Risques Microbio STEP

ANNEXES
Annexe 1 :
Rappel sur les agents de risque sanitaire et leur toxicit.
Annexe 2 :
Rappel sur les risques microbiologiques encourus par les travailleurs en station de
traitement des eaux uses.
Annexe 3 :
Rsultats de ltude bibliographique sur le devenir des agents pathognes
(bactries, virus et parasites) en digestion anarobie.
Annexe 4 :
Bibliographie
Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES

Les aspects sanitaires lis la mthanisation des dchets et sous-produits organiques en bioracteur
Annexe 1
Rappel sur les agents de risque sanitaire et leur toxicit.

Rappel sur les agents de risque sanitaire et leur toxicit
1. Notions sur les organismes pathognes et la pathognicit

1.1. Notion de pouvoir pathogne
1.1.1. Modes de relations entre micro-organismes et tres vivants
Les relations entre micro-organismes et tres vivants (homme, animal, vgtal) sont diverses.
Certaines espces microbiennes nont aucun rapport avec les tres vivants suprieurs.
Dautres ont des relations assez limites, cest le cas de celles qui vivent aux dpends de la
dcomposition de la matire organique en dcomposition. On appelle gnralement
saprophytes les micro-organismes dont le dveloppement est indpendant de la matire
vivante. Il peuvent se dvelopper en prsence de dchets organiques et se trouver transitoirement
au contact de lhomme, des animaux et des plantes.
Enfin, de nombreuses autres espces vivent en association avec dautres organismes.
Quand la relation entre deux organismes est bnfique lun sans affecter lautre, on parle de
commensalisme . Il existe des micro-organismes commensaux de lhomme, des animaux et des
vgtaux (ce terme est parfois rserv aux micro-organismes vivant au contact de lhomme). La
flore commensale de lhomme est abondante : flores de la bouche, du tube digestif, de la peau, des
voies respiratoires, du vagin, etc Le nombre de micro-organismes prsents dans un individu est
suprieur celui de ses propres cellules.
Dans certaines conditions, le commensalisme peut voluer en relation dsquilibre. Les

commensaux peuvent acqurir un certain pouvoir pathogne et envahir les tissus de lhte, ce sont
alors des pathognes opportunistes .
Dans le cas ou la relation nest bnfique que pour lun des partenaires qui est hberg par lautre,
on parle de parasitisme . Certains des micro-organismes sont des parasites facultatifs, dautres
des parasites obligatoires, comme par exemple de nombreuses espces dhelminthes parasites. Le
parasitisme est gnralement nuisible pour lhte et souvent nocif.
Quand la relation est indiffrente ou bnfique pour le micro-organisme, mais nfaste pour lhte, on
parle de pathognicit .
Le pouvoir pathogne est spcifique : la spcificit est lie lespce, parfois lindividu. Le pouvoir
pathogne est lensemble des proprits que possdent certains micro-organismes provoquer une
maladie, cest donc la rsultante de laction dun micro-organisme sur lhte, que ce dernier soit
lhomme, un animal ou encore un vgtal ; cependant, le pouvoir pathogne nest pas conditionn
uniquement par les proprits de lagent infectieux, lhte peut tre plus ou moins susceptible (ou
sensible), possdant des dfenses, spcifiques ou non, plus ou moins efficaces.

1.1.2. Classification des micro-organismes potentiellement pathognes
Il serait trop simple de dire quil existe des micro-organismes pathognes et dautres non
pathognes :
Les agents pathognes pour lhomme et lanimal peuvent provenir des organismes infects eux-
mmes. Ils peuvent aussi tre dorigine tellurique ou encore appartenir la flore commensale de
lhte, ils sont dits alors pathognes opportunistes , cest dire prsents naturellement
dans lenvironnement ou lorganisme de lhte, des conditions particulires du milieu ou de son
usage permettant alors de les rendre contaminants ; ce peut tre le cas par exemple pour des
bactries du genre Listeria, ou encore du genre Aeromonas (Legeas et Ganire, 1997).
Certains micro-organismes, bien que considrs comme agents pathognes, peuvent tre
hbergs par un hte sans occasionner chez celui-ci le moindre trouble ; lhte, dans ce cas, est
appel porteur sain . Labsence de signes apparents de la maladie fait que ce portage est
en gnral ignor, il peut durer plusieurs mois, voire plusieurs annes, la dissmination dagents
pathognes par le porteur sain dans le milieu extrieur tant toujours redouter.
Lhte peut aussi ne pas avoir encore de signes apparents de la maladie lorsquil est en priode
dincubation, le portage dagents pathognes et leur limination possible dans le milieu extrieur
restent le plus souvent ignors pendant cette phase de latence qui, selon le cas, peut durer de
plusieurs jours plusieurs semaines.
De plus , certains agents pathognes peuvent persister chez lhte aprs la gurison clinique
dune maladie, et sy maintenir toute la vie, leur limination dans le milieu extrieur restant
possible, on parle dans ce cas de porteurs chroniques .
Le pouvoir pathogne peut sexprimer de diffrentes faons :

par multiplication dans les tissus de lhte (infection par Mycobacterium tuberculosis) ;
par multiplication et libration de toxines (toxi-infection Salmonella) ;
par action dune toxine qui ne ncessite pas la prsence du micro-organisme (intoxination
Clostridium botulinum) ;
par action toxique de produits de transformation (intoxication par production damines biognes
par des coliformes).
On parle, dune part, de pouvoir infectieux , dautre part, de pouvoir toxique .
1.2. Pouvoir infectieux
Le pouvoir infectieux est, par exemple pour une bactrie, la proprit denvahir les tissus de lhte
et de dclencher une infection. Il provient de lensemble de caractres participant lenvahissement
de lorganisme et la prolifration du germe :
pouvoir de contamination, de multiplication et de pntration,
activits enzymatiques nfastes,
utilisation des mtabolites de lhte,
libration de toxines (le plus souvent des endotoxines). Lorsque la composante toxique est
importante, on parle de toxi-infection.
Pour quil y ait infection, il faut dabord quil y ait eu contamination :

directe ;
par contact (homme homme, animal homme, objet homme, ...) ;
par lintermdiaire de lenvironnement (arosols respiratoires, eaux de baignades, ...) ;
par ingestion dun produit lui-mme contamin ;

