Manual
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Conteúdo
0.Introdução .................................................................................................................................... 3
Unidade-1: Introdução ao estudo de Bioquímica............................................................................ 7
1.1.Definição do conceito da Bioquímica ....................................................................................... 7
1.2- Objecto e Métodos de estudo em Bioquímica ....................................................................... 9
1.3-Interdisciplinaridade na Ciência Biológica............................................................................. 11
1.4. Vista geral sobre a História da Bioquímica .......................................................................... 12
Unidade -II Aminoácidos .......................................................................................................... 17
Objectivos da Unidade .................................................................................................................. 17
2.1.Definação Conceito de Aminoácidos...................................................................................... 17
2.2.Importância de Aminoácidos .................................................................................................. 18
2.3. Características dos Aminoácidos ........................................................................................... 18
2.4-Classificação dos Aminoácidos .............................................................................................. 24
2.5- Ligação Peptídica .................................................................................................................. 28
2.6-Biossintese de alguns Aminoácidos ..................................................................................... 30
Unidade III Proteínas ........................................................................................................ 36
3.1-Conceito de Proteínas ............................................................................................................. 36
3.2- Importância de Proteínas ....................................................................................................... 36
3.2-Características das Proteínas .................................................................................................. 37
3.4-Principais Fontes das Proteínas ............................................................................................ 38
3.5-Classificação das Proteínas ................................................................................................... 41
3.6- Níveis estruturais das Proteínas ........................................................................................... 43
3.6.1.METODOS DE ANALISE DE AMINOACIDOS E PROTEINAS................................. 52
3.7-Biossíntese das Proteínas ....................................................................................................... 56
Unidade IV Enzimas ................................................................................................................ 65
Objectivos ..................................................................................................................................... 65
4.1.Conceito de Enzima ................................................................................................................ 65
4.3. Importância de enzima ........................................................................................................... 66
4.4- Especificidade de Enzimática ................................................................................................ 67
4.4.2-Classificação das Enzimas ................................................................................................... 71
4.5- Estrutura e funcionamento das enzimas ............................................................................... 71
4.7-Cinética Enzimática ................................................................................................................ 73
4.6-Regulação enzimática ............................................................................................................. 79
2
0.Introdução
0.1.Competências
-Discute assuntos relacionados com a vida das comunidades recorrendo aos conhecimentos de
bioquímica
-Realiza pequenas experiências, interpreta resultados obtidos e apresenta-os de diferentes formas.
-Interpreta e apresenta vários fenómenos, físicos e químicos , processos do metabólicos que
ocorrem nos programas de ensino escolar
-Estabelece a relação entre os fenómenos biológicos, seres vivos
-Domina de metodologias bioquímicas laboratoriais para a determinação qualitativa e
quantitativa dos nutrientes na alimentação do Homem e dos animais.
-Visa melhorar a qualidade da nutrição humana, sobretudo no que diz respeito às dieta
0.3.Objectivos
4
2 Aminoácidos 20 10
3 10 10
Proteinas
3.1- Importância de Proteínas
3.2-Características das Proteínas
4.6-Regulação enzimática
4.6.1- Inibição Enzimática
4.6.2-Enzimas Alostéricas
5 Bioenergética 10 10
5- Bioenergéticas
5.1-Conceitos Básicos
5.2-Importância da oxidação biológica
5.3- Características da oxidação biológica
5.4-Passos da oxidação Biológica
6
6 Glúcidos 10 10
6-Glúcidos
6.1-Importância dos Glícidos
6.2-Distribuição dos Glícidos na natureza
6.3- Classificação dos Glícidos
7 10 10
7.Lípidos
7.1- Importância dos Lípidos
7.2-Principais Fontes dos Lípidos
7.3- Estrutura e características dos Lípidos
7.4-Classificação dos Lípidos
Total 80 70
150
7
Objectivos da Unidade.
A Bioquímica pode ser definida como o estudo da química de organismos vivos e da química
relacionada com estes. Forma uma ponte entre a Biologia e a Química pois estuda como
complexas reacções e estruturas químicas originam vida e processos relacionados com a vida.
É considerada por vezes um ramo híbrido da Química Orgânica, especializado nos processos
químicos que ocorrem nos organismos vivos, mas na realidade a Bioquímica não pode ser
considerada um ramo de apenas a Biologia ou da Química - a Bioquímica incorpora todas as
interacções existentes da menor molécula biológica à maior célula existente.
Para realizar as suas funções, os seres vivos dependem da capacidade de obter, transformar,
armazenar e utilizar energia. Sem energia ocorre a perda da vitalidade e a morte celular.
A maioria dos constituintes moleculares apresenta formas tridimensionais que executam
inúmeras reacções químicas entre si para manter e perpetuar a vida.
8
Apesar da grande diversidade dos processos bioquímicos que envolvem a integração funcional
de milhões de moléculas para manter e perpetuar a vida, a ordem biológica é conservada por
vários processos:
(1) síntese de biomoléculas,
(2) transporte de iões e moléculas através das membranas biológicas,
(3) produção de energia e movimento e
(4) remoção de produtos metabólicos de excreção e substâncias tóxicas.
Os seres vivos são formados por uma grande variedade de moléculas, tais como: carboidratos,
lipídeos, proteínas, ácidos nucléicos e compostos relacionados. Além dessas, outras substâncias
estão presentes em pequenas quantidades: vitaminas, sais minerais, harmónios, etc.
Muitos desses compostos se caracterizam por um ou mais grupos ácidos ou básicos em suas
moléculas e ocorrem em solução aquosa como espécies ionizadas.
A ionização tem lugar em água, sendo este um pré-requisito para muitas reacções bioquímicas
9
Finalidade de Bioquímica – saber o que ocorre na célula, quando, como, para que finalidade.
Composição química
Glúcidos: COH
Proteínas: CONHS
Lípidos ( COH, COHP, COHS, COHN)
Bioquímica Dinâmica
Estuda as reacções e transformações que têm lugar entre os diversos constituintes do bioplasma-
Estuda o metabolismo
Bioquímica Funcional
Bioquímica Aplicada
O método científico, conjunto de regras básicas, que permitem a um cientista desenvolver uma
experiência, a fim de produzir conhecimento, corrigir ou integrar conhecimentos preexistentes
Métodos físicos
→espectrofotométricos
→radiográficos
→radioactivos
→quânticos
Métodos químicos
→hidrólise e análise química
→colorimétricos
→estatística
→modelos estruturais
biológicos→microscopia→cromatográficos
Métodos bioquímicos→Métodos de sequenciação→Métodos electroforéticos→Métodos de
fluorescência→Métodos enzimológicos.
abertos.
complexos.
organizados.
A Existência dos seres vivos: submete-se às leis da química e da física, explica-se pela sua
organização molecular, depende de novas formas de organização da matéria.
Resulta do aparecimento de novas funções biológicas.
Bioquímica Funcional
Bioquímica Clínica;
Bioquímica Ecológica;
Enzimologia;
Biologia Molecular;
Bioquímica Microbiana;
Endocrinologia;
Toxicologia;
Bioinformática
Geografia- localização de certas substâncias, sua composição que pela a variação de zona para
zona, da temperatura pode alterar a composição química das substâncias.
Na 10ª classe- Genética (síntese do DNA, RNA, trancriação/ replicação/ duplicação ) e vários
ciclos biogeoquímicos(na Ecologia)
Talvez o factor crucial para o surgimento da Bioquímica tenha sido a descoberta da primeira
enzima em 1833, que na época recebeu o nome "diastase" (hoje chamada "amilase"); quem a
descreveu foi Anselme Payen.
Em 1896, Eduard Buchner contribuiu para a Bioquímica descrevendo pela primeira vez um
complexo processo bioquímico fora da célula - a fermentação alcoólica de extractos celulares de
fermento - o que lhe valeu o Prémio Nobel da Química de 1907.
Outro avanço importante na Bioquímica foi a demonstração da natureza proteica das enzimas por
James B. Sumner, um assunto anteriormente controverso, ao conseguir cristalizar primeiro a
enzima urease e, mais tarde, a catalise. A cristalização de proteínas permitiu a aplicação de
técnicas de raios-X para a determinação de estruturas tridimensionais proteicas, algo conseguido
pela primeira vez com a enzima lisozima.
Mais tarde, e após os estudos de Linus Pauling sobre a natureza da ligação química e a estrutura
das hélices alfa proteicas, James Watson, Francis Crick e Maurice Wilkins publicaram a
estrutura tridimensional da dupla hélice do DNA.
13
Embora o termo "bioquímica" tenha sido usado pela primeira vez em 1882, é mais aceito que a
criação formal deste termo tenha ocorrido em 1903 pelo químico alemão Carl Neuberg
Anteriormente essa área de ciência era denominada "química fisiológica".
Desde a metade do século XX em diante, a bioquímica avançou muito; esse avanço foi possível
graças ao desenvolvimento de novas técnicas como a cromatografia, difracção de raio X,
espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN), microscopia electrónica e simulação da
dinâmica molecular. Estas técnicas permitiram a descoberta e análise detalhada de moléculas e
vias metabólicas celulares, que possibilitaram, por exemplo, elucidar a glicólise ou o ciclo de
Krebs (ciclo do ácido cítrico).
