Bactériologie &

Antibiologie

Polycopié destiné aux étudiants de DFGSM-3

Edition juin 2023 - Version 13

= = = = == = == = == = = == = = = == = == = == = = == = = = == = == = == = = == = = = == = == = == = =
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1
Responsable : Dr D. Decré,
Pr A. Aubry, Dr C. Eckert, Dr F. Morel, Dr W. Sougakoff, Dr J. Tankovic, Pr N. Veziris, Dr S. Vimont

2
Chapitre 1 Démarche diagnostique en bactériologie Page 4
Fiche hémoculture Page 7
Chapitre 2 Anatomie fonctionnelle des bactéries Page 11
Chapitre 3 Génétique bactérienne Page 23
Chapitre 4 Familles d’antibiotiques Page 38
Mots clés et résumé généralités Page 45
Fiche coloration de Gram Page 47
Chapitre 5 Les flores microbiennes de l’organisme – relations Page 51
Hôte/Pathogène
Chapitre 6 Staphylocoques Page 55
Fiche Staphylococcus aureus
Chapitre 7 Streptocoques Page 61
- Pneumocoque
- Entérocoques
Chapitre 8 Neisseria Page 73
- Méningocoque
- Autres Neisseria
Chapitre 9 Entérobactéries Page 79
Chapitre 10 Bacilles Gram négatif exigeants Page 83
Chapitre 11 Bacilles Gram négatif aérobie stricts Page 86
- Pseudomonas aeruginosa
- Acinetobacter
Chapitre 12 Bactéries responsables de pneumopathie « atypique » Page 90
- Mycoplasma pneumoniae
- Chlamydia pneumoniae/C. psittaci
- Legionella
Chapitre 13 Bactéries responsables de diarrhées Page 96
- Salmonelles
- Shigelles
- Yersinia
- Escherichia coli
- Vibrio cholerae
- Campylobacter
- Clostridioides difficile
Chapitre 14 Bactéries responsables des infections sexuellement transmissibles Page 105
- Gonocoque
- Chlamydia trachomatis
- Treponema pallidum (syphilis)
- Mycoplasmes
- Points clés IST bactériennes
Chapitre 15 Mycobactéries Page 123
Fiche M. tuberculosis
Chapitre 16 Infections urinaires Page 132
Chapitre 17 Infections respiratoires communautaires de l’adulte Page 139
Chapitre 18 Méningites communautaires Page 144
Fiches signalétiques des principales bactéries
Chapitre 19 Infections cutanées Page 153 3
L'édition 2019 résultait de la fusion en 2011 des enseignements de bactériologie

des 2 Facultés de Médecine de Sorbonne Université.

Les premiers chapitres résument les notions générales de bactériologie. Les

principales bactéries rencontrées dans les infections humaines sont détaillées

par famille. Une troisième partie est consacrée à l’approche syndromique et aux

principaux éléments diagnostiques et thérapeutiques.

L’édition 2023 comprend les grands principes du diagnostic bactériologique et

quelques fiches synthétiques et les principaux items de connaissance pour les

questions de rang A.

Contrôle des connaissances

 Pour rappel, l’examen porte sur les cours, les TP « virtuels (films et séances

questions/réponses mis en place à la rentrée 2020) et sur les ED

(questions/réponses et mini cas cliniques).

4
Chapitre 1 : DEMARCHE DIAGNOSTIQUE EN
BACTERIOLOGIE
Le diagnostic bactériologique correspond à l’ensemble des moyens qui permettent d’identifier la
(ou les) bactéries responsables d’une infection bactérienne.
Ces moyens diagnostiques sont variés et caractérisent soit le diagnostic direct soit le
diagnostic indirect :

Le diagnostic direct permet la mise en évidence de la (ou des) bactérie(s) à partir d’un
prélèvement (culture, identification, sensibilité aux antibiotiques) responsable (s) d’une infection.
La qualité de ce prélèvement (mode de recueil, conservation, délai d’acheminement au
laboratoire) ainsi que les renseignements cliniques qui l’accompagnent sur la feuille de demande
sont essentiels à une bonne prise en charge (mise en œuvre optimale de tous les moyens pour isoler
la bactérie en cause).
L'examen cyto-bactériologique d'un prélèvement (en dehors de quelques types de prélèvement
comme écouvillons, hémocultures) va suivre différentes étapes :

1. Aspect macroscopique : clair, trouble, purulent, hémorragique ….

2. Examen microscopique :
-cytologie à la recherche des éléments qui témoignent d’une réaction inflammatoire
(polynucléaires) ;
-visualisation des bactéries après coloration spécifique de Gram (coloration utilisée pour les
bactéries usuelles). Cet examen microscopique est primordial car il permet, s’il est positif, une
première orientation thérapeutique (empirique).
Exemples : cocci Gram+ en amas (staphylocoque), bacille Gram négatif (entérobactéries,
Pseudomonas…). Dans certains cas, on observe les bactéries sans coloration (état frais) pour
apprécier la mobilité éventuelle.