intervention directe ou indirecte dun vecteur (insecte, ...).
Une contamination nvolue pas forcment vers une infection Les micro-organismes peuvent tre en
trop petite quantit, il existe des doses minimales infectantes ; ils peuvent aussi tre dtruits
ou limins avant dagir.
On dtermine la dose infectante 50 (DI50) et la dose ltale 50 (DL50), dose entranant la mort de 50%
des individus contamins.
Laction nfaste du micro-organisme infectieux est lie sa croissance in vivo, conditionne par
divers facteurs (pH, potentiel doxydo-rduction, nutriments). Le pouvoir pathogne proprement dit
dpend de plusieurs mcanismes :
actions denzymes lytiques (ADNases, phosphatases, hmolysines, ...) ;
comptition alimentaire ;
multiplication dans les tissus ;
libration de substances non spcifiques (gaz, histamine et autres amines, ...) ;
libration de toxines spcifiques perturbant le mtabolisme de lhte. Ces dernires peuvent
avoir une action pyrogne (fivre), mtisante (vomissement), neuro-vasculaire (baisse de
tension artrielle), inflammatoire (rougeur, chaleur, douleur et oedme), ou encore perturber la
permabilit des membranes cellulaires (diarrhe).
Il est important de rappeler que le pouvoir pathogne dpend de laptitude du germe causer des
dommages mais galement de la susceptibilit de lhte.
La virulence est le degr de pathognicit dun germe infectieux. Infection ne signifie pas forcment
maladie : un porteur sain est infect par un germe non virulent. La mesure de la virulence peut se
faire de plusieurs faons.
1.3. Pouvoir pathogne
Le pouvoir pathogne peut tre d la production dune toxine. La toxinognse, ou pouvoir

toxique, est lie ou non au pouvoir infectieux.
Les intoxications sont provoques par des micro-organismes qui scrtent ou librent une ou
plusieurs toxines, par exemple dans un aliment : toxine botulinique, entrotoxine staphylococcique,
mycotoxines, ...). La prsence de toxine est indpendante de celle des germes producteurs, on peut
rencontrer la toxine seule, les germes ayant t limins aprs sa production, ou les deux
conjointement. A loppos, la prsence dun germe rput toxinogne ne se traduit pas forcment
par la prsence de la toxine, les conditions de production doivent tre favorables (pH, potentiel
doxydo-rduction, temprature, activit de leau, concentration saline, nutriments), elles ne sont pas
toujours identiques celles du dveloppement du germe.
La toxinognse peut tre lie la virulence du germe, on parle de toxi-infection . Pour les
bactries, les endotoxines, lies au corps cellulaire, en gnral produites par des bactries Gram-,
sont libres aprs lyse cellulaire, souvent comme consquence des ractions de dfenses
entranant la destruction du germe (Salmonella, ...). Les exotoxines, surtout produites par des
bactries Gram +, sont quant elles facilement libres dans le milieu.
Le pouvoir pathogne est souvent complexe, certains germes sont la fois actifs par virulence et
par toxinognse, le nombre de germes revtant aussi une grande importance.

1.4. Les diffrents pathognes
Les effluents ou eaux uses, les dchets organiques ou encore les djections animales peuvent
tre contamins par des micro-organismes dont certains sont potentiellement pathognes pour
lhomme ou pour les animaux.
Un des buts de leur traitement est dliminer une quantit suffisante des micro-organismes prsents
de faon pouvoir les pandre dans lenvironnement sans effets nuisibles sur la sant de lhomme
ou des animaux.
Les micro-organismes potentiellement rencontrs appartiennent essentiellement 4 groupes :

bactries, virus, protozoaires et helminthes.
2. Notions sur les polluants organiques, mtalliques et leur toxicit

2.1. Les micropolluants organiques
Elments de chimie
La terminologie de compos organique sapplique toute substance carbone, cest--dire

contenant dans son squelette structural du carbone. Elle englobe de fait les composs naturels
(produits par les tres vivants) mais galement toutes les substances synthtises par les mthodes
de synthse ou xnobiotiques.
La chimie organique sintresse donc la chimie du carbone linverse de la chimie minrale qui
stend aux corps simples et aux combinaisons entre eux de tous les lments autres que le
carbone ; lexception toutefois de CO, CO2, carbonates, cyanures, carbures et quelques autres
composs simples qui par tradition sont considrs comme minraux (Arnaud P., 1990).
Llment carbone a pour particularit dtablir facilement des liaisons covalentes avec lui-mme et
il suffit dun petit nombre dlments (H,O,N, Cl, S, P,) pour former de nombreuses substances
organiques. Le nombre de combinaisons possibles entrane un nombre considrable de molcules
(quelques millions) dont le dont la masse molaire peut tre trs leve. Cest la prsence de ces
htro-atomes aux proprits physico-chimiques particulires qui confrent aux substances
organiques leurs proprits et dont certaines fonctions sont utilises pour les classer en grande
familles physico-chimiques.
Classement fonctionnel et notion de toxicit
Le classement de ces composs peut tre fait en considrant dune part la structure du squelette
carbon et dautre part ladjonction dhtro-atome. Un tableau synthtique permet de se reprer :