Hoje, os resultados e princípios bioquímicos são empregados em muitas outras áreas que vão da
genética à biologia molecular, da agricultura à medicina
A água compõe a maior parte da massa corporal do ser humano. É o solvente biológico ideal.
A capacidade solvente inclui iões (ex.: Na+, K+ e Cl−), açúcares e muitos aminoácidos.
Sua incapacidade para dissolver algumas substâncias como lipídeos e alguns aminoácidos,
permite a formação de estruturas supramoleculares (ex.: membranas) e numerosos processos
bioquímicos (ex.: dobramento proteico).
Duas propriedades da água são especialmente importantes para a existência dos seres vivos:
• A água é uma molécula polar. A molécula de água é não-linear com distribuição da carga de
forma assimétrica.
• A água é altamente coesiva. As moléculas de água interagem entre si por meio de pontes de
hidrogénio.
A natureza altamente coesiva da água afecta as interacções entre as moléculas em solução
aquosa.
14
1.5.1.Estrutura da água
A água é uma molécula dipolar formada por dois átomos de hidrogénio ligados a um átomo de
oxigénio. Cada átomo de Hidrogénio possui uma carga eléctrica parcial positiva (δ+) e o átomo
de oxigénio, carga eléctrica parcial negativa (δ−). Assim, o compartilhamento dos electrões entre
H e O é desigual, o que acarreta o surgimento de dois dipólos eléctricos na molécula de água; um
para cada ligação H−O. O ângulo de ligação entre os hidrogénios e o oxigénio (H−O−H) é
104,3°, tornando a molécula electricamente assimétrica e produzindo dipólos eléctricos .
PROPRIEDADES DA ÁGUA
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SOLVENTE UNIVERSAL
A água dissolve vários tipos de substâncias polares e iônicas (hidrofílicas), como vários sais e
açúcar, e facilita sua interação química, que ajuda metabolismos complexos.
CAPILARIDADE
Quando a extremidade de um tubo fino de paredes hidrófilas é mergulhada na água, as moléculas
dessa substância literalmente “sobem pelas paredes” internas do tubo, graças a coesão e a adesão
entre as moléculas de água.
1.5.2.FUNÇÕES DA ÁGUA
TRANSPORTE DE SUBSTÂNCIAS
A presença de água permite a difusão nos seres mais primitivos.
Organismos mais evoluídos apresentam sistemas circulatórios ( hemolinfa, sangue e seiva
vegetal).
A urina é uma maneira de eliminar toxinas.
As células apresentam-se em estado colóidal (rico em água) o que facilita transporte de
substâncias.
Reações de quebra de moléculas em que a água participa como reagente são denominadas
reações de hidrólise.
TERMORREGULAÇÃO
Seres vivos só podem existir em uma estreita faixa de temperatura.
A água evita variações bruscas de temperatura dos organismos.
A transpiração diminui a temperatura corporal de mamíferos
LUBRIFICANTE
Nas articulações e entre os órgãos a água exerce um papel lubrificante para diminuir o
atrito entre essas regiões.
A lágrima diminui o atrito das pálpebras sobre o globo ocular.
A saliva facilita a deglutição dos alimentos.
1.6.Exercicios de Aplicação
Objectivos da Unidade
Estrutura Geral
2.2.Importância de Aminoácidos
• Estrutura da célula.
• Hormonais.
• Receptores de proteínas e hormonais.
• Transporte de metabólicos e iões.
• Actividade enzimática.
• Imunidade.
• Gliconeogenese no jejum e diabetes.
2.3.1.Propriedades Físicas
• Alguns insípidos;
• E outros amargos;
• Com exceção da glicina, que é solúvel em água, os demais apresentam solubilidade
variável;
• Insolúveis em solventes orgânicos;
• Em soluções aquosas apresentam alto momento dipolar.
2.3.2.Propriedades Químicas
De forma geral, ao fazer a titulação de um Aa com uma base, iniciando-se em pH=1 observa-se
que o pH da solução aumenta até aproximadamente pH=2 quando o grupamento COOH começa
a liberar íons H+ para o meio, formando água.
COOH COO-
H- C - NH3+ + OH- H- C - NH3+
R pK1 R
íon dipolar
21
COO- H2O
COO-
H-C-NH3+ + OH- H-C-NH2
R pK2 R
íon dipolar
COO
COOH COO--
COO COO-
H
H-- C
C - NH3+
- NH H
H--C
C-NH
NH3 3
+ H
H--C
C-NH
NH22
CH
CH3 3 pK
pK1 CH
CH3 pK2 CH
CH3
3
Região de Região de
tamponamento tamponamento
devida ao devida ao
grupo -COOH grupo -NH2
Importância
As enzimas actuam como catalisadores biológicos, aumentando a velocidade das reacções por
meio da diminuição de suas energias de activação, mantendo, entretanto, invariável o seu
equilíbrio químico.
A ligação da enzima com o substrato se dá em uma região pequena e definida da molécula
denominado sítio ou centro activo.
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A integridade da molécula enzimática proteica é necessária para a manutenção deste sítio activo,
ou seja, para a acção catalítica.
A- Quanto a Nutrição
Essenciais - são aqueles que não podem ser sintetizados pelos animais.
Não essenciais - são aqueles que podem ser sintetizados pelos animais. São de 10 a 12
AAs encontrados em suas proteínas.
É importante ressaltar que, para os vegetais, todos os aminoácidos são não essenciais.
Fica claro que classificar um aminoácido em não essencial ou essencial depende da espécie
estudada; assim um certo aminoácido pode ser essencial para um animal e não essencial para
outro.
Ruminantes: sintetizam todos os aas que necessitam devido à simbiose com as bactérias
ruminais ;
Vacas leiteiras de alta produção: resposta favorável à suplementação de determinados aas;
EX: resposta favorável à suplementação com lisina.
• AVES:
Triptofano: catarata;
Treonina e Metionina: fígado gordo;
Lisina: Defeitos de emplumagem; atraso sexual (nutrição de frangas de postura).
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• PIRIDOXAL FOSFATO,
O GRUPO PROSTÉTICO DAS AMINOTRANSFERASES
O piridoxal fosfato (PLP) e a sua forma aminada, a piridoxamina fosfato, são as coenzimas
firmemente ligadas nas aminotransferases
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• O piridoxal fosfato está ligado à enzima por interacções não covalentes muito fortes e
pela formação de uma base de Schiff, envolvendo um resíduo de lisina no sítio activo
3. Que parte dos aminoácidos podem liberar H+ para a acção tamponante dos aminoácidos?
4. O que representa o ponto isoeléctrico da curva de titulação dos aminoácidos ?
5. Quais são as partes dos aminoácidos envolvidos nas ligações peptídicas ?
Por que os aminoácidos envolvidos em tais ligações são chamados de resíduos?
6. Qual a importância da transformação de glutamato para glutamina na síntese de aminoácidos ?
7. De onde derivam-se os aminoácidos sintetizados ?
8. Identifique os grupos derivados de cada intermediário do ciclo do ácido cítrico citado:
· a-cetoglutarato;
· 3-fosfoglicerato;
· oxaloacetato;
· piruvato.
9. Como se dá a regulação do metabolismo do nitrogênio ?
10. O que é e onde entra o PRPP na síntese de aminoácidos ?
11. Como o a-cetoglutarato e o succinil-CoA participam na recuperação de purinas e
pirimidinas?
12. O que é a gota , como é causada e como pode ser tratada ? Explique cada mecanismo .
13. Com várias vias em comum, como se dá a regulação diferenciada da biossínetse dos
diferentes aminoácidos?
14.Escrever a fórmula de um aminoácido.
3.1-Conceito de Proteínas
São compostos orgânicos complexos, sintetizados pelos organismos vivos, por meio da
condensação de moléculas de α- aminoácidos através de ligações peptídicas.
R – CO.NH – R
Função Enzimática - As enzimas são proteínas especiais com função catalítica, ou seja,
aceleram ou retardam reacções bioquímicas que ocorrem nas células.
Assim como os anticorpos, apresentam especificidade em relação à reacção ou substância em
que actuam.
Isso se deve ao fato de cada enzima possuir em sua estrutura um ou mais pontos que se
encaixam perfeitamente na substância ou reacção que sofrerá sua acção
Função Hormonal – Muitos harmónios são, na verdade, proteínas especializadas na função de
estimular ou inibir a actividade de determinados órgãos, sendo portando reguladores do
metabolismo, ex. o harmónio pancreático insulina que, lançado no sangue, contribui para a
manutenção da taxa de glicemia.
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. Proteínas Miofibrilares
Colágeno
É a fracção principal dos tecidos conectivos, muito solúvel e contribui para a rigidez da carnes.
É uma proteína que mantém unidos os feixes de fibras musculares no corpo humano e nos
animais.
É rica em prolina
Aumenta com a idade do animal, causando a rigidez da carne.
Por aquecimento em água se transforma em gelatina.
Gelatina é uma proteína solúvel em água quente e forma géis por resfriamento. Não tem cheiro
nem sabor. É rica em arginina
Elastina
É de cor amarela, forma fibras reunidas em feixes encontrados principalmente na união dos
músculos aos ossos.
