Electroforesis de ADN

Francisco Fierro Fierro1

Introducción

La electroforesis en geles de agarosa o poliacrilamida es una de las metodologías

más utilizadas en el laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con áci-
dos nucleicos. Mediante la electroforesis podemos separar fragmentos de ADN
y ARN en función de su tamaño, visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de
esta forma determinar el contenido de ácidos nucleicos de una muestra, tenien-
do una estimación de su concentración y grado de entereza. Podemos además
extraer del gel los fragmentos de ADN que sean de interés, para posteriormente
utilizarlos en diferentes aplicaciones.
La electroforesis de ADN fue, y sigue siendo, una herramienta de importancia
primordial en el desarrollo de las técnicas del ADN recombinante o ingeniería
genética. La idea de utilizar la técnica de electroforesis a través de una matriz
para analizar muestras de ADN corresponde a Vin Thorne, un bioquímico del
Instituto de Virología de Glasgow, quien a mediados de los años 60 del pasa-
do siglo estaba interesado en caracterizar las distintas formas de ADN que se

* Departamento de Biotecnología, División de Ciencias Biológicas y de la Salud, Universi-

dad Autónoma Metropolitana-Unidad Iztapalapa, Av. San Rafael Atlixco #186, Colonia
Vicentina. Delegación Iztapalapa. CP 09340 México D.F. fierrof@xanum.uam.mx.

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obtenían de partículas purificadas de polyomavirus. Su razonamiento era que
una combinación de fuerzas eléctricas y de fricción permitiría el desplazamien-
to y separación en función del tamaño o topología de diferentes moléculas de
ADN . Éste es exactamente el principio en que se basa la electroforesis de ácidos
nucleicos. Sometidos a un campo eléctrico, la carga neta negativa del ADN y el
ARN hará que estos se muevan en dirección al ánodo (Figura 1A). Si se fuerza a
los ácidos nucleicos a moverse a través de un gel formado por una malla tridi-
mensional de un polímero como la agarosa, la fricción hará que las moléculas de
mayor tamaño migren con más lentitud, mientras las de menor tamaño avanzan
más en el gel, permitiendo que las diferentes moléculas se separen en función de
su tamaño. Del mismo modo, moléculas de ADN o ARN con topologías o estruc-
turas tridimensionales diferentes también se comportarán de forma diferente
ante la fricción con la malla del polímero, permitiendo su separación.
Mediante la electroforesis en gel de agarosa, Thorne logró separar y visua-
lizar tres formas topológicas diferentes del ADN del polyomavirus: superenrro-
llada, relajada y lineal, tras haber marcado el ADN con [3H] timidina (Thorne
1966, 1967). El trabajo de Thorne recibió poca atención hasta principios de
los años 70, cuando el empleo de enzimas de restricción permitió el análisis
de moléculas de ADN mucho más grandes que los genomas virales. También
resultó de gran importancia el desarrollo de métodos no radiactivos de tinción
del ADN con suficiente sensibilidad para detectar cantidades de ADN del orden
de nanogramos e inferiores. La utilización de bromuro de etidio para la detec-
ción de ADN en geles se desarrolló independientemente por dos grupos (Aaij y
Borst 1972, Sharp et al. 1973), cuyos métodos siguen utilizándose hasta hoy
sin apenas variaciones.
La electroforesis de ADN puede realizarse en geles de agarosa o de poliacri-
lamida. Ambos tienen características diferentes en cuanto a sus propiedades y
modo de preparación, por lo que se utilizará uno u otro en función de la aplicación
y objetivos que persigamos. La electroforesis en geles de agarosa es el método
estándar para separar y purificar fragmentos de ADN cuando no requerimos un
alto poder de resolución. Por su parte, la electroforesis en geles de poliacrilami-
da, aunque tiene una mayor limitación en cuanto al tamaño de los fragmentos
que podemos separar (5-600 pb), posee un poder de resolución mucho mayor,
permitiendo la separación de moléculas que difieren en un sólo par de bases. Los
geles de poliacrilamida se corren de forma vertical y tienen la desventaja de ser
más complicados en su elaboración y manipulación.

28 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

 Los geles de agarosa tienen un poder de resolución mucho menor que
los de poliacrilamida, porque no permiten separar moléculas de ADN que
difieren en tamaño menos de unas 50 pb. Sin embargo, el rango de tamaños
que pueden separarse es mucho mayor en un gel de agarosa (moléculas
desde 50 pb hasta unas 40 kb) dependiendo de la concentración del mismo
(0.3-2% p/v); cuanto más baja es la concentración de agarosa mayor es
el tamaño de las moléculas que pueden separarse, y viceversa. Este rango
de tamaños hace a los geles de agarosa ideales para analizar el producto
de digestiones con enzimas de restricción, lo que puede combinarse con
otras técnicas como el Southern blot, así como para analizar los productos
de una reacción de PCR . Los geles de agarosa convencionales se corren en
una cámara de electroforesis horizontal, con un campo eléctrico uniforme
y constante.
La electroforesis en gel de agarosa tiene un límite superior de unas 40-50
kb en el tamaño de las moléculas de ADN que puede separar. Por lo tanto, no es
posible separar el producto de digestiones con enzimas de restricción de corte
infrecuente, como NotI o SfiI, y menos aún separar cromosomas enteros (los
cromosomas de eucariotas inferiores tienen tamaños de entre 0.2 y 12 Mb).
Reducir la concentración de agarosa hasta un 0.1 o 0.2% puede incrementar el
límite de separación hasta los 750 pb, sin embargo estos geles son extrema-
damente frágiles y muy difíciles de manipular.
Esta limitación de tamaños se superó con el desarrollo de una técni-
ca denominada electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE: Pulsed Field
Gel Electrophoresis) (Figura 1B). Esta técnica fue descrita inicialmente por
Schwartz y Cantor (1984), quienes construyeron un aparato de electrofo-
resis ortogonal en el cual dos campos eléctricos en ángulo sobre el gel fun-
cionaban de forma alterna. El fundamento de esta técnica es la reorienta-
ción de las moléculas cuando cambia la dirección del campo eléctrico; en la
electroforesis convencional las moléculas de ADN de gran tamaño quedan
“atrapadas” en la malla que forma la agarosa en su avance a través del gel,
pero la aplicación de dos campos eléctricos alternantes en ángulo permite
una reorientación de las moléculas que de esta forma avanzarán un tramo
más, antes de quedar de nuevo atrapadas. Cuanto más grandes son las mo-
léculas mayor debe ser la duración de los campos eléctricos alternos para
permitir la reorientación y en última instancia la separación de las mismas.
Además de la duración del tiempo de los pulsos, otros parámetros como la

