宮崎県は、種牛の中でも貴重な６頭を緊急避難させた後も同じ畜舎で管理してきた。 県によると、感染した忠富士と残る５頭は、西都市の山奥の同じ仮設畜舎にいる。忠富士が神経質な性格のため、ほかの５頭との間には１頭分の空きスペースが設けられ、それぞれの種牛の間は高さ約３メートルの板で仕切られている。しかし、上部は吹き通しになっており、前後に壁はないという。 世話係や獣医師ら６人が、２４時間態勢で健康状態をチェック。畜舎内では防護服を着て、手袋をはめて、入念な消毒作業も続けていたという。 記者会見で、農政水産部の高島俊一部長は、リスク分散を考えた管理を行うべきでは、との質問に対し、「牛同士が接しないようにはなっていた」と説明。また、一人の担当者が同時に複数の牛の世話をしないようにしたり、ふん尿が隣の牛がいるスペースに流れ込まないようにしたりしていたことを挙げ、「対策に万全を尽くした」と強調した。また、
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