premier objectif de ce travail de thse est didentifier leffet possible ou non
dhydrognases sur les processus de corrosion anarobie. Comme dvelopp dans le
paragraphe I.3, lexistence de diverses ractions cathodiques catalyses par des hydrognases
adsorbes sur diffrents matriaux a t dmontre. Toutefois, notre connaissance, il na pas
encore t reproduit de processus de corrosion catalyse par une hydrognase. Pour aller dans
ce sens, la partie de ltude consacre leffet de lhydrognase a utilis un acier doux, plus
sensible la corrosion que les aciers inoxydables utiliss au laboratoire pour les tudes
prcdentes. Les aciers doux sont en outre les plus concerns par les problmes de corrosion
anarobie au niveau industriel. Les travaux raliss prcdemment au laboratoire avaient mis
en uvre une hydrognase de Ralstonia eutropha, assez spcifique car NAD-dpendante.
Pour cette tude lhydrognase de Clostridium acetobutylicum a t utilise, qui prsente un
mcanisme catalytique plus simple et une activit intrinsque plus leve.
Bien que de nombreuses tudes aient dmontr lefficacit du transfert lectronique direct
dans le domaine des piles combustible, ce mcanisme na t voqu notre connaissance
quune seule fois dans le domaine de la biocorrosion. Dinh et al., (2004) ont suggr par des
mesures indirectes que deux isolats bactriens anarobies peuvent utiliser le fer comme
unique donneur dlectrons : un isolat Desulfobacterium-like qui rduit le sulfate et un isolat
30

Methanobacterium-like qui produit du mthane, pourraient ainsi tre impliqus dans la
biocorrosion par une extraction directe dlectrons du fer vers les isolats bactriens.
La deuxime partie de la thse souhaite valuer la validit du mcanisme de transfert
lectronique direct entre acier et cellules bactriennes dans le domaine de la corrosion. Cette
dmarche est ce jour totalement innovante, si elle savrait positive elle ouvrirait une
nouvelle voie dans la comprhension des mcanismes de la biocorrosion. Depuis la
publication pionnire en 2002 (Tender et al.) les tudes fondamentales ou appliques aux piles
microbiennes se multiplient, et les micro-organismes anodophiles saccumulent : Geobacter,
Shewanella, Aeromonas, etc Certains ralisent galement des ractions de rduction et sont
donc capables dextraire directement des lectrons dun matriau. Geobacter metallireducens
et Geobacter sulfurreducens rduisent le nitrate en nitrite ou le fumarate en succinate en
acceptant les lectrons dune cathode en graphite (Bond et al., 2003 ; Gregory et al., 2004)
Les travaux rcents raliss au laboratoire prouvent que ce transfert dlectrons cathodique est
encore plus rapide sur des lectrodes en acier inoxydable (Dumas et al., 2008 b). Ces microorganismes lectro-actifs pourraient-ils crer une raction cathodique qui favoriserait la
corrosion ou, au contraire, en fournissant des lectrons au matriau le protgerait contre la
corrosion? Les micro-organismes lectro-actifs pourraient-ils tre une cl ignore des
phnomnes de corrosion microbienne ? Cette question na jamais t aborde jusqu
prsent, y rpondre constitue lobjectif de la seconde partie de la thse. La souche bactrienne
Geobacter sulfurreducens a t choisie pour sa capacit raliser aussi bien des ractions
anodiques que cathodiques suivant les conditions et les domaines de potentiel.
31
Chapitre II :Matriels et mthodes
Chapitre II
Matriels et mthodes
32

II.1. Matriels et milieux
II.1.1. Les lectrodes de travail
II.1.1.1. Nomenclature
Quatre types diffrents daciers ont t utiliss comme lectrodes de travail au cours
de cette thse : 1145 ; 403 ; 304L et 316L.
Plusieurs normes existent pour dsigner les aciers : AFNOR (Association Franaise de
Normalisation), AISI (American Iron and Steel Institute)
Dans la norme AFNOR, les symboles sont bass sur la composition chimique de lacier. Par
exemple, un acier au carbone faiblement alli est reprsent par les lettres XC suivi de la
composition en carbone. Ainsi lacier XC45 correspond un acier au carbone (XC) contenant
0,45% de carbone.
Dans la norme AISI, la dnomination des aciers est compose de chiffres. Le mme acier dans
la norme AISI, se nommera AISI 1145, le premier chiffre signifie riche en carbone, le second,
riche en sulfure et phosphore et les deux derniers chiffres correspondent au taux de carbone.
Pour les aciers inoxydables, lajout de la lettre L signifie low pour faible teneur en
carbone.
Le Tableau 1 reprsente les nomenclatures les plus courantes et les domaines dapplications
des quatre types daciers utiliss lors de cette thse.
AISI
AFNOR
Amricaine
Franaise
1145
403
304L
XC45
Z6C13
Z3CN18 09
Classification
Les qualits de l'inox
des nuances
Les domaines
d'utilisation
Au carbone
Faible rsistance la
corrosion
Industrie ptrolire,
usage gnral
Ferritique
Ductile, rsistant la
corrosion dans un
milieu neutre ou
faiblement chlorur
Industrie Chimique
Austnitique
Trs bonne rsistance

la corrosion
intergranulaire, bonne
soudabilit
Industrie chimique peu

agressive,
chaudronnerie,
tuyauterie, usage gnral
Acier au molybdne Chaudronnerie,

trs bas carbone, trs tuyauterie pour
bonne rsistance la l'industrie chimique trs
316L
Z6CND17 12 Austnitique
corrosion
agressive, la
intergranulaire et en
construction navale,
milieu chlor et marin l'accastillage
Tableau 1 : Nomenclature des aciers utiliss dans cette thse et leurs domaines
dapplications.
33

Notons, que les normes AISI et AFNOR ne sont pas les seules pour dsigner les aciers, en
effet, suivant chaque pays les nomenclatures diffrent : ainsi par exemple, le mme acier
ferritique appel en France Z6C13 (AFNOR) se nommera aux Etats-Unis 403 (AISI) ou
S40300 (UNS), en Grande-Bretagne 410 (New BS), en Allemagne X10Cr12 (DIN), en Italie
X12Cr13 (UNI), au Japon (SCS 1), en Russie 08Ch13 (GOST).
Le tableau 2 reprsente les compositions massiques des aciers utiliss au cours de ce travail.
Alliage
1145
403
304L
316L
Ni
0,1
9,68
10,69
C
0,46
0,08
0,02
0,03
Mn
0,65
1
1,43
1,41
Cu
0,11
0,35
0,33
Si
0,31
1
0,35
0,33
S
0,032
0,03
0,03
0,02
P
0,01
0,04
0,03
0,04
Mo
0,02
0,40
2,10
Cr
0,1
11,5/13,5
18,26
17,09
Tableau 2 : Composition massique des diffrents types daciers utiliss.
Les coupons dacier (hauteur = 1 cm et diamtre = 2 cm) sont enrobs dans une rsine tanche
(Resipoly Chrysor). La connexion lectrique a t assure par des tiges en titane galement
enduites de rsine.
II.1.1.2. Traitement de surface pr-exprimental
Afin dobtenir des tats de surface identiques et des manipulations reproductibles, tous
les chantillons daciers utiliss ont t polis sur des disques abrasifs SiC de diffrentes
granulomtrie (P120, P180, P400, P800, P1200, P800/2400, et P1200/4000 (Lam Plan)) puis
rincs leau distille et bien schs avec un mouchoir en papier. Cette mthode mcanique
de prtraitement de surface a t favorise lissue dune autre mthode qui consiste
immerger les aciers durant 40 minutes dans un mlange dacide fluorhydrique (4%) et dacide
nitrique (20%) pour des raisons pratiques et par crainte que la rsine ne se dissolve dans
lacide favorisant ainsi la corrosion caverneuse et aussi pour viter la dposition de
pollutions issues de la rsine dcompose.
II.1.2. Electrodes de rfrence et contre-lectrodes
Deux types dlectrodes de rfrence ont t utilises : une lectrode au calomel

sature (ECS, Hg/Hg2Cl2/Cl- Copenhagen, Radiometer) et une lectrode au chlorure dargent.
Cette dernire est un fil dargent recouvert de chlorure dargent prpar partir dun fil
dargent (diamtre 1,5 mm, Goodfellow) plong successivement dans une solution dacide
nitrique 65 % puis dans une solution sature de KCl.
Des grilles de platine (Goodfellow) ont t employes comme contre-lectrodes. Elles ont t
brles la flamme dun bec Bunsen jusqu ce quaucune coloration de la flamme ne
persiste (flamme bleue) indiquant que tous les produits prsents sur llectrode ont t brls,
que llectrode est propre et quil ny a plus de pollution chimique.
34
II.1.3. Racteurs
Les expriences avec lhydrognase ont t effectues dans un premier temps en

cellule galvanique puis, dans un deuxime temps, en cellule lectrochimique Metrohm sous
bullage continu dazote.
Les manipulations avec lespce Geobacter ont t conduites dans des racteurs anarobies.
II.1.3.1 Cellule galvanique
Il sagit dune cellule en plexiglas (Arias, Toulouse) forme de deux compartiments,

renfermant chacun une lectrode enrobe de rsine et spars par une membrane de dialyse
(Cellu Sep T4 12-14 kDa) (Figure 1). Ltanchit entre les deux compartiments est assure
par des joints toriques. Lenzyme a t injecte dans le compartiment A de volume 10 mL. Le
compartiment B de volume 60 mL ne contient pas denzyme mais baigne dans le mme
milieu tamponn. Les deux lectrodes ont t couples laide dun picoamperemtre
Keithley 2000. Loxygne a t limin par un bullage continu dazote dans le compartiment
B.
A: Compartiment enzymatique
V=10mL
B: Compartiment sans enzyme

V=60mL
Hydrogenase
(hase)
Electrodes
Connections
lectriques
Membrane
de dialyse
Figure 1 : Schma de la cellule galvanique.
II.1.3.2. Cellule lectrochimique
Des cellules lectrochimiques de 0.1 L (Metrohm) ont t utilises pour les

expriences avec lhydrognase. Le montage trois lectrodes est compos dune lectrode de
travail en acier doux 1145, dune lectrode de rfrence au calomel sature et dune contre
lectrode en platine place au fond de la cellule Metrohm (Figure 2). Un bullage continu
dazote a permis de travailler en anarobiose.
35
Electrode de
rfrence (ECS)
Contre lectrode
Electrode de travail
1145
Figure 2: Schma de la cellule lectrochimique.
II.1.3.3. Racteurs anarobies
Les expriences avec lespce Geobacter ont t conduites dans des racteurs de 0,5 L
(Figure 3) ou de 2 L (Figure 4) contenant une quatre lectrodes de travail, une lectrode de
rfrence (Ag/AgCl) et une contre-lectrode (grille en platine). Le racteur a t clos
hermtiquement par une bague sertir en acier. Un flux de gaz N2+CO2 (80/20 v./v.) a t
maintenu en entre grce une canule en verre place en bas du racteur.
Bulleur
N2+CO2
Electrode de travail
Contre lectrode en platine
Electrode de rfrence Ag/AgCl
Figure 3 : Photo dun racteur anarobie de 0,5 L.
36
Figure 4 : Photo dun racteur anarobie de 2 L.
II.2. Milieux
II.2.1. Milieux tampons pour les expriences avec la [Fe]-hydrognase de Clostridium

acetobutylicum
Lhydrognase de Clostridium actobutylicum a t purifie par le Laboratoire

dIngnierie des Systmes Biologiques et des Procds (LISBP) CNRS-INSA, Toulouse,
France. Lenzyme purifie est conserve -80C dans 2 mM de sorbitol et 1 mg/mL de
Bovine Serum Albumin (BSA) dans des fioles contenant chacune 200 L de la solution
enzymatique. L'activit spcifique de lenzyme aprs sa purification est de 194 339,03
mol.min-1.mg-1 soit une activit de 4250 mol.min-1 ml de solution enzymatique soit 4250
U/mL. La quantit ncessaire denzyme a t dcongele et utilise juste avant chaque
manipulation, pour viter que lenzyme ne perde de son activit par des conglationsdconglations successives. Cependant, malgr son stockage -80C, lactivit enzymatique
dcrot drastiquement avec le temps, en effet lactivit de lenzyme a chut 97 U/mL au bout
de cinq mois et la protine a ainsi perdu 44 fois de son activit.
Les solutions tampons employes au cours des tests avec lhydrognase sont :
-Une solution de sodium dihydrognophosphate NaH2PO4, 2H2O (Prolabo), 100 mM
ou 10 mM pH 8, le pH optimum de lenzyme dans le sens de consommation dhydrogne
tant situ entre 9 et 10 (Adam et al., 1984). Puis les expriences ont t effectues pH 7,2
pour avoir lespce [H2PO4-] prdominante tout en restant le plus prs de la plage de pH
adquate.
-La ferrdoxine oxyde (Ferredoxine from Clostridium pasteurianum, Sigma) a t
aussi ajoute au milieu phosphate pour tester linfluence de lajout dun accepteur terminal
dlectrons sur la corrosion.
37

- Une solution de tris(hydroxymethyl) aminomthane (Acros Organic) 50 mM pH
6.3 qui correspond au pH optimum dans le sens de production dhydrogne (Adam et al.,
1984) a t galement utilise.
II.2.2. Milieu de culture pour Geobacter sulfurreducens
La souche Geobacter sulfurreducens rfrence ATCC 51573 (American Type

Culture Collection) a t commande chez DSMZ (Deutsche Sammlung von
Mikroorganismen und Zellkulturen). Le milieu de culture contient 28 mM NH4Cl, 5 mM
NaH2PO4, 1,3 mM KCl, 29,7 mM NaHCO3, 10 mM dactate de sodium (donneur
dlectrons). Le milieu est autoclav pour la strilisation, puis complt par une solution de
fumarate de sodium (accepteur dlectrons), filtre 0,2 m, pour une concentration finale de
25 mM dans le milieu. 10 mL/L vitamines (ATCC MD-VS) et 10 mL/L minraux (ATCC
MD-TMS) (pH 7,2) sont galement ajouts. Les bactries ont t incubes dans ltuve
30C durant 5 jours et injectes dans les racteurs anarobies au cinquime jour lorsque
labsorbance atteint 0,3 environ. Le nombre de cellules planctoniques est valu par
l'absorbance 620 nm. L'absorbance a t transforme en units formant colonies (UFC/mL)
par la courbe dtalonnage:
[UFC/mL] = DO620nm * 472 067
qui a t tablie avec des mesures dans des botes de Ptri sous atmosphre N2+CO2 (cf.
Annexe 2, Thse Dumas, 2007).
Les racteurs anarobies contiennent le mme milieu que le milieu de culture avec cependant
des diffrences dans les concentrations dactate ou de fumarate afin dvaluer linfluence sur
la corrosion de labsence du donneur ou accepteur dlectrons.
II.3. Mthodes
II.3.1. Les techniques exprimentales lectrochimiques
II.3.1.1. Mesure du potentiel libre de corrosion
Une des techniques lectrochimiques les plus simples permettant de suivre lvolution
dun matriau immerg dans un milieu, consiste mesurer la diffrence de potentiel entre le
matriau lui-mme et une lectrode de rfrence. La magnitude et le signe du potentiel de
corrosion dpendent de la composition du matriau, de la temprature et de lhydrodynamique
de llectrolyte (S.C Dexter et al., 1991). Les expriences lectrochimiques ont t ralises
laide de multi-potentiostats (modle VMP1, VMP2 ou VSP, Bio-Logic S.A., France) pilots
par le logiciel ECLab, version 9.20. De plus, un dispositif appel N-STAT (Bio-Logic S.A.) a
permis de suivre individuellement le potentiel de plusieurs lectrodes se trouvant dans un
mme racteur, dans les mmes conditions de culture.
38

II.3.1.2. Les diffrentes mthodes de mesure des rsistances de polarisation
La mesure des rsistances de polarisation (Rp) constitue une mthode de mesure

directe de la rsistance dun matriau la corrosion (D. Wallinder, 2000).
Deux mthodes ont t utilises afin de dterminer les rsistances de polarisation (Rp), les
densits de courants et les potentiels de corrosion (Ecorr et icorr) laide du multipotentiostat
(VSP). La mise au point de ces mthodes est dtaille dans le chapitre III section III.3.1.
II.3.1.3. Mthode voltampromtrique : courbe de piqration
Cest la technique la plus utilise pour valuer la rsistance dun matriau la

corrosion localise. La polarisation cathodique cyclique permet de dterminer le potentiel de
piqre ainsi que le potentiel de repassivation par balayage retour. Le balayage est
gnralement ralis une vitesse lente (entre 0,2 mV/s et 0,5 mV/s). La vitesse de balayage
choisie pour nos expriences est de 0,5 mV/s afin de pouvoir comparer nos rsultats avec
ceux obtenus dans la littrature (Xu et al., 2007). Le retour se fait quand le courant atteint I =
0,1 mA car il est admis que, pour cette intensit, les piqres deviennent stables. Le graphe est
celui de I = f (E), nous travaillons en intensit et non pas en densit de surface car nous nous
basons sur lintensit de courant libre globalement, quelque soit la surface de llectrode et
non sur la disposition des piqres par unit de surface. Laugmentation brutale du courant
indique dhabitude la prsence de piqres, lhystrsis marque la repassivation des piqres, la
couche passive se reconstruit au niveau des piqres. La taille et la forme de la boucle donnent
en gnral des informations sur le nombre de piqres, leur propagation et les courants de
repassivation, etc.
II.3.2. Les techniques microscopiques dobservation et danalyse de surface
II.3.2.1. Microscopie lectronique balayage (MEB)
Le principe du MEB se base sur des interactions lectrons-matire. Un faisceau

dlectrons (obtenu dans notre cas partir dun filament de tungstne soumis une puissance
EHT = 10 000 kV) balaie la surface de lchantillon qui, en rponse rmet certaines
particules. Diffrents dtecteurs permettent danalyser ces particules et de reconstruire une
image de la surface. La rsolution peut atteindre les 0,1 m. Lchantillon dacier conducteur
est fix par du scotch conducteur permettant dvacuer les lectrons qui bombardent la surface
afin dviter que les lectrons ne soient rflchis et ne perturbent la qualit de limage.
Le microscope utilis est un LEO 435 VP-Carl Zeiss SMT.
39

II.3.2.2. Diffraction par rayons X
La diffraction par rayons X (EDX ou EDS: Energy Dispersive X-ray analysis or

Spectroscopie) permet lanalyse lmentaire dun chantillon. LEDX fait partie intgrante du
MEB. Suite lexcitation des atomes prsents dans le matriau par interaction avec les
lectrons incidents, des photons sont mis (dsexcitation). Ces photons sont dtects par un
dtecteur solide semi-conducteur. Dans notre cas, cest du silicium dop au lithium.
Lintensit du pic est proportionnelle la quantit de photons mis et donc au nombre
datomes. Il sagit dune analyse quantitative. Le calcul des concentrations est effectu partir
du principe dune rpartition homogne des particules dans le volume analys.
II.3.2.3. Microscopie pifluorescence
Les biofilms dvelopps sur les lectrodes ont t marqus lacridine orange (0,03 %
en masse) pendant 10 min lobscurit. Lacridine orange marque la totalit des bactries
adhres la surface de llectrode. Les bactries colores par lacridine (Sigma : A6014)
sont excites (excitation = 490 nm) et mettent aux longueurs dondes suivantes (mission = 530
nm (vert) pour lADN; mission = 630 nm pour lARN (rouge)). Les chantillons ont ensuite
t rincs doucement leau distille puis schs lair.
Deux types de microscopes ont t utiliss pour acqurir les images en pifluorescence :
- Un systme confocal laser SP2 : un microscope confocal Leica tte de balayage AOTF,
comprenant 6 canaux TCS SP2 disponible au ple de biotechnologies vgtales, (CastanetTolosan-France IFR 40) avec un objectif 40x immersion eau (APO, O.N. 0.8). Un laser
Argon mettant 488 nm a t utilis pour lexcitation des colorants. Les images ont t
traites avec le logiciel LCS Light (Leica).
- Un systme Optigrid pour images 3D : un microscope Carl Zeiss Axiotech 100, quip
dune lampe mercure HBO 50/ac et dun filtre Zeiss 09 (excitation AP 450-490, rflexion pi
510, filtre LP 520) pour l'pifluorescence avec les objectifs 10x et 50x. L'acquisition est
ralise avec une camra numrique monochrome (volution VF). Les images sont ensuite
traites avec le logiciel Image-Pro Plus.
Ce microscope possde un logiciel intgr permettant lestimation du taux de recouvrement
bactriens sur les lectrodes.
Pour lobtention des images 3D : une grille horizontale place dans le trajet du systme
optique de microscope coupl un systme dacquisition et de traitement des images
(Systme OptiGrid), se dplace en direction z permettant lobtention dimages diffrents
plans focaux avec une grande rsolution. Le Systme Optigrid construit limage composite en
3D partir de toutes les images obtenues avec les diffrents plans focaux.
Les figures 5 A, B et C reprsentent respectivement les photos obtenues par microscopies

balayage, confocal et avec systme Optigrid pour images 3D, dun chantillon dacier 1145
aprs 24 h dimmersion dans un milieu phosphate 100 mM, pH 7,2. La figure (5.A) montre
40

une couche htrogne de vivanite Fe3(PO4)28H2O probablement (suivant rsultats EDX). La
figure (5.B) confirme bien que la couche est htrogne. La figure (5.C) en 3D montre des
cavits de 80 m de profondeur.
A-
B-
C-
Figure 5 : Microscopies balayage (A), confocal (B) et avec systme Optigrid pour
reconstruction dimages 3D (C), dun chantillon dacier 1145 aprs 24 h dimmersion dans
un milieu phosphate 100 mM, pH 7.2. La couche de vivianite forme est htrogne, poreuse
et paisse.
II.3.2.3.1 Estimation du taux de recouvrement bactrien
Lestimation du taux de recouvrement permet dvaluer la rpartition du biofilm sur la

surface de llectrode et danalyser la disposition des bactries par rapport aux piqres. La
technique consiste choisir un seuil dintensit lumineuse qui divise limage en deux classes :
les zones fortement fluorescentes qui traduisent une colonisation bactrienne et celles de
basse intensit qui reprsentent les zones non colonises. Le taux de recouvrement bactrien
est calcul comme tant le rapport entre laire fortement colonise et laire totale analyse.
Lerreur (+4,5 %) sur le taux de recouvrement a t estime en faisant varier le seuil
dintensit, tout en conservant une image de post-traitement reprsentative de laspect initial
du biofilm.
Un exemple de photographie et de son post-traitement est prsent en figure 6. En noir, sont
reprsentes les zones non colonises, en blanc les zones colonises par les bactries (Fig.
6.A). La figure (6.B) illustre le post-traitement consistant estimer le taux de recouvrement
par similitude.
A-
B-
Figure 6 : Estimation du taux de recouvrement dun acier 304L immerg durant 10 jours
dans un milieu anarobie Geobacter (25 mM fumarate, 5 mM actate) en prsence de 5%
41

(v./v.) de bactries. (A) correspond limage microscopique avant le traitement pour estimer
le taux de recouvrement et (B) illustre lestimation du taux de recouvrement par similitude
aprs le traitement.
II.3.2.4. Microscopie force atomique
La microscopie force atomique (Atomic Force Microscopy, AFM) consiste en une

analyse topographique de la surface, elle permet de bien distinguer ce qui est en dessous de la
surface (piqres) de ce qui est en-dessus (micro-organismes). Le principe se base sur les
interactions entre lchantillon fix sur une platine cramique piezo- lectrique et une pointe
monte sur un levier flexible. La pointe balaie la surface de lchantillon. La dflection du
levier sous leffet de la force dinteraction est mesure par la dviation dun faisceau laser
rflchi par lextrmit du levier et collecte sur une diode photo-lectrique segmente en
quatre cadrans.
3 modes danalyses existent :
-Mode contact : dpend des forces rpulsives, ce mode est utilis pour lanalyse de la
corrosion par piqres.
-Mode contact intermittent : consiste faire vibrer le levier sa frquence propre de
rsonnance. Quand la pointe interagit avec la surface, lamplitude dcrot. Ce mode est
adquat pour lanalyse des biofilms bactriens.
-Mode non contact : dpend des forces attractives. Cest le moins utilis car ces forces sont
faibles et ncessitent un environnement faible bruit.
Les analyses dAFM ont t ralises au sein du KIMAB (Stockholm, Sude). Le microscope
(Veeco Thermomicroscope) a t utilis en mode contact. Sa pointe est en nitrure de silicium
Si3N4 (Park Scientific/ Thermomicroscopes). Plus lchantillon est rugueux, plus la mise au
point est difficile. Cette remarque est la rsultante des analyses AFM de 4 chantillons polis
jusqu P800 et 5 chantillons polis jusqu P2400.
Les figures ci-dessous illustrent bien les performances de lAFM. La figure (7.A) reprsente
la surface dun acier 304L aprs 20 jours dimmersion dans un milieu anarobie Geobacter en
absence de bactries et suivie par une courbe de piqration (vitesse de balayage : 0,5 mV/s).
La reprsentation topographique permet de voir que les piqres formes sont troites et ne
sont pas trs profondes (largeur L 3m, hauteur : h 5m) (Fig. 7.B).
ABFigure 7: Visualisation par AFM dun chantillon dacier 304L aprs 20 jours dimmersion
dans un milieu anarobie Geobacter (0 mM actate, 25 mM fumarate) en absence de
42

bactries et suivis par une courbe de piqration montrant des piqres (7.A). Reprsentation
topographique au voisinage dune piqre (7.B).
La figure (8.A) reprsente la surface dun acier 304L aprs 20 jours dimmersion dans un
milieu anarobie Geobacter en prsence de 5% (v./v.) de bactries et suivis par une courbe de
piqration (vitesse de balayage : 0,5 mV/s). La reprsentation topographique permet de voir
que les piqres formes sont larges et trs profondes (largeur L 30 m, hauteur : non
estime) (Fig. 8.B). LAFM prsente des limitations, comme on le voit pour la figure (8.B),
o la profondeur de la piqre na pu tre estime car lAFM est limite par la taille de la
pointe de lAFM.
ABFigure 8: Visualisation par AFM dun chantillon dacier 304L aprs 20 jours dimmersion
dans un milieu anarobie Geobacter (0 mM actate, 25 mM fumarate) en prsence de 5%
bactries (v./v.) et suivis par une courbe de piqration montrant une grosse piqre (8.A).
Reprsentation topographique de la piqre (8.B).
De plus, lAFM permet bien de distinguer ce qui est en-dessus de la surface de ce qui est endessous. En effet, la figure (9.A) reprsente des bactries, la figure (9.B) correspond un
zoom sur une des bactries. La reprsentation topographique (Fig. 9.C) prouve quil sagit
bien dune bactrie en-dessus de la surface (longueur L 0,11 nm).
A-
B-
43
CFigure 9: Visualisation par AFM dun chantillon dacier 304L aprs 20 jours dimmersion
dans un milieu anarobie Geobacter (10 mM actate, 0 mM fumarate) en prsence de 5%
bactries (v./v.) montrant plusieurs bactries. Zoom sur une bactrie (9.B). Reprsentation
topographique dune bactrie (9.C).
II.3.3. Les techniques analytiques de dosage
II.3.3.1. Mthode enzymatique de dosage dactate
Pour la srie dexprimentations avec lespce Geobacter sulfurreducens, un dosage

enzymatique de lactate (kit enzymatique de Boehringer Mannheim/ R-Biopharm) a t
ralis grce un automate Mascott (Lisabio, Morangis-France). Lacide actique est
converti en actyl-CoA, adnosine-5-triphosphate (ATP) et coenzyme A (CoA) et catalyse
par lactyl-CoA synthtase (ACS) (1).
ACS
Actate + ATP + CoA Actyl-CoA + AMP + Pyrophosphate
(1)
Lactyl-CoA ragit avec loxaloactate pour donner du citrate. Cette raction est catalyse
par la citrate synthase (CS) (2).
CS
Actyl-CoA + Oxalactate + H2O Citrate + CoA
(2)
Loxaloactate requis pour la raction (2) est form partir du L-malate et du
nicotinamideadnine-dinuclotide (NAD+). La L-malate dshydrognase (L-MDH) catalyse
cette raction (3). Dans cette raction le NAD+ est rduit en NADH.
L-Malate + NAD +
L-MDH
Oxaloactate + NADH + H+
(3)
Le dosage est bas sur la formation de NADH mesure par laugmentation de labsorbance
340 nm qui est corrle indirectement la concentration dacide actique consomm.
II.3.3.2. Mesure de labsorbance par spectrophotomtrie
A la fin de chaque exprience, labsorbance de la solution a t mesure dans une

cuves en quartz de largeur 1 cm laide dun spectrophotomtre UV-visible Agilent 8453.
44

Labsorbance a t mesure 265 nm pour les expriences avec lhydrognase, et a permis de
corrler la turbidit de la solution avec la teneur de fer-soufre dissous qui a t mesure par la
suite par torche plasma afin dvaluer la corrosion.
Labsorbance a t mesure 620 nm pour les expriences avec Geobacter sulfurreducens.
La mesure de labsorbance de la solution permet de corrler la turbidit du milieu avec la
croissance des bactries, plus les bactries se sont dveloppes, plus le milieu est trouble
(rose).
II.3.3.3. Mesure des ions par torche plasma
Lanalyse par torche plasma ou ICP- Spectroscopie (Inductively coupled plasma) est
une mthode physique danalyse permettant de doser la quasi-totalit des lments. Le dosage
du soufre et du fer totaux a t effectu, par une torche plasma JY-Ultima , pour les
expriences en prsence de lhydrognase afin dobserver si linjection de lhydrognase
augmentait la teneur de fer et de souffre dans le milieu puisque lenzyme renferme des centres
fer-soufre et pour valuer si lhydrognase augmentait la vitesse de dissolution du fer de
llectrode. Les chantillons sont prpars par une mthode appele minralisation par voie
humide ou dissolution acide qui consiste injecter lacide nitrique dans le plasma sous
forme darosol afin de dissoudre les particules solides de fer et de soufre et de permettre le
dosage de la totalit des ions.
45
Chapitre III : [Fe]-hydrognase de Clostridium acetobutylicum
Chapitre III
Rle de la [Fe]-hydrognase
de Clostridium acetobutylicum
dans la corrosion anarobie de
lacier au carbone
46

III. 1. Introduction
Les [Fe] hydrognases sont connues pour avoir une activit spcifique de production
de dihydrogne 100 fois suprieures celle des [Ni-Fe] hydrognases, cest pourquoi, une
[Fe] hydrognase a t choisie pour cette tude suspectant quelle pourrait engendrer plus de
corrosion que les [Ni-Fe] hydrognases prcdemment tudies au laboratoire.
Le travail effectu dans ce chapitre est prsent sous forme d'articles qui sont dj accepts ou
soumis pour tre publis. La mise au point et le paramtrage des mthodes utilises sont
dtaills dans la section travail prliminaire, ensuite les articles sont exposs accompagns
dun rsum des rsultats essentiels et des rsultats complmentaires.
Plusieurs types dtudes lectrochimiques, microscopiques et analytiques ont t conduits
pour tudier le rle de la [Fe]-hydrognase de Clostridium acetobutylicum sur la corrosion
anarobie de lacier au carbone 1145.
Des tudes lectrochimiques ont t menes en suivant lvolution du potentiel libre de
corrosion Eoc, en traant les courbes de Tafel afin dvaluer les potentiels de corrosion Ecorr
ainsi que les rsistances de polarisation et les courants de corrosion pour les aciers au carbone.
Ces mthodes sont dtailles dans la section III.3.1.
Des observations en microscopies balayage et pifluorescence avec systme Optigrid pour
construire des images en trois dimensions ont t ralises la suite des expriences
lectrochimiques afin de visualiser les surfaces des lectrodes. Une technique de nettoyage
(c.f. section III.3.2) a t mise au point afin de dbarrasser llectrode des produits de
corrosion pour identifier la prsence ou non de corrosion localise sous les dpts.
Des essais analytiques de mesures ioniques par la torche plasma ont t conduits la suite
des expriences lectrochimiques afin danalyser la teneur de la solution en fer et en soufre.
L'influence de diffrents paramtres a t galement tudie tels que la composition de la
solution tampon, linfluence de la dsoxygnation, les tats de lenzyme (dsactive par
loxygne ou dnature par chauffage 100C).
III.2. Les hydrognases
III.2.1. Classifications des hydrognases
Les hydrognases ont t dcouvertes par Stephenson et al., en 1931 dans les bactries
du colon de divers organismes : mthanogniques, actogniques, les bactries rductrices de
sulfate ou de nitrate, les archaea anarobiques, les rhizobia, les protozoaires, les champignons
et les algues anarobies. Les hydrognases sont gnralement classes en trois catgories
suivant la composition de leur centre actif : les [NiFe] qui incluent la famille des [NiFeSe]
hydrognases, les [Fe] hydrognases et les hydrognases sans mtaux de transitions (Evans et
al., 2003 ; Mertens et al., 2004).
Les [NiFe] sont majoritairement des htrodimres. Elles sont gnralement
impliques dans la consommation dhydrogne. Elles possdent deux sous-units et
. La sous-unit possde latome de nickel, plusieurs centres [4Fe-4S] et un centre
[3Fe-4S]. La sous-unit est trs riche en cystine et possde de nombreux centres
fer-soufre dont un [4Fe-4S] proche du centre actif.
47
Les hydrognases appeles sans mtaux de transitions bien que des tudes rcentes
viennent de dmontrer que ces hydrognases renferment du fer et cobalt (Pardo et al.,
2006 ; Lyon et al., 2004).
Les [Fe] hydrognases sont le plus souvent des monomres qui incluent la fois le
centre catalytique et le site de transfert lectronique. Elles sont trs sensibles
loxygne mais sont 10 100 fois plus actives que les [Ni-Fe] hydrognases, elles sont
souvent utilises dans la production dhydrogne.
III.2.2. Structure tridimensionnelle de la [Fe]-hydrognase de Clostridium
La structure tridimensionnelle de la [Fe]-hydrognase de Clostridium acetobutylicum

na pas encore t dtermine. Cependant cette [Fe]-hydrognase de C. acetobutylicum
possde 71% dhomologies dans la squence dacides amines avec la [Fe]-hydrognase de
C. pasteurianum Cp1. Cest pourquoi, la reprsentation 3D de la Cp1 a t choisie comme
rfrence pour notre tude (Fig.1). Les [Fe]-hydrognases renferment plusieurs centres Fe-S
qui assurent le transfert lectronique entre le site actif intrinsque et la surface molculaire.
Les [Fe]-hydrognases possdent deux domaines [4Fe-4S]-ferredoxin-like proximit du
site actif appel aussi centre-H. Ces deux domaines sont appels mdial (FS4A) et distal
(FS4B). De plus, lenzyme possde un petit domaine contenant le centre [4Fe-4S] appel
FS4C et un domaine plantlike ferredoxin avec un centre [2Fe-2S] appel FS2
(Fontecilla-Camps et al., 2007). Les cystines prsentes dans les centres [4Fe-4S] distal,
mdial et proximal sont reprsentes dans la figure 1.
Les changes lectroniques avec des donneurs/accepteurs dlectrons seffectuent
probablement dans les centres FS4C et FS2 puisque ces deux centres sont positionns plus
prs de la surface que les centres [4Fe-4S] et les deux domaines [4Fe-4S] ferredoxin-like
(FS4A et FS4B) ou le site actif (Peters et al., 1999). Cependant, il nest pas encore connu
lequel de ces deux centres accepte les lectrons de la ferrdoxine, le mdiateur physiologique
de lenzyme (Fontecilla-Camps et al., 2007).
Les transferts lectroniques entre FS4C et FS2 sont peu probables, notamment parce que le
transfert lectronique entre ces centres ne suit pas un chemin global du ou vers le site actif. Le
domaine FS4C est basique contrairement au domaine FS2 qui, lui est acide. Les protons
peuvent circuler travers les liaisons hydrognes quand le donneur et laccepteur dlectrons
possdent des valeurs de pKa convenables (Fontecilla et al., 2007). De plus une cystine
positionne prs du site actif de lhydrognase Cp1 ou un rsidu lysine qui forme des liaisons
hydrogne avec un ligand CN- pourraient tre impliqus dans le transfert de protons.
48
Figure 1: Structure de la [Fe]-hydrognase de Clostridium pasteurianum Cp1 montrant la

disposition des centres Fe-S et la disposition des cystines prsentes dans les centres Fe-S
distal, mdial et proximal. Les atomes de fer sont reprsents en rouge brique, le soufre en
jaune, lazote en bleu, le carbone en noir, loxygne en rouge et les ponts sulfures en mauve
(Peters, 1999; Razavet et al., 2001).
III.3. Travail prliminaire
III.3.1. Mise au point des mthodes de mesure des rsistances de polarisation
La mesure des rsistances de polarisation Rp par les logiciels disponibles sur les
mulptipotentiostats du laboratoire (VMP, VSP1, VSP2) peut paratre extrmement simple
toutefois la dcouverte de certains bugs nous a conduits approfondir les bases de la mthode
de mesure.
Les mesures de Rp donnent une mesure instantane de la vitesse de corrosion. Rp est linverse
de la pente de la courbe de polarisation au voisinage du potentiel de corrosion.
En tout point de la courbe de polarisation, le courant global est la somme des courants
anodiques (ia) et cathodique (ic) des ractions partielles (Fig. 4). Lquation complte suivant
le modle de Butler-Volmer en absence de transfert de matire scrit :
is = ia + ic = icorr exp a F ( E Ecorr ) exp c F ( E Ecorr )

