Bactériologie: Rappel

Présenté par
Dr Gaël MOUREMBOU

1
 Objectifs
Connaître les différentes flores
bactériennes, et les maladies dont
certaines sont responsables
 PLAN

I-Généralites

II-Bactériologie en pratique médical

III-Les différentes flores bactériennes

IV-Exemples des bactéries à Gram positif

V-Exemples des cocci à Gram négatif

VI-Exemples des bacilles à Gram négatif

 Généralités
1. Définitions

• Les bactéries= êtres vivants unicellulaires

• procaryotes : chromosome unique sans membrane nucléaire et
sans appareil de mitose, et une structure cellulaire élémentaire (pas
de mitochondries)

Leur taille varie de 1 à 10 microns (μm). Elles ne sont donc visibles qu'au
microscope optique (×103) ou au microscope électronique (×106)
 Généralités
2. STRUCTURES CONSTANTES

 Absence de véritable noyau

 Pas de membrane nucléaire entourant le chromosome = procaryotes

 Chromosome
 ADN bicaténaire, circulaire, unique
 Séquences essentiellement codantes
 Information génétique en rapport avec la versatilité métabolique et
inversement
 Se duplique et s'égrège au cours de la division cellulaire

 Les plasmides
 ADN bicaténaire, circulaire
 réplication indépendante de celle du chromosome
 gènes de virulence et de résistance aux ATB
 gènes métaboliques
 Généralités
2. STRUCTURES CONSTANTES
 Paroi bactérienne
 bactéries est la paroi cellulaire.
 différence de la structure et de la composition chimique de la paroi
cellulaire mise en évidence grâce à la coloration de Gram.

 Gram positif
 90% peptidoglycane

 Gram négatif
 5 à 20 % peptidoglycane
 Lipoprotéines
 Membrane externe (LPS)
 Généralités
2. STRUCTURES CONSTANTES
 Paroi bactérienne

Cocci Gram positif en chaînettes

 Généralités
2. STRUCTURES CONSTANTES
 Paroi bactérienne

Bacille à Gram négatif

 Généralités
2. STRUCTURES CONSTANTES
 Paroi bactérienne

Bacille à Gram positif

 Généralités
3. STRUCTURES INCONSTANTES
 Cils ou flagelles
 Appendices filamenteux
 organes de locomotion
 Les pili ou fimbriae
 structures protéiques filamenteuses
 fixation de certaines bactéries sur les muqueuses
 Pili sexuels :
 l'attachement des bactéries entre elles au cours de la conjugaison.
 Récepteurs de bactériophages
 Généralités

3. STRUCTURES INCONSTANTES

– La capsule
• nature polysaccharidique
• rôle protecteur
• pouvoir pathogène
• contre la phagocytose

– Les spores
• hautement résistante à la dessiccation, à la chaleur et aux agents
chimiques.
• forme de résistance aux conditions défavorables
 Généralités
4. AUTRES CARACTERISTIQUES

• Taille
- De l'ordre du µm

• Forme variable:
 Généralités
5. TRANSFERT DU MATERIEL GENETIQUE

• Le transfert horizontal de gènes entre bactéries.

– facteurs principaux de l'augmentation de la résistance des
bactéries aux antibiotiques.
– Une fois la résistance acquise par une cellule, elle peut être
transmise entre des bactéries d'espèces différentes et parfois
même de genres différents.
– Il y a trois systèmes principaux d'échange de matériels
génétiques chez les procaryotes:
• La conjugaison (transmission de plasmides )
• La transformation
• La transduction :transfert d'ADN bactérien partiel, par
l'intermédiaire de bactériophages (toxine érythrogène par le
streptocoque A )
 Généralités
6. TAXONOMIE BACTERIENNE

• Famille : “Entérobactiaceae”
• Genre : “Escherichia”

• Espèce : “Escherichia coli”

• Souche : individu ou clone
caractérisé par ses antigènes
(sérotype), la structure de son
génome (génotype), son
pouvoir pathogène particulier
(pathovar), etc.
 Généralités
6. TAXONOMIE BACTERIENNE