É rica em lisina
Com aquecimento em água, a elastina incha sem se dissolver.
Proteínas do Leite
• Caseína - é a principal proteína existente no leite fresco (3%). Não coagula pelo calor.
É uma fosfoproteína que se encontra na forma de sal de cálcio coloidal.
Juntamente com a gordura dão a cor branca do leite.
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Coagula pela acção da renina, uma enzima encontrada no suco gástrico, e pela acção de
ácidos.
• Lactoalbumina - 0,5% das proteínas totais do leite, é solúvel em água e coagula pelo
calor. Contém alto teor de triptofano.
• Lactoglobulina – < 0,2% . Constituição grupos –SH.
Proteínas do Ovo
A. Proteínas da clara
- é uma mistura de proteínas , sendo a mais importante ovalbumina (50% das proteínas totais da
clara).
• Tem na molécula grupos _SH e grupos de ácido fosfórico, que podem ser hidrolisados
pela ação de fosfatases. Desnatura por agitação e coagula por aquecimento.
• Conalbumina
• Ovomucoide
• Ovomucina
• Avidina
• Lisozima – enzima que tem ação nas paredes celulares de algumas bactérias(salmonella
sp)
Proteínas Vegetais
1.Proteínas do trigo:
As proteínas vegetais tem pouco valor nutricional, devido a deficiência de aminoácidos
essenciais.
As mais importantes são: gliadina e glutenina.
• Gliadina – extraída com etanol a 70% , solúvel em álcool metílico, benzóico e fenol.
• Glutenina é a proteína mais insolúvel do trigo. É insolúvel em água e etanol a frio,
ligeiramente solúvel em etanol a quente e solúvel em soluções alcalinas.
GLÚTEN
O GLÚTEN, é formado pela combinação da gliadina mais a glutenina e água.
Glúten é uma substância elástica e aderente, insolúvel em água, responsável pela textura da
massa de pães fermentados. Pode ser seco a pressões reduzidas e baixas temperaturas sem sofrer
desnaturação.
È rapidamente desnaturado à temperatura de ebulição da água ou quando exposto à temperaturas
baixas por longo tempo.
A- Proteínas simples
B- Proteínas conjugadas
C- Proteínas derivadas
A- Proteínas simples
São proteínas que por hidrólise total resultam aminoácidos como os únicos produtos.
Escleroproteínas – são proteínas simples mais insolúveis, possuem estrutura fibrosa. Ex:
queratina(pele, cabelo) e colágeno (tendões e ligamentos).
B- Proteínas Conjugadas
São moléculas mais complexas, onde os aminoácidos estão ligados a substâncias não proteicas,
que são denominadas de grupo prostético .
C- Proteínas Derivadas
Definição:
São compostos não encontrados na natureza, porém obtido por degradação intensa de proteínas
simples ou conjugadas pela acção de ácidos, bases ou enzimas.
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A. Estrutura primária
Cada cadeia polipeptídica tem uma sequência específica de aminoácidos determinada por
informação genética.
A estrutura primária descreve o número de aminoácidos, a espécie, a sequência (ordem) e a
localização das pontes dissulfeto (cistina) de uma cadeia polipeptídica. A estrutura é estabilizada
pelas ligações peptídicas e pontes dissulfeto. Polipeptídeos com funções e sequências de
aminoácidos similares são denominados homólogos.
B-Estrutura secundária:
Fig A Fig B
Fig A - A forma de α-hélice é possível graças à formação de pontes de hidrogénio entre os
grupamentos funcionais dos aminoácidos da ligação peptídica e ao posicionamento contrário dos
grupamentos R.
Fig B – A forma de β-folha pregueada ocorre entre duas cadeias peptídicas dentro da molécula
proteica, resultante entre pontes de hidrogénio entre elas, resultando em um dobramento entre os
aminoácidos sobre si formando um ângulo característico que lembra as folhas pregueadas das
saias das IPCC.
α –Hélice
Na estrutura α-hélice, a molécula polipeptídica se apresenta como uma hélice orientada para a
direita como se estivesse em torno de um cilindro, mantida por pontes de hidrogénio
arranjadas entre os grupos C=O e o H−N das ligações peptídicas. Cada volta da hélice
corresponde a 3,6 resíduos de aminoácidos .
A distância que a hélice aumenta ao longo do eixo por volta é de 54 nm. As cadeias laterais R
dos aminoácidos projectam-se para fora da hélice.
45
Folha β pregueada
A estrutura de folha β pregueada resulta da formação de pontes de hidrogénio entre duas ou mais
cadeias polipeptídicas adjacentes.
As pontes de hidrogénio ocorrem entre os grupos C=O e N–H de ligações peptídicas
pertencentes a cadeias polipeptídicas vizinhas em vez de no interior da cadeia.
Cada segmento polipeptídico individual é denominado folha β. Diferentemente da α−hélice
compacta, as cadeias polipeptídicas da folha β estão quase inteiramente estendidas.
Os segmentos polipeptídicos na folha β pregueada são alinhados no sentido paralelo ou
antiparalelo em relação às cadeias vizinhas:
• Estrutura folhas β paralelas é formada por cadeias polipeptídicas com os N−terminais
alinhados na mesma direção.
• Estrutura folhas β antiparalelas, os N−terminais de cada cadeia polipeptídica estão alinhados
em direções opostas.
Ocasionalmente, misturas de cadeias paralelas e antiparalelas são observadas.
C-Estrutura terciária
• Muitos polipeptídeos dobram de modo que os resíduos de aminoácidos que estão distantes um
do outro na estrutura primária podem estar próximos na estrutura terciária.
• Devido ao empacotamento eficiente pelo dobramento da cadeia polipeptídica, as proteínas
globulares são compactas. Durante o processo, a maioria das moléculas de água são excluídas do
interior da proteína tornando possível interacções entre grupos polares e não −polares.
46
• Algumas cadeias polipeptídicas dobram-se em duas ou mais regiões compactas conectadas por
um segmento flexível de cadeia polipeptídica. Essas unidades globulares compactas, chamadas
domínios, são formadas por 30 a 400 resíduos de aminoácidos.
Dominios são segmentos estruturalmente independentes que têm funções específicas. Por
exemplo, o receptor proteico CD4, que permite a ligação do vírus da imunodeficiência humana
(HIV) com a célula do hospedeiro, é formado por quatro domínios similares de
aproximadamente 100 aminoácidos cada.
As pequenas proteínas possuem, geralmente, apenas um domínio.
A estrutura terciária tridimensional das proteínas é estabilizada por interacções entre as
cadeias laterais:
1. Interacções hidrofóbicas.
Grupos carregados positivamente como os grupos ε-amino, ( − NH3+ ), nas cadeias laterais de
resíduos de lisina podem interagir com grupos carregados negativamente, como o grupo
carboxila (−COO−) do ácido glutâmico ou ácido aspártico. Cerca de dois terços dos resíduos de
aminoácidos com cargas nas proteínas formam pares iónicos (ou pontes salinas: associação de
dois grupos iónicos de cargas opostas).
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3.Ligações covalentes.
As pontes dissulfeto separadas uma da outra na estrutura primária (intracadeia) ou entre duas
cadeias polipeptídicas (intercadeias) formam-se à medida que a proteína se dobra para adquirir a
sua conformação nativa.
1. Pontes de hidrogênio.
Grande número de pontes hidrogénio é formado no interior e na superfície das proteínas (são
pontes diferentes daquelas envolvidas na manutenção de α−hélice ou folha β pregueada). Além
de formar pontes de hidrogénio entre si, os grupos polares das cadeias laterais dos aminoácidos
podem interagir com a água ou com o esqueleto polipeptídico.
As pontes de hidrogénio contribuem moderadamente para direccionar o enovelamento.
É uma força de atracção inespecífica que ocorre quando dois átomos quaisquer estão próximos.
Podem existir entre unidades de fenilalanina e tirosina próximas umas das outras ou entre
resíduos vizinhos de serina.
As forças de van der Waals são também proeminentes entre as cadeias laterais envolvidas nas
interacções hidrofóbicas. Apesar dessas forças serem comparativamente fracas.
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Estrutura terciária final da mioglobina, uma proteína formada por apenas uma cadeia peptídica.
(Adaptado de Devlin, T.M., 1999).
D. Estrutura quaternária
Muitas proteínas são multiméricas, ou seja, são compostas por por duas ou mais cadeias
poliptídicas. As cadeias individuais de polipeptídeos − chamadas protômeros ou subunidades –
estão associadas por interações não−covalentes: efeitos hidrofóbicos, pontes de hidrogénio e
interacções eletrostáticas. O arranjo espacial das subunidades é conhecido como estrutura
quaternária das proteínas. As proteínas multiméricas em que algumas ou todas as subunidades
são idênticas, denominam-se oligômeros. Os oligômeros são compostos de protômeros, que
podem consistir de uma ou mais subunidades. Grande quantidade de proteínas oligoméricas
contêm duas ou quatro subunidades protoméricas, e são chamadas de diméricas ou tetraméricas,
respectivamente.
