気候は県内全域が太平洋側気候に属し温暖だが、冬と夏で寒暑の差が激しい。冬の気温は緯度の割には寒冷である。（数値は気象庁1991 - 2020年の統計による） 熊本地方 熊本市の年平均気温は17.2℃である。有明海に面しているが、熊本平野は金峰山と阿蘇山との間で盆地を形成するため、内陸性気候に近い。夏場に5月から10月にかけての長い期間で真夏日を記録することが特徴であり、那覇市を除く県庁所在地では最も日数が多い。2005年には年間106日の真夏日を記録している。最高気温が35℃に達する猛暑日になることも少なくなく、最高気温で度々騒がれる本州の内陸都市と比して相対湿度が高いため、不快指数はより高くなる。夕刻には『肥後の夕凪』と呼ばれる無風状態となるために非常に蒸し暑い。梅雨期の6月・7月には年平均降水量約2,000mmのうち約40%が集中し、県庁所在地では鹿児島市、宮崎市に次いで梅雨期の降水量
