Funciones Topmodel en R

 Rellenar MDT
Donde:
DEM: Una matriz que representa el modelo de elevación digital (m) con el mismo tamaño de pixeles e
igual resolución tanto en x como en y.
res: Resolución del modelo digital, esto depende de la topografía, para el caso de Ortigas y Río
Grande que se tiene una topografía 1:10000 se tomó una resolución de 5x5m y para Marianza Pajonal
y Marianza Pinos donde la topografía está a una escala de 1:25000 la resolución es de 10x10m.
degree: Pendiente mínima que debe mantenerse entre las células durante el llenado.
Esta función (sinkfill) da como resultado una matriz de igual tamaño que la del DEM.
 Para calcular el índice topográfico se utiliza la siguiente función
Donde:
DEM: Una matriz que representa el modelo de elevación digital (m).
resolution: Resolución del modelo digital (m).
Esta función devuelve una lista con dos objetos, atb y el área. El primero es el índice topográfico (a/tan b) y el
segundo es el área acumulada (a).
 Mapa Índice topográfico (atb)

 Gráfico de área de cuencas a partir de salidas de topidx
 A partir del área de cada micro-cuenca, se obtiene las coordenadas de los puntos de salida de cada
cuenca
 Sacar las clases de índices topográficos:
A partir del mapa de índices topográficos, se obtiene las clases de índices topográficos, utilizando la siguiente
función:
Donde:
array: Un vector o una matriz numérica.
n: Número de clases a obtener.
Esta función se divide en un conjunto de n clases distribuidas uniformemente y calcula el número de elementos
de cada clase. Como resultado se obtiene una matriz de dos columnas, la primera contiene los límites superiores
de cada clase, y la segunda cuenta el número de elementos de cada clase. Para todas las micro-cuencas en
estudio, se tomaron 16 clases de índices topográficos.
 obtener los ríos de las cuencas a modelar

identifica la cuenca hidrológica basada en un algoritmo de la única dirección del flujo. Esta función se aplica de la
siguiente manera:
subcatch (DEM,outlet)
Donde:
outlet: Un vector que contiene los índices de fila y columna del píxel que representa la salida de la cuenca, estos
valores se mostraron en la Tabla 5.2.
 calcular los ríos de cada micro-cuenca, a partir del DEM

Esta función identifica las células de la cabecera del río, basándose en el índice topográfico y en el área acumulada.
river(DEM,atb,area,res,thatb,tharea)
Donde:
atb: Una matriz con los valores del índice topográfico generados por topidx.
area: Una matriz con los valores del área de drenaje generados por topidx.
res: Resolución del modelo digital (m).
thatb: Un inicio del índice topográfico de las células de la cabecera.
tharea: Un inicio del drenaje de las células de la cabecera.
Como resultado tenemos una matriz del mismo tamaño del DEM.
 Calculo de Delay (función de retraso)
El flujo se basa en la función de retraso (delay) la cual representa el tiempo que el agua permanece en el sistema.
El resultado de esta función es un matriz con dos columnas, la primera indica el área relativa acumulada, y la
segunda la distancia media a la salida (m).
Para obtener esta matriz, es necesario utilizar las siguientes funciones:
flowlength(DEM,outlet)
Donde:
outlet: Un vector que contiene los índices de fila y columna del píxel que representa la salida de la cuenca.
Se obtiene una matriz del mismo tamaño del DEM.
 función de histograma
lo que hace es a partir de los datos dados, que en este caso es el flujo, genera un histograma.
hist(x, ...)
 Vector acumulado de la suma del área
Esta función devuelve un vector cuyos elementos son las sumas acumuladas, productos, contenidos máximos o
mínimos de los elementos del argumento, para este caso es la suma acumulada del área.
cumsum(x)
 TOPMODEL
Si el argumento del parámetro es una matriz, cada fila debe representar un conjunto de parámetros. En ese caso
el modelo se ejecuta con cada conjunto de parámetros.
topmodel(parameters, topidx, delay, rain, ET0, verbose = F, Qobs=NA)
Donde:
parameters: Un vector o matriz que contiene los parámetros de entrada.
topidx: Una matriz de dos columnas con su respectivo valor de la clase de índice topográfico.
Delay: Función de retraso del flujo superficial.
Rain: Un vector con datos de lluvia.
ET0: Un vector con datos de evapotranspiración (m/dia).
verbose: Si esta seleccionada la opción “TRUE”, además de la descarga prevista, también el flujo
superficial, el flujo base, y la zona de almacenamiento.
Qobs: Si el caudal observado es dado, la salida normal se suprime y la eficiencia de Nash-Sutcliffe es
devuelta. (m/día).
As.table(raster)
Un conjunto simple de parámetros consiste de:
Se calcula aparte, averiguar cómo se calcula
qs0: Flujo subsuperficial inicial por unidad de área.