RT
RT
(1)
49

avec a et c respectivement les coefficients de transfert anodique et cathodique ; icorr
correspond la densit de courant de corrosion, et Ecorr au potentiel de corrosion.
Figure 2 : Courbes de polarisation I=f(E) partielles et globale dune lectrode mtallique

(Elsener, 2005).
En sloignant de Ecorr de manire navoir quune seule contribution anodique ou cathodique
sur le courant global, il est possible de simplifier lquation (1) :
Ct anodique : is = icorr exp [ (E-Ecorr) / a]
Ct cathodique : is = - icorr exp [- (E-Ecorr) / c]
a =
aF
RT
et c =
(2)
(3)
c F
RT
a et c sont appeles constantes de Tafel et dfinies comme linverse des pentes des courbes
anodiques et cathodiques partielles sur la reprsentation dite de Tafel de la courbe de
polarisation (log i = f (E)) dans des rgions un peu loignes de Ecorr (Fig. 2).
Au voisinage de Ecorr, le courant global is peut tre linaris en substituant dans lquation (1),
la fonction exponentielle exp x (x 0) par x, la formule de Stern-Geary scrit alors:
50
c F
F
is = ia + ic = icorr a ( E Ecorr )
( E Ecorr )
RT
RT
(4)
is = icorr (E - Ecorr) (1 / a + 1 / c)
(5)
Lquation (4) est celle dune droite de pente is / E = icorr / B = Rp-1

avec B = (a c) / 2,303 (a + c)
(6)
(7)
par la suite, il est possible dvaluer icorr = B / Rp
(8)
Deux mthodes sont proposes dans le logiciel du multipotentiostat pour dterminer les
rsistances de polarisation (Rp), les densits de courants et les potentiels de corrosion (Ecorr et
icorr). La premire mthode sest avre trs spcifique pour certains types de mtaux et sa
mise en place lgrement fastidieuse. La deuxime mthode a t privilgie pour la suite de
nos expriences avec lhydrognase.
-1re mthode : Elle consiste tracer la courbe de polarisation au voisinage du potentiel de
circuit ouvert en imposant deux potentiels du ct anodique (e1 et e2) et deux potentiels du
ct cathodique (e3 et e4) (Fig. 3.A) ce qui dfinit deux droites anodique et cathodique dont
les pentes correspondent aux rsistances de polarisation anodique (Rp anodique Eq. 9), et
cathodique (Rp cathodique Eq. 10)
Rp anodique = (e2 e1) / (i2 i1)
(9)
Rp cathodique = (e4 e3) / (i4 i3)
(10)
La mesure de Rp se fait en gnral avec 400 500 points de mesure au total avec :
e1= Eoc+10 mV et e2 = Eoc+20 mV, e3 = Eoc-10 mV et e4 = Eoc-20 mV
Les courants correspondants (Fig 3.B) sont i1, i2, i3 et i4 qui sont les moyennes des courants
obtenus sur les paliers de potentiels respectifs.
Le logiciel propose une valuation du courant de corrosion icorr par lintermdiaire de
lquation (Eq.11) mise au point par le fournisseur en collaboration avec un industriel pour le
cas particulier de laluminium bross.
icorr =
i1i3
i2i4 4i1i3
(11)
Comme les matriaux utiliss au cours de ce travail de thse sont diffrents, nous restons
mfiants quant lutilisation de cette quation pour dterminer icorr.
51
A-
BFigure 3 : Dtermination de Rp par le trac des paliers pour E = f(t) (A) et I = f(t) (B) pour
un acier inoxydable 304 L immerg dans un milieu Geobacter anarobie.
Cette mthode a t utilise uniquement pour la dtermination des Rp dans les expriences
avec Geobacter sulfurreducens (Fig. 3 A, B).
-2me mthode : Dans cette mthode, Rp, est dtermine par linverse de la pente
correspondant la partie linaire de la courbe i = f (E) au voisinage de Ecorr daprs lquation
de Stern-Geary.
La dtermination de Rp est base sur un balayage de potentiel avec une vitesse dE/dt = 0,2
mV/s de Einitial = -10 mV par rapport Eoc EL = +20 mV par rapport Einitial par exemple.
52

Lchantillonnage seffectue en courant moyen <I>. Rp est calcule en trouvant la meilleure
rgression linaire.
Pour dterminer Ecorr et icorr avec ce programme, il faut introduire manuellement les
coefficients a et c qui sont obtenus partir du trac des droites de Tafel log i = f (E) (Fig. 4).
Malheureusement, les valeurs obtenues par cette mthode taient diffrentes de celles que lon
aurait d trouver par le calcul via lquation (7), mettant en vidence un bug sur cette partie
du logiciel. Par la suite, nous avons utilis ce logiciel uniquement pour dterminer Rp. Ecorr et
icorr ont t dtermins sur les courbes de Tafel en mme temps que les coefficients a et c.
Les courbes exprimentales des figures 4 et 5 permettent dillustrer cette thorie.
Figure 4 : Evaluation de Ecorr, icorr, a et c par le trac de log i = f (E) pour un acier 1145
immerg durant 24h dans une solution anarobie de 10 mM phosphate pH 7,2 en prsence
dhydrognase.
53
Figure 5: Evaluation de Rp par le trac de I = f (E) pour un acier 1145 immerg durant 24h
dans une solution anarobie de phosphate, pH 7,2. La droite est obtenue par linarisation de
la courbe de Tafel au voisinage de Ecorr.
54

III.3.2. Mise au point dune technique de nettoyage des produits de corrosion
Afin dliminer les dpts pour valuer la prsence de corrosion par piqres, les
chantillons ont t nettoys. Le nettoyage des coupons daciers a t ralis aux ultrasons,
temprature ambiante, durant 30 secondes, dans une solution de nettoyage renfermant 50% en
volume dacide chlorhydrique (HCl) (36%) et 5 g/L dhexamthylnettramine (C6H12N4) qui
est un inhibiteur de corrosion. Les lectrodes ont t ensuite rinces en les immergeant dans
un bcher contenant de leau distille, aux ultrasons, temprature ambiante et schs. Les
figures (6.A) et (6.B) reprsentent un acier 1145 immerg durant 24h dans un milieu
phosphate 100 mM, pH 8. Lensemble des htrognits visibles sur la figure (6.A) a disparu
aprs nettoyage (Fig. 6.C) confirmant que ce sont des dpts. Toutefois certains profils de
corrosion comme sur la figure (6.B) peuvent subsister (coin infrieur gauche de la figure 6.C)
indiquant quelques attaques peu importantes.
A-
B-
C-
Figure 6 : Microscopie dun acier 1145, immerg durant 24h, dans un milieu phosphate 100
mM, pH 8, en absence doxygne. A et B avant nettoyage. C aprs nettoyage. (Grossissement
x 100).
Les figures 7 A, B et C reprsentent respectivement les photos obtenues par microscopies
balayage, confocal et pifluorescence avec systme Optigrid pour obtenir des
reprsentations en 3D, dun chantillon dacier 1145 aprs 24 h dimmersion dans un milieu
phosphate 100 mM, pH 7,2. Une couche htrogne est observe dans la figure 7.A. La figure
(7.B) confirme bien que la couche est htrogne.
A-
B-
C-
Figure 7 : Microscopies balayage (A), confocal (B) et avec systme Optigrid pour
reconstruction dimages 3D (C), dun chantillon dacier 1145 aprs 24 h dimmersion dans
un milieu phosphate 100 mM, pH 7,2. La couche de vivianite forme est htrogne, poreuse
et paisse.
55

La reconstruction 3D de la figure (7.C) montre que la couche htrogne est poreuse avec des
trous de 80 m de profondeur.
A-
B-
Figure 8 : Microscopie pifluorescence en 2D (8.A) et reconstruction 3D (8.B) du mme

chantillon dacier reprsent dans la figure 7 mais aprs lavoir nettoy.
Le nettoyage de la surface de lacier a permis dliminer la couche de vivianite et les dpts
de corrosion (Fig. 8). Les cavits sur la surface ne sont plus observables sur limage 3D
construite aprs nettoyage (Fig. 8.B). Le nettoyage de cet acier par la procdure dcrite cidessus a permis de dmontrer quil ne sagit pas de corrosion par piqres mais plutt
dhtrognits au sein de lpaisse couche de vivianite.
III. 4. Etat de lart et positionnement de ltude
La plupart des expriences de corrosion avec lhydrognase voques dans la

littrature ont t conduites en prsence de composs organiques tels que le mthyl viologne
(Bryant et al., 1993) ou du partenaire naturel de lenzyme tel que le nicotinamide adnine
dinuclotide NAD+ (Da Silva et al., 2004) qui constituent les accepteurs finaux dlectrons.
Dans ces conditions opratoires, lhydrognase est souvent suppose jouer son rle
catalytique habituel, cest--dire loxydation de lhydrogne form la surface du matriau
par le processus de corrosion en transfrant les lectrons vers laccepteur final en solution,
suivant le schma (9) ci-dessous :
2e-
2 H+
H2
2H+
MV+ ou NAD+/H+
MV2+ ou NADH
hydrognase
Figure 9 : Schma catalytique traditionnel de lhydrognase en prsence dun accepteur

terminal dlectrons, ce schma ne peut pas avoir dinfluence sur la vitesse de corrosion vue
la limite cintique de la rduction du proton.
56

La tentation est vive dinterprter lacclration de la corrosion observe en prsence
dhydrognase par la consommation de lhydrogne. Cette raction peut bien sr se produire
puisque cest le schma catalytique classique de lenzyme. Toutefois la consommation de
lhydrogne ne peut avoir aucune influence sur le processus de corrosion, car cest la raction
de rduction du proton la surface de lacier qui limite la vitesse globale. Acclrer
lvacuation du produit final ne peut avoir aucune influence lorsque la vitesse de la raction
est limite en amont.
Lhydrognase a t maintes fois dmontre comme un catalyseur de corrosion. Deux
mcanismes ont permis dexpliquer cet effet. Le plus simple suppose que lhydrognase
adsorbe catalyse directement la raction de rduction du proton sur lacier. La ralit de cette
catalyse a t dmontre sur divers matriaux mtalliques (Da Silva al., 2002 ; Da Silva al.
2004 a) en particulier sur acier inoxydable, mais notre connaissance il na encore jamais t
dmontr quelle pouvait tre effectivement la source de corrosion.
Le second mcanisme est fond sur la raction de dprotonation cathodique des espces
phosphates (qui pourrait tre gnralise aux acides faibles). Ces espces peuvent perdre un
atome dhydrogne par une raction de rduction rapide sur les aciers produisant ainsi de
lhydrogne:
H2PO4- + e- HPO42- + H2
(12)
Lespce phosphate est rapidement rgnre par lquilibre acide-base :

HPO42- + H+ H2PO4-
(13)
Ce qui fait apparatre les espces phosphates comme de remarquables catalyseurs homognes
de la rduction du proton. La limite cintique est ainsi leve par le rle catalytique des espces
phosphates et dans ce cas la consommation de lhydrogne form peut avoir un effet
dacclration sur la vitesse globale du processus cathodique, suivant le schma 10.
2e-
2H2PO42HPO42- + H2
2H+
MV+ ou NAD+/H+
MV2+ ou NADH
: Hydrognase
Figure 10 : Catalyse de la raction cathodique par lhydrognase en prsence despces

phosphates qui catalysent la rduction du proton et dun accepteur terminal dlectrons.
Afin de saffranchir des mcanismes qui peuvent tre voqus en prsence dun accepteur
final dlectrons en solution, les manipulations ont t conduites en absence daccepteur final.
57

Dans ces conditions, sil y a une acclration de la corrosion par la prsence de lhydrognase,
la seule hypothse qui pourra tre voque est la catalyse directe de la rduction du proton par
lhydrognase adsorbe.
2e-
2 H+
H2
: Hydrognase
Figure 11 : Catalyse directe de la raction cathodique par lhydrognase adsorbe.
Toutes les manipulations dcrites et discutes dans les 3 publications prsentes dans les
paragraphes III.5 III.7 ont t ralises dans ces conditions. Toutefois, dans le but de vrifier
si la prsence dun accepteur final dlectrons couple la prsence despces phosphates
augmenterait encore la corrosion induite par lhydrognase de C. acetobutylicum suivant le
schma de la figure 10, des expriences supplmentaires ont t ralises avec de la
ferrdoxine (Fd) oxyde en solution. Ces expriences nont pas fait lobjet de publication et
sont dcrites dans le paragraphe III.8.
58

III.5. Article 1
New hypotheses for hydrogenase implication in the corrosion of mild steel
Publi dans Electrochimica acta 2008. 54, 140-147.
59

III.5.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 1
Larticle 1 a pour objectif dtudier le rle dune hydrognase de C. acetobutylicum

sur la corrosion anarobie de lacier doux 1145. Cette tude a t ralise dans un premier
temps dans une cellule galvanique compose de deux compartiments spars par une
membrane de dialyse. Lenzyme a t injecte dans le compartiment A de volume 10 mL. Le
compartiment B, de volume 60 mL ne contient pas denzyme. Les lectrodes, places lune en
face de lautre dans la cellule galvanique sont couples par un picoampermtre. Les deux
lectrodes baignent dans la mme solution tampon, la membrane de dialyse permet de
confiner lenzyme ct de la surface de llectrode du compartiment A. Dans un second
temps, les expriences ont t ralises dans une cellule Metrohm avec un systme classique
trois lectrodes. Les rsultats ont permis de montrer que :
Les expriences conduites sans enzyme dans la cellule galvanique ont montr une
chute brusque du potentiel de 500 mV des temps diffrents. Le courant galvanique
fluctue entre des valeurs ngatives et positives. Les analyses SEM montrent que les
deux lectrodes sont couvertes par un dpt uniforme, lanalyse EDX suggre quil
sagit de vivianite (Fe3(PO4)2, 8H2O).
Linjection de 23 U/mL denzyme avant la chute du potentiel montre galement des
fluctuations du courant galvanique, et un dpt plus pais de vivianite du ct
enzymatique.
Linjection de 23 U/mL denzyme aprs la chute du potentiel, montre un courant
galvanique i en majorit positif qui diminue vers les valeurs ngatives aprs 7 h. Les
valeurs ngatives de i indiquent que llectrode du compartiment A sest comporte
comme une anode et les valeurs positives de i indiquent quelle sest comporte
comme une cathode. La fluctuation du courant galvanique entre les valeurs positives
et ngatives suggre que lenzyme a favoris la cration de sites anodiques et
cathodiques sur la mme lectrode. Llectrode du compartiment sans enzyme est
couverte dun dpt homogne de vivianite alors que sur llectrode du ct
enzymatique, en plus du dpt de vivianite, des piqres trs profondes sont observes
puisquelles subsistent aprs le polissage. Des signes aussi vidents de corrosion
localise nont pas t observs pralablement avec la [Ni-Fe] de R. eutropha.
Des expriences ralises en cellule classique en dsoxygnant la solution tampon
pendant diffrentes dures ont permis de comprendre que la chute brusque de potentiel
est totalement contrle par la dsaration, et quune fois loxygne supprim, le
potentiel chute.
Ces expriences ont dmontr la complexit de contrler la dsoxygnation dans la
cellule galvanique et la difficult matriser la vitesse de dposition de la vivianite ce
qui rend lutilisation de ce dispositif exprimental obsolte pour ltude de la
biocorrosion anarobie.
La cellule a t choisie pour la suite des exprimentations car elle peut-tre facilement
dsoxygne avant de plonger llectrode vitant ainsi toute irreproductibilit due aux
diffrences des temps de dsoxygnation.
Linjection de 2,5 U/mL denzyme dans un milieu contenant 100 mM de tampon
phosphate pH 7,2, induit un anoblissement du potentiel en circuit ouvert de 50 mV
aprs 24 h. La corrosion localise est observe sur llectrode en prsence denzyme
alors quen absence denzyme, les lectrodes sont uniquement recouvertes dun dpt
homogne de vivianite.
Pour viter que leffet de lenzyme ne soit masqu par la formation de la couche
protectrice de vivianite, des expriences ont t conduites dans une solution tampon de
60

tris(hydroxymthyl)aminomthane ou Tris HCl, 50 mM pH 6,3. Gnralement, ce
tampon est utilise lors de la production dhydrogne par lhydrognase de C.
acetobutylicum en lui ajoutant 150 mM de NaCl, 2 mM de dithionite de sodium (pour
protger lenzyme de loxygne) et 2,5 mM de desthiobiotine (pour stabiliser
lenzyme), cependant dans nos expriences, ces composs ont t supprims car des
essais prliminaires ont montr que ces composs favorisent la corrosion. Linjection
de 4,2 U/mL dhydrognase dans une solution tampon de Tris HCl provoque un
anoblissement du potentiel de 70 mV. En prsence denzyme, llectrode est
recouverte dun dpt rougetre de corrosion gnralise alors quen absence
denzyme, aucun signe de corrosion nest observ.
Le mcanisme prcdemment voqu dans la littrature pour expliquer la corrosion en
prsence dhydrognases dans une solution de phosphate, se base sur la dprotonation
cathodique du phosphate qui est rversible et qui est catalyse par la consommation de
dihydrogne par lhydrognase, en prsence dun accepteur terminal dlectrons.
Cependant, dans notre cas, la corrosion a t observe mme en absence de phosphate,
donc ce mcanisme ne permet pas dexpliquer la corrosion observe en absence de
phosphate et en prsence de tampon Tris HCl ; dans ce cas, le mcanisme mis en jeu
est la catalyse directe de la rduction du proton par lhydrognase adsorbe sur la
surface de lacier. A notre connaissance, cest la premire dmonstration quune
hydrognase libre puisse provoquer de la corrosion en absence de phosphate et en
absence dun accepteur terminal dlectrons, c'est--dire dans des conditions similaires
aux conditions relles au sein de biofilms naturels.
61
New hypotheses for hydrogenase implication in the corrosion of mild steel

Maha MEHANNAa, Rgine BASSEGUYa, Marie-Line DELIAa, Laurence GIRBALb,
Marie DEMUEZb, Alain BERGELa, 1
a
Laboratoire de Gnie Chimique (LGC) CNRS-INPT, 5 rue Paulin Talabot BP 1301, 31106
Toulouse, France
b
Laboratoire dIngnierie des Systmes Biologiques et des Procds (LISBP) CNRS-INSA,
135 Avenue de Rangueil, 31077 Toulouse, France
Abstract
The influence of [Fe]-hydrogenase from Clostridium acetobutylicum was studied on the

anaerobic corrosion of mild steel. Two short-circuited mild steel electrodes were exposed to
the same solution and hydrogenase was retained on the surface of only one electrode thanks to
a dialysis membrane. The galvanic current and the electrode potential were measured as a
function of time in order to monitor the difference in electrochemical behaviour induced by
the presence of hydrogenase. A sharp potential decrease of around 500 mV was controlled by
the deoxygenating phase. When hydrogenase was introduced after complete deoxygenation,
significant heterogeneous corrosion was observed under the vivianite deposit on the electrode
in contact with hydrogenase, while the other electrode only showed the vivianite deposit,
which was analysed by MEB and EDX. The effect of hydrogenase was then confirmed by
monitoring the free potential of single coupons exposed or not to the enzyme in a classical
cell after complete deoxygenating. In both phosphate and Tris-HCl buffers, the presence of
hydrogenase increased the free potential around 60 mV and induced marked general
corrosion. It was concluded that [Fe]-hydrogenase acts in the absence of any final electron
acceptor by catalysing direct proton reduction on the mild steel surface.
Keywords: Hydrogenase; Anaerobic; Biocorrosion; Mild steel; Phosphate.
1. Introduction
Corrosion costs 4% of the GNP of industrialized countries out of which 10% are due
to biocorrosion [1]. It is now commonly agreed that sulfate-reducing bacteria and thiosulfate
reducing bacteria (SRB/TRB) are the main causes of anaerobic Microbially Influenced
Corrosion (MIC) [2-6]. Many mechanisms have been proposed to explain anaerobic MIC by
SRB and TRB: precipitation of iron sulphide, which next catalyses proton reduction into
molecular hydrogen and acts as a cathode in a galvanic couple with metallic iron; anodic
depolarization resulting from the local acidification at the anode [7]; possible production of
corrosive phosphides containing metabolite PH3 that enhances the dissolution of metal under
anaerobic conditions [8]; metal ion complexation by extra cellular polymer substances [9];
diminution of the pH and metabolism of reducing thiosulfate to sulphide [10].
62
The involvement of hydrogenases which are either present in bacteria or free in

solution remains subject to many debates. While it has been claimed that a hydrogenase
negative strain of SRB was more corrosive than hydrogenase positive strains [11], other
studies have demonstrated that there is a direct correlation between the presence of
hydrogenase in SRB and corrosion [12]. The same authors found that hydrogenase increased
the corrosion rate when used in a phosphate solution and proposed the following chemical
reaction between steel and phosphate ions [13]:
3Fe + 4H2PO4-
Fe3(PO4)2 + 3H2 + 2HPO42-
Also, the ability of hydrogenases from T. roseopersicina and L. modestohalophilus to oxidize

metals even without the need for a mediator has been confirmed [14]:
M
HASE
Mn+ + ne-
Moreover, it has been claimed that [Ni-Fe]-hydrogenase from Ralstonia eutropha is an

effective trigger of mild steel corrosion when used in phosphate solution with no need for a
mediator [15-16].
Hydrogenases are enzymes that catalyse the reversible oxidation of molecular hydrogen:
H2
HASE
2H+ + 2e-
They are divided into 3 groups according to the composition of their active site: [NiFe], [Fe]
and transition metal free hydrogenases [17-18]. The [NiFe] and [Fe] hydrogenases constitute
the vast majority and both contain a binuclear metal active site. The [NiFe] hydrogenases
have a minimum of two subunits: the catalytic site that contains the active site, and the
electron transferring subunit that contains one or more iron-sulfur centres. The [Fe]hydrogenases may be constituted by only one subunit, which may include the catalytic and
electron transferring domains [19]. [Fe]-hydrogenases are known to have 100 times more H2
production specific activity than [NiFe]-hydrogenases [20], therefore a [Fe]-hydrogenase
from Clostridium was chosen here, suspecting that it might be more effective in MIC than the
[NiFe]-hydrogenase studied previously. The aim of this work was to determine the possible
influence of this enzyme on anaerobic MIC of mild steel. In the first phase of the study, two
short-circuited mild steel electrodes were exposed to the same phosphate solution and
hydrogenase was retained on the surface of only one electrode thanks to a dialysis membrane.
It was expected that the galvanic current between both electrodes gives a measure of the
electrochemical disturbance induced by the presence of hydrogenase on the surface of one
electrode only. In the second phase, experiments were conducted with a single electrode in
order to avoid any disturbance due to the deoxygenating phase. The influence of the buffer
solutions phosphate and Tris-HCl and possible mechanisms were discussed. The surface
deposits on the electrodes were examined and the influence of the buffer was also
investigated.
63

2. Experimental
2.1. Chemicals and biochemicals

Sodium dihydrogenophosphate was purchased from Prolabo, tris(hydroxymethyl)
aminomethane from Acros Organic, sodium dithionite and desthiobiotine from Sigma.
Clostridium acetobutylicum cultures and hydrogenase preparation were carried out at the
LISBP as reported elsewhere [21].
2.2. Electrochemical measurements
Working electrodes were 2 cm diameter cylinders of XC45 mild steel purchased from
Thyssen (elemental composition by weight percentage: 0.46 C, 0.31 Si, 0.65 Mn, 0.01 P,
0.032 S, 0.1 Cr, 0.1 Ni, 0.02 Mo, 0.05 Al, 0.11 Cu) embedded in resin (Resipoly Chrysor).
Electrical connection was made through titanium wire protected with resin. Coupons were
polished successively with SiC papers of P120, P180, P400, P800, P1200, P800/2400,
P1200/4000 grit (Lam Plan) and rinsed thoroughly with distilled water.
The galvanic cell was composed of two compartments separated by a dialysis
membrane (Cellu Sep T4 12-14kDa) as shown in Fig. 1.
Fig. 1. Scheme of the galvanic cell.

Compartment A, where the enzyme was injected, and B had volumes of 10 and 60 mL
respectively. Electrodes were put face to face in the galvanic cell and coupled through a
Keithley 2000 picoamperemeter. The dialysis membrane confined the enzyme near the
surface of only one electrode (compartment A) while both electrodes were exposed to the
same solution. Oxygen was removed by continuous nitrogen flow in compartment B. The
potential of the electrode of the enzyme compartment was measured versus a saturated
calomel electrode (SCE). Both electrodes had the same potential because they were connected
in short-circuit mode through the picoampermeter which had a null resistance.
Experiments without coupling were performed in a classic Metrohm cell. The open circuit
potentials Ecorr were measured with a multipotentiostat Ec-Lab with respect to a SCE
reference.
64

3. Results and discussion
Two identical XC45 mild steel electrodes were set up in the galvanic cell and coupled
through a picoamperemeter. Both compartments A and B were filled with 100 mM phosphate
solution pH 8.0, and oxygen was removed by a continuous nitrogen flow in compartment B.
The potential recorded as a function of time (Figure 2.A) always showed an abrupt decrease
by 500 mV that occurred at different times. The galvanic current (Figure 2.B) firstly
fluctuated between positive values (maximum +2.2 A cm-) and decreased in most of the
time to negative values after 15 hours (minimum value -1.36 A cm- after 24 hours). The
positive values indicated that electrons flowed in the external electrical circuit from electrode
B to A, which means that electrode A acted as a cathode. At the end of the experiences, both
electrodes appeared visually similar: they were covered by a light gray non conductive film
that turned into bluish-green with exposure to air. SEM pictures indicated that this deposit
was uniform on the whole surface (Figure 3), and by EDX analysis, we assumed that it was
vivianite (Fe3(PO4)2, 8H2O). Previous studies carried out in phosphate buffer solutions have
also observed such a deposit, which is known to protect against corrosion [22].
Fig. 2. Evolutions of the potential (A) and the galvanic current (B) as a function of time
obtained with two XC45 coupled electrodes in a 100 mM phosphate solution pH 8.0, under
deoxygenation but without hydrogenase addition.
65
Fig. 3. SEM analysis and EDX results for (A and A) XC45 electrode after polishing and (B
and B) XC45 electrode after 24 h immersion in 100mM phosphate solution pH 8.0, under
deoxygenation but without hydrogenase addition.
A series of five experiments was conducted by injecting 23 U mL-1 hydrogenase from
Clostridium acetobutylicum in the compartment A. Hydrogenase was introduced at 1 hour,
before the potential decreased (Figure 4). In two cases, the galvanic current got positive
values in the same range as in the absence of hydrogenase. This behaviour was similar to that
observed in the absence of the enzyme. On the contrary, in three other cases the current
decreased toward more negative value than in the absence of hydrogenase: a minimum value
around -5.7 A cm-2 was obtained. After 24 hours, both electrodes were covered by a
vivianite deposit, which was thicker on the coupon from compartment A. Actually, the
thickness of the vivianite deposit was roughly evaluated by polishing the coupons, and it was
significantly harder and longer to polish the electrodes from compartment A than the
electrodes from compartment B.
66

obtained with two XC45 electrodes in a 100mM phosphate solution pH 8.0 in the presence of
23UmL1 hydrogenase in compartment A. Hydrogenase was injected at 1 h, before the
potential decreased.
Finally, when hydrogenase was injected at time 15 minutes, but after the potential decreased
(Figure 5), the current was in majority positive, up to + 2.6 A cm-2 and then decreased to
zero or slightly negative values. After removing the electrodes from the galvanic cell, in
addition to the bluish-green vivianite deposit, deep pits were observed on the electrodes from
compartment A. After polishing these electrodes with the SiC papers to remove the vivianite
deposit, the pits remained visible as shown in figure 6.A. No pits were detected on the
electrodes from the compartment B that did not contain the hydrogenase, neither before nor
after polishing. Only a uniform vivianite deposit was observed.
obtained with two XC45 electrodes in a 100mM phosphate solution pH 8.0 in the presence of
23UmL1. Hydrogenase was injected at 15 min, after the potential decreased.
(A)
(A)
67
(B )
Fig. 6. Pictures of the XC45 carbon steel electrodes from the experiment reported in Fig. 5:
100mM phosphate solution pH 8.0, hydrogenase 23UmL1 in compartment A, injected at 15
min, after the potential decreased. (A) Electrode from compartment A. (A) Same electrode
after polishing with SiC papers. (B) Electrode from compartment B, without enzyme.
In order to avoid the bad controlled potential drop, which was certainly due to the
deoxygenating phase, experiments were performed with only one coupon in a classic
electrochemical cell in phosphate buffer 10 mM pH 8.0 instead of 100 mM in order to slow
down the deposition of vivianite which protects from corrosion. Evolution of the free
potential with respect to a SCE reference was recorded as a function of time (Figure 7). When
the nitrogen flow was put on only after 20 hours (experiment 1), the free potential fluctuated
in a large range and started to decrease definitively after 21 hours until it reached -0.76 V
versus SCE at 24 hours. When a strong nitrogen flow was put on just at the beginning of the
experiment (experiments 2 and 3), the potential dropped down in a few minutes to the lowest
value. It remained stable around -0.77V versus SCE in experiment 3. In experiment 2 the
nitrogen flow was stopped after 2 hours, and the free potential increased continuously back to
the initial value around -0.27 V versus SCE. When the nitrogen flow was put on, 30 minutes
before submerging the working electrode (experiments 4 and 5), the potential got to its lowest
value since the beginning and remained stable nearby -0.76 V versus ECS. It fluctuated a little
whenever any change in the bubbling occurred.
Fig. 7. Free potential as a function of time for XC45 carbon steel electrodes in 10mM
phosphate solution pH 8.0, with deoxygenating at different times.
These experiments confirmed that the potential was directly controlled by the deoxygenating
process. It can be suspected that in the previous experiments traces of oxygen remained in
compartment A, and the differences observed in the times of the potential decrease
corresponded to the time that was required to deoxygenate completely this compartment
68

through the dialysis membrane. The hydrogenase from C. acetobutylicum is highly sensitive
to any trace of oxygen [23], consequently when it was injected before the potential decrease,
it was certainly inactivated and logically no significant effect should be observed on the
galvanic current as was the case in two experiments in Figure 4. Nevertheless, the presence of
hydrogenase had an effect on the current in three cases and it favoured thicker vivianite
deposit. This may be due to a possible residual activity of the protein. A possible involvement
of the iron-sulfur clusters contained in the hydrogenase (five [Fe-S] per enzyme molecule), or
released from it, may also be suspected.
Introducing the hydrogenase in compartment A after complete deoxygenating protected its
activity, and clear effects were so observed in Figure 5. The negative values of the current
mean that the electrode in compartment A globally behaved like an anode, positive values
signify that it was globally a cathode. The fluctuation between positive and negative values
suggests that hydrogenase favoured both anodic and cathodic sites on the same electrode, its
global behaviour being controlled by the balanced between the anode and cathode local sites.
Such local anode/cathode sites on steel surfaces have already been evoked in the presence of
hydrogenase from Ralstonia eutropha [22]. The most obvious corrosion features (Figure 6)
were obtained when the potential dropped very fast at the beginning of the experiment, i.e.
when oxygen was removed very fast from the beginning and hydrogenase was introduced
without delay. In this case, hydrogenase provoked obvious local corrosion pits under the
vivianite deposit. Such a strong sign of corrosion has not been observed previously with the
hydrogenase from R. eutropha. From this view, it should be concluded that the [Fe]hydrogenase from C. acetobutylicum seems more dangerous in triggering corrosion than the
NAD-dependent [NiFe]-hydrogenase from R. eutropha.
The differences observed according to the injection time are still difficult to explain. Actually,
several antagonist phenomena were combined in these experiments, the initial differential
oxygenation between compartments A and B, the different stages in the vivianite deposit
formation at the time when hydrogenase was introduced, completed or uncompleted enzyme
denaturing, iron-sulfur cluster release, etc. From now on, the experiments were conducted in a
simpler way, with only a classic electrochemical cell to avoid irreproducibility due to
differences in the time of oxygen removal. The electrode was first maintained above the
solution, and the solution was deoxygenated by strong nitrogen bubbling during 30 minutes.
The electrode was then plunged into solution and continuous nitrogen flow was kept on
during all the experiment in order to avoid any oxygen contamination. The potential was
allowed to stabilize for 15 minutes and hydrogenase 2.5 U mL-1 was then injected. The
evolution of the free potential as a function of time showed a continuous increase of the
potential, which could reach 50 mV after 24 hours, due to the addition of the hydrogenase
(Figure 8).
69
Fig. 8. Free potential as a function of time for XC45 carbon steel electrode in 100mM
phosphate solution pH 7.2, with or without addition of hydrogenase. Fluctuations of 10mV
that appear on the graph each 4 h are due to polarization resistance measurements.
After 24 hours, the electrodes in the presence of hydrogenase showed significant general
corrosion in addition to a thick vivianite deposit. After removing the vivianite deposit by
polishing, pits of heterogeneous corrosion were also observed. Electrodes in the absence of
hydrogenase were only covered by a vivianite layer (Figure 9).
(A)
(B)
Fig. 9. SEM pictures of XC45 carbon steel electrodes after 24 h in 100mM phosphate solution
pH 7.2: (A) with 2.5UmL1 hydrogenase; (B) without hydrogenase.
For enzymatic H2 production, the C. acetobutylicum hydrogenase is generally implemented in
100 mM Tris HCl buffer pH 8.0, with 150 mM NaCl, 2 mM sodium dithionite and 2,5 mM
desthiobiotine. Preliminary experiments showed that this medium was highly corrosive
because of the presence of NaCl and the compounds added to stabilize the enzyme
(destiobiotine) and to protect it from oxygen (dithionite). These compounds were
consequently removed, taking great care to avoid any contact of the enzyme with oxygen, and
using only enzyme samples freshly prepared. Experiments were done in the classical
electrochemical cell using 50 mM of Tris HCl pH 6.3. This pH value is generally used to
favour H2 production. When 4.2 U mL-1 hydrogenase was added, the potential increased fast
following the injection, up to 70 mV (Figure 10). After 24 hours, general corrosion showing a
reddish deposit was clearly present on the coupons in contact with hydrogenase (Figure 11).
70
Fig. 10. Free potential as a function of time for XC45 carbon steel electrode in TrisHCl
50mM, pH 6.3, with or without hydrogenase added.
(A)
(B)
Fig. 11. Pictures of XC45 carbon steel electrodes after 24 h in TrisHCl 50mM, pH 6.3: (A)
with 4.2UmL1 hydrogenase; (B) without hydrogenase.
Corrosion of carbon steels induced by the presence of hydrogenase has already been reported
by different authors. Most previous experiments have been implemented in phosphate
solutions, and phosphate species have been demonstrated to be directly involved in corrosion
enhancement through direct deprotonation on the steels surfaces as in scheme A of Figure 12
[24]. The cathodic deprotonation reaction produces dihydrogen in a reversible way [7] and the
hydrogenase enhances corrosion by consuming the dihydrogen produced. For this scheme be
effective, the presence of a final electron acceptor (e.g. an organic dye [13] or NAD+ [24]) is
required. On the contrary, there was no such final electron acceptor in the experiments
reported here, and this scheme cannot be evoked. Moreover, the last series showed strong
corrosion in the absence of phosphate species. As a conclusion, the presence of phosphate
species was not required here for corrosion to occur, on the contrary its presence made the
process more complex because of the deposit of protective compounds like vivianite. The sole
mechanism that can explain the corrosion observed here is the catalysis by adsorbed
hydrogenase of the direct reduction of proton or solvent, as schematized in Figure 12.B. This
mechanism has already been demonstrated by electrochemical measures and it has been
suspected to be able to enhance corrosion of steels but, to our knowledge, this was here the
first time that it was proved to be able to provoke actual corrosion.
No such clear demonstration has been obtained yet with the NAD-dependent [NiFe]hydrogenase from R. eutropha. C. acetobutylicum [Fe]-hydrogenase and R. eutropha [NiFe]hydrogenase share some resemblances in the H2-activating bi-nucleic centers as shown by
infrared spectroscopy [25], and the amino acid sequences encoding the binding sites of at
least two [4Fe-4S] clusters are alike. Nevertheless, C. acetobutylicum [Fe]-hydrogenase has
71

less than 23% homology in amino acid sequences with each of the four subunits of R.
eutropha NAD-dependent [NiFe]-hydrogenase. In addition, the molecular organization and
the nature of the clusters are different in each enzyme [26], and [Fe]-hydrogenases are known
to be around 100 times more effective for H2 production than [NiFe]-hydrogenases [20]. It
may consequently be suggested that [Fe]-hydrogenases may be more active jin corrosion than
other types of hydrogenase and/or that a correlation exists between corrosion risk and
hydrogenase activity for hydrogen production.
(A)
(B)
Fig. 12. Possible cathode reactions catalysed by hydrogenase that may enhance corrosion.
4. Conclusion
Two mechanisms have been suggested in the literature to explain the involvement of
hydrogenase in corrosion of steels. One is based on the cathodic deprotonation of phosphate
species, which is reversible and can so be accelerated by the hydrogenase-catalysed
consumption of the dihydrogen produced. The other assumed the direct catalysis of
proton/solvent reduction by adsorbed hydrogenase. Here the [Fe]-hydrogenase from
Clostridium was revealed highly efficient according to the second mechanism. To our
knowledge, it was the first clear demonstration that a free hydrogenase can enhance corrosion
in the absence of phosphate species and in the absence of any final electron acceptor, it means
in conditions similar to the real conditions that can be encountered inside natural biofilms.
As a conclusion, this study established the efficiency of hydrogenase in enhancing corrosion
through the direct catalysis of proton/water reduction, and it suggests that the intrinsic activity
of hydrogenases may be a key parameter with the view to assess biocorrosion risks.
Acknowledgements
This work was supported by grants from CNRS-DRI. It was a part of network ERG+
Surfaces of materials in living environments (SMILE). We would like to thank Luc
Etcheverry (LGC) for his technical support and Marie-Line De Solan (LGC) for SEM
facilities.
72