Electroforesis de ADN 29
 Etapas de la técnica

a) Obtención de las muestras

de ADN

b) Preparación del gel

de agarosa

c) Preparación de las muestras

con el buffer de carga

d) Carga de las muestras

e) Corrida del gel

f) Teñido del gel*

g) Visualización del gel con

luz ultravioleta y análisis de
resultados

* Sólo en caso de no utilizarse bromuro de etidio en el gel.

30 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

Figura 1. A) Esquema del sistema de electroforesis convencional en gel de agarosa. El
rectángulo representa la cámara de electroforesis con los electrodos positivo y nega-
tivo, y en el centro en gris más claro el gel de agarosa con sus pocillos. La flecha indica
la dirección de migración del ADN. B) Esquema del fundamento del sistema de elec-
troforesis en gel de campo pulsado (PFGE: Pulsed Field Gel Electrophoresis), en este
sistema dos campos eléctricos en ángulo sobre el gel funcionan de forma alternante.
C) Esquema de uno de los sistemas de electroforesis en gel de campo pulsado más
utilizados, el CHEF (Contour-Clamped Homogeneous Electric Field). Las líneas forman-
do un hexágono representan los electrodos. La distribución de cargas permite que el
campo eléctrico sea homogéneo en todo el gel y de esta forma evitar distorsiones en
la migración del ADN en los diferentes carriles.

A B

Electroforesis de ADN 31
intensidad y el ángulo que forman los campos eléctricos determinan el rango
de tamaños que pueden separarse. Desde la invención del primer aparato
de PFGE, la técnica se ha mejorado y se ha aumentado el límite superior de
tamaños (Fierro et al. 2001), desarrollándose otros sistemas como el CHEF
(Contour-Clamped Homogeneous Electric Field) (Figura 1C), que han permi-
tido la resolución de cromosomas de eucariotas inferiores como los de los
hongos Neurospora crassa (Orbach et al. 1988) y Penicillium chrysogenum
(Fierro et al. 1993) con tamaños de hasta 10-12 Mb.

Protocolo

Electroforesis de ADN en gel de agarosa

La agarosa es un polímero lineal compuesto de residuos alternantes de

D-galactosa y 3,6-anhidro-L-galactosa unidos por enlaces glucosídicos α(13)
y β(14). Las cadenas del polímero de agarosa forman fibras helicoidales, que
al solidificar forma una malla tridimensional de canales con diámetros entre
50 y >200 nm (Kirkpatrick 1990). Existen diferentes tipos de agarosa que se
clasifican en función de la temperatura a la que se disuelven y solidifican. Las
agarosas estándar se disuelven en el buffer a una temperatura de 90-95°C y
solidifican a 35-45°C. Las agarosas de bajo punto de fusión se disuelven a unos
65°C y solidifican a 30-35°C. Existen además otros tipos, como las agarosas
de alta fuerza de gel o las de baja viscosidad, que permiten respectivamente
una mejor separación y un rango inferior del tamaño de las moléculas a sepa-
rar. La concentración (p/v) de la agarosa es un parámetro de gran importancia
pues determina el rango de tamaños en los que obtendremos una buena sepa-
ración de los fragmentos de ADN. En la Tabla 1 se muestran las concentracio-
nes de agarosa que es recomendable utilizar en función del rango de tamaño
que pretendamos separar.

Equipo

• Cámara horizontal de electroforesis con los accesorios correspondien-

tes (molde para hacer el gel, peine, cables para conectar a la fuente de
alimentación)
• Fuente de alimentación o de poder

32 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

• Transiluminador (fuente de luz ultravioleta)
• Equipo fotográfico que permita tomar fotos del gel

Estos dos últimos aparatos es preferible sustituirlos por un equipo de análisis

de geles, el cual incluye la fuente de luz ultravioleta, el equipo fotográfico para
la toma y digitalización de imágenes, y un equipo de cómputo con Software
que permite distintos tipos de análisis, como el densitométrico. Ejemplos de
este tipo de equipos son el Molecular Imager ChemiDoc XRS System de Biorad,
o el ImageQuant 300 de GE Healthcare.
Además se requerirá de un potenciómetro, una balanza y una autoclave
para preparar y esterilizar las soluciones necesarias.

Tabla 1. Rango de separación de tamaños de ADN en función de la concentración y el

tipo de agarosa utilizados.

