情報生命科学基礎・演習 渋谷 Suffix Trees and Arrays 渋谷 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター （兼）情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 tshibuya@ims.u-tokyo.ac.jp http://www.hgc.jp/~tshibuya 今日の話題 情報生命科学基礎・演習 渋谷 接尾辞木（Suffix Tree）とは 接尾辞配列（Suffix Array）とは 接尾辞配列の作成アルゴリズム 3-way Quick Sort Mamber & Myers Kärkkäinen & Sanders 接尾辞木の作成アルゴリズム Ukkonen Farach 参考書 Gusfield, D. (1997) Algorithms on Strings, trees and sequences, computer science and co
近年の情報化社会において、インターネット、マルチメディア、分散ソフトウェア、をはじめとするコンピュータ技術の劇的な発展と普及により、システム間の通信情報量は増大の一途をたどっています。 データ圧縮技術は「サイズを減らす（同じサイズでより多くの情報を詰め込める）」という利点から、通信効率の改善、記憶装置の有効利用、に不可欠な基礎技術です。さらに「通信データ量を減らすことでCPUへの負荷を軽減しマルチタスク処理のレスポンスを改善する」という有用性もあり、その重要性は日に日に高まっています。 データ圧縮は本来、情報理論分野での「通信システムにおける情報量 の最小化の研究」の産物である「情報源符号化法」に端を発する技術であり、この分野では、工夫を凝らした様々な問題解決手法が提案されており、アルゴリズムを学ぶ上でたいへん興味深い分野の一つです。 代表的な例として、１８世紀頃から用いられていているモー
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