References
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Proteins: structure, function, and Genetics 33 (1998) 590.
73

III.6. Article 2
Corrosion of carbon steel in the presence of [Fe]-hydrogenases: analogies with BSR.

A soumettre Corrosion Science
74

III.6.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 2
Larticle 2 a pour objectif de poursuivre ltude du rle dune hydrognase de C.

acetobutylicum sur la corrosion anarobie de lacier doux 1145 dans une solution de tampon
phosphate 10 mM pH 7,2 par une double approche lectrochimique (mesure du potentiel de
circuit ouvert Eoc, des rsistances de polarisation, des densits de courants) et microscopique
(analyse par microscopie balayage couple une analyse EDX). Linfluence de la quantit
denzyme injecte ainsi que de ltat de lenzyme (active, dsactive par loxygne ou
dnature par chauffage) ont t tudis.
Les rsultats ont permis de montrer que :
Linjection de lenzyme induit un anoblissement de Eoc qui augmente avec
laugmentation de la quantit denzyme injecte. Eoc reste constant en absence
denzyme.
Des signes accentus de corrosion localise et gnralise ont t observs en prsence
dhydrognase active alors quen absence de lenzyme, seul un voile gris homogne
est visible.
Linjection de lenzyme dsactive par exposition loxygne de lair induit
galement un anoblissement de Eoc mais la surface de llectrode reste presque miroir.
Linjection de lenzyme dnature par chauffage jusqu bullition induit une
importante augmentation de Eoc et lanalyse par microscopie lectronique balayage
montre des craquelures sur la surface de llectrode.
En absence dun accepteur terminal dlectrons, laugmentation de Eoc ne peut tre
due qu la catalyse directe de la rduction du proton/ou de leau sur la surface de
llectrode.
Les valeurs des densits de courant icorr en prsence de lhydrognase sont infrieures
celles obtenues en absence de lenzyme. Les valeurs de icorr sont restes constantes
tout au long de lexprience indiquant que linfluence de lenzyme sur la corrosion
avait lieu dans les premires heures suivant linjection sauf dans le cas de
lhydrognase dnature par chauffage o les icorr ont doubl (par rapport aux valeurs
obtenues en absence denzyme au bout de 4 h) puis ont chut dun facteur six aprs 24
h. Lhydrognase chauffe acclre significativement la corrosion, puis la formation
dun dpt pais diminue la corrosion. La prsence des craquelures sur la surface de
llectrode lintrieur desquelles la corrosion se poursuit explique les valeurs leves
de icorr, par rapport aux autres cas, en prsence de lenzyme, o il ny avait pas de
craquelures visibles sur la surface.
Pour la mme quantit denzyme injecte, la plus grande augmentation de Eoc a t
observe dans le cas de lenzyme dnature par chauffage jusqu bullition qui a
permis daltrer la structure de lenzyme librant les centres Fe-S quelle renferme.
Par suite, linfluence de cette [Fe]-hydrognase sur la corrosion est lie aux centres
Fe-S. Ces centres FeS sadsorbent la surface et agissent par un mcanisme qui
pourrait tre compar celui des sulfures produits par les BSR. Les BSR rduisent le
sulfate en ions sulfures. Ces ions sulfures ragissent avec les ions ferreux pour former
un dpt de sulfure de fer FeS. Le FeS acclre la rduction de leau. Des zones
cathodiques (FeS) et anodiques (Fe) sont cres sur la mme lectrode impliquant la
dtrioration du matriau par corrosion galvanique.
Leffet de lenzyme sur la corrosion dpend de ltat doxydation des centres Fe-S, de
leur position et de la faon dont ils sadsorbent sur la surface de llectrode.
La [Fe]-hydrognase peut jouer un rle protecteur ou acclrateur de la corrosion
selon que les centres Fe-S soient oxyds par exposition loxygne ou librs par
75

dnaturation. La versatilit du phnomne pourrait expliquer les rsultats
contradictoires relevs jusque l dans la littrature sur linfluence des hydrognases
sur la corrosion.
76

Corrosion of carbon steel in the presence of [Fe]-hydrogenases: analogies with BSR
Maha MEHANNA, Rgine BASSEGUY, Marie-Line DELIA, Alain BERGEL

Laboratoire de Gnie Chimique (LGC) UMR 5503 CNRS, 5 rue Paulin Talabot BP 1301,
31106 Toulouse, France
Introduction
Sulphate-reducing bacteria and thiosulphate-reducing bacteria (SRB/TRB) are the main

causes of anaerobic microbially influenced corrosion (MIC) of steels in natural environments
[16]. Several mechanisms have been proposed to explain anaerobic MIC by SRB and TRB
[7-10]. As far as SRB are concerned, the most often evoked mechanism is based on the
production of sulphide ions by the metabolic reduction of sulphates. Sulphide ions react with
iron ions, forming iron sulphide which catalyses the cathodic reduction of proton:
H+ + e 1/2H2
or
H2O + e 1/2H2
(1)
Several studies have discussed the efficiency of iron sulphides in catalysing proton reduction
depending on the crystal state and the structure of the deposit [11-12]. It might be useful to
eliminate a false idea for a mechanism that has sometimes been evoked in the past. The
consumption of the final hydrogen, by SRB or other means, cannot have a direct effect on the
corrosion rate. The forward reaction of electron uptake by the proton is the rate-limiting step
on steel surfaces. Consuming the final hydrogen product can consequently not have any effect
on the rate of electron extraction from the material. Consumption of hydrogen by SRB can
only have an indirect effect by promoting the development of SRB on the material surface
and enhancing the production of sulphide ions.
Hydrogenases can either be present inside bacterial cells or remain entrapped in the biofilm
matrix after the lysis of bacterial cells. Their role in anaerobic MIC has been the subject of
much debate. While it has been claimed that a hydrogenase-negative strain of SRB is more
corrosive than hydrogenase-positive strains [13], other studies have demonstrated that there is
a direct correlation between the presence of hydrogenase in SRB and corrosion [14]. Several
studies have tried to elucidate the possible effect of free hydrogenases on the corrosion of
steels. Hydrogenases are a group of enzymes that catalyse the reversible oxidation of
molecular hydrogen:
H2 2H+ + 2e
(2)
In the metabolic pathway, they transfer the electrons to specific redox partners like
cytochromes, nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) or ferredoxin (FdOx). Hydrogenases
often use artificial mediators as electron acceptors.
Hydrogenase from the Clostridium acetobutylicum used here works with ferredoxin or methyl
viologen:
H2 + FdOx 2H+ + FdRed
(3)
Two different kinds of mechanisms have been suggested in the literature to explain the effect
of free hydrogenases on the corrosion of steels. One is based on an intimate relation between
hydrogenase and phosphate species, the other assumes direct catalysis of proton/water
reduction by the adsorbed enzyme. The synergetic effect of hydrogenase and phosphate
species on corrosion was first pointed out by Bryant and Laishley [15], who observed that
hydrogenase increased the corrosion rate of mild steel when used in a phosphate solution.
These authors proposed a direct reaction between steel and phosphate ions:
77

3Fe + 4H2PO4 Fe3(PO4)2 +3H2 +2HPO42
(4)
This mechanism was then reworked, demonstrating that phosphate species undergo a socalled cathodic deprotonation on steel surfaces [16]:
H2PO4- + e- HPO42- + H2
(5)
This reaction, coupled with acid equilibrium:
HPO42- + H+ H2PO4(6)
presents the phosphate species as an efficient homogeneous catalyst for the reduction of
proton/water [17]. The cathodic deprotonation is no longer rate limited by forward electron
uptake by phosphate species and consequently results in a balanced reaction that can be
shifted by the consumption of hydrogen. In this case, with significant concentrations of
phosphate in solution, the consumption of hydrogen could increase the rate of electron
extraction from the material, and consequently increase corrosion. This process has been
proved on mild steel using hydrogenase from Ralstonia eutropha, which catalysed the
oxidation of hydrogen with NAD+ as final electron acceptor [18]. Nevertheless, this
mechanism cannot be envisaged in the work performed here because there was no electron
acceptor in the solution; neither was there the natural redox partner of the hydrogenase
(oxidised ferredoxin) or an artificial mediator. In these conditions, the hydrogen consumption
(reaction 3) cannot occur.
The second mechanism is based on the direct catalysis of proton reduction by adsorbed
hydrogenase. Hydrogenases from Thiocapsa roseopersicina and Lamrobacter
modestohalophilus have been shown to be able to oxidise metals directly, without the need for
a mediator [19]. Hydrogenases from Thiocapsa roseopersicina and Alcaligenes eutrophus can
use cadmium particles directly as electron donors to produce hydrogen or to reduce NAD+. It
has been suggested that this mechanism can accelerate metal dissolution and thus be a key to
MIC processes [20]. Hydrogenase from Ralstonia eutropha (new name for Alcaligenes
eutrophus) adsorbed on stainless steel has also been claimed to create a direct cathodic
reaction on stainless steel [21]. Nevertheless, in this case, because of the presence of
phosphate buffer, significant involvement of the phosphate deprotonation mechanism may be
suspected.
Hydrogenases are divided into three groups according to the composition of their active site:
[NiFe]-, [Fe]-, and the so-called transition-metal-free hydrogenases [22, 23] (although it has
been found lately that their active site contains Fe and Co [24, 25]). The [NiFe]- and [Fe]form the vast majority. [Fe]-hydrogenases are known to have 100 times more H2 production
specific activity than [NiFe]-hydrogenases [26]. The [Fe]-hydrogenase from Clostridium
acetobutylicum used in our preliminary work has shown a high capacity to enhance the
corrosion of mild steel [27]. Experiments have been performed in the absence of any final
electron acceptor. In this condition, hydrogenase cannot oxidise the hydrogen that results
from the corrosion process, and is consequently only able to act via direct catalysis of proton
reduction. The catalysis by adsorbed hydrogenase of direct electron extraction from a metallic
surface has already been demonstrated in the literature by electrochemical techniques, and it
has been suggested several times as a likely key step in anaerobic MIC. Nevertheless, our
previous work was the first actual demonstration that hydrogenase increased the corrosion of
steel.
The purpose of the present study was to progress in deciphering the fine mechanisms of
hydrogenase action in the corrosion of mild steel. The high concentration of phosphate that
was used in the previous study (100 mM) interfered with the results because of the huge
amount of vivianite that formed rapidly on the steel surface. Here, the experiments were
78

performed with less concentrated phosphate solutions (10 mM). Different hydrogenase
activities were used and the recording of the open circuit potential of the mild steel coupons
was combined with the measurement of polarisation resistance and corrosion current
densities.
Materials and methods
2.1. Chemicals and biochemicals

Solutions were prepared in deionised water (ELGA PURELAB, 10-15 M.cm) with
analytical grade chemicals: sodium dihydrogenophosphate (Prolabo), tris(hydroxymethyl)
aminomethane (Acros Organic), hydrochloric acid (Acros Organics), and sodium hydroxide.
Clostridium acetobutylicum cells were cultured and hydrogenase extracted following the
procedures reported elsewhere [28]. Hydrogenase solution was divided into aliquots that were
stored at -80C. Each aliquot was used only once in order to limit loss of activity. For a given
set of experiments, the aliquots all came from the same purification process. Hydrogenase
activity was measured at 30C for H2 production in a Tris HCl buffer 0.05 M pH 8 containing
0.15 M NaCl, 0.002 M sodium dithionite and 0.0025 M desthiobiotine, and at 37C for H2
consumption in a phosphate buffer 0.1 M pH 7.2.
The electrochemical experiments were performed with a three-electrode system in closed cells
(Metrohm). The working electrodes were 2-cm-diameter cylinders of 1145 mild steel
purchased from ThyssenKrupp Materials, France (elemental composition by weight
percentage: 0.46 C, 0.31 Si, 0.65 Mn, 0.01 P, 0.032 S, 0.1 Cr, 0.1 Ni, 0.02 Mo, 0.05 Al, 0.11
Cu) embedded in resin (Resipoly Chrysor). The electrical connection was made through
titanium wire screwed into the steel sample and protected with resin. Coupons were polished
successively with SiC papers of P120, P180, P400, P800, P1200, P800/2400, P1200/4000 grit
(Lam Plan) and rinsed thoroughly with distilled water. A platinum-iridium (10% iridium) grid
was used as the auxiliary electrode and a saturated calomel electrode (Radiometer analytical)
as the reference. The electrochemical cell was hermetically closed. The steel coupon was first
maintained above the solution surface while nitrogen was continuously bubbled into the
solution for 40 minutes. It was then immerged in the solution and the nitrogen flow was
maintained during the whole experiment. 15 minutes after the coupon was immersed in the
solution, hydrogenase was injected with a syringe in strict anaerobic conditions, oxygen
having been removed from the syringe with nitrogen. Polarisation resistance (Rp) and
corrosion current densities (icorr) were recorded every four hours over a potential range from
Eoc -10 mV to Eoc +10 mV, at 0.2 mV s-1, using a multipotentiostat (Bio-Logic, SA, software
EC-Lab 9.2). All experiments were carried out at room temperature.
Metal deterioration was assessed by Scanning Electron Microscopy (SEM) using a LEO 435
VP-Carl Zeiss SMT (10000 Kx magnification, 10kV acceleration voltage). Surface chemical
analysis was performed by Energy Dispersive X-ray analysis (EDX). For each sample, the
average values and standard deviations resulted from measurements performed at 10 different
spots.
Results
Mild steel 1145 coupons were immersed in phosphate buffer 10 mM, pH 7.2 for 24 hours.
The electrochemical cell was hermetically closed and great care was taken to bring the steel
coupon into contact with the solution only after it had been strictly deoxygenated (see the
79

experimental section). The potential was stabilised for 15 minutes and hydrogenase was then
injected in strictly anaerobic conditions, because the hydrogenase from Clostridium
acetobutylicum is highly sensitive to oxygen. The purified hydrogenase had a specific activity
of 194 339 mol min-1 mg-1 that led to an activity of 4250 mol min-1 mL-1 (or 4250 Units
mL-1) in the aliquots. Injecting 30 L, 50 L or 80 L hydrogenase into the 50 mL cells was
equivalent to activities of around 2.5 U mL-1, 4.25 U mL-1and 6.8 U mL-1 respectively.
The variation of the open-circuit potential Eoc was recorded as a function of time for 24 hours.
Seven control experiments were performed without any injection, or with injection of
deoxygenated phosphate solution at t = 15 min, to check that the injection process did not
introduce oxygen into the cell. No significant potential ennoblement was observed (Figure 1).
After 24 hours' immersion, the electrode was covered by a uniform, greyish film (Figure 2-A)
that tended to become bluish on exposure to air, behaviour that is characteristic of vivianite
(Fe3(PO4)2, 8H2O) [29]. EDX analyses averaged over 10 different spots of the surface did not
find the presence of carbon although it was clearly detected on clean coupons before they
were immersed in the phosphate solution, confirming that the deposit was perfectly uniform.
In terms of atomic percentages, the deposit was mainly composed of iron (57 %) and oxygen
(31%) (Table 1). The atomic percentage of phosphorous, around 3%, was smaller than
expected for pure vivianite, which usually contains around 9% P. As the amounts of iron were
rather high, the deposit was probably a mixture of vivianite and iron oxide. The formation of
an amorphous type of iron phosphide Fe2P is also possible under biotic and abiotic conditions,
especially when culture media for testing microbial corrosion are supplemented with
phosphates and sulphates [30, 31]. Robin et al. studied the protection of 1138 carbon steel by
zinc phosphatation followed by a post-treatment with potassium monofluorophosphate and
they detected the formation of a compound with average stoichiometric formula Zn0.5K1.1
PO3.35 F0.4 [32].
Fig. 1. Open circuit potential versus time for 1145 carbon steel electrode in 10 mM phosphate
solution pH 7.2, with or without addition of hydrogenase. Fluctuations of +/-10 mV that
appeared on the graph every four hours were due to polarisation resistance measurements.
80
(A)
(C)
(B)
(D)
Fig. 2. Photos of 1145 carbon steel after 24 hours immersion in anaerobic 10 mM phosphate
solution pH 7.2 in the absence of hydrogenase (A) and in the presence of 30 L hydrogenase
(B), 50 L hydrogenase (C) and 80 L hydrogenase (D).
Elements
Atomic %
Fe
57+9
O
31+5
P
3+1
C
-
K
0.5+1
Cl
2+1
Mn
-
Na
-
Table 1. EDX analysis of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in anaerobic 10
mM phosphate solution, pH 7.2, in the absence of hydrogenase.
As shown in figure 1, addition of hydrogenase caused a fast increase in potential. Most of the
potential ennoblement occurred during the first hour after injection of the enzyme. Full
potential ennoblement values (E) were measured by subtracting the value of the free
potential just before the hydrogenase injecton (t = 15 minutes) from the value at t = 7.50 h
(before the polarisation resistance measurement). E depended on the amount of hydrogenase
injected and increased from 8 mV for 30 L hydrogenase to 63 mV for 80 L (Table 2). The
thickness and the aspect of the deposits obtained after 24 hours were also clearly dependent
on the amount of hydrogenase. With 30 L hydrogenase, the coupon was covered with a
bluish mineral that indicated a marked presence of vivianite (Fe3(PO4)2, 8H2O). A few pits
that turned red when exposed to air also indicated the presence of slight local corrosion
(Figure 2.B). Addition of 50 L hydrogenase ennobled the free potential up to 43 mV and the
electrode was covered by a thick grey deposit (figure 2.C). 80 L hydrogenase led to a green
deposit that was unstable and turned red in contact with air, corresponding to a large
production of iron hydroxides Fe(OH)2 and Fe(OH)3 (Figure 3.D) [33].
SEM micrography of the electrode surface in the absence of hydrogenase shows a grey
surface with the presence of crystals (Figure 3).
81
Fig. 3. SEM micrograph for 1145 carbon steel after 24 hours' immersion in an anaerobic 10
mM phosphate solution pH 7.2, in the absence of hydrogenase.
Surface analysis of electrode D (exposed to 80 L hydrogenase) showed a highly

heterogeneous corrosion layer: some surface zones were covered by small crystals (Figure
4.A) and heterogeneous deposit appeared on others (Figure 4.B). The chemical analysis of the
surface corrosion products gave around 61% iron and 16% oxygen (Table 3). The high
percentages of iron and carbon indicated that the steel surface was certainly reached by the
EDX probe in the zones where the deposit was not present. The standard deviations of the
measurements made on 5 different spots, which were significantly higher than for the
previous measurements (Table 1), confirmed that the deposit was heterogeneous in chemical
composition. In contrast with all the other cases, no phosphorous was detected in the presence
of 80 L hydrogenase. This is in agreement with the visual observation of the electrode
(Figure 3.C), where the surface of the steel was seen to be covered by a reddish iron oxide
layer and no vivianite was detected. A large amount of hydrogenase accelerated the formation
of the corrosion products, delaying vivianite deposition.
Hydrogenase amount
0L
30L
50L
80L
30L-oxygenated
30L-heated
(mV)
1
8
48
63
7
26
Visual aspect of the surface

Uniform deposit containing vivianite
Deposit containing vivianite and a few pits
Thick greyish deposit
Marked heterogeneous red deposit Fe(OH)2/3
No visible deposit
Thick deposit containing vivianite with deep cracks
Table 2: Potential ennoblement and visual aspect of the surface of 1145 carbon steel coupons
at the end of the experiments (time = 24 hours) in anaerobic 10 mM phosphate solution pH
7.2, with or without hydrogenase.
82
(A)
(B)
Fig. 4. SEM micrographs of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in anaerobic
10 mM phosphate solution pH 7.2 containing 80 L hydrogenase.
Elements
Atomic %
Fe
61+17
O
16+10
P
-
C
22+21
K
-
Cl
1+1
Mn
-
Na
-
Table 3. EDX analysis of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in anaerobic 10
mM phosphate solution pH 7.2 containing 80 L hydrogenase.
Similar experiments were performed with hydrogenase that was previously deactivated by
exposure to air for 2h30min or denatured by heating the aliquot at 100C for 30 minutes until
it boiled (Figure 5).
Fig. 5. Variation of the open circuit potential versus time for 1145 carbon steel coupons in 10
mM phosphate solution pH 7.2, with hydrogenase (in different states) or without
hydrogenase. Fluctuations of +/-10 mV that appear every four hours were due to polarisation
resistance measurements.
83

Injection of 30 L hydrogenase aliquot deactivated by exposure to air increased the free
potential by 7 mV. At the end of the experiment, no deposit was visible on the surface of the
electrode. On the contrary, the electrode was still electrically conductive and reflected the
light as shown in figure 6 where the image of the camera lens can be seen on the coupon
surface.
Fig.6. Photo and SEM micrograph of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in
anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence of 30 L hydrogenase
deactivated by air.
Addition of 30 L hydrogenase denatured by heating increased the free potential by 26 mV.
At the end of the experiment, the mild steel electrode surface was covered by a thick nonconductive deposit with cracks spreading all over the layer (Figure 7).
Fig. 7. Photo and SEM micrograph of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in
anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence of 30 L heated hydrogenase.
The surface was analysed at two different positions: on the upper side of the deposit (figure 8
spot A) and in the fissure (Figure 8 spot B).
84
Fig. 8. SEM micrograph of 1145 carbon steel surface after 24 hours' immersion in anaerobic
10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence of 30 L heated hydrogenase. The markers
indicate the positions where the EDX analyses were performed.
Elements
Fe
Cl
Mn
Na
Atomic %
(position A)
Atomic %
(position B)
45
40
0.5
0.5
83
14
Table 4. EDX analysis of the deposit obtained on 1145 carbon steel after 24 hours' immersion
in anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence of 30 L heated hydrogenase
at positions A and B defined in Figure 8.
EDX analysis indicated that the amount of iron on the top of the layer Fe (45 %) was around
half that in the crack Fe (83 %). Phosphorous was present in the deposit (6 %) whereas it was
not detected in the fissure. These data suggest that the deposit was made up of corrosion
products mixed with vivianite, while only iron and iron hydroxides/oxides were present inside
the cracks. The formation of a heterogeneous protective layer concentrated the corrosion in
the fissure.
Every four hours, a potential scan was performed at 0.2 mV s-1 around the open circuit
potential, in the range [Eoc - 10, Eoc + 10] mV. The complete Tafel equation for the anodic and
cathodic reactions is:
is = ia + ic = icorr exp a F ( E Ecorr ) exp c F ( E Ecorr )

(7)
RT
RT
where a and c are the anodic and cathodic transfer coefficients, respectively, icorr is the
corrosion current density and Ecorr the corrosion potential [34].
Away from Ecorr, only the anodic or the cathodic contribution to the global current remains.
Thus equation (1) can be simplified to:
At the anodic side: is = icorr exp [(E-Ecorr) / a]
At the cathodic side: is = - icorr exp [- (E-Ecorr) / c]
F
F
with Tafel constant : a = a and c = c
RT
RT
(8)
(9)
85

Software based on this Tafel model was used to derive the current densities icorr and the Tafel
constants a and c (Table 5) from the experimental current-potential measurements (Figure
9).
Figure 9: Example of evaluation of Ecorr, icorr, a et c by plotting log i = f (E) for 1145
carbon steel during immersion in anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence
of 30 L of hydrogenase.
In the vicinity of Ecorr, the global current is could be linearised. Substituting the exponential
function exp[x] (x0) with x, the Stern-Geary formula results in:
c F
F
is = ia + ic = icorr a ( E Ecorr )
( E Ecorr )
RT
RT
(10)
is = icorr (E - Ecorr) (1 / a + 1 / c)
(11)
Equation (10) is the equation of a straight line of slope is / E = icorr / B = Rp-1
(12)
With B = (a c) / 2.303 (a + c)
(13)
Software based on this Stern-Geary model was used to determine the polarisation resistances
Rp (Table 6) from the experimental current-potential measurements (Figure 10).
86
Figure 10: Example of evaluation of Rp by plotting I = f (E) for 1145 carbon steel during
immersion in anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2 in the presence of 30 L of
hydrogenase.
Hydrogenase amount
Without hydrogenase
(average
of
7
experiments)
With 30 L hydrogenase
0h
1.9+0.6
2h
4h
8h
12 h
16 h
1.6+0.3 1.6+0.5 1.6+0.5 1.5+0.3 1.6+0.4
20 h
1.6+0.4
0.3
0.4
0.4
0.4
0.4
With 30 L heated
hydrogenase
1.0
0.6
3.2
0.7
0.5
1.9
0.4
0.5
1.0
0.6
0.4
0.8
0.7
0.4
0.6
With 30 L oxygenated
hydrogenase
0.6
0.6
0.5
0.5
0.4
Table 5. Corrosion current density (A.cm-) for 1145 carbon steel during immersion in
anaerobic 10 mM phosphate solution pH 7.2, with or without hydrogenase.
Seven control experiments performed without hydrogenase showed identical icorr values,
which remained stable. In particular, no significant modification of icorr values was observed
after 2h of immersion. An icorr value around 1.6 A.cm- (average value from seven
experiments) can consequently be taken as a good assessment of the stable corrosion current
density that corresponded to the clean mild-steel coupons in the 10 mM phosphate solution
pH 7.2 used here. For the further experiments performed with hydrogenase, Tafel plots were
recorded starting from t = 4 hours. No measurements were made earlier in order to avoid any
possible disturbance of the surface state of the coupons. In the presence of the hydrogenase,
icorr values remained almost constant in all cases, except for the heated hydrogenase. These
87

findings confirmed that the main action of hydrogenase occurred in the hours following
injection as indicated by the variation of the free potential. The heated hydrogenase induced
more complex behaviour, with a first increase of icorr (with respect to the base value around
1.6 A.cm-) followed by a slow and continuous decrease. Heated hydrogenase significantly
increased corrosion and then the formation of a thick deposit slowed down corrosion. The
presence of cracks where corrosion could continue explained why icorr remained higher for
some hours with respect to the other cases that did not show deep cracks.
Polarisation resistances Rp recorded here in the control experiments were close to the values
reported in the literature for carbon steel at open circuit conditions in a NaH2PO4 0.1 mol L-1,
pH 6.0 [36]: Rp has been noted to increase from 188 cm at 1 minute to 1516 cm at 60
minutes. The presence of hydrogenase increased the values of Rp, except in the case of heated
hydrogenase, which slightly decreased the Rp value. This effect was consistent with the high
heterogeneity of the deposit observed in this instance.
Hydrogenase
amount
0L
30L
50L
80L
30Loxygenated
30L-heated
Rp
at 4h
(cm)
1496
6792
2487
3721
4125
Rp
at 8h
(cm)
1753
6092
2975
6026
4451
c at 4h
(mV/decade)
c at 8h
(mV/decade)
a at 4h
(mV/decade)
a at 8h
(mV/decade)
12
9
10
9
10
3
13
10
10
15
10
9
15
9
12
9
13
16
11
12
900
1144
19
10
12
Table 6: Polarisation resistances calculated through the Stearn-Geary model.