3. Mise en culture : l’échantillon est ensuite mis en culture sur différents milieux : ordinaires,
riches (avec présence de sang frais ou sang cuit), et sélectifs (qui inhibent certaines espèces
bactériennes pour permettre la culture de bactéries recherchées spécifiquement), chromogènes
(qui permettent de mettre en évidence une activité enzymatique spécifique d'une espèce
bactérienne donnant une couleur à la colonie, donc une identification rapide).
Ces milieux sont le plus souvent solides (géloses) mais des bouillons d’enrichissement peuvent être
ajoutés. Les cultures sont ensuite incubées dans une étuve à 37°C dans différentes atmosphères
(ambiante = aérobie, ou en l'absence d'oxygène (culture anaérobie)). Le choix de ces milieux est
directement fonction du type de prélèvements et des renseignements fournis par le clinicien
prescripteur.
5
Quelques exemples :
-Examen cytobactériologique des urines (ECBU): milieux standards car la plupart des bactéries
responsables d’infections urinaires sont de culture facile ou milieux chromogènes.
-Prélèvement respiratoires : milieux riches indispensables à la culture du pneumocoque ou de
Haemophilus influenzae.
-Coproculture : milieux sélectifs pour la recherche des quelques pathogènes responsables de
diarrhées (salmonelles, Campylobacter ...) au sein de la flore digestive qui est abondante et variée
en terme d’espèces.

Délai d'incubation : De très nombreuses espèces bactériennes poussent sur les milieux après 18 à
24 H d'incubation à 37°C. Cependant d'autres espèces ont des délais d'incubation plus longs
(exemples : Gonocoque, Brucelles, Mycobactéries ...).

Les cultures sont ensuite examinées ; chaque bactérie déposée sur la gélose va donner, en se
multipliant une colonie visible (environ 1-3 mm de diamètre). Dans le rendu du résultat, la quantité
de colonies sera appréciée semi-quantitativement (rares, quelques, nombreuses…) ou
quantitativement (104, 105, 106 …/ml) pour les types de prélèvement pour lesquels il existe un seuil
validé (ECBU, pulmonaires, cathéters).

4. L’identification des espèces présentes sur les cultures regroupe différentes données :
-L’aspect des colonies (présence d’une hémolyse sur gélose au sang, couleur d’une colonie sur
un milieu chromogène …) ;
-L’aspect microscopique à l’état frais (sans coloration) qui permet de voir si les bactéries sont
mobiles ;
-L’aspect au gram : Gram plus (violet) ou moins (rose), aspect de cocci, bacilles et leur
groupement ;
-De tests d’orientation rapides permettant de différencier par exemple les cocci à Gram positif
(un staphylocoque d’un streptocoque) ou parmi les bacilles à Gram négatifs (les
entérobactéries du bacille pyocyanique).
Actuellement la plupart des laboratoires de bactériologie disposent d’automates qui réalisent
l’identification, notamment les spectromètres de masse (analyse du profil protéique d’une
bactérie qui est confronté à la base de données de la machine). Cette technologie permet une
identification en 20 min à partir d’une colonie bactérienne. Cette méthodologie a remplacé les
galeries d’identification biochimiques qui étudient plusieurs caractères (enzymatiques,
utilisation/fermentation de sucres) et nécessitaient 18h d’incubation.

5. L’antibiogramme correspond à l’étude de la sensibilité aux antibiotiques. La grande majorité

des bactéries responsables d’infections sont capables de devenir résistantes à un ou plusieurs
antibiotiques. Cette acquisition possible de résistances rend donc cette étape primordiale.

L’antibiogramme être réalisé sur milieu gélosé (méthode de diffusion en milieu gélosé ou
méthode des disques (voir « TP virtuels ») ou en milieu liquide. 6
 La méthode des disques consiste à mettre la bactérie (inoculum calibré) en culture sur un milieu
standardisé puis déposer des disques (papiers buvards imprégnés d’une quantité d’un
antibiotique donnée). L’antibiotique diffuse dans la gélose et crée un gradient de concentration
circulaire. Après 18h d’incubation à 37°C, la bactérie va se multiplier sur la gélose autour de
chaque disque jusqu’à la zone où la concentration de l’antibiotique l’inhibe. Il existe une relation
linéaire entre les diamètres d’inhibition et les concentrations minimales inhibitrices (CMI). En
pratique, on mesure des diamètres d’inhibition et l’on déduit des CMI approchées.
L’interprétation finale repose sur les résultats in vitro (diamètres et CMI approchées) et des
données pharmacocinétiques. Un antibiogramme permet de tester simultanément un grand
nombre d’antibiotiques pour déduire un phénotype de sensibilité pour chaque bactérie testée et
donc aider aux choix thérapeutiques.

