Place des Infections Sexuellement Transmissibles

Les microorganismes communs aux infections génitales de l’homme et de la femme sont presque
exclusivement responsables d’infections sexuellement transmissibles (IST). Les IST ont ainsi dans
un premier temps été appelées « maladies vénériennes » (liées à Vénus, déesse de l’Amour) puis
« maladies sexuellement transmissibles » (MST) et enfin IST afin de tenir compte des formes
asymptomatiques.

Les formes cliniques des infections génitales dépendent bien sûr du sexe mais aussi des
microorganismes. Le tableau 1 indique pour chaque agent responsable d’IST, les formes
cliniques observées. Notons que certaines IST, comme le SIDA ou l’hépatite B, ne se traduisent
pas par des lésions génitales.

Les infections génitales ne sont pas toutes des IST. Chez l’homme, certaines infections génitales
sont des complications d’infections urinaires. Chez la femme, la plupart des infections vaginales
font suite à un déséquilibre de la flore commensale vaginale.

Tableau 1

Infections génitales de la femme

Généralités sur l’appareil génital féminin
 Anatomie et physiologie de l’appareil génital féminin

Fig. 1 : coupe sagittale de l’appareil génital féminin

By BruceBlaus via Wikimedia Commons

Fig. 2 : coupe frontale de l’appareil génital féminin

L’appareil génital féminin (Fig. 1 et 2) comprend des organes génitaux internes (deux ovaires,
deux trompes de Fallope, l’utérus et le vagin) et externes (la vulve = les grandes lèvres, les petites
lèvres et le clitoris).

 Le vagin est un organe en forme de tube, de 10 à 15 cm de long, très extensible, dans

lequel sont déposés les spermatozoïdes au cours du rapport sexuel. Il est également la
voie naturelle de passage du fœtus lors de l’accouchement. Il est tapissé par un épithélium
malpighien non kératinisé.
 L’utérus est un organe musculaire lisse d’environ 7 cm, de forme triangulaire, dans lequel
se développe l’embryon puis le fœtus. Il est creusé d’une mince cavité : la cavité utérine.
Celle-ci est tapissée par une muqueuse particulière, l’endomètre, qui desquame tous les
 mois (s’il n’y a pas eu fécondation) au moment des règles. Cette muqueuse repose sur une
couche externe épaisse de fibres musculaires : le myomètre.
 Le col utérin assure la communication entre la cavité utérine et le vagin, il comprend deux
parties :
 l’exocol, partie inférieure du col au contact du vagin, est tapissé par un épithélium
pavimenteux stratifié non kératinisé (Fig. 4).
 l’endocol, partie supérieure du col au contact de l’utérus, est tapissé par un épithélium
simple qui s’invagine dans le chorion sous-jacent formant les glandes endocervicales
produisant la glaire cervicale.
La glaire cervicale humidifie la muqueuse vaginale, elle-même dépourvue de
glandes. Elle est légèrement alcaline (contrairement au milieu vaginal qui est acide) et
forme un bouchon visqueux obturant le col utérin (sauf au moment de l’ovulation où
elle devient liquide, « filante », et perd sa fonction d’obturation afin de laisser passer
les spermatozoïdes).
 Les ovaires sont attachés à l’utérus par un ligament. Un des ovaires produit chaque mois,
de la puberté à la ménopause, un ovocyte.
 Les trompes utérines (ou trompes de Fallope) sont des conduits qui s’étendent de l’utérus
jusqu’à l’ovaire. A ce niveau, leurs extrémités en forme d’entonnoir frangé, appelées
pavillon, s’ouvrent dans la cavité péritonéale face à l’ovaire. L’ovocyte produit chaque mois
est aspiré par le pavillon, progresse dans la trompe utérine puis y rencontre les
spermatozoïdes. Un d’entre eux fusionne avec l’ovocyte pour donner un œuf. C’est la
fécondation.

Au cours de sa migration dans la trompe de Fallope et l’utérus, l’œuf se divise en 2, 4, 8…

formant un amas cellulaire appelé morula qui évolue ensuite en blastocyste, puis embryon
capable de s’implanter dans la muqueuse utérine.

La lumière des trompes utérines est réduite lorsqu’elles sont infectées (salpingite) avec
comme conséquence la stérilité (les spermatozoïdes ne peuvent rejoindre l’ovocyte) ou des
grossesses extra-utérines (l’œuf fécondé ne peut gagner l’utérus).

Le verrou microbiologique

L’endocol utérin sépare deux secteurs microbiologiquement différents (Fig. 3) :

 Le premier secteur qui comprend la vulve, le vagin et l’exocol (l’appareil génital bas)
est colonisé par de nombreuses espèces commensales : c’est la flore vaginale (voir
paragraphe 2.1). Le pH vaginal acide (entre 3,9 et 4,5) inhibe la multiplication des
principaux pathogènes sauf des levures. De plus on y trouve des glandes sécrétrices de
mucus riche en protéases qui digèrent bon nombre de bactéries et de virus exogènes.
 Le deuxième secteur est naturellement stérile. Il comporte l’endocol, ainsi que les cavités
utérine et tubaire (appareil génital haut).

La glaire cervicale sécrétée par l’endocol utérin joue le rôle d’un verrou microbiologique en
empêchant efficacement la remontée des bactéries vaginales. Son action antimicrobienne est la
résultante de trois effets :

 un effet mécanique : « l’effet chasse d’eau » lié à l’écoulement de la glaire de l’utérus vers

le vagin constitue une barrière à l’ascension des bactéries grâce au « filet » que réalise les
différentes glycoprotéines fibrillaires de la glaire ;
 un effet chimique : elle contient de nombreuses enzymes antibactériennes (lactoferrine,
peroxydase, lysozyme) ;
  enfin un effet immunologique : les immunoglobulines produites localement (Ig A) ou
provenant du sang (Ig G) se concentrent dans la glaire et diminuent l’adhérence
bactérienne

Fig. 3 : L’endocol est un véritable verrou microbiologique

© Pascal Fraperie

Histologie des muqueuses génitales de la femme

Muqueuse endocervicale

Elle est constituée d’un épithélium cylindrique simple (Fig. 4) composé de cellules basales, de
cellules ciliées et de cellules caliciformes. Les replis de cet épithélium forment les glandes
cervicales qui sécrètent la glaire cervicale. La consistance de la glaire est sous contrôle hormonal
et dépend du cycle menstruel :

 elle est « épaisse et visqueuse » pendant la 1ère partie du cycle et la période post-
ovulatoire.
 alors qu’elle est « claire et filante » pendant la période pré-ovulatoire et l’ovulation

Fig. 4 : les muqueuses du col utérin

© Pascal Fraperie
 Muqueuse vaginales et exocervicales

Les muqueuses vaginale et exocervicale se compose d’un épithélium pavimenteux stratifié non
kératinisé (Fig. 4) qui comporte trois couches cellulaires :

 une couche basale de petites cellules cubiques ;

une couche intermédiaire de cellules aplaties ;

 enfin une couche superficielle de cellules pavimenteuses de grande taille (60 à 80 µm),
polyédriques, aplaties contenant un petit noyau (moins de 5 µm). Elles produisent du
glycogène.

Les cellules basales remplacent les cellules superficielles à mesure que ces dernières sont
éliminées par le phénomène naturel de desquamation.
La glaire cervicale et les glandes de Bartholin humidifient en permanence ces muqueuses.

Sur un frottis vaginal, chez la femme non ménopausée, on observe différents types de cellules
selon le stade du cycle (Fig. 5) :

 Au début du cycle, pendant la phase menstruelle : on observe des cellules intermédiaires et

superficielles, des hématies, des leucocytes, des débris endométriaux, des lactobacilles.
Par la suite, le fond devient plus pauvre, les cellules superficielles de plus en plus
nombreuses.
 C’est au pic de la sécrétion œstrogénique (à l’approche de l’ovulation) que le frottis
présente le plus de cellules superficielles. Dans ce cas, on dit que le frottis est « propre ».

Après l’ovulation : les cellules intermédiaires deviennent progressivement prédominantes. Elles

desquament en placards et présentent des bords repliés. Les leucocytes et les lactobacilles sont à
nouveau présents sur le frottis.

Fig. 5 : coupe histologique de la muqueuse vaginale

Dans les conditions physiologiques normales, on n’observe pas de cellules basales sur le frottis
sauf s’il existe un contexte inflammatoire particulièrement important.
 Flore commensale vaginale
PLAN

 Composition de la flore vaginale

 Variation en fonction de l’âge
 Facteurs de variation
 Evolution dans le temps
 Rôle protecteur des lactobacilles au niveau vaginal
 Les Lactobacillus inhibent la croissance des pathogènes
 Les Lactobacillus inhibent l’adhésion des pathogènes
 cLes Lactobacillus inhibent l’expansion des pathogènes
 Facteurs de déséquilibre de la flore vaginale

Composition de la flore vaginale de la femme pubère non ménopausée

Les microorganismes présents dans la flore vaginale sont classés en trois groupes en fonction de leur
concentration.

Tableau 1 : composition de la flore vaginale de la femme pubère non ménopausée

Notons que au sein de cette flore commensale, certaines bactéries des groupes II et III sont potentiellement
pathogènes.

Variation en fonction de l’âge

Facteurs de variation

La répartition des différentes espèces au sein de la flore vaginale dépend essentiellement de facteurs
hormonaux et plus particulièrement de l’importance des sécrétions d’œstrogènes. Deux cas limites peuvent
se présenter :

 1er cas : forte activité hormonale

Une propriété bien connue des œstrogènes est de favoriser la constitution, au niveau du vagin, d’importantes
réserves de glycogène. On parle d’imprégnation glycogénique de la muqueuse (Fig. 6). Ce glycogène est
ensuite dégradé en acide lactique par les lactobacilles, ce qui maintient le pH vaginal à des valeurs très
basses. Un tel environnement acide convient particulièrement aux lactobacilles et inhibe le développement
des autres espèces. L’examen d’un frottis vaginal montrera une large prédominance des lactobacilles.

Figure 6

 2ème  cas : l’activité hormonale est en sommeil

Dans ce cas, le glycogène est peu présent au niveau de la muqueuse et le pH vaginal assez élevé. Les
lactobacilles sont alors rares et l’essentiel de la flore commensale. La flore apparaît constituée par les
 autres espèces bactériennes d’origine intestinale et cutanée (entérobactéries, entérocoques, bactéries
anaérobies, Streptococcus agalactiae, Gardnerella vaginalis, staphylocoques..) mais en quantité assez
limitée en général.

Évolution dans le temps

 À la naissance : la persistance chez la fillette des œstrogènes transmis par la mère en période fœtale
explique que cette flore soit presque exclusivement composée de lactobacilles.
 De la naissance à la puberté : après disparition des œstrogènes d’origine maternelle, le taux
d’hormones reste faible et le pH vaginal plus élevé. La flore est alors variée et équilibrée bien
qu’assez peu abondante (entérobactéries, entérocoques, bactéries anaérobies, Streptococcus
agalactiae, Gardnerella vaginalis, staphylocoques..).
 Chez la femme pubère non ménopausée : cette période se caractérise par une forte production
d’œstrogènes et un pH vaginal bas. La flore est de nouveau dominée par les lactobacilles, sauf
parfois après les règles où un certain polymorphisme est souvent observé.
 Après la ménopause : le tarissement des sécrétions hormonales explique le retour à un pH vaginal
élevé idem et une flore commensale variée et équilibrée.

Rôle protecteur des Lactobacillus au niveau vaginal

Les Lactobacillus  inhibent la croissance des pathogènes

 en créant un environnement acide qui protège le vagin de la colonisation par des germes

pathogènes. Seules les levures ne sont pas sensibles à cette acidité. Cette acidification résulte de la
fermentation du glycogène en acides organiques (acide lactique essentiellement).
 en produisant de puissants oxydants par réduction incomplète du dioxygène en peroxyde
d’hydrogène (H2O2) et anion superoxyde (O2–). Ces produits sont toxiques pour les bactéries, comme
les anaérobies strictes, qui ne possèdent pas de système de détoxification (catalase, peroxydase,
super oxyde dismutase = SOD)
 en produisant des bactériocines qui agissent sur la plupart des pathogènes vaginaux en formant
des pores dans leur membrane cytoplasmique.

Les Lactobacillus  inhibent l’adhésion des pathogènes

 en se fixant avec une meilleure affinité aux cellules épithéliales ;

 en sécrétant des biosurfactants, comme la surlactine, molécules amphiphiles qui créent un film à la
surface des cellules épithéliales empêchant ainsi l’adhésion des pathogènes.