lnTe: log de la medida del área de T0 (m2/h).
m: Parámetro del modelo que controla la tasa de disminución de la transmisividad del perfil del suelo.
Sr0: Déficit de almacenamiento inicial.
Srmax: Déficit de almacenamiento máximo.
td: Tiempo de retraso de la zona no saturada por unidad de déficit almacenado (h/m).
vch: Canal de flujo fuera de la captación.
vr: Velocidad del tránsito en el canal (m/h).
k0: Superficie de conductividad hidráulica (m/h).
CD: Unidad de capilaridad, ver Morel-Seytoux and Khanji (1974).
dt: Paso del tiempo (h).
La función devuelve la matriz de descarga observada
Si Qobs es dado la función devuelve una matriz de la eficiencia de Nash-Sutcliffe, 1 por cada conjunto de
parámetros. Si revisar (verbose) se selecciona, una lista es devuelta con la descarga (Q), flujo superficial
(qo), flujo subsuperficial (qs), almacenamiento (S), exceso de infiltración del flujo superficial (fex), y la
evapotranspiración actual (Ea) por cada paso de tiempo.
example(): lee el código escrito en la sección de ejemplos de la pagina de ayuda de una determinada función y lo
implementa en la consola de R.
help.start(): explorar las páginas de ayuda de las funciones a través del navegador
RSiteSearch(): busca las palabras clave en la lista de distribución de R y en los manuales y páginas de ayuda
utilizando un motor de búsqueda (http://search.r-project.org).
help.search(): es a veces un listado muy grande de funciones que, de alguna manera, están relacionadas con la
palabra o palabras clave escritas.
getwd(): Para saber cuál es el directorio de trabajo hay que usar el comando
setwd(): Para cambiarlo podemos usar el comando
tapply() - Agrupa los datos de un vector de acuerdo a una variable especificada y les aplica una función.
> tapply(data$Defoliacion, data$Especie, mean)

Formato de graficos
> plot(pressure)
> text(150, 600, "Presi_on (mm Hg)\nversus\nTemperatura (Celsius)")
plot(): produce un grafico de dispersion de la presion frente a la temperatura, incluyendo ejes, rotulos y un rectangulo
que delimita el grafico.
text() anade un rotulo al grafico y lo posiciona dentro del texto.
Carga de datos de otros paquetes: data()
Para cargar el data.frame Puromycin del package denominado datasets

>data(Puromycin, package=”datasets”)
Guardar objetos en archivos
Guarde los objetos de nombres objeto1 y objeto2 en un archivo de nombre nombrefile

>save(objeto1, objeto2, file=”nombrefile.rda”)
El archivo se guarda en el directorio corriente. Aunque cierre la aplicación, puede recuperar los objetos
y cargarlos para sesiones futuras mediante:
>load(file=”nombrefile.rda”)
Los gráficos en R
Los paquetes: lattice y rgl están diseñados para manejar gráficos especiales en R

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 Para calcular el índice topográfico se utiliza la siguiente función

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 obtener los ríos de las cuencas a modelar

 calcular los ríos de cada micro-cuenca, a partir del DEM

Para obtener esta matriz, es necesario utilizar las siguientes funciones:

Se obtiene una matriz del mismo tamaño del DEM.

 Vector acumulado de la suma del área

Un conjunto simple de parámetros consiste de:

Se calcula aparte, averiguar cómo se calcula

qs0: Flujo subsuperficial inicial por unidad de área.

setwd(): Para cambiarlo podemos usar el comando

> tapply(data$Defoliacion, data$Especie, mean)

Carga de datos de otros paquetes: data()

Para cargar el data.frame Puromycin del package denominado datasets

Guardar objetos en archivos

Guarde los objetos de nombres objeto1 y objeto2 en un archivo de nombre nombrefile

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