Familles Origine, toxicit
Hydrocarbures aliphatiques Issus essentiellement de la ptrochimie et utiliss
comme source dnergie.
Toxicit faible mais impact sur lenvironnement
potentiel.
Hydrocarbures aromatiques monocycliques Deux familles : les benznes et les phnols.
Les benznes sont essentiellement utiliss comme
solvant (benzne, tolune, xylne,) ; composs
toxiques et gnotoxiques (cancrigne).
Les phnols sont souvent utiliss dans le
traitement du bois (toxicit aigu).
Hydrocarbures aromatiques polycycliques (HPA) Sous-produits de transformation du ptrole.
Toxicit variable certains sont particulirement
cancrignes.
Organochlors Les hydrocarbures aliphatiques chlors sont issus
de synthse (trichlorothylne, chloroforme,).
Composs toxiques voire cancrignes.
Les chlorobenznes et chlorophnols sont toxiques
gnotoxiques (hexachlorobenzne, trichlorophnol
utiliss comme pesticide).
Les aromatiques polycycliques chlors sont tous
suspects dtre cancrignes (PCB, certaines
dioxines, furannes).
Autres composs organiques Substances chlors pesticides (DDT,) fortement
toxique.
Autres pesticides : grande varit de composs
organiques utilises comme biocide (triazines,).
Toxique et cancrigne pour certains.
COV :
La rglementation franaise dfinit les COV comme lensemble des composs organiques,
lexclusion du mthane, qui sont ltat gazeux dans les conditions de fonctionnement dune
installation.
2.2. Les lments traces mtalliques
On distingue deux types dlments : les mtaux ( ltat dions forment une base avec OH- ;
exemple Cu(OH)2) et les mtallodes ( ltat dions forment un acide avec H+ ; exemple HCl). Ces
lments sont prsents dans lenvironnement physique (crote terrestre) et vivant (oligo-lments).
Les spcialistes saccordent pour fixer la notion dlment trace conventionnellement une teneur
infrieure 100mg/kg MS dans le monde vivant. Certains lments sont considrs comme
polluants car leur accumulation dans lenvironnement donne lieu des toxicits plus ou moins
importantes sur les micro-organismes, les vgtaux et les animaux. Il sagit principalement des
lments suivants : Cadmium (Cd), Chrome (Cr), Cuivre (Cu), Mercure (Hg), Nickel (Ni), Plomb
(Pb), Slnium (Se), Zinc (Zn), Fer (Fe), Aluminium (Al), Manganse (Mg), Arsenic (As), Molybdne
(Mo), Cobalt (Co), Bore (B), Thallium (Tl).
Ces lments ont pour origine la crote terrestre mais ils se retrouvent plus ou moins concentrs
la suite dactivits anthropiques diverses : activits industrielles, urbaines ou domestiques.

Annexe 2
Rappel sur les risques microbiologiques encourus par les travailleurs en
station de traitement des eaux uses.

Rappel sur les risques microbiologiques encourus par les
travailleurs en STEP
1. Risques potentiels
Le document crit par Altmeyer et al. (1990) intitul risques microbiologiques et travail dans les
stations dpuration des eaux uses (Fiche mdico-technique n34 de lINRS) fait tat des risques
rels encourus au regard de la bibliographie et des observations apportes par un groupe de
mdecins du travail.
Selon ces auteurs, le risque potentiel est important au vu de la liste importante des agents
pathognes rencontrs dans les boues. Ainsi, les eaux uses constituent non seulement un vecteur
pour de nombreux micro-organismes mais galement un milieu de prolifration pour certains dentre
eux, dont les bactries.
2. Pathologies observes
Les donnes recueillies sur 42 stations dpuration des eaux (31 stations dpuration des eaux
rsiduaires urbaines, 5 stations dpuration des eaux rsiduaires industrielles (industrie chimique), 6
stations mixtes, regroupant au total 700 salaris environ) ne montrent cependant aucune pathologie
en relation avec la prise de poste.
Toutefois, quelques pathologies ont pu tre observes :
Pathologie digestive :
troubles gatro-intestinaux au poste de dgrillage,
petits troubles digestifs la mise au travail dans de petites stations,
troubles digestifs divers chez le personnel charg du transport en dcharge des boues traites
(coprocultures normales).
Pathologie ORL et respiratoire :

un cas daspergillose pulmonaire, sans autre prcision,
un cas de rhinite chronique dtiologie inconnue,
une sinusite chronique persistante malgr intervention sur dviation de la cloison nasale,
un phlegmon amygdalien lors de la deuxime anne de travail.
Pathologie cutane et oculaire :

surinfection chronique Candida albicans dun eczma au ciment,
frquence accrue de surinfection de petites plaies du bout des doigts,
lymphangite avec adnopathie axillaire du doigt aprs piqre daraigne (les piqres dinsectes
semblent un accident relativement frquent dans les stations),
dermatoses irritatives, localises aux mains,
eczma des membres sans aucune autre prcision,
mycose du thorax rcidivante,
urticaire aux gramines,
conjonctivites chez le personnel travaillant lincinration des boues, lors dun
dysfonctionnement du four,
conjonctivites aigus (2 cas) lies des manations dH2S.
Pathologie infectieuse gnrale :

deux cas de leptospirose dont un type Panama et un indtermin.

Au total, les pathologies rapportes, aprs examen rtrospectif des dossiers, ne permettent pas de
faire merger un problme infectieux particulier, mme sil semble que les troubles digestifs mineurs
et les surinfections cutanes soient assez souvent signales. Cependant, ces pathologies trs
spcifiques peuvent avoir t sous-estimes, car non rapportes au mdecin du travail et ngliges
par le salari.
3. Risque potentiel, risque rel et prcaution

Ces observations de terrain recoupent les conclusions de la bibliographie. Si le risque thorique
peut sembler inquitant, le risque rel encouru par un travailleur peut tre nuanc. En particulier,
labsentisme de ces travailleurs nest pas plus lev que celui dautres salaris, de mme quil na
pas t dcrit de pathologie notable dans lentourage proche de ces employs.
Toutefois, il convient de rester prudent face un risque li aux arosols qui reste difficile valuer.
Les arosols forms lors de laration des eaux uses en bassin daration peuvent vhiculer des
micro-organismes infectieux. La norme NF X 43-001 dfinit un arosol comme tout ensemble de
particules solides ou liquides en suspension dans un milieu gazeux. Une tude effectue auprs de
la station d'puration d'Achres (Brochard, P. et al., 1988) a montr que larobiocontamination est
assez leve au niveau de la source dmission, mais diminue trs vite ds que lon sloigne de
cette source. Le CEMAGREF (1987) sest galement interess larobiocontamination auprs de
4 stations boues actives. Il confirme la dcroissance trs rapide de larobiocontamination avec
la distance et constate que le seul germe pathogne identifi dans les arosols est le Klebsiella
pneumoniae.
Dans le cas particulier de la mthanisation des dchets en racteur, il est important de souligner le
caractre toxique de certains gaz manant de la fermentation. Il sagit en premier lieu de la
prsence de sulfure dhydrogne (H2S). La concentration de H2S dans le biogaz peut varier de 5
5.000 ppm. Le sulfure dhydrogne est un gaz trs toxique (toxicits aigus et chroniques) et trs
inflammable. Lensemble des effets et des recommandations vis vis de la prsence de ce gaz est
regroup dans une fiche toxicologique publie par lINRS (FT n 32). A un degr moindre, le
monoxyde de carbone (CO) peut prsenter un risque pour les travailleurs. Ses caractristiques
toxicologiques et les recommandations affrentes sont galement comprises dans une fiche
toxicologique spcifique ce gaz (FT n 47 de lINRS).
Le personnel doit en consquence tre inform des consignes de scurit et dhygine

(recommandations).