Agarosa Estándar Alta fuerza de Gel de baja Gel de baja tem-

(%) gel (High gel temperatu- peratura de fusión
strength) ra de fusión y baja viscosidad
(Low gelling/ (Low gelling/mel-
melting ting temperature,
temperature) low viscosity)
0.3 1 kb – 40 kb
0.5 700 pb – 25 kb
0.8 500 pb – 15 kb 800 pb – 10 kb 800 pb – 10 kb
1.0 250 pb – 12 kb 400 pb – 8 kb 400 pb – 8 kb
1.2 150 pb – 6 kb 300 pb – 7 kb 300 pb – 7 kb
1.5 80 pb – 4 kb 200 pb – 4 kb 200 pb – 4 kb
2.0 60 pb – 2.5 kb 100 pb – 3 kb 100 pb – 3 kb
3.0 50 pb – 1 kb 50 pb – 1 kb
4.0 100 pb – 500 pb
6.0 10 pb – 100 kb

Material

• Micropipetas
• Puntas para micropipeta
• Tubos tipo eppendorf

Electroforesis de ADN 33
• Un matraz, probetas y vasos de precipitados para la preparación de
soluciones
• Espátulas
• Guantes impermeables para el manejo del bromuro de etidio

Reactivos

• Agarosa (CAS N° 9012-36-6)

• Tris base (2-amino-2-(hidroximetil)-1,3-propanodiol, CAS N° 77-86-1)
• Ácido acético glacial (CAS N° 64-19-7)
• EDTA (ácido etilendiaminotetraacético, CAS N° 60-00-4)
• Ácido bórico (CAS N° 10043-35-3)
• NaOH (hidróxido de sodio, CAS N° 1310-73-2)
• Sacarosa (CAS N° 57-50-1)
• Glicerol (CAS N° 56-81-5)
• Azul de bromofenol (CAS N° 115-39-9)
• Xileno cianol (CAS N° 2650-17-1)
• Bromuro de etidio (CAS N° 1239-45-8)

Soluciones y buffers

Como buffer de electroforesis y para la preparación del gel puede utilizarse

opcionalmente TAE (Tris-Acetato EDTA) o TBE (Tris-Borato EDTA). El TAE tiene
una menor capacidad de amortiguación que el TBE, y puede resultar en una
acidificación del medio si la electroforesis se desarrolla durante un periodo muy
prolongado, pero funciona muy bien con tiempos normales de electroforesis,
además tiene una mayor capacidad de resolución que el TBE para tamaños
grandes de ADN. Ambos suelen prepararse como soluciones concentradas, que
pueden almacenarse a temperatura ambiente (previa esterilización en auto-
clave), éstas se diluyen con agua antes de cada electroforesis para lograr la
concentración de uso: 1x para el TAE y 0.5x para el TBE.

Buffer TAE (50x) 1 L

Tris base, 242 g; ácido acético glacial, 57.1 ml; 0.5 M EDTA pH 8, 100 ml.
Ajustar hasta 1 litro con agua destilada o desionizada.

34 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

 Buffer TBE (5x) 1 L

Tris base, 54 g; ácido bórico, 27.5 g; 0.5 M EDTA pH 8, 20 ml. Ajustar hasta 1
litro con agua destilada o desionizada.
El EDTA debe estar preparado previamente: Se añade al agua destilada o
desionizada (un volumen 20% inferior al volumen final deseado) la cantidad
adecuada de EDTA para obtener una concentración final de 0.5 M. Se ajusta el
pH con NaOH hasta que el EDTA se disuelva y llegue la solución a un pH de 8. Se
ajusta el volumen, se esteriliza y se conserva a temperatura ambiente.

Buffer de carga

El buffer de carga debe tener una alta densidad que permita que la muestra se
introduzca en el pocillo del gel, además de colorantes que nos indiquen cuando
debe detenerse la electroforesis. Existen varios tipos de buffers de carga, a
continuación se detallan los dos más utilizados (la inclusión de xileno cianol es
opcional)

• Buffer de carga tipo I (6x): 0.25% azul de bromofenol; 0.25% xileno cianol;
40% sacarosa, en agua. Almacenar a 4°C.
• Buffer de carga tipo II (6x): 0.25% azul de bromofenol; 0.25% xileno cianol;
30% glicerol, en agua. Almacenar a 4°C.

Solución de bromuro de etidio

El bromuro de etidio (BrEt) es un agente intercalante (se intercala entre las ba-
ses nitrogenadas) que se usa como colorante fluorescente para la visualización
de ácidos nucleicos en geles de agarosa y poliacrilamida. El BrEt absorbe luz
ultravioleta de λ ≈ 300 nm, y emite una luz anaranjada de 590 nm, mediante
la cual podemos observar la posición y cantidad relativa del ADN en el gel tras
la electroforesis.
La solución stock de BrEt se prepara a una concentración de 10 mg/ml en
agua, y se conserva a temperatura ambiente o a 4°C en un tubo envuelto en
papel de aluminio. Existen dos formas diferentes de realizar el teñido del ADN:

Electroforesis de ADN 35
 1. Preparar el gel con BrEt incorporado.
2. Teñir el gel una vez finalizada la electroforesis con una solución de BrEt.

En ambos casos, la concentración final del BrEt en el gel o en la solución de

teñido debe ser de 0.5 µg/ml.
Existen alternativas a la tinción con BrEt. El SYBR Gold (nombre comer-
cial) es un colorante muy sensible con una elevada afinidad por el ADN, que
puede detectar cantidades de tan sólo 20 pg de ADN. Se utiliza en una di-
lución 1/10 000 en agua para el teñido del gel tras la electroforesis. Su
elevado precio hace que sólo sea recomendable su uso para la detección de
cantidades muy pequeñas de ADN que no sean detectables mediante tinción
con BrEt. Otros colorantes disponibles actualmente son el SYBR Green, tam-
bién de alta sensibilidad, y el SYBR Safe, con una sensibilidad similar al BrEt
pero menor capacidad mutagénica. Existen además toda una nueva gama
de colorantes con diferentes propiedades para la tinción del ADN; compañías
como Invitrogen han desarrollado un buen número de estos colorantes, con
diferentes niveles de sensibilidad y destinados a diferentes aplicaciones (ver
referencia en http://www.invitrogene.com).