Discussion
The variation of the open circuit potential with time, the visual and microscopic aspects of the
coupon surfaces after 24 hours, and the icorr values confirmed a strong effect of hydrogenase
on the corrosion of mild steel. Eoc did not change during the whole experiment in any of the
seven control experiments, while the presence of hydrogenase always led to fast ennoblement,
the amplitude of which increased with the quantity of enzyme. No local corrosion was
observed after 24 hours in the control experiments, and coupons were covered with a layer
containing vivianite which is known to have a protective effect. The detailed mechanisms by
which phosphate species lead to the formation of protective layers and the composition of the
deposit obtained in phosphate solutions are still research topics. Studies have generally been
carried out in aerobic conditions [36, 37]. A preliminary study in anaerobic conditions has
shown that the presence of phosphate species drastically alters the formation of the corrosion
products, resulting in different phosphated species [38].
Adding 30 L hydrogenase resulted in a thicker deposit than in control experiments, with

only slight local pitting. In this case, hydrogenase enhanced the production of iron ions,
promoting the formation of a thicker protective layer, as confirmed by the increase of Rp from
1362 cm in the control experiments to 6792 cm in the presence 30 L enzyme. Adding
larger amounts of hydrogenase (50 and 80 L) enhanced iron dissolution still more, to an
extent that could no longer be balanced by the formation of vivianite; corrosion products
accumulated in the covering layer. Large amounts of hydrogenase increased the corrosion,
88

resulting in thicker deposits that contained more and more iron oxides/hydroxides. The
antagonist effects of thickening the corrosion layer, which should protect the material, but
increasing the heterogeneity of its structure, with higher corrosion product contents, resulted
in behaviour that is difficult to predict in terms of icorr and Rp.
The decrease of icorr from a value of 1.6 A.cm-2 (average value from seven experiments) for
the control experiments to 0.3 A.cm-2 with 30 L hydrogenase may explain the increase of
Eoc following addition of 30 L hydrogenase. Then Eoc ennoblement observed with 50 L and
80 L hydrogenase was roughly proportional to the amount of hydrogenase, but this
ennoblement can no longer be explained by the variation of icorr because icorr did not vary
significantly with respect to the amount of hydrogenase. It must be concluded that Eoc
ennoblement was due to catalysis of the cathodic process. This means that hydrogenase acted
on the open circuit potential by enhancing the cathodic current on the metal surface. This
catalysis was directly correlated to the amount of enzyme present. The cathodic reaction could
only be the reduction of proton (or water) into hydrogen:
H+ + e- H2
(14)
because no other reductant (electron acceptor) was present in solution. The experimental
conditions were chosen in such a way as to only have this reaction as possible cathodic
process.
Hydrogenase from Clostridium acetobutylicum is highly sensitive to oxygen traces. Keeping
it at air for more than 2 hours ensured complete loss of its catalytic properties for hydrogen
oxidation. Adding hydrogenase after deactivating it in air led to an Eoc ennoblement similar to
that with the same amount of active hydrogenase but, in contrast, the presence of the protein
avoided the formation of any deposit and even protected the material surface against
corrosion. Such behaviour was not linked to the phosphate medium. Similar observations
were made in Tris-HCl 6.3 medium: after 24 hours, much of the surface remained mirror
polished when 30 L deactivated hydrogenase was added, while control experiments in the
absence of enzyme showed a homogeneous grey film (data not shown). In this case, Eoc
ennoblement was due to the decrease of icorr induced by the deactivated protein (from 1.6 to
0.6 A.cm-2). Eoc ennoblement was not linked to a corrosion process but to the protection of
the material by the protein. Some complex links between inert proteins and the corrosion
behaviour of metallic surfaces have already been reported in the literature. For instance,
bovine serum albumin (BSA) adsorbed on iron-chromium alloy showed a protective effect
against corrosion at pH 1.3, whereas it accelerated local corrosion at pH 5.5. In both cases, the
protein was assumed to affect the metal behaviour directly, as neither the thickness nor the
composition of the passive layer was affected [39]. Here the deactivated hydrogenase acted as
an inert protein with a protective effect.
Hydrogenase denatured by heating had the greatest corrosive effect. Corrosion was strongly
increased, a thick deposit was observed with a heterogeneous, cracked structure. Rp remained
low in spite of the thick aspect of the deposit because corrosion could continue inside the
cracks. Obviously the corrosive effect of hydrogenase was not linked to its traditional activity
for hydrogen oxidation. Heating the enzyme completely denatured it, by unwinding the shell
of amino acids that make up its structure. [Fe]-hydrogenases contain numerous Fe-S clusters
that provide an electron transfer pathway between the buried active site and the molecular
surface. [Fe]-hydrogenases have a domain with two [4Fe4S]-ferredoxin-like clusters not far
from the active site, which are called mesial (FS4A) and distal (FS4B). In addition, the
enzyme has a small domain containing a [4Fe-4S] cluster (called FS4C) and a plantlike
ferredoxin domain with a [2Fe-2S] cluster (called FS2) [42, 43]. Heating the enzyme resulted
89

in its architecture exploding, exposing the metallic clusters to the external surroundings or
even releasing the Fe-S clusters. As a final conclusion to this work, it can be assumed that the
catalysis of proton reduction was caused by the adsorption on the coupon surface of the ironsulphur clusters contained in the hydrogenase. It is thus easy to explain why corrosion
enhancement was controlled by the amount of hydrogenase and why the effect was stronger
after the enzyme had been denatured by heating. The catalysis of corrosion by hydrogenase is
thus shown to be another case of catalysis by iron-sulphur compounds. To some extent, the
mechanisms assumed here may be compared with the mechanisms generally accepted for the
microbial corrosion induced by sulphate reducing bacteria (SRB). SRB reduce sulphate to
sulphide ions, which react with the iron ion forming iron sulphide FeS. FeS deposits catalyse
proton reduction [11, 12]. Cathodic zones (FeS) and anodic zones (Fe) are created on the
same electrode, implying accelerated deterioration of the material by galvanic corrosion [40,
41].
Hydrogenase from C. acetobutylicum contains 20 atoms of Fe, six of which are contained in
the active site, twelve in the [4Fe-4S]-type clusters (FS4A, FS4B, FS4C) and two in the [2Fe2S]-type clusters (FS2) [44]. The concentration of C. acetobutilicum [Fe]-hydrogenase in the
initial aliquots was 0.33 x 10-6 M. When 30 L of the aliquot was injected into the 0.05 L
electrochemical cell, the final concentration in the cell was 2 x 10-10 M. Then, the overall
amount of Fe contained in the electrochemical cell was:
[Fe] = 20 x 2 x 10-10 = 40 x 10-10 M.
In addition, clostridial [Fe]-hydrogenases encode 18 atoms of S: four in the H cluster, twelve
in the 4Fe4S clusters: FS4A, FS4B, and FS4C and two in 2Fe2S: FS2. So the total
concentration of sulphur in the electrochemical cell was:
[S] = 18 x 2 x 10-10 = 36 x 10-10 M.
The concentration was very low, and it must be concluded that the specific iron clusters
contained in the enzyme are highly efficient in catalysing proton reduction, certainly much
more so than the rough iron sulphide deposits produced by SRB. Actually this conclusion is
consistent with the function of these clusters inside the protein that contributes to the
efficiency of the reversible proton reduction / hydrogen oxidation reaction, resulting in
extremely high protein specific activity, of the order of 0.2 mole of hydrogen oxidised per
minute per milligram of protein. Suitable adsorption of these clusters on the coupon surface
should also be an important factor in efficiency. The presence of amino acids, even after
unwinding or denaturing by heating, certainly promotes effective adsorption. The full
protective effect of the oxygen deactivated protein at the final concentration of 2 x 10-10 M
proved the efficiency of the protein adsorption. The deactivation of the hydrogenase by
oxygen has been attributed to the oxidation of a [4Fe-4S] cluster to [3Fe-4S] [42]. The ironsulphur clusters involved here in corrosion increase were highly efficient, but their catalytic
effect depends directly on their oxidation state.
Conclusion
Hydrogenase from Clostridium acetobutylicum confirmed its high efficiency in enhancing
corrosion of mild steel. Using less concentrated phosphate solution than in the previous,
preliminary work allowed a graduated effect of hydrogenase to be pointed out, which
increased with its concentration in solution. The corrosive properties proved not to be linked
to the catalytic activity of the protein but it can be assumed that the catalysis of the cathodic
proton reduction was controlled by the presence of iron-sulphur clusters that had to be in the
suitable oxidation state. Specific iron clusters still embedded in the protein shell, or released
from the protein and adsorbed on the metal surface through amino acid residues or some
90

exopolysaccharides, should be extremely efficient catalysts of corrosion, but only when they
are in a suitable oxidation state. In contrast, the inert hydrogenase revealed its protective
effect against corrosion. The versatility of the phenomenon with respect to the experimental
conditions, in particular the sensitivity of the catalytic efficiency to oxygen, may explain the
variety of results that have been reported in the literature so far on the possible role, or not, of
hydrogenases in MIC. These results also explain why MIC is so difficult to predict, and why
it actually occurs only in quite rare cases considering the ubiquitous presence of SRB in
natural environments.
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92

III.7. Ebauche darticle 3
A soumettre
93

III.7.1. Principaux rsultats prsents dans lbauche darticle 3
Les rsultats prsents ci-dessous constituent une bauche darticle 3. Ils ont permis
une meilleure comprhension du rle de lhydrognase de C. acetobutylicum sur la corrosion
anarobie de lacier doux 1145 grce des mesures lectrochimiques (mesure du potentiel de
circuit ouvert Eoc, des rsistances de polarisation, des densits de courants) et microscopiques
(analyse par microscopies balayage couple une analyse EDX, confocale et
pifluorescence avec systme Optigrid pour reconstruction dimages 3D) effectues dans
deux milieux diffrents : un milieu phosphate 100 mM pH 7,2 et un milieu Tris HCl 50 mM
pH 6,3. Lenzyme a t tudie sous tous ses tats : active, dsactive par loxygne ou
dnature par chauffage.
Les rsultats ont permis de montrer que :
Quel que soit le milieu, linjection de lenzyme induit un anoblissement de Eoc qui
augmente avec laugmentation de la quantit denzyme injecte. Eoc reste constant en
absence denzyme.
Dans le milieu phosphate 100 mM pH 7,2 :
Linjection de lenzyme induit la formation dun dpt pais (environ 80 m), trs
htrogne. Le nettoyage des produits de corrosion et lobservation par microscopies
permet didentifier que les htrognits sont dans la couche de vivianite et quil ne
sagit pas de piqres. Les mesures de Rp donnent une information sur la composition
du dpt.
Dans le milieu Tris HCl 50 mM pH 6,3 :

Lutilisation du tampon Tris HCl 50 mM pH 6,3 permet de saffranchir de leffet de la
vivianite qui se forme en milieu phosphate et de mieux distinguer leffet de lenzyme.
En absence de lenzyme, llectrode nest pas corrode, elle est uniquement recouverte
dun film fin gris alors quen prsence de lhydrognase active, les surfaces de
llectrode sont recouvertes de dpts rougetres doxydes et dhydroxydes de fer. En
prsence de lenzyme dsactive par exposition loxygne de lair la surface de
llectrode reste miroir et rflchit bien la lumire, seuls des dpts localiss de rouille
se forment la sortie de llectrode de la cellule Metrohm.
En absence dun accepteur terminal dlectrons, laugmentation de Eoc ne peut tre
due qu la catalyse directe de la rduction du proton/ou de leau sur la surface de
llectrode.
Les valeurs des densits de courant icorr obtenues en prsence de lhydrognase sont
infrieures dun facteur trois aux valeurs obtenues en absence de lenzyme. Les
rsistances de polarisation augmentent avec laugmentation de la quantit denzyme
injecte.
Dans le milieu Tris HCl 50 mM pH 6,3, pour la mme quantit denzyme injecte, la
plus grande augmentation de Eoc a t observe dans le cas de lenzyme dnature par
chauffage jusqu bullition confirmant les rsultats obtenues dans larticle 2, dans le
milieu phosphate 10 mM pH 7,2 : linfluence de cette [Fe]-hydrognase sur la
corrosion est lie aux centres Fe-S quelle renferme. Ces centres FeS sadsorbent la
surface et agissent par un mcanisme qui pourrait tre compar celui des sulfures
produits par les BSR.
94

Le rle de la [Fe]-hydrognase tudie sur la corrosion est lie la position des
centres Fe-S et leur degr doxydation indpendamment du milieu. Les Fe-S jouent
un rle protecteur lorsquils sont un tat oxyd permettant llectrode de conserver
son aspect miroir, quelque soit le milieu tampon, par contre, les Fe-S acclrent la
corrosion lorsque lenzyme est active et surtout lorsquelle est dnature par chauffage
rendant accessible les Fe-S.
95

Cette partie rassemble deux types de rsultats obtenus en milieu phosphate 100 mM pH 7.2 et
en milieu Tris-HCl. Elle est rdige sous forme dun article scientifique, toutefois sa
publication, en ltat ou en partie, dpendra des commentaires qui auront t recueillis lors
de la soumission de larticle prcdent.
Experimental section
1.Chemicals and biochemicals

Solutions were prepared in deionised water (ELGA PURELAB, 10-15 M.cm) with
analytical grade chemicals: sodium dihydrogenophosphate (Prolabo), tris(hydroxymethyl)
aminomethane (Acros Organic), hydrochloric acid (Acros Organics), sodium hydroxide.
Clostridium acetobutylicum cells were cultured and hydrogenase extracted following the
procedures reported elsewhere [Girbal et al., 2005]. Hydrogenase solution was divided into
aliquots that were stocked at -80C. Each aliquot was used only one time in order to limit loss
of activity. For a given set of experiments the aliquots came from the same purification
process. Hydrogenase activity is measured at 30C for H2 production in a Tris HCl buffer
0.05 M pH 8 containing 0.15 M NaCl, 0.002 M sodium dithionite and 0.0025 M
desthiobiotine and at 37C for H2 consumption in a phosphate buffer 0.1 M pH 7.2.
2.Electrochemical measurements
The electrochemical experiments were performed with a three-electrode system in
closed cells (Metrohm). The working electrodes were 2 cm diameter cylinders of 1145 mild
steel purchased from Thyssen (elemental composition by weight percentage: 0.46 C, 0.31 Si,
0.65 Mn, 0.01 P, 0.032 S, 0.1 Cr, 0.1 Ni, 0.02 Mo, 0.05 Al, 0.11 Cu) embedded in resin
(Resipoly Chrysor). Electrical connection was done through titanium wire screwed in the steel
sample and protected with resin. Coupons were polished successively with SiC papers of
P120, P180, P400, P800, P1200, P800/2400, P1200/4000 grit (Lam Plan) and rinsed
thoroughly with distilled water. A platinum-iridium (10% iridium) grid was used as auxiliary
electrode and a saturated calomel electrode (Radiometer analytical) as reference. The
electrochemical cell was hermetically closed. The steel coupon was first maintained above the
solution surface, while nitrogen was continuously bubbling into the solution during 40
minutes, it was then immerged into the solution and the nitrogen flow was maintained during
the whole experiment. 15 minutes after the coupon was immersed in solution, hydrogenase
was injected with a syringe in strict anaerobic conditions, oxygen being preliminary removed
from the syringe with nitrogen. Polarisation resistance (Rp) and corrosion current densities
(icorr) were recorded every four hours over a potential range from Eoc -10 mV to Eoc +10 mV,
at 0.2 mV s-1, using a multipotentiostat (Bio-Logic, SA, software EC-Lab 9.2). All
experiments were carried out at room temperature.
3.Surface analysis and imaging
Metal deterioration was assessed by Scanning Electron Microscopy (SEM) using a
LEO 435 VP-Carl Zeiss SMT (10000 Kx magnification, 10kV acceleration voltage). Surface
chemical analysis was performed by Energy dispersive X-ray analysis (EDX). For each
96

sample, average values and standard deviations resulted from measures performed at 10
different spots.
At the end of the experiments, total sulphur and iron were measured by Inductively Coupled
Plasma Spectroscopy (ICP-Spectroscopy JY Ultima). Samples were prepared by humide
mineralisation method which consisted of injecting the nitric acid into the solution in order to
dissolve solide particles of iron and sulfur allowing thus the measurements of the totality of
the iron and sulfur contained into the solution at the end of the experiments.
Metal deterioration was assessed by Scanning Electron Microscopy (SEM) using a LEO 435
VP-Carl Zeiss SMT at 70 x or 10000 Kx magnification working at 10 kV acceleration
voltage. Surface chemical analysis was performed by Energy dispersive X-ray analysis
(EDX). For each sample, EDX results were averaged from 5 measures performed at 5
different spots.
Epifluorescence images were taken with a confocal Leica laser SP2 microscope using an
argon laser (emission = 488 nm) (magnification x 100). Images were treated with the LCS
Light Leica software.
3D images were taken by a Carl Zeiss Axiotech 100 microscope with Optigrid system for 3D
images (magnification x 100) with a HAL 100 lamp. Images were acquired with a
monochrome digital camera (Evolution VF) and treated with the Image-Pro Plus 5.0 software.
When indicated the coupons were cleaned in order to remove the corrosion products. The
electrodes were cleaned in a solution containing 50% v./v. HCl (36%) and 5 g L-1 corrosion
inhibitor hexamethylentetramine C6H12N4 in a ultrasonic cleaning machine (Ultrasonic
T950/H Prolabo) at ambient temperature, during thirty seconds, followed by thorough rinsing
with distilled water.
Results
1. Hydrogenase in phosphate buffer 100 mM

Experiments were performed in phosphate buffer 100 mM, pH 7.2 in strict anaerobic
conditions because the hydrogenase from C. acetobutylicum is highly sensitive to oxygen.
The electrochemical cells were hermetically closed and the mild steel 1145 working
electrodes were immersed into the solution after complete removal of oxygen. A continuous
nitrogen flow was maintained for all the duration of the experiments. Evolution of the free
potential was recorded as a function of time and hydrogenase was injected after the potential
stabilisation at time 15 minutes (Fig. 1). Six control experiments were performed by injecting
30 L of deoxygenated buffer. The Eoc remained stable in all the six experiments. Injection of
30 L of hydrogenase, ennobled Eoc by 23 mV in the first trial (case a) and 16 mV in the
second one (case b). When 50 L of hydrogenase were injected, Eoc increased by 40 mV.
97
Fig. 1. Free potential as a function of time for 1145 carbon steel electrode in an anaerobic 100
mM phosphate buffer pH 7.2, with or without addition of hydrogenase (hase). Fluctuations of
+/-10 mV that appear on the graph every four hours are due to polarization resistance
measurements.
Every four hours Tafel plots were recorded at potential scan rate of 0.2 mV s-1 around the
open circuit potential, in the range [Eoc - 10, Eoc + 10] mV (Fig. 2). Six control experiments
performed without hydrogenase showed identical Rp and icorr values, which slowly increased
in a similar way. No significant modification was observed between the values measured at
time 2 h (Rp = 519 cm2 and icorr = 4.6 A.cm-2 average values) after immersing the coupon
into the deoxygenated solution and the values measured at times t = 4 h (Rp = 622 cm2 and
icorr = 4.4 A.cm-2) and t = 8 h (Rp = 827 cm2 and icorr = 3.6 A.cm-2) (average values from
six experiments). For the further experiments performed with hydrogenase, Tafel plots were
not recorded at time t = 0 h and 2 h before hydrogenase injection, in order to avoid any
possible disturbance of the initial surface state of the coupons before injecting hydrogenase or
in the hours following the injection. Tafel plots were recorded every 4 hours starting from t =
4 h. In the presence of hydrogenase, two cases were observed: in case a, Rp values were very
close to the values obtained in the absence of the enzyme: at times t = 4 h (Rp = 550 cm2
and icorr = 4.4 A.cm-2) and at t = 8 h (Rp = 482 cm2 and icorr = 5.0 A.cm-2) whereas in the
case b, Rp values were three fold higher: at times t = 4 h (Rp = 1523 cm2 and icorr = 1.6
A.cm-2) and at t = 8 h (Rp = 1504 cm2 and icorr = 1.6 A.cm-2).
98
Fig. 2. Polarisation resistance Rp measurements as a function of time for 1145 carbon steel
electrode in an anaerobic 100 mM phosphate buffer pH 7.2, with or without addition of
hydrogenase (hase).
Pictures of the electrodes at the end of the experiments showed that in the absence of
hydrogenase, the surfaces of the carbon steel electrodes were covered by a uniform grey
deposit (Fig. 2.A). In the presence of the enzyme, the deposits were thicker and the surfaces
were heterogeneous. In case a, a bluish grey deposit with obvious signs of local attack was
observed (Fig. 2.B) whereas in case b, the colour of the deposit was different and multicoloured (yellow, orange, turquoise, pink) (Fig. 2.C).
A-
B-
C-
Fig. 3. Photos of the electrodes after 24h immersion in an anaerobic 100 mM phosphate
buffer pH 7.2 (A) in the absence of hydrogenase and in its presence (B, C).
SEM analysis of the electrodes A and B of Fig. 3. showed that in the presence of
hydrogenase, the electrode was covered by a very heterogeneous deposit (Fig. 4B) compared
to the deposit observed in the absence of the enzyme (Fig. 4A).
99
B-
A-
Fig. 4. SEM micrographs of the electrodes after 24h immersion in an anaerobic 100 mM
phosphate buffer pH 7.2 (A) in the absence of hydrogenase and in its presence (B).
Confocal laser microscopy of the electrode in the presence of hydrogenase (case a) showed a
heterogeneous surface (Fig. 5A), the 3D construction indicated the presence of holes that
were 80 m deep (Fig. 5B).
A-
B-
Fig. 5. Confocal laser microscopy of the surface of the electrode in the presence of 30 L of
hydrogenase (case a) after 24h immersion in an anaerobic 100 mM phosphate buffer pH 7.2.
2D (A) and 3D construction (B).
The electrode in the presence of 30 L of hydrogenase (case a) was afterward cleaned as

described in section 2 then observed at the microscope (Fig.6).
A-
B-
Fig. 6. Epifluorescence microscopy of the same sample oberved in Fig. 5. after cleaning. 2D
(Fig. 6.A) and 3D images (Fig. 6.B).
100
Cleaning the surface of the electrode removed the corrosion deposits, cavities were not
anymore observed on the surface, indicating that the holes observed in Fig.4 were
heterogeneities in the deposit rather than signs of localized corrosion of the steel. This finding
explains why in case a, Rp values were similar to Rp values obtained in the absence of the
enzyme (Fig. 6).
Further investigation by EDX analysis of the composition of the layers in the presence (case
a) or absence of hydrogenase indicated a similarity in their compositions. The layers
contained mainly iron, oxygen and to a lesser extend phosphorous (table 1). These findings
are consistent with the fact that Rp values are similar in the absence of the enzyme and in its
presence (case a).
Atomic % / Elements Fe
absence of hydrogenase 42 + 14
30 L of hydrogenase
44 + 13
P
6+3
5+2
Na
5
O
51 + 12
45 + 6
K
0.6
Cl
0.49
3 + 0.7
Table 1. EDX analysis of the deposits (atomic %) on the electrodes surfaces in the absence of
hydrogenase or in its presence (case a).
Many studies have dealt with the formation of protective layers on carbon steels in the
presence of aerobic phosphate solutions [Martini et al., 2004; Felhsi et al., 2002]. In fact, the
presence of phosphate is known to form a vivianite deposit (Fe3(PO4)2, 8H2O), which forms a
uniform grayish film that tends to change to bluish on exposure to air [McGowan et al.,
2006], and it has already been demonstrated that [NiFe]-hydrogenase from Ralstonia
eutropha catalyses the deposition of vivianite on mild steel in the presence of a final electron
acceptor (oxidized form of nicotinamide adenine dinucleotide) [Da Silva et al., 2004]. Here
we showed that [Fe]-hydrogenase from Clostidium acetobutilicum catalyses both the
deposition of corrosion products and vivianite on the steel surface in the absence of any final
electron acceptor: thick deposits of around 80 m height were observed in the presence of the
enzyme. The cathodic reaction involved here cannot be other than the reduction of the proton
(or water) since no other electron acceptor was present in the medium. It must be concluded
that this reaction was catalyzed directly by the adsorbed enzyme, according to the mechanism
that has been demonstrated in our previous work with less concentrated phosphate solutions
[Mehanna et al., previous paper, to submit].
Rp gives a direct information on the quality of the deposit: in case a), Rp values remained
similar to the values obtained in the absence of the enzyme even if the 3D confocal laser
microscopy showed a much thicker corrosion deposit, because the deep holes present in the
deposit decreased its protective effect. In case b), Rp values were three fold higher, indicating
a more protective layer, as confirmed by the aspect of the deposit, which looked much more
uniform. The differences regarding the values of Rp and the aspects of the deposits observed
between cases (a) and (b) in the presence of the same amount of hydrogenase (30 L), can be
attributed to the occurrence of several simultaneous, antagonist phenomena: on one hand, the
catalysis of proton reduction by adsorbed hydrogenase that accelerated corrosion resulting in
the production of iron ions, and on the other, the formation of vivianite and corrosion
products, which form a deposit tending to diminish the corrosion process. By this way,
vivianite and corrosion products may have different effect on the corrosion process. The
random balance between these antagonist phenomena can explain the difference observed.
101

2. Hydrogenase in Tris HCl buffer
The same experiments were repeated in a Tris HCl buffer, in order to avoid the
formation of vivianite due to the phosphate species. As in the previous experiments no final
electron acceptor was present in solution, hydrogenase can consequently only act through
catalysis of the proton reduction. Experiments were performed in a 50 mM Tris HCl buffer
pH 6.3, which is the optimal pH for H2 production [Adam et al., 1984]. Variation of the free
potential with time is showed in figure 7 for 1145 carbon steel electrode, in the presence or in
the absence of hydrogenase.
Fig. 7. Free potential as a function of time for 1145 carbon steel electrode in anaerobic 50
mM Tris HCl solution pH 6.3, with or without addition of hydrogenase. Fluctuations of +/-10
mV that appear on the graph every four hours were due to polarization resistance
measurements.
Six control experiments were performed by injecting 30 L of Tris HCl at time 15 minutes.
The Eoc remained stable for all the duration of the experiments or decreased slightly. When 30
L of hydrogenase was injected at time 15 minutes, the free potential increased slowly up to
12 mV at time 10 h. Addition of 50 L hydrogenase ennobled the free potential up to 66 mV
in the first trial and 51 mV in the second one.
Hydrogenase aliquots were either deactivated by exposure to air during 3 h, or denatured by
heat until boiling. Addition of 30 L of air-deactivated hydrogenase ennobled Eoc very fast by
24 mV, while the injection of the heat-denatured enzyme increased Eoc by 40 mV. The
potential ennoblement depended on the amount of enzyme injected as well as on the state of
the enzyme. The most important potential ennoblement was observed when the enzyme was
heated. Heating the enzyme until it boiled resulted in exploding its structure, exposing the FeS clusters to the external surrounding or even releasing the clusters. Actually, [Fe]hydrogenases contain numerous Fe-S clusters that provide an electron-transfer pathway
102

between the buried active site and the molecular surface. [Fe]-hydrogenases have a two
[4Fe4S]-ferredoxin-like domain, a small domain containing a [4Fe-4S] cluster, and a plant
like ferredoxin domain with a [2Fe-2S] cluster [Fontecilla-Camps et al., 2007; Peters et al.,
1998]. As the potential ennoblement was not linked to the activity of the enzyme, but was the
highest with the heat-denatured enzyme, it can be assumed that the catalysis of proton
reduction was caused by the adsorption on the electrode surface of the Fe-S clusters.
Deactivating the enzyme by oxygen is believed to result in the oxidation of a [Fe4-S4] cluster
to [Fe3-S4] [Fontecilla-Camps et al., 2007]. This suggests that the redox state of the ironcluster is a key parameter in their efficiency in corrosion enhancement.
Polarisation resistances Rp and current densities values icorr were measured after two or four
hours. They were almost in the same range in the absence of the hydrogenase: at time = 2 h,
Rp = 567 cm2 and icorr = 5.1 A.cm-2; at times t = 4 h, Rp = 647 cm2 and icorr = 3.7 A.cm2
(average values from six experiments). Tafel plots were not recorded at time t = 0 h and 2 h
for the experiments performed with hydrogenase, in order to avoid any possible disturbance in
the initial surface state of the coupons. At time t = 4 hours, in the presence of 30 L of
hydrogenase, Rp was 1534 cm2 and icorr = 1.6 A.cm-2. Increasing the amount of enzyme to
50 L resulted in an increase in Rp = 3946 cm2 and a decrease in icorr = 0.7 A.cm-2 at t = 4
h. The air-deactivated enzyme resulted in an increase in the Rp = 5503 cm2 and a decrease
in icorr = 0.4 A.cm-2 at t = 4 h compared to the values obtained with the same amount of
active hydrogenase (30 L).
The lowest Rp values were obtained in the absence of the enzyme. While in the presence of
the hydrogenase, Rp increased with the increase of the amount of the enzyme. For the same
amount of hydrogenase, the air-deactivated enzyme had higher effect than the active enzyme
which is in accordance with the values of the potential ennoblement obtained from Fig.7.
Fig. 8. Polarisation resistance (Rp) measurements as a function of time for 1145 carbon steel
electrode in an anaerobic 50 mM TrisHCl buffer pH 6.3, with or without addition of
hydrogenase (hase).
103

At the end of the control experiments the electrode surfaces were grey without any sign of
corrosion (Fig. 9 A). In the presence of the enzyme, all the electrodes were covered by a
similar reddish iron oxide film (Fig. 9 B, C).
A-
B-
C-
Fig. 9. Photo and SEM micrograph for 1145 after 24 hours immersion in an anaerobic 50 mM
Tris HCl solution pH 6.3, in the absence of hydrogenase (A), and in the presence of 30 L (B)
or 50 L (C) of hydrogenase.
SEM micrography of the electrode surface in the absence of the enzyme showed a film-like
deposit (Fig. 10 A) while in the presence of 50 L of hydrogenase, cracks were observed all
over the surface of the electrode (Fig. 10 B). The corrosion layer was mainly composed by
iron (57%, atomic percentage) and oxygen (37%). Traces of Cl, K and Mn were also found
(table 2).
A-
B-
Fig. 10. SEM micrographs of the electrodes after 24 hours immersion in an anaerobic 50 mM
Tris HCl solution pH 6.3, in the absence of hydrogenase (A) and in the presence of 50 L of
hydrogenase (B).
With the air-denatured hydrogenase, the surface of the electrode was still reflective, the reflect
of the camera lens being visible on the electrode surface, and some locale red stains of iron
oxide were noted once the electrode was in contact with air while removing it from the
electrochemical reactor (Fig.11 A). Previous work performed in an anaerobic 10 mM
phosphate buffer pH 7.2 [Mehanna et al., to submit] in the presence of 30 L deactivated
hydrogenase gave the same finding regarding the mirror-like appearance of the surface which
still reflected the camera lens. SEM micrography of the corroded zones (Fig. 11 A) depicted
104

cracking and the deposit seemed to be thinner than the deposit formed in the presence of the
active enzyme (Fig. 10 B). EDX analysis of the chemical composition of the surface of the
electrode showed a high level of Fe (91 %) much higher than the amounts found in the other
experiments, which is consistent with the less important formation of corrosion.
A-
A-
Fig. 11. Photo and SEM micrograph of the 1145 carbon steel electrode in the presence of 30
L air-deactivated hydrogenase after 24 hours immersion in an anaerobic 50 mM Tris HCl
solution pH 6.3.
From table 2, it can be noted that in the presence of 50 L of hydrogenase, in contrast to all
the other cases, oxygen was present indicating the presence of iron oxides/hydroxides. Indeed
reddish deposit were observed visible on the photos of Fig. 9.C. Carbon was absent, while it
was found on the clean electrodes before the experiments, it was also detected in the cases of
the control experiments performed in absence of hydrogenase, and in the presence 30 L airdeactivated hydrogenase. These findings were consistent with the non corroded surface
observed in the absence of the enzyme (Fig. 9.A) and a mirror-like surface in the presence of
the deactivated enzyme (Fig. 11.A).
Atomic % / Elements
Polished steel before the experiments
Absence of hydrogenase
50 L hydrogenase
30 L air-deactivated hydrogenase
Fe
84
66
57
91
Mn
0.6
0.2
0.2
0.5
C
15
34
9
O
37
-
K
0.6
-
Cl
5
-
Table 2. EDX analysis for 1145 after 24 hours immersion in an 50 mM Tris HCl solution pH
6.3, in the absence or presence of hydrogenase.
ICP-Spectroscopy measurements of total iron and sulphur in the solutions at the end of the
experiments (table 4) showed that the lowest iron amount was detected in the solution where
the deactivated hydrogenase was injected, indicating that the electrode surface was the least
altered and confirming the results above. The highest amount of iron was detected in the
solution in the presence of the active hydrogenase, this is in accordance with the results
obtained above showing a corroded surface with reddish deposits.
105

Injections
Absence of hydrogenase
30 L hydrogenase
30 L air-deactivated hydrogenase
Fe (M)
0.50
1.71
0.09
S (M)
0.03
0.07
0.05
Table 4: Amounts of Fe and S detected in solution by ICP-Spectroscopy after 24 hours.
Surface analyses and Rp measurement confirmed the behaviour observed on Eoc variations.
The enzyme can be assumed to act by its iron-sulphur clusters, rather than via its traditional
activity that absolutely requires the integrity of the protein structure. In some extend, the
effect of hydrogenase may thus be compared to the well-known MIC mechanism that is based
on the catalysis of proton reduction by iron sulphide deposits on steel surface.
Hydrogenase from C. acetobutylicum contains 20 Fe atoms out of which six are contained in
the active site, twelve in the [4Fe-4S] type clusters and two in the [2Fe-2S] type clusters
[Demuez et al., 2007]. The concentration of C. acetobutilicum [Fe]-hydrogenase in the initial
aliquots was 0.33.10-6 M. When 30 L of the aliquot were injected into the 0.05 L
electrochemical cell, the final concentration in the cell was 0.20.10-9 M. Then, the overall
amount of Fe contained into the electrochemical cell was [Fe] = 20 x 0.20 x 10-9 = 3.96 x 10-9
M. In addition, clostridial [Fe]-hydrogenases contain 18 atoms of S: four in the active site,
twelve in the 4Fe4S clusters, and two in 2Fe2S. Then, the total concentration of sulphur in the
electrochemical cell was [S] = 18 x 0.20 x 10-9 = 3.56 x 10-9 M.
These concentrations are very low, it must be concluded that the specific iron-clusters
contained in the enzyme are highly efficient to catalyse proton reduction, certainly much more
than the raw iron sulphide deposits produced by SRB. Actually this conclusion is consistent
with the function of these clusters inside the protein that contributes to the efficiency of the
reversible proton reduction / hydrogen oxidation reaction, resulting in an extremely high
protein specific activity of the order of 0.2 mole of hydrogen oxidized per minute, per
milligram protein. Suitable adsorption of these clusters on the coupon surface should also be
an important factor of efficiency. The presence of amino acids, even after unwinding or
denaturing them by heating, certainly promotes effective adsorption. The remarkable
protective effect of the deactivated protein by oxygen at the final concentration of 0.20 x 10-9
M also proved the efficiency of the protein adsorption.
Conclusion
The impact of the [Fe]-hydrogenase from Clostridium acetobutylicum on anaerobic

corrosion of carbon steel is directly linked to the amount of enzyme injected, to the
composition of the medium and to the state of the enzyme. The corrosive properties revealed
not to be linked to the catalytic activity of the protein, but it can be assumed that the catalysis
of the cathodic proton reduction was controlled by the presence of iron-sulphur clusters that
must be in the suitable oxidation state. Specific iron-clusters still embedded in the protein
shell, or released from the protein and adsorbed on the metal surface thanks to amino acids
residues or thanks to some exopolysaccharides should be extremely efficient catalyst of
corrosion, but only when they are in the suitable oxidation state. On the contrary, the inert
hydrogenase revealed a protective effect against corrosion. The versatility of the phenomenon
with respect to the experimental conditions, in particular the sensitivity of the catalytic
106

efficiency to oxygen, may explain the controversial results that have been reported so far in
the literature about the possible role or not of hydrogenases in MIC. These results also
contribute to explain why MIC is so difficult to predict in natural environments.
References
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Letters 275 (2007) 113.
[10] M. Mehanna, R. Bassguy, M.L. Dlia, A. Bergel. To submit to Corrosion Science.
107

III.8. Rsultats complmentaires en prsence dun accepteur terminal dlectrons
Lobjectif des exprimentations complmentaires dcrites dans ce paragraphe tait de

vrifier si la prsence dun accepteur final dlectrons couple la prsence despces
phosphates augmenterait encore plus la corrosion induite par lhydrognase suivant le schma
de la figure 12. Rappelons que dans ce cas la prsence des espces phosphate lve la
limitation cintique de la raction de rduction.
2e-
2H2PO42HPO42- + H2
2H+
Fd oxyde [Fe4S4]3+
Fd rduite [Fe4S4]+
Hydrognase
Figure 12 : Catalyse de la raction cathodique par lhydrognase en prsence de ferrdoxine

et despces phosphates qui catalysent la rduction du proton.
La ferrdoxine a t choisie comme accepteur terminal dlectrons car elle est couramment
utilise avec lhydrognase de C. acetobutylicum
pour faciliter la consommation
dhydrogne.
Une premire srie dexpriences a t conduite dans une solution de phosphate 100 mM pH
7,2 puis observant que cette concentration de phosphate favorisait un dpt important de
vivianite et de ce fait, masquait peut-tre leffet de lenzyme, une deuxime srie dexprience
a t conduite dans une solution de phosphate 10 mM pH 7,2.
III.8.1. Dans une solution de phosphate 100 mM, pH 7,2
La figure 13 illustre lvolution du potentiel en circuit ouvert de lacier au carbone