Annexe 3
Rsultats de ltude bibliographique sur le devenir des agents pathognes
(bactries, virus et parasites) en digestion anarobie.

Rsultats de ltude bibliographique sur le devenir des agents
pathognes en digestion anarobie
120 articles environ traitant de limpact de la digestion anarobie sur les germes pathognes ont t
analyss.
Lanalyse bibliographique nous a permis de les classer de la manire suivante :

Un premier paragraphe regroupe les articles qui ne se rfrent pas un substrat spcifique.
Les paragraphes suivants regroupent les articles en fonction du substrat trait : lisier, boues de
STEP, dchets municipaux, autres dchets.
Dans chaque paragraphe, les articles sont classs :
- en premier lieu, selon le type de germe (pathognes en gnral, bactries, virus,
parasites) ;
- ensuite, selon le mode de digestion (msophile et thermophile) ;
- enfin, selon le type dexprimentation (racteur de laboratoire ou installation
industrielle).
1. Pathognes en gnral
Les connaissances sur la suppression effective des pathognes sous conditions thermophile ou
msophile ne sont pas pleinement tablies (Brinkman-J 1997).
Cependant, plusieurs tendances se dgagent :

La digestion anarobie peut rpondre aux critres dassainissement des dchets et les installations
industrielles sont capables de satisfaire aux exigences de rcupration, traitements et pandage
des lisiers et des dchets.
Certains critres de prcautions dans leurs constructions et leur fonctionnement doivent tre
respects (Bendixen-HJ 1996).
Lenvironnement dans les digesteurs anarobies facilite linactivation des bactries et des virus alors
que linactivation dans une solution saline est considrablement plus basse. Do une forte efficacit
de linactivation due lenvironnement dans le digesteur avec une biomasse active (Lund-h et al.).
Un traitement qui aboutit 4 log 10 de rduction des streptocoques fcaux limine la plupart des
bactries et des virus pathognes communs. Cette rduction est obtenue pour des couples temps /
temprature de 1-2h/55C et 300h/35C, qui sont raliss dans les conditions habituelles de la
digestion anarobie (Lund-h et al.).
Cependant, les parvovirus et les spores bactriennes sont thermo-rsistantes. Ils ne sont pas
limins, mais rduits en nombre (Lund-h et al.).
2. Bactries
2.1. Plage msophile
2.1.1. Tous substrats
Rsultats de laboratoire
Durant la digestion msophile :

les streptocoques fcaux sont rduits de 90%,
les coliformes fcaux de 98%,
et les coliformes totaux de 99% (Berg, 1980).

Durant la digestion 35C dans un racteur de laboratoire et un temps de rtention hydraulique de
15 jours, le nombre dentrocoques ajouts pour ltude subit une rduction de 4 log10 pour le
couple temps/temprature de 300h/35C (Lund, 1996).
Dans un digesteur nourri quotidiennement avec de la boue brute, le taux spcifique dlimination
estim de Salmonella duesseldorf suit une cintique dordre 1 35C avec une diminution
quotidienne du nombre de germes de 1,6 log10 (Carrington, 1982).
Installations industrielles
Les rsultats obtenus dans les installations danoises, selon Bendinxen (1994) sont les suivantes (il
sagit dunits de co-digestion de lisiers et dautres dchets) :
T90 35C, en jours

Salmonella typhimurium 2,4
Salmonella dublin 2,1
E. coli 1,8
Erysipelotrix rhusiopathiae 1,8
Staphylococcus aureus 0,9
Mycobacterium 6
paratuberculosis
Coliformes 3,1
D-streptococci 7,1
Streptococcus faecalis 2
Clostridium perfringens aucun rduction
observe
Bacillus cereus aucun rduction
observe

2.1.2. Lisiers
Elment pathogne Origine lisier Taux de Dure Temp. Source Date

rduction ou (C)
effet observ
Entrocoques fcaux 4 log10 300 H 35 Lund 1996
Bactries vgtatives T90 13 J Olsen 1984
Mycobacterium T90 67 J Olsen 1984
paratuberculosum
Streptocoques fcaux T90 67 J Olsen 1984
Salmonella typhimurium Bovin Inactivation 10 J 37 Gadre 1986
Mycobacterium Bovin Non dtect 28 J 35 Olsen 1985
paratubeculosum
Escherichia coli Bovin T90 1,1 - J 35 Kearney, 1993
2,5 Larkin, Levett
(*)
Salmonella typhimurium Bovin T90
Yersinia enterocolitica Bovin T90
Listeria monocytogenes Bovin T90 37,5 J
Campylobacter jejuni Bovin Peu deffet
Escherichia coli Bovin Non dtect 4 J
Coliformes fcaux Bovin 1-2 log 20 J 35 Sorlini 1987
Streptocoques fcaux Bovin 1 2 log 20 J
Clostridium Bovin augmentation 20 J
sulforducteur
Coliformes fcaux Bovin 2 log 50 J
Streptocoques fcaux Bovin 2 log 50 J
Salmonella typhimurium Bovin et porc T90 2,4 J 35 Olsen, Larsen 1987
(**)
Salmonella dublin 2
Streptocoques fcaux 2
Escherichia coli 1,8
Erysipelothrix 1,8
rhusiopathiae
Streptocoques du groupe 7,1
D
Coliformes fcaux 3,2
Coliformes de la flore 3,1
indigne
Spores de Clostridium -
perfringens
Bacillus cereus -

