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Biochimie – les molécules de la vie

Cours : 32 heures
TD : 24 heures

Saint Charles (responsable : José LUIS)

Luminy (responsable : Laetitia HOUOT)
Aix-Montperrin (responsable : Marc MARESCA)

Page AMeTICE : https://ametice.univ-amu.fr/course/view.php?id=59107

1
 Chapitre 3

Les protéines
1. Les acides aminés
1.1 Structure
1.2 Propriétés
2. Les protéines
2.1 Classification et diversité
2.2 Liaison peptidique
2.3 Propriétés physico-chimiques
2.4 Structure des protéines
2.5 Différents types de protéines
2.6 Dénaturation
2.7 Hydrolyse de la liaison peptidique
2.8 Techniques de purification et d’étude des protéines
2
 Les protéines
Les acides aminés
Protéines : - macromolécules majoritaires dans les cellules (~ 50% du poids sec)
- combinaison de 20 acides aminés

Nomenclature des acides aminés

On utilise un code soit à 3 lettres soit à 1 lettre

Alanine Ala A
Acide aspartique Asp D
Glycine Gly G
Acide glutamique Glu E
Histidine His H
Asparagine Asn N
Isoleucine Ile I
Glutamine Gln Q
Valine Val V
Arginine Arg R
Leucine Leu L
Lysine Lys K
Proline Pro P
Phénylalanine Phe F
Cystéine Cys C
Tryptophane Trp W
Méthionine Met M
Tyrosine Tyr Y
Sérine Ser S
Thréonine Thr T

MM moyenne des acides aminés libres : ~ 128 Da

MM moyenne des résidus d'aminoacyl : ~ 110 Da

1 protéine > 90 aa (soit 10 kDa) 3

 Les protéines
Les acides aminés
Structure de base des acides aminés
COO -
*
H3N H
+ C
R

4
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

5
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants
– 1 Fonction acide carboxylique / carboxylate

-
pKa environ 2

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

6
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants
– 1 Fonction acide carboxylique / carboxylate
– 1 Fonction amine primaire

pKa environ 10

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

7
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants
– 1 Fonction acide carboxylique / carboxylate
– 1 Fonction amine primaire
– 1 Hydrogène : H

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

8
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants
– 1 Fonction acide carboxylique / carboxylate
– 1 Fonction amine primaire
– 1 Hydrogène : H
– 1 chaîne latérale ou «résidu de l’amino-acide» : R

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

9
 Les protéines
Les acides aminés
Groupes des acides aminés
COO -
+
H3N C* H
R

• 1 C* et 4 substituants
– 1 Fonction acide carboxylique / carboxylate
– 1 Fonction amine primaire
– 1 Hydrogène : H
– 1 chaîne latérale ou «résidu de l’amino-acide» : R

• Structure de la chaîne latérale (Résidu)

=> nom de l'aa

10
 Les protéines
Les acides aminés
Chiralité des acides aminés
• Le Ca est asymétrique (sauf pour Gly)
=> 2 configurations différentes (énantiomères) 109,5°

COO- COO-

+H N C H H C NH+
3 3
CH3 CH3
L - Ala D - Ala

11
 Les protéines
Les acides aminés
Chiralité des acides aminés
• Le Ca est asymétrique (sauf pour Gly)
=> 2 configurations différentes (énantiomères) 109,5°

COO- COO-

+H N C H H C NH+
3 3
CH3 CH3
L - Ala D - Ala

Représentation
de Fischer

• Acides aminés naturels : série L

Exceptions (série D) : - peptides à activité antibiotique
- peptidoglycane des bactéries 12
 Les protéines
Les acides aminés

Classification des acides aminés

- basée sur le comportement vis-à-vis de l’eau

• Acides aminés non polaires (apolaires) : hydrophobes
• Acides aminés polaires non chargés : hydrophiles
• Acides aminés polaires et chargés (fonction ionisable dans leur chaîne latérale) :
hydrophiles

- basée sur les groupements fonctionnels

• Acides aminés aliphatiques (chaîne latérale contenant uniquement C et H) :
Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine, Proline
• Acides aminés soufrés (chaîne latérale contenant du C, de l’H et du S) :
Cystéine, Méthionine
• Acides aminés hydroxylés (chaîne latérale contenant un alcool –OH) :
Sérine, Thréonine
• Acides aminés aromatiques (chaîne latérale contenant un cycle) :
Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane
• Acides aminés dicarboxyliques et leurs amides (-COOH et -CONH2) :
Acide aspartique et Acide glutamique, Asparagine, Glutamine
• Acides aminés dibasiques (chaîne latérale basique) :
Arginine, Histidine, Lysine
13
 Les protéines
Les acides aminés
La valeur du pKa est indiquée pour chacune des fonctions ionisables, MM= masse molaire (en g/mole)
La structure des acides aminés donnée ici est la forme ionique majoritaire à pH = 7 _
2,36
Acides aminés aliphatiques +
_ 9,60
_ _ 2,32
2,34 2,35 +
+ + 9,62
9,60 9,69

Glycine; Gly; G Alanine; Ala; A Valine; Val; V Leucine; Leu; L

pHi=5,97; MM=75 pHi=6,02; MM=89 pHi=5,97; MM=117 pHi=5,98; MM=131

_ _
2,36 1,99
+
9,68
+
Les 20 acides aminés (1)
10,60

Isoleucine; Ile; I Proline; Pro; P

pHi=6,02; MM=131 pHi=6,30; MM=115

Acides aminés soufrés

_
2,28 Acides aminés hydroxylés
+ _ 1,71
9,21 _
+ _ 2,63
10,78 2,21
+
+ 10,43
9,15