Méthode de classification bactérienne: Approche poly-phasique

1. Approche phénotypique
2. Approche génomique
2.1- Le GC%
2.2-Hybridation ADN/ADN
2.3-Analyse de l’ARN ribosomal: la phylogénie
Généralités
Identification bactérienne

 Caractéristiques phénotypiques
 Morphologiques
 Biochimiques
 Antigéniques

 Caractéristiques génétique
 Recherche de gène spécifique d’espèce
 Séquence du gène de l’ARN ribosomal 16S
Identification phénotypique: morphologique

Uniquement orientation

Cocci Gram positif Cocci Gram négatif

en amas = méningocoque
staphylocoques

Cocci Gram positif Bacille Gram négatif

en chaînette = entérobactérie
streptocoques Pseudomonas
…..

Bacille Gram positif =

Clostridium, Listeria
Identification phénotypique: Biochimique

 Ensemencement de colonies pures

 Nitrite, uréase, coagulase, DNAse….
 Dégradation ou fermentation des sucres
 Production du gaz (CO2, H2S)….
 Identification phénotypique

Cocci Bacille

Gram + Gram - Gram + Gram -

Amas Chaînette N. mengitidis Listeria spp Immobile Mobile

Clostridium spp
…. Nitrite -
Catalase Catalase Nitrite +
+ - Oxidase - Oxidase +

Staphylococcus spp Streptococcus spp Entérobactérie Pseudomonas

…..
Identification phénotypique: Identification des bactéries par
spectrométrie de masse MALDI-TOF

Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization – Time Of Flight

La technologie MALDI-TOF MS en microbiologie peut identifier les

microorganismes jusqu’au niveau de l’espèce. Le principe se base sur
l’ionisation des protéines bactériennes par un rayon laser et la création de pics
caractéristiques (spectre).

104 – 105 UFC

6 - 8 min 30 s

D’après Clark et al. CMR 2013 - Seng et al. JCM 2013 & Kliem et al. Curr Opin Microbiol 2012
Identification phénotypique: Antibiogramme

Milieu liquide

Milieu solide
Identification phénotypique: Immunologique

Identification des antigènes bactériens spécifiques

 Prélèvement ou colonie, en quelque minute

Anticorps spécifiques

Immuno-flororescence

Particule fluorescente

Particule de latex
Immuno-agglutination
Identification phénotypique: Immunologique

 Test immuno-chromatographique

Antigène urinaire :
• Légionnelle
• Pneumocoque
Exp: Strep-test
Identification moléculaire

 A partir du prélèvement ou des colonies

 Cibles moléculaires :
– gène spécifique
 identification de l’espèce
 recherche de facteur virulence
 gène de résistance aux antibiotiques
 gène codant l’ARN ribosomal16S spécifique
aux bactéries
PCR, principe
PCR, révelation sur gel d’agarose
PCR, révelation à temp réel (RT-PCR)
PCR et Séquençagede l’ ARNr 16S

Prélèvement
PCR

Séquençage
Bactériologie en pratique
médicale
 Prélèvements biologiques
 Types de prélèvements:
 Ecouvillonages (nez; gorge; œil; lésions; vésicules…)
 Liquides de ponction :
 Liquide céphalo-rachidien (LCR)
 Liquide broncho-alvéolaire (LBA)
 Liquide articulaire
 Sang; Urines; Selles;...
 Biopsies tissulaire
 Foie, rate…
 Cutané
 Pulmonaire, ganglionnaire
 Valve cardiaque

 Impératifs
 transport rapide
 Transport conservation + 4°C, -80°C, T° ambiante
 Prélèvement réalisé le plus tôt possible
 Type de bactérie et milieu de culture
• Bactéries extracellulaires:
– Milieu axénique (éventuellement enrichi)
– Culture « facile »,

• Bactéries intracellulaires facultatives:

– Exigences nutritives spécifiques

• Bactéries intracellulaires strictes :

