METABOLISME BIOCHIMIQUE

BACTERIEN
1- Définition :

Il est défini comme l'ensemble des transformations

chimiques (réactions de biosynthèse et de
dégradation), qui assurent l'élaboration des
constituants bactériens et leur fonctionnement.
Grâce à un équipement enzymatique très complet,
toutes les réactions chimiques du métabolisme
bactérien sont catalysées par des enzymes
spécifiques.
L'étude du métabolisme bactérien permet de définir
des caractères d'identification biochimique qui
représentent des critères essentiels dans la
classification (ou Taxonomie) bactérienne.
 Les réactions cataboliques permettent à la bactérie de
convertir les aliments mis à sa disposition
( Protéines , Lipides , Polysaccharides) en molécules
organiques simples ou en métabolites intermédiaires , avec
production d’énergie sous forme de liaison phosphate ADP ˜
Pi .
Les liaisons anaboliques sont les voies de biosynthèse que la
bactérie emprunte à partir de ces molécules simples pour
synthétiser des macromolécules intervenant dans la
structure et le fonctionnement bactérien . L’énergie utilisée
dans ces biosynthèses provient du catabolisme .
 2- Métabolisme énergétique :
2-1- Généralités
- La bactérie produit de l’énergie au cours du catabolisme par le
biais de réactions EXERGONIQUES .
Pour éviter toute perte sous forme de chaleur , ces réactions
exergoniques (productrices d’énergie) sont couplées à des réactions
dites ENDERGONIQUES (absorbent l’énergie).
L’énergie est ainsi emmagasinée dans des molécules d’ATP ou
immédiatement consommée dans une réaction qui nécessite de
l’ATP..

- Chez les bactéries d’intérêt médical , les réactions exergoniques

sont des réactions d’oxydoréduction d’un composé organique.
A partir d’un substrat SH2 , la réaction d’oxydation ou
DESHYDROGENATION fait perdre 2électrons et 2 protons au substrat
qui est oxydé.
Ne pouvant rester libres , ces derniers sont éjectés puis captés par
un accepteur d’électrons A qui est ainsi réduit en AH2 .
Le métabolisme énergétique d’une bactérie chimioorganotrophe
est constitué d’une suite de réactions REDOX avec libération
d’énergie , partant d’un substrat organique .
Le composé organique peut être :
• un hydrate de carbone ( surtout le glucose) source la plus
importante d’énergie
• un acide aminé
• un acide gras
•• un
unealcane
base purique ou pyrimidique
Les réactions redox productrices
d’énergie sont intégrées
dans 2
types de processus énergétiques
La Fermentation et la Respiration
:
 La fermentation a été définie par Pasteur comme la
« vie sans air » .
C’est une oxydation biologique au cours de laquelle
l’accepteur final d’H2 et d’é est un composé organique. Ce

composé peut être présent dans le milieu ou provenir de la

dégradation d’un substrat oxydable . Les voies fermentaires

se déroulent au sein du cytoplasme bactérien. Le bilan

énergétique est réduit.

La Respiration est l’ensemble des voies métaboliques au cours

desquelles l’oxygène moléculaire ou des composés oxygénés

inorganiques ou ioniques jouent le rôle d’accepteur

d’électrons et d’H2 dans les réactions redox. Ces voies sont

liées à la membrane cytoplasmique de la bactérie. L’énergie

est produite par phosphorylation dite oxydative et libérée par

paliers via une chaîne de transfert d’électrons ; Le bilan

énergétique est élevé.