Existem várias razões para a existência de proteínas multissubunidades:
Desnaturação e renaturação
B-Solventes orgânicos.
Solventes orgânicos solúveis em água como o etanol, interferem com as interacções hidrofóbicas
por sua interacção com os grupos R não−polares e forma pontes de hidrogénio com a água e
grupos proteicos polares.
Os solventes não-polares também rompem interacções hidrofóbicas.
C-Detergentes.
D-Agentes redutores.
E-Concentração de sais.
A ligação de íons salinos a grupos ionizáveis das proteínas enfraquecem as interações entre
grupos de cargas opostas da molécula protéica. As moléculas de água solvatam os grupos
protéicos. Com a adição de grandes quantidades de sal às proteínas em solução, formam-se
precipitados. As moléculas de água competem pelo sal adicionado tornando a quantidade de
solvente muito pequena e, com isso, promovendo a agregação de moléculas
protéicas e a sua precipitação. Esse efeito é chamado salting out.
F-Iões de metais pesados.
Metais pesados como o mercúrio (Hg2+) e chumbo (Pb2+) afectam a estrutura proteica de várias
formas.
Podem romper as pontes salinas pela formação de ligações iónicas com grupos carregados
negativamente. Os metais pesados também se ligam com grupos sulfídricos, um processo que
pode resultar em profundas alterações das estruturas e funções proteicas. Por exemplo, o chumbo
liga-se aos grupos sulfídricos de duas enzimas da via
sintética da hemoglobina causando anemia severa (na anemia o número de eritrócitos ou da
concentração de hemoglobina no sangue estão abaixo dos valores de referência).
H-Alterações na temperatura.
G-Estresse mecânico.
Agitação e trituração rompem o delicado equilíbrio de forças que mantém a estrutura proteica.
Por exemplo, a espuma formada quando a clara do ovo é batida vigorosamente contém proteína
desnaturada.
52
A-Teste do biureto
As soluções aquosas de compostos contendo duas ou mais ligações peptídicas (por exemplo,
proteínas) dão origem ao aparecimento de uma cor violeta característica quando tratadas com uma
solução diluída de sulfato de cobre em meio alcalino. O nome do teste vem do composto biureto que
dá uma reacção tipicamente positiva. A cor é devida à formação de um complexo em que o ião cobre
se coordena a quatro átomos de azoto das ligações peptídicas.
O método do biureto, um dos que se usam para a determinação quantitativa de proteínas (para
concentrações finais de proteína entre 0,1 e 2 gL–1), tem como base o desenvolvimento de uma cor
violeta em solução aquosa resultante da reacção da proteína com o reagente mencionado.
1) Colocar 1 mL da solução amostra num tubo de ensaio, adicionar 1 mL do reagente para o teste do
biureto e misturar bem.
3) Caso não observe mudança, junte mais 1 mL do reagente para o teste do biureto e voltar a misturar
bem a solução e a observar a cor.
B-Teste de Bradford
A existência de substâncias corantes que mudam de cor por ligação a determinados tipos de compostos em
solução aquosa permite, em certos casos, a sua detecção e até mesmo a sua quantificação. O Azul Brilhante
de Coomassie G-250 é um destes corantes; a sua ligação a uma proteína em meio ácido conduz a uma
variação no comprimento de onda do máximo de absorção do corante de 465 nm para 595 nm com o
consequente aparecimento de um tom azulado na solução avermelhada.
O método de Bradford é muito utilizado para a determinação quantitativa de proteínas em solução aquosa
numa gama de concentrações cerca de cem vezes mais baixas do que o método do biureto.
2) Adicionar 50 μL da solução amostra diluída ao tubo de ensaio que contiver o reagente de Coomassie e
agitar suavemente.
C-Teste da ninidrina
O teste da ninidrina é um teste geral para aminoácidos, podendo ser usado de uma forma qualitativa, em
geral para detectar a presença de aminoácidos em meios de suporte para cromatografia ou electroforese (ver
Electroforese de Aminoácidos), ou de uma forma quantitativa (por exemplo, para dosear aminoácidos após
separação cromatográfica de hidrolisados proteicos, na determinação da composição em aminoácidos de
proteínas). A reacção dos aminoácidos com a ninidrina origina um composto de cor azulada para todos eles
com excepção da prolina, que dá origem a um composto de cor amarela.
Colocar 2 mL da solução amostra num tubo de ensaio.
Adicionar 1 mL da solução de ninidrina e agitar suavemente
54
No caso de não verificar a formação de um composto corado, aquecer à fervura num banho de água durante
10 segundos (cuidado).
Tomar nota do eventual aparecimento de uma cor.
POSITIVO: Cor azulada para aminoácidos em geral; cor amarela para prolina.
D-Reacção xantoproteica
É um teste para a tirosina e triptofano, ou proteínas que contenham estes aminoácidos baseado na reacção de
nitração dos anéis aromáticos pelo ácido nítrico concentrado.
Colocar 2 mL da solução amostra num tubo de ensaio.
Adicionar cuidadosamente 1 mL de ácido nítrico concentrado.
No caso de não verificar a formação de um composto corado, aquecer à fervura num banho de água durante
2 minutos.
Tomar nota do eventual aparecimento de uma cor.
POSITIVO: Cor amarelada.
E – Teste de Millon
É um teste para compostos contendo monohidroxibenzeno (ou seja, com grupos fenólicos, como é o caso da
tirosina).
Colocar 1 mL da solução amostra num tubo de ensaio.
Adicionar 5 gotas do reagente de Millon e agitar com cuidado.
Aquecer à fervura num banho de água durante 10 minutos (cuidado!).
Arrefecer o tubo em água corrente e adicionar 5 gotas da solução de nitrito de sódio.
Tomar nota do eventual aparecimento de uma cor.
E- Teste de Hopkin-Cole
É um teste para compostos contendo o grupo indole (ex. triptofano), em que o reagente é o ácido glioxílico
(CHOCOOH) em ácido sulfúrico concentrado.
Colocar 3 mL da solução amostra num tubo de ensaio.
Adicionar 1 mL do reagente de Hopkin-Cole e agitar (atenção, o reagente contém H2SO4 bastante
concentrado).
Adicionar cuidadosamente e lentamente uma pequena quantidade de ácido sulfúrico concentrado, deixando-
o escorrer pela parede interna do tubo (que deverá estar inclinado a 45º), de modo que se formem duas fases.
Tomar nota do eventual aparecimento de uma cor na zona de junção dos dois líquidos.
POSITIVO: Anel azulado.
F – Teste de Sakaguchi
A síntese começa quando ocorre a transcrição das bases de DNA para RNA. Essa transcrição é o
código genético. O RNAm formado no núcleo passa para o citoplasma, deslocando-se para os
ribossomos. Os RNAt que estão no citoplasma, através de suas moléculas, unem-se ao aa livre
levando até o ribossomo. Lá o anticódon do RNAt reconhece no códon do RNAm o aa, que será
codificado. Assim, ocorrendo sucessivamente, até dar origem a uma proteína.
Núcleo
DNA-RNAm RNA Transcrição Proteínas Tradução
m
• A síntese completa de uma proteína leva de 20 a 60 seg, e o mesmo RNAm pode ser
traduzido por vários ribossomos, que mantêm uma Distância entre si de
aproximadamente 80 nucleotídeos.
A Transcrição
57
TRANSCRIÇÃO
• Processo pelo qual uma molécula de RNA é sintetizada a partir da informação contida na
seqüência de nucleotídeos de uma molécula de DNA fita dupla.
• A transcrição representa a diversidade e a complexidade da expressão dos genes contidos
em um determinado genoma.
• Enquanto a síntese de DNA deve ser precisa e uniforme, a transcrição reflete o estado
fisiológico da célula e, portanto, é extremamente variável para atender às suas
necessidades.
Características Gerais:
• Complementaridade
• Antiparalelismo ( T = U)
• Síntese 5' 3„
58
• Apenas uma das fitas do DNA é utilizada como molde, portanto, a molécula de RNA
sintetizada é complementar à fita de DNA que lhe deu origem e idêntica à outra fita de
DNA, sendo as timinas substituídas por uracilas
• Em 1960, Hurwitz, Stevens e Weiss descobriram, independentemente, uma enzima
capaz de sintetizar RNA na presença de DNA fita dupla e dos nucleotídeos A, U, C, G.
• Esta enzima foi denominada RNA polimerase.
RNA POLIMERASE
A.INÍCIO
Reconhecimento de sequências específicas no DNA
B. ALONGAMENTO
Incorporação dos ribonucleotídeos
C. TERMINAÇÃO
Sequências no DNA são reconhecidas e a síntese é interrompida
A.INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO
B.ALONGAMENTO DA CADEIA
A polimerase desliza ao longo da fita molde extendendo um cadeia de RNA crescente no sentido
5‟ 3‟ através da adição de ribonucleotídeos.
Este processo ocorre até a RNA polimerase encontrar uma seqüência específica no DNA que
determina o término do alongamento.