1145 durant son immersion dans une solution anarobie de 100 mM phosphate, pH 7,2, en
prsence ou en absence de ferrdoxine et dhydrognase. Les injections se font en conditions
strictement anarobies 15 minutes aprs le dbut des expriences. Bien que les expriences
aient t conduites durant 24 h, lchelle est zoome 5 h car lanoblissement du potentiel se
produit dans les quelques heures suivant linjection et atteint un plateau au-del de 5 h.
108
Fig.13 : Evolution du potentiel en circuit ouvert de lacier au carbone 1145 durant son
immersion dans une solution anarobie de 100 mM phosphate, pH 7,2, en prsence ou en
absence de ferrdoxine et dhydrognase. Les fluctuations de +10 mV qui apparaissent sur
les courbes t = 4 h sont dues aux mesures des rsistances de polarisation.
En absence de ferrdoxine et dhydrognase, Eoc reste stable ou diminue lgrement. Les

expriences tmoins rptes six fois, ont montr une parfaite reproductibilit. Linjection de
30 L denzyme induit un anoblissement du potentiel de lordre de 20 mV en moyenne aprs
4 h. Lajout de ferrdoxine seul naugmente pas le potentiel, au contraire Eoc diminue
lgrement. En prsence de 0,3 M de ferrdoxine et de 30 L dhydrognase,
laugmentation de Eoc nest que de 5 mV au bout de 4 h.
En absence dhydrognase, lacier est recouvert dun film gris, les images MEB des surfaces
des lectrodes ne montrent pas de diffrences significatives en prsence (Fig. 14.A) ou en
absence de ferrdoxine (Fig. 14.B).
A-
B-
Figure 14 : Images MEB de la surface des aciers au carbone 1145 aprs 24 heures
dimmersion dans une solution anarobie de phosphate 100 mM, pH 7,2 en absence
dhydrognase, (A) en absence de ferrdoxine, (B) en prsence de 0,3 M de ferrdoxine.
109

En prsence de 30 L dhydrognase, la surface de llectrode est htrogne et poreuse que
ce soit en prsence (Fig. 15. A, A) ou en absence de ferrdoxine (Fig. 15. B, B).
A-
A-
B-
B-
Figure 15 : Images MEB de la surface des aciers au carbone 1145 aprs 24 heures
dimmersion dans une solution anarobie de phosphate 100 mM, pH 7,2 en prsence de 30
L dhydrognase (A, A), de 30 L dhydrognase et 0,3 M de ferrdoxine (B, B).
Lanalyse EDX de la surface de lacier en absence ou en prsence de ferrdoxine et

dhydrognase, montre la prsence essentiellement de fer et doxygne et en moindre mesure
de phosphate suggrant la formation doxydes et/ou dhydroxydes de fer ainsi que de la
vivianite Na2(PO4)28H2O. Notons la prsence de carbone en prsence de frredoxine, le
carbone tant dj dcel sur la surface polie juste avant les expriences (Tableau 1).
110
% atomique
Fe
Mn
Na
Cl
Surface polie
84
15
0,6
42+14
51+12
6+3
0,5
65+25
15+16
16+27
3+3
0,7+0,7 0,3+0,3
45+6
5+2
12+12
30+24
5+4
0,5+0,6 0,3+0,3
avant
lexprience
Absence
dhydrognase
0,3 M Fd
30
L 44+13
0,6
hydrognase
0,3 M Fd + 30 52+30
M
hydrognase
Tableau 1 : Analyse EDX de la composition de la surface dun acier au carbone 1145 aprs
24 heures dimmersion dans une solution anarobie de phosphate 100 mM, pH 7,2 en
absence ou en prsence dhydrognase et de ferrdoxine.
Les analyses EDX prsentes dans le tableau 1 montrent des carts types importants qui
rvlent des htrognits sur les surfaces analyses. En effet, sur chaque lectrode, trois
zones de compositions diffrentes peuvent globalement tre distingues comme le montre
lexemple de la figure (16) :
Une zone A grise compose 100 % de fer,
Une zone B de dpts blanchtres compose majoritairement de fer et de carbone
Une zone C de cristaux forme majoritairement par de loxygne et du fer
Les rsultats prsents dans le tableau de la figure 16 sont les moyennes de trois mesures
effectues dans chacune des zones correspondantes.
111
% atomique
Zone A
Fe
100
C
-
O
-
P
-
Mn
Zone B
66
32
1,4
1,1
Zone C
35
57
8,0
Figure 16 : Photo et analyse EDX de la composition de la surface dun acier au carbone

1145 aprs 24 heures dimmersion dans une solution anarobie de phosphate 100 mM, pH
7,2 en prsence de 0.3 M de ferrdoxine effectues en diffrentes zones.
Lanalyse par ICP-Spectroscopie (ou torche plasma) des teneurs en fer et en soufre la fin
de lexprience (Tableau 2) dmontre quen prsence de 30 L dhydrognase, les taux de
soufre sont plus levs quen absence dhydrognase peut-tre parce que lenzyme contient
des centres fer-soufre ; toutefois comme la concentration du S contenue dans la cellule
Metrohm en injectant 30 L est faible (36 x 10-10 M), cette hypothse semble peu probable.
En absence de ferrdoxine, plus de fer est dtect en prsence de lenzyme suggrant que
lenzyme catalyse la dissolution du fer de llectrode en acier au carbone. En prsence de
ferrdoxine, la teneur en fer est la mme en prsence ou en absence denzyme et suprieure
aux valeurs obtenues prcdemment.
Injection
Total Fe (M)
Total S (M)
Absence dhydrognase
0,05
0,03
0,3 M Fd
0,09
0,03
30 L hydrognase
0,08
0,04
0,3 M Fd + 30 M hydrognase
0,09
0,04
Tableau 2: Concentrations en Fe et en S dtectes par ICP-Spectroscopie aprs 24 heures.
Les mesures des densits de courants (icorr) et des rsistances de polarisations (Rp) sont
reprsentes dans le tableau ci-dessous. Dans le cas des expriences tmoins en absence
dhydrognase, les Rp et les icorr ont t galement mesures partir de t = 0 h toutes les deux
heures et sont restes stables tout au long de lexprience ( t = 2 h, Rp = 519 cm2 et icorr =
4,6 A.cm-2, valeurs moyennes de six expriences). Dans le cas des expriences en prsence
de ferrdoxine et/ou dhydrognase, les mesures ont t effectues toutes les quatre heures en
commenant partir de 4 h afin dviter de perturber ltat de surface de llectrode dacier.
Les expriences tmoins ont t rptes six fois et sont reproductibles pour les valeurs de Rp
112

et icorr. Il ny a pas de diffrences significatives entre les diffrentes valeurs obtenues pour les
diffrentes expriences, probablement parce que la concentration relativement leve en
phosphate (100 mM) induit la formation de dpts de vivianite la surface des lectrodes
masquant ainsi leffet de lenzyme (Tableau 3).
Injection
Absence dhydrognase
(valeurs moyennes de six expriences)
0,3 M Fd
30 L hydrognase
0,3 M Fd + 30 M hydrognase
icorr at 4 h
(A.cm-)
622
icorr at 8 h
(A.cm-)
827
Rp at 4 h
(cm)
4.4
Rp at 8 h
(cm)
3.6
550
723
7.1
3.7
550
907
482
754
4.4
2.8
5.0
3.5
Tableau 3 : Densits de courant et rsistance de polarisation pour lacier au carbone 1145

durant son immersion dans une solution anarobie de 100 mM phosphate, pH 7.2, en
prsence ou en absence de ferrdoxine et dhydrognase.
En conclusion, lajout dhydrognase augmente la corrosion par contre lajout de

laccepteur terminal dlectrons ne semble pas accentuer leffet de lenzyme, bien au
contraire, un anoblissement plus important du potentiel a t observ en absence de
ferrdoxine. Cependant, un important dpt de vivianite, induit par la prsence de 100 mM de
phosphate, est suspect, il masquerait leffet de lenzyme et de laccepteur final dlectrons.
Pour lviter, les mmes expriences ont t rptes dans une solution moins concentre en
phosphate (10 mM).
III.8.2. Dans une solution de phosphate 10 mM, pH 7,2

Le graphe de la figure (17) illustre lvolution du potentiel en circuit ouvert de lacier
au carbone 1145 durant son immersion dans une solution anarobie de 10 mM phosphate, pH
7,2, en prsence ou en absence de ferrdoxine et dhydrognase.
113
Fig.17. Evolution du potentiel en circuit ouvert de lacier au carbone 1145 durant son
immersion dans une solution anarobie de 10 mM phosphate, pH 7,2, en prsence ou en
absence de ferrdoxine et dhydrognase. Les fluctuations de + 10 mV qui apparaissent sur
les courbes toutes les quatre heures sont dues aux mesures des rsistances de polarisation.
Linjection de lhydrognase en absence de mdiateur anoblit Eoc de 8 mV. Linjection de 0,3

M de ferrdoxine en absence dhydrognase ninduit aucune modification de Eoc et des
cristaux sont visibles sur la surface (Fig. 18), par contre, en prsence dhydrognase, deux cas
sont observables : dans lexprience du 8 mars, Eoc augmente de 12 mV entre le moment de
linjection et quatre heures aprs, alors que pour lexprience du 24 mai, Eoc naugmente que
de 2 mV. Le 8 mars, lenzyme tait encore frachement purifie alors que le 24 mai, deux
mois se sont dj couls depuis la purification de lenzyme. Ces rsultats pourraient tre dus
au fait que lenzyme perd de son activit avec le temps. En effet, mme stocke au
conglateur -80C, lenzyme perdrait 50% de son activit en un mois (Thse Demuez,
2006). Une mesure de lactivit de lhydrognase effectue cinq mois aprs sa purification
rvle une division par 44 de lactivit (4250 U/mL et 97 U/mL aprs cinq mois). Pour
lexprience du 8 mars (Fig.19), des craquelures sont observables par analyse MEB alors que
pour celle du 24 mai (Fig.20), un dpt poreux est observable.
Injection
30 L hydrognase, 8 mars
0,3 M Fd + 30 L hydrognase, 8 mars
0,3 M Fd + 30 L hydrognase, 24 mai
E (mV)
8
12
2
Tableau 4: Anoblissement du potentiel de circuit ouvert entre le moment de linjection et

quatre heures aprs.
114
A-
B-
Figure 18: Photo et image MEB dun acier au carbone 1145 aprs 24 heures dimmersion
dans une solution anarobie de phosphate 10 mM, pH 7,2 en prsence de 0,3 M de
ferrdoxine.
A-
B-
Figure 19 : Photo et image MEB dun acier au carbone 1145 aprs 24 heures dimmersion
ferrdoxine et de 30 L dhydrognase, 8 mars.
A-
B-
Figure 20 : Photo et image MEB dun acier au carbone 1145 aprs 24 heures dimmersion
ferrdoxine et 30 L dhydrognase, 24 mai.
Lanalyse EDX de la surface des lectrodes en absence ou en prsence de ferrdoxine et

dhydrognase indique la prsence doxydes et dhydroxydes ferriques et de la vivianite sur
toutes les lectrodes (tableau 5). Notons que moins de fer et plus doxygne et de phosphate
115

sont dtects en prsence de lenzyme, lhydrognase catalyserait alors la formation de
vivianite.
% atomique
Fe
Cl
Absence de
ferredoxine et
dhydrognase
0,3 M Fd
58 + 9
31 + 5
3+1
0,5 + 1
2+1 -
59 + 38
33 + 33
4+4
3+3
0,3 M Fd + 30 L 23 + 13
hydrognase, 8 mars
0,3 M Fd + 30 L 36 + 25
hydrognase, 24 mai
68 + 13
8+2
0,2 + 0.3 1 + 1 -
54 + 23
8+4
Na
2+3 -
Tableau 5 : Analyses EDX dun acier au carbone 1145 aprs 24 heures dimmersion dans
une solution anarobie de phosphate 10 mM, pH 7,2 en prsence ou en prsence de 0,3 M
de ferrdoxine et 30 L dhydrognase.
Les carts types importants obtenus lors des analyses EDX indiquent que les surfaces
observes sont htrognes. Globalement, sur chaque lectrode, trois zones de compositions
diffrentes peuvent globalement tre distingues comme le montre lexemple de la figure
(21) :
Une zone A grise compose 100 % de fer,
Une zone B de dpts blanchtres compose essentiellement de fer et en moindre
mesure du carbone
Une zone C de cristaux forme majoritairement par de loxygne et en moindre
mesure du fer et du phosphate
Les rsultats prsents dans le tableau de la figure 21 sont les moyennes de trois mesures
effectues dans chacune des zones correspondantes.
% atomique
Zone A
Fe
100
C
-
O
-
P
-
Mn
Zone B
79
21
Zone C
26
65
9.0
Figure 21 : Photo et analyse EDX de la composition de la surface dun acier au carbone

1145 aprs 24 heures dimmersion dans une solution anarobie de phosphate 10 mM, pH 7,2
en prsence de 0.3 M de ferrdoxine effectues en diffrentes zones.
116

Les mesures des densits de courants (icorr) et des rsistances de polarisations (Rp) sont
reportes dans le tableau (6) ci-dessous. Dans le cas des expriences tmoins en absence
dhydrognase, les Rp et les icorr ont t galement mesures partir de t = 0 h toutes les deux
heures et sont restes stables tout au long de lexprience ( t = 2 h, Rp = 1704 cm2 et icorr =
1.6 A.cm-2, valeurs moyennes de sept expriences). Dans le cas des expriences en prsence
de ferrdoxine et/ou dhydrognase, les mesures ont t effectues toutes les quatre heures en
commenant partir de 4 h afin dviter de perturber ltat de surface de llectrode dacier.
Injection
Absence dhydrognase
(valeurs moyennes de sept expriences)
0,3 M Fd
30 L hydrognase
0,3 M Fd + 30 L hydrognase,
8 mars
0,3 M Fd + 30 L hydrognase,
24 mai
icorr at 4 h
(A.cm-2)
1,6
icorr at 8 h
(A.cm-2)
1,6
Rp at 4 h
(cm2)
1496
Rp at 8 h
(cm2)
1753
4,7
3,2
611
764
0,3
1,3
0,4
0,8
6792
1994
6092
3138
3,8
4,2
635
596
Tableau 6 : Densits de courants et rsistance de polarisation pour lacier au carbone 1145

durant son immersion dans une solution anarobie de 10 mM phosphate, pH 7,2, en prsence
ou en absence de ferrdoxine et dhydrognase.
Quand lhydrognase est ajoute en prsence de ferrdoxine, deux cas sont observs: dans le
premier (hydrognase active), la rsistance de polarisation augmente de 1994 3138 cm2 et
la densit de courant diminue de 1,3 0,8 A.cm-2, llectrode tait couverte dun dpt pais
gris bleut (Fig. 19) alors que dans le deuxime cas (hydrognase peu active), llectrode tait
couverte dun dpt htrogne gris (Fig. 20). Lexamination des Rp et icorr pour ce dernier
cas (24 mai) montre des valeurs de Rp proches des valeurs obtenues en prsence de
ferrdoxine seule et trois fois infrieures aux valeurs obtenues dans le premier cas (8 mars).
Les deux lectrodes taient non conductrices toutefois moins de fer et plus doxygne ont t
dtects par lanalyse EDX de la surface de la premire lectrode (23% Fe, 68% O, 8 mars)
par rapport aux teneurs obtenues pour la deuxime lectrode (36% Fe, 56% O, 24 mai)
(tableau 6). Lanalyse par ICP-Spectroscopie des teneurs en fer et en soufre la fin de
lexprience appuie ces rsultats : plus de fer est dtect dans la solution de lexprience du 8
mars (1,4 M) par rapport la teneur en fer dtecte dans lexprience du 24 mai (0,08 M)
(Tableau 7) indiquant que la dissolution du fer se poursuit dans les craquelures de la surface
de llectrode du 8 mars (Fig. 19.B).
0,3 M Fd
0,3 M Fd + 30 L hydrognase, 8 mars
0,3 M Fd + 30 L hydrognase, 24 mai
Fe (M)
0,08
0,14
0,08
S (M)
0,03
0,07
0,04
Tableau 7 : Concentrations en Fe et en S dtectes par ICP-Spectroscopie aprs 24 heures.

En conclusion, lajout de la ferrdoxine naccentue pas davantage la corrosion, au
contraire il rend le phnomne plus complexe. Par suite, le mcanisme selon lequel
lhydrognase influence la corrosion de lacier au carbone est sans doute un mcanisme de
117

catalyse directe de la rduction cathodique des protons sur llectrode qui se produit sans
besoin dun accepteur terminal dlectrons.
118

III.9. Conclusions gnrales sur les travaux raliss avec lhydrognase
Ces travaux ont permis dlucider le rle dune [Fe]-hydrognase de C.

acetobutylicum dans la corrosion anarobie de lacier au carbone. Quel que soit son tat
(active, dsactive par exposition loxygne ou dnature par chauffage) ou le milieu utilis
(phosphate 100 mM pH 7,2 et 8, phosphate 10 mM pH 7,2 et Tris HCl 50 mM pH 6,3),
lenzyme induit un anoblissement brusque du potentiel. Lajout dun accepteur terminal
dlectrons (ferrdoxine oxyde) naccentue pas davantage leffet de lhydrognase. Toutes
les expriences voques prcdemment dans la littrature ont t effectues dans des
solutions de phosphate. Lhydrognase, en oxydant le dihydrogne favorise la dprotonation
cathodique du phosphate qui est une raction rapide. Dans nos expriences, lhydrognase
induit de la corrosion mme en absence de phosphate donc le mcanisme prcdemment
voqu dans la littrature ne permet pas dexpliquer la corrosion observe en milieu Tris
HCl ; dans ce cas, le mcanisme mis en jeu est la catalyse directe de la rduction du
proton/eau par lhydrognase adsorbe sur la surface de llectrode. A notre connaissance,
cest la premire dmonstration quune hydrognase libre puisse provoquer de la corrosion en
absence de phosphate et en absence dun accepteur terminal dlectrons, c'est--dire dans des
conditions similaires aux conditions relles au sein de biofilms naturels.
Lenzyme active induit de la corrosion gnralise. Lenzyme dsactive par loxygne
protge lacier contre la corrosion, llectrode conserve son aspect miroir quel que soit le
milieu. Par contre, lenzyme dnature par chauffage jusqu bullition acclre nettement la
corrosion. Leffet le plus important sur la corrosion a t obtenu en prsence de lenzyme
dnature, le chauffage au-del de 100C, a permis de dstructurer lenzyme librant ainsi les
centres Fe-S quelle renferme. Par suite, le rle des Fe-S qui, en sadsorbant sur la surface,
catalysent la rduction des protons a t mis en lumire. Dune certaine manire, le
mcanisme par lequel lhydrognase acclre la corrosion pourrait tre rapproch du
mcanisme expliquant la corrosion induite par les BSR : les BSR rduisent mtaboliquement
le sulfate en sulfure, les ions sulfures se combinent aux ions ferreux pour former des dpts
de sulfure de fer (FeS). FeS catalyse la rduction des protons. La formation de zones
cathodiques (FeS) et anodiques (Fe) sur la mme lectrode provoque la dtrioration
acclre du matriau. Identiquement, leffet de lenzyme est certainement li la prsence
des centres Fe-S qui sadsorbent sur la surface du mtal catalysant la rduction des protons.
Les centres Fe-S possdent un effet notable sur la corrosion, mme des concentrations trs
faibles. Cet effet catalytique est plus ou moins prononc suivant leur degr doxydation, leur
disposition dans le milieu et leur disponibilit au sein de lenzyme. Selon quelle soit active,
dnature ou dsactive, lhydrognase joue un rle acclrateur ou protecteur contre la
corrosion. La versatilit du phnomne peut expliquer les rsultats controverss obtenus
jusque l dans la littrature sur limplication des hydrognases dans la CIM. Ces rsultats
pourraient expliquer pourquoi la CIM na pas lieu systmatiquement chaque fois que des BSR
et des hydrognases sont prsentes dans le milieu.
Les perspectives envisager seraient de tester les hydrognases contenues par
exemple dans les BSR, en milieux naturels, pour valuer leurs rles dans de la corrosion.
119
Chapitre IV : Geobacter sulfurreducens
Chapitre IV
Influence de
Geobacter sulfurreducens
sur la corrosion de
trois types daciers
120

IV.1. Introduction
Depuis la publication pionnire de 2002 (Tender et al.), les micro-organismes

lectroactifs anodophiles tels que Geobacter, Shewanella, Aeromonas, Escherichia font
lobjet de nombreuses recherches dans le domaine des piles combustibles cependant, ils
nont jamais t rellement tests en biocorrosion. Etudier les micro-organismes lectroactifs
dans des conditions de biocorrosion constitue ce jour une approche totalement innovante qui
conduirait obligatoirement des avances significatives dans la comprhension de la
biocorrosion et apporterait des connaissances fondamentales nouvelles sur les interfaces
matriaux / milieux vivants.
Pour une publication rapide des meilleurs rsultats, le travail effectu dans ce chapitre
est prsent sous forme de quatre articles qui ont t soumis pour tre publis aux journaux
Electrochemistry Communications, Corrosion Science et Electrochimica Acta. Lobjectif
tant de publier dans des journaux ayant des facteurs dimpact importants, nous avons t
obligs de nous conformer aux formats imposs par ces journaux. Par exemple, le nombre de
mots exigs imprativement par Electrochemistry Communications est un total de 3000 mots
incluant les figures, qui chacune, sans sa lgende, compte pour 200 mots. Aprs les articles,
une section additionnelle regroupe des rsultats complmentaires qui nont pas t inclus dans
les manuscrits.
IV.2. Justification du choix de la souche bactrienne
Les espces de la famille des Geobacteracea sont les espces prdominantes qui
colonisent naturellement les lectrodes pour la production dnergie partir de sdiments
riches en substances organiques (Bond et al. 2002 ; Tender et al. 2002 ; Holmes et al. 2004 b)
ou de dchets animaux (Gregory et al., 2005).
La bactrie Geobacter sulfurreducens fut isole en 1994 la surface de sdiments prlevs
dans un foss souill dhydrocarbures. Cette bactrie a pour dimensions 2x3x0,5 m3 (Figure
1). Cest une bactrie appartenant au groupe des proteobacteria gram ngatives, non
fermentaire, non-motile et anarobie facultative.
Figure 1 : Souche sauvage de G. sulfurreducens vue au microscope lectronique

transmission (MET) (Reguera et al., 2005). Barre : 0,2 m.
Llectroactivit de cette bactrie fut dcouverte en 2003 (Bond et al. 2003). G.
sulfurreducens est le micro-organisme qui a t le plus tudi car elle produit des densits de
courant leves dans les piles combustibles : des densits de courant jusqu' 1,1A/m ont t
121

obtenues en oxydation (Bond et al. 2003) avec un potentiel impos de 0,20 V vs. Ag/AgCl et
0,31 A/m (en valeur absolue) en rduction sous -0,50 V vs. Ag/AgCl (Gregory et al., 2004)
sur des lectrodes en graphite. Comme la squence complte du gnome de G. sulfurreducens
(Meht et al., 2003) est disponible et son systme gntique est connu (Coppi et al., 2001), les
tudes se sont principalement focalises sur cette souche.
G.sulfurreducens couple loxydation de lactate la rduction de divers accepteurs
dlectrons : citrate de fer, soufre lmentaire, Co(III)-EDTA, fumarate ou malate. De plus,
elle est capable doxyder lhydrogne en rduisant des particules de Fe(III). Elle a la capacit
doxyder lactate en CO2 en utilisant comme seul accepteur dlectrons, une lectrode en
graphite (Bond et al., 2003) ou en acier (Dumas et al., 2008 a). Par contre, elle nest pas
capable de coupler la rduction du Fe(III) avec loxydation de llment soufre, lisovalrate,
le succinate, lextrait de levure, le phnol, le benzoate, lthanol, le propanol, ou le butanol
(Cacccavo et al., 1994). Elle peut aussi rduire le fumarate en succinate ou le nitrate en nitrite
en utilisant uniquement une cathode en graphite ou en acier inoxydable comme donneur
dlectrons (Gregory et al. 2004 ; Dumas et al., 2008 b). Les transferts lectroniques aux
lectrodes se font par un mcanisme de transfert direct, limplication de pili conducteurs,
de cytochromes et de protines membranaires externes ont t dtailles dans le chapitre I,
section I.4.3.
Lespce G. sulfurreducens a t choisie pour notre tude pour plusieurs raisons. La
principale est que G. sulfurreducens est une des rares bactries capable de catalyser une
rduction lectrochimique en milieu anarobie. Ctait donc un candidat idal pour voir si le
mcanisme de transfert direct dlectrons par des cellules pouvait avoir ou non un effet en
corrosion anarobie. G. sulfurreducens possde aussi un intrt scientifique considrable dans
le domaine des piles combustibles puisquelle produit des densits de courant leves. Cette
souche bactrienne na pas besoin de mdiateur, les transferts lectroniques se font par
contact direct avec llectrode. La souche prsente galement un intrt pratique parce quelle
est commercialise donc facilement disponible sur le march et sa culture est matrise au
laboratoire puisquelle a dj fait lobjet de nombreuses tudes dans le cadre des recherches
sur les piles combustibles.
IV.3 Le travail ralis
Pour tester le rle de lespce Geobacter sulfurreducens dans la corrosion anarobie,

plusieurs tudes ont t ralises avec la souche bactrienne Geobacter sulfurreducens
(ATCC 51573) :
Des tudes lectrochimiques ont t conduites en suivant lvolution du potentiel en circuit
ouvert (Eoc), en traant les courbes de Tafel afin dvaluer les potentiels de corrosion (Ecorr)
ainsi que les courants de passivation pour les aciers inoxydables ou les courants de corrosion
pour les aciers au carbone et en traant les courbes de piqration pour les aciers inoxydables
afin dvaluer les potentiels de piqre et de repassivation. Les courbes de Tafel nont pas pu
tre traces pour toutes les expriences car des bugs ont t dcouverts dans la version 9.20
du logiciel ECLab rcemment commercialis.
Des observations en microscopies balayage, pifluorescence (confocal et/ou avec systme
Optigrid pour construire des images en trois dimensions) et force atomique ont t ralises
122

la suite des expriences lectrochimiques afin de visualiser le dveloppement du biofilm,
analyser la disposition des bactries par rapport aux sites de corrosion et estimer la taille des
piqres.
L'influence de diffrents paramtres a t tudie tels que la nature du matriau dlectrode, le
polissage, la composition du milieu, mais surtout les concentrations des composs donneurs
dlectrons (actate) et accepteur dlectrons (fumarate) dans la solution. La stratgie des
expriences a consist cultiver la souche G. sulfurreducens dans le milieu de culture
classique ATCC en prsence de 10 mM dactate et de 25 mM de fumarate durant cinq jours
30C puis injecter les inoculums (5% v./v. ou 0.5% v./v.) dans les cellules
lectrochimiques contenant des concentrations variables en donneur ou accepteur dlectrons.
123

IV.4. Article 1
Role of direct microbial electron transfer in corrosion of steels.
Accept pour tre publi sans rvision

dans Electrochemistry communications No. EC08-1670
124

IV.4.1. Principaux rsultats prsents dans larticle 1
Cet article prsente les rsultats obtenus en utilisant lacier inoxydable 304L comme
lectrode de travail dans un milieu dficitaire en actate (5 mM au lieu de 10 mM) et
contenant du fumarate (25 mM). Le fait de diminuer la concentration en donneur dlectrons
(actate) a pour but de forcer les bactries chercher une source supplmentaire dlectrons
la surface de llectrode.
Les rsultats obtenus ont permis de dmontrer :
Linjection des bactries induit un brusque anoblissement du potentiel en circuit
ouvert Eoc de 443 mV en moyenne en quelques heures, ce qui constitue une
augmentation drastique des risques de corrosion.
En absence de bactries, les valeurs du potentiel de corrosion Ecorr observes en traant
les courbes de Tafel sont plus ngatives que les valeurs du potentiel en circuit ouvert
Eoc. La rduction des protons constitue dans ce cas lunique raction cathodique. La
concentration de protons tant faible (6,3 10-8 M pH 7.2), la moindre consommation
de protons induite par le balayage de potentiel lors du trac de Tafel diminue le
courant cathodique et dplace Ecorr vers les valeurs ngatives.
En prsence de bactries, lcart entre les valeurs de Eoc et de Ecorr (dtermin par les
courbes de Tafel) est rduit indiquant que la rduction du proton ne constitue plus
lunique raction cathodique limitante : les cellules bactriennes en contact direct avec
le matriau induisent une raction cathodique supplmentaire. Cette nouvelle raction
cathodique qui sajoute la rduction des protons, augmente significativement les
risques de corrosion.
Aucun changement notable nest observable sur les parties anodiques des courbes de
Tafel aprs linjection des bactries confirmant que laugmentation brusque du
potentiel suite linjection de G. sulfurreducens est due la modification de la
raction cathodique.
La courbe de Tafel trace la fin de lexprience en prsence des bactries montre une
vague doxydation de lactate.
La prsence des bactries dcale les potentiels de piqre vers les valeurs positives. G.
sulfurreducens joue alors un rle protecteur en fournissant au matriau des lectrons
issus de loxydation de lactate.
Lors du trac des courbes de piqration, les piqres formes en prsence des bactries
sont plus nombreuses et plus larges car la propagation des piqres est plus importante.
Lanalyse des courbes de repassivation conforte ce rsultat en effet, les piqres se
repassivent plus difficilement (hysteresis leve) en prsence des bactries.
Lanalyse de surface par microscopie pifluorescence aprs coloration lacridine
orange, montre une troite relation entre lagencement du biofilm bactrien et les
zones de corrosion localise : un biofilm dense est observable autour des piqres alors
que dans les zones loin des piqres, les bactries sont disposes alatoirement. Deux
hypothses peuvent expliquer ces observations : soit les bactries colonisent
prfrentiellement les zones de dfauts structuraux du matriau o auront lieu les
piqres prfrentiellement, soit la prsence dun biofilm bactrien dense cre une zone
cathodique acclrant la corrosion localise.
125

IV.4.2. Diffrences entre Ecorr et Eoc
Les aciers inoxydables sont protgs contre la corrosion par une couche doxydes et
dhydroxydes mtalliques qui se forme naturellement la surface de lacier. La formation
continue de cette couche est contrebalance par sa continuelle dissolution, les deux
phnomnes tant trs lents. Loxydation du mtal fournit des lectrons au matriau ; ce
phnomne est lorigine des courants de passivation. Comme la vitesse de formation de la
couche doxyde est contrle par des procds chimiques, le courant de passivation est
indpendant du potentiel dans un large domaine de valeurs de potentiels (branche anodique de
la Figure 2).
Figure 2 : Dcalage de Ecorr d au dplacement de la raction cathodique de rduction des

protons.
La valeur du potentiel que prend le matriau en absence de contraintes extrieures (appele

potentiel de circuit ouvert Eoc), est contrle par lquilibre entre le courant de passivation
(lectrons gagns par le matriau) et la rduction de composs en solution (lectrons perdus
par le matriau). Dans notre cas, en labsence de bactries, la rduction de protons constitue la
seule raction cathodique (courbe en gras dans la figure 2). Cette raction est trs lente Eoc.
Durant le trac des courbes de Tafel, limposition de potentiel (balayage de potentiel la
vitesse de 0,5 mV/s) dans la direction des potentiels ngatifs, augmente la vitesse de rduction
des protons la surface de llectrode. Comme la concentration des protons est trs faible
(6,310-8 M pH 7,2), une couche de diffusion stablit au voisinage de la surface de
llectrode et la diminution de la concentration interfaciale de protons dcale la courbe
cathodique dans la direction des potentiels ngatifs (courbe en pointille dans la figure 2), en
consquence Ecorr, qui est contrl par lquilibre entre les branches anodique et cathodique,
est dcal vers des potentiels infrieurs Eoc.
126
Dans le but de confirmer cette hypothse, un travail supplmentaire a t ralis.