Les Lactobacillus inhibent l’expansion des pathogènes

 L. gasseri sécrète une protéine qui provoque la migration des macrophages facilitant ainsi
l’élimination des pathogènes.
 Certains lactobacilles stimulent les monocytes qui sécrètent des substances pro-inflammatoires
dont TNF alpha, IL6 et IL10.

Les facteurs de déséquilibre de la flore vaginale

Une flore vaginale équilibrée est une flore dominée par les lactobacilles chez la femme pubère non
ménopausée.

Les facteurs susceptibles de rompre cet équilibre et donc d’entrainer des infections sont multiples : les
antibiotiques (sauf le métronidazole et les quinolones), les antifongiques, les spermicides, les diaphragmes,
les stérilets, les douches vaginales, les pantalons serrés, la multiplicité des partenaires sexuels et le tabac.
 Symptômes, localisations et agents pathogènes des infections génitales de la femme
PLAN

 Définition et étiologie des leucorrhées

 Infections génitales basses (IGB)
 Mycose vaginale
 Vaginose bactérienne
 Vulvo-vaginite à Trichomonas vaginalis
 Vaginites bactériennes spécifiques
 Infections génitale hautes (IGH)
 Endocervicites
 Endocervicite à Neisseria gonorrhoeae
 Endocervicite à Chlamydia trachomatis
 cEndocervicite à Mycoplasma genitalium
 Infections utéro-annexielles (endométrites et salpingites)

Les infections génitales féminines sont nombreuses et variées. Elles sont causées par des
microorganismes exogènes sexuellement transmissibles mais aussi par des germes issus de la
flore vaginale commensale qui prolifèrent anormalement.

On distingue :

 les infections génitales basses (IGB) qui affectent le vagin, l’exocol et la vulve ;
 les infections génitales hautes (IGH) qui concernent l’endocol utérin, l’endomètre et les
trompes utérines.

Définition et étiologies des leucorrhées

Les leucorrhées (ou pertes blanches) sont des écoulements non sanglants provenant de
l’appareil génital. Leur observation constitue le symptôme majeur d’une infection génitale. Une
leucorrhée n’est cependant pas toujours d’origine infectieuse.
On observe en effet :

 des leucorrhées physiologiques : Elles peuvent apparaître ponctuellement avant l’ovulation

ou avant les règles et concrétisent l’accentuation passagère d’un phénomène
physiologique : hyperdesquamation des cellules superficielles du vagin, hypersécrétion de
glaire cervicale. Sous l’influence des œstrogènes, la sécrétion de la glaire cervicale
augmente à partir du 10éme  jour du cycle et atteint son maximum à l’ovulation. En cas
d’abondance, cette sécrétion s’écoule à l’extérieur sous forme de pertes blanches. C’est le
cas en particulier des états d’hyperœstrogénémie qui accompagnent assez souvent la
puberté et la ménopause. La leucorrhée physiologique n’est jamais nauséabonde et
n’entraîne jamais de signes cliniques tels que douleurs, irritation ou prurit.
 des leucorrhées d’origine endocrinienne  : Elles sont observées lors de néoplasie (cancer)
cervico-vaginale. Elles persistent quelle que soit la phase du cycle. Une leucorrhée de ce
type est pathologique mais non infectieuse.

Dans les cas de leucorrhées physiologiques ou d’origine endocrinienne, la muqueuse

vaginale apparaît saine ou atrophiée.
  des leucorrhées d’origine infectieuse : La muqueuse apparaît alors congestionnée et
suppurée (vaginite) ou non suppurée (vaginoses ou mycoses vaginales). Les pertes sont
abondantes, quelquefois malodorantes et persistantes en l’absence de traitement.

Le rôle du laboratoire de microbiologie est de déterminer si les

leucorrhées sont le signe d’une infection ou relève d’une autre
étiologie.
Infections génitales basses (IGB)

Quatre pathologies infectieuses affectent l’appareil génital bas de la femme :

 la mycose vaginale,
 la vaginose bactérienne,
 la vulvo-vaginite à Trichomonas vaginalis
 les vaginites bactériennes spécifiques.

Mycose vaginale

Les signes cliniques les plus courants sont : prurit, brûlures en fin de miction, dyspareunie
(douleur ressentie lors des rapports sexuels).

Il ne s’agit pas d’une IST (infection sexuellement transmissible) mais d’un déséquilibre de la flore
vaginale avec prolifération d’une levure commensale. En effet 15 à 20 % des femmes sont
porteuses naturellement au niveau du vagin de Candida albicans. Sa prolifération, c’est-à-dire
son passage à l’état pathogène, serait conditionnée par l’apparition de circonstances favorisantes
qui, pour certaines, modifient le pH vaginal. Ces facteurs liés à l’hôte peuvent être séparés en :

 facteurs locaux : la contraception par les œstroprogestatifs, l’hygiène excessive et

inadaptée comme l’abus de savons acidifiants, les vêtements serrés et synthétiques qui
favorisent la macération et augmentent l’acidité locale, l’exposition fréquente à l’eau de
piscine ou de mer.
 facteurs généraux : la grossesse, les antibiotiques à large spectre, le diabète, la
corticothérapie, la chimiothérapie anticancéreuse, les immunosuppresseurs après
transplantation d’organes.

Les levures en cause sont : Candida albicans (85 à 90% des cas), C. glabrata (femme

enceinte), C. tropicalis et plus rarement C. balanitis.

L’examen gynécologique montre un érythème vulvaire et vaginal ainsi que la présence d’un enduit
vaginal blanchâtre. Les sécrétions sont blanches, grumeleuses et inodores. Le pH est normal
donc acide (pH< 4,5). L’apparition de ces signes cliniques après une antibiothérapie oriente vers
une mycose.
Les symptômes d’allergie (prurit) s’expliquent par la libération de grandes quantités de candidine,
une protéine allergisante.
Il n’y a pas de réponse inflammatoire de l’hôte (l’examen microscopique du frottis vaginal montre
généralement peu de leucocytes).

Le traitement à base d’antifongique est local (ovule ou crème). Les rechutes sont fréquentes mais
les causes restent souvent inconnues.
 Vaginose bactérienne

C’est la pathologie vaginale la plus fréquente. Tout comme la mycose, ce n’est pas une IST mais
un trouble de l’écologie microbienne du vagin qui entraîne une prolifération polymicrobienne de
bactéries de la flore commensale (100 à 100 000 fois la concentration normale) et une
diminution importante des lactobacilles qui protègent normalement le vagin. Les bactéries en
cause sont essentiellement des anaérobies
stricts (surtout Prevotella spp., Peptostreptococcus, Mobiluncus, Atopobium vaginae), mais
aussi Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis : leur quantité et leur diversité sont fortement
augmentées en cas de vaginose (voir tableau 2). D’après une étude récente Gardnerella
vaginalis serait l’espèce la plus virulente.

Tableau 2 : les bactéries responsables de vaginose : comparaison de la fréquence du portage lors

de vaginose et en situation normale

La moitié des patientes ne présentent pas de symptômes. S’ils existent, les principaux symptômes
sont des leucorrhées abondantes, homogènes, grisâtres, adhérentes et malodorantes (odeur de
poisson avarié liée aux amines).

Les amines (putrescine, cadavérine, méthylamine, 2-méthyl-propanamine, triméthylamine)

produites par certaines bactéries anaérobies sont responsables d’une augmentation du pH
(pH>4,5) et en partie de la symptomatologie allergique observée (hyperdesquamation de la
muqueuse, œdème, prurit).

Les vaginoses bactériennes sont traitées avec du métronidazole (antibiotique actif sur les
bactéries anaérobies strictes).

La vaginose bactérienne est une pathologie bénigne hors grossesse, mais représente une cause
majeure de complications obstétricales dont l’accouchement prématuré. C’est pourquoi la HAS
(Haute Autorité de Santé) recommande depuis 2001 de dépister systématiquement toutes les
femmes enceintes à haut risque (ayant un antécédent de prématurité) en début de grossesse afin
de les traiter.

Les amines (putrescine, cadavérine, méthylamine, 2-méthyl-propanamine, triméthylamine)

produites par certaines bactéries anaérobies sont responsables d’une augmentation du pH
(pH>4,5) et en partie de la symptomatologie allergique observée (hyperdesquamation de la
muqueuse, œdème, prurit).

La moitié des patientes ne présentent pas de symptômes. S’ils existent, les principaux symptômes
sont des leucorrhées abondantes, homogènes, grisâtres, adhérentes et malodorantes (odeur de
poisson avarié liée aux amines)
 On traite les vaginoses bactériennes avec du métronidazole (antibiotique actif sur les bactéries
anaérobies strictes).

Vulvo-vaginite à Trichomonas vaginalis

C’est une IST due à un protozoaire flagellé, Trichomonas vaginalis. C’est le seul pathogène
vaginal capable d’entrainer une inflammation de la muqueuse vaginale chez la femme pubère non
ménopausée.

Après une incubation de 4 à 28 jours la vaginite à Trichomonas se manifeste essentiellement par

trois symptômes : la leucorrhée, les brûlures, et les prurits vulvaires. La leucorrhée a un aspect
caractéristique : elle est verdâtre, mousseuse, fluide, et d’abondance parfois considérable,
légèrement nauséabonde (plâtre frais).

Le frottis est inflammatoire (nombreux granulocytes et quasi disparition des cellules vaginales).
Les lactobacilles sont très souvent remplacés par une flore très souvent monomorphe composée
d’un entérocoque, d’une entérobactérie ou de S. agalactiae. Les granulocytes sont très nombreux.

La patiente et tous les partenaires, puisqu’il s’agit d’une IST, seront traités au métronidazole.

Vaginites bactériennes spécifiques

Ces vaginites sont essentiellement retrouvées chez la petite fille ou la femme ménopausée.
L’infection est toujours monomicrobienne : une bactérie provenant soit du groupe II ou soit du
groupe III de la flore commensale (voir tableau 1) se multiplie abondamment au dépend des
lactobacilles (groupe I) et entrainent une inflammation de la muqueuse vaginale (afflux de
granulocytes neutrophiles). Les bactéries les plus fréquemment en cause sont : S.
agalactiae (streptocoque B), E. coli ou S. aureus. Sont plus rarement rencontrées : Haemophilus
influenzae, le pneumocoque, les entérocoques, les Neisseria et Moraxella.

Les raisons qui expliquent cette prolifération sont : l’immaturité de la muqueuse vaginale chez la
fillette, des traitements antibiotiques ou hormonaux, des troubles trophiques vulvaires (sécheresse
vaginale, atrophie vulvo-vaginale..) liés à une carence hormonale (comme au cours de la
ménopause) mais aussi des facteurs liés à la bactérie elle-même.

Infections génitales hautes (IGH)

Contrairement au vagin, la cavité utérine et les trompes utérines sont naturellement stériles.

Les IGH sont le plus souvent des IST au cours desquels les germes progressent par voie
ascendante et infectent l’endocol utérin (endocervicite), puis l’endomètre (endométrite) et enfin les
trompes utérines (salpingite). Les salpingites peuvent s’accompagner d’une obstruction des
trompes avec comme conséquence la stérilité (obstruction totale) ou un risque de grossesse extra
utérine (obstruction partielle). Enfin les germes peuvent continuer leur progression dans les
trompes utérines jusqu’au pavillon ; ce dernier s’ouvrant sur le péritoine, les IGH peuvent se
compliquer de péritonite.

Les endométrites et salpingites sont aussi dénommées infections utéro-annexielles.

Endocervicites

La glaire cervicale représente un obstacle majeur à la progression ascendante des germes

présents dans le vagin, d’où l’appellation verrou microbiologique.
 Les agents responsables d’endocervicites présentent des facteurs de virulence spécifiques qui
leur permettent de franchir ce « verrou microbiologique » et d’infecter les cryptes glandulaires. Ce
sont les Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis (sérovars D, Da, E, F, G, H, I, IA, J
et K). Ils infectent seuls ou ensemble l’endocol utérin. Ils sont introduits à ce niveau lors de
relations sexuelles. Les endocervicites sont donc des IST.

Ces infections sont souvent asymptomatiques. Un écoulement cervical purulent, un col

inflammatoire ou saignant, des signes d’infection urinaire et/ou une leucocyturie amicrobienne
permettent d’évoquer une endocervicite à une de ces deux espèces. Une urétrite est fréquemment
associée (le diagnostic des urétrites est présenté dans le chapitre sur les prélèvements génitaux
chez l’homme).

