A Universidade São Marcos foi fundada em 29 de maio de 1970 pelo reitor da Universidade, Ernani Bicudo de Paula. Na época, se chamava Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras São Marcos. No início de agosto de 2000, foi inaugurado o campus de Paulínia, levando a Universidade para o interior do estado de São Paulo.
Um dos cursos mais tradicionais era o de Psicologia. O curso existia desde 1971 e seu reconhecimento pelo Ministério da Educação (MEC) remonta à sua fundação.
Pelo curso de Psicologia da Universidade São Marcos passaram pessoas ilustres como o professor e escritor Antonio da Costa Ciampa, o ator Leonardo Miggiorin, o treinador e ex-jogador Fernando Diniz e o jornalista, advogado e psicólogo Ruy Barboza entre outras notórias celebridades e intelectuais modernos.[carece de fontes?]. Durante sua trajetória, ofereceu cursos de Mestrado e de Doutorado. Nos Mestrados de Cooperação Internacional e no Multidisciplinar em Administração, Comunicação e Educação teve como aluno o Professor Paulo Alonso, então reitor de uma universidade carioca.
Sambódromo Paulínia local onde funcionava a Universidade São Marcos
Foi descredenciada pelo Ministério da Educação em 26 de março de 2012, depois de estar sob intervenção judicial, desde setembro de 2011. Segundo a avaliação do MEC, havia irregularidades como: inviabilidade financeira, desorganização acadêmica e administrativa da instituição.[1]
Na época houve revolta por parte dos alunos da Universidade, sendo que 250 deles chegaram a protestar contra a decisão do MEC.[2] O Ministério Público de Paulínia chegou a abrir um inquérito civil para apurar possíveis prejuízos aos alunos da Universidade.[3] Sua última turma se formou em 10 de dezembro de 2013.[carece de fontes?]
O Sambódromo de Paulínia local onde funcionava a Universidade chegou a abrigar entre 2011 a 2012 o colégio técnico CEMEP,[4][5] porém, desde 2016, o antigo prédio da Universidade está abandonado pela prefeitura de Paulínia.[6]
