Cours 7 Biochimie Microbienne 2

Catabolisme des protéines et des acides aminés
• Certains microorganismes peuvent utiliser les protéines comme source de

carbone et d’énergie. Ils sécrètent des protéases qui hydrolysent les
protéines et les polypeptides en acides aminés. Ceux-ci sont ensuite
transportés dans la cellule et métabolisés.
Leur dégradation comporte les étapes suivantes :
• La protéolyse
• Catabolisme des acides aminés libres

La protéolyse
Les enzymes : les protéases et les peptidases.
les protéases génèrent des fragments polypeptidiques et
quelques acides aminés
Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les
transforment en acides aminés. Il existe deux types : les
endopeptidases et les exopeptidases (en fonction de leur
mode d’attaque de la chaine polypeptidique)
• Les exopetidases sont subdivisées en deux catégories : Les
aminopeptidases qui attaquent à partir de l’extrémité -NH2 libre du
polypeptide, et les carboxypeptidases qui attaquent à partir de l’extrémité
-COOH libre du polypeptide.
Catabolisme des acides aminés libres
• La désamination,
• La décarboxylation.
• En milieu alcalin, à pH > 7, c’est la synthèse et l’activité des désaminases

qui l’emportent.
• En milieu acide, à pH < 6, la synthèse et l’activité des décarboxylases sont

favorisées ;
1. La désamination
• Le mécanisme le plus général est la désamination oxydative,

2. la décarboxylation
• Les décarboxylases catalysent la réaction suivante:
Les amines résultant sont toxiques, particulièrement celles qui proviennent

des acides aminés basiques (l’ornithine est décarboxylée en putrescine, la
lysine en cadavérine).
Les décarboxylases bactériennes sont très spécifiques, certaines sont
recherchées en vue de l’identification des germes.
COURS 7 BIOCHIMIE MICROBIENNE
Anabolisme et production de biomasse et de métabolites :
La synthèse des sucres: la néoglucogenèse
Les microorganismes sont capables de synthétiser
du glucose par inversion de la voie de la glycolyse.
Trois étapes de la glycolyse sont irréversibles:
La conversion du phosphoénolpyruvate en
pyruvate
La formation du fructose 1,6 bisphosphate à
partir du fructose 6 phosphate
La phosphorylation du glucose

Ces réactions doivent être inversées dans la voie de
synthèse par des enzymes:
Pyruvate carboxylase et phosphoénolpyruvate
carboxykinase impliquées dans la conversion du
pyruvate en phosphoénolpyruvate
Fructose bisphosphatase qui catalyse l’hydrolyse
du fructose 1,6 bisphosphate en fructose 6
phosphate
Glucose 6 phosphatase qui converti le glucose 6
phosphate en glucose
Production d'acides aminés
• La production mondiale atteint 370 000 tonnes/an pour l’acide L-

glutamique (Micrococcus glutamicum)
• 70 000 tonnes pour la L-lysine (Achromobacter obae, Brevibacterium

lactofermentum).
• 66 % de la production sert à la nutrition humaine
• 33 % à la nutrition animale,
• le reste à des application médicales ou industrielles.

Biosynthèse d'acides aminés
• Elle s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des

glucides : érythrose-P, trioses-P (phosphoénolpyruvate, phosphoglycérate),
pyruvate, acétyl-CoA, oxaloacétate, α-cétoglutarate.
Production de lipides
 Les lipides sont d’importants constituants de la membrane cytoplasmique

et de la paroi.
 Ils servent aussi comme réserves énergétiques.
 Les lipides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras.
 Le glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides

et les acides gras sont synthétisés à partir d’acétyl-CoA.
Biosynthèse de lipides
• La synthèse des acides gras est catalysée par le complexe de la synthétase

des acides gras avec comme substrats, l’acétyl-CoA et le malonyl-CoA et
comme agent réducteur le NADPH,
• Le malonyl-CoA est formé par la carboxylation de l’acétyl-CoA en

présence d’ATP,
• La voie de la biosynthèse des acides gras nécessite la présence d’une

protéine « ACP » : protéiné porteuse d’acyl, transporte les acyls formés au
fur et à mesure,
Production de nucléotides
• La biosynthèse des purines et des pyrimidines est essentielle pour toute
cellule, car elles participent à la synthèse de l’ATP, de plusieurs cofacteurs,
de l’ARN, de l’ADN et d’autres constituants cellulaires importants. Presque
tous les micro-organismes synthétisent leur propres purines et pyrimidines
(cruciales pour leur fonctionnement).
• Ce sont des bases azotées cycliques possédant plusieurs liaisons et des

propriétés aromatiques. Les purines sont formées de deux anneaux joints (A,
G) tandis que les pyrimidines ont un seul anneau (U, C et T),
Biosynthèse de nucléotides
Une base purique ou pyrimidique liée à un sucre pentose, soit le ribose

(ARN) soit le désoxyribose (ADN), est un nucléoside. Un nucléotide est un
nucléoside avec un ou plusieurs groupes phosphates attachés au sucre.
Ces nucléotides sont synthétisés à partir :
• De l’inosine-monophosphate, provenant du ribose-phosphate pour les

nucléotides puriques.
• De l’aspartate et du carbamyl-phosphate par un intermédiaire commun,

l’acide uridylique, pour les nucléotides pyrimidiques.
Production d'antibiotiques
• Dans certaines conditions de culture, certaines espèces microbiennes