Endocervicites à Neisseria gonorrhoeae (gonocoque)

L’infection gonococcique (après une incubation de 8 à 10 jours) passe le plus souvent inaperçue :
les femmes n’ont pas de symptômes dans plus de 50% des cas. Lorsqu’elle est symptomatique,
l’infection entraine des leucorrhées plus ou moins purulentes voire sanglantes et parfois des
douleurs abdominales. Une urétrite accompagne très souvent l’endocervicite. En absence de
traitement, l’infection peut progresser en direction de l’endomètre et surtout des trompes
utérines(infections utéro-annexielles).

Chez la femme enceinte, une gonococcie non traitée peut provoquer un accouchement
prématuré, une rupture prématurée des membranes, une conjonctivite chez le nouveau-né (risque
de cécité).

Endocervicites à Chlamydia trachomatis (sérotypes D A K)

Chlamydia trachomatis est, en France, le microorganisme le plus fréquemment responsable d’IST.

Comme le gonocoque il n’est pas capable d’infecter le vagin et n’entraine pas ou peu de
symptômes chez la femme ce qui explique les complications sévères qui peuvent s’en suivre :
endométrite, salpingite, stérilité et grossesse extra-utérine. L’infection est souvent découverte
fortuitement à l’occasion d’un bilan d’hypofertilité.

Endocervicites à Mycoplasma genitalium

Mycoplasma genitalium est une très petite bactérie sans paroi, comme toutes les bactéries de la
classe des Mollicutes, découverte en 1980. Elle fait partie des mycoplasmes génitaux
avec Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp. C’est la seule espèce de ce groupe à être
responsable d’endocervicites (son pouvoir pathogène est certain). C’est une IST cosmopolite.

Le traitement antibiotique de choix est l’azithromycine, substitué par une fluoroquinolone en cas
de résistance à ce macrolide.

Infections utéro-annexielles (endométrites et salpingites)

Les formes pauci- ou asymptomatiques sont habituelles ce qui explique la fréquence des
séquelles : stérilité tubaire et grossesse extra-utérine. Quand elles sont symptomatiques, elles se
manifestent par des douleurs pelviennes d’intensité variable, des leucorrhées et quelquefois par
de la fièvre.

Ce sont le plus souvent des complications d’endocervicite. Les espèces isolées sont
alors Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis ou Mycoplasma genitalium.

Certaines s’expliquent par une déficience du verrou microbiologique liées à un acte médical (pose
de stérilet, hystéroscopie, curetage) ou une pathologie sous-jacente (polypes au niveau du col,
 cancer ou atrophie de l’endomètre,..).
Les espèces isolées appartiennent alors au groupe II et III de la flore vaginale comme les autres
mycoplasmes urogénitaux (Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp.)

Portage vaginal et risque fœto-maternel

Bactéries vaginales à haut risque infectieux (BVHRI)

Certaines bactéries de la flore vaginale commensale peuvent présenter un risque infectieux pour la femme
enceinte et son fœtus. Présentes en petit nombre, au sein d’une flore vaginale dominée par la flore de
Döderlein, elles ne sont pas visibles au Gram et seront repérées uniquement en culture. Il n’y a pas de
pathologie vaginale, il s’agit d’un portage asymptomatique.

Les principales bactéries vaginales à haut risque infectieux (BVHRI) appartiennent aux groupes II et III
de la flore commensale ; les portages les plus fréquents concernent Streptococcus agalactiae (Streptocoque
du groupe B) et Escherichia coli. Moins fréquents mais entrainant plus souvent de graves complications :
Haemophilus spp, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes et N.
meningitidis.

Ces BVHRI peuvent, par voie ascendante, coloniser la cavité amniotique du nouveau-né suite à l’ouverture
prématurée du col, à la rupture prématurée des membranes. Cette colonisation peut évoluer vers une
chorioamniotite qui se manifeste par de la fièvre, des contractions utérines ; le fœtus est en souffrance. Les
complications de la colonisation ou de l’infection de la cavité amniotique peuvent être :

 du côté du nouveau-né : prématurité, infection néonatale (bactériémie, méningite, infections

pulmonaire ou urinaire, conjonctivite..),
 du côté de la mère : endométrite et infection pelvienne, bactériémie, stérilité.

Ces BVHRI peuvent aussi contaminer le nouveau-né lors de son passage par le vagin.

Streptococcus agalactiae (streptocoque B)

10-20% des femmes enceintes sont porteuses de Streptococcus agalactiae avec le risque de le transmettre à
leur fœtus 1 fois sur 2. Les conséquences de ce portage sont rares mais graves (1 à 2 % des nouveau-nés sont
susceptibles de développer une infection néonatale : bactériémie, méningite). C’est de plus le seul germe
capable d’infecter le nouveau-né indépendamment de la présence de facteurs de risque infectieux. Il est
responsable de 50 % des infections néonatales et de 15 % des infections de la femme enceinte.

C’est pour cela que l’HAS (Haute Autorité de Santé) recommande de rechercher entre la 34ème et la
38  semaine d’aménorrhée Streptococcus agalactiae à partir d’un prélèvement vaginal, de le quantifier et
ème

de traiter par la pénicilline G au moment de l’accouchement toutes les porteuses.

Autres BVHRI

Les données actuelles ne permettent pas de justifier le dépistage systématique en fin de grossesse des
BVHRI autres que Streptococcus agalactiae. Leur recherche se justifie s’il existe des facteurs de risque
infectieux (ouverture prématurée du col, rupture prématurée des membranes, fièvre maternelle).
Source ANAES 2001 : recommandations pour la prévention anténatale du risque infectieux bactérien
néonatal précoce.
 Recherche du portage vaginal de Streptococcus agalactiae

Cette recherche s’effectue sur prescription explicite du clinicien : « recherche de S. agalactiae ».

Prélèvement

Écouvillonnage vaginal sur l’ensemble de la cavité vaginale en insistant sur le 1/3 inférieur du vagin
(l’utilisation d’un spéculum n’est pas recommandée).

Culture

Ensemencer par quadrant une GELOSE COLUMBIA AU SANG. Incuber à 37°C sous 5 à 10% de

CO2 ou en ANAEROBIOSE

Possibilité d’utiliser un milieu sélectif et spécifique de Streptococcus agalactiae (GRANADA BioMérieux)

ou un milieu sélectif et chromogène (Exemples : StrepBselect BIO-RAD, chromID™ strepto B bioMérieux)
voir Milieux sélectifs pour la recherche du portage de Streptococcus agalactiae

Lecture et interprétation

Les colonies suspectes sur gélose au sang sont grisâtres, translucides, de taille moyenne et présentant une
discrète zone d’hémolyse ß.

S. agalactiae sur gélose au sang après 24h

d’incubation en atmosphère enrichie en CO2
© Pascal Fraperie

L’observation microscopique des colonies après coloration de Gram montre des coques à Gram positif dont
le mode de groupement n’est pas toujours caractéristique. Classiquement en diplocoque ou courtes
chainettes dans les prélèvements, Streptococcus agalactiae peut aussi former des amas quand le frottis est
préparé avec des colonies.
 S. agalactiae Gram X 1000
© Pascal Fraperie

Streptococcus agalactiae comme tous les Streptococcus est catalase négative. Il agglutine avec les particules
de latex identifiant le groupe B.

Remarque : 50% des souches humaines de Streptococcus porcinus agglutinent aussi en B mais leurs
colonies sont de petite taille et la zone d’hémolyse ß est large.

S agalactiae appartient au groupe B
© Pascal Fraperie

La réponse (présence ou absence de S. agalactiae) est donnée de façon semi-quantitative : négative,
1+, 2+, 3+, 4+ en fonction du nombre de quadrants sur lesquels une croissance de S. agalactiae est
observée. Cela permet de quantifier le risque de faible (1+) à majeur (4+). Actuellement toutes les
femmes enceintes dépistées positives (1+ à 4 +) sont traitées par la pénicilline G ou le céfotaxime (en cas
d’allergie à la pénicilline G).

Milieux sélectifs pour la recherche du portage de Streptococcus agalactiae

Ces milieux sont utilisés pour la détection et l’identification présomptive de Streptococcus agalactiae,
communément appelés Streptocoque du Groupe B (SGB) dans les prélèvements vaginaux ou rectaux de la
femme enceinte.

Leur composition en peptones et substances nutritives favorise la croissance de Streptococcus agalactiae.

Le mélange sélectif composé d’antibiotiques/antifongiques permet d’inhiber la croissance de la majorité des

microorganismes.
Certains de ces milieux sont chromogènes : ils permettent la détection d’activités enzymatiques conférant
une coloration caractéristique. Les enzymes recherchées sont l’alpha-glucosidase et
l’estérase. Streptococcus agalactiae est alpha-glucosidase + et estérase -.

Gélose GRANADATM (bioMérieux)

COMPOSITION

 base nutritive : différentes peptones, pyruvate et glucose.

 méthotrexate, sérum de cheval et amidon permettent la production d’un pigment orange à rouge
spécifique des Streptococcus agalactiae
 mélange d’antibiotiques qui inhibe la plupart des bactéries à Gram négatif et des levures

INCUBATION en ANAEROBIOSE 24h à 37°C

LECTURE

Le Streptocoque B donne des colonies orange à rouge (pigment polyénique rouge nommé granadaene).

Colonies de Streptocoque B sur gélose Granada

© bioMérieux

GRANADATM Bouillon biphasique (bioMérieux)

COMPOSITION

 Identique à celle du milieu gélosé

INCUBATION en AEROBIOSE 18h à 48h à 37°C

LECTURE (Ne pas agiter le tube avant la lecture).

• Un virage orange-rouge de faible ou forte intensité est positif.

• Si aucune coloration n’est observée, il est recommandé d’effectuer une subculture sur un milieu adapté :
chromID Strepto B ou gélose + 5% sang de mouton.

Après 18h d’incubation, la couleur

orange à rouge traduit un résultat positif
© bioMérieux

StrepBSelect TM (BIORAD)

COMPOSITION

 peptones et substances nutritives

 mélange sélectif composé d’antibiotiques/antifongiques
 des substrats chromogènes permettent la détection de l’alpha-glucosidase et de l’estérase et
conférant une coloration caractéristique aux colonies de certaines espèces :
 Streptocoque B : colonies bleues
 Entérocoques : colonies de couleur rose à violet
 Lactobacilles : petites colonies de couleur rose.

INCUBATION en AEROBIOSE à l’abri de la lumière, à 35-38°C, 24 à 48h.

LECTURE

Le Streptocoque B donne des colonies bleues

Il faut poursuivre par un groupage antigénique.

Colonies de Streptocoque B
© bioMérieux
 Colonies d’entérocoques et de lactobacilles
© bioMérieux

chromIDTM Strepto B (bioMérieux)

COMPOSITION

 Base nutritive associant différentes peptones,

 3 substrats chromogènes dont deux permettrait de mettre en évidence l’alpha-glucosidase et
l’estérase
 Mélange d’antibiotiques.

INCUBATION en AEROBIOSE à l’abri de la lumière, à 37°C, 18 à 48h.

LECTURE

Le streptocoque B donne des colonies allant du rose pâle au rouge.

Il faut poursuivre par un groupage antigénique.

Colonies de Streptocoque B sur gélose chromIDTM Strepto B

© bioMérieux

Diagnostic des infections génitales basses

 Les infections vaginales sont des infections génitales basses.

Les modalités du prélèvement dépendent de la localisation de l’infection génitales et des

microorganismes recherchés (Tableau 1). Dans le cas des infections génitales basses, le
diagnostic repose sur l’analyse d’un prélèvement vaginal
Tableau 1 : Microorganismes recherchés et modalités de prélèvement selon la localisation
de l’infection génitale

Tableau récapitulatif

Analyse d’un prélèvement vaginal

Deux indications principales conduisent le médecin à demander l’analyse d’un prélèvement

vaginal :

 la recherche d’une des quatre pathologies vaginales infectieuses : mycose, vaginose

bactérienne, vaginite à Trichomonas vaginalis et vaginite bactérienne.
 la recherche d’une BVHRI (= bactérie vaginale à haut risque infectieux) chez la femme
enceinte (voir Portage vaginal et risque fœto-maternel)

Schéma récapitulatif
PLAN

 Prélèvement et transport
 Examen macroscopique
 Éléments d’orientation à l’examen microscopique
 Préparation à l’état frais
 Frottis coloré au MGG
 Frottis coloré au Gram
 Résultats des observations microscopiques selon les pathologies
 Prélèvement vaginal normal
 Frottis inflammatoire ou non inflammatoire
 Mycose vaginale
 Vaginose bactérienne
 Vaginite à Trichomonas vaginalis
 Vaginite bactérienne spécifique
 Cultures
 Choix des milieux
 Technique d’ensemencement
  Interprétation des cultures (hors recherche des BVHRI)

Prélèvement et transport

Avant de prélever il est important de « moucher » le col. Cela consiste à enlever la glaire
endocervicale avec une compresse imbibée de sérum physiologique et montée sur une pince
longuette (Fig. 9). En effet la présence d’un ectropion* physiologique chez de nombreuses
femmes, entraine une réaction inflammatoire due à l’acidité du vagin. Ainsi la présence de
granulocytes neutrophiles sur un frottis vaginal pourrait être attribuée à tort à une infection.