 2-2- Voies du Métabolisme
intermédiaire

On distingue 3 principales voies enzymatiques , à

localisation cytoplasmique , qui oxydent le glucose en acide
pyruvique , véritable plaque tournante du métabolisme et
situé au carrefour du métabolisme intermédiaire
 2-3- La respiration :

Le Pyruvate est le point d’aboutissement obligé de toutes les

voies de dégradation du Glucose et des voies d’oxydation de

nombreux acides aminés. Il est transformé en Acetyl~CoA par

décarboxylation oxydative.
 2-3-1- Le cycle de Krebs :

L’Acetyl~CoA réagit avec l’acide oxaloacétique pour

former de l’acide citrique .
Il s’en suit une succession de réactions d’oxydation et
de décarboxylation , avec réductions de NAD en
NADH2 couplées aux réactions d’oxydation .Du point
de vue énergétique , chaque tour de cycle de Krebs
génère 4 réactions de déshydrogénation donc un
bilan énergétique de 12 ATP.
 2-3-2- La chaîne respiratoire :
C’est la chaîne cytochromique de transfert des électrons , à laquelle sont associés des
phosphorylations oxydatives . Ses composants sont disposés de façon séquentielle en fonction
de leur potentiel redox. Le mouvement des électrons ou des protons le long de la chaîne
s’effectue graduellement à partir des constituants les plus électronégatifs pour aller vers le
constituant le plus électropositif (O2). Ces composants sont des enzymes associés à des
groupements prosthétiques et qui agissent comme transporteurs d’électrons.
* NAD : Nicotinamide Adénine Dinucléotide ou Coenzyme I :
Coenzyme fonctionnant comme transporteur d’hydrogène
dans de nombreuses réactions redox. La molécule d’H2 est
portée sur le résidu Nicotinamide.
Forme oxydée :NAD+
Forme réduite : NADH + H+
(N.B. NADP= Coenzyme II)

* FP : Ce sont des protéines de haut poids moléculaire

contenant des flavines comme groupement prosthétique .
Appartiennent aux FP la Flavine mononucléotide (FMN) et
Flavine Adénine dinucléotide (FAD). Ces flavoprotéines ont
pour fonction d’accepter l’H2 qui provient du NADH.
* Ubiquinone ou Coenzyme Q : transporteur d’hydrogène ,
non lié à une protéine.
 * Cytochromes : Systèmes redox qui transfèrent des électrons et
ne sont pas capables de transporter de l’hydrogène.

Le cytochrome terminal qui joue le rôle d’accepteur final

d’électron est appelé Cytochrome Oxydase.

Au cours de la respiration , il y a dégagement important d’énergie

puisqu’il y a oxydation du substrat jusqu’au stade H20+C02 .
De ce fait , l’énergie , trop importante pour être libérée d’un seul
coup, est libérée par palier au cours d’une succession de réactions
redox allant de la réduction du NAD puis d’une flavoprotéine et d’une
ubiquinone avec transfert d’électrons et de protons jusqu’à
l’accepteur final , les électrons étant transférés seuls par les
cytochromes .
La respiration se fait donc en 2 étapes :
1) Le cycle tricarboxylique de Krebs , avec libération
de CO2 par oxydation couplée à la réduction de 3 NAD+
et de 1 FAD+ par tour de cycle .
2) La chaîne respiratoire avec coenzymes de
déshydrogénases , Quinones et Cytochromes .

Selon l’accepteur final d’électrons et d’H2 , on peut

distinguer :
1) Dans la respiration aérobie , l’accepteur final
est l’O2
2) Dans la respiration anaérobie , l’accepteur
final est un composé inorganique ou ionique (NO3-
fumarate)
 2-4- Fermentation du Glucose :

La première étape comporte les différents voies du

métabolisme intermédiaire qui aboutissent au Pyruvate .

Puis viennent les réactions de réduction du Pyruvate qui

différentient les bactéries fermentaires car elles
conduisent à des produits finals divers , soit uniques ,
soit plus souvent mélangées . On distingue , selon la
nature des produits finals de fermentation :
 2-5- Tests d’exploration du
métabolisme énergétique :
2-5-1- Épreuve de HUGH et LEIFSON :
Milieu d’Etude de la Voie d’Attaque des Glucides (M.E.V.A.G) :
Géloses molles , faiblement peptonée , additionnées de

glucose à 1%, coulées en culot , fondues au moment de

l’emploi .L’ensemencement se fait par piqûre centrale de 2

tubes de milieu , à partir d’une suspension riche du germe à

étudier. Un tube est laissé ouvert « O » , l’autre est fermé par

une couche de vaseline « F ».