* Daprs (Kearney, Larkin, Levett 1993), durant la digestion 35C en fourne, E coli,
S.typhimurium, Yersinia enterolitica., Listeria monocytogenes, campylobacter jejuni subissent un
rapide dclin de leurs populations viables.
** Olsen et Larsen (1987) ont travaill sur un racteur batch durant moins de 4 semaines 35C
avec une agitation automatique, et avec des organismes rajouts.
Pour le lisier de volaille, mme si la digestion msophile 35C entrane une rduction des
bactries entriques, des salmonelles et des coliformes fcaux (Shih, 1984), le lisier digr est
encore une source de risque (El Abagy 1984).
Ce dernier auteur a travaill sur des digesteurs indiens de type KVK cloche de gaz flottante, et sur
un digesteur chinois dme fixe : on ne remarque pas de diffrence entre les 2 types de digesteurs.
Les coliformes fcaux sont plus sensibles que les streptocoques fcaux.
Elment pathogne Concentration initiale Concentration finale Source Date

10^ 10^
Bactries 13 5 El Abagy 1984
Coliformes totaux 8 2
Coliformes fcaux 8 4
Streptocoques fcaux 8 2
La digestion msophile reste plus efficace que le stockage pour la rduction dE. coli, S.
typhimurium, Y. enterocolitica, Listeria monocytogenes, mais est inefficace contre Campylobacter
spp. (Kearney, Larkin, Levett, 1993), ce que confirme Olsen (1985).
La digestion anarobie msophile inactive les bactries vgtatives en un temps de lordre du jour ;
il reste donc un risque car la digestion semi-continue dure entre 1 et 2 jours (Olsen, 1985). De plus,
des bactries pathognes ne sont pas limines en systme continu et les bactries sporules ne
sont pas rduites (Olsen, 1984).
Pour certains auteurs, on ne peut pas conclure de faon vidente que la digestion anarobie
msophile limine diffrents pathognes tels que Klebsiella, Shigella, Salmonella, Mycobacteria,
Staphylococci et Pseudomonas, ils peuvent survivre la digestion anarobie (Gadre, 1986).
Elment pathogne Origine lisier Taux de Dure Temprature Source Date

rduction (C)
Escherichia coli Bovins et T90 76,9 J 28 Kearney, 1993
volailles Larkin, Levett,
Frost(*)
Yersinia enterocolitica 18,2
Campylobacter jejuni 438,6
Salmonella 34,5
typhimurium
Listeria 28,5
monocytogenes
* Kearney, Larkin, Levett et Frost (1993), ont travaill sur un digesteur industriel msophile (28C)
avec alimentation quotidienne de lisier de bovin et dchet de volaille. TRH : 24 j.

Pour ces auteurs, la digestion msophile permet une rduction des pathognes mais cela dpend
du nombre initial de pathognes et de lespce bactrienne. Le nombre de bactries pathognes -
sauf Campylobacter jejuni - baisse en moyenne de 4 log 10 en 10 jours.
En moyenne, 4% de la population viable prsente dans le lisier reste viable dans leffluent du
digesteur.
Les T90 de Salmonella typhimurium et Escherichia coli dans la digestion arobie msophile
grande chelle sont comparables ceux obtenus au cours dexprience petite chelle. Cependant
les temps de survie des pathognes ajouts directement dans le milieu sont plus longs que pour
des germes ajouts dans des sacs de Nylon immergs dans le produit, (Olsen et Larsen, 1987).
2.1.3. Boues de STEP
On dispose principalement de rsultats de laboratoire.
Elment pathogne Taux de rduction Dure Temprature Source Date

(C)
Coliformes fcaux 90% Morozzi 1988
Bactries 90 % 26 J 34 Carrington 1991
S.typhimurium 0.6 0.9 log / ml 28 Farrah 1983
S. faecalis
E. coli
Salmonelles Absence 48 H 35 Glausser 1985

Coliformes 2.7 10^5 5.5 10^4 Glausser (*) 1985
Enterocoques 1.6 10^5 310^3
Coliformes fcaux 10^5 10^3 Watanabe 1997
(**)
Entrocoques 10^3 10^5 10^2 10^5
Salmonelles 40 / 4g 1,8 30 / 4g
* Conditions opratoires : co-digestion boues de STEP + dchets municipaux
** Conditions opratoires : digestion 35C avec des temps de rtention de 10, 20, 30 j , et
alimentation une fois par jour en semi-continu.
2.2. Plage thermophile
(C)
Coliformes totaux 99.9999% 20 J 49 Berg 1980
Entrocoques fcaux 4 log 1,1 H 55 Lund 1996

Les rsultats obtenus dans les installations danoises, selon Bendinxen (1994) sont les suivantes (il
sagit dunits de co-digestion de lisiers et dautres dchets) :
T90 53C, en jours

Salmonella typhimurium 0,7
Salmonella dublin 0,6
E. coli 0,4
Erysipelotrix rhusiopathiae 1,2
Mycobacterium 0,7
paratuberculosis
Streptococcus faecalis 1
Clostridium perfringens aucun rduction
observe
Bacillus cereus aucun rduction
observe
2.2.2. Lisiers
Le pourcentage dinactivation des pathognes dans les lisiers de bovins est plus important en
thermophilie quen msophilie pour les enterocoques fcaux (Lund, 1996), de mme que pour les
coliformes fcaux et totaux, et les salmonelles (Duarte, Mendes, 1992).
De mme pour le lisier de volaille : la digestion 50C permet la destruction totale des bactries
entriques, des salmonelles, des coliformes fcaux (Olsen, 1985).
Cependant, certains exprimenteurs ont constat une augmentation des streptocoques et des
clostridium, bien que les coliformes fcaux aient t limins, dans des conditions pourtant
favorables : 65C pendant 18 j sur des pilotes de 5 l (Sorlini, 1987).