* On parle d’ectropion, chez la femme en âge de concevoir lorsqu’une partie de la muqueuse de

l’endocol recouvre celle de l’exocol.

Fig. 9 : Pince longuette

Après mise en place du spéculum, on réalise le prélèvement à l’aide de deux écouvillons en

coton stériles. Ils doivent ramener une grande quantité de sécrétions. Un écouvillon sert à
préparer des frottis sur lame pour l’examen direct, l’autre à ensemencer des milieux.

On recueille les sécrétions à l’endroit où la muqueuse apparait inflammatoire ou lésée.

Précautions

Il est indispensable que le prélèvement ne soit pas déshydraté (ajouter quelques gouttes d’eau
physiologique si nécessaire). L’idéal est que le prélèvement soit fait au laboratoire et qu’il soit
examiné rapidement (moins de 2 heures) en particulier pour
observer Trichomonas vaginalis vivant à l’état frais. Si ce n’est pas possible, on utilise des milieux
de transport type Portagerm®, TGV®, Transtube® (Fig.10).

Fig.10 : Transtube® de chez mwe (medical wire) : il comprend 2 écouvillons et un tube

contenant un milieu de transport

Un prélèvement arrivé sec au laboratoire devra être rendu non conforme.

Une fiche de renseignements cliniques doit accompagner le prélèvement et mentionner si la

femme présente des symptômes, si elle est enceinte ou si on suspecte une IST.
 Examen macroscopique

Certains aspects des pertes sont assez caractéristiques bien que ce critère ne puisse en lui-même
constituer un diagnostic, par exemple :

les leucorrhées des infections vaginales à Trichomonas sont abondantes, finement

bulleuses, verdâtres et légèrement nauséabondes (odeur de plâtre frais) ;
 les pertes des mycoses vaginales sont peu abondantes, épaisses et blanchâtres (aspect en
lait caillé) ;
 celles correspondant à une vaginose bactérienne présentent un aspect grisâtre, homogène.
L’écoulement est abondant, tapisse la paroi vaginale, il est malodorant : odeur de poisson
avarié (encore appelée odeur d’amine) perceptible directement ou après ajout d’hydroxyde
de potassium à 10 % (= test à la potasse). L’odeur d’amine est retrouvée dans 90 % des
cas de vaginose bactérienne.

Éléments d’orientation à l’examen microscopique

Les examens microscopiques permettent à eux seuls une très bonne orientation du diagnostic des
quatre pathologies vaginales.
On réalise deux frottis assez denses (un sera coloré au Gram, l’autre au MGG) et une préparation
à l’état frais (EF).

On effectue l’étude cytologique à l’état frais et sur les frottis colorés au MGG et/ou Gram. Elle doit
préciser clairement si le frottis est inflammatoire ou non (Fig 11 et 12).

Préparation à l’état frais

L’observation entre lame et lamelle des sécrétions vaginales avec un peu d’eau physiologique est
surtout utile pour repérer facilement Trichomonas vaginalis. En effet le parasite se distingue
nettement par sa mobilité saccadée des nombreux ou assez nombreux granulocytes qui
garnissent la préparation. Il peut être nécessaire de chauffer la lame à 37 °C pour observer cette
mobilité. Le parasite se présente sous forme d’éléments ovoïdes de 12 à 20 µm environ. La
confirmation sera apportée par l’examen du frottis coloré au MGG.

Frottis coloré au MGG

Il permet :

 de noter le type et  la quantité des cellules épithéliales ;

 d’évaluer la quantité des granulocytes neutrophiles, s’ils sont nombreux, il faudra lors
rechercher activement Trichomonas vaginalis ;
 de noter la présence de levures et de pseudomycelium ;
 de rechercher Trichomonas vaginalis

Frottis coloré au GRAM

Il permet :

 d’observer la flore bactérienne vaginale . Il convient de :

 préciser si la flore est mono ou polymicrobienne
 décrire les différents morphotypes et les quantifier (nombre moyen par champ)
 d’établir le score de Nugent qui consiste à évaluer de façon semi-quantitative trois
morphotypes bactériens (Tableau 3). Ce score sert à établir le diagnostic de
la vaginose bactérienne en appréciant l’intensité du déséquilibre de l’écosystème
 vaginal. La classification de Spiegel est une alternative au score de Nugent (Tableau
4).
 Même si cette coloration n’est pas la plus adaptée, il conviendra, en absence de frottis
coloré au MGG, de mener l’étude cytologique habituellement réalisée au MGG.

Tableau 4 : classification de Spiegel – (coloration de Gram grossissement X1000)

Résultats des examens microscopiques selon les pathologies

Le résultat de ces observations doit être consigné avec précision sur le compte rendu

Prélèvement vaginal normal

 Selon la phase du cycle pendant laquelle a été pratiqué le prélèvement, la cytologie

observée est assez variable.
De la fin des règles jusqu’au 14° jour, on observe quelques cellules superficielles de
desquamation et quelquefois de rares leucocytes.
À partir du 14° jour, les leucocytes apparaissent en petit nombre, ils peuvent être assez
nombreux en période prémenstruelle. Les cellules épithéliales rencontrées sont, dans cette
période, des cellules intermédiaires Comme indiqué au paragraphe 4.1.1 la présence d’un
ectropion physiologique chez de nombreuses femmes entraine une réaction inflammatoire
ce qui explique qu’un frottis peut être à la fois normal et inflammatoire ;
 La flore bactérienne est dominée par les lactobacilles. (Score de 0 à 3) ou grade1.

Frottis inflammatoire ou non inflammatoire

Un frottis est dit non inflammatoire si les cellules Un frottis est dit inflammatoire si on n’observe
vaginales superficielles sont toujours bien visibles pratiquement que des granulocytes neutrophiles
(grandes cellules aplaties avec un petit noyau (Fig. (nombreux ou assez nombreux). On peut aussi voir
5) ; les leucocytes peuvent néanmoins être présents quelques cellules vaginales intermédiaires (cellules
même en grand nombre (c’est le cas chez la femme avec un noyau plus volumineux que les cellules
enceinte et dans la 2ème partie du cycle). superficielles (Fig. 5).
Le frottis peut être inflammatoire sans qu’il y ait
infection.
 Fig.
Fig. 11 : frottis normal non inflammatoire. Gram 12 : frottis normal inflammatoire. Gram x1000
x1000 © François Champagne
© François Champagne

Mycose vaginale

 frottis non inflammatoire : dominance des cellules pavimenteuses associées ou non à

des granulocytes neutrophiles en nombre variable, les lactobacilles sont toujours présents,
la flore normale est conservée. (Score de 0 à 3) ou grade 1 ;
 présence de formes levure et/ou de pseudomycelium qui affirment le diagnostic de
mycose si le prélèvement a été correctement effectué.

Fig. 13 : mycose vaginale GRAM X400

© François Champagne
 Vaginose bactérienne

frottis non inflammatoire  et hyperdesquamation de la muqueuse vaginale

 peu ou pas de lactobacilles; la flore commensale est remplacée par
une flore polymicrobienne très abondante, avec un score de Nugent de 7 à 10 ou un
grade 3 dans la classification de Spiegel. Cette pullulation de plusieurs espèces
bactériennes est le critère majeur du diagnostic de vaginose. On pourra observer des
formes courtes à Gram variable (Gardnerella) associés à des bacilles de forme arquée
(Mobiluncus) et éventuellement à d’autres formes très diversifiées (bactéries anaérobies
autres que Mobiluncus) ;
 présence fréquente de « clue cells » ou cellules indicatrices de vaginose : ce sont des
cellules de l’épithélium vaginal auxquelles adhèrent de petits bacilles gram + ou –
abondants.

Tableau 3 : calcul du score de Nugent – (coloration de Gram grossissement X1000)

Après avoir choisi au grossissement X100 une zone riche en bactéries, le score de
Nugent sera établi sur 10 champs microscopiques au grossissement X1000 en
établissant une moyenne.
Le score n’est pas réalisable et inutile dans les deux cas suivants :

 la densité bactérienne est faible 

 présence d’un seul morphotype et qui est diffèrent de ceux
recherchés dans le calcul du score (Exemple : coque à Gram
positif)

Étape 1 : déterminer trois sous-scores, un pour chacun des trois morphotypes

bactériens.

Étape 2 : additionner les trois sous-scores précédents pour établir le score

Interprétation :

 Score de 0 à 3 : flore normale (large dominance des lactobacilles)

 Score de 4 à 6 : flore intermédiaire (équilibre entre les lactobacilles et les
autres morphotypes en petite quantité). Elle est rarement observée et dérive
vers la flore de vaginose.
 Score de 7 à 10 : flore de vaginose (disparition ou diminution des
lactobacilles et prolifération polymicrobienne des autres morphotypes)

Exemple
 Fig. 14 : Vaginose bactérienne. GRAM x1000
© François Champagne

Actuellement, on considère le score de Nugent comme l’examen de référence pour le

diagnostic de la vaginose bactérienne.

Vaginite à Trichomonas vaginalis

 frottis inflammatoire : nombreux polynucléaires neutrophiles, quelques cellules vaginales

intermédiaires
 présence de Trichomonas vaginalis plus ou moins dégradés ;
 absence de lactobacilles. Le reste de la flore est monomicrobienne ou légèrement
polymicrobienne. Il n’est pas nécessaire d’identifier cette flore.

Dans sa forme typique (Fig.15) Trichomonas vaginalis présente de nombreux éléments

caractéristiques qui devraient rendre son identification aisée :

 forme ovoïde (parfois ronde), cytoplasme bleu plus ou moins intense ;

 noyau rouge « rubis », ovoïde, petit et excentré ;
 4 flagelles antérieurs ;
 une membrane ondulante qui s’arrête au 2/3 de la longueur du corps ;
 un axostyle.

Mais un tel aspect est rarement rencontré. La morphologie de Trichomonas vaginalis est

généralement assez dégradée (Fig.16). Les flagelles et l’axostyle manquent souvent, le noyau lui-
même fait parfois défaut. Ces cellules bleutées plutôt ovoïdes sont repérables plus rapidement au
grossissement X 400.

Fig. 15 : Trichomonas vaginalis

Fig. 16 : Vaginite à Trichomonas vaginalis. MGG X  400

© François Champagne

Vaginite bactérienne spécifique

 frottis inflammatoire : nombreux polynucléaires neutrophiles, quelques cellules vaginales

intermédiaires
 absence de lactobacilles. La flore semble monomicrobienne : bacille Gram- ou
diplocoque Gram+ le plus souvent ;
 Bien vérifier l’absence de Trichomonas vaginalis.
Ces vaginites sont retrouvées essentiellement chez la petite fille ou chez la femme ménopausée.

Fig. 17 : Vaginite à Streptococcus agalactiae Fig. 18 : Vaginite à Escherichia coli

© François Champagne © François Champagne

Cultures

La culture n’est pas toujours utile, ainsi le diagnostic des mycoses, vaginoses, et vaginites
à Trichomonas vaginalis se fait seulement à l’examen direct.

Cependant la culture présente un intérêt dans les deux cas suivants :

 La recherche de BVHRI chez la femme enceinte : la culture est ici indispensable (Cf.
encadré 3)
 Le diagnostic de vaginite bactérienne (surtout chez la petite fille ou la femme ménopausée)

Choix des milieux

Deux milieux sont essentiels et permettent d’isoler tous les germes pathogènes ; leur non
sélectivité permet d’observer la flore vaginale dans sa globalité. Il s’agit de :

 La gélose chocolat enrichie à incuber à 37°C sous 5 à 10% de CO2

 La gélose Columbia au sang de mouton à incuber à 37°C en ANAÉROBIOSE

D’autres milieux sélectifs peuvent compléter ce choix en fonction des résultats de l’examen direct,
des germes recherchés et des habitudes des laboratoires. A titre d’exemple :

 prédominance de bacilles Gram – : le milieu de Drigalski ou celui de Mac Conkey sont les
plus indiqués du fait de leur sélectivité vis-à-vis des bacilles Gram- non exigeants.
 prédominance de cocci Gram+ : la gélose au sang + ANC est le milieu de choix. En effet,
ce milieu inhibe les bactéries à Gram négatif (les levures y cultivent lentement)
 présence de levures et/ou de filaments mycéliens : le milieu de Sabouraud +
chloramphénicol (+/- gentamicine) qui, en inhibant la plupart des espèces bactériennes,
rend ce milieu sélectif des champignons. On pourra aussi utiliser un milieu sélectif
chromogène (ChromID™ Candida, CandiSelect™ 4..)
 Technique d’ensemencement

On étale une goutte de bouillon dans lequel a été exprimé l’écouvillon. On peut aussi ensemencer
directement avec l’écouvillon le premier quadrant et répartir l’inoculum dans le reste de la boîte à
l’aide d’un inoculateur.