– Cultures cellulaires

• Bactéries incultivables sur milieux de culture

– Modèles animaux
Milieux de culture: une diversité
 Facteurs indispensable à la culture bactérienne

• Atmosphère d’incubation :
– Aérobie, Anaérobie, Microaérophilie, CO2

• Température d’incubation :
– Optimum: 35-37 °C
– Mycobacterium marinum : 28 à 30°C
– Listeria sp. : 4°C

• Durée d’incubation :
– Classiquement: 2 à 10 jours
– 1 mois : Bartonella sp.
Les flores bactériennes
 Flore commensale

• De nombreuses bactéries sont normalement

présentes sur la peau et les muqueuses des sujets
sains.
– flores commensale résidentes
• la flore intestinale synthétise de la vitamine K, aide à
l'absorption des aliments,
• prévient par son équilibre la prolifération de bactéries
commensales potentiellement dangereuses (Clostridium
difficile) et gêne la colonisation par des bactéries pathogènes.
 Flore intestinale commensale

• Flore intestinale normale : 10 14 micro-organismes

– Concentrations variables :
– Estomac : stérile < 10²-103/g
– Intestin grêle : 104-106/g
– Colon : 1011-1012/g

• Espèces de la flore fécale

– Flore dominante (109- 1011/g) : 99% de la flore fécale
• anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium, …)
• Aéro-anaérobies (E. coli, entérocoques)
– Flore sous-dominante (106-108/g) :
• Klebsiella, Proteus, Citrobacter
– Flore transitoire (Pseudomonas, Staphylococcus, Candida)

Ecosystème en équilibre=rôle de barrière

 Flore intestinale hospitalière
• Modifications de la flore :
– Stase intestinale (le liquide resultant de la digestion
des aliments ne circule plus normalement)
– Diminution de l’acidité gastrique
– Diminution du péristaltisme (contractions
musculaires permettant la progression d’un contenu à
l’interieur d’un organe creux)

• Antibiotiques :
– But thérapeutiques
– Effet indésirable des antibiothérapies
 Flore intestinale hospitalière

• Conséquences

– Implantation d’une flore hospitalière (flore endogène

secondaire)
– Espèces résistantes aux antibiotiques

• Réservoir (« péril fécal »)

 Flore cutanée commensale
• Flore normale
– 10²-106 bactéries/cm² (zones sèches, humides)

• Ecosystème (flore résidente, transitoire)

– Flore résidente :
• Staphylocoques à coagulase négative
• Propionibacterium sp.
• Corynébactéries
• S. aureus : 15-20% dans la population (fosses nasales, peau)
• Parfois Acinetobacter (20%)
– Flore transitoire :
• Entérobactéries
• Pseudomonas sp. (sauf flore transitoire, lésions cutanées)
 Flore cutanée hospitalière

• Modifiée par :
– Manuportage
– Antiseptiques
– Antibiotiques

• Bacilles à gram négatif (plaies, zones humides)

• Espèces résistantes :
– Staphylococcus aureus
– Acinetobacter,
– Pseudomonas sp.
– Staphylococcus coagulase négatives
 Flore oro-pharyngée commensale
Flore normale
• Ecosystème stable
– 105-107/g/ml dans la salive 1010-1011/g
• Fortes variations de l’écosystème (hygiène
buccodentaire)
– Oui :
• Streptocoques aérobies et anaérobies (S. pneumoniae)
• Neisseria spp.
• S. aureus
• diphtéroides, anaérobies
– Non :
• Pseudomonas sp.
• entérobactéries
 Flore oropharyngée hospitalière

• Flore de colonisation en quelques jours (22% à

J1, 40% à J5) :
– Entérobactéries (E. coli, Klebsiella …)
– parfois Pseudomonas sp., S. aureus