rduction (C)
Entrobacteries Destruction Doll 1997
Bactries vgtatives T90 0,4 1 H 53 Olsen 1984
Bactries vgtatives Elimination 12 24 H
Mycobacteriurn Bovin Absence 24 H 53-55 Olsen 1985
paratuberculosis
Bactries vgtatives Bovin Inactivation Quelqu
es
heures
E. coli Quelqu
es
heures
Staphylococcus aureus Quelqu
es
heures
Coliformes totaux et Porc 99.14% - 15 J 54,9 Buchwalder 1989
fcaux 99.99%
Streptocoques 15J
Salmonelles Absence
Salmonella typhimurium Porc et bovin Absence 12H 53-57 Klochkovo 1977
Salmonella dublin 12H
Mycobactries non 3 J
pathognes
Staphylococcus aureus 3 J
Brucella bovis 24 H
Coliformes 4 log 12 h
Coliformes Survie 24 h
Spores de clostridium bovin et Survie 53 Olsen, 1987
perfringens porcin Larsen (***)
Bacillus cereus Survie
E rhusiopathiae T90 1,2 h
Streptocoques fcaux T90 1 H
Salmonella typhimurium T90 0,7 H
Salmonella dublin T90 0,6 H
Staphylococcus aureus T90 0,5 H
E. coli T90 0,4 h
* Olsen (1985) a travaill sur un racteur de laboratoire batch. Les taux de dpart des pathognes
est de 13 10^4 2.7 10^4 units par gramme de lisier. La digestion thermophile permet l'inactivation
des bactries vgtatives E. coli, streptococcus aurus en quelques heures.
** Klochkovo travaille sur un digesteur de 500 l 53-57C avec ajout de culture bactrienne. On
passe de 10^6 10^2 en 12 h pour les coliformes, mais aprs 2 h ils sont encore dtects.
*** Olsen & Larsen (1987), travaillent sur un racteur batch de 2-3 l 53C et un racteur continu de
7 l 53C avec ajout de 500 ml une fois par jour et agitation automatique, les organismes sont
rajouts.


rduction (C)
Pathognes Elimination Qq Bendinxen 1994
Salmonella heures
Salmonella dublin Bovin Destruction < 24 H 55 Plym- 1983
Forshell
Salmonella < 24 J
typhimusium
Enterocoques fcaux Bovin et porc 4 log 1-2 H 55 Lund 1996

Coliformes 2.7 10^5 2,3 10^3 Glausser (*) 1985
Enterocoques 1.6 10^5 1,7 10^2
* Conditions opratoires : co-digestion 60C de boues de STEP + dchets municipaux, digesteur
de 20 l, TRH : 18 j. Daprs (Glausser 1985), les salmonelles sont limines en 10 minutes. Laction
de la digestion thermophile sur les bactries fcales est trs efficace.
Selon Watanabe (1997), les conditions de classe A EPA sont satisfaites en condition de
thermophilie avec un TRH de 10 j.

3. Virus
3.1. Plage msophile
Les coliformes fcaux sont 7-8 fois plus sensibles que les virus la digestion msophile. Le
comportement des streptocoques fcaux et totaux se rapproche de celui des virus.

(C)
Coxsackievirus B3 2 log10 24 H 35 Eisenhardt 1977
Virus entriques Encore prsents 21 J 30 Eisenhardt 1977
Rapport indicateur Taux de rduction Source Date

Coliformes fcaux / 5 6 Berg 1980
virus
Coliformes totaux/virus 9 Berg 1980
De nombreux rsultats des installations danoises de co-digestion sont donns par Bendinxen.
Inactivation, 35C
Elment pathogne Taux de Dure Tempratur Source Date
rduction e
(C)
Virus de la grippe porcine Inactivation > 24 H 35 Bendinxen 1994
Parvovirus porcin 21 Sem
Virus du BVD 3H
Virus de la rhino-trachete 24 H
bovine
Virus de la maladie dAujeszky 5H
Virus de la fivre porcine 4H
classique
Virus de la TGE du porc 24 H
Le poliovirus perd de son infectiosit avec le temps et la temprature : 1 log 10 par jour 28C
(Ward, 1976).
3.1.2. Lisiers
La digestion anarobie permet la rduction des virus et de leur infectiosit (Derbyshire-JB 1986).
Elle est plus efficace pour liminer les particules virales que les bactries (Mateu-A 1992).
Daprs (Mc Kain 1987), durant la digestion 35C de dchets de porcherie, flux continu, les
entrovirus porcins passent de log 5.02 2.00 en 6 h. Il y a une lgre inactivation les premires

heures mais certains persistent 9 j. Les rsultats sont les mmes avec la digestion en batch 35C.
Lassociation aux particules solides donne une protection au virus.
Elment pathogne Origine lisierTaux de Dure Temprature Source Date

rduction (C)
Parvovirus Bovin Survie >13 J 35 Monterb (*) 1986
Entrovirus bovin Bovin Survie >8 J 35
Parvovirus porcin Porc et bovin 1 log 13 J 20 Lund (**) 1983
* Monterb (1986), considre que la digestion msophile du fumier de bovin (alimentation en semi-
continu une fois par jour, TRH de 10-40 j 35C), nest pas une mthode fiable pour linactivation
des virus tests. Avec un TRH plus long, les virus sont plus vite limins.
** Conditions opratoires : digestion 20C non are de lisier de bovin et de porc ensemenc de
nombreux pathognes. Linactivation est plus leve en arobie quen anarobie. Les parvovirus
sont plus rsistants la temprature, alors que les adenovirus sont plus facilement inactivs que les
entrovirus.
Rapport indicateur Origine lisier Taux de rduction Source Date

Virus de culture / virus natifs Porc et bovin 4 10 Lund (*) 1996
Enterobactries fcales / parvovirus 6 50
porcin
Entrovirus bovins / entrobactries 13
fcales
* Conditions opratoires : racteur de laboratoire de 3 l, TRH : 15 j , MGRT : 6 j . substrat ajout 4
fois par jour. Les virus sont ajouts en suspension. Les Entrovirus bovins demandent un MGRT de
23 h 35C pour une rduction de 4 log. Une rduction de 4 log pour les parvovirus est non
ralisable, car leur rsistance la chaleur est suprieure aux autres virus.