Interprétation des cultures (hors recherche des BVHRI)

 la présence de quelques colonies de levures en culture alors que l’examen direct était
négatif signifie un simple portage et non une mycose.
 la présence d’un type de colonie en dominance chez la petite fille ou la femme
ménopausée en accord avec l’examen direct permet de poser le diagnostic de vaginite à
cette espèce : réaliser son identification et son antibiogramme.

Rq : les lactobacilles donnent en 24h de très petites colonies non hémolytiques ou a hémolytiques
sur gélose au sang. Ils sont catalase –

Figure 20 : Culture de 48h sur gélose au sang de Lactobacillus

© Marielle MAYE-LASSERRE

Diagnostic des infections génitales hautes

Les modalités du prélèvement dépendent de la localisation de l’infection génitales et des microorganismes
recherchés (Tableau 1). Dans le cas des infections génitales hautes, le diagnostic repose sur l’analyse d’un
prélèvement dans l’endocol ou de prélèvements urétraux.

Tableau 1 : Microorganismes recherchés et modalités de prélèvement selon la localisation de

l’infection génitale
 Tableau récapitulatif

Analyse des prélèvements d’endocol et des prélèvements urétraux

Schéma récapitulatif

Les microorganismes recherchés varient selon le contexte. Nous nous limiterons sur cette page à la
recherche de Neisseria gonorrhoeae et des bactéries vaginales des groupes II et III.
Les diagnostics des infections à mycoplasmes et Chlamydia trachomatis sont présentées aux pages suivantes
: diagnostic des infections à mycoplasmes et diagnostic des infections à Chlamydia trachomatis.

PLAN
 Prélèvements et transport
 Prélèvements
 iPrélèvements d’endocol
 Prélèvement urétral et recueil du premier jet urinaire
 Prélèvements endo-utérins
 Transport
 Examen direct
 Culture (sauf Chlamydia et mycoplasmes)
 Choix des milieux
 Résultats des cultures et interprétation des résultats
 Dans certains cas, l’interprétation ne pose pas de problème
 Dans d’autres cas, l’interprétation est problématique

Prélèvements et transports
Prélèvements

Il existe différents prélèvements permettant le diagnostic d’une infection génitale haute.

Prélèvement d’endocol

Le tableau 5 présente les indications des prélèvements d’endocol ainsi que que les bactéries recherchées.
Tableau 5 : les prélèvements d’endocol : indications et bactéries recherchées

Étant donné que les bactéries vaginales des groupes II et III peuvent être responsables d’infections génitales
hautes, il est nécessaire avant de les impliquer de s’assurer qu’elles proviennent de l’endocol. Pour cette
raison,  il est très important de bien désinfecter l’exocol afin d’éliminer les bactéries de la flore vaginale.

La désinfection se fait à l’aide d’une compresse (montée sur une pince longuette) imbibée d’un antiseptique
(chlorhexidine par exemple que l’on laisse agir durant 2 minutes) puis on rince avec une compresse imbibée
d’eau physiologique.

Le prélèvement se fait par écouvillonnage en veillant à ramener suffisamment de glaire et de cellules

endocervicales.

Le nombre d’écouvillons et leur nature dépend des germes recherchés et des méthodes mises en œuvre
(écouvillon en dacron pour les recherches par culture et en nylon pour les recherches par biologie
moléculaire).

Prélèvement urétral ou recueil du premier jet urinaire

Les IGH s’accompagnent très souvent d’urétrites ainsi l’analyse en parallèle d’un prélèvement urétral ou
d’un 1er jet urinaire augmente les chances de retrouver un microorganisme pathogène.
L’analyse des urétrites est présentée à cette page.

Prélèvements endo-utérins

C’est le gynécologue-obstétricien qui réalise le prélèvement : stérilet, biopsie d’endomètre, prélèvements

tubo-péritonéaux (par cœlioscopie)…

Transport

Étant donné que les microorganismes recherchés sont fragiles, le transport doit être rapide (moins de 2
heures à 20°C, 1 heure pour le gonocoque). Si ce n’est pas possible, on utilise des milieux de transport
appropriés : type Portagerm pour le gonocoque, milieux spéciaux pour les Chlamydia et les mycoplasmes.
Ces milieux permettent de conserver les prélèvements pendant 48h.

Examen direct
Un frottis est coloré au GRAM et éventuellement un second au MGG.

Il faut noter :

 la quantité de lactobacilles et de cellules pavimenteuses témoignant d’une contamination vaginale ;

 la quantité de leucocytes
 le nombre de bactéries par champ

Ces examens microscopiques sont en général peu informatifs pour les raisons suivantes :
  ils sont peu performants pour repérer le gonocoque (souvent en trop faible nombre) ;
 l’absence de leucocytes ne permet pas d’écarter une infection ;
 les Chlamydia et les mycoplasmes ne sont pas observables au GRAM.

Comme ils ne dictent pas le choix des milieux de culture, ils sont examinés après l’ensemencement.

Culture (sauf Chlamydia et mycoplasmes)

Choix des milieux

Les Chlamydia et mycoplasmes ne cultivent pas sur les milieux usuels. Leur recherche au laboratoire est
donc particulière est développé dans les pages suivantes : diagnostic des infections à génitales à
Chlamydia et diagnostic des infections génitales à mycoplasme.

Les milieux ensemencés sont au minimum :

 Une gélose chocolat enrichie incubé à 37°C sous 5 à 10% de CO 2 : ce milieu enrichi et non sélectif convient
bien à la culture du gonocoque qui est un germe exigeant ainsi qu’aux bactéries vaginales aérobies.
 Une gélose chocolat enrichie + VCN ou VCAT ou VCF incubé à 37°C sous 5 à 10% de CO 2. ce milieu sélectif
des Neisseria pathogènes permet d’isoler le gonocoque. La vancomycine inhibe les Gram +, la colistine les
Gram – et la nystatine, l’amphotéricine B (également appelée fungizone) sont des antifongiques.
 Une gélose au sang de mouton incubé à 37°C en ANAEROBIOSE : les bactéries vaginales AAF et ANAS
pourront s’y développer.

Des milieux supplémentaires peuvent faciliter l’analyse :

 Une gélose au sang de cheval incubée à 37°C en aérobiose : culture des bactéries vaginales aérobies (le
gonocoque ne s’y développe pas par manque de fer libre).
 Une gélose au sang + ANC pour sélectionner les bactéries à Gram positif

On observe les milieux après 24h, 48h et jusqu’à 5 jours en cas de suspicion de gonococcie ou d’infection
utéro-annexielle.

 Résultats des cultures et interprétation des résultats

La cavité utérine est normalement stérile et dans la mesure où le prélèvement a été correctement
effectué toute bactérie isolée devrait être considérée comme pathogène. La pratique montre que
l’interprétation des résultats n’est pas toujours facile car les prélèvements sont souvent contaminés.

Dans certains cas l’interprétation ne pose pas de problème

 Présence du gonocoque : on le repère facilement sur les milieux car il cultive sur les deux géloses chocolat
(non sélective et sélective) mais ne cultive pas sur la gélose au sang. Les colonies suspectes sont petites (0,5 à
1 mm) convexes, grises, lisses, à bords réguliers. L’examen microscopique montre des diplocoques à Gram
négatif. L’oxydase est +.

Il faut ensemencer une galerie d’identification adaptée type Api NH et réaliser un antibiogramme sur
gélose chocolat+ polyvitex. En outre, il est nécessaire de rechercher la présence d’une bêta- lactamase
par un test à la nitrocéfine.

 Présence d’un microorganisme en culture pure : il faut l’identifier et faire son antibiogramme.
Dans d’autres cas l’interprétation est problématique

 Présence de flores polymicrobiennes. Il faudra réaliser des Gram sur toutes les colonies et identifier celles
susceptibles d’être pathogènes. On s’aidera des résultats des cultures de prélèvements endo-utérins si on en
dispose en donnant plus de poids à ces derniers. Bien entendu les renseignements cliniques, l’aspect des
lésions et leurs localisations sont indispensables à l’interprétation des résultats.

Tableau récapitulatif de l’analyse des prélèvements

génitaux de la femme
 
 Schéma récapitulatif de l’analyse d’un
prélèvement vaginal
 
Schéma récapitulatif de l’analyse d’un
prélèvement d’endocol
Les recherches des mycoplasmes et des chlamydiae n’apparaissent pas sur ce schéma

Infections génitales chez l’homme

Anatomie et physiologie de l’appareil génital
masculin
 

L’appareil génital masculin (Fig. 1) est l’organe de la reproduction. Il comprend :

 Deux testicules : ces organes de 5 cm de long sont logés dans une poche revêtue de
peau (le scrotum) ; Ils assurent deux fonctions : la production de spermatozoïdes et la
sécrétion d’hormones stéroïdiennes (testostérone notamment).
 L’épididyme est un organe de 5 cm de long qui coiffe les testicules ; il assure le transport
et la maturation des spermatozoïdes.
 Le canal déférent (ou spermiducte) émerge de l’épididyme et se termine par une région
dilatée, l’ampoule où sont stockés les spermatozoïdes avant d’être éjectés par l’urètre lors
de l’éjaculation.
 L’urètre a deux fonctions : le transport du sperme au moment de l’éjaculation et celui de
l’urine lors de la miction.
 Les glandes annexes :
 Les vésicules séminales  élaborent une grande partie du plasma séminal qui
constitue le volume principal de l’éjaculat.
 La prostate est située sous la vessie et secrète un liquide qui constitue le quart du
volume du sperme et contribue à la motilité et au maintien en vie des
spermatozoïdes. Elle sécrète une protéase, appelée PSA (antigène prostatique
spécifique) qui liquéfie le sperme après l’éjaculation. Comme la prostate entoure la
partie initiale de l’urètre, elle peut le comprimer quand elle augmente de volume
générant alors des troubles urinaires. Le dosage du PSA sérique est utile pour le
diagnostic du cancer de la prostate ou d’autres pathologies affectant la prostate.

Figure 1 : Appareil génital masculin

CC by Tsaitgaist, via Wikimedia Commons

Flore commensale de l’appareil génital masculin

Seuls le gland et l’urètre antérieur présentent une flore commensale. Elle est peu abondante,
polymicrobienne et composée essentiellement de Staphylococcus epidermidis et de lactobacilles
auxquels peuvent s’associer en petit nombre des corynébactéries, des entérocoques, des
entérobactéries, des anaérobies stricts, des mycoplasmes (Ureaplasma spp), et même parfois
des Streptococcus agalactiae.
Urétrites
Introduction
Une urétrite est une inflammation de l’urètre, la grande majorité sont des IST.

On parle d’urétrite aiguë lorsqu’on observe :

 un écoulement urétral abondant franchement purulent (jaune verdâtre),

 un prurit du canal urétral et des brûlures au moment de la miction
 une dysurie (= difficulté à vider la vessie) et/ou pollakiurie (envie d’uriner fréquente).

Tandis que lors d’urétrite subaiguë, l’écoulement urétral est cette fois peu abondant, clair, séreux
se limitant souvent à une simple goutte matinale. Dans ce cas, il n’y a pas de brûlures au moment
de la miction.

Un écoulement chez l’homme en dehors de la miction est toujours pathologique.

En France, le taux d’incidence annuel serait de 96 cas / 100 000 habitants.

Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae sont les deux principaux agents d’urétrites.

Agents responsables d’urétrites

Dans 50% des cas, l’étiologie de l’urétrite reste inconnue.

Urétrite à Chlamydia trachomatis (sérotypes D à K)

C. trachomatis est la première cause d’IST dans les pays industrialisés et la première étiologie
connue d’urétrite. Ainsi en France, elle est responsable de 20 à 30% des urétrites.
Elle est asymptomatique environ une fois sur deux. Si des signes cliniques apparaissent, elle se
présente alors :

 le plus souvent comme une urétrite subaiguë avec écoulement clair, séreux et peu abondant ;
 quelquefois comme une urétrite aiguë avec écoulement abondant, purulent accompagné de vives
brûlures mictionnelles

L’incubation est longue (moyenne 10-15 jours).