C.TÉRMINO DA TRANSCRIÇÃO
Quando a RNA polimerase encontra o sítio de terminação na fita molde, ela se desliga do DNA
juntamente com a nova cadeia de RNA sintetizada devido à uma desestabilização do complexo
de transcrição
O desligamento do RNA do sistema provoca a ruptura do complexo de transcrição e as fitas do
DNA são renaturadas
61
PROCESSAMENTO DO mRNA
Um transcrito primário pode ser processado de diferentes maneiras sendo que o que é intron para
um mRNA pode ser exon para outro mRNA que provém do mesmo RNA precursor
Esta diferença de processamento pode ser devida à presença de dois ou mais sítios de
poliadenilação e/ou à diferença no processo de “splicing” do pré-mRNA
MOLÉCULAS DE RNA
TRADUÇÃO
Processo que se baseia na sequência do mRNA para determinar e unir os aminoácidos formando,
assim, a proteína.
Cada aminoácido é codificado na seqüência de DNA como um códon contendo uma sequência
de três nucleotídeos.
Moléculas de RNA transportador transferem a informação contida no genoma à uma sequência
de aminoácidos nas proteínas.
RNA TRANSPORTADOR
RIBOSSOMOS
3.8.Exercícios de Aplicação
1- Define o Conceito das Proteínas
2- Descrever as funções das proteínas
3- Mencionar as características básicas das proteínas
4- Explicar a biossintese das proteínas
5. Definir proteínas globulares e fibrosas. Citar exemplos
6. Definir estrutura primária.
7. Descrever as estruturas regulares - alfa-hélice e conformação beta - que compõem a estrutura
secundária das proteínas globulares.
8. Definir estrutura terciária de proteínas globulares. Esquematizar os tipos de ligações que a
mantêm, indicando os aminoácidos que participam dessas ligações.
9. Definir estrutura quaternária de proteínas globulares. Citar exemplos de proteínas com
estrutura quaternária.
10. Verificar a posição dos radicais polares e apolares de uma proteína em 3. Forneça a reação de
transaminação. Qual a vitamina envolvida? Quais os aminoácidos que não sofrem
transaminação?
11. O que são aminoácidos cetogênicos e glicogênicos?
12.Cite 3 exemplos de cada.
De maneira geral, qual o destino dos carbonos e do nitrogênio dos aminoácidos?
Alanina está sendo sintetizada a partir de seus precursores metabólicos.Com os compostos
abaixo faça uma tabela com duas colunas. A primeira coluna, com os compostos que são
precursores e a segunda, com os compostos que não são precursores da alanina:
- fosfoenol piruvato - glicogênio
- acetil CoA - carbamoil fosfato
- glicose - gliceraldeído-3-fosfato
- malato - malonil CoA
- Ácido palmítico - acetoacetato
65
Unidade IV Enzimas
Objectivos
4.1.Conceito de Enzima
Catalisador. Substância que aumenta a velocidade de uma reacção química sem sofrer qualquer
alteração durante o processo. Não afectam a constante de equilíbrio; diminuem a energia de
activação.
– Cofactor.
Molécula pequena, orgânica ou inorgânica, requerida para que uma apoenzima adquira
actividade:
– Substrato. Molécula sobre a qual actua a enzima;
66
Nomenclatura
– Nome do substrato + Sufixo ase:
Ex: Urease - hidrólise da ureia
As enzimas actuam como catalisadores biológicos, aumentando a velocidade das reacções por
meio da diminuição de suas energias de activação, mantendo, entretanto, invariável o seu
equilíbrio químico.
-Permite que as reacções ocorrem a baixas temperaturas
As enzimas tem a sua importância na pratica tais como:
• Alimentos
• Rações animais
• Papel e celulose
• Couro
• Têxtil
• Indústria de Cosméticos
• Produtos de Limpeza
• Inativação Enzimática
67
Indústria de azeite :
Panificação:
Melhoria de cor, sabor e estrutural através de preparado enzimático que contém alfa-amilase
fúngicas. Actua sobre a farinha de trigo, acelerando o processo de fermentação devido a uma
maior formação de açúcares para o fermento.
INDÚSTRIA DO COURO
• Em alternativa, foi sugerido à indústria que passe a usar enzimas – o mau cheiro
desaparece e a carga poluente dos efluentes é eliminada.
Modelo Chave-Fechadura
Na década de 1970, Daniel Kosland propôs o modelo de encaixe induzido, no qual o contacto
com a molécula do substrato induz mudanças configuracionais na enzima, que optimizam as
interacções com os resíduos do sítio activo. Esse é o modelo aceito hoje em dia. Fig.B
• Como cada enzima possui uma organização estrutural específica, o seu centro ativo
permite a ligação apenas do seu substrato, trazendo grande especificidade para a catálise
enzimática.
• BAIXA ESPECIFICIDADE: quando essa propriedade existe apenas em relação a tipos
de ligação. Ex.: lipase – que hidrolisa ligações álcool-ácido de quase todos os ésteres
orgânicos.
• ESPECIFICIDADE ABSOLUTA: quando a enzima atua somente sobre um
determinado composto. Ex.: urease – hidrolisa a uréia, porém nenhum de seus derivados
69
ou a tripsina que hidrolisa ligações peptídicas formadas por grupos carboxílicos dos
aminoácidos negativos.
Que diferenças existem entre catalisadores inorgânicos, como íons metálicos, e as enzimas ?
• enzimas são mais eficientes: podem acelerar reacções até 1014 vezes contra 102 – 103
vezes dos catalisadores inorgânicos;
• enzimas são específicas: catalisam reacções envolvendo às vezes apenas um único tipo
de reagente;
• enzimas são estereo-específicas e não produzem subprodutos reaccionais;
• enzimas operam em condições amenas de temperatura, pressão e pH;
• enzimas podem ser altamente reguladas através de factores extrínsecos à reacção, tanto
por activadores como por inibidores.
70
4.4.1.Mecanismos catalíticos
2.Catálise por iões metálicos. A força das interacções electrostáticas está relacionada com a
capacidade das moléculas solventes vizinhas em reduzir os efeitos de atracão entre os grupos
químicos. Como a água é excluída do sítio activo quando o substrato se liga, a constante
dieléctrica local é muitas vezes baixa.
A distribuição de cargas nos sítios activos das enzimas pode influenciar a reactividade química
do substrato. Uma ligação mais eficiente do substrato reduz a energia livre do estado de
transição, que acelera a reacção.
3. Catálise ácido-básica geral. Os grupos químicos podem se tornar mais reactivos pela adição
ou remoção de protões. Os sítios activos das enzimas contêm cadeias laterais que podem actuar
como doadores ou receptores de protões. Esses grupos são denominados ácidos gerais ou bases
gerais. Por exemplo, a cadeia lateral da histidina (grupo imidazol) muitas vezes actua como
catalisador ácido e/ou básico em concerto porque tem pKa na faixa de pH fisiológico.
71
4-Catálise covalente. Acelera a velocidade da reacção pela formação de uma ligação covalente
transitória entre a enzima e o substrato. Um grupo nucleofílico da cadeia lateral do catalisador
forma uma ligação covalente instável com um grupo electrolítico do substrato. O complexo
enzima−substrato então forma o produt
4.7-Cinética Enzimática
Teoria da catálise
quantidade de energia que é preciso fornercer aos reagentes para a reação ocorrer.
forma molecular inter- mediária entre o reagente e o produto, existe somente no alto da barreira
energética. É altamente instável.
74
E + S ES P + E
Que diferenças existem entre catalisadores inorgânicos, como íons metálicos, e as enzimas ?
• enzimas são mais eficientes: podem acelerar reacções até 1014 vezes contra 102 – 103
vezes dos catalisadores inorgânicos;
• enzimas são específicas: catalisam reacções envolvendo às vezes apenas um único tipo
de reagente;
• enzimas são estereo-específicas e não produzem sub-produtos reaccionais;
• enzimas operam em condições amenas de temperatura, pressão e pH;
• enzimas podem ser altamente reguladas através de factores extrínsecos à reacção, tanto
por activadores como por inibidores.
Vários são os factores que afectam o funcionamento das enzimas como catalisadores. Alguns
desses factores são decorrentes da natureza proteica das enzimas, como o efeito do pH e da
temperatura. Para se estudar o efeito isolado de um dos factores acima, é necessário que todos os
outros factores sejam mantidos fixos.
Por exemplo, a actividade catalítica de certas enzimas necessita a forma protonada da cadeia
lateral do grupo amino. Se o pH torna-se suficientemente alcalino de tal modo que o grupo perde
seu próton, a actividade da enzima pode ser reduzida. Além disso, os substratos podem também
serem afectados. Se um substrato contém um grupo ionizável, as mudanças no pH afectam a
capacidade de ligação ao sítio activo. Segundo, alterações nos grupos ionizáveis podem
modificar a estrutura terciária das enzimas. Mudanças drásticas no pH promovem a desnaturação
de muitas enzimas.
Apesar de algumas enzimas tolerar grandes mudanças no pH, a maioria delas são activas
somente em intervalos muitos estreitos. Por essa razão, os organismos vivos empregam tampões
que regulam o pH. O valor do pH no qual a actividade da enzima é máxima é chamado pH
óptimo. O pH óptimo das enzimas varia consideravelmente.
Por exemplo, o pH óptimo da pepsina, enzima proteolítica produzida no estômago é,
aproximadamente, 2. Para a quimotripsina, que digere as proteínas no intestino delgado, o pH
óptimo é, aproximadamente, 8.