L'étape de l'antibiogramme sur gélose requiert un délai supplémentaire d'incubation de 18-24 h.

A l'heure actuelle, il existe des automates qui effectuent dans un délai de quelques heures,
l'identification et l'antibiogramme.

6. Autres moyens de diagnostic direct : il est parfois possible de rechercher des produits
bactériens qui témoignent de la présence de la bactérie dans l’échantillon.

- Recherche d’antigènes bactériens : Par exemple, on peut rechercher dans les urines des
antigènes de Legionella qui est une des bactéries à l’origine de pneumopathie dite atypique. Il
s’agit d’un test immuno-chromatographique.
- Méthodes moléculaires : recherche d’ADN ou d’ARN d’une bactérie donnée. Il existe de plus en
plus de moyens moléculaires de diagnostic appliqué à la bactériologie. Certains permettent de
détecter des bactéries non cultivables ou difficilement cultivables mais aussi de rechercher la
présence de la bactérie chez un patient ayant reçu des antibiotiques (infection décapitée). Ces
méthodes sont d’un grand intérêt (rapidité, spécificité, sensibilité) mais ne sont pas applicables à
toutes les bactéries et nécessitent une réflexion entre cliniciens et biologistes pour leur intérêt et
leur interprétation (Cf séance « TP virtuels » consacrée à ces méthodes).
Exemples : recherche des bactéries responsables de méningites communautaires sur le liquide
céphalorachidien, recherche des facteurs de virulence (toxines de Clostridium difficile, pathogène
entérique), diagnostic des infections sexuellement transmissibles (IST) (Chlamydia, gonocoque).

Le diagnostic indirect consiste à rechercher des anticorps (conséquences induites par

l’infection).
La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai, de l'ordre de 8 à 10 jours. Par
ailleurs la spécificité est relative (réactions croisées). La sensibilité varie selon le type de technique
utilisée: De plus, en raison d'immunisation active au cours de la vie, il conviendra de demander deux
examens sérologiques à deux semaines d'intervalle. Dans certains diagnostics, les anticorps anti-M
et anti-G pourront être individualisés. Les anticorps sont recherchés, le plus souvent, dans le sang
circulant. Il existe diverses techniques pour déceler la présence d'anticorps.
Exemples de sérodiagnostic: Légionellose (pneumopathie), Syphilis (IST), maladie de Lyme.
7
 FICHE HEMOCULTURES

La présence de bactéries dans le sang définit la bactériémie. Le sang est en effet normalement
stérile (il peut exister des « bactériémies physiologiques », asymptomatiques avec passage de
bactéries transitoires : brossage des dents, digestion, endoscopie digestive)
La bactériémie résulte de décharges bactériennes à partir d’un foyer infectieux non contrôlé.
La bactériémie peut s’accompagner de sepsis ou de choc septique

Pourquoi prélever des hémocultures ?

• Pour affirmer l’existence d’une infection devant une fièvre ou d’autres signes d’infection

• Pour avoir la documentation bactériologique (identification et antibiogramme) de

l’infection et donc prescrire une antibiothérapie documentée optimale (adaptée au germe
et la moins large possible)

Des faux positifs et des faux négatifs sont possibles

• Faux positifs : contamination au moment du prélèvement (mains et gorge du préleveur,
peau du malade, bouchons des flacons) ; fréquent : 5-10% des hémocultures

• Faux négatif : Patient déjà sous antibiotiques +++, volume de sang prélevé insuffisant +++,
bactérie non cultivable dans les flacons d’hémoculture standard, incubation trop courte des
flacons (les flacons sont incubés 5jours)

Fréquence, rendement : c’est le prélèvement bactériologique le plus fréquent mais

seulement environ 5-10% des hémocultures prélevées sont positives.

Quand et Comment prélever ?

• Avant toute antibiothérapie +++ avec des renseignement cliniques précis (date, heure,
antibiotique, terrain …)

• Suivi rigoureux du protocole de prélèvement, notamment de la désinfection (mains du

préleveur, peau du malade, bouchons des flacons)

• Ponction veineuse périphérique, idéalement pas sur dispositif intravasculaire (DIV) car
génère plus de contaminants,

• Si l’on veut documenter une infection du DIV (prélever en parallèle une hémoculture
périphérique et une hémoculture sur le DIV : on compare les délais de positivité des flacons
sur le DIV et en périphérie). Si le DIV est en cause, la culture sera plus précoce.