Antes de empezar

Para realizar la técnica de electroforesis de ADN en gel de agarosa debe estar prepa-
rado el siguiente material antes de comenzar: muestras de ADN, marcador de tamaño
o peso molecular, buffer de electroforesis (TAE o TBE), buffer de carga, solución de
teñido de bromuro de etidio, además de todo el equipo de laboratorio y material que
se indican en las secciones correspondientes.
Marcador de tamaños. La utilización de un marcador de tamaño es fundamental
para tener una referencia de los tamaños del ADN en las muestras. Algunos de los
más utilizados son: Lambda 1 kb ladder (fermentas), GeneRuler 50 bp DNA Ladder
(Fermentas), y ADN del fago lambda digerido con la enzima de restricción HindIII.

36 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

Método

1. Preparación del gel de agarosa

1.1. Pesar la cantidad de agarosa necesaria para obtener la concentración
deseada (ver Tabla 1) en función del volumen de gel.
1.2. Añadir la agarosa al buffer (TAE 1x o TBE 0.5x) en un matraz.
1.3. Calentar la mezcla en un horno de microondas hasta que se observe
que toda la agarosa se ha fundido.
1.4. Dejar enfriar la solución de agarosa hasta una temperatura de unos
50 °C (Nota: si se opta por añadir el BrEt al gel debe realizarse en este mo-
mento, a una concentración final de 0.5 µg/ml).
1.5. Mientras la solución de agarosa se enfría, preparar el molde en el que se
va a hacer el gel sellando los bordes con cinta masking, o colocándolo en el
dispositivo previsto para ello, y colocando el peine en la posición deseada.
1.6. Verter cuidadosamente la solución de agarosa sobre el molde nivela-
do y dejar que solidifique durante al menos 30 min.

2. Preparación de las muestras

2.1. Mezclar tanto las muestras de ADN como el marcador de tamaño con
0.2 volúmenes del buffer de carga 6x. El volumen total estará determinado
por el tamaño de los pocillos, habitualmente 15-30 µl.

3. Carga de las muestras y corrida del gel

3.1. Una vez que el gel ha solidificado retirar el sellado de los bordes y co-
locar el molde con el gel en la cámara de electroforesis.
3.2. Añadir buffer de electroforesis (TAE 1x o TBE 0.5x) hasta que cubra el
gel unos 3-5 mm.
3.3. Retirar cuidadosamente el peine para que queden libres los pocillos
para las muestras.
3.4. Cargar en los pocillos las muestras que se prepararon en el paso 7.
Nota: Dependiendo del tipo de muestra y del marcador, frecuentemente es
conveniente calentar a 65°C las muestras durante 3-5 min y enfriarlas en
hielo antes de cargarlas.
3.5. Conectar los cables a la fuente alimentación y aplicar un voltaje
de 20-150 V (1-5 V/cm de acuerdo a la distancia entre los electrodos).
El ajuste del voltaje es muy variable dependiendo de la cámara y de los

Electroforesis de ADN 37
 tamaños que se pretenden separar, se recomienda voltajes no muy altos
para tamaños muy grandes del ADN.
Nota: Debe tenerse en cuenta que el ADN migra hacia el ánodo, por lo que
debe disponerse correctamente la orientación del gel y de los cables.
3.6. Correr el gel hasta que el colorante azul de bromofenol esté a una
distancia del borde de aproximadamente un 25% de la longitud total del
gel. En ese momento debe detenerse la electroforesis.

4. Tinción del gel y visualización del ADN

4.1. Si no se añadió el BrEt al gel (paso 1.4), éste debe teñirse una vez fi-
nalizada la electroforesis. Para ello se saca el gel de su molde y se sumerge
en una solución de BrEt (0.5 µg/ml) durante al menos 15 min.
Nota: Ambas formas de tinción rinden resultados similares, pero se reco-
mienda la tinción una vez finalizada la electroforesis para mantener el mol-
de, peine y cámara libres de BrEt.
4.2. Colocar el gel sobre un transiluminador y encender la lámpara de
luz ultravioleta (λ ≈ 300 nm), el ADN se visualizará como bandas de color
anaranjado.
4.3. (Opcional) Si hay bandas de tamaño pequeño que no se visualizan bien pue-
de hacerse una etapa de desteñido con H2O o 1 mM MgSO4 durante 20 min.
4.4. Fotografiar el gel con el sistema fotográfico disponible.

Electroforesis en gel de campo pulsado

La electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresis)

permite la separación de moléculas de ADN de tamaño muy elevado (ver in-
troducción). Las principales diferencias con la electroforesis convencional se
encuentran en la preparación de las muestras, el equipo de electroforesis y la
elección de los parámetros (tiempo de pulsos, voltaje, etc.) en función del rango
de tamaños que se pretende separar. A continuación se indica cómo afectan
diferentes parámetros al rango de separación en la PFGE, tomando como refe-
rencia el sistema CHEF (Contour-Clamped Homogeneous Electric Field):
Tiempo de pulsos. Es el parámetro clave que determinará el rango de tamaños
que se puedan separar en una electroforesis PFGE. Cuanto mayor sea el tamaño
a separar mayor debe ser el tiempo de pulsos. Las mejores resoluciones se ob-
tienen realizando una rampa de tiempos, es decir, se comienza la electroforesis

38 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

con un tiempo de pulsos determinado (por ejemplo, 60 seg) y éste va subiendo
gradualmente hasta un valor final (por ejemplo, 150 seg) que se alcanza al fina-
lizar la electroforesis. Los valores que se dan a continuación son aproximados:

Tamaño Tiempo de pulsos

10 - 800 Kb 6-80 seg
100 Kb - 1 Mb 60-90 seg
0.2 Kb - 2 Mb 60-120 seg
1 - 3 Mb 5-20 min
3 - 6 Mb 20-75 min
5 - 11 Mb 75-220 min