(C)
Entrovirus 99% 26 J 34 Carrington 1991
Pathognes viraux Rduction 28 34 Farrah 1983
incomplte
Coxsakievirus B3 2 log 24 H 35 Eisenhardt 1977
(*)
Virus entriques Survie 21 J 30
Poliovirus type 1 2 log 24 J 37
Coxsackievirus b3 1 log
Coxsackievirus a9 1,5 log
Echovirus 11 0,5 log
* Conditions opratoires : digestion msophile en racteur agit de 5.6 l pendant 24 j pH 7.12-7.5,
ensemencement en pathognes.
Linfectiosit baisse avec le temps et la temprature de 1 log/j 28C selon Ward (1975), pour une
exprimentation avec poliovirus ajout. La digestion anarobie dtruit les trois organismes
indicateurs (coliformes fcaux et totaux et streptocoques fcaux) plus rapidement que les virus
(Berg-G 1980).

Rapport indicateur Taux de rduction Source Date

Coliformes fcaux / 300 Berg 1980
virus
Coliformes totaux / 200 Berg 1980
virus
Streptocoques / virus 2,7 Berg 1980
* Les paramtres temprature et temps de sjour ne sont pas prciss par lauteur.
Installations danoises de co-digestion (Bendixen, 1994).
Temps dinactivation 55C

Elment pathogne Temps dinactivation
Virus de la grippe porcine 1 heure
Parvovirus porcin 8 jours
Virus du BVD 5 minutes
Virus de la rhinotrachite bovine 10 minutes
Virus de la maladie dAujeszky 10 minutes
Virus de la fivre porcine quelques secondes
classique
Virus de la TGE du porc 30 minutes
Le taux dinactivation des entrocoques fcaux est suprieur de 5 6 fois au taux des parvovirus, et
13 fois infrieur celui des entrovirus bovins (Lund-h et al.).
3.2.2. Lisiers
Elment pathogne Origine Taux de Dure Temprature Source Date

rduction (C)
Parvovirus bovin Bovin Inactivation 30 Min 55 Monterb (*) 1986
Entrovirus bovin
Parvovirus porcin Porc et bovin 4 log 11-12 H 55 Lund (***) 1996
+ dchets
municipaux
Entrovirus bovin 0,5 H
Entrovirus porcin Porc Absence 66 H 60 Mc Kain (**)
* Conditions opratoires : digesteur semi continu de 25 l aliment une fois par jour en fumier de
bovin. TRH : 10-40 j 55C.
** Digestion de dchets de porcheries dans des digesteurs flux continu 60C. Selon Mc Kain, la
digestion thermophile est plus efficace que la msophilee, le titre passe de 6.00 0.00 en 6 h.

Rapport indicateur Origine lisier Taux de rduction Source Date
Virus de culture / virus natifs Porc et bovin 4 10 Lund (***) 1996
+ dchets
municipaux
Entrocoques fcaux / parvovirus 13
porcin
*** Conditions opratoires : racteur de laboratoire de 3 l. TRH moyen : 15 j . mgrt : 6 j . substrat
ajout 4 fois par jour, les virus sont ajouts en suspension.
4. Parasites
4.1. Plage msophile

(C)
Oeufs de Metastrongylus spp. Survie > 7 jours 12 24 Marti 1980
Strongylodes ransonii Inactivation < 7 jours 12 24 Marti 1980
Oeufs non embryonns dAscaris Survie > 2025 35 45 Birbaum 1985
suum jours
Installations danoises de co-digestion (Bendinxen, 1994).

Oeufs de vers gastro-intestinaux de 2 jours
bovin
Oeufs de vers plats du chat moins de 2 jours
Oeufs de vers ronds nodulaires du 6 8 jours
porc
Oeufs dascaris de porc 21 jours
Larves de vers de poumons de bovins moins de 7 jours

4.1.2. Lisiers

rduction (C)
Cooperia oncophora Absence 35 J 35 Sarapatka (*) 1994
Oesophagostamum spp
Ascaris suum
Taenia saginata 20 J
Ascaris suum (indigne) Perte 30 J 33 Buchwalder 1989
infectiosit
Ascaris suum (indigne) Absence 40 J
Cooperia Absence 4J 35 Olsen 1984
Oncophora <14 J
Oesophagostomum <35 J
Ascaris suum <35 J
Parasites intestinaux Survie
Oeufs de Cooperia Bovin Perte de 2-5 J 35 Olsen, 1987
vitalit Nansen
Onchophora Bovin 2 5 J 35
Larves de Dyctiocaulus Bovin Absence <7J 35
viviparus
Eimeria Bovin Non affect 35
Ascaris suum Bovin Survie 42 J 22 27 Plym-Forshell 1983
Ascaris suum Bovin 40 % 57 J 22 27
Ascaris suum Porc + Survie 17- 35-37 Juris (**) 1996
boues 18%,
Oeufs non embryonns Endommag 20 J
s
Oeufs dascaris Porc Dvitalisation 35 Black 1982
23%
Oocystes Volaille Rduction 10 J 35 Lee (***) 1988
infectiosit
Oocystes non sporuls 90 99% 10 J 35
* Conditions opratoires : digestion de lisier de bovin dans un digesteur batch de petite chelle avec
agitation. Temprature de 35C, parasites indignes. Daprs Olsen et Nansen, Cooperia passe de
200 50/g 35C. La digestion anarobie peut acclrer linactivation des oeufs de
trichostrongylids et des larves prsentes dans les dchets.
** Conditions opratoires : digestion 35-37C avec un temps de rtention hydraulique de 20j dans
des digesteurs de 800 l 1000 l de lisier de porc et de boues stabilises dans une usine de
traitement des eaux uses ayant subi un prtraitement anarobie.
*** Conditions opratoires : digestion 35C pendant 10 j avec ajout dEimeria tenella. Lee ajoute
que les oocystes non sporuls sont plus rduits que dans une solution saline. Il ny a cependant pas
de rduction significative des oocystes durant la digestion msophile et que leffet de la thermophilie
est suprieur celui de la msophilie.