.
em meio ácido (pH menor que 7), como é o caso das enzimas do estômago (pepsina, por
exemplo)
em meio neutro (pH igual a 7), como é caso das enzimas da saliva (amilase salivar, por
exemplo)
em meio básico ou alcalino (pH maior que 7), como é caso das enzimas do intestino
delgado (amílase pancreática, por exemplo)
Temperatura
As reacções químicas são afectadas pela temperatura. Quanto maior a temperatura, maior a
velocidade da reacção.
A velocidade aumenta porque mais moléculas adquirem energia suficiente para atingir o estado
de transição. Em reacções catalisadas por enzimas, a velocidade é acelerada pelo aumento da
temperatura até atingir uma temperatura óptima na qual a enzima opera com a máxima
eficiência. Como as enzimas são proteínas, os valores de temperatura óptima situam-se entre 40 e
45 °C e dependem do pH e da força iónica. Acima dessa temperatura, a actividade das enzimas
declina adruptamente por desnaturação proteica. Sob condições de hipotermia, a actividade
enzimática é deprimida
A temperatura óptima para que a enzima atinja sua actividade máxima, é a temperatura máxima
na qual a enzima possui uma actividade constante por um período de tempo.
Concentração da enzima
4.6-Regulação enzimática
Na década de 1950:
Michaelis e Menten formularam as bases da cinética enzimática, para explicar como a
concentração do substrato [S] afecta a velocidade da reacção v, conforme se observa no gráfico
abaixo.
A velocidade da reacção apresenta três regiões de comportamento diferente, a medida que se
aumenta a concentração do substrato:
Vf formação ES = Vd desdobramento ES
A constante de Michaelis-Menten (KM) é um parâmetro cinético que traz informações sobre a afinidade que a enzima tem pelo
substrato.
Inibição enzimática
Inibidores são substâncias que reduzem a actividade das enzimas e incluem fármacos,
antibióticos, preservativos de alimentos e venenos.
São importantes por várias razões:
(1) Os inibidores enzimáticos actuam como reguladores das vias metabólicas.
(2) Muitas terapias por fármacos são baseadas na inibição enzimática.
A actividade enzimática pode ser regulada por diferentes mecanismos, que muitas vezes atuam
em conjunto na mesma enzima.
Entre estes mecanismos, destacam-se:
1. Inibidores:
• irreversíveis: não protéicos e protéicos
• reversíveis: competitivo, não competitivo ou misto, incompetitivo
• Alosteria:
82
• ativadores e inibidores
• cooperatividade
• Modulação covalente
• Ativação de zimogênios
• Fosforilação e defosforilação
1.Inibidores irreversíveis:
No laboratório, serino-enzimas podem ser identificadas por serem eficientemente inibidas por
compostos organofosforados menos tóxicos como o diisopropilfluorofosfato (DFP) ou o fluoreto
de fenilmetilenosulfonila (PMSF).
Diferentes compostos são utilizados em laboratório para identificar o mecanismo catalítico de
enzimas, baseado em reacções específicas para as cadeias laterais de aminoácidos que podem
fazer parte do sítio activo dessas
Inibição competitiva
O inibidor é análogo estrutural do substrato e compete com ele pela ligação ao sítio activo
com aumento da [substrato], ocorre diminui da inibição caracterizando uma competição entre S
e I não há alteração da Vmax há um aumento de Km por um fator a, que permite o cálculo da
constante de inibição, Ki
85
Inibição incompetitiva
Enzimas alostéricas
possuem uma região diferente do sítio activo ao se liga um ecfetor ou modulador alostérico. A
mudança conformacional decorrente da ligação do efetor alostérico se propaga pela molécula e
afecta o sítio activo, activando-o ou inibindo-o.
Observe nas figuras.
88
Ao contrário da alosteria, em que os efectores ligam-se à enzima apenas por ligações fracas, na
modulação covalente a enzima é modificada covalentemente por duas outras enzimas: uma
quinase fosforila a enzima às custas de ATP, e uma fosfatase remove o grupo fosfato da enzima
fosforilada.
A modulação covalente é energéticamente cara, pois necessita duas outras proteínas e ATP para
regular a actividade de uma enzima. Ao contrário, na alosteria a enzima é controlada pelas
90
Activação de zimogênios
• zimogênios: as proteases são sintetizadas numa forma inactiva por estar em uma
conformação desfavorável, com bloqueio ou desalinhamento dos resíduos do sítio
catalítico.
• conformação desfavorável resulta de porções adicionais da cadeia poli-peptídica, que
devem ser retirados para que a proteína assuma a forma activa.
• podem acontecer duas situações, combinadas ou não:
- zimogênio tem uma extensão N-terminal (pro-segmento) que precisa
ser retirada. Pro-segmentos podem ter de 2 a 150 resíduos a.a.
- zimogênio tem cadeia polipeptídica única, que precisa ser clivada
(proteólise limitada) para formar duas ou mais subunidades.
• conversão do zimogênio à protease activa pode resultar da acção proteolítica de outra
protease, ou de alteração do pH ou temperatura do meio, ou ainda, da adsorção do
92
A Quimotripsina é formada por dois domínios, com 6 folhas β antiparalelas (vermelho) cada.
O sítio ativo contendo a tríade catalítica (Ser195, Asp102, His57, as cadeias laterais estão
destacadas) localiza-se entre os dois domínios. As pontes S-S aparecem em violeta.
Linhas pontilhadas indicam os resíduos 14-15 e 147-148 presentes no precursor inativo,
quimotripsinogenio
93
A. Controle genético
A quantidade das enzimas disponíveis nas células depende da velocidade de sua síntese e da
velocidade de sua degradação. A síntese de enzimas em resposta às mudanças das necessidades
metabólicas é um processo conhecido como indução enzimática, que permite a resposta celular
de maneira ordenada às alterações no meio.
A síntese de certas enzimas pode ser especificamente inibida por repressão. O produto final de
uma via bioquímica pode inibir a síntese de uma enzima-chave da mesma via.
A actividade de algumas enzimas que modulam o fluxo das vias metabólicas, é regulada por
modificações covalentes reversíveis, em reacções catalisadas por outras enzimas. Isso resulta na
activação ou inibição da actividade enzimática.
Frequentemente, a modificação envolve a fosforilação e defosforilação da enzima por adição ou
remoção de grupos fosfato ou, por modificações covalentes de outro tipo. As fosforilação e
defosforilação são catalisadas por proteínas−cinases e proteínas−fosfatases, respectivamente.
Como exemplo do processo regulador, tem-se a enzima glicogénio fosforilase que catalisa o
desdobramento do glicogénio.
A enzima se apresenta na forma fosforilada (activa) e desfosforilada (inactiva) em processo de
interconversão cíclica entre as duas formas. O mecanismo geral de regulação por modificação
covalente está intimamente associado à acção hormonal.
C. Regulação alostérica
As enzimas reguladas por moduladores ligados a sítio(s) adicional(is) e que sofrem mudanças
conformacionais não-covalentes são denominadas alostéricas. A afinidade da ligação enzima-
substrato das enzimas alostéricas é modificada por ligantes denominados efetores ou
moduladores alostéricos, unidos reversível e não−covalentemente a locais específicos da
estrutura tridimensional protéica e nominados sítios alostéricos, que são diferentes e distantes
dos sítios ativos específicos para os substratos. Os efetores são pequenas moléculas orgânicas,
por exemplo, o ATP (trifosfato de adenosina), proteínas de baixo peso molecular, substratos ou
produtos da reação. A maioria das enzimas sujeitas a esses efeitos são decisivas na regulação do
metabolismo intermediário.
Os efetores podem ser:
• Efetor alostérico positivo – aumenta a afinidade da enzima pelo substrato e, assim, eleva a
velocidade da reação.
• Efetor alostérico negativo – reduz a afinidade da enzima pelo substrato e, assim, diminui a
velocidade da reação.
A maioria das enzimas alostéricas é oligomérica; ou seja, são compostas de várias subunidades
polipeptídicas, cada uma com um sítio ativo. Em algumas enzimas, o sítio alostérico e o sítio
ativo estão localizados na mesma subunidade (ex.: piruvato−carboxilase); em outras, estão
localizados em subunidades diferentes (ex.: aspartato−carbamoiltransferase). Em conseqüência
da natureza oligomérica das enzimas alostéricas, a ligação do substrato a uma subunidade pode
afetar a ligação de outras moléculas de substrato aos outros sítios ativos. Cooperatividade é a
influência que a união de um ligante a uma protômero tem sobre a união de ligante a outro
protômero numa proteína oligomérica. A interação estabelecida entre os sítios ativos é
evidenciada pela cinética da catálise: o gráfico de νo versus a concentração de substrato [S] é
uma curva sigmóide, em lugar da curva hiperbólica de Michaelis−Menten.
Quanto a cooperatividade as reações podem ser:
• Positivamente cooperativa onde a ligação do primeiro substrato aumenta a afinidade de
substratos adicionais por outros sítios ativos.
• Negativamente cooperativa em que a ligação do primeiro substrato reduz a afinidade por
substratos adicionais.