Intensidad de campo (voltaje). Moléculas de ADN de hasta 2 Mb de tamaño

pueden separase con voltajes de 4-6 V/cm. Tamaños mayores requieren volta-
jes más bajos para evitar la rotura del ADN; moléculas de 2 a 5 Mb se separan
bien con 1.2 a 3.5 V/cm, mientras que moléculas de muy elevado tamaño (> 6
Mb) requieren voltajes de 1-1.5 V/cm.
Tiempo total de electroforesis. Este parámetro está muy relacionado con el
anterior. Cuanto más grandes son los tamaños a separar se requieren voltajes
más bajos, y como consecuencia tiempos más largos. Tamaños hasta 2 Mb
pueden resolverse en 24-48 h. Tamaños entre 2 y 6 Mb necesitarán tiempos
de 3-7 días. Y tamaños superiores a 6 Mb necesitarán siempre tiempos no
inferiores a 6 días.
Concentración de agarosa. Mientras que en la electroforesis convencional
este parámetro es crucial para separar distintos rangos de tamaños, en la PFGE
su importancia no es tan grande. Tamaños mayores de ADN requerirán concen-
traciones de agarosa más bajas. Las concentraciones que se utilizan con más
asiduidad son de 0.6-1.2% (p/v).
Ángulo de separación de los campos eléctricos alternantes. Suele depender
del diseño del equipo de electroforesis, a veces puede ser ajustado y a veces no.
El ángulo oscila entre 96° y 165°, y los que se usan con más frecuencia son 110-
120°. En general un ángulo mayor permite una mejor resolución en tamaños pe-
queños (10-500 Kb).
Temperatura. El buffer de electroforesis tiene que estar refrigerado entre
4-15°C, para lo cual los sistemas de PFGE comerciales disponen de un refrigera-
dor. La temperatura baja permite una mejor definición de las bandas en el gel.

Electroforesis de ADN 39
 Equipo

• Un equipo completo para electroforesis en gel de campo pulsado (sistemas

OFAGE, CHEF, RGE, etc.) (Fierro et al. 2001), con su fuente de alimentación,
refrigerador del buffer, molde para preparación de muestras, charola para
preparar el gel y peine.
• Un transiluminador (fuente de luz ultravioleta) y equipo fotográfico. O pre-
feriblemente un equipo integrado de análisis de geles (ChemiDoc system
de Biorad o similar).
• Además se requerirá de un potenciómetro, una balanza y una autoclave
para preparar y esterilizar las soluciones necesarias.

Material

El mismo que para la electroforesis convencional en gel de agarosa.

Reactivos

• Agarosa (CAS N° 9012-36-6) de alto grado de pureza (a veces denomina-

da de grado cromosomal)
• Agarosa de bajo punto de fusión
• Tris base (2-amino-2-(hidroximetil)-1,3-propanodiol, CAS N° 77-86-1)
• EDTA (ácido etilendiaminotetraacético, CAS N° 60-00-4)
• Ácido bórico (CAS N° 10043-35-3)
• NaOH (hidróxido de sodio, CAS N° 1310-73-2)
• Bromuro de etidio (CAS N° 1239-45-8)

Soluciones y buffers

Como buffer de electroforesis y para la preparación del gel se utiliza TBE 0.5x
(ver protocolo de la electroforesis convencional en gel de agarosa).
Solución de agarosa de bajo punto de fusión al 1% en buffer TBE 0.5x.
Esterilizar y conservar a temperatura ambiente una vez que solidifique.
Solución de bromuro de etidio (ver protocolo de la electroforesis conven-
cional en gel de agarosa). El gel se tiñe siempre después de la electroforesis, no
se añade el BrEt al gel durante su preparación.

40 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

 Método

1. Preparación de las muestras

1.1. La obtención de ADN cromosomal intacto o de muy alto peso mole-
cular debe realizarse lisando células que están previamente inmovilizadas
en bloques de agarosa de bajo punto de fusión. De esta forma se evitan
las roturas de las hebras de ADN que se producirían en una solución líquida.
Las células son entonces sometidas a un tratamiento para provocar su lisis
y la liberación del ADN, que quedará embebido en el bloque de agarosa,
cargándose éste directamente en el gel. Existen diferentes protocolos en
función del tipo de células: células animales (Sambrook y Russell 2000a),
levaduras y hongos (Sambrook y Russell 2000b). Cuando la PFGE se utili-
za para separar los productos de digestión con enzimas de restricción de
baja frecuencia de corte, el proceso de digestión se lleva a cabo con el ADN
dentro del bloque de agarosa, hacia el cual las enzimas difunden desde una
solución acuosa (ver protocolo descrito por Sambrook y Russell 2000c).

2. Preparación del gel de agarosa

2.1. El gel de agarosa se prepara de forma idéntica a como se describió
para los geles de la electroforesis convencional, con TBE 0.5x

3. Carga de las muestras y corrida del gel

3.1. Una vez que el gel ha solidificado, retirar cuidadosamente el peine
para que queden libres los pocillos.
3.2. Con la ayuda de una espátula cargar los bloques de agarosa con la
muestra de ADN y el marcador de tamaño en los pocillos.
3.3. Sellar los pocillos con una solución de agarosa de bajo punto de fusión
al 1% en TBE 0.5x (previamente fundida), y dejarla durante al menos 15
min.
3.4. Retirar el sellado de los bordes y sacar gel del molde, para colocarlo en
la cámara de electroforesis.
3.5. Añadir buffer de electroforesis (TBE 0.5x) hasta que cubra el gel unos
3-5 mm.
3.6. Ajustar todos los parámetros de electroforesis (tiempo de pulsos,
tiempo total, voltaje, temperatura del buffer) en el módulo de control.

Electroforesis de ADN 41
 3.7. Cerrar la tapa de la cámara, conectando los cables a la fuente alimen-
tación, y comenzar el proceso de electroforesis.
3.8. En los geles de PFGE no tenemos un colorante del tipo de azul de
bromofenol como referencia que nos indique cuando debemos de fina-
lizar la electroforesis. El tiempo de corrida debe establecerse de ante-
mano, junto con el resto de parámetros, en función de los tamaños a
separar, el voltaje, lo publicado en la literatura y la propia experiencia. Si
se van a separar fragmentos de restricción cuyo tamaño oscilará aproxi-
madamente entre 6 y 500 Kb sí puede ser de utilidad cargar un pocillo
con una solución de xileno cianol y finalizar la electroforesis después de
que éste haya rebasado el borde del gel.