• Rôle des antibiotiques, des pathologies sous-

jacentes
 Top 15 des bactéries isolées au laboratoire
200

180

160

140

117
120

100

80

60 53

38
40 32
23 21
17
20 13 12 9 8 5 5 4 3 3 3 3 3 2
0
Exemple de bactéries à Gram positif
 Les coques à Gram Positif
Morphologie Genre Espèce Nom courant Habitat Pouvoir pathogène

aureus Staphylocoque
peau
doré

En amas Staphylococcus suppuration

Staphylocoq
epidermidis muqueuses
ue blanc
streptocoque
A, C, G pharynx Angines
Beta
hémolytique

Syndromes post- streptococcique

B voies génitales infections néonatales

En chaînettes Streptococcus
D Entérocoque intestin Infections urinaire, digestive

endocardites
pneumonies

méningites
Diplocoques Streptococcus pneumoniae pneumocoque voies respiratoires

otites
 Les Staphylocoques

Définition
– Genre Staphylococcus
– les principales espèces:
• S. aureus
• S. epidermidis
• S. saprophyticus

– Coques (cocci) à Gram positif

– groupés en amas : forme de grappes de

raisin
 Staphylococcus aureus

Habitat
– Flore commensal cutanée et muqueuse des
mammifères et des oiseaux.
– portage muqueuse nasale: 1/3 des sujets
normaux S. aureus
 Staphylococcus aureus

– L'espèce S. aureus
• Coagulase positive
• Production de nombreuse toxines et d’enzymes :
facteurs de virulence responsables de pathologies
spécifiques
– Entérotoxines
– Exfoliatines A et B
– TSST-1: choc toxique staphylococique
– Leucocidine de Panton Valentine
– Action à distance du foyer infectieux
 Staphylococcus aureus

• Formes localisées:

Panaris Impetigo
 Staphylococcus aureus

• Formes généralisées :

– Formes intestinales :
• Toxi infection alimentaire (absorption de toxine préformée dans des
aliments contaminés)
• Entérocolite aiguë post-antibiothérapie

– Syndrome de choc toxique

• Toxic Shock Syndrome Toxin 1 ou TSST-1, entérotoxine B ou C
 Les Streptocoques

DEFINITION
• Genres Streptococcus
• cocci à Gram positif
• catalase négative
• métabolisme anaérobie
 Les Streptocoques

• Streptocoques oraux non groupables et alpha hémolytiques :

commensales muqueuses humaine et des animaux
– Pneumocoque

• Streptocoques des groupes A:

– Strictement humain : rhinopharynx (10 à 25 % chez l'enfant ; 2 à 8 %
chez l'adulte), plus rare sur peau, intestin.

• Streptocoques du groupe B :
– portage humain (intestinal et vaginal) et animal
 Streptococcus pyogenes

groupe A de LANCEFIELD

 L'angine rouge
 Impétigo
 Erysipèle
 Surinfection de plaies
 bactériémies
 fièvre puerpérale
 La scarlatine
 Streptococcus pyogenes
POUVOIR PATHOGENE

• Syndromes de choc toxique

– défaillance viscérale multiple

– TSLS (Toxic shock like syndrom)

• Affections auto-immunes

– rhumatisme articulaire aigu (R.A.A.)

– néphrite post-streptococcique

– chorée de SYDENHAM (contractions musculaires, involontaires,

persistant pendant le repos, gestes amples et rapides et
incoordination des mouvements volontaires)
 Streptocoque du groupe B

• infections aiguës :

– Génitales: qui peuvent se compliquer de fièvre

puerpérale, provoquées par les streptocoques du
groupe B

– Néonatales sévères : septicémies, méningite:

streptocoque du groupe B
 Streptococcus pneumoniae

• DEFINITION
– Cocci à Gram positif
– aspect en diplocoque, lancéolé, en "flamme de
bougie" et en courtes chaînettes
– non sporulé, immobile
– capsulé (plus de 80 types sérologiques de
capsule).
 Streptococcus pneumoniae