Lobjectif est dtudier linfluence de la raction de rduction des protons sur la variation de
Ecorr.
Dans un racteur de 0,5 L contenant un milieu ATCC strile, lexprience est conduite en
anarobiose, sous bullage continu de N2/CO2 avec un montage trois lectrodes : une
lectrode de travail en acier inoxydable 304L, une lectrode de rfrence Ag/AgCl et une
contre-lectrode en platine.
Aprs un suivi de Eoc durant deux heures, une polarisation linaire a t ralise avec une
vitesse de balayage de 0,5 mV/s de -100 mV/Eoc +200 mV/Eoc, puis un retour au potentiel
en circuit ouvert Eoc durant deux heures. Le pH a alors t diminu par ajout dune solution
dacide chlorhydrique et le test (2 h Eoc, polarisation linaire, 2 h Eoc) a t rpt. Le pH lors
de la premire polarisation tait de 7,8, puis de 6,8 lors de la deuxime polarisation, de 4,7
lors de la troisime polarisation et de 2,6 pour la dernire polarisation.
A pH neutre, lcart entre Ecorr et Eoc est important aux alentours de 70 mV, mesure que le
pH diminue, lcart entre Ecorr et Eoc se rduit, puis finalement pH 2,6, les valeurs de Ecorr et
Eoc sont gales (tableau 1).
pH
7,8
6,8
4,7
2,6
Eoc (V vs. Ag/AgCl)

-456
-335
-260
-151
Ecorr (V vs. Ag/AgCl)

-523
-412
-261
-151
Tableau 1 : Variations de Ecorr et de Eoc en fonction du pH pour lacier 304 L immerg dans
un milieu anarobie strile ATCC.
A pH neutre, la concentration de protons est trs faible, la moindre consommation de protons

induite par le balayage influence la valeur de Ecorr. A pH acide, la concentration en protons
tant leve, la consommation de protons ne dcale plus Ecorr qui reste alors gal Eoc. En
conclusion, ces expriences confirment que Ecorr est directement contrl par la diffusion des
protons.
En prsence des bactries, une nouvelle raction cathodique sajoute la rduction de protons.
Cette raction est moins sensible au transfert massique et par consquence maintient Ecorr
une valeur proche de Eoc. Cette raction cathodique supplmentaire qui a lieu des potentiels
proches de Eoc augmente significativement les risques de corrosion.
IV.4.3. Mcanismes gnraux
De rares travaux ont tudi la formation de biofilms de G. sulfurreducens sur des

lectrodes en aciers inoxydables polarises potentiel constant. Il a t dmontr que les
bactries qui stablissent en premier sur la surface du matriau sont capables dtablir un
transfert direct dlectrons avec llectrode dacier inoxydable (Dumas et al., 2008 a). Ce
transfert direct dlectrons met en jeu les composs redox qui interviennent dans la chane de
transfert lectronique interne de la bactrie (cytochromes, NAD, FAD) et qui fournissent ou
127

consomment des lectrons en fonction du potentiel de llectrode (Figure 3, mcanisme I). Le
mcanisme I constitue la raction cathodique responsable de lanoblissement de Eoc observ
dans les heures suivant linoculation des bactries. De plus, dans les tudes prcdentes, aprs
plusieurs jours de polarisation +200 mV, un biofilm bien tabli se forme la surface de
llectrode qui catalyse loxydation de lactate des valeurs de potentiels plus leves que 0
mV vs. Ag/AgCl (Figure 3, mcanisme II). Les lectrons provenant de loxydation de
lactate sont conduits travers la chane de transfert lectronique llectrode (Holmes et al.,
2006). Dans notre cas, les biofilms se sont dvelopps sans polarisation. Plusieurs jours sont
ncessaires pour que loxydation de lactate ait lieu (elle nest pas observe sur les courbes
de Tafel enregistres deux jours aprs linoculation). Par ailleurs, lors du trac des courbes de
piqration, loxydation de lactate, catalyse par les bactries retarde la formation de piqres.
Le mcanisme II illustre le fait que loxydation de lactate fournit des lectrons
supplmentaires des potentiels levs et par consquent retarde la rupture de la couche
passive donc les piqres.
Les proprits corrosive/protectrice des biofilms de Geobacter dpendent des deux
mcanismes I et II, qui dpendent du dveloppement du biofilm. Dornavant, les mcanismes
de transfert direct dlectrons par les bactries doivent tre considrs comme acteurs majeurs
dans la CIM et leur tude doit imprativement prendre en compte les diffrents paramtres qui
peuvent drastiquement modifier leur effet.
Figure 3 : Mcanismes I et II dcrits dans le texte. Notons que uniquement les cellules
bactriennes qui adhrent en premier la surface assurent le transfert direct avec
llectrode. Les cellules bactriennes qui se dveloppent ensuite lors de la croissance du
biofilm, transfrent les lectrons aux cellules bactriennes qui sont dj tablies en premier
la surface et qui jouent alors le rle de portails lectrochimiques .
128

Role of direct microbial electron transfer in corrosion of steels
Maha Mehanna*, Regine Basseguy, Marie-Line Delia & Alain Bergel
Laboratoire de Gnie Chimique, CNRS Universit de Toulouse, 5 rue Paulin Talabot,

Abstract
It has recently been discovered that many microbial species have the capacity to connect their
metabolism to solid electrodes, directly exchanging electrons with them through membranebound redox compounds, nevertheless such a direct electron transfer pathway has been
evoked rarely in the domain of microbial corrosion. Here was evidenced for the first time that
the bacterium Geobacter sulfurreducens is able to increase the free potential of 304L stainless
steel up to 443 mV in only a few hours, which represents a drastic increase in the corrosion
risk. In contrast, when the bacterial cells form a locally well-established biofilm, pitting
potentials were delayed towards positive values. The microscopy pictures confirmed an
intimate correlation between the zones where pitting occurred and the local settlement of
cells. Geobacter species must now be considered as key players in the mechanisms of
corrosion.
1. Introduction
Microbial corrosion concerns a broad variety of natural and industrial environments, in

which microbial biodiversity is extremely wide. Nevertheless, until now, only sulphate
reducing bacteria (SRB) have been acknowledged to play an obvious role in corrosion [1]. It
is generally agreed that microbial corrosion of iron alloys in anaerobic environments is
mainly due to the catalysis of a cathodic reduction of proton/water:
2H+ + 2e- H2 or 2H2O + 2e- H2 + 2OH-
(1)
SRBs act via the metabolic production of sulphide ions:

SO42- + 4H2O + 8e- S2- + 8OH-
(2)
which form iron sulphide deposits that catalyses the proton/water cathodic reduction on the
material surface [2]. Actually, the mechanisms of anaerobic biocorrosion are more complex
than this raw scheme and remain difficult to decipher. The consumption of hydrogen by SRBs
cannot have a direct effect on the corrosion rate,, because reaction 2 can be decomposed first
into the Volmer reaction:
M + H2O + e- M-Hads + OH-
(3)
(where M represents a metallic site) followed by either Tafel reaction:
129

2M-Hads 2M + H2
(4)
or Heyrovsky reaction:
M-Hads + H2O + e- M + H2 + OH-
(5)
And both Tafel and Heyrovsky reactions are rate-limiting on iron alloy surfaces.
Consumption of the hydrogen produced cannot enhance them. Nevertheless, SRBs certainly
take advantage of the hydrogen produced by the corrosion process (reaction 1), using it as
electron donor, which promotes the production of sulphides. Moreover, the enzyme
hydrogenase produced by SRBs can adsorb on steel surfaces and catalyse proton reduction
[3,4], and the presence of phosphate buffer in laboratory experiments can introduce a
supplementary cathodic reaction [5]. Finally, although SRBs are the predominant subject of
academic works, recent studies have demonstrated that biocorrosion can also occur beneath
biofilms where SRBs are not predominant [6]. New pathways still need to be deciphered.
In recent years, more and more bacteria have been shown to be able to oxidise organic
matter and to transfer the electrons produced directly to solid electrodes [7,8]. Such bacteria
can completely oxidise organic electron donors (e.g. acetates, sugars) to carbon dioxide by
using a solid electrode as electron acceptor [9]. Bacteria implement different strategies to
achieve direct electron transfer: direct contact with the electrode surface established through
membrane-bound redox compounds [10] (e.g. c-type cytochromes) or cell-to-cell networking
through conductive nanowires [11]. Some bacteria can also produce soluble electron carriers
[12]. One of the most studied bacteria, Geobacter sulfurreducens, is also able to implement
cathodic reactions, extracting the electrons required for its metabolism directly from the
surface of a cathode [13,14]. Up to now, the implication of direct electron transfer between
material surfaces and microorganisms has been evoked only once in the framework of
biocorrosion, with Desulfobacterium-like and Methanobacterium-like isolates extracted from
natural biofilms [15].
The purpose of this work was to check the possible relevance of this newly discovered
mechanism in biocorrosion by monitoring the electrochemical behaviour of 304L stainless
steel in the presence of Geobacter sulfurreducens cells.
2. Experimental
Geobacter sulfurreducens strain PCA (ATCC 51573) purchased from DSMZ was
grown in the standard medium [14] that contained 10mM sodium acetate (electron donor) and
25mM sodium fumarate (electron acceptor). The bacteria were incubated for five days at
30C. Electrochemical experiments were carried out in electrochemical reactors under
continuous N2/CO2 (80/20) bubbling, at 30C for optimum bacteria growth. The reactors were
filled with 0.5L solution identical to the culture medium but with less acetate (5mM). The
bacteria (5% vol/vol. i.e. 142 000 CFU.mL-1) were injected into the reactors after 24 hours.
Working electrodes were 2cm diameter cylinders made of 304L stainless steel and embedded
in resin. Connections were made through titanium wire protected with resin. Coupons were
polished using P120-P800 grit SiC papers and cleaned with ethanol followed by thorough
rinsing in distilled water. Electrochemical measurements were performed using a
multipotentiostat (VMP-Bio-Logic) with Ag/AgCl reference electrode and a platinum grid as
counter electrode. Tafel plots were recorded before inoculation (around 21h), two days after
130

(around 71h) and at the end of the experiment (around 237h) by scanning the potential from
Eoc-100mV to Eoc +200mV, and from Eoc-100mV to Eoc +350mV for the last one.
At the end of the experiment, electrodes were removed from the reactors and stained with
acridine orange (0.03% w/w). Scanning electron microscopy (SEM) pictures were taken with
a LEO 435 VP-Carl Zeiss SMT. Epifluorescence microscopy was performed using Carl Zeiss
Axiotech 100 microscope equipped with HBO 50/ac mercury lamp and coupled to a
monochrome, digital camera (Evolution VF). Images were treated with Image-Pro Plus 5.0
software.
Cells were first cultured in bulk solution according to the standard procedure, with 10
mM acetate as electron donor and 25 mM fumarate as electron acceptor. The culture was then
used to inoculate electrochemical cells which contained the 304L coupons in the culture
medium, but with 5mM acetate instead of 10mM. The concentration of the electron donor was
lowered in the aim of forcing the microbial cells to search for a supplementary electron source
on the steel surface. The experiment, repeated seven times, gave reproducible results (Fig. 1).
Figure 1 Variation of open circuit potential versus time in the absence and presence of G.
sulfurreducens. Fluctuations in potential that appeared around 21 h, 71 h and 237 h were due
to Tafel plot recording.
The open circuit potential (Eoc) increased quickly during the three hours following injection of
the bacteria, up to Eoc=305+22 mV (average and standard deviation from 7 experiments). It
continued to increase slowly for the next twenty hours, up to Eoc=443+51 mV. In control
experiments, injection of the sterile culture medium did not cause any Eoc increase.
Tafel plots were recorded at various times by scanning the potential around Eoc. In the
absence of bacteria (Fig. 2A), the Ecorr values given by the Tafel plots were significantly more
negative than the Eoc values. In this case, the sole cathodic reaction consisted of the reduction
of protons (reaction 2), which had a very low concentration (6.310-8 M at pH 7.2). H+
depletion in the diffusion layer that was provoked by the potential scan logically decreased
the cathodic current and consequently shifted Ecorr towards negative potential values. In the
131

absence of bacteria Ecorr was controlled by the mass transfer limitation of the cathode reaction.
In the presence of the bacteria (Fig. 2B-C) there was less than 70mV difference between Eoc
and Ecorr. It can be concluded that the cathodic reaction was no longer controlled by the masstransfer-limited proton reduction and that the presence of bacteria created a new cathodic
reaction that was less sensitive to mass transfer. The anodic part was not significantly
modified by the presence of G.sulfurreducens during the first few days, confirming that the
abrupt increase of Eoc observed during the early hours was due to the modification of the
cathodic part. The Tafel plot recorded at the end of the experiments showed a clear oxidation
wave at potential values above 0.03 V vs. Ag/AgCl, which was not observed on the Tafel
plots recorded only 2 days after inoculation. This wave was due to the oxidation of acetate
catalysed by the biofilm. As already observed on polarised electrodes, it was confirmed here
that acetate oxidation occurred only with well-established biofilms [16].
Figure 2 Tafel plots performed with a potential scan rate of 0.5mVs-1 from -100 mV / Eoc to +
200 mV / Eoc. A, without bacteria two days after injection of sterile medium. B, with G.
sulfurreducens two days after inoculation (142 000 CFU mL-1). C, from -100 mV / Eoc to +
350 mV / Eoc at t =237 h with G. sulfurreducens (142 000 CFU mL-1).
Pitting curves recorded at the end of the experiments indicated that the presence of
G.sulfurreducens shifted the pitting potential (Epit) from 840+80 mV vs. Ag/AgCl (without
bacteria) to 1009+20 mV vs. Ag/AgCl (Fig. 3). In the presence of bacteria, the abnormally
high anodic current, with regard to traditional pitting curves, that was recorded during the
scan in the positive direction was due to the biofilm-catalysed oxidation of acetate, as
observed on the Tafel plot (Fig. 2C). At high potential values, G.sulfurreducens had a clear
protective effect, due to the electrons provided to the material by the biofilm-catalysed
oxidation of acetate.
132
Figure 3 Polarisation curves (scan rate 0.5 mVs-1) towards positive potential and scan was
reversed when 0.1 mA was reached, performed at the end of the experiment (t = 240 h) in the
absence and presence of G. sulfurreducens.
SEM micrography showed that the pits were deeper in the presence of bacteria. This is
relevant with the higher hysteresis effect observed on the repassivation curves (Fig. 3). In the
presence of bacteria, pitting occurred at higher potential values and resulted in higher
propagation currents. The epifluorescence microscopy pictures recorded after the pitting
curves showed that deep pits formed predominantly in zones where the biofilm was dense
(Fig. 4A), while zones free from pits revealed only scattered microbial settlement (Fig. 4.B).
Two different hypotheses can explain this observation: i) bacteria preferentially colonise the
areas that are the most sensitive to further corrosion attacks, for instance because of local
surface defaults, or ii) the presence of a locally dense biofilm creates a cathodic area that
promotes corrosion in its vicinity. Whatever are the hypothesis, microbial settlement and
pitting zones, showed intimate local correlation.
B
Figure 4 Epifluoresence microscopy of 304L SS in the presence of G. sulfurreducens: A in
the vicinity of a pit, and B in a zone free from pits, (magnification 500x).
133

4. Conclusion
G.sulfurreducens revealed here as a main player in electron transfer between 304L

stainless steel and the surrounding medium. Experiments performed at open circuit
demonstrated that, in a medium with low electron donor concentration, G.sulfurreducens can
extract electrons from steel, causing a fast potential increase up to 443 mV, which drastically
increases corrosion risk. This reaction was due to the fast electron transfer already observed
between electrodes and G.sulfurreducens cells as soon as they settle on the electrode surface
[16,17]. In contrast, the catalysis of acetate oxidation that occurred at high potential values
only with well-developed biofilms delayed the occurrence of pitting. In this case the biofilm
revealed a protective effect. The corrosive/protective action of G.sulfurreducens on steel
surfaces depends strongly on the potential range and the age of the biofilm. From a
fundamental point of view, it has been demonstrated here that the mechanism of direct
microbial electron transfer can be of crucial importance in anaerobic biocorrosion. Moreover,
several Geobacter species have been shown to be able to achieve direct electron transfer with
solid electrodes and Geobacter species are abundant in soils, sediments and other natural
environments. Practically, these species should now be considered as possible main
contributors to biocorrosion, particularly when buried equipment is concerned.
References
1. I.B. Beech, Int. Biodeter. Biodegr. 53 (2004) 177.

2. W. Lee, Z. Lewandowski, W.A. Hamilton, Biofouling. 8 (1995) 165.
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Nature. 427 (2004) 829.
16. C. Dumas, R. Basseguy, A. Bergel, Electrochim. Acta. 53 (2008) 5235.
17. S. Parot, M.L. Delia, R. Basseguy, Electrochim. Acta. 53 (2008) 2737.
134

IV.5. Article 2
Effect of Geobacter sulfurreducens on the microbial corrosion of mild steel, ferritic steel
and stainless steels.
Article soumis Corrosion Science
135

IV.5.1. Travail prliminaire
Une premire exprience a consist tudier leffet du milieu sur la corrosion de

lacier au carbone. Lexprience a t ralise en suivant le potentiel de circuit ouvert, durant
six jours, dun acier au carbone 1145 dans un milieu dficitaire en donneur dlectrons (1 mM
actate au lieu de 10 mM et 25 mM fumarate) sous bullage continu dun mlange N2/CO2.
Linjection de 5% ou de 0,5% v./v. de bactries G. sulfurreducens, aprs 24 heures
dimmersion, induit un anoblissement de potentiel de 276 mV et de 240 mV respectivement,
trois heures aprs linjection (Figure 4). La cintique danoblissement du potentiel de circuit
ouvert dpend de la quantit de bactries mais cinq heures aprs linjection ( 29 h), les
potentiels de circuit ouvert atteignent le mme seuil et ont des valeurs similaires,
indpendamment de la quantit de bactries.
Linjection du milieu ou de la suspension bactrienne aprs filtration sur un filtre de 0,2 m
ninduit aucun anoblissement de Eoc prouvant que ce sont les cellules bactriennes qui sont
responsables de laugmentation brusque du potentiel et non un mtabolite secrt dans le
milieu.
Figure 4 : Evolution du potentiel de circuit ouvert en fonction du temps dun acier au carbone
1145 en absence et en prsence de 5% et 0,5% v. / v. de G. sulfurreducens ; 1 mM acetate, 30
mM chlorure.
Lobservation des surfaces des lectrodes la fin de lexprience montre des signes de
corrosion gnralise sur toutes les lectrodes avec un dpt plus important de fer sur
llectrode en prsence des bactries (Figure 5).
136
Figure 5 : Photos des lectrodes dacier 1145 aprs six jours dimmersion dans un milieu
contenant 5% v. / v. de (A) milieu strile, (B) filtrat, G. sulfurreducens.
Lacier au carbone possde une faible rsistance la corrosion et en prsence de 30 mM de
chlorure et aprs vingt jours dexposition, des signes de corrosion gnralise ont t observs
dans ce milieu sur toutes les lectrodes. A la suite de cette exprience, il a t dcid de
diminuer la quantit de chlorure (4 mM au lieu de 30 mM) et le temps dexposition (deux
jours au lieu de vingt jours) pour les expriences conduites avec lacier au carbone pour
pouvoir mieux distinguer entre leffet des bactries et leffet du milieu sur la corrosion.
Dans larticle 2 linfluence du matriau sur lvolution du potentiel de corrosion est

tudie. Quatre types diffrents daciers ont t tests : acier doux 1145, acier ferritique 403,
aciers inoxydables 304L et 316L, dans lordre de leurs rsistances respectives la corrosion.
L'influence du milieu sur lactivit bactrienne a galement t analyse, diffrentes
concentrations dactate (0 mM, 1 mM, 5 mM et 10 mM) ont t utilises. Linfluence de la
quantit de bactries injectes sur lvolution de Eoc a t tudie.
Dans le cas de lacier doux 1145, linjection des bactries dans un milieu dficitaire en
donneur dlectrons (1 mM actate au lieu de 10 mM), induit un brusque
anoblissement du potentiel en circuit ouvert Eoc de 320 mV dans les trois heures
suivant linjection. Les cintiques de monte de Eoc sur les premires heures
dpendent directement de la quantit de bactries injectes : lanoblissement du
potentiel est plus rapide quand 5% v./v. de bactries sont injectes au lieu de 0,5%
v./v., mais au bout de quelques heures les valeurs de Eoc deviennent similaires. La
cintique danoblissement de Eoc correspond une cintique dadhsion bactrienne
(puisquelle se produit en quelques heures) et non des changements lectrostatiques
dans la couche de diffusion (quelques secondes). Linjection de la culture bactrienne
aprs filtration sur un filtre de 0,2 m ninduit pas danoblissement du potentiel. Ce
rsultat indique que lanoblissement du potentiel est d aux bactries et non un
mtabolite relargu par les bactries puisque le filtrat contient tous les mtabolites
bactriens sans les cellules bactriennes. Lobservation microscopique des lectrodes
aprs nettoyage pour liminer les produits de corrosion montrent que les bactries
modifient les facis de corrosion de llectrode.
En prsence de lacier ferritique 403 comme lectrode de travail, linjection de
bactries (5% v./v.) dans un milieu contenant 1 mM dactate, induit un brusque
anoblissement du potentiel en circuit ouvert Eoc de 320 mV dans les trois heures
suivant linjection. Linjection du filtrat ninduit pas daugmentation de Eoc. Pour le
137
mme temps dexposition, les photos MEB montrent que les piqres sont regroupes
en prsence des bactries alors quelles sont disperses alatoirement en absence de
bactries.
Pour les aciers austnitiques, 304L et 316L, linjection des bactries dans un milieu
renfermant 1 mM dactate, induit un brusque anoblissement du potentiel en circuit
ouvert Eoc de 320 mV et de 220 mV respectivement.
Linjection de G. sulfurreducens induit un anoblissement du potentiel de circuit ouvert
Eoc sur les trois types daciers. Eoc augmente de plus de 300 mV durant les 3 heures
suivant linjection et laugmentation du potentiel se poursuit graduellement durant
cinq jours jusqu une valeur seuil ne dpassant pas 0,15 V vs. Ag/AgCl quelle que
soit la dure de lexprience ou le type dacier. G. sulfurreducens cre une raction
cathodique dans le cas de trois types diffrents daciers impliquant une augmentation
drastique des risques de corrosion.
Les valeurs de Eoc finales dpendent de la nature de lacier et sont classes dans le
mme ordre croissant de rsistance la corrosion des aciers correspondants.
Ce saut de potentiel suite linjection des bactries est observable pour les quatre
aciers tests. Notons cependant quavec les aciers austnitiques Eoc fluctue et se
stabilise plus lentement que dans le cas des aciers au carbone car pour les aciers
austnitiques, ltablissement de la couche passive est difficile matriser.
Les rsultats suivants ont t obtenus avec lacier 304L :

Laugmentation de Eoc dpend de la quantit dactate (donneur dlectrons) : en
absence totale dactate (0 mM), Eoc fluctue continuellement et il ny a pas
danoblissement de Eoc dans les trois heures suivant linjection, puisquil est difficile
aux bactries de crotre dans ces conditions limitantes. En prsence de 1 mM
dactate, la cintique daugmentation de Eoc est plus lente quen prsence de 5 mM
ou 10 mM mais au bout de 6 jours, les valeurs de Eoc atteignent le mme palier (Eoc = 10 mV/ Ag/AgCl).
En prsence dune plus grande quantit dactate, le dveloppement bactrien, valu
par la mesure de labsorbance, est plus important.
En prsence dactate (1 mM, 5 mM, 10 mM), le dveloppement du biofilm bactrien
dcale le potentiel de piqre vers les valeurs positives, de +252 mV en moyenne par
rapport aux valeurs des potentiels de piqre obtenus en absence de bactries ; G.
sulfurreducens retarde la corrosion en fournissant au matriau des lectrons issus de
loxydation de lactate.
Lors du trac des courbes de piqration en prsence dactate, les piqres formes en
prsence des bactries sont plus nombreuses et plus larges, la propagation des piqres
est plus importante.
orange, montre des zones ayant un taux de recouvrement bactrien lev (60%) et des
zones avec un faible recouvrement (16%). Des piqres importantes sont
systmatiquement observes aux alentours et en-dessous du biofilm dense. Ces
pourcentages de taux de recouvrement sont les mmes en prsence de 1 mM, 5 mM ou
10 mM dactate. Les valeurs finales de Eoc qui sont indpendantes de la concentration
en actate sont contrles par ladhsion des bactries sur la surface de llectrode
plutt que par les cellules planctoniques. Une troite corrlation est observe entre
lagencement du biofilm bactrien et les zones de corrosion localise.
138

Effect of Geobacter sulfurreducens on the microbial corrosion of mild steel, ferritic
and austenitic stainless steels
Maha Mehanna, Rgine Bassguy, Marie-Line Dlia, Alain Bergel

BP1301, 31029 Toulouse, France
Abstract
The influence of Geobacter sulfurreducens was tested on the anaerobic corrosion of four
different steels: mild steel 1145, ferritic steel 403 and austenitic steels 304L and 316L.
Within a few hours, the presence of cells induced a free potential (Eoc) ennoblement
around +0.3 V on 1145 mild steel, 403 ferritic steel and 304L austenitic steels and slightly
less on 316L. The kinetics of Eoc ennoblement depended on the amount of bacteria in the
inoculum, but the final potential value depended essentially on the nature of the material.
This effect was due to the capacity of G. sulfurreducens to create a direct cathodic
reaction on steel surfaces, extracting the electrons directly from material. The presence of
bacterial cells modified the corrosion features of mild steel and ferritic steel, so that
corrosion attacks were gathered in determined zones of the surface. Local corrosion was
significantly enhanced on ferritic steel. Potential ennoblement was not sufficient to induce
corrosion on austenitic steels. In contrast G. sulfurreducens delayed the occurrence of
pitting on 304L steel because of its capability to oxidize acetate at high potential values.
The electrochemical behaviour of 304L steel was not affected by the concentration of
soluble electron donor (acetate, 1 to 10 mM) or the amount of planktonic cells; it was
directly linked to the biofilm coverage. After polarisation pitting curves had been
recorded, microscopic observations showed that pits propagated only in the surface zones
where cell settlement was the densest. The study evidenced that Geobacter sulfurreducens
can control the electrochemical behaviour of steels in complex ways that can lead to
severe corrosion. As Geobacteracea are ubiquitous species in sediments and soils they
should now be considered as possible crucial actors in the microbial corrosion of buried
equipment.
Keywords: Microbial corrosion; Geobacter sulfurreducens;
Electrochemically active biofilms; Direct electron transfer.
Stainless
steel;
1. Introduction
Corrosion costs 4% of the GDP of industrialised countries and 20% of this cost is
estimated to be due to the action of microorganisms [1,2]. While the implication of
sulphate reducing bacteria (SRB) in anaerobic corrosion is now well accepted [3-5], recent
studies have demonstrated that SRB are not the only cause of anaerobic corrosion and that
biocorrosion can occur beneath biofilms even when SRB are absent [6]. The electron
transfer pathways that lead to microbial corrosion are far from being fully deciphered.
In addition, some bacteria have recently been shown to be able to switch from natural
soluble electron acceptors such as oxygen or nitrite to solid anodes. The so-called
anodophilic bacteria naturally adhere to the anode surface and catalyze the oxidation of
139

organic compounds, transferring the electrons produced directly to the anode [7-9]. One of
the most widely studied anodophilic species, Geobacter sulfurreducens, has been shown
able to completely oxidize organic electron donors, generally acetate, to carbon dioxide by
using only an electrode as electron acceptor [10-12]. Direct electron transfer to solid
electrodes, without the need for soluble electron mediator, is achieved through
periplasmic and outer membrane c-type cytochromes. The genome of G. sulfurreducens
encodes 111 c-type cytochromes, which implies a significantly higher number of
cytochrome genes than reported in any other organism whose sequence is available [13].
OmcS (Outer membrane cytochrome S) and, to a lesser extent, OmcE have been shown to
be important in electron transfer to electrodes. OmcB, which is required for optimal
electron transfer to Fe(III) oxide and Fe(III) citrate particles, was not required for electron
transfer to a solid electrode [14]. Outer membrane proteins such as OmpJ and even some
kind of conductive pili that serve as biological nanowires are also involved in the electron
transfer chains, mainly to Fe(III) and Mn(IV) oxides [14]. Conductive pili do not seem to
be absolutely required for electron transfer to solid anodes but may contribute to cell to
cell electron transfer in thick biofilms [16,17]. This demonstrates the complexity of the
electron transfer pathways, but also the variety of tools that such bacteria possess to
implement direct electron transfer with particles and solid electrodes.
On the other hand, G. sulfurreducens has also been demonstrated to catalyse the reduction
of nitrate to nitrite or fumarate to succinate with a graphite electrode serving as sole
electron donor [18]. Recently both the direct oxidation of acetate [12] and the direct
reduction of fumarate [19] have been performed with stainless steel electrodes under
constant polarization. G. sulfurreducens was thus demonstrated to be able to achieve
efficient direct electron transfer with stainless steel material under constant polarization.
Moreover, our last work has demonstrated that these reactions could drastically affect the
electrochemical behaviour of 304L stainless steel coupons at open circuit [20]. A cathodic
reaction occurred as soon as the bacterial cells came into contact with the material surface
and provoked the ennoblement of the free potential by more than 300 mV in a few hours
only and up to 443 mV after a few days. In contrast, well-established biofilms were shown
to delay pitting of the material. Pitting curves recorded in the presence of mature G.
sulfurreducens biofilms showed pitting potentials more than 200 mV higher than in the
absence of bacteria. This effect has been attributed to the oxidation of acetate that occurs
at anodic potential during the potential scan, shielding the material from pitting. To the
best of our knowledge, this was the first time that such a mechanism of direct electron
transfer between material surface and bacterial cells was clearly demonstrated in the field
of corrosion. Direct electron transfer between material surfaces and microorganisms had
been suggested only once previously in the framework of corrosion, with
Desulfobacterium-like and Methanobacterium-like isolates extracted from natural
biofilms [21].
G. sulfurreducens, previously classified as a strict anaerobe, tolerates exposure to
atmospheric oxygen for at least 24h and can grow with oxygen as the electron acceptor.
Growth on oxygen required that the cells be pregrown on fumarate and then inoculated in
a medium low in fumarate (5 mM instead of 20 mM) with multiple additions of 5%
oxygen [22]. Geobacter species may thus survive in oxic subsurface environments, being
poised to rapidly take advantage of the development of anoxic conditions. These findings
are important for corrosion which is known to be favoured by the presence of both oxic
zones and anoxic zones. Geobacter being ubiquitous species in sediments and soils, the
electrochemical effect they can induce on materials may be of crucial concern for the
140

corrosion of buried industrial equipment such as off-shore and harbour structures, oil and
gas pipes and buried storage tanks.
The purpose of this study was to assess the possible influence of G. sulfurreducens on the
corrosion of different kind of steels. Mild steel 1145, ferritic steel 403 and stainless steels
304L and 316L were tested in the presence of G. sulfurreducens using electrochemical
techniques and microscopy. Cells were first cultured in standard medium with a soluble
electron donor (acetate) and soluble electron acceptor (fumarate). This culture was used to
inoculate the electrochemical reactors, which contained the metallic coupons immerged in
a solution with a lower concentration of electron donor (acetate). It was expected that
lowering the concentration of soluble electron donor should unbalance the redox state of
the bacterial cells and thus favour electron extraction from the material. Epifluorescent
microscopy of the coupon surfaces helped in ascertaining the role of the bacterial biofilm.
2. Experimental
2.1. Metal sample preparation

Working electrodes were 2-cm-diameter cylinders made of either mild steel 1145, ferritic
steel 403, or austenitic steels 304L or 316L (elemental composition by weight percentage
given in Table 1) embedded in insulating resin (Resipoly Chrysor). The electrical
connection was made through titanium wire protected with resin. Coupons were
successively polished with SiC papers of P120, P180, P400, and P800 grit (Lam Plan) and
rinsed thoroughly with distilled water.
Table 1
Chemical composition of the steels (wt %)
Alloy
1145
403
304L
316L
Ni
0.1
9.68
10.69
C
0.46
0.08
0.02
0.03
Mn
0.65
1
1.43
1.41
Cu
0.11
0.35
0.33
Si
0.31
1
0.35
0.33
S
0.032
0.03
0.03
0.02
P
0.01
0.04
0.03
0.04
Mo
0.02
0.40
2.10
Cr
0.1
11.5/13.5
18.26
17.09
2.2. Microbiological culture and inoculation

Geobacter sulfurreducens strain PCA (ATCC 51573) was purchased from DSMZ
(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen). The growth medium
contained 28 mM NH4Cl, 5 mM NaH2PO4, 1.3 mM KCl, 29.7 mM NaHCO3, 10 mM
sodium acetate (electron donor), 25 mM sodium fumarate (electron acceptor), 10 mL L-1
vitamin mix (ATCC MD-VS) and 10 mL L-1 trace mineral mix (ATCC MD-TMS) (pH
7.2). The bacteria were incubated in the growth medium under anaerobic conditions for
five days at 30C. The number of planktonic cells was evaluated by measuring the
absorbance at 620 nm. The absorbance was correlated to cell forming units per millilitre
(CFU mL-1) by calibration formula [11]:
[CFU.mL-1] = OD620nm * 472 067
The reactor medium contained the same components as the culture medium but with
lower concentrations of acetate. Experiments were carried out in 0.5 L electrochemical
141

reactors, with continuous N2/CO2 (80/20) bubbling, at 30C for optimum bacterial growth.
The electrochemical reactors were inoculated at time t = 24 h with 5% v/v or 0.5% v/v
bacterial culture containing 142000 CFU mL-1. At the end of the experiments, the amount
of acetate was measured using an enzymatic kit (Essigsaure (Acetate), R-Biopharm).

All electrochemical measurements were carried out in 0.5 L electrochemical reactors with
a three-electrode system. Working electrode potentials were referred to an Ag/AgCl
reference electrode. In the conditions of the study, the potential of the reference was E =
0.31 V vs. SHE. A platinum grid served as the counter electrode. Measurements of open
circuit potentials (Eoc) were made and pitting curves were plotted using a multipotentiostat
(VMP-Bio-Logic). Pitting curves were recorded at 0.5 mV s-1. The potential scan was
reversed when the current reached the value of 0.1 mA, which was considered to
correspond to the formation of stable pits. Pitting potential (Epit) was taken to be equal to
this upper potential value. The repassivation potential (Erep) was determined when the
current returned to zero during the reverse potential scan.
2.4. Microscopy methods

At the end of the experiment, the electrodes were removed from the reactors and stained
with a solution (0.03% w/w) of acridine orange (A6014, Sigma). Scanning electron
microscopy (SEM) pictures were taken using a LEO 435 VP-Carl Zeiss SMT at 1000x
and 1000 Kx magnification working at 10 kV acceleration voltage. The depth of the pits
was evaluated by the displacement of the lens required to focus the image of the periphery
of the pit and then inside at its bottom.
Epifluorescence images were taken with a confocal Leica laser SP2 microscope using an
argon laser (emission = 488 nm) (magnification x 400). Images were treated with the LCS
Light Leica software.
A Carl Zeiss Axiotech 100 microscope was also used to analyse the electrode surfaces
(magnification x 100) with a HAL 100 lamp. Images were acquired with a monochrome
digital camera (Evolution VF) and processed with the Image-Pro Plus 5.0 software.
When indicated, the coupons were cleaned in order to remove the corrosion products
before being imaged. The electrodes were cleaned in a solution containing 50% v/v HCl
(36%) and 5 g L-1 corrosion inhibitor, hexamethylentetramine C6H12N4, in an ultrasonic
cleaning machine (Ultrasonic T950/H Prolabo) at ambient temperature for thirty seconds,
followed by thorough rinsing with distilled water.
3.1. Influence of Geobacter sulfurreducens on different steels

Geobacter sulfurreducens cells were cultured for five days following the standard
procedure in ATCC culture medium that contained 25 mM fumarate as electron acceptor
and 10 mM acetate as electron donor. The culture was used to inoculate 0.5 L
electrochemical reactors, generally at 5% v/v, which corresponded to 7100 CFU mL-1 into
142

the reactors. The metallic coupons were set up in the reactors 24 hours before inoculation
and kept under continuous N2/CO2 (80/20) flow. The electrochemical reactors contained
the culture medium but with lower concentration of acetate, 1 mM instead of 10 mM, with
the objective of unbalancing the redox state of the bacterial cells, forcing them to search
for a new source of electrons on the material surface. The concentration of electron
acceptor (fumarate) was kept the same as in the culture medium (25 mM). Four different
materials were tested: mild steel, ferritic and austenitic 304L and 316L stainless steels.
3.1.1. Mild steel

Figure 1 shows the variation of the open circuit potential (Eoc) as a function of time for
eight separate experiments performed with mild steel. In this case only, the medium
contained 1 mM of chloride instead of the usual amount (30 mM) in order to limit uniform
corrosion and the experiments were stopped after only 48 hours. Addition of 5% v/v G.
sulfurreducens cells after 24 h induced an increase of the open circuit potential of around
0.32 V in less than 3 hours. When only 0.5% v/v G. sulfurreducens cells were injected,
Eoc increased more slowly, rising by around 0.22 V to stabilize after 4 h. In each case, the
potential increased gradually over a few hours, indicating that it was not related to
electrostatic changes in the double layer capacity. Electrostatic phenomena due to the
injection of microbial cells near steel surfaces have already been identified, but the time
scale of such phenomena is seconds [23]. The kinetics of Eoc increase observed here were
fully consistent with bacterial adhesion on a solid surface, which requires a few hours to
stabilize. Moreover, the rate of potential ennoblement was directly related to the amount
of the bacteria injected. Control experiments were performed by injecting only the fresh
culture medium or the bacterial inoculum after filtration through a 0.2 m filter. This
filtrate contained all the components of the bacterial inoculum except the bacterial cells.
The control experiments did not show any change in Eoc. Potential ennoblement was
consequently due to the contact of bacterial cells with the surface and not to a component
released in the medium. The coupons removed from the reactors after 48 hours presented
significant uniform corrosion, both in the presence of bacteria and for control
experiments. Coupons were cleaned to remove the corrosion products and imaged by
microscopy (Figure 2). Coupons coming from control experiments exhibited uniform
corrosion features, and the polishing stripes had almost completely disappeared. In the
presence of bacteria, the images showed more contrasted patterns, with large clear zones
that seemed not to be significantly affected by corrosion, as the polishing stripes remained
perfectly visible on them, and large dark zones which indicated marked corrosion attack.
A similar corrosion pattern has already been observed in the case of microbial corrosion
induced by SRB [5]. It has been attributed, in this case, to the microbial production of iron
sulphide which catalyses the cathodic reaction of proton reduction. The corrosion
occurred preferentially in the vicinity of the zones where iron sulphide deposited, that is to
say where the bacterial cells developed. Similarly, here the presence of bacteria changed
the corrosion pattern by grouping corrosion attack into large zones while, in contrast, the
zones where the cells grew and set up cathodic electron transfer were protected against
corrosion.
143
Figure 1. Variation of the open circuit potential with time (first 30 hours) for 1145 mild steel
in the presence of G. sulfurreducens (5% and 0.5% v/v), 1mM acetate; control experiments
were carried out by injecting the culture medium only or the inoculum after filtration at
0.2m.
(A)
(B)
144
(C)
Figure 2. Microscopy picture of 1145 mild steel coupons at the end of 48 hours immersion,
with injection at 24 hours of 5% v/v of A) fresh culture medium, B) culture solution after
filtration, C) G. sulfurreducens culture solution (magnification x 100).
3.1.2. Ferritic stainless steel