4. Tinción del gel y visualización del ADN

4.1. Sacar el gel de la cámara de electroforesis y sumergirlo en una solución
de BrEt (0.5 µg/ml) durante al menos 30 min. Nota: Con frecuencia es con-
veniente realizar una etapa de desteñido con H2O o 1 mM MgSO4 durante 20
min.
4.2. Colocar el gel sobre un transiluminador y encender la lámpara de
luz ultravioleta (λ ≈ 300 nm), el ADN se visualizará como bandas de color
anaranjado.
4.3. Fotografiar el gel con el sistema fotográfico disponible.

Electroforesis de ADN en gel de poliacrilamida no desnaturalizante

La poliacrilamida es un polímero formado por largas cadenas del monómero

acrilamida que se unen transversalmente mediante N,N’-metilenbisacrilamida.
La principal ventaja de los geles de acrilamida sobre los de agarosa es su ma-
yor capacidad de resolución, y además, la posibilidad de cargar una mayor
cantidad de ADN, mientras que una de las desventajas es la limitación en el
tamaño del ADN a separar, alrededor de 500-600 pb. El rango de tamaños
que pueden separarse depende de la concentración de acrilamida en el gel
(Tabla 2).
Los geles de poliacrilamida desnaturalizantes se usan para separar frag-
mentos de ADN monocatenario, y se utilizan en técnicas como la secuencia-
ción, DGGE o extensión del primer, mientras que los no desnaturalizantes se
usan para separar ADN bicatenario. En este capítulo describiremos únicamen-

42 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

Tabla 2. Rango de separación de tamaños de ADN (cadena doble) en función de la
concentración de acrilamida y migración de los colorantes en equivalencia con ta-
maño del ADN.

Acrilamida (%) Rango de Xileno cianol Azul de

separación (pb) bromofenol
3.5 1 000 – 2 000 460 100
5 80 – 500 260 65
8 60 – 400 160 45
12 40 – 200 70 20
15 25 – 150 60 15
20 6 – 100 45 12

te los geles de poliacrilamida no desnaturalizantes (para los desnaturalizan-

tes véase capítulo de DGGE).

Equipo

Se requiere el mismo equipo que para la electroforesis en gel de agarosa, a

excepción de la cámara de electroforesis, la cual debe ser una cámara vertical
para geles de poliacrilamida, con todo su material adicional (cristales, separa-
dores, pinzas, peines, etc.).

Material

• Micropipetas
• Puntas
• Tubos tipo eppendorf
• Tubos falcon o similares
• Probetas y vasos de precipitados para la preparación de soluciones
• Guantes impermeables para el manejo del bromuro de etidio y la
acrilamida
• Cubrebocas si se va a utilizar acrilamida en polvo

Electroforesis de ADN 43
 Reactivos

• Acrilamida (CAS N° 79-06-1)

• N,N’-metilenbisacrilamida (CAS N° 110-26-9)
• TEMED (N,N,N’,N’-tetrametiletilendiamina, CAS N° 110-18-9)
• Persulfato de amonio (CAS N° 7727-54-0)
• Tris base (2-amino-2-(hidroximetil)-1,3-propanodiol, CAS N° 77-86-1)
• Ácido bórico (CAS N° 10043-35-3)
• EDTA (ácido etilendiaminotetraacético, CAS N° 60-00-4)
• NaOH (hidróxido de sodio, CAS N° 1310-73-2)
• Sacarosa (CAS N° 57-50-1)
• Glicerol (CAS N° 56-81-5)
• Azul de bromofenol (CAS N° 115-39-9)
• Xileno cianol (CAS N° 2650-17-1)
• Bromuro de etidio (CAS N° 1239-45-8)

Soluciones y buffers

La solución acrilamida/N,N’-metilenbisacrilamida (29:1) suele adquirirse ya

preparada, de casas comerciales como Biorad. Si se va a preparar a partir de
acrilamida y N,N’-metilenbisacrilamida sólidas, se pesan ambas (dentro de una
campana extractora o usando un cubrebocas) y se disuelven en agua destilada
o desionizada a una concentración final del 30% (peso/volumen) manteniendo
la proporción 29:1. A continuación se filtra la solución a través de un papel de
filtro y se guarda a 4ºC protegida de la luz.
Como buffer de electroforesis se utiliza TBE (Tris-Borato EDTA) en concen-
tración 1x o 0.5x (ver protocolo de la electroforesis convencional en gel de
agarosa).
Buffer de carga. Se utilizan los mismos que en la electroforesis convencio-
nal en gel de agarosa.
Solución de bromuro de etidio (ver protocolo de la electroforesis conven-
cional en gel de agarosa). El gel se tiñe siempre después de la electroforesis,
no se añade el BrEt al gel durante su preparación. El SYBR Gold o la tinción con
plata (véase capítulo de DGGE) son una alternativa si se usan concentraciones
muy bajas de ADN.

44 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

 Método

1. Preparación del gel de poliacrilamida

1.1. Limpiar las superficies de los cristales con un detergente líquido y acla-
rar con abundante agua, haciendo un último aclarado con agua desti-
lada o desionizada. Aclararlos finalmente con etanol y dejarlos secar.
1.2. Mezclar en un tubo los componentes del gel de poliacrilamida pro-
porcionalmente a las cantidades que se muestran en la Tabla 3, de
acuerdo al porcentaje de acrilamida que se vaya a utilizar y al volu-
men de gel requerido. Añadirlos en el siguiente orden: H2O, solución
acrilamida/N,N’-metilenbisacrilamida, TBE 5x, 10% persulfato de
amonio.

Tabla 3. Volumen de los componentes para geles de poliacrilamida de diferentes por-

centajes, en base a un volumen total de 100 ml.