En 2009, en Europe, l’incidence chez l’homme s’élève à 152 cas /100 000. Les personnes à
risque sont jeunes (26 ans en moyenne), résident en Ile-de-France et ont eu récemment un
nouveau partenaire. La tendance est à l’augmentation mais témoigne aussi d’un dépistage mieux
ciblé sur les personnes à risque.

Le traitement de première intention utilise un macrolide (azythromycine) ou une cycline

(doxycycline). En absence de traitement, l’infection peut se compliquer de prostatite et
d’épididymite.

Urétrite gonococcique

L’urétrite gonococcique représente 10% des urétrites en France. C’est également une IST. Au
contraire de ce qu’on observe chez la femme, elle est presque toujours symptomatique chez
l’homme. Après une incubation silencieuse courte (2 à 7 jours), elle se manifeste dans 90% des
cas par un écoulement urétral purulent, une dysurie et des brûlures mictionnelles intenses. Ainsi
ces symptômes lui valent l’appellation de «chaude pisse ».

Elle s’accompagne quelquefois d’anorectite et d’oropharyngite.

L’urétrite gonococcique est en recrudescence, en France, depuis 1998 et continue de progresser

en 2010 conséquence d’une augmentation des comportements sexuels à risque : défaut
d’utilisation de préservatifs, partenaires multiples. Elle touche davantage les homosexuels que les
hétérosexuels mais l’écart s’amenuise.

Cette infection est souvent associée à d’autres IST comme celles à C. trachomatis et chez les
homosexuels masculins, à la syphilis, à l’infection à Herpes Simplex Virus 1 et 2, à l’infection au
VIH et à la LGV.

En l’absence de traitement, l’infection peut se compliquer en prostatite et orchi-épididymite

notamment. Les formes systémiques sont possibles mais rares : atteintes ostéo-articulaires et
manifestations cutanées.

Le gonocoque a la capacité d’acquérir rapidement divers mécanismes de résistance aux

antibiotiques. Ces résistances concernent la pénicilline, la tétracycline, la ciprofloxacine, et
dernièrement sont apparues des souches moins sensibles aux céphalosporines de troisième
génération, comme le céfixime. On administre aussitôt après le prélèvement un traitement
antibiotique probabiliste antigonococcique et antichlamydia. L’AFSSAPS recommande
l’association ceftriaxone – azithromycine.

Tableau 6 : Symptômes et évolution des urétrites à N. gonorrhoeae et à Chlamydia

trachomatis chez l’homme

Autres agents impliqués dans les urétrites

 Mycoplasma genitalium serait la 3ème cause d’urétrite, il entraine un écoulement mucopurulent. C’est

une IST
 Trichomonas vaginalis est parfois en cause : l’urétrite est le plus souvent asymptomatique ou
subaiguë. C’est une IST.
 Ureaplasma spp : cette espèce, présente quelquefois à l’état commensal, est considérée
pathogène si sa concentration dépasse un certain seuil.
 Candida albicans est surtout responsable de balanites (inflammation du gland) et de rares urétrites
subaiguës,
 Germes pyogènes : Haemophilus spp, des streptocoques, des entérobactéries.

 
Modalités de prélèvements
Schéma récapitulatif

Il existe trois façons de prélever pour le diagnostic des urétrites : prélèvement de l’écoulement
urétral, prélèvement urétral et 1er jet urinaire.
On recherche systématiquement à la fois les germes cultivant sur les milieux usuels
(dont Neisseria gonorrhoeae) et Chlamydia trachomatis. En revanche, on recherche les
mycoplasmes seulement sur prescription explicite du médecin.
On effectue ces prélèvements avant le traitement antibiotique et sans toilette ni désinfection
préalable.
Pour les prélèvements urétraux et de 1 er jet urinaire le patient doit se retenir d’uriner 2 heures
avant le prélèvement.

Recherche  de  Chlamydia Voir chapitre « Diagnostic des infections génitales à Chlamydia
trachomatis trachomatis »

Recherche  des  mycoplasme Voir chapitre « Diagnostic des infections génitales à

s mycoplasmes»

Remarque : le comité d’infectiologie de l’Association française d’urologie (CIAFU) recommande

de ne plus réaliser de prélèvement urétral à la curette (instrument métallique qui permettait de
racler les muqueuses afin de recueillir des cellules.

Examens microscopiques
Les examens microscopiques permettent de poser le diagnostic d’urétrite et d’orienter quelquefois
l’identification de l’agent causal.
Ils sont réalisés après la mise en culture à cause de la fragilité de certains germes (gonocoque).

On réalise alors un état frais, un frottis coloré au MGG et un frottis coloré au GRAM.

Poser le diagnostic d’une urétrite

Le diagnostic d’une urétrite repose sur une évaluation de l’intensité de la réaction inflammatoire.
Une urétrite se caractérise :
  sur un frottis du prélèvement urétral ou de l’écoulement urétral coloré au MGG par la présence d’au
moins 5 granulocytes par champ au grossissement × 1 000.
 sur un état frais du culot de centrifugation d’un premier jet urinaire par un nombre de granulocytes ≥
10/champ au grossissement x 400.

Orienter l’identification de l’agent causal

État frais

En premier lieu, l’état frais est intéressant pour rechercher Trichomonas vaginalis (mobilité

saccadée). Il doit être réaliser dans les 15 minutes qui suivent le prélèvement, sinon poursuivre sa
recherche sur le frottis coloré au MGG.

Frottis coloré au Gram

 Son principal intérêt est d’orienter le diagnostic. Il faut noter l’abondance, sur le frottis, de chaque
type de germe observé.
 Il peut permettre plus particulièrement le diagnostic présomptif d’une gonococcie aiguë par la
présence de très nombreux granulocytes dont certains contiennent des diplocoques à Gram négatif
en « grains de café » (Cf. fig. 32). Neisseria gonorrhoeae a, en effet, la propriété de se multiplier
dans les granulocytes. Les localisations extracellulaires sont surtout le fait d’éléments libérés par la
lyse des granulocytes. Lles germes sont observés alors au voisinage des débris cellulaires.
L’examen microscopique est moins évocateur si l’urétrite gonococcique est subaiguë.

Urétrite à N.
gonorrhoeae. Gram X1000

Ces examens microscopiques ne permettent pas de mettre en évidence des Chlamydiae ou des
mycoplasmes. Les méthodes employées pour rechercher ces germes feront l’objet de deux autres
chapitres.
Culture (Chlamydia trachomatis et mycoplasmes exclus)
Le gonocoque est une bactérie fragile et exigeante qui nécessite pour sa croissance du glucose,
des facteurs de croissance (NAD, cystéine ou méthionine, bases puriques et pyrimidiques,
vitamines du groupe B). Il est inhibé par les acides gras, le cholestérol, et certains métaux lourds
contenus dans les géloses. Ces substances sont neutralisées par l’addition de sang ou d’amidon
de maïs. Le gonocoque exige aussi un degré hygrométrique élevé et une atmosphère enrichie en
CO2 (5-10 %).

On ensemence en systématique :

o un milieu riche non sélectif additionné d’un supplément vitaminique : gélose chocolat enrichie : sur
un tel milieu la flore associée prolifère abondamment ;
o et un milieu riche sélectif : gélose chocolat enrichie + un mélange d’antibiotiques (VCN ou VCF ou
VCAT). La vancomycine inhibe les Gram +, la colistine la plupart des Gram -, la nystatine et
l’amphotéricine B (également appelé fungizone) les champignons. Le triméthoprime complète le
spectre antibactérien de l’association vancomycine-colistine. Ce milieu est très sélectif du
gonocoque mais 3 % des gonocoques, sensibles à la vancomycine, n’y cultivent pas.

On ensemence ces milieux sans attendre et on les incube à 35°-37C sous atmosphère humide et
enrichie en CO2 pendant au moins 72 h.

On peut ajouter d’autres milieux aux précédents :

o une gélose au sang frais +/- ANC (37°C sous 5 à 10% de CO 2) : elle permet de repérer les colonies
de streptocoques et de staphylocoques ;
o un milieu sélectif des bacilles à Gram négatif non exigeants (Drigalski, Mac Conkey)
o un milieu sélectif pour les levures : gélose Sabouraud + chloramphénicol.

Identification, antibiogramme et interprétation des résultats (Chlamydia

trachomatis et mycoplasmes exclus)
 

Le cas du gonocoque : identification et antibiogramme systématique

Les colonies suspectes sur géloses chocolat (non sélective et sélective) sont petites (0.5-1mm)
grisâtres, à bords réguliers.

 On réalise un GRAM, les tests oxydase et catalase et on ensemence une galerie miniaturisée type
Api NH® (bioMérieux) ou Neisseria 4H ® (BioRad). Le gonocoque est un diplocoque Gram – en grain
de café, oxydase + et catalase +, il est glucose positif, mais maltose et saccharose négatifs.
 Un antibiogramme sur gélose chocolat enrichie est indispensable pour repérer les résistances
acquises. On doit également rechercher une bêta-lactamase par un test chromogénique à la
nitrocéfine (test céfinase®). Un diamètre d’inhibition plus faible autour du disque d’amoxicilline
(AMX) qu’autour du disque d’amoxicilline + acide clavulanique (AMC) est aussi une preuve indirecte
de la présence d’une pénicillinase. Le test « PEN » dans la galerie API NH donne de faux négatifs
en raison de la faible durée d’incubation. (On peut réincuber la galerie 2h de plus en cas de réaction
douteuse à ce test).

Le cas des autres germes

On identifie et on réalise un antibiogramme de tout germe présent en quantité

abondante qu’il soit en culture pure ou seulement en dominance. La présence à l’examen direct
d’au moins 5 granulocytes /champ (2+) et la dominance de ce même germe sont des éléments
indicatifs de sa responsabilité dans l’infection.

La présence d’une culture polymicrobienne, peu abondante, laisse suspecter une simple

colonisation de l’urètre  par des micro-organismes de la flore cutanée, intestinale (ou vaginale
chez la femme).

Diagnostic par amplification génique

Les tests basés sur l’amplification génique, indispensables pour le diagnostic des urétrites
à Chlamydia trachomatis et Mycoplasma genitalium, peuvent aussi être utilisés pour le diagnostic
des urétrites à gonocoque. Ils présentent de nombreux avantages :

 Ils ne requièrent pas la viabilité des bactéries

 iIls sont adaptés à tous les sites de prélèvement, y compris les premiers jets d’urines
 Les faux positifs et faux négatifs sont rares et leur performance dans le cas de patients
asymptomatiques est supérieure à celle de la culture.
 La plupart sont des tests multiplex qui permettent le dépistage simultané de N. gonorrhoeae et
de C. trachomatis.
 Les délais de rendu des résultats sont plus courts que pour la culture.
 L’automatisation permet l’adaptation aux grandes séries.

Plusieurs trousses commercialisées sont utilisables en France, elles utilisent des principes
différents : Polymerase Chain Reaction (PCR), Ligase Chain Reaction (LCR), Strand
Displacement Amplification (SDA), Transcription-Mediated Amplification (TMA). La PCR, LCR et
SDA amplifient l’ADN bactérien, alors que la TMA amplifie l’ARN ribosomal bactérien. Ces
techniques sont développées dans la partie amplification génique du menu « outils
diagnostiques« 

Pour Neisseria gonorrhoeae, la séquence d’ADN cible est constituée de 201 nucléotides situés
dans le gène codant la cytosine-ADN-méthyltransférase. Par précaution, il faut contrôler les
résultats positifs par une seconde technique d’amplification utilisant une autre séquence cible.

Schéma récapitulatif du diagnostic des urétrites

 

 
Prostatites, épididymites et orchites
 

Les épididymites et prostatites aiguës sont des infections profondes. En règle générale, elles font
suite à une infection urinaire ou urétrale.

Prostatites aiguës
Les prostatites sont des inflammations de la prostate. Elles sont d’origine bactérienne dans 5 à
10% des cas et peuvent être aiguës ou chroniques.

 La plupart des prostatites bactériennes aiguës font suite à une infection urinaire. Les germes
pénétrant dans la prostate à l’occasion d’un reflux de l’urine. En absence de traitement, la prostatite
peut devenir chronique ou être à l’origine de sepsis, d’abcès de la prostate ou d’épididymite.
L’immunodépression ou les explorations instrumentales des voies urinaires (sondage, endoscopie,
biopsie, chirurgie..) favorise l’apparition de ces complications. Une fièvre élevée, des troubles
urinaires (brûlures à la miction, envies d’uriner fréquentes, impérieuses, ou au contraire lentes,
pouvant aller jusqu’à la rétention aiguë d’urine) sont les symptômes les plus courants d’une
infection aiguë. On peut observer des douleurs pelviennes. L’ANSM recommande de considérer les
infections urinaires fébriles de l’homme comme des prostatites aiguës.