Two independent experiments performed with ferritic steel 403 in the presence of 5% v/v
G. sulfurreducens gave identical potential ennoblement values of around 0.35 V (Figure
3). No Eoc increase was observed in the control experiment with 5% filtrate or 5% medium
injected.
Figure 3. Variation of the open circuit potential with time (first 100 hours) for ferritic steel
403 in the absence and presence (5% v/v) of G. sulfurreducens; 1mM acetate.
At the end of the experiment (350 hours) the number of corroded zones was globally the
same in the presence of the bacteria or with the filtrate injected, but the size and the
distribution of these zones were different. The presence of G.sulfurreducens induced
145

larger and deeper corroded areas that were grouped together whereas in the absence of the
bacteria, small corroded areas were randomly distributed (Figure 4). In the presence of 5%
G. sulfurreducens, SEM micrographs showed large and deep corroded areas of 5.6 m in
diameter and 4.7 m depth on average. Only smaller corroded areas appeared on the
control electrode (5% of filtrate), 1.8 m in diameter and 2.3 m depth on average.
Figure 4. SEM micrographs showing corrosion on ferritic steel after exposure in a medium
containing 5% v/v of (A) culture solution after filtration, (B) G. sulfurreducens.
3.1.3. Stainless steels

Similar experiments were performed with 316L stainless steel. 5% v/v G. sulfurreducens
provoked a fast Eoc ennoblement around Eoc = 0.21V, from -0.20 V to +0.01 V vs.
Ag/AgCl, then Eoc fluctuated for days and finally stabilised around 0.00 V vs. Ag/AgCl.
Seven experiments performed with 304L stainless steel in the presence of 5% v/v G.
sulfurreducens gave the same general behaviour: for five experiments Eoc ennoblement in
3 hours (from inoculation at time = 24h to 27h) was in the range between 0.21 V and 0.37
V; the other two experiments gave Eoc ennoblement of around only 0.04 V in 3 hours but
it reached 0.34V 12 hours after inoculation. Injection of 0.5% v/v G. sulfurreducens
increased Eoc also by 0.34 V (from -0.33 V to +0.01 V vs. Ag/AgCl) but with slower
kinetic, similarly to what was observed with mild steel. 50 hours after inoculating, Eoc
always reached similar values, regardless of the quantity of bacterial cells (5% or 0.5%
v/v). No significant jump of Eoc was observed in the absence of bacteria but Eoc increased
smoothly over several days in the control experiments (Figure 5).
146
Figure 5. Variation of the open circuit potential with time for 304L stainless steel in the
absence and presence of G. sulfurreducens (5% and 0.5% v/v); 1mM acetate.
Eoc ennoblements recorded 3 hours after inoculating (from t = 24 h to t = 27 h) are

reported in Table 2 for the four materials tested. In the case of mild steel 1145 and ferritic
steel 403, the free potential reached a stable plateau after t = 27 hours. In contrast, the free
potential fluctuated and reached stability only around t = 150 h in the case of 304L and
316L steels. Three hours after inoculation, the standard deviation for the potential
ennoblements E (24h-27h) obtained from different experiments was low for 1145 or 403
steels (of the order of + 0.01), expressing fine reproducibility of the measures, while the
deviation was one order of magnitude greater for austenitic steels (+ 0.1). The coupons
were immerged into the solution just after polishing. In the case of stainless steels the
concomitant formation of the passive layer and its evolution was probably the source of
the fluctuations of the free potential. At 150 h, when the free potential of stainless steels
reached a stable plateau, the standard deviation decreased indicating a stabilization in the
passive layer: for seven independent experiments performed with 304L, E (24h-150h)
was 0.32 V with a standard deviation of only + 0.06 V.
Table 2
Potential ennoblement provoked by inoculation with 5% v/v G. sulfurreducens, 1 mM
acetate; E was measured 3 hours after inoculation (27h-24h). Final Eoc is the open
circuit potential value at t=48h for mild steel and at t=150h for ferritic steel and austenitic
steels. Mild steel was not left longer in the medium because of generalized corrosion.
Types of steel
E (V)
Final Eoc (V vs. Ag/AgCl)
Mild steel : 1145

Ferritic steel : 403
Austenitic steel : 304L
(average
value
and
standard deviation from 7
experiments)
Austenitic steel : 316L
0.31; 0.33
0.35; 0.36
0.20+0.13
-0.29; -0.29
-0.29; -0.31
-0.02+0.02
0.22
0.00
147

Explanations reported in the literature for potential ennoblement in aerobic environments
are commonly based on the enhancement of the cathodic reaction of proton reduction. All
experiments performed here showed a clear Eoc ennoblement. In the case of 304L stainless
steel, this Eoc ennoblement has been explained in our previous work by the capacity of
G.sulfurreducens cells to implement direct electron transfer from stainless steel. This
reaction involves only the redox compounds that constitute the electron transfer chain of
the cell and can thus be implemented as soon as the cells settle on the material surface
(pathway I of the scheme of Figure 6). The same phenomenon was demonstrated here to
occur on mild steel and ferritic steel. This cathodic reaction resulted in two groups of
values for the final Eoc, corresponding to mild steel and ferritic steel on one hand, and
austenitic steels on the other hand (Table 2). The Eoc value results from the balance
between the cathodic reaction (extracting electrons from the material) and the anodic
process (providing the bulk material with electrons). The anodic process is controlled by
free corrosion for mild and ferritic steels, and it is due to the development of the passive
layer for 304L and 306L. The anodic currents linked to free corrosion have higher values
than the currents related to a passive layer. The cathodic reaction created by the presence
of G. sulfurreducens induced the greatest shift of Eoc towards positive values for the
materials that had the smallest anodic current. This is fully consistent with the different
values of the final Eoc recorded here.
The G. sulfurreducens-driven cathodic reaction was not strong enough to initiate
corrosion of austenic steels in the conditions of the experiment. In contrast, G.
sulfurreducens showed here that it was able to modify the corrosion features of mild steel
and to increase local corrosion of ferritic steel. It can be concluded that the cathodic
reaction can be created by G. sulfurreducens cells independently of the kind of steel, with
important consequences on corrosion in the case of less alloyed steels.
Pathway-I
ee-
Red1
Ox2
Ox1
Red2
CO2
Pathway-II
Acetate
ee-
CO2
ee-
Acetate
Figure 6. Pathway I and II as described in the text [12].
148

3.2.Influence of acetate concentration on the electrochemical behaviour of 304L stainless
steel
The impact of varying the concentration of the electron donor (acetate) was studied on 304L
stainless steel in the presence of 5% v/v G. sulfurreducens (Figure 7).
Figure 7. Variation of Eoc of 304L stainless steel with time in the presence of 5% v/v G.
sulfurreducens in a medium containing different concentrations of acetate.
When the medium did not contain any acetate (0 mM), no potential ennoblement was
observed in the three hours following the injection of bacterial cells, but Eoc fluctuated
with no reproducible pattern. Actually, it was very difficult for the bacteria to grow in
these very stressful conditions. In fact a very low concentration of acetate was present due
to the amount that had not been consumed in the volume of the inoculum. This low
concentration was enough for the cells to survive, as confirmed by the measurement of
CFU at the end of the experiment (Table 3), but the stress induced required several days
acclimation, before an effect could be observed on the Eoc. With 1 mM acetate in the
medium, the potential ennoblement was slower than with higher concentrations
nevertheless, after 150 hours, Eoc values were similar whatever acetate concentration.
Even with 10 mM acetate, the potential increase was identical, indicating that it was not
absolutely necessary to diminish the concentration of electron donor and provoke an
imbalance in the redox state of the cells to promote a cathodic reaction. Absorbance and
pH were measured at the end of each experiment. Absorbance and pH increases were
directly related to planktonic bacterial growth in the reactors. With 1 mM acetate,
planktonic growth was not significantly higher than without acetate but it was sufficient to
stabilize the electrochemical results. Planktonic growth directly depended on the acetate
concentration, which confirmed a limitation related to the electron donor. In contrast,
149

varying the acetate concentrations from 1 mM to 10 mM did not affect the
electrochemical behaviour of the material. Eoc increase was consequently not directly
controlled by the planktonic bacterial population.
Table 3
Comparison of the potential ennoblement of 304L stainless steel for 3 hours E (24h27h) and 126 hours E (24h-150h) after inoculation with 5% v/v G. sulfurreducens in a
medium containing different concentrations of acetate. The minimum and maximum E
values are given for the number of experiments indicated in brackets. Absorbance and pH
were measured at the end of the experiments (t = 500 h).
[actate]
(nb of experiments)
Min and max

E (24h-27h) V
Min and max

E (24h-150h) V
[CFU.mL-1]
pH
0 mM
(3)
1 mM
(7)
5 mM
(7)
10 mM
(1)
fluctuations
fluctuations
70 810
6.97
0.04 ; 0.37
0.29; 0.45
94 410
7.03
0.29; 0.34
0.39; 0.54
122 740
7.05
0.36
0.41
207 710
7.12
At the end of each experiment, pitting curves were recorded at 0.5 mV s-1. Fig. 8 presents
an example of the pitting curves obtained after 20 days immersion in the absence and in
the presence of bacteria with 1 mM acetate.
Figure 8. Pitting curves (scan rate 0.5 mV s-1) after 20 days immersion in a medium
inoculated with 5% v/v bacteria or in the absence of bacteria.
150

As observed in Fig.8, and confirmed by all experiments reported in Table 4, the presence
of the bacteria delayed the occurrence of pitting. Varying the concentration of acetate
from 1 to 10 mM did not have any significant effect on Epit. It has been shown that
G.sulfurreducens biofilms catalyse the electrochemical oxidation of acetate on stainless
steel anodes polarized at potentials higher than around 0.2 V vs Ag/AgCl [12]. Actually,
the bacterial cells that settled first on the surface can achieve direct electron transfer with
the material. At low potential value this process leads to the cathodic reaction that was
observed here at open circuit. The bacterial colonies that further develop around the firstsettled cells can use acetate as electron source and, when the potential of the material is
high enough, release the electron to the material through the first-settled cells (Pathway II
of Figure 6) [12]. Here this reaction occurred during the potential scan and gave a
supplementary source of electrons that changed the behaviour of the passive layer at high
potential and resulted in delaying the pitting potential for more than 0.2V. The oxidation
reaction also helped the passive layer to rebuild during the reverse potential scan, resulting
in an increase of the repassivation potential of 0.2V with low acetate concentrations and
up to 0.3V with the higher acetate concentrations (Table 4). For both pitting and
repassivation phenomena, the occurrence of the biofilm-catalyzed acetate oxidation finally
resulted in a significant shield effect against corrosion.
Table 4
Pitting potential (Epit) and repassivation potentials of 304L stainless steel in the presence
and absence (control) of G. sulfurreducens (5% v/v) with different concentrations of
acetate. The average value, [the maximum and minimum values] and (the number of
experiments) are given in each case.
[actate] Epit Geobacter

(V vs Ag/AgCl)
Epit control
(V vs Ag/AgCl)
1 mM
0.80 [0.79; 0.80]

(3)
0.84 [0.76; 0.95]
(5)
0.86
(1)
5 mM
10 mM
0.98 [0.86; 1.09]

(3)
1.09 [1.07; 1.11]
(7)
1.05
(1)
Erepassivation
Geobacter
(V vs Ag/AgCl)
0.49 [0.39; 0.60]
(3)
0.64 [0.62; 0.65]
(7)
0.60
(1)
Erepassivation
control
(V vs Ag/AgCl)
0.23 [0.17; 0.28]
(3)
0.35 [0.26; 0.47]
(5)
0.30
(1)
Pictures of the coupons after the pitting experiments showed a few small pits in the
absence of bacteria (Figures 9A and C) while more marked pits were observed on the
coupons immersed in the presence of bacteria (Figures 9B and D), especially in the
medium that contained 5 mM acetate. This difference may be explained by the higher
potential values at which pitting finally occurred in the presence of bacterial cells. The
presence of G. sulfurreducens delayed the pitting potential by more than 250 mV but, in
turn, when the passive layer was finally disrupted, pitting found higher energy available
for its propagation.
151
Figure 9. 304L stainless steel coupons after 500 hours immersion and after recording of the
pitting curve; (A) acetate 1 mM no bacteria; (B) acetate 1mM, 5% v/v G. sulfurreducens; (C)
acetate 5mM no bacteria; (D) acetate 5mM, 5% v/v G. sulfurreducens.
Observing the coupons by epifluorescence microscopy showed that pitting always occurred in
zones that exhibited dense biofilm coverage (Figure 10A), whereas the zones with only a few,
randomly distributed bacteria were free from significant pitting (Figure 10B).
(A)
(B)
Figure 10. Epifluorescence microscopy of the same 304L stainless steel electrode after 240
hours in the presence of 5% v/v G.sulfurreducens, in a medium containing 5mM acetate; (A)
dense biofilm in the vicinity of a pit; (B) few bacteria randomly distributed in the zones free
from pitting. (Magnification x 100).
152

The epifluorescence pictures were numerically processed to measure the surface coverage
ratio of bacterial cells. Each value given in Table 5 was averaged on 20 different spots on
each coupon. The existence of two distinct types of bacterial settlement was confirmed,
with dense zones that exhibited a biofilm coverage ratio higher than 60%, and zones
presenting only scattered cells with a coverage ratio of approximately 16%. The less
covered surface zones seemed to result from cells that adhered to the surface and did not
develop further. In contrast, the densest zones clearly showed biofilm development with
formation of a matrix of exopolymeric substances (EPS). The concentration of acetate
from 1 to 10 mM did not affect the coverage features. This is in full agreement with the
independence of the potential ennoblement with regard to acetate concentration (Table 4).
The electrochemical behaviour of the material was not affected by the concentration of
planktonic cells, which depended on acetate concentration (Table 3), but was confirmed to
be controlled by the adherent cells, the configuration of which was not affected by acetate
concentration (Table 5).
Table 5
Ratio of the surface area covered by adherent cells in the vicinity of pits and in zones
away from pits. Each value is the average of twenty different spots. Same samples as in
Table 4.
[actate]
Vicinity of a
pit
Away
pits
1 mM
5 mM
10 mM
61+19
64+17
60+29
16+7
16+7
16+3
from
SEM pictures showed large, deep pits and confirmed the presence of bacteria in their
close vicinity (Fig. 11), whereas no pits were observed far from the zone of dense biofilm
coverage. The presence of G.sulfurreducens biofilm delayed the occurrence of pitting but
pit propagation proved to be intimately linked to the densest bacterial coverage : the
significant pits were always observed in the vicinity or beneath the dense biofilm zones.
Pitting did not occur in the same range of potential values in the control experiments and
in the experiments performed in the presence of bacteria, it is consequently not possible to
choose formally between two different hypotheses to explain the link between biofilm and
pitting location:
i) either the biofilm really promotes pit propagation, in this case it would be directly
responsible for pitting propagation in its vicinity,
ii) or the biofilm only develops preferentially on the sites that are then the most
sensitive to pit propagation, in this case the bigger pits observed in the presence of
bacteria would only be due to the highest potential values that were reached, the biofilm
only detects the zones that are the most sensitive to further corrosion, because of surface
defects or inclusions for example.
153
(A)
(B)
(A)
Figure 11. SEM picture of the same 304L stainless steel electrode after 240 hours in the
presence of 5% v/v G.sulfurreducens in a medium containing 5mM acetate, showing a high
biofilm coverage in the vicinity of pits (A, A) while only scattered bacteria cells are observed
far from pits (B). Magnification 1000 x for pictures A, B and 1000 Kx for pictures A.
4. Conclusions
G. sulfurreducens cells adhering to the surface of the steels induced a free potential
ennoblement of the order of 0.35 V in only a few hours on 1145 mild steel and 403 ferritic
steel, and of 0.35 V on 304L and 316L austenitic steels. The kinetics of Eoc ennoblement
on the first hours following bacterial injection depended on the amount of bacteria in the
inoculum, but the final potential value depended mainly on the nature of the material. The
corrosion features of mild steel and ferritic steel were modified by the presence of bacteria
with corrosion attacks gathered into determined zones of the material surface. Local
corrosion was significantly enhanced on ferritic steel. Potential ennoblement was not
sufficient to induce corrosion on austenitic steels. In contrast, during the pitting
polarization test, the capability of the mature G.sulfurreducens biofilms to oxidize acetate
at high potential values modified the behaviour of the passive layer resulting in delaying
the occurrence of pitting and improving repassivation. Nevertheless, the propagation of
pits proved to be intimately linked to the local presence of dense biofilm on the steel
surface.
It was demonstrated here that Geobacter sulfurreducens plays a major role in the control
of the electrochemical behaviour of different kinds of steels, with different mechanisms at
free corrosion potential and at more positive potential values. It modifies the corrosion
features for the less alloyed steels and changes the resistance to pitting and the pit
propagation rate for austenitic steels. As Geobacter sp. are ubiquitous species in
sediments and soils, with the capability for some species to survive in oxic zones, they
should now be considered as a serious source of microbial corrosion for buried equipment.
Their presence should now be sought in any field case dealing with microbial corrosion of
steels in sediments or soils.
154

Acknowledgements
This work was supported by a grant from CNRS-DRI (department ST2I). It was part of
CNRS work for the European network Surfaces of materials in living environments
(SMILE). We acknowledge, Dr. Damien Fron from CEA-Saclay (France) for numerous
helpful discussions, from the Laboratoire de Gnie Chimique, Luc Etcheverry for his
technical support, Dr. Benjamin Erable for his scientific help and Marie-Line de Solan for
SEM facilities.
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156

IV.5.3. Rsultats supplmentaires
La figure 6 ci-dessous illustre lvolution du potentiel de circuit ouvert en fonction du

temps de lacier inoxydable 316L en absence et en prsence de G. sulfurreducens (5% v. / v.)
pour diffrentes concentrations dactate (0 mM, 1mM). Cette exprience na pas t
reprsente dans larticle.
Linjection de 5% de G. sulfurreducens induit une augmentation de Eoc de 220 mV environ,
six heures ( 30 h) aprs linjection ( 24 h). La cintique danoblissement de Eoc sur les
premires heures dpend de la quantit de donneur dlectrons : en absence dactate (0 mM),
la cintique est plus lente car il est plus difficile pour les cellules bactriennes de sadapter
dans ces conditions stressantes alors quen prsence de 1 mM dactate, la cintique est plus
rapide. A 30 h, les valeurs des potentiels de circuit ouvert sont les mmes indpendamment de
la quantit initiale dactate. Linjection du milieu ninduit aucun anoblissement de Eoc.
Figure 6 : Evolution du potentiel de circuit ouvert en fonction du temps dun acier inoxydable
316L en absence et en prsence de (5% v./v.) de G. sulfurreducens ; 30 mM chlorures.
157

IV.6. Article 3
Geobacter species enhances pit propagation on stainless steel in a medium lacking with
electron donor.
Soumis Electrochemistry communications.
158

Larticle 3 prsente les rsultats obtenus en utilisant lacier inoxydable 304L comme
lectrode de travail en absence dactate (0 mM au lieu de 10 mM) et contenant du fumarate
(25 mM). Le fait de supprimer totalement le donneur dlectrons (actate) a pour objectif
dtudier si les bactries sont capables de survivre en utilisant directement les lectrons de
llectrode et de ce fait provoquer la corrosion de lacier. Les rsultats obtenus ont permis de
dmontrer :
Il ny a pas daugmentation significative de Eoc en absence des bactries et les valeurs
de Eoc pour les tmoins ne varient pas quelque soit la concentration dactate.
En absence dactate, les potentiels de piqres sont similaires en absence et en
prsence de bactries mais les courants de propagations sont plus importants en
prsence des bactries suggrant la prsence de piqres plus importantes.
Ltude de la morphologie des piqres par microscopies balayage et force
atomique confirme que dans un milieu ne contenant pas de donneur dlectrons
(actate), les piqres sont dix fois plus larges et plus profondes en prsence des
bactries quen leur absence.
Dans un milieu ne contenant pas dactate, le biofilm de G. sulfurreducens promeut la
propagation des piqres.
orange, montre quen absence dactate, le signal fluorescent rouge est faible. LARN
mettant mission = 630 nm (rouge), ce signal rouge faible indique un faible
dveloppement bactrien. Par contre, en prsence dactate (10 mM), les bactries
fluorescent fortement dans le rouge indiquant une activit bactrienne importante
(rsultats prsents dans la section IV.6.2 ci-dessous). Ces rsultats sont confirms par
lestimation du nombre de cellules planctoniques, le nombre dunits formant colonies
(UFC/mL) qui est trois fois suprieur en prsence dactate quen son absence.
IV.6.2. Analyse par pifluorescence
A la fin des expriences, les lectrodes ont t retires des racteurs lectrochimiques
et marques avec une solution dacridine orange (0,03%) durant 10 minutes lobscurit puis
immerges doucement dans leau distille pour liminer lexcs dacridine.
La microscopie confocale pifluorescence couple au marquage lacridine orange a permis
de distinguer les cellules actives (fluorescence rouge lie lARN) des cellules mortes ou
inactives (fluorescence verte lie lADN). La longueur donde dexcitation est excitation =
490 nm. LADN met mission = 530 nm (vert) et lARN met mission = 630 nm (rouge).
En prsence de 10 mM dactate, le signal fluorescent rouge est puissant indiquant un taux
lev dARN qui est corrl une importante activit viable du biofilm dans le milieu
complet (Figure 7.A).
Dans le milieu ne contenant pas dactate, le signal rouge fluorescent est faible indiquant une
faible activit viable pour le biofilm dans le milieu ne contenant pas dactate (Figure 7.B).
Labsence de donneur dlectrons dans le milieu est stressante pour les bactries qui se sont
dveloppes grce, uniquement, au faible taux dactate prsent dans linoculum. Ces
rsultats confortent le comptage du nombre de cellules planctoniques (units formant colonies
par millilitre, UFC/mL) qui a t valu la fin des expriences : en prsence de 10 mM
159

dactate, [UFC/mL] = 207 709 mL-1 alors que [UFC/mL] = 70 810 mL-1 en absence
dactate.
B
Figure 7 : Microscopie confocale pifluorescence des lectrodes dacier 304L aprs vingt
jours dimmersion dans un milieu contenant respectivement 10 mM (A) et 0 mM (B) dactate
en prsence de 5% v/v G.sulfurreducens.
160

Geobacter species enhances pit propagation on stainless steel in a medium lacking with
electron donor.
Maha Mehannaa*, Regine Basseguya, Marie-Line Deliaa, Rolf Gubnerb, Namurata

Sathirachindab & Alain Bergela
a

b
Swedish Corrosion Institute -Swerea Kimab, Drottning Kristinas vg 48 SE-114 28

Stockholm, Sweden
Abstract
Geobacter sulfurreducens bacteria increased the open circuit potential of 304L stainless steel
by around 320mV in only a few hours after inoculation. This represents a significant increase
in the corrosion risk. In contrast, the oxidation of acetate, which is catalysed by wellestablished biofilms, shifted the pitting potential towards positive values. In acetate-lacking
media pitting occurred with and without bacteria in the same range of potential values, but the
presence of bacteria drastically promoted the propagation of pits. AFM showed pits more than
ten times broader and deeper due to the presence of bacteria. In the absence of acetate, the
masking effect due to acetate oxidation disappeared and the full corrosive effect of the biofilm
was revealed. This also fully explains why pitting was predominantly observed close to
surface areas where bacterial settlement was the densest.
Keywords: Microbial corrosion; Geobacter sulfurreducens; Stainless steel; Electrochemically
active biofilms; Direct electron transfer.
1. Introduction
The implication of sulphate reducing bacteria (SRB) in the anaerobic corrosion of steels is
well acknowledged [1]. Nevertheless, studies are starting to indicate that SRB may not be the
only cause of anaerobic corrosion [2]. Recently, it has been demonstrated that Geobacter
species can be involved in microbial corrosion, through direct electron exchange between
microbial cells and the material surface. Geobacter is a bacterial genus quite ubiquitous in
soils and sediments [3], it may consequently be a source of microbial corrosion for numerous
types of buried industrial equipment.
Some Geobacter species have been shown to be able to connect their metabolism directly to
solid electrodes [4-6]. Geobacter sulfurreducens can oxidize organic substrates (acetate,
benzoate, toluene) to carbon dioxide by transferring the electrons produced directly to
graphite [3] or metallic anodes [7] thanks to periplasmic and outer membrane c-type
cytochromes [8], On the other hand, G. sulfurreducens has also been shown to reduce nitrate
to nitrite or fumarate to succinate with a graphite [9] or stainless steel [10] cathode as electron
donor.
161

Our previous work has brought to light the crucial role that direct microbial electron transfer
can play in anaerobic biocorrosion of steel [11]. The presence of G. sulfurreducens cells led
to a drastic increase in the open circuit potential of 304L steel in a few hours only after
inoculation, In contrast, after several days, well-established G. sulfurreducens biofilms shifted
the pitting potential towards positive values. Well-established biofilms were able to catalyse
the oxidation of acetate and thus provided the material with electrons that modified the
behaviour of the passive layer with respect to pitting. Paradoxically, it has been observed that
pitting occurred preferentially in the areas of the material surface where biofilm was the
densest.
The purpose of this work was to determine whether mature biofilms of G. sulfurreducens
promoted pitting or not. To this end, it was necessary to finely determine how the biofilmcatalysed oxidation of acetate affected the material behaviour.
2. Experimental section
Working electrodes were 2-cm-diameter cylinders of 304L stainless steel embedded in resin
(Resipoly Chrysor). Electrical connections were made through titanium wire protected with
resin. Coupons were polished successively with SiC papers P120, P180, P400 and P800 (Lam
Plan) and rinsed with distilled water. Electrochemical tests were performed in 0.5L reactors
under N2/CO2 (80/20) flux with an Ag/AgCl reference electrode. Open circuit potentials were
monitored using a multipotentiostat (VMP-Bio-Logic) and pitting curves were recorded at
0.5mVs-1 with a platinum grid as counter electrode.
G.sulfurreducens strain PCA (ATCC 51573) purchased from DSMZ was grown at 30C for
five days in the standard medium as described elsewhere [12] with 10mM sodium acetate
(electron donor) and 25mM sodium fumarate (electron acceptor). The bacteria were incubated
in the growth medium for five days under anaerobic conditions at 30C. The number of
planktonic cells (cell forming units per millilitre, CFU mL-1) was evaluated through the
absorbance at 620nm [12]:
[CFU.mL-1] = OD620nm * 472 067
Epifluorescent microscopy was achieved with a Leica confocal microscope. Biofilms were
stained for 10 minutes with acridine orange (0.03%), then rinsed with distilled water and air
dried in the dark. SEM was performed with a LEO 435 VP-Carl Zeiss SMT and topographic
pictures were recorded with an atomic force microscope (AFM) (Veeco) in contact mode
using silicon nitride Si3N4 cantilevers (Park Scientific) with a scan rate of 0.5Hz.
Geobacter sulfurreducens was grown for five days in the ATCC culture medium, which
contained 10mM acetate as electron donor and 25mM fumarate as electron acceptor. This
culture was used to inoculate different electrochemical reactors (5% v/v or 10% v/v) that
contained one to four 304L stainless steel coupon(s). Inoculation was performed around 24h
after the immersion of the coupons. The solution in the electrochemical reactors was the same
as the culture medium but with different concentrations of acetate: 0, 1, 5 and 10mM. The
open circuit potential Eoc of each coupon started to increase as soon as the reactor was
inoculated, while control experiments run without bacteria showed no potential increase. The
162

shape of Eoc evolution during the first ten days depended on both the concentration of acetate
and the amount of bacteria in the inoculum but, after around ten days, each coupon reached
the same Eoc value, around -10mV vs. Ag/AgCl, which corresponded to a potential increase of
around 320mV from the initial values. The Eoc value then remained stable for ten more days.
Microbial cells that came into contact with the material surface created a cathodic reaction
that shifts the open circuit potential in the positive direction. This cathodic reaction has been
attributed to direct electron transfer between the material surface and the redox system of the
cell [11].
After 20 days on open circuit in these media, pitting curves were recorded by scanning the
potential at 0.5mV s-1 from the Eoc value (Fig. 1, Table 1).
with 5% bacteria
I / mA
1.2
0.8
without bacteria
0.4
0
0.2
0.4
0.6
0.8
E / V vs. Ag/AgCl
with 5% bacteria
0.3
I / mA
with 10 % bacteria
0.2
0.1
without bacteria
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
E / V vs. Ag/AgCl
Fig. 1. Pitting curves (scan rate 0.5mV s-1) after 20 days immersion in an anaerobic medium
inoculated with bacteria (5% or 10% v/v) or in the absence of bacteria. (A) acetate 10mM; (B)
acetate 0mM.
Table 1. Epit measured after 20 days in media inoculated with G. sulfurreducens (5% v/v) and
containing different concentrations of acetate. pH and concentration of planktonic cells were
measured at the end of the experiments. Epit values were determined when the current reached
163

0.1mA. Control experiments were carried out in the same media, using the culture medium
without bacteria as inoculum.
[acetate]
0 mM
1 mM
5 mM
10 mM
Epit with Geobacter

(V vs Ag/AgCl)
0.79; 0.81; 0.90
(3)
0.84; 0.86; 1.09
(3)
1.09 average from 7
experiments in the
range (1.07; 1.11)
1.05
pH
[CFU.mL-1]
6.97
70 810
7.03
94 413
7.05
122 737
7.12
207 709
Epit control
(V vs Ag/AgCl)
0.83
0.79; 0.80; 0.81

(3)
0.84 average from 5
experiments in the range
(0.76; 0.95)
0.86
The presence or absence of acetate did not have a significant effect on the control experiments
performed without bacteria. The presence of bacteria significantly shifted Epit towards
positive values. The results were well reproducible with 5mM and 10mM acetate. They were
less regular with 1mM acetate, because it is more difficult for the bacteria to grow with so low
a concentration of electron donor, as shown by the lower concentration of planktonic cells
(Table 1). G. sulfurreducens forms biofilms that catalyse the oxidation of acetate on steel
surfaces and transfer the electrons produced directly to the material [7]. This external source
of electrons modified the behaviour of the passive layer and delayed the occurrence of pitting.
Nevertheless, when the passive layer finally disrupted at very high potential values, pitting
occurred at higher energy levels than in the control experiment and resulted in larger pits that
required more charge for repassivation.
Epifluorescent images exhibited a heterogeneous coverage of the material surface by the
biofilm (data not shown). Small surface areas were covered by dense biofilm, while large
areas supported only scattered bacteria. In most cases, pits were observed close to or beneath
biofilm settlement. With no acetate in the medium, Epit values in the presence or the absence
of bacteria were the same (Fig. 1.B). The absence of electron donor in the medium was
stressful for the cells, which developed only thanks to the small amount of acetate that
remained in the inoculum. Epifluorescent microscopy with acridine orange staining allowed
active cells (red fluorescence linked to ARN) to be distinguished from dead or inactive cells
(green fluorescence linked to DNA). The weakness of red fluorescence observed on biofilms
formed in acetate-free medium indicated a low living activity for these biofilms.
In acetate-free medium, the biofilm was no longer able to affect the Epit value and pitting
occurred in the same range of potentials with and without bacteria. Nevertheless, the
propagation currents were higher in the presence of bacteria, suggesting the presence of larger
pits. This was confirmed by macroscopic and microscopic images (Fig. 2).
164
Fig. 2. Pictures and SEM micrographs of coupons after 20 days' immersion in an anaerobic
medium in the absence of bacteria (first column: A, C, E, G) or inoculated with 5% v/v G.
sulfurreducens (second column: B, D, F, H).
(A, B, E, F): acetate 10mM. (C, D, G, H): acetate 0mM.
In the absence of bacteria, only one or two small corroded spots were visible and the pits
initiated were very small and difficult to identify, scattered over the electrode surface. In
contrast, several large corroded areas were visible in the presence of G. sulfurreducens and
SEM detected a number of wide, deep pits, most often in zones of dense microbial settlement.
AFM analysis of the surface topography (Fig. 3) showed only very small pits of 3m width
and 0.3m depth on average for control experiments in the absence of bacteria. In the
presence of 5% G. sulfurreducens, the pits were around 30m wide and their depth, greater
than 3m, could not be evaluated because the size of the tip. The presence of the cells resulted
in pits up to 10 times as wide and more than 10 times as deep. In the absence of acetate,
pitting beneath biofilms and in the control experiments occurred in the same range of
165

potentials; the marked differences can consequently not be attributed to differences in
potential values, the high increase in the propagation rate was consequently due to the biofilm
only. It can be concluded that G. sulfurreducens biofilms in the absence of acetate promote
the propagation of pitting.
Fig. 3. AFM image and topographic representation of pits on a 304L SS from the experiments
reported in Fig. 1B (acetate 0 M): (A) and (A) in the absence of bacteria, showing small pits
(width w 3m, depth d 0.3m); (B) and (B) in the presence of 5% G. sulfurreducens,
showing a large pit (width w 31m, depth d > 3m); (C) and (C) in the presence of 10 %
G. sulfurreducens showing a large pit (width w 27 m, depth d > 3m).
4. Conclusion
The catalysis of acetate oxidation that occurs with well-established biofilm of Geobacter
sulfurreducens delays the occurrence of pitting. In the absence of acetate, biofilms were still
166

able to form thanks to the residual acetate contained in inoculum, but were less active and did
not affect the pitting potential. In this case, pitting occurred with and without bacteria in the
same range of potential values and it was thus demonstrated that G.sulfurreducens biofilms
drastically enhanced the pit propagation. Actually, in the presence of acetate, the catalysis of
the oxidation of acetate masked the local effect of the biofilm on pit propagation. In the
absence of acetate, this masking effect disappeared. The effect of G. sulfurreducens on pit
propagation that was evidenced here explains why the largest pits have always been observed
close to or beneath the densest microbial settlements. Because of the ubiquitous presence of
Geobacter strains in soils and sediments, this genus must now be considered as a possible
contributor when sources of microbial corrosion are investigated.
Acknowledgements
This work was supported by a grant from CNRS-DRI (department ST2I) and was part of the
CNRS European network SMILE. We are grateful to Dr. Damien Fron from
CEA/DEN/SCCME Saclay (France) for numerous helpful discussions. We thank Marie-Line
de Solan, Luc Etcheverry and Dr. Benjamin Erable, Laboratoire de Gnie Chimique,
Toulouse, for their efficient technical help.
References
1. I.B. Beech, Int. Biodeter. Biodegr. 53 (2004) 177.