(C)
Oocystes de Cryptosporidium Viabilit 17 % 3J 35 Whitmore (*) 1995
parvum
Viabilit 10-15% 18 J
Eimeria tenella Persistance >6 J
infectionsit
Ascaris suum Viabilit inchange 26 J 34 Carrington 1991
(**)
Ascaris suum 100 % 30 J 38 Glausser (***) 1985
Cestodes Survie 41 J 30
* Conditions opratoires : digesteur de 5 l semi-continu mlang avec un temps de rtention de 20 j
avec ajout doocystes, viabilit initiale de 83%. La rsistance baisse de 20-40% au-dessus de 30 j,
mais les oocystes rsistent bien au-del de cette priode.
** Conditions opratoires : inoculation dAscaris en digesteur agit de 5 l, 34C, TRH : 26 j.
*** Conditions opratoires : digestion de boue dpuration et dordures mnagres dans un
digesteur de 20 l en semi-continu.
(C)
Oeufs non embryonns dAscaris Inactivation 110 min 50 Birbaum 1985
suum
50 min 52
20 min 54
10 min 56
Installations danoises de co-digestion (Bendinxen 1994).

Oeufs de vers gastro-intestinaux de 1 4 heures
bovin
Oeufs de vers ronds nodulaires du 1 4 heures
porc

4.2.2. Lisiers
rduction (C)
Cooperia oncophora Absence <1 H 35 Olsen (*) 1984
Oesophagostomum
Cooperia oncophora Fumier de Rsistance 22 - 36 53 Sarapatka 1994
ferme (**)
Oesophagostomum et Fumier de 22 - 36 53
Ascaris ferme
Oeufs doncophora Bovin Dvitalisatio 15 Min 53 Olsen, 1987
n Nansen (***)
Cooperia
Cooperia Absence 24 H
Dyctiocaulus viviparus
Eimeria Non affect
Nmatodes de bovin Dvitalisatio Olsen, 1987
n Nansen (****)
Coccidies Dvitalisatio
n
* Conditions opratoires : digestion en continu.
** Conditions opratoires : digestion discontinue entre 50-60C avec ajout de parasites non
indignes.
*** Conditions opratoires : digestion petite chelle 53C dans un digesteur batch de 5 l agit.
Parasites indignes.
**** Conditions opratoires : racteurs semi-continus. La dvitalisation des nmatodes et coccidies
nest pas assure dans les conditions msophile 30-31C.

rduction (C)
Ascaris suum Fumier Absence < 24 H 55 Plym- 1983
bovin Forshell
Oocystes dEimeria Volaille Inactivation 50 1988 Lee (*)
tenella
* Conditions opratoires : digestion 50C pendant 5-10 j. Lee ajoute que les conditions
thermophiles sont plus efficaces que les conditions msophiles. Elles entranent une perte de la
capacit sporuler et infester les poulets. A 50C, on a le mme effet sur les oocystes sporuls
ou non sporuls.


(C)
Oocystes de Cryptosporidium Rduction viabilit 5 20 Min 45 Whitmore 1995
parvum
Perte viabilit 30 Min 65
Emeiria tenella Inactivation 92% 5 Min 55
Ascaris suum Forte rduction 15 Min 55 Pike (*) 1988
viabilit
Ascaris lumbricoides Perte viabilit 20 Min 55 60
Glausser 1985
(**)
* Conditions opratoires : digesteur de 5 l mlang avec un temps de rtention de 20 j.
** Conditions opratoires : digestion de boues dpuration et dordures mnagres dans un
digesteur de 20 l en semi-continu . TRH : 18 j.
Signalons ici quelques articles traitant de points particuliers et qui nont pu tre classs selon le plan
tabli :
La fermentation anarobie thermophile des produits dabattoir dans une installation pilote dans
un abattoir industriel en Isral, semble efficace contre les pathognes (Marchaim-U 1988).
Durant la digestion 55C pendant 10 j des night soil pour lutilisation en pisciculture et
agriculture, on observe une rduction de 10 log 10 des coliformes fcaux (Ling 1993).
Trs peu darticles traitent de laction de la digestion anarobie sur dautres dchets que ceux
traits prcdemment : sur un digesteur DRANCO traitant des dchets mnagers (55C, TRH
15 20 j) : Baeten-D (1988) considre que lefficacit sur les pathognes en gnral est bonne.

Annexe 4
BIBLIOGRAPHIE

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ANNEXES

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1. Notions sur les organismes pathognes et la pathognicit

1.1.1. Modes de relations entre micro-organismes et tres vivants

Enfin, de nombreuses autres espces vivent en association avec dautres organismes.

Dans certaines conditions, le commensalisme peut voluer en relation dsquilibre. Les

Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES

Le pouvoir pathogne peut sexprimer de diffrentes faons :

On parle, dune part, de pouvoir infectieux , dautre part, de pouvoir toxique .

1.2. Pouvoir infectieux

Pour quil y ait infection, il faut dabord quil y ait eu contamination :

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1.3. Pouvoir pathogne

Le pouvoir pathogne peut tre d la production dune toxine. La toxinognse, ou pouvoir

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Les micro-organismes potentiellement rencontrs appartiennent essentiellement 4 groupes :

2. Notions sur les polluants organiques, mtalliques et leur toxicit

La terminologie de compos organique sapplique toute substance carbone, cest--dire

Classement fonctionnel et notion de toxicit

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2.2. Les lments traces mtalliques

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Toutefois, quelques pathologies ont pu tre observes :

Pathologie ORL et respiratoire :

Pathologie cutane et oculaire :

Pathologie infectieuse gnrale :

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3. Risque potentiel, risque rel et prcaution

Le personnel doit en consquence tre inform des consignes de scurit et dhygine

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Lanalyse bibliographique nous a permis de les classer de la manire suivante :

Cependant, plusieurs tendances se dgagent :

2.1.1. Tous substrats

Durant la digestion msophile :

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T90 35C, en jours

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Elment pathogne Origine lisier Taux de Dure Temp. Source Date

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Elment pathogne Concentration initiale Concentration finale Source Date

Elment pathogne Origine lisier Taux de Dure Temprature Source Date

Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES

2.1.3. Boues de STEP

On dispose principalement de rsultats de laboratoire.

Elment pathogne Taux de rduction Dure Temprature Source Date

Elment pathogne Concentration initiale Concentration finale Source Date

2.2. Plage thermophile

2.2.1. Tous substrats

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T90 53C, en jours

Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES

Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES

Elment pathogne Origine lisier Taux de Dure Temprature Source Date

2.2.3. Boues de STEP

Elment pathogne Concentration initiale Concentration finale Source Date

Programme ADEME Sant-Dchets ANNEXES