Les germes en cause sont ceux des infections urinaires (principalement Escherichia coli,

les autres entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, les staphylocoques et
entérocoques …).

 Plus rarement, les prostatites sont des complications d’urétrites. Dans ce cas, on isole des germes
d’IST  (Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, mycoplasmes urogénitaux).

Le diagnostic repose sur un ECBU particulier car réalisé sur le premier jet urinaire (le massage
prostatique ne doit pas être pratiqué).
On considère comme pathogènes, les germes dont la concentration dépasse 10 4 UFC/mL. Dans
ce cas, il faut les identifier et réaliser leur antibiogramme.

Épididymites et orchi-épididymites
Les épididymites sont des inflammations de l’épididyme. L’infection d’origine urinaire ou urétrale
progresse par voie ascendante depuis l’urètre jusqu’aux canaux épididymaires et peut également
atteindre le testicule, on parle d’orchi-épididymites.

Les symptômes sont un gonflement des bourses accompagné de douleurs, de fièvre. Parfois il y a
des brûlures à la miction.

Les agents étiologiques diffèrent selon l’âge du patient :

 Chez l’homme jeune, ce sont des pathogènes urétraux (Chlamydia trachomatis, Neisseria

gonorrhoeae). Le rôle des mycoplasmes est sujet à débat.
 En revanche, chez l’homme âgé, ce sont des pathogènes urinaires (entérobactéries
surtout Escherichia coli, entérocoques, Pseudomonas aeruginosa,..).

Le diagnostic des épididymites repose sur l’analyse d’un écoulement urétral ou d’un premier jet
urinaire.

On recherche :

 les pathogènes urétraux (Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et éventuellement, à la

demande du médecin, les mycoplasmes ;
 les pathogènes urinaires (entérobactéries, entérocoques, Pseudomonas aeruginosa,..).

Pour le diagnostic des orchi-épididymites, on analyse comme une suppuration profonde un

prélèvement à la seringue de l’abcès .

Infections génitales à mycoplasmes

Les mycoplasmes génitaux
Particularités des mycoplasmes

Les mycoplasmes ont une taille bien trop petite (300 nm) pour être observables au grossissement
X1000 après coloration de Gram.

L’absence de paroi, liée à leur incapacité à synthétiser le peptidoglycane, leur donne des
propriétés particulières :

 résistance aux antibiotiques agissant sur la synthèse peptidoglycane

 grande sensibilité aux conditions de milieu (pH, température, pression osmotique, tensioactifs) ;
  morphologie variable : au microscope électronique, on peut par exemple observer des formes
filamenteuses, coccoïdes, en chapelet.

Les mycoplasmes génitaux

Ils comprennent les espèces :

 Ureaplasma spp (Ureaplasma urealyticum et Ureaplasma parvum)

 Mycoplasma hominis,
 Mycoplasma genitalium.

Leur implication en pathologie humaine et les méthodes employées pour le diagnostic diffèrent

selon les espèces (Tableau 1)

Tableau 1 : Implication des mycoplasmes génitaux en pathologie humaine – Méthodes de

diagnostic

*ces espèces sont surtout pathogènes quand elles sont associées à d’autres microorganismes

Identification et antibiogramme des mycoplasmes

De nombreux laboratoires utilisent actuellement des galeries permettant à la fois l’identification et

le dénombrement des mycoplasmes génitaux (Tableau 2) :

 Mycoplasma Duo Kit et SIR Mycoplasma

 Mycoplasma IST 2
 Mycofast RevolutioN

Tableau 2 : les différentes galeries pour mycoplasmes

Sensibilité aux antibiotiques des mycoplasmes

Étant donné qu’ils n’ont pas de paroi, tous les mycoplasmes résistent naturellement aux
antibiotiques actifs au niveau de la paroi. Ainsi ils résistent aux béta-lactamines et aux
glycopeptides.

Ils résistent naturellement à d’autres antibiotiques. D’ailleurs certaines de ces résistances sont
recherchées pour différencier les espèces dans des galeries miniaturisées d’identification. Par
exemple :

 Mycoplasma hominis résiste à l’érythromycine et au triméthoprime-sulfaméthoxazole.

 Ureaplasma spp résiste à la lincomycine et au triméthoprime-sulfaméthoxazole

En général, les antibiotiques actifs appartiennent aux familles des tétracyclines, fluoroquinolones,
macrolides et apparentés.

Suite à l’acquisition de transposons, Ureaplasma spp et Mycoplasma hominis peuvent devenir

résistants aux tétracyclines. Plus rarement on observe des mutants résistants aux macrolides et
aux fluoroquinolones. Un antibiogramme est donc nécessaire ; il est souvent intégré dans les kits
de détection des mycoplasmes.

Le traitement contre les infections à M. genitalium utilise l’azithromycine (ou le moxifloxacine en

cas d’échec du macrolide).

Diagnostic des infections génitales à mycoplasmes

Pour commencer, le diagnostic des infections à mycoplasmes est réalisé seulement sur prescription explicite
du médecin.

Pour Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp, le diagnostic n’est pas simple car elles sont quelquefois
commensales. Ainsi, pour interpréter les résultats, il faut à la fois tenir compte de la concentration des
mycoplasmes isolés et de l’origine du prélèvement. L’identification et le dénombrement de ces espèces de
mycoplasmes se fait en les cultivant.
En revanche, le diagnostic des urétrites à Mycoplasma genitalium ne repose pas sur une mise en culture
mais sur des méthodes d’amplification génique.

Prélèvement et transport
Les mycoplasmes génitaux sont recherchés à partir de prélèvements urétraux, cervico-vaginaux, endocol,
endométriaux, tubaires et du 1er jet urinaire. Le prélèvement doit ramener un maximum de cellules
auxquelles les mycoplasmes adhérent car ils sont à la recherche de cholestérol, indispensable à la structure
de leur membrane plasmique.

Les prélèvements sont placés dans un milieu de transport comme le milieu saccharose-phosphate (2SP)
enrichi en 5% de sérum de veau fœtal. Le prélèvement se conserve alors 48 h à + 4°C ou congelé à -70°C.

Diagnostic par culture

Milieux de culture

Du fait de leur petit génome les mycoplasmes ont une capacité de synthèse limitée et une croissance
dépendante de la composition de des milieux de culture. Pour cette raison, les milieux de culture de base
sont des milieux complexes enrichis en sérum animal (qui apporte des protéines, des lipides et du
cholestérol) et en extrait de levure (vitamines, ions minéraux..). En outre, ils sont rendus sélectifs pour
inhiber la culture des contaminants (au moins une ß-lactamine et d’autres inhibiteurs).

Le choix du milieu dépend de l’espèce que l’on souhaite cultiver :

 Mycoplasma hominis cultive bien sur le milieu de HAYFLICK modifié et sur la gélose A7 ; il alcalinise les
milieux contenant de l’arginine
 Ureaplasma urealyticum  et  parvum cultive bien sur le milieu de SHEPARD et sur la gélose A7 ; il alcalinise les
milieux contenant de l’urée.
 Mycoplasma genitalium étant très difficile à cultiver, sa recherche au laboratoire utilise des techniques
d’amplification génique.

Notons que  Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp peuvent aussi se satisfaire du même milieu, c’est le cas
du milieu présent dans le coffret Mycoplasma IST2 de bioMérieux.

Détection de la croissance et identification

Tout d’abord, il faut savoir qu’en milieu liquide la multiplication des mycoplasmes n’entraine pas de trouble
du milieu. Ainsi pour détecter leur croissance, on introduit des substrats dont l’utilisation se traduit par un
changement de la teinte d’un indicateur de pH (rouge de phénol). Par exemple, on observera une
alcalinisation liée à l’activité uréase d’Ureaplasma spp. ou à l’activité arginine dihydrolase (ADH)
de Mycoplasma hominis.

Différenciation des espèces avec des milieux contenant soit l’arginine, soit l’urée

Si nous disposons de deux milieux, chacun contenant seulement un de ces deux substrats
(arginine ou urée), comme Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp n’ont pas le même profil biochimique,
la capacité du mycoplasme à faire virer le rouge de phénol de chacun de ces deux milieux suffit pour les
différencier. C’est le choix retenu dans la galerie Mycoplasma Duo.

Différenciation des espèces avec des milieux contenant à la fois l’urée et l’arginine

Afin de disposer de milieux également utilisables pour l’antibiogramme et convenant aux deux espèces, il
est nécessaire qu’il contienne à la fois l’urée et l’arginine. Dans ce cas il est nécessaire pour différencier ces
espèces d’ajouter un antibiotique pour lequel une d’elles présente une résistance naturelle (l’érythromycine
pour Mycoplasma hominis et la lincomycine pour Ureaplasma spp). C’est ainsi qu’ont été conçues la
galerie Mycofast RevolutioN et la galerie Mycoplasma IST2.

On peut également différencier ces espèces en observant les colonies au microscope optique (grossissement
X100) sur milieux gélosés. La culture en milieu gélosé permet en outre de vérifier que l’alcalinisation
observée en milieu liquide est bien due à un mycoplasme et non à la présence d’autres bactéries.

Les caractères utilisés pour différencier Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp sont rassemblés dans le

tableau 2.

Tableau 2 : Caractères différentiels de Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp

Mycoplasma hominis Ureaplasma spp

Caractère
ADH + ADH –
biochimiq
ue Uréase – Uréase +
 colonies dites « en œufs sur le plat » détectables après colonies dites « en oursin » de taille
observation à la loupe binoculaire. irrégulière de couleur brune (précipité dû
à l’oxydation du sulfate de manganèse).

Aspect
des
colonies
sur milieu
avec du
sulfate de
manganès
e Colonies d’Ureaplasma spp. sur gélose
  A7 X100
© bioMérieux
 
 
 

Colonie de Mycoplasma hominis en

culture x100
© bioMérieux

Résistanc
e
naturelle
utilisée
pour le
Érythromycine Lincomycine
diagnostic
différentie
l

Dénombrement et interprétation
Dans les prélèvements naturellement stériles (prélèvement d’endocol, prélèvements tubo-peritonéaux), les
mycoplasmes sont toujours pathogènes.
En revanche, pour les urines et les prélèvements urétraux et cervico-vaginaux, un dénombrement est
nécessaire pour distinguer une infection d’un portage commensal au niveau vaginal ou urétral. Le tableau 3
rassemble les seuils pathologiques habituellement retenus.

Tableau 3 : Seuils de pathogénicité des mycoplasmes selon le type de prélèvement

Mycoplasma hominis Ureaplasma spp

difficile à interpréter car très

Prélèvement vaginal ≥ 104 UCC/mL fréquent naturellement chez la
femme
Prélèvement urétral ≥ 104 UCC/mL ≥ 104 UCC/mL

1er jet d’urine ≥ 103 UCC/mL ≥ 103 UCC/mL

À cette fin, le dénombrement est effectué en milieu liquide en réalisant des dilutions (10-1 à 10-4)  (galeries
miniaturisées) et s’exprime en unité changeant la couleur (UCC /mL) qui correspond à la concentration
minimale de mycoplasmes nécessaire pour faire virer l’indicateur de pH.

Diagnostic par amplification génique

Du fait que la culture de Mycoplasma genitalium est très fastidieuse, seules les méthodes d’amplification
génique sont utilisées pour détecter cette espèce. Alors que pour les autres espèces de mycoplasmes, les
méthodes permettant leur identification et leur dénombrement après culture sont préférées.

Infections génitales à la chlamydia trachomatis

Généralités sur les Chlamydia

Chlamydia trachomatis est une bactérie pathogène strictement humaine, à multiplication
intracellulaire.

Autrefois considérées comme des virus, ces bactéries sont maintenant classées dans les
Eubactéries. Elles présentent des membranes (plasmique et externe) semblables à celles des
bactéries à Gram-négatif (avec des lipopolysaccharides), mais n’ont pas de couche de
peptidoglycane. Autres particularités, elles contiennent des ribosomes. Enfin elles sont incapables
de synthétiser leur propre ATP et sont donc des « parasites énergétiques ».

Au cours de leur cycle infectieux (Fig. 1), la bactérie évolue successivement sous deux formes :
une forme infectieuse, non réplicative, nommée corps élémentaire (CE) et une forme non
infectieuse réplicative appelée corps réticulé (CR).