2. M.A. Lopez, F.J.Z. Diaz de la Serna, J. Jan-Roblero, J.M. Romero, C. HernandezRodriguez, FEMS Microbiol. Ecol. 58 (2006) 45.
3. D.R. Bond, D.R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol. 69 (2003) 1548.
4. K. Rabaey, W. Verstraete, Trends Biotechnol. 23 (2005) 291.
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Lovley, Biochim. Biophys. Acta. 1764 (2006) 1198.
11. M. Mehanna, R. Basseguy, M.-L. Dlia, A. Bergel, Electrochem. Commun. 11 (2009)
568.
12. C. Dumas, R. Basseguy, A. Bergel, Electrochim. Acta 53 (2008) 3200.
167

IV.7. Article 4
Geobacter sulfurreducens can protect 304L stainless steel against corrosion in

conditions of low electron acceptor concentrations.
Soumis Electrochimica acta, short communications.
168

Larticle 4 prsente les rsultats obtenus en utilisant lacier inoxydable 304L comme
lectrode de travail en prsence dactate (10 mM) mais en absence de fumarate (0 mM). Le
fait de supprimer totalement laccepteur dlectrons (fumarate) a pour objectif dtudier le
rle du fumarate dans le mcanisme de la corrosion influence par G. sulffurreducens.
En absence de fumarate, linjection des bactries induit galement un anoblissement
du potentiel. En absence de fumarate, les bactries ont du mal crotre, la croissance
bactrienne est ralentie ce qui nvite pas pour autant la raction cathodique et par
suite laugmentation de Eoc, puisque des changes lectroniques trs faibles sont
suffisants pour faire varier le Eoc dun matriau.
Linjection du milieu strile ou du filtrat, cest--dire de la suspension bactrienne
aprs filtration sur un filtre de 0,2 m, ninduit aucun anoblissement de Eoc prouvant
que ce sont bien les bactries qui sont responsables de laugmentation de Eoc et non un
mtabolite quelles relarguent dans le milieu. Ces observations confirment que ce sont
les bactries qui sont en contact direct avec la surface de lacier qui jouent un rle
prpondrant dans laugmentation de Eoc et que le mcanisme de corrosion mis en jeu
est bien un mcanisme de transfert direct dlectrons.
Dans un milieu complet (10 mM actate, 25 mM fumarate), le dveloppement
bactrien, bien quil dcale les potentiels de piqration vers les valeurs positives en
fournissant des lectrons par oxydation de lactate, entrane la propagation des
piqres, les courants de propagation sont levs et la corrosion localise est accentue
lors du trac des courbes de piqration.
En absence de fumarate, la prsence de G. sulfurreducens dcale le potentiel de piqre
vers les valeurs positives. Par contre, les courants de propagation observs sur les
courbes de piqration sont du mme ordre en prsence et en absence de bactries. Les
observations par microscopies balayage (cf. section IV.7.2, rsultats
supplmentaires) et force atomique de la topographie des aciers montrent des tats
de surface similaires en prsence et en absence de bactries, le biofilm perd sa capacit
acclrer la propagation des piqres. Dans ce cas, la catalyse de loxydation
dactate par le biofilm bactrien joue un rle important dans la protection de lacier
contre la corrosion en retardant la piqration de lacier et en amliorant les conditions
de repassivation.
En absence de fumarate, le biofilm perd sa capacit acclrer la propagation des
piqres et seul leffet protecteur d loxydation de lactate persiste. Par suite, G.
sulfurreducens pourrait tre envisage pour dvelopper des biofilms positifs pour la
protection contre la corrosion des aciers.
169

Geobacter sulfurreducens can protect 304L stainless steel against corrosion in conditions
of low electron acceptor concentrations.
Maha Mehanna, Rgine Bassguy, Marie-Line Dlia, Alain Bergel

Abstract
The presence of Geobacter sulfurreducens in a standard medium containing 10mM acetate

(electron donor) and 25mM fumarate (electron acceptor) led to free corrosion potential
ennoblement of more than 350mV in a few hours. The bacterial cells created a cathodic
reaction based on direct electron transfer from the material surface to the cell. During
polarization at high potential values, the presence of fumarate increased pit propagation,
resulting in visible local corrosion. In the absence of fumarate in the medium, potential
ennoblement was similar but the pitting was no longer augmented by the presence of the
bacterial cells. On the contrary, the biofilm catalyzed the oxidation of acetate, which provided
a source of electrons for the material and significantly delayed the occurrence of pitting. The
corrosive/protective action of G.sulfurreducens on stainless steel proved to depend strongly
on the presence of electron donor/acceptor in the medium. Developing G.sulfurreducens
biofilms with low concentrations of soluble electron donor may be a very promising way of
protecting stainless steel against corrosion.
Keywords: Biocorrosion; Microbial corrosion; Geobacter sulfurreducens; 304L stainless

steel; Direct electron transfer.
1. Introduction
It has recently been discovered that many microbial genera and species have the capacity to
connect their metabolism to solid electrodes, directly exchanging electrons with them through
membrane-bound redox compounds [1,2]. One of the most widely studied of these bacteria,
Geobacter sulfurreducens, has been shown to be able to oxidize organic electron donors
(acetate, benzoate, toluene) to carbon dioxide using graphite [3,4] or stainless steel [5]
anodes as sole electron acceptor. Direct electron transfer to solid electrodes, without the need
for an external mediator, is achieved through periplasmic and outer membrane c-type
cytochromes (OmcS and OmcE) [6]. On the other hand, the ability of G.sulfurreducens to
reduce nitrate to nitrite or fumarate to succinate with graphite [7] or stainless steel [8] cathode
as sole electron donor has also been demonstrated.
The implication of direct electron transfer between material surfaces and micro-organisms
was first evoked in the framework of biocorrosion with Desulfobacterium-like and
Methanobacterium-like isolates extracted from natural biofilms [9]. Our previous work has
shown that G.sulfurreducens exerts two different effects on 304L stainless steel [10]. The
presence of G.sulfurreducens cells creates a cathodic reaction on the material, which leads to
a fast increase in its open circuit potential (Eoc), increasing the corrosion risk. In contrast, after
a few days, well-established biofilms shift the pitting potential (Epit) towards positive values,
170

which might be interpreted as a protective effect. This second effect is correlated with the
presence of acetate (electron donor) in the medium. Well-established G.sulfurreducens
biofilms catalyze the oxidation of acetate and thus provide the material with a source of
electrons that delays the occurrence of pitting. Our last study has shown that, in the absence of
acetate, the Epit shift was no longer observed and the biofilm actually revealed a very high
capacity to increase pit propagation [10,11].
The purpose of the present study was to determine the role of the electron acceptor (fumarate)
in the mechanism of Geobacter-influenced corrosion of 304L stainless steel.
2. Experimental section
G. sulfurreducens strain PCA (ATCC 51573) was purchased from DSMZ. Standard growth
medium was used as described elsewhere [8]. It contained 25mM sodium fumarate (electron
acceptor) and 10mM acetate (electron donor). The bacteria were incubated in the growth
medium under N2/CO2 (80/20) for five days, at 30C. Electrochemical experiments were
carried out in 0.5L reactors, with continuous N2/CO2 (80/20) bubbling, at 30C. The
electrochemical reactors were inoculated with 5% v/v bacterial culture at 142 000 CFU.mL-1
at time t = 24h. The electrochemical reactors contained the same components as the culture
medium but with different concentrations of fumarate.
Working electrodes were 2cm diameter cylinders made of 304L stainless steel embedded in
resin (Resipoly Chrysor). Coupons were polished successively using SiC papers with P120P800 grit (Lam Plan) and P120-P4000 for some coupons. They were then rinsed thoroughly
with distilled water. A platinum grid served as a counter electrode. All potentials were
expressed with respect to Ag/AgCl reference. Measurements of open circuit potentials (Eoc)
were made using a multipotentiostat (VMP-Bio-Logic) and polarization curves were obtained
potentiodynamically with a scan rate of 0.5mVs-1.
Topographic images were recorded with an atomic force microscope (AFM) (Veeco) in
contact mode using silicon nitride Si3N4 cantilevers (Park Scientific) with a scan rate of
0.5Hz.
Geobacter sulfurreducens cells were grown in standard bulk conditions, i.e. in media
containing 10mM acetate as electron donor and 25mM fumarate as electron acceptor, both
components being essential for cell development. These cultures were then used to inoculate
the electrochemical rectors with 25mL (5% v/v) containing 142000 colony forming units
(CFU) per mL. Eoc was monitored for 304L coupons immersed in media that did not contain
fumarate (Fig. 1A, A) and in complete media (10mM acetate, 25mM fumarate) (Fig. 1.B).
Reactors were inoculated with bacterial cells 24 hours after immersion of the coupons.
Control experiments were performed using fresh medium without bacteria as the inoculum.
171
(A)
(A)
(B)
Fig. 1. Variation of Eoc of 304L stainless steel with time with 5% v/v G. sulfurreducens and
without bacteria:
(A) in fumarate-free medium after polishing with P120-P800 grit;
(A) in fumarate-free medium after polishing with P120-P4000 grit.
(B) in complete medium containing 25mM fumarate, after polishing at P120-P800 grit.
172

In each case the addition of bacterial cells led to a sharp increase in Eoc, while no such Eoc
increase was observed in control experiments. The Eoc increases were noted 3 hours after
inoculation: Eoc,3hours reached 0.36V in complete medium with roughly polished coupons
(P800) (Fig. 1.A); in media without fumarate, Eoc,3hours were 0.32V with the same polishing
(Fig. 1.B) and only 0.18V with finer polishing (P4000) (Fig. 1.A). 150 hours after
inoculation, Eoc increases followed the same descending order: 0.41V in complete medium,
0.35V and 0.19V in the media without fumarate with rough and fine polishing respectively.
At the end of the 10-day experiments, the final potential was always around 150mV higher in
the presence of bacteria than in control experiments. The number of planktonic cells was
fifteen times lower (16 522 CFUmL-1 instead of 207 709 CFUmL-1) in the medium without
fumarate than in complete medium. In the medium "without" fumarate, the sole source of
fumarate was the small amount in the inoculum that had not already been consumed. This
residual amount was sufficient for the cells to survive but not enough to support significant
bacterial development. Even weak microbial development can create a cathodic reaction on
the material surface, resulting in Eoc ennoblement. This Eoc evolution proved that electrons
were extracted from the material by the microbial cells, even at a very low concentration of
soluble electron acceptor.
Similar experiments were performed by injecting the inoculum after filtration. This filtrate
contained the components of the culture medium and the metabolites produced but no
bacterial cells (retained by the 0.2m-filter). No potential ennoblement was observed, proving
that the electron transfer was not mediated by metabolites [12].
At the end of the open circuit experiments, voltammetry (0.5mVs-1) was performed to asses
the pitting potential of the material (Epit) (Fig. 2). Epit was measured for a current of 0.1mA.
(A)
173
(B)
Fig. 2: Pitting curves (scan rate 0.5mVs-1) of 304L stainless steel after 20 days' immersion in
the presence of 5% v/v G. sulfurreducens and in the absence of bacteria in a medium
containing (A) 25mM fumarate; (B) 0mM fumarate.
In each case, the presence of G.sulfurreducens shifted the pitting potential by 0.2V or more
towards positive values. It is known that the biofilms of G.sulfurreducens that establish
themselves on electrode surfaces after a few days have the capacity to catalyze the oxidation
of acetate, transferring the electrons directly to the stainless steel anodes [5]. Here, this
oxidation constituted a source of electrons for the material that delayed the occurrence of
pitting. Pitting started at more positive potentials in the presence of well-established
G.sulfurreducens biofilm. In the presence of the bacteria, the pitting potentials had similar
values around 1.0 V vs. Ag/AgCl in both media: the one lacking fumarate and the one
containing 25mM fumarate.
However, in the presence of 25mM fumarate, very high propagation currents were observed,
which resulted in severe attack of the material. After the pitting curves had been recorded,
numerous severely corroded zones appeared, while only one or two weakly corroded spots
were visible in the control experiments carried out in the absence of bacteria (Fig. 3 A, B). It
has already been demonstrated that the biofilm-catalyzed oxidation of acetate has only a
masking effect and, actually, a well-developed biofilm severely increases pit propagation
[11]. This behaviour was confirmed here.
174
Fig. 3. Photographs of the samples that underwent the pitting polarization reported in Fig. 2 in
the absence of bacteria (first column: A, C) or inoculated with 5% v/v G. sulfurreducens
(second column: B, D).
(A, B): fumarate : 25mM. (C, D): fumarate 0mM.
The behaviour was markedly different in fumarate-lacking medium. The propagation currents
were of the same order of magnitude as in control experiments and repassivation occurred
more quickly (repassivation at 0.81V vs. Ag/AgCl instead of 0.34V without bacteria). On a
macroscopic scale, the material surface exhibited only one weakly corroded spot (Fig. 3 C,
D), while two similar spots were observed on the control coupon in the absence of bacteria.
AFM topography measurements confirmed that only small pits had formed in the presence of
bacteria (Fig 4 B,C), with sizes similar to those of the pits observed in the absence of bacteria
(Fig 4 A).
175
(B)
(C)
Fig. 4. AFM image and topographic representation of 304L surfaces from the experiments
reported in Fig. 2B with 0mM fumarate: A in the absence of bacteria (pit width 14m,
depth 1.6m); B and C in the presence of 5% v/v G.sulfurreducens (pit width 20m,
depth 3m in B; pit width 24m, depth 1m in C); some adherent bacterial cells are
visible in picture C.
In a medium lacking of electron acceptor (fumarate), G.sufurreducens cells were able to shift
the pitting potential toward positive values but the propagation currents were four times lower
than the one obtained in the complete medium. The protective effect of G.sufurreducens cells
was remarkable: pitting occurred at potential values significantly higher than in the absence of
cells and, in spite of the higher energy available, pit propagation was maintained at an order
of magnitude similar to that in the absence of bacteria. In a fumarate-lacking medium, the
biofilm was not able to develop properly as indicated by the number of planktonic cells which
was one fifteenth of the number obtained in a complete medium. In the quasi-absence of
fumarate in the medium, the biofilm was not well-developed and it lost its capacity to increase
pit propagation, as a consequence only the protective effect of acetate oxidation remained. It
can be concluded that the presence of G.sufurreducens cells delayed the occurrence of pitting
independently of the presence of fumarate in the medium, but with low concentration of
fumarate the biofilm did no longer augment pit propagation; in contrast the effect of acetate
oxidation protect the material.
4. Conclusion
It has recently been revealed that G.sulfurreducens cells are able to create a cathodic reaction
of stainless steel that results in free potential ennoblement. It was shown here that depleting
the medium in soluble electron acceptor did not avoid this cathodic reaction. Very low
electron exchange rates, of the order of magnitude of passive currents, are actually sufficient
to move the open circuit potential of a material. Here, lowering the concentration of fumarate
176

drastically lowered the bacterial growth but it was still sufficient to induce Eoc ennoblement.
Hindering bacterial adhesion by smoothing the surface only affected the kinetics of potential
increase but not the final result. In contrast, in fumarate-lacking conditions, the biofilm lost its
capacity to increase pit propagation. In this case, the catalysis of acetate oxidation had an
important protective effect by delaying the pitting and improving the conditions of
repassivation. The effect of G.sulfurreducens cells on the corrosion behavior of 304L steel
proved to depend strongly on the presence or absence of soluble electron acceptor in the
environment. If the environment can be definitely depleted in soluble electron acceptor and
provided with electron donor, developing G.sulfurreducens biofilms may be seen as a
technique for protecting steels against corrosion.
Acknowledgements
This work was supported by a grant from CNRS-DRI (department ST2I). It was part of CNRS
work for the European network Surfaces of materials in living environments (SMILE). We
are grateful to Dr. Damien Fron from CEA/DEN/SCCME Saclay (France) for helpful
discussions. We thank Luc Etcheverry and Dr. Benjamin Erable from the Laboratoire de
Gnie Chimique, Toulouse (France), for their technical and scientific support.
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submitted to Electrochem. Communications
177

IV.7.2. Rsultats supplmentaires
Dans le but de conforter les rsultats obtenus par AFM, les chantillons prcdemment
tests (immersion en circuit ouvert et courbes de piqration) ont t nettoys afin dliminer
le biofilm et les produits de corrosion pour permettre de mieux comparer les tats de surfaces
de lacier 304L.
IV.7.2.1. Mise au point de la technique de nettoyage
La mme technique de nettoyage que pour les aciers au carbone a t utilise en

modifiant le temps dimmersion. Les coupons dacier 304L ont t nettoys aux ultrasons,
temprature ambiante, dans une solution de nettoyage contenant 50% en volume dacide
chlorhydrique (HCl) (36%) et 5 g/L dhexamthylnettramine (C6H12N4), qui est un
inhibiteur de corrosion, durant 60 secondes contre 30 secondes pour lacier au carbone. Les
lectrodes ont t ensuite rinces en les immergeant dans un bcher contenant de leau
distille, aux ultrasons, temprature ambiante puis sches. La figure 8 reprsente un acier
304 L aprs une courbe de piqration (vitesse de balayage : 0,2 mV/s) dans une solution de
KCl, 30 mM. Les photos sont prises aprs nettoyage. La figure 8.A est en 2D. La figure (8.B)
est la reconstruction 3D de lensemble de la squence dimages 2D, prises sur plusieurs plans,
la piqre est bien visible aprs nettoyage. La figure en 2D ne permet pas de distinguer sil
sagit dun dpt au-dessus de la surface ou bien dune piqre en profondeur. La
reprsentation en 3D apporte une rponse et permet de prciser quil sagit bien dune piqre
et amne plus dinformations concernant la taille de la piqre.
A-
B-
Figure 8 : Microscopie 2D (A) et 3D (B) dun acier 304 L aprs une courbe de piqration
(vitesse de balayage : 0,2 mV/s) dans un milieu KCl, 30 mM. Les photos sont prises aprs
nettoyage.
178

IV.7.2.2. Observations des chantillons aprs nettoyage
Les photos MEB de lacier 304L aprs nettoyage pour les chantillons tests dans le
milieu (0 mM fumarate, 10 mM actate) en absence de bactries (A, B, C, D) et en prsence
de 5% v. / v. de G. sulfurreducens (A, B, C, D) sont reprsentes dans la figure 9.
A
Grossissement 70 x
B
Grossissement 1000 x
C
Grossissement 3,5 Kx
179
D
Grossissement 10,00 Kx
Figure 9 : Photos MEB de lacier 304L aprs nettoyage pour les chantillons tests dans le
milieu (0 mM fumarate, 10 mM actate) en absence de bactries (A, B, C, D) et en prsence
de 5% v. / v. de G. sulfurreducens (A, B, C, D).
Les images MEB confirment que les tats de surface sont similaires en absence et en prsence
de bactries que ce soit au niveau du nombre, de la taille ou de lagencement des piqres.
Dans un milieu ne contenant pas de fumarate, les images MEB ont permis de confirmer les
rsultats obtenus par AFM et ont galement montr de petites piqres, identiques en prsence
et en absence de bactries.
180

IV.8. Conclusions gnrales pour les travaux en prsence de Geobacter sulfurreducens
Suite ces travaux, deux effets antagonistes ont t mis en lumire : en prsence dune
quantit suffisante de donneur dlectrons (fumarate), ladhsion des bactries induit un
anoblissement important du potentiel en circuit ouvert en quelques heures augmentant ainsi la
vitesse de la raction cathodique et acclrant les vitesses de propagation des piqres. Le
mcanisme par lequel G. sulfurreducens augmente significativement le potentiel libre de
corrosion est un mcanisme de transfert direct. A notre connaissance, cest la premire fois o
la pertinence du mcanisme de transfert direct en biocorrosion est dmontre.
Par contre, potentiels levs, loxydation de lactate retarde lapparition des piqres.
Ce mcanisme complexe est contrl par les concentrations des espces de donneurs et
daccepteurs dlectrons prsentes en solution.
Linfluence directe de lespce Geobacter sulfurreducens dans la corrosion anarobie
des aciers a t mise en vidence. Dsormais, le rle cl de G. sulfurreducens dans la
biocorrosion anarobie doit tre imprativement pris en compte surtout lorsquil sagit
dquipements enfouis, la famille des Geobacteracea tant prdominante dans les sdiments
et les sols.
Par ailleurs, dans des conditions particulires dexcs de donneurs dlectrons et
surtout de dficit daccepteurs dlectrons, ladhsion de G. sulfurreducens peut retarder la
corrosion ce qui permet denvisager la possibilit dutiliser ces bactries pour tablir des
biofilms positifs afin de protger de la corrosion.
Les perspectives envisager seraient de tester les biofilms dans lesquelles le genre
Geobacter est prdominant, en milieux naturels, pour valuer leurs rles en corrosion.
181
Chapitre V : Conclusion gnrale
Chapitre V
Conclusion gnrale
182

Lobjectif de ce travail de thse tait didentifier et dexplorer de nouvelles pistes pour
expliquer les phnomnes de biocorrosion anarobie par une double approche : enzymatique
et bactrienne. La premire partie de cette tude a consist en lanalyse de limplication dune
enzyme, la [Fe]-hydrognase de Clostridium acetobutylicum dans la corrosion anarobie des
aciers au carbone. Les [Fe]-hydrognases possdent une activit intrinsque, de production
dhydrogne, 100 fois suprieure celle des [NiFe]-hydrognases testes prcdemment au
laboratoire ; de ce fait, nous nous sommes bass sur lhypothse quelles induiraient
davantage de corrosion. La deuxime partie concerne ltude du rle dune souche
bactrienne Geobacter sulfurreducens dans la corrosion anarobie de trois types diffrents
daciers : acier au carbone 1145, acier ferritique 403 et aciers austnitiques 304L et 316L. Le
choix sest fix sur cette souche lectro-active qui fait actuellement lobjet de nombreuses
recherches dans le domaine des piles combustibles microbiennes, notamment parce que
cest lune des rares bactries capables de rduire directement le fumarate en utilisant une
lectrode solide comme donneur dlectrons.
Les travaux raliss avec la [Fe]-hydrognase de Clostridium acetobutylicum ont port

sur ltude de linfluence de lenzyme dans diffrents tats (active, dsactive par exposition
loxygne et dnature par chauffage jusqu bullition) sur la corrosion anarobie des aciers
au carbone dans divers milieux (tampon Tris HCl 50 mM pH 6.3 ; tampon phosphate 100
mM pH 7.2 et 8; tampon phosphate 10 mM pH 7.2).
Dun point de vue du dispositif exprimental, il a t dmontr que la cellule galvanique nest
pas adapte pour ltude de la corrosion anarobie car le contrle de la dsoxygnation est
complexe et de ce fait la cellule Metrohm a t privilgie pour le reste de ltude.
Dun point de vue pratique, linjection de lenzyme quel que soit son tat, ou le milieu, induit
un anoblissement de Eoc. Lhydrognase catalyse la dissolution du fer formant une couche
protectrice paisse doxydes et dhydroxydes de fer. Lajout dun accepteur terminal
dlectrons (ferrdoxine oxyde), naccentue pas lactivit de lhydrognase. Lhydrognase
catalyse la rduction du proton directement sur llectrode. Le mcanisme prcdemment
voqu dans la littrature pour expliquer la corrosion en prsence dhydrognases dans une
solution de phosphate, se fonde sur la dprotonation cathodique du phosphate qui est rapide et
qui est favorise par la consommation de dihydrogne par lhydrognase, en prsence dun
accepteur terminal dlectrons. Cependant, dans notre cas, la corrosion a t observe mme
en absence de phosphate, donc ce mcanisme ne permet pas dexpliquer la corrosion observe
en absence de phosphate en milieu Tris HCl ; dans ce cas, le mcanisme mis en jeu est la
catalyse directe de la rduction du proton par lhydrognase adsorbe sur la surface de lacier.
A notre connaissance, il sagit de la premire dmonstration quune hydrognase libre puisse
provoquer de la corrosion en absence de phosphate et en absence dun accepteur terminal
dlectrons, c'est--dire dans des conditions similaires aux conditions relles au sein de
biofilms naturels.
Eoc crot avec laugmentation de la quantit denzyme injecte. Mme en tant dsactive par
exposition loxygne, lenzyme induit un anoblissement de Eoc, indiquant que leffet de
lhydrognase sur la corrosion nest pas li son activit. Par ailleurs, un effet protecteur de la
protine a t observ quand lhydrognase est dsactive, les lectrodes conservent une
surface miroir que ce soit dans un tampon phosphate ou dans un tampon Tris HCl.
Laugmentation la plus importante de Eoc a t obtenue en prsence de lenzyme dnature
par chauffage mettant en vidence que ce sont les centres fer-soufre qui sadsorbent sur la
surface des mtaux et sont responsables de la catalyse de la rduction des protons.
183

Dune certaine manire, le mcanisme par lequel lhydrognase acclre la corrosion pourrait
tre rapproch du mcanisme expliquant la corrosion induite par les BSR : les BSR rduisent
mtaboliquement le sulfate en sulfure, les ions sulfures se combinent aux ions ferreux pour
former des dpts de sulfure de fer (FeS). FeS catalyse la rduction des protons. La formation
de zones cathodiques (FeS) et anodiques (Fe) sur la mme lectrode provoque la dtrioration
acclre du matriau. De mme, leffet de lenzyme est certainement li la prsence des
centres fer-soufre qui sadsorbent sur la surface du mtal catalysant la rduction des protons.
Les centres fer-soufre possdent un effet notable sur la corrosion, mme de trs faibles
concentrations. Cet effet catalytique est plus ou moins prononc suivant leur degr
doxydation, leur disposition dans le milieu et leur disponibilit au sein de lenzyme. Selon
quelle est active, dnature ou dsactive, lhydrognase joue un rle acclrateur ou
protecteur contre la corrosion. La versatilit du phnomne peut expliquer les rsultats
controverss obtenus jusque l dans la littrature sur limplication des hydrognases dans la
CIM. On peut y voir la raison pour laquelle la CIM ne se dclenche pas systmatiquement
chaque fois que des BSR et des hydrognases sont prsentes dans le milieu. Il serait
intressant de tester si ces hydrognases trs actives dans les milieux artificiels de laboratoire
le sont aussi lorsquelles sont englobes dans la matrice bactrienne dans les milieux naturels.
Nous pourrions alors envisager la construction de capteurs ADN ciblant certaines enzymes ou
micro-organismes lectroactifs.
Les travaux raliss avec la souche bactrienne G. sulfurreducens ont mis en vidence,
outre linfluence du matriau, linfluence du milieu. Un anoblissement du potentiel en circuit
ouvert Eoc a t observe pour les quatre aciers tests aprs linoculation des bactries. Eoc
augmente de plus de 300 mV durant les 3 heures suivant linjection et laugmentation du
potentiel se poursuit graduellement durant cinq jours jusqu une valeur seuil ne dpassant
pas 0,15 V vs. Ag/AgCl quels que soient la dure de lexprience, le type dacier ou la nature
du milieu. La cintique daugmentation de Eoc sur les premires heures dpend de la quantit
de bactries injecte. Les valeurs de Eoc finales dpendent de la nature de lacier et sont
classes dans un ordre croissant identique celui des rsistances des aciers la corrosion.
Linjection de la suspension bactrienne aprs filtration ninduit aucune modification de Eoc,
indiquant que ce sont les cellules bactriennes qui sont responsables de lanoblissement de Eoc
et non un mtabolite secrt dans le milieu. Les mcanismes voqus dans la littrature pour
expliquer laugmentation de Eoc reposent sur la catalyse de la raction cathodique.
Effectivement, le trac des courbes de Tafel, en prsence des bactries, rvle une nouvelle
raction cathodique qui sajoute la rduction des protons ; aucun changement notable nest
observable sur les parties anodiques confirmant que laugmentation brusque du potentiel la
suite de linjection de G. sulfurreducens est due la modification de la raction cathodique.
En prsence dun donneur dlectrons en solution (actate), les bactries dcalent les
potentiels de piqres vers les valeurs positives. Les courbes de Tafel traces la fin de
lexprience en prsence des bactries montrent une vague doxydation de lactate catalyse
par G. sulfurreducens qui retarde la piqration en fournissant au matriau une nouvelle source
dlectrons. Par contre, les piqres formes en prsence des bactries, suite au trac des
courbes de piqration, sont plus nombreuses et plus larges car la propagation des piqres est
plus importante. Lanalyse des courbes de repassivation conforte ce rsultat, en effet les
piqres se repassivent plus difficilement (hysteresis leve) en prsence des bactries. Les
observations en microscopies balayage et force atomique ralises aprs le traage des
courbes de piqration rvlent des piqres dix fois plus larges et profondes quen absence de
bactries. Lanalyse de surface par microscopie pifluorescence aprs coloration lacridine
orange, montre une troite relation entre lagencement du biofilm bactrien et les zones de
184

corrosion localise : un biofilm dense est observable autour des piqres alors que dans les
zones loin des piqres, les bactries sont disposes alatoirement. Deux hypothses peuvent
expliquer ces observations : soit les bactries colonisent prfrentiellement les zones de
dfauts structuraux du matriau o auront lieu prfrentiellement les piqres, soit la prsence
dun biofilm bactrien dense cre une zone cathodique acclrant la corrosion localise. Les
rsultats obtenus en absence dactate en solution confortent cette dernire hypothse.
En absence daccepteur dlectrons (fumarate), bien que linoculation des bactries induise un
anoblissement du potentiel, le trac des courbes de piqration montre que G. sulfurreducens
dcale le potentiel de piqre vers les valeurs positives. Les courants de propagation observs
sur les courbes de piqration sont du mme ordre en prsence et en absence de bactries. Les
piqres se repassivent plus rapidement en prsence des bactries. Par ailleurs, les observations
par microscopie balayage et force atomique de la topographie des aciers rvlent des tats
de surface similaires en prsence et en absence de bactries ; le biofilm perd sa capacit
acclrer la propagation des piqres. Dans ce cas, la catalyse de loxydation dactate par le
biofilm bactrien joue un rle important dans la protection de lacier contre la corrosion en
retardant la piqration de lacier et en amliorant les conditions de repassivation. En absence
de fumarate, le biofilm perd sa capacit acclrer la propagation des piqres et seul leffet
protecteur d loxydation de lactate subsiste. Ainsi, dans des conditions particulires
dabsence daccepteur dlectrons et en prsence dexcs de donneur, G. sulfurreducens
pourrait tre envisage pour dvelopper des biofilms positifs pour la protection contre la
corrosion des aciers.
Les proprits corrosive/protectrice des biofilms de Geobacter dpendent des deux
mcanismes antagonistes : dune part, la catalyse de la raction cathodique qui acclre la
corrosion et dautre part, loxydation de lactate qui, en fournissant des lectrons au
matriau, peut le protger. Ces phnomnes sont gouverns par la composition du milieu
principalement par les concentrations daccepteurs/donneurs dlectrons et par le
dveloppement du biofilm. Dornavant, les mcanismes de transfert direct dlectrons par les
bactries doivent tre considrs comme acteurs majeurs dans la CIM et leur tude doit
imprativement prendre en compte les diffrents paramtres qui peuvent drastiquement
modifier leur effet.
Du point de vue lectrochimique et mthodologique, une approche simple visant
reproduire en laboratoire le processus de corrosion catalyse par des micro-organismes et/ou
une enzyme a contribu la comprhension des phnomnes de corrosion mettant en lumire
de nouveaux mcanismes.
Dans son ensemble, le travail ralis a permis de mettre en vidence, pour la premire
fois, la validit du mcanisme de transfert lectronique direct dans le domaine de la corrosion
anarobie des aciers. Cette dmarche innovante ouvre une nouvelle voie dans la
comprhension des mcanismes de la biocorrosion. A lissue de ce travail, il serait intressant
de tester linfluence de ces micro-organismes sur la corrosion en milieux naturels, notamment
lorsquil sagit dquipements profonds, la famille des Geobacteracea tant prdominante
dans les sdiments et les sols, et danalyser le rle de ces bactries dans les conditions
environnementales relles des biofilms puisque, comme nous lavons soulign dans
lintroduction du premier chapitre, la biocorrosion rsulte de la conjonction dfavorable de
trois facteurs : le milieu, le matriau et les micro-organismes. Fort heureusement dailleurs
185

puisque si les phnomnes de biocorrosion ntaient pas si complexes et sils dpendaient
uniquement de lun de ces facteurs, la prsence de la biocorrosion serait beaucoup plus
systmatique et les pertes conomiques ne se chiffreraient plus en milliards deuros par an
mais en billions et trillions.
186
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THSE

DOCTORAT DE LUNIVERSIT DE TOULOUSE

Par Maha MEHANNA

Ecole doctorale : Mcanique, Energtique, Gnie civil, & Procds

Le prsent travail a t effectu au sein du Laboratoire de Gnie Chimique (LGC) de

Mcanismes de transfert direct en corrosion microbienne des aciers :

Direct electron transfer mechanisms in microbial corrosion of steels:

A mes parents Aziz et Marie

INTRODUCTION GENERALE ........................................................................................... 5

CHAPITRE I : TRANSFERTS ELECTRONIQUES MATERIAUX / MICROORGANISMES ANAEROBIES .......................................................................................... 13

CHAPITRE II : MATERIELS ET METHODES.............................................................. 32

II.3.2.4. Microscopie force atomique ........................................................... 42

CHAPITRE III : ROLE DE LA [Fe]-HYDROGENASE DE CLOSTRIDIUM

CHAPITRE IV : INFLUENCE DE GEOBACTER SULFURREDUCENS SUR LA

IV.4.2. Diffrences entre Ecorr et Eoc.......................................................................... 126

CHAPITRE V : CONCLUSION GENERALE ................................................................ 182

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.......................................................................... 187

La corrosion : enjeux socio-conomiques

La corrosion des mtaux est un processus lectrochimique caractris par la

La corrosion induite par les micro-organismes

Figure 1 : Diffrentes tapes de la formation dun biofilm (Stoodley et al., 2002).

Le biofilm peut accumuler les substances issues de lenvironnement, de la dtrioration du

Les biofilms lectroactifs

Prsentation du plan des chapitres

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

Figure 1 : Corrosion induite par les micro-organismes.

Les BSR produisent mtaboliquement des ions sulfures:

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

I.2. Rles des bactries dans la corrosion anarobie des aciers

I.2.1. Relation entre bactries sulfurognes et corrosion

Figure 2 : Mtabolisme des BSR.

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

I.2.2. Mcanismes de corrosion induite par les bactries sulfurognes

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

En parallle ce mcanisme largement admis, de nombreuses tudes ont propos dautres

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

Von Wolzogen Khr et al., 1934 Dpolarisation cathodique: consommation de

Dpolarisation anodique par formation de FeS:

Dpolarisation cathodique par H2S:

Production de phosphines corrosives (PH3)

Cracking ou fissuration acclre par les

Beech et al., 1995

Pile de concentration induite par les EPS

Tableau 1 : Mcanismes suggrs pour la corrosion par les BSR/BTR.

Dpolarisation cathodique (1934) :

Ce mcanisme nest pas correct car il apprhende la corrosion comme un processus

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

soit par la combinaison de deux atomes dhydrogne adsorb (raction de Tafel):

Dpolarisation anodique (1952) :

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

Dpolarisation cathodique par H2S (1974) :

Dans ce cas, la dpolarisation cathodique consiste en une raction cathodique

Production de phosphines corrosives (1984) :

Corrosion sous contrainte (1989) :

Le stress corrosion craking (SCC) est un type de corrosion d des contraintes

Chapitre I : Transferts lectroniques matriaux / micro-organismes anarobies

Pile de concentration induite par les EPS (1995) :