8,33

Sérine; Ser; S Thréonine;Thr; T

pHi=5,68; MM=105 pHi=6,53; MM=119
Cystéine; Cys; C
Méthionine; Met; M
pHi=5,75; MM=149
pHi=5,02; MM=121 14
 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés
_ aromatiques _ _
2,38
1,83 2,20
+
+ +
9,39
9,13 9,11

Les 20 acides aminés (2)

10,07
Phénylalanine; Phe; F Tyrosine; Tyr; Y Tryptophane; Trp; W
pHi=5,48; MM=165 pHi=5,65; MM=181 pHi=5,88; MM=204

Acides aminés dicarboxyliques et leurs amides

_ _ _ _
2,09 2,19 2,02 2,17
+ + + +
9,82 9,67 8,80 9,13

_
3,86
_
4,25

Acide aspartique; Asp; D Acide glutamique; Glu; E Asparagine; Asn; N Glutamine; Gln; Q
pHi=2,98; MM=133 pHi=3,22; MM=147 pHi=5,41; MM=132 pHi=5,65; MM=146
Acides aminés dibasiques
_ _
3,18 2,17 _
+ + 1,82
8,95 9,04 +
9,17

+ 6,0
+ 10,53 12,48

Lysine; Lys; K Arginine; Arg; R Histidine; His; H

pHi=9,74; MM=146 pHi=10,76; MM=174 pHi=7,59; MM=155 15
 Les protéines
Les acides aminés

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 Les protéines
Les acides aminés

17
 Les protéines
Les acides aminés

18
 Les protéines
Les acides aminés

19
 Les protéines
Les acides aminés

20
 Les protéines
Les acides aminés

21
 Les protéines
Les acides aminés

22
 Les protéines
Les acides aminés

23
 Les protéines
Les acides aminés

24
 Les protéines
Les acides aminés

Acides aminés polaires non chargés

25
 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés polaires non chargés

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 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés polaires chargés (fonction ionisable)

Hydrophobe

27
 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés polaires chargés (fonction ionisable)

Hydrophobe

28
 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés polaires chargés (fonction ionisable)

29
 Les protéines
Les acides aminés
Acides aminés polaires chargés (fonction ionisable)

Hydrophobe

Hydrophobe

30
 Les protéines
Les acides aminés
Diagramme de Venn

31
 Les protéines
Les acides aminés
Ionisation des acides aminés libres (non incorporés dans une protéine)

Ionisation du groupement a-carboxyle

pKa environ 2

Ionisation du groupement a-amine

pKa environ 10

32
 Les protéines
Les acides aminés

Ionisation des acides aminés « neutres » (chaîne latérale sans groupe ionisable)

Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, Pro, Phe, Trp, Ser, Thr, Asn, Gln

pKa environ 2 pKa environ 10

R non ionisable

33
 Les protéines
Les acides aminés
Prédominance des espèces en fonction du pH

NH 3 +
[ R—CH—COO - ] [ H+ ]
Ka a-COOH
K1 =
[ R—CH—COOH ]
NH 3+

NH 2
[ R—CH—COO - ] [ H+ ]
Ka a-NH2K2 =
[ R—CH—COO - ]
NH 3+

2 4 6 8 10 12 pH

34
 Les protéines
Les acides aminés

Titration de l’alanine

Calcul du degré d'ionisation en fonction du pH :

[COO-]
Zone 1 : pH = pKaCOOH + log
[COOH]
® Charge nette d'un aa
[NH2]
Zone 2 : pH = pKaNH2 + log
[NH3+] 35
 Les protéines
Les acides aminés
Ionisation des acides aminés avec 3 groupes ionisables
Asp, Glu, Lys, Arg, His, Tyr, Cys
pKaR

36
 Les protéines
Les acides aminés

Dissociation de l’acide glutamique

pKaaCOOH pKaR=4,25 pKaaNH2

=2,19 =9,67

37
 Les protéines
Les acides aminés
Titration de l’acide glutamique

pHi = 3,22

Point isoélectrique (pHi) pKa1 + pKR

pHi = = 3,22
2
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 Les protéines
Les acides aminés
Dissociation de la lysine

39
 Les protéines
Les acides aminés
Spectre d’absorption des acides aminés

40
 Les protéines
Les acides aminés
Oxydation des cystéines

2
2H+

2H
(2H++2e-)

+ SCH2CH2OH
+ 2 HSCH2CH2OH
SCH2CH2OH
Réduction de la cystine par le b-mercaptoéthanol 41
 Les protéines
Les acides aminés
Electrophorèse des acides aminés sur papier

La séparation se fait selon la charge nette (prévisible à un pH donné)

42
 Les protéines
Les acides aminés
Chromatographie sur couche mince (voir exercice 10)

Séparation en fonction de l'affinité

* pour le support (papier, polaire)

Migration du solvant
* pour le solvant (plus apolaire)

+ simple et rapide

- ne sépare pas tous les aa

l l
Migration du solvant l
l

Réaction à la ninhydrine A B C D

A: peptide
B et C: aa témoins
D: hydrolysat

43