• HABITAT
– Commensal des voies aériennes supérieures.
– Colonise l'oropharynx par contacts
interhumains dès les premiers jours de la vie
– Portage dans la flore normal de l'oropharynx
(15 à 30% de la population, en permanence ou
par intermittence)
– Augmentation du portage en hiver.
 Streptococcus pneumoniae
• POUVOIR PATHOGENE
– Infections de la sphère ORL :
sinusites, otites, mastoïdites
– Infections oculaires :
conjonctivites.
– Infections ostéoarticulaires :
arthrites. Septicémies (et
endocardites) : fréquent avec
pneumonie et méningite
– Infections pulmonaires :
pneumonie lobaire aiguë,
broncho-pneumonie, bronchite,
surinfection des bronchites
chroniques
– Infections neuro-méningées :
méningites
– Infections des séreuses :
péricardites, pleurésies,
péritonites.
 Listeria monocytogenes

– Bacille à Gram positif

– germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur
les plantes et dans les eaux
– très résistantes au milieu extérieur (plusieurs années
à + 4 ºC).
– portage intestinal asymptomatique de Listeria chez
les animaux et l'homme.
 Listeria monocytogenes

– bactéries des aliments :

• fréquente dans les produits
laitiers (lait cru ou fromage
(croute). La pasteurisation
correctement réalisée détruit
les Listeria.
• produits carnés, produits de la
mer, légumes.

• Bactérie se développant à des

températures > 4 ºC

• Déclaration obligatoire a l’ARS

 Listeria monocytogenes

Pouvoir pathogène
– Listériose de l'adulte et de l'enfant :
• les personnes âgées et immunodéprimées.

– Listériose de la femme enceinte :

• infection bénigne pour la femme,
• grave pour le fœtus, pouvant provoquer un
avortement, la mort in utero ou l'accouchement
prématuré.
Exemple de coques à Gram négatif
 Neisseria meningitidis
• Diplocoque aérobie encapsulé, gram négatif.
– 13 sérogroupes.
– A, B, C, Y et W135 les plus fréquents

• Réservoir humain strict.

– Portage sain nasopharynx
– (5 à 18% des adultes de façon asymptomatique).

• Sérogroupes B et C prédominants en Europe et en Amérique.

– En Europe, maladie endémique avec des cas survenant isolément ou par petits groupes. Pic
en hiver et diminution des cas en été.
 Neisseria meningitidis
• CONTAGIOSITE
– 10j avant le début des signes cliniques, et jusqu’à 24 heures après la mise en
place d’une d’antibiothérapie intraveineuse.

• INCUBATION
– De 2 à 10 jours avec une moyenne de 3 à 4 jours.

• MODE DE TRANSMISSION
– Le plus souvent par l’intermédiaire de gouttelettes provenant des voies
aériennes supérieures, générées en particulier lors de la toux, des
éternuements, de la parole d’un sujet infecté.
– La promiscuité est une notion importante pour la
transmission de N. meningitidis

Maladie à déclaration obligatoire en France

Exemple de bacilles à Gram négatif
 Escherichia coli
• Habitat
– Famille des Enterobacteriaceae
– commensal du tube digestif de l'homme et de
nombreux animaux.
– espèce aérobie dominante de la flore
bactérienne aérobie de l'intestin
– à raison de 108 par gramme de fèces (flore
totale : 1011 à 1012 bactéries par gramme).
 Escherichia coli
• Pouvoir pathogène
– (pathogènes opportunistes)
• par pénétration par voie urétrale ascendante:
– de cystite et de pyélonéphrite
• par essaimage à point de départ digestif :
– cholécystite suppurée, péritonite, septicémie

• pouvoir entéropathogène intrinsèque

• sécrétion d'entérotoxine (ETEC): « la turista »

• fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure

en brosse des villosités intestinales et production de cytotoxines (EHEC),
– une diarrhée aiguë, aqueuse, puis hémorragique. Le sérotype 0157 :
H7 « shu »

• invasion de la muqueuse colique

– Diarrhées aiguës, « dysenterie-like »
 Salmonelles
– Habitat :
• Famille des Entérobactéries - genre Salmonella ( + de
2000 espèces et 200 sérotypes)
• intestinaux de nombreuses espèces (volailles, bovins,
porcs, poissons, reptiles…)