95
Unidade V Bioenergéticas
Objectivos
5.1-Conceitos Básicos
Em qualquer mudança física ou química, a quantidade de energia total do sistema e seu meio
circundante permanece constante. Esta lei estipula que a energia pode ser convertida de uma
forma para outra, mas não pode ser criada nem destruída. As células são capazes de
interconverter energia química, eletromagnética, mecânica e osmótica.
Por exemplo, no músculo esquelético, a energia química o ATP é convertida em energia
mecânica durante o processo de contração muscular. É importante reconhecer que a troca de
energia de um sistema depende somente dos estado inicial e final e não do mecanismo da
equação.
2. Segunda lei da termodinâmica.
Para formular a segunda lei é necessário definir o termo entropia (do grego, en, dentro de +
trope, curva). A entropia (S) é a medida ou indicador do grau de desordem ou casualidade de
um sistema, ou a energia de um sistema que não pode ser utilizada para realizar trabalho útil.
A entropia é definida em termos de número de arranjos possíveis nas moléculas. A equação para
a entropia é S = kB ln W
Em que kB é a constante de Boltzmann (1,381 × 10−23 mol–1), ln é o logaritmo natural e W o
número de arranjos na molécula. A S (entropia) é dada em J·K−1.
De acordo com a segunda lei, as reacções espontâneas tendem a progredir em direcção ao
equilíbrio. Ao atingir o equilíbrio, a desordem (entropia) é a máxima possível sob as condições
existentes.
A menos que o processo receba energia adicional de uma fonte externa ao sistema, não ocorrerá
nenhuma outra mudança espontaneamente.
A. Energia livre
98
Os organismos vivos necessitam de continuo aporte de energia livre para três processos
principais:
(1) realização de trabalho mecânico na contracção muscular e outros movimentos celulares,
(2) transporte activo de moléculas e iões e
(3) síntese de macromoléculas e outras biomoléculas a partir de precursores simples.
é a parte da energia total do sistema que está disponível para realizar trabalho útil, sob
temperatura e pressão constantes.
A variação de energia livre de Gibbs (ΔG) nas condições existentes nos sistemas biológicos é
descrita quantitativamente pela equação:
ΔG = ΔH – TΔS
onde ΔG é a variação de energia livre de Gibbs que ocorre enquanto o sistema se desloca de seu
estado inicial para o equilíbrio, sob temperatura e pressão constantes, ΔH é a variação de entalpia
ou do conteúdo em calor do sistema reagente, T a temperatura absoluta e ΔS a variação de
entropia do sistema reagente. As unidades de ΔG e ΔH são joules·mol−1 ou calorias mol−1 (uma
caloria é igual a 4,184 J).
As variações da energia livre são acompanhadas pelas concomitantes modificações da entalpia e
entropia.
Para a maioria dos casos, o valor de ΔG é obtido medindo-se a variação de energia livre dos
estados inicial e final do processo:
ΔG = G(produtos) – G(reagentes)
O mecanismo de reacção não afecta a ΔG, ou seja, a variação de energia independe da via pela
qual ocorre a transformação.
A velocidade de uma reacção depende do mecanismo da reacção e está relacionada com a
energia livre de activação (ΔG≠) e não com a variação de energia livre (ΔG). Ou seja, a ΔG
não fornece informações sobre a velocidade da reacção.
A variação de energia livre (ΔG) de um processo pode ser positiva, negativa ou zero e indica a
direcção ou espontaneidade da reacção:
99
• Reacções de equilíbrio.
Os processos que apresentam ΔG igual 0, (ΔG = 0, Keq = 1,0), não há fluxo em nenhuma
direcção de reacção (as reacções nos dois sentidos são iguais).
• Reacções exergônicas. São os processos que apresentam ΔG negativo (ΔG < 0, Keq > 1,0)
indicando que são energeticamente favoráveis e procederão espontaneamente até que o
equilíbrio seja alcançado.
• Reações endergônicas. São os processos que apresentam ΔG positivo (ΔG > 0, Keq < 1,0) o
que significa que há absorção de energia e são não-espontâneos (energeticamente não-
favoráveis).
O processo ocorrerá espontaneamente na direcção inversa à escrita.
B. Relação da ΔG com a constante de equilíbrio
Para uma reacção em equilíbrio químico, o processo atinge um ponto no qual, o sistema contém
tanto produtos como reagentes.
Assim, para a reacção:
aA + bB cC + dD
onde a, b, c e d são os números de moléculas de A, B, C e D que participam da reacção.
O composto A reage com B até que as quantidades específicas de C e D sejam formadas.
Assim, as concentrações de A, B, C e D não mais se modificam
PROCESSOS
FUNÇÕES DO CALOR
ATP é considerada como moeda energética. Porque só na forma de ATP o organismo adquire
energia seja qual for a sua origem. Só na forma de ATP o organismo consegue energia.
As células utilizam a energia química transportada pelo ATP de vários modos:
-para sintetizar grandes moléculas a partir de outras mais pequenas
-para transportar substâncias para a célula e organizá-las no seu interior.
-para eliminar da célula as substâncias de excreção ou efectuar a secreção
-para o trabalho da célula como, por exemplo, actividade muscular, divisão celular,
condução nervosa, etc.
-para manter a temperatura necessária ao funcionamento do organismo, etc,
Vias metabólicas
1. Anabolismo.
2.Catabolismo.
São os processos de degradação das moléculas orgânicas nutrientes e dos constituintes celulares
que são convertidos em produtos mais simples com a liberação de energia. As vias catabólicas
são processos energéticos e oxidativos
Glicólise/Definição
A glicólise (do grego, glykos, doce e lysis, romper), também chamada via de
Embden−Meyerhof−Parnas, é a via central do
catabolismo da glicose em uma sequência de dez reações enzimáticas que ocorrem no citosol de
todas as células humanas. Cada molécula de glicose é convertida em duas moléculas de piruvato,
cada uma com três átomos de carbonos em processo no qual vários átomos de carbono são
oxidados. Parte da energia livre liberada da glicose é
conservada na forma de ATP e de NADH. Compreende dois estágios:
• Primeiro estágio (fase preparatória). Compreendem cinco reações nas quais a glicose é
fosforilada por dois ATP e convertida em duas moléculas de gliceraldeído−3−fosfato.
• Segundo estágio (fase de pagamento). As duas moléculas de gliceraldeído−3−fosfato são
oxidadas pelo NAD+ e fosforiladas em reação que emprega o fosfato inorgânico. O resultado
líquido do processo total de glicólise é a formação de 2 ATP, 2 NADH e 2 piruvato, às custas de
uma molécula de glicose.
103
Glycolysis tem a sua origem no Grego em que glyk = Doce + Lysis = Dissolução
Na atualidade podemos definir a Glicólise como a seqüência de reacções que converte a Glicose
em Piruvato, havendo a produção de Energia sob a forma de ATP
Principais Razões:
1 – Principal meio de degradação da Glicólise
2 – Obtenção de Energia mesmo em condições Anaeróbias
3 – Permite a degradação da Frutose e da Galactose
Outras Razões:
- Os tecidos têm necessidade de transformar a energia contida na glicose em ATP
- A Glicólise é fundamental para a produção de Acetil-CoA
- A Glicólise foi um dos primeiros sistemas enzimáticos a ser esclarecido, contribuindo o
seu estudo para a melhor compreensão dos processos enzimáticos e de metabolismo
intermediário
Fase de investimento
Enzimas Participantes
nas Reaccoes de Glicose
1-Glicoquinase ou
hexoquinase
2-Fosfohexose
isomerase
3-Fosfofrutokinase 1
4-Aldolase
5-Triose fosfato
isomerase
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Fase de pagamento
Glyceraldehyde 3-phosphate Enzimas de Glicolise
+
Dihydroxyacetone phosphate (5)
5- Triose fosfato isomerase
6-Gliceraldeído 3P deidrogenase
7-Fosfoglicerato quinase
8-Fosfoglicerato mutase
9-Enolase
10-Piruvato kinase
Controle da Glicolise
• Deste Modo, o grau de conversão de Glicose para o Piruvato é regulado, por forma a
satisfazer as necessidades celulares
• O Controle a Longo Prazo da Glicólise, particularmente no fígado, é efectuado a partir
de alterações na quantidade de Enzimas glicolíticas. Esta acção reflectirá nas taxas de
síntese e degradação
• O Controlo a Curto Prazo é feito por alteração alostérica (concentração de produtos)
reversível das enzimas e também pela sua fosforilação
• As enzimas mais propensas a serem locais de controle são as que catalisam as reacções
irreversíveis:
• Hexocinase
• Fosfofrutocinase
• Cinase do Piruvato
2- FORMAÇÃO DO ACETIL-CoA
Ciclo de Krebs: também chamado de ciclo dos ácidos tricarboxilicos (TCA) ou ciclo do
ácido cítrico.
Nesse ciclo uma série de oxidações e reduções transfere a energia potencial em forma de
elétrons para coenzimas transportadoras de elétrons (NAD).