Elles pénètrent donc dans les cellules épithéliales sous leur forme infectieuse (CE). Ensuite elles
se transforment en corps réticulés (CR), se multiplient et pour terminer les CR se transforment en
CE. Leur prolifération intracellulaire entraine la lyse de ces cellules et la libération
des Chlamydia sous leur forme CE.
 Figure 1 : Cycle de multiplication des Chlamydia

Chlamydia trachomatis (sérotypes D à K) est, en France, le microorganisme le plus fréquemment

responsable d’IST. L’infection uro-génitale (urétrite, endocervicite) est très
souvent asymptomatique ce qui peut engendrer de nombreuses complications :

 pour la femme : salpingite, grossesse extra-utérine, stérilité ;

 pour l’homme : prostatites, épididymites, stérilité.

Afin d’éviter ces complications les recommandations actuelles sont de dépister les femmes de
moins de 25 ans et les hommes de moins de 30 ans ayant un comportement à risque ou
consultant dans des centres de dépistage d’IST.

Dépistage des infections génitales à Chlamydia

trachomatis
 

Suite aux recommandations de la HAS, les méthodes qui utilisent la culture cellulaire, la détection
d’antigènes par immunofluorescence ou ELISA et la détection du génome de Chlamydia
trachomatis par biologie moléculaire sans amplification ont été supprimées de la Nomenclature
Des Actes De Biologie Médicale (NABM) le 4 novembre 2011. En effet, ces méthodes manquent
de sensibilité ou de spécificité.

Désormais seule une technique est inscrite à la NABM. Il s’agit de la recherche d’ADN ou d’ARN
de Chlamydia trachomatis par amplification génique in vitro.

 
Prélèvement et transport

Tests d’amplification génique

Les trousses actuelles présentent à la fois une bonne sensibilité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5%
de faux négatifs) et une bonne spécificité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5% de faux positifs).

Les cibles d’amplification peuvent être :

 une séquence d’ADN localisée dans un plasmide appelé « plasmide cryptique » qui est commun à
tous les sérovars de Chlamydia trachomatis (plasmide présent en 7 à 10 exemplaires par bactérie)
 des fragments d’ARNr.

Des contrôles internes d’amplification permettent de s’assurer que l’échantillon ne contient pas
d’inhibiteurs de l’amplification.

On a identifié, en Suède en 2006, un variant génétique de Chlamydia trachomatis qui présente

une délétion de 350 pb sur le plasmide cryptique. Or les amorces du test de détection par PCR se
lient à la région du plasmide qui a disparu. De ce fait, ce variant n’est plus détectable par les tests
ciblant seulement cette région.

Tableau 3 : les différentes techniques d’amplification génique appliquées à Chlamydia

trachomatis
 

Les méthodes d’amplification génique sont présentées sur d’autres pages de ce site :

 PCR (Polymerase Chain Reaction)

 PCR en temps réel
 TMA (Transcription Mediated Amplification)
 SDA (Stand Displacement Amplification)

Sérologie des infections à Chlamydia trachomatis

Le sérodiagnostic n’a pas d’intérêt pour le diagnostic des infections basses car l’infection est
superficielle et le taux d’anticorps reste faible, souvent non détectable. Il n’est utile que dans un
nombre restreint de situations cliniques :

 suspicion d’infections hautes

 suspicion de lymphogranulome vénérien (LGV) due à Chlamydia trachomatis de sérotype
L1, L2 ou L3
 bilan d’hypofertilité du couple,

Chez l’adulte un taux d’IgG ≥ 64 est le témoin d’une infection passée ou en cours. Une
augmentation significative du taux d’IgG entre 2 sérums prélevés à 3 semaines d’intervalle peut
permettre le diagnostic d’infection évolutive mais le titre atteint souvent rapidement un plateau et
la sérologie ne permet donc pas toujours de suivre l’évolution de la maladie.

Chez le nouveau-né le dosage des IgM est le témoin d’une infection récente.

Les techniques les plus récentes sont des tests immuno-enzymatiques (ELISA) ou immunoblot,
elles utilisent des peptides recombinants de la protéine majeure de la membrane externe (MOMP)
spécifique de Chlamydia trachomatis.

Ulcérations génitales
PLAN
 Herpes génital
 Chancre syphilitique
 Chancre de la maladie de Nicolas-Favre  ou lymphogranulomatose vénérienne (LGV)
 iChancre mou
 Donovanose

Une ulcération correspond à une perte de substance entraînant une plaie ouverte plus ou moins
profonde. Elle s’accompagne presque toujours d’adénopathies satellites. On parle de chancre
lorsqu’il s’agit d’IST.

Toutes les ulcérations génitales sont des IST. Chez l’homme, elles sont généralement localisées
sur le gland et chez la femme dans le vagin, sur les lèvres génitales et dans la région périanale.
Les ulcérations génitales sont des cofacteurs importants de la transmission du VIH. Les principaux
agents étiologiques sont présentés dans le tableau 1

Tableau 1 : Agents étiologiques des ulcérations génitales

Herpès génital
À ce jour, cette IST est la première cause d’ulcération génitale dans les pays développés.
L’agent causal le plus fréquent est un virus Herpes simplex de type 1 ou 2. Il se transmet par
simple contact de la peau (organes génitaux) ou par contact avec des sécrétions génitales
contaminées.

La majorité des personnes infectées ne présentent pas de symptômes. Lors des formes
symptomatiques, on observe, après une période d’incubation de 2 à 20 jours, des érosions
multiples groupées en bouquet, très douloureuses, avec de multiples adénopathies de petite taille,
sensibles et fermes.

Le traitement d’une poussée fait appel aux antiviraux par voie orale (Aciclovir ou le Valaciclovir).

Les symptômes suffisent en général à poser le diagnostic.

En cas de doute si le sujet ne présente pas de symptômes ou bien dans le but d’identifier le type
de virus en cause, on peut demander une analyse au laboratoire de microbiologie.

Différentes techniques de diagnostic direct peuvent être mises en œuvre au laboratoire

 La PCR en temps réel est la technique qui s’impose actuellement. Elle permet de quantifier les
virus, de différencier HSV-1 de HSV-2. Puis surtout les faux négatifs sont rares.
 La recherche d’antigènes viraux dans les cellules du prélèvement par immunofluorescence est une
alternative. Elle est rapide et permet de différencier aussi HSV-1 de HSV-2.
 La culture cellulaire permet un diagnostic de certitude mais reste réservée aux laboratoires
spécialisés. Elle met en évidence dans un délai de 2 à 4 jours un effet cytopathogène sur des
cellules de rein de singe. Elle permet de différencier HSV-1 de HSV-2 grâce à des anticorps
monoclonaux spécifiques et permet également de tester la sensibilité de la souche aux antiviraux.

Le diagnostic indirect est utile quand le patient n’a pas de lésions

Seule la détection d’anticorps spécifiques anti HSV-2 permet de poser le diagnostic d’herpès
génital.

Chancre syphilitique
La syphilis est une IST due à Treponema pallidum subsp pallidum. Elle évolue en plusieurs
stades (primaire, secondaire et tertiaire) entrecoupés de phases de latence.
Le chancre correspond à la phase primaire. Il apparait environ 3 semaines après une incubation
silencieuse sous la forme typique d’une ulcération unique (le plus souvent) arrondie, à base
indurée et indolore qui guérit spontanément en 1 à 2 mois. Des adénopathies satellites sont
habituelles.

Depuis 1999, une augmentation importante du nombre de cas de syphilis est observée
particulièrement chez les homosexuels masculins. Seulement 17 % des patients infectés sont des
hétérosexuels.

Le traitement à base de pénicilline G est efficace.

Diagnostic direct

Il consiste à rechercher T. pallidum à partir des sérosités recueillies au niveau du chancre. Cela
peut se faire :

 par une technique microscopique : EF observé immédiatement au microscope à fond noir (objectif

X100). Treponema pallidum est une bactérie spiralée et mobile (mouvement de propulsion, rotation,
flexion). Un résultat positif est évocateur de la syphilis et un résultat négatif ne peut l’exclure car ils
existent des faux négatifs.
 par amplification génique : technique plus sensible que le fond noir mais toujours pas remboursée
en 2015.

Sérodiagnostic est le diagnostic de certitude de la syphilis

Il consiste dans un premier temps à un dépistage de la syphilis par deux réactions obligatoires
dont au moins une de chaque groupe :

 Groupe 1 : Méthodes à antigène non tréponémique

o VDRL (Venereal Disease Research Laboratory),
o RPR (Rapid Plasma Reagin test)

 Groupe 2 : Méthodes à antigène tréponémique

o TPHA (Treponema pallidum Hemagglutination Assay),
o FTA-Abs (immunofluorescence indirecte absorbée),
o EIA (méthode immunoenzymatique)

Lors d’un dépistage positif, il faut réaliser, dans un deuxième temps, un titrage avec chaque
groupe de méthode.

Chancre de la maladie de Nicolas-Favre  ou lymphogranulomatose vénérienne

(LGV)
La LGV est due aux sérotypes L1, L2 ou L3 de Chlamydia trachomatis.

C’est une IST rare en Europe mais en augmentation chez les homosexuels masculins. La durée
de l’incubation varie de 2 à 60 jours. Les premiers signes cliniques sont des micro-ulcérations
génitales ou anales passant souvent inaperçues car indolores puis apparaissent des
adénopathies inflammatoires inguinales qui peuvent se fistuler (en pomme d’arrosoir) ou entrainer
une anorectite aigüe.

Le traitement utilise la doxycycline.

Le diagnostic repose sur la mise en évidence de Chlamydia trachomatis sérovars L1 à L3 par une
technique d’amplification génique à partir d’ulcérations ou/et de ponctions ganglionnaires.

Chancre mou
Les ulcérations multiples qui constituent le chancre mou sont dues à Haemophilus ducreyi ; c’est
une IST rare en Europe mais fréquente dans certaines régions d’Afrique, d’Asie et des Caraïbes.
Elle apparaît en général après une période d’incubation courte (moins de 1 semaine) et
commence par de petites lésions rouges qui se transforment en petits ulcères superficiels.
Contrairement à la syphilis, ces ulcères sont douloureux, inflammatoires à bords irréguliers et
non indurés (d’où le terme chancre mou). Des ganglions inguinaux discrets et douloureux
apparaissent chez la plupart des patients.
H. ducreyi est une bactérie vulnérable qui exige des contacts fréquents pour se propager dans
une population. En Europe, les rares cas documentés sont des cas importés ou associés à la
prostitution.

La recherche d’Haemophilus ducreyi repose sur la mise en évidence de bacilles à Gram négatif à

coloration bipolaire courts regroupés en chaînettes (« chaine de vélo ») à l’intérieur et/ou à
l’extérieur des granulocytes.

La culture de ce germe est très difficile : elle utilise un milieu riche type gélose chocolat enrichi +
sérum de veau fœtal (5-10%) ou une gélose Columbia au sang de lapin.
Après incubation de 48 h (et jusqu’à 10 jours) à 33-35°C en atmosphère enrichie en CO 2 (5-10%)
les colonies suspectes sont grisâtres, brillantes et de petite taille.

On ne peut identifier précisément cette espèce avec les galeries habituelles. Dans ce cas
l’identification se fait par amplification génique.

Donovanose
Cette IST très rare en Europe (uniquement des cas importés) mais endémique en Inde, Australie,
Papouasie Nouvelle Guinée, Afrique du sud, Guyane, Caraïbes, Brésil. Elle est due à un bacille à
Gram négatif, Klebsiella granulomatis (anciennement Calymmatobacterium granulomatis).

L’incubation est très variable (3 à 40 jours), les ulcérations sont multiples avec des bordures en
relief ; elles saignent facilement au contact et sont indolores. Il n’y a pas d’adénopathie satellite.

Sans traitement l’infection peut entrainer des destructions tissulaires étendues (laissant des
cicatrices ou d’importantes mutilations) et même des bactériémies. Le granulome inguinal se traite
en première intention avec un macrolide (érythromycine ou azithromycine).

Klebsiella granulomatis, n’est pas cultivable sur milieu synthétique, la seule façon de l’isoler est de
le cultiver sur monocytes (laboratoires spécialisés) ou bien par inoculation d’œuf embryonné.

Le diagnostic est donc avant tout microscopique : il repose sur la mise en évidence des corps de
Donovan dans le frottis d’un granulome inguinal coloré au MGG (ils apparaissent colorés en bleu).
Les corps de Donovan sont des inclusions bactériennes de forme caractéristique (aspect bipolaire
dit « en épingle à nourrice ») à l’intérieur des macrophages. La recherche est souvent négative en
cas de lésion très jeune ou, au contraire, ancienne. L’observation des corps de Donovan à partir
d’une lésion à clinique évocatrice est suffisante pour affirmer le diagnostic.

On peut mettre en évidence K. granulomatis par amplification génique.