– Transmission
• par le biais d’aliments contaminés crus ou peu cuits
(viande hachée, volailles, charcuterie, mayonnaise,
glace, eau, œufs et produits à base d’oeuf, produits
laitiers, fruits de mer…)
• interhumaine oro-fécale et/ou manuportée, ou par
contact avec des animaux infectés
 Salmonelles

– Pathogènes pour l’homme

 Salmonelloses majeures => Fièvres thyphoïdes et
paratyphoïdes
 Salmonelloses mineures => Toxi Infections
Alimentaires

– Agents responsables (+ de 2000 espèces)

• Genre Salmonella enterica
• Sérotypes typhimurium, enteritidis, panama, dublin
– Durée d’incubation :
• 6 à 72 (12-36h le plus souvent) après ingestion de
l’aliment contaminé
 Salmonelles

– Signes cliniques
• Fonction de la dose ingéré, de l’état immunitaire, de
l’âge
• diarrhées, fièvre (38-39°C), céphalées, douleurs
abdominales, nausées, vomissements
• chez le nourrisson et le sujet âgé : déshydratation +++
 Klebsiella pneumoniae

• Famille des Enterobacteriaceae

• Bacille immobile,
– aéro-anaérobie, à Gramnégatif
• Germe commensal du tube digestif et des voies aériennes
supérieures,)
• K. pneumoniae est fréquemment isolée de l’environnement (eaux
usées, sol, etc...) et de la flore commensale des muqueuses et des
voies respiratoires supérieures.
 Klebsiella pneumoniae

• Germe opportuniste impliqué dans des infections

nosocomiales, généralement des infections urinaires, des
pneumopathies et des septicémies
• Des épidémies hospitalières de souches
 Klebsiella pneumoniae

• Isolement géographique du patient porteur.

– Si plus d’1 cas, sectorisation avec du personnel dédié et réduction de l’activité
(limiter les admissions) ;
• Isolement technique renforcé :
– précautions « standard » (hygiène des mains, solutions
hydroalcooliques),précautions « contact » (selles, urines) et éventuellement «
gouttelettes » (pour les patients avec foyer infectieux pulmonaire)
• Renforcement de la surveillance :
– dépistage du portage digestif des patients de l’unité ou du service concerné 2 fois
par semaine (en utilisant éventuellement un milieu sélectif contenant de
l’imipénème : contacter son référent microbiologiste pour les détails)
• Considérer 2 mois de prélèvements négatifs
– avant de transférer le patient porteur en raison d’un risque de diffusion inter-
établissements :
 Pseudomonas aeruginosa

• Habitat
– Bacille Gram-négatif aérobie
– Germe ubiquitaire présent dans l’eau, le sol,
– les plantes (légumes et fruits)
– Germe ne faisant pas partie des flores microbiennes «normales»
de l’homme
– Germe pouvant coloniser le tube digestif, l’oropharynx et les
zones cutanées humides (aisselles, périnée…)
 Pseudomonas aeruginosa

• Pouvoir pathogène

– Infections nosocomiales
– multi-résistantes aux antibiotiques
– portes d'entrée probables sont nombreuses et ont été précisées
dans 2/3 des cas :

- translocation digestive chez l'aplasique (8%),

- foyers infectieux digestifs (10%) ...

- dispositifs intra-vasculaires (33,6%)

- urines (16%)
 Acinetobacter baumanii

• Agent pathogène opportuniste, Acinetobacter

baumannii est un bacille à Gram négatif susceptible
de coloniser la peau, le tube digestif et l’oropharynx
de l’homme.
• Pathogène opportuniste isolé essentiellement dans
des unités de soins intensifs chez des patients
présentant une immunodéficience locale ou générale
 Acinetobacter baumanii

• responsable d’environ 10% des IN en réanimation

– la plus résistante du genre : développement rapide de mécanismes
de résistance
– 50 à 100% de résistance aux β-lactamines
– 5 à 50% de résistance à l’imipénème
 SCIENTA ET
MEDECINA
UNIVERSUM SUNT

80