Os derivados do ácido pirúvico são oxidados e as coenzimas reduzidas
Quando o Acetil CoA entra no TCA o CoA desliga-se do grupo acetil. O grupo acetil de dois
carbonos combina-se com um composto de 4 carbonos o ác. Oxalacético e formam o ácido
cítrico. A energia da reação é fornecida pela clivagem entre o grupo acetil e a coenzima A.
A formação de ácido cítrico é o primeiro passo no ciclo de Krebs.
• Importante: Para cada duas moléculas de Acetil CoA que entram no ciclo, quatro
moléculas de CO2 são liberadas, seis de NADH, duas de FADH2, e duas moléculas de
ATP são geradas pela fosforilação em nível de substrato.
• Muitos intermediários do TCA possuem uma função essencial nas vias de biossíntese de
áminoácidos.
• O CO2 produzido no TCA é liberado a atmosfera como subproduto gasoso da respiração
aeróbica.
• As coenzimas NADH e FADH2 são importantes produtos do TCA pois armazenam a
energia obtida que no próximo passo da respiração será transferida através de reduções ao
ATP na cadeia de transporte de elétrons.
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Enquanto os elétrons são passados pela cadeia , há uma gradual liberação de energia que é
utilizada para a gradual geração quimiosmótica do ATP. A oxidação final é irreversível.
Procarióntes: A cadeia de transporte de elétrons está contida na membrana plasmática
Eucarióntes: Esta contida na membrana interna das mitocondrias
Rendimento Energético
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Unidade VI Glúcidos
6.1-Conceito de Glucidos
São substâncias que contêm carbono, hidrogênio e oxigênio de acordo com a fórmula geral
[CH2O]n onde n ≥ 3 e ocorrem como compostos simples e complexos. São poliidroxialdeídos ou
poliidroxicetonas, ou ainda, substâncias que por hidrólise formam aqueles compostos
Aldose Cetose
(aldeído) (cetona)
Enanciômeros
Par de esteroisômeros
Designados como D- ou L- antes do nome
São como imagens especulares - superposição
Centro quiral
Carbono assimétrico: 04 substituintes ligados
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Exemplo
O C é um centro quiral?
– Estruturas cíclicas
• A ciclização acontece como resultado de interação entre carbonos distantes, tais como C-1 e C-
5, para formar um hemiacetal. Uma outra possibilidade é a interação entre C-2 e C-5 para
formar um hemicetal.
• O carbono carbonílico torna-se um novo centro quiral chamado carbono anomérico.
• O açúcar cíclico pode assumir duas formas diferentes: α e ß, denominados anômeros.
Ciclização da D-frutose
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Um açúcar com um grupo OH ligado a um C anomérico pode reagir com outra hidroxila para
formar uma ligação glicosídica (R-C-R‟).
Uma ligação glicosídica não é um éster, pois os glicosídeos podem ser hidrolizados nos álcoóis
originais.
As ligações glicosídicas entre as unidades monossacarídicas são a base para a formação de oligo
e polissacarídeos.
As ligações glicosídicas podem ter várias formas, pois o C anomérico de um açúcar pode estar
ligado a qualquer um dos grupo OH de um segundo açúcar para formar uma ligação α ou ß
glicosídica.
Os grupos OH são numerados e o esquema de numeração segue o dos átomos de C nos quais
estão ligados
• A notação para a ligação glicosídica especifica qual forma anomérica do açúcar (α ou ß) é a que
está envolvida na ligação e também quais átomos de C estão ligados.
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Oligossacarídeos
Oligossacarídeo: sofrem hidrólise e cada molécula produz um número pequeno de moléculas de
monossacarídeos
Polissacarídeos
A. Homopolissacarídeos
São polímeros de carboidratos formados apenas por um único tipo de monossacarídeo.
1. Amido.
O amido é um homopolissacarídeo depositado nos cloroplastos das células vegetais como
grânulos insolúveis. É a forma de armazenamento de glicose nas plantas e é empregado como
combustível pelas células do organismo. É constituído por uma mistura de dois tipos de
polímeros da glicose:
• Amilose. São polímeros de cadeias longas de resíduos de α−D−glicose unidos por ligações
glicosídicas α(1→4).
2. Glicogénio.
3.Celulose.
É uma sequência linear de unidades de D−glicose unidas por ligações glicosídicas β(1→4). É o
principal componente das paredes celulares nos vegetais e um dos compostos orgânicos mais
abundantes na biosfera. A hidrólise parcial da celulose produz o dissacarídio redutor celobiose
Os vertebrados não têm celulases e, portanto, não podem hidrolisar as ligações β(1→4) da
celulose presentes na madeira e
fibras vegetais. Entretanto, alguns herbívoros contêm microrganismos produtores de celulases,
razão pela qual podem digerir celulose.
4. Quitina.
B. Heteropolissacarídeos
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7.1-Conceitos de Lipidos
são biomoléculas compostas por carbono (C), hidrogênio (H) e oxigênio (O), fisicamente
caracterizadas por serem insolúveis em água, e solúveis em solventes orgânicos, como o álcool,
benzina, éter, clorofórmio e acetona.
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- São moléculas que podem funcionar como combustível alternativo à glicose, pois são os
compostos bioquímicos mais calóricos em para geração de energia metabólica através da
oxidação de ácidos graxos;
130
A seguir, o grupo prostético carboxibiotina transfere o grupo carboxilato para o acetil−CoA para
formar um composto de três carbonos, a malonil−CoA e regenerar a enzima.
A reação total, catalisada pela acetil−CoA−carboxilase uma enzima composta de três enzimas
(proteína transportadora de biotina, biotina−carboxilase e a transcarboxilase) em um único
polipeptídeo multifuncional que requer biotina e Mn2+, é a etapa limitante de velocidade na
síntese de ácidos graxos nos mamíferos.
A acetil−CoA−carboxilase é uma enzima alostérica ativada pelo citrato e isocitrato e inibida por
acil−CoA de cadeia longa, como o palmitoil−CoA. A biotina está ligada a um resíduo de lisina
da enzima.
A malonil−CoA é o doador das unidades acetil de dois carbonos para a construção de ácidos
graxos.
A produção de ácidos graxos de cadeia longa (ácido palmítico) a partir da malonil−CoA envolve
o sistema multienzimático denominado complexo ácido graxo sintase, constituído por seis
enzimas que catalisam etapas sucessivas da síntese. As proteínas enzimáticas do complexo estão
unidas entre si, operando a sequência de forma eficiente e regulada. Portanto, apesar de cada
reação ser examinada separadamente, elas estão intimamente integradas
que novamente liga-se a outra molécula de CoA gerando um novo acil-CoA. O ciclo
recomeçaaté a formação da última molécula da acetil-CoA.
A β-oxidação é uma via extremamente eficaz na produção de energia, já que as moléculas de
acetil-CoA, NADH e FADH2 formadas já se encontram na mitocôndria e podem seguir para o
ciclo de Krebs e cadeia respiratória, rapidamente.
Porém, o excesso da acetil-CoA formado vai obrigar à sua saída para o citoplasma para iniciar a
síntese de ácidos corpos cetônicos ácidos graxos podem, ainda, ser metabolizados através da α-
oxidação, um processo que produz menos enrgia que a β-oxidação pois fornece apenas 1 NADH
por cada carbono oxidado , não produzindo nenhuma acetil-CoA.
3.Desidrogenação da L−β−hidroacil−CoA.
A enzima L−β −hidroxiacil−CoA−desidrogenase NAD+ dependente é específica para os
L−isômeros de substratos com diferentes comprimentos de cadeia, promovendo a produção de
β−cetoacil−CoA.
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4.Formação de acetil−CoA.
A reação final catalisada pela tiolase (acil−CoA−acetiltransferase), consiste em clivagem de um
fragmento carboxiterminal de dois carbonos na forma de acetil−CoA da 3-cetoacil-CoA entre os
Cα e Cβ.
O outro produto é uma acil−CoA contendo dois carbonos a menos que a acil−CoA original.
A acetil−CoA é convertida em CO2 e H2O via ciclo do ácido cítrico, enquanto a acil−CoA
original encurtada em dois átomos de carbono sofre novo ciclo de quatro reações da β−oxidação.
A repetição sucessiva das quatro reações do processo promove a degradação completa de ácido
graxo com número par de átomos de carbono em moléculas de acetil−CoA.
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Corpos cetônicos
Essa condição ocorre quando a velocidade de produção de corpos cetônicos pelo fígado excede
a capacidade de sua utilização pelos tecidos periféricos, resultando em acúmulo no sangue
(cetonemia).
Ao ultrapassar o limiar renal, essas substâncias aparecem na urina (cetonúria).
No entanto, na ativação do ácido graxo são consumidos dois equivalentes de ATP (um ATP é
transformado em AMP + 2Pi).
A produção de ATP a partir da β-oxidação do ácido palmítico pelo ciclo do ácido cítrico e da
fosforilação oxidativa é resumida na
No ciclo de Krebs
Soma todos Acetil Pares ( № de Carbonos do Ac.Gordo) x12ATP(3NADH+1FADH+1ATP)
2
REnergetico = № ATP de Quebra + ATP do Ciclo de Krebs
Saldo Energetico= REnergetico-2ATP de Activacao do Acido Gordo Par
8. Bibliografias