(champignons surtout) produisent des antibiotiques :
• céphalosporines par Cephalosporium acremonium, fumagilline par Aspergillus
fumigatus, griséofulvine (antibiotique antifongique en dermatologie) par Pc.
griseofulvum, pénicilline par Pc. chrysogenum, acide fusidique par Fusidium
coccineum.
Production de toxines
• Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines. Dans certains cas,

la production industrielle de ces toxines présente un grand intérêt car elles
sont utilisées pour la fabrication d’antigènes, de vaccins et antitoxines
utilisés en médecine.
• Chez les bactéries, il y a deux types de toxines :
- Les exotoxines
- Les endotoxines
- Les exotoxines: de nature protéique, très actives mais thermolabiles,
excrétées généralement pendant la croissance et rencontrées
essentiellement chez des bactéries à Gram positif.
• Les principales sont la toxine diphtérique (Corynebacterium diphteriae),

les entérotoxines staphylococciques (Staphylococcus aureus), la toxine
tétanique (Clostridium tetani), les toxines botuliniques (Clostridium
botulinum), les toxines de Clostridium perfringens. Elles sont utilisées
comme source d’antigènes mais surtout comme source d’anatoxines
(vaccins).
- Les endotoxines: de nature plus complexe (glucido-lipido-protéiques),
moins actives et thermostables, libérées par lyse des cellules et rencontrées
chez les bactéries à Gram négatif.
• Les principales sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio cholerae) et

l’endotoxine typhoїdienne (Salmonella).
Production de polysaccharides
La plupart des microorganismes synthétisent plusieurs types de polysaccharides qui peuvent
être classés selon leur localisation dans la cellule.
· Certains se trouvent à l’intérieur de la cellule, dans le cytoplasme, où ils sont utilisés par le
microorganisme comme source d’énergie.
· D’autres sont des composants de la paroi tels que les peptidoglycanes.
· Enfin un troisième groupe de polysaccharides est excrété à l’extérieur de la cellule (ex :

dextranes, levanes, xanthanes, …etc.).
Production d'enzymes
• Toutes les enzymes qui sont apparues dans le métabolisme peuvent être
purifiées après culture de micro-organismes choisis comme étant
particulièrement producteurs. Quelques enzymes commercialement issus
de bactéries thermophiles : amylases des Bacillus, protéase et la taq
polymérase de Thermus aquaticus , cellulase de Cl. thermocellum.
Des micro-organismes sont sélectionnés selon les principaux critères
suivants:
• Une bonne source,
• Temps de culture et de production réduits,
• Extraction plus facile est moins couteuse,
• Utilisation des substrats moins couteux (valorisation des déchets) pour la

croissance des souches productrices.
Source
• Prescott. Harley. Klein. Microbiologie, 2è édition Française.
Traduction de la 5è édition américaine par Claire-Michelle Bocq-
Calberg et Jean Dusart. De boeck.
• Haichour Nora. Cours de Biochimie Microbienne.
http://cte.univ-setif.dz/Moodle/
• http://unt-ori2.crihan.fr/unspf/2014_Besancon_Girard-Thernier_Beta
-lactame/co/3__biogenese.html

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Catabolisme des protéines et des acides aminés

• Certains microorganismes peuvent utiliser les protéines comme source de

Leur dégradation comporte les étapes suivantes :

• Catabolisme des acides aminés libres

• En milieu alcalin, à pH > 7, c’est la synthèse et l’activité des désaminases

• En milieu acide, à pH < 6, la synthèse et l’activité des décarboxylases sont

• Le mécanisme le plus général est la désamination oxydative,

• Les décarboxylases catalysent la réaction suivante:

Les amines résultant sont toxiques, particulièrement celles qui proviennent

Les microorganismes sont capables de synthétiser

du glucose par inversion de la voie de la glycolyse.

Trois étapes de la glycolyse sont irréversibles:

La conversion du phosphoénolpyruvate en

La formation du fructose 1,6 bisphosphate à

partir du fructose 6 phosphate

La phosphorylation du glucose

synthèse par des enzymes:

Pyruvate carboxylase et phosphoénolpyruvate

carboxykinase impliquées dans la conversion du

Fructose bisphosphatase qui catalyse l’hydrolyse

du fructose 1,6 bisphosphate en fructose 6

Glucose 6 phosphatase qui converti le glucose 6

• La production mondiale atteint 370 000 tonnes/an pour l’acide L-

• 70 000 tonnes pour la L-lysine (Achromobacter obae, Brevibacterium

• 66 % de la production sert à la nutrition humaine

• le reste à des application médicales ou industrielles.

• Elle s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des

 Les lipides sont d’importants constituants de la membrane cytoplasmique

 Les lipides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras.

 Le glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides

• La synthèse des acides gras est catalysée par le complexe de la synthétase

• Le malonyl-CoA est formé par la carboxylation de l’acétyl-CoA en

• La voie de la biosynthèse des acides gras nécessite la présence d’une

• Ce sont des bases azotées cycliques possédant plusieurs liaisons et des

Une base purique ou pyrimidique liée à un sucre pentose, soit le ribose

Ces nucléotides sont synthétisés à partir :

• De l’inosine-monophosphate, provenant du ribose-phosphate pour les

• De l’aspartate et du carbamyl-phosphate par un intermédiaire commun,

• Dans certaines conditions de culture, certaines espèces microbiennes

• Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines. Dans certains cas,

• Chez les bactéries, il y a deux types de toxines :

• Les principales sont la toxine diphtérique (Corynebacterium diphteriae),

• Les principales sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio cholerae) et

· D’autres sont des composants de la paroi tels que les peptidoglycanes.

· Enfin un troisième groupe de polysaccharides est excrété à l’extérieur de la cellule (ex :

• Une bonne source,

• Temps de culture et de production réduits,

• Extraction plus facile est moins couteuse,

• Utilisation des substrats moins couteux (valorisation des déchets) pour la

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