 2-5-3- Recherche de la catalase : on met en présence une
colonie microbienne et une goutte d’eau oxygéné sur une lame .
L’apparition de bulles d’air signe la présence d’une catalase .
Attention : ne pas prélever la culture à partir d’une gélose au sang.
Catalase -
Catalase +
 2-5-4- Test de GRIESS-ILOSWAY :

Bouillon Nitrate à 1%o KNO3 ensemencé à partir de la souche à

étudier
Réactifs de révélation : Acide Sulfanilique et alpha-naphtylamine
Poudre de Zinc
 2-5-4- Etude de la voie fermentaire des Acides
complexes: Bouillon CLARK et LUBS

Bouillon CLARK et LUBS inoculé par une goutte d’une suspension

trouble de bactéries.
Après 18h à 37°C, on divise le bouillon dans 2 tubes stériles.
Chaque tube sert à révéler une des 2 voies :
- Voie des Acides mixtes : Addition d’une goutte de ROUGE de
METHYL (test au RM)
- Voie Butylène-Glycolique : Addition de 2 gouttes de KOH à
10% et d’Alpha-naphtol ( Réaction de VOGES-PROSKAUER)
 2-5-5- Utilisation du Citrate comme seule source de Carbone :
Milieu au Citrate de SIMMONS ou au Citrate de KRISTENSEN

Milieu au
Citrate de
SIMMONS

Test négatif Test positif

 3- Métabolisme Glucidique :
3-1- L’Auxanogramme : Etude d’une gamme de sucres
dégradables par la bactérie (en milieu liquide ou solide)

3-2- L’étude de l’attaque des sucre en :

- Milieux glucidiques gélosés simples : gélose + sucre + indicateur
de pH (exemple : le milieu Mannitol-mobilité-nitrate )

- Milieux gélosés glucidiques complexes :

TSI (Tri-Sugar-Iron ) et
KIA (Kligler-Iron-agar)
Ce sont des géloses inclinées avec pente +culot :
1%o Glucose et 10%o Lactose et Saccharose
L’indicateur de pH est le Rouge de Phénol
 Galerie API 20E (identification des
Enterobactéries)

Mannitol-Mobilité

Exemples de Milieux Glucidiques simples

T.S.I.
Avant Shigella sonnei Pseudomonas sp.
ensemencement Enterobacter sp.
Proteus sp.
 3-3- Révélation d’enzymes du métabolisme glucidique:
on détecte essentiellement la Bêta galactosidase , enzyme qui dégrade le lactose
en glucose et galactose.
Cette enzyme a 2 caractéristiques : 1) elle est intra-cellulaire
2) elle est inductible
Il faut donc une perméase pour faire passer quelques molécules de lactose en
intra-cellulaire et induire la synthèse de l’enzyme.
Le test de laboratoire est appelé test ONPG
4- Métabolisme Protidique :
4-1- Métabolisme des Acides Aminés soufrés (Cystéine,
Méthionine):
H2S + sulfate de Fer = Sulfure de fer
R NH2 RNH2
SH
TEST :On utilise le milieu TSI ou KIA (milieux glucidiques gélosés
complexes) qui contiennent Thiosulfate de sodium (liaison thiol)
H2S +
4-2- Métabolisme de l’urée et du Tryptophane
 Indole - Indole +

Urée + Urée -
4-3- Catabolisme des Acides Aminés:
 Le test des décarboxylases :

Au laboratoire , on met en évidence les décarboxylases sur milieu de

MOELLER-FALKOW :

(sucre=Glucose , Indicateur=Pourpre de Bromocrésol

1er temps : Au départ, tous les
tubes sont « couleur violette »

2ème temps : Acidification de

tous les tubes par attaque du
glucose: Tous les tubes virent au
« jaune »

3ème temps : Décarboxylation et

libération de catabolites alcalins
d’où virage au bleu violacé-
le tube témoin reste jaune
Lecture : tube jaune : négatif
tube violet : positif