Acrilamida Solución H2O (ml) TBE 5x (ml) 10%

(%) Acrilamida/N,N’- Persulfato
Metilenbisacri- de amonio
lamida (29:1) (ml) (ml)
3.5 11.6 67.7 20 0.7
5 16.6 62.7 20 0.7
8 26.6 52.7 20 0.7
12 40.0 39.3 20 0.7
20 66.6 12.7 20 0.7

1.3. Ensamblar cristales y separadores y sujetarlos fuertemente con

pinzas.
Nota: Algunos sistemas de electroforesis incluyen sistemas de ensamblaje que
previenen que el gel se filtre y se salga del receptáculo de los cristales cuando
está aún líquido. En caso contrario conviene hacer un sellado en la parte inferior
colocando los cristales ya ensamblados sobre un pequeño volumen de agarosa
1% fundida, de modo que ésta ascienda por capilaridad unos milímetros dentro
del espacio entre los cristales. Una vez solidificada la agarosa impedirá que haya
filtraciones del gel por la parte inferior.
1.4. A la solución preparada en el punto 1.2, añadirle 50 µl de TEMED por
cada 100 ml de solución. Mezclar cuidadosamente invirtiendo el tubo.

Electroforesis de ADN 45
 1.5. Añadir la solución con una pipeta o punta de micropipeta en el espacio
entre ambos cristales, de manera que se vaya depositando en el fondo sin
formar burbujas, hasta llegar a la parte superior, casi hasta el borde.
1.6. Colocar el peine entre ambos cristales cuidando que no se formen
burbujas en el gel.
1.7. Dejar polimerizar el gel durante al menos 30 min a temperatura am-
biente. Si el gel se retrae en la parte superior añadir más solución hasta el
borde de los cristales.

2. Preparación de las muestras

2.1. Mezclar las muestras de ADN y el marcador de tamaño con 0.2 volú-
menes del buffer de carga 6x. El volumen total vendrá determinado por el
tamaño de los pocillos, habitualmente 20-30 µl.

3. Carga de las muestras y corrida del gel

3.1. Una vez que el gel ha polimerizado retirar el peine y montar los crista-
les con el gel en la cámara de electroforesis.
3.2. Añadir buffer de electroforesis (TBE 0.5x) en los receptáculos inferior
y superior de la cámara.
3.3. Con una punta fina de micropipeta o una jeringa Hamilton limpiar el
espacio de los pocillos haciendo entrar con fuerza solución TBE 0.5x.
3.4. Cargar en los pocillos las muestras que se prepararon en el paso 2.1,
utilizando una punta fina de micropipeta o una jeringa Hamilton.
Nota: Dependiendo del tipo de muestra y del marcador, frecuente-
mente es conveniente calentar a 65°C las muestras durante 3-5 min y
enfriarlas en hielo antes de cargarlas.
3.5. Conectar los cables a la fuente de alimentación y aplicar el voltaje reque-
rido por la cámara (polo positivo en el reservorio inferior de la cámara).
3.6. Correr el gel hasta que los colorantes estén a la distancia deseada (ver
Tabla 2). Apagar la fuente de alimentación, desconectar los cables y
desmontar de la cámara los cristales con el gel.
4. Tinción del gel y visualización del ADN
4.1. Abrir los cristales con una espátula y cuidadosamente despegar el gel,
para sumergirlo en una solución de BrEt (0.5 µg/ml) durante al menos 30
min. (Alternativamente, si el gel es grande o de muy bajo porcentaje, puede
teñirse sin despegarlo del cristal).

46 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

 4.2. Colocar el gel sobre un transiluminador y encender la lámpara de luz
ultravioleta (λ ≈ 300 nm), el ADN se visualizará como bandas de color ana-
ranjado. ¡Advertencia!: La piel y sobretodo los ojos deben estar debida-
mente protegidos de la luz UV por bata, guantes y una pantalla o cubreojos
de metacrilato.
4.3. Fotografiar el gel con el sistema fotográfico disponible.

Métodos de análisis

El análisis de los geles de agarosa y poliacrilamida se realiza preferiblemen-

te en un aparato documentador de geles (por ejemplo el Molecular Imager
ChemiDoc XRS System de Biorad), los cuales tienen incorporado un software
que permite guardar fotografías del gel en formatos como TIFF, JPG, etc., ade-
más de llevar a cabo análisis densitométricos cuando se necesite realizar una
cuantificación precisa de la intensidad de las bandas en el gel. Esta cuantifica-
ción puede tener distintas aplicaciones, por ejemplo la estimación de la con-
centración de ADN en una muestra mediante comparación con otra muestra
de concentración conocida, y la comparación de las cantidades de ADNc en un
experimento de RT-PCR semicuantitativa. Además los programas de análisis
pueden realizar una estimación del tamaño de los fragmentos por compara-
ción con los marcadores de peso molecular utilizados.

Aplicaciones

La aplicación básica de las técnicas de electroforesis de ADN es la separación

de fragmentos de ADN en una muestra y su visualización, para comprobar
aspectos como el tamaño de los fragmentos, la concentración, la entereza y
otros. Los fragmentos que sean de interés pueden purificarse a partir del gel
mediante diferentes técnicas de extracción, y utilizarse para diferentes pro-
pósitos (clonación, secuenciación, mutagénesis, fusión con otros fragmentos,
utilización como sondas, etc.).
De forma particular, cada una de las tres técnicas que se describen en este
capítulo tiene aplicaciones específicas que se indican a continuación:
La electroforesis en gel de agarosa es la más utilizada, y se aplica en to-
dos los procedimientos indicados en el párrafo anterior. Se utiliza además muy
frecuentemente para la realización de mapas de restricción, separándose los

Electroforesis de ADN 47
fragmentos que resultan de la digestión con diferentes enzimas de restricción,
mediante digestiones individuales y dobles. Con frecuencia la electroforesis en
gel de agarosa se utiliza también para separar fragmentos que se transferirán
a una membrana (de nailon o nitrocelulosa) para llevar a cabo la técnica de
Southern blot. También permite la separación de fragmentos de productos de
PCR y la asignación de tamaño de los mismos (ver por ejemplo capítulo de
ISSRs).
La electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) tiene como objetivo la
separación de fragmentos de ADN de tamaño elevado. Se utiliza para separar
fragmentos de restricción y elaborar mapas de restricción cuando se utilizan
enzimas de restricción de baja frecuencia de corte, como NotI o SfiI (El-Osta et
al. 2005). Asimismo ha tenido una gran aplicación en la separación de cromo-
somas enteros de eucariotas inferiores, principalmente hongos, para elaborar
cariotipos (Fierro et al. 1993, 2001). Al igual que la electroforesis convencional,
la PFGE puede aplicarse como parte de la técnica de Southern blot, para locali-
zar sondas y genes específicos en un determinado cromosoma o fragmento de
restricción de elevado tamaño. Una aplicación particular de la PFGE es el estu-
dio de los polimorfismos en la longitud de los cromosomas (CLP: Chromosome
Length Polymorphims). Estos estudios tienen diferentes aplicaciones, como
son: 1) estudios de tipificación de cepas, como en el caso de Candida spp.
en estudios epidemiológicos, donde la comparación del cariotipo electroférico
resultó ser un buen marcador para la identificación intra- e inter-específica de
cepas de Candida (Pittet et al. 1991); 2) análisis de reorganizaciones cromo-
sómicas causadas por procesos de mutagénesis o transformación genética;
3) análisis de la plasticidad y variabilidad genómica en poblaciones silvestres
y asignación de cariotipos específicos a fenotipos particulares; 4) estudio de
la herencia de los polimorfismos cromosómicos; 5) estudio de cromosomas
supernumerarios o minicromosomas.
La electroforesis de ADN en gel de poliacrilamida no desnaturalizante per-
sigue objetivos similares a la electroforesis en gel de agarosa, pero se utiliza
para la separación de fragmentos más pequeños y cuando se quiere obtener
una mayor resolución. La purificación de fragmentos de ADN a partir de geles
de poliacrilamida es un procedimiento sencillo y permite la obtención de ADN
de alta pureza que puede utilizarse para aplicaciones que requieran un ADN
totalmente libre de impurezas. La electroforesis de ADN en gel de poliacrila-
mida no desnaturalizante no se utiliza para la técnica de Southern blot. Otra

48 Herramientas moleculares aplicadas en ecología

aplicación frecuente de este tipo de electroforesis es la detección de complejos
ADN -proteína en la técnica denominada EMSA (Electrophoretic Mobility Shift
Assay), también denominada geles de retardo. Esta técnica se basa en el re-
traso que provoca en la migración de un fragmento de ADN la unión al mismo
de una proteína que reconozca alguna secuencia del fragmento y se una a él de
forma específica (Carey 1988, Cann 1989).

Ventajas y desventajas

Las técnicas de electroforesis de ADN, en especial la electroforesis en gel de

agarosa, es una técnica básica e imprescindible en cualquier laboratorio que
utilice técnicas moleculares con ADN incluso en el nivel más básico. A la hora
de montar un laboratorio de biología molecular lo primero que debe plantearse
es la adquisición de los equipos necesarios para la realización de electroforesis
en geles de agarosa. Resulta imprescindible una cámara de electroforesis con
sus accesorios y una fuente de alimentación, así como un transiluminador y un
sistema de fotodocumentación. Los costos de estos equipos son asequibles y
no requieren de grandes inversiones.
Algunos de los componentes utilizados en las técnicas de electroforesis de
ADN son tóxicos y deben tomarse precauciones especiales en su manejo:
Bromuro de etidio. El bromuro de etidio es tóxico a elevadas concentracio-
nes debido a su capacidad mutagénica. Se debe evitar la inhalación del com-
puesto en estado sólido (manipularlo en campana de extracción), y se deben
manejar las soluciones siempre con guantes.
Las soluciones de teñido de bromuro de etidio pueden descontaminarse de
la siguiente forma: agregar agua hasta que su concentración esté por debajo
de 0.5 µg/ml, a esta solución añadirle 0.2 volúmenes de ácido hipofosforoso
al 5% recién preparado y 0.2 volúmenes de solución fresca de nitrito de sodio
0.5 M, mezclar con cuidado y checar que el pH sea inferior a 3, dejar incubar la
mezcla a temperatura ambiente durante 24 h y agregar un volumen de bicar-
bonato de sodio 1 M. En este momento la solución puede desecharse.
Acrilamida. La acrilamida en polvo y en solución es tóxica, y tiene la capacidad
de penetrar a través de la piel. Se debe evitar la inhalación del compuesto en es-
tado sólido (manipularla en campana de extracción), y se deben manejar las so-
luciones siempre con guantes. Una vez polimerizada los geles ya no resultan tóxi-
cos, sin embargo se recomienda la utilización de guantes para su manipulación.

Electroforesis de ADN 49
 Luz ultravioleta. Los ojos y la piel deben protegerse adecuadamente me-
diante el uso de pantallas que filtren las longitudes de onda correspondien-
tes a luz UV.

Perspectivas

Las técnicas de electroforesis de ADN son hoy en día básicas e insustituibles

para cualquier trabajo en biología molecular con ácidos nucleicos, por lo que
seguirán utilizándose previsiblemente durante mucho tiempo. A lo largo de los
años se han ido desarrollando avances en este tipo de técnicas, como la PFGE,
así como aplicaciones nuevas, como el EMSA . El continuo desarrollo de las téc-
nicas de biología molecular hace prever que se encontrarán nuevas aplicacio-
nes para los diferentes métodos de electroforesis de ácidos nucleicos en gel.

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Electroforesis de ADN 51