• Moment du prélèvement : Y compris en l’absence de fièvre/frissons (une bactériémie n’est

pas toujours accompagnée de fièvre).
8
 • Volume de remplissage des flacons correct (8-10 ml par flacon) +++ (sans dépasser les 10
ml car peut générer des faux positif de détection)

• VOLUME SANGUIN TOTAL PRELEVE SUFFISANT : CAPITAL POUR LA SENSIBILITE = 40 A 60

ML POUR UN EPISODE SEPTIQUE

– 2 ou mieux 3 hémocultures : 1 hémoculture = 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie,

donc 4 à 6 flacons

– Recommandé : prélever tous les flacons d’hémoculture au cours d’une seule

ponction veineuse sauf en cas de suspicion d’endocardite où 3 prélèvements à au
moins une heure d’intervalle sont recommandés

– Mais attention à ne pas remplir les flacons au-delà du volume de 10ml/flacons au

risque de générer des faux positifs de détection

Mettre à incuber les flacons le plus vite possible (automates d’incubation). Ceci est le plus souvent
possible 24h/24 (des automates d’incubation sont le plus souvent présents dans les laboratoires de
biologie d’urgence). Si pas possible  garder les flacons à température ambiante (jamais à 4°C ni
au chaud)
ON NE DEMANDE PAS LE RESULTAT DE L’EXAMEN DIRECT D’UNE HEMOCULTURE QUI VIENT
d’ETRE PRELEVEE: L’examen microscopique d’une hémoculture avant incubation n’est jamais
réalisé  TROP PEU DE BACTERIES DANS LE SANG CIRCULANT POUR LES VOIR AU MICROSCOPE
L’incubation est poursuivie 5 jours dans l’automate.
Si l’on suspecte une bactérie de croissance lente (ex : certains germes des endocardites), il est
impératif de le noter dans les renseignements de manière à ce que les flacons soient incubés plus
longtemps  Le laboratoire de microbiologie doit être informé de la suspicion d'endocardite
infectieuse.

Tout flacon détecté positif par l’automate est examiné rapidement :

-Coloration de Gram +/- état frais (mobilité)
-Le résultat est rapidement communiqué au clinicien par le biologiste
 IL EST INUTILE DE TELEPHONER POUR SAVOIR SI LES HEMOCULTURES POUSSENT

Item de connaissances 157 : Septicémie/Bactériémie/Fongémie de l'adulte et de

l'enfant
 Connaître les agents infectieux à l'origine des bactériémies, ainsi que leur porte d'entrée
et le terrain associé
 Connaître les particularités épidémiologiques, cliniques et des bactériémies à
Staphylococcus aureus
 Savoir prescrire les prélèvements d'urgence avant antibiothérapie 2C-157-EC-A01
 Connaître les indications, les modalités de réalisation, d'analyse et d'interprétation des
hémocultures 9
 Savoir choisir l'antibiotique selon l'agent infectieux sur documentation microbiologique
Connaître les principes du traitement de la porte d'entrée

Item de connaissances 152 : Endocardite (EI)

 Connaitre les principaux agents infectieux à l'origine d'endocardite infectieuse
 Connaitre les portes d'entrée en fonction de l'agent infectieux
 Connaitre la démarche initiale du diagnostic microbiologique
 Connaitre la démarche du diagnostic microbiologique quand les hémocultures initiales
sont négatives
 Savoir quand une antibiothérapie probabiliste est indiquée en cas de suspicion d'EI
Connaitre les principes du traitement antibiotique de l'EI

Tableau: principaux agents infectieux responsables des endocardites infectieuses

Répartition
Agent infectieux
(%)
Staphylococcus aureus 30

Streptocoques oraux 20
Streptococcus gallolyticus (groupe D) 13

Entérocoques 10

Staphylocoques coagulase négative (proportion en augmentation avec les infections

10
liées aux soins)

Autres
- Bactéries du groupe HACEK
8
- Bactéries intracellulaires (Coxiella burnetii, Bartonella spp.,...)
- Candida

Endocardite à hémocultures négatives

Tableau: principales portes d’entrée de l’endocardite infectieuse en fonction de l’agent infectieux.

Agent infectieux Porte d’entrée
Cutanée (furoncles, brûlures, dermatoses, plaies...)
Staphylococcus aureus
Matériel endovasculaire (cathéters veineux, stimulateur cardiaque,
Staphylocoques à coagulase
cathéter d’hémodialyse…)
négative
Toxicomanie intra-veineuse
Streptocoques oraux Buccodentaire (foyer infectieux dentaire, geste de chirurgie dentaire)
Streptococcus gallolyticus Digestive (polypes ou tumeur digestive, diverticulose, infection des voies
(groupe D) biliaires...)
Digestive
Entérocoques
Urinaire
Matériel endovasculaire
Candida spp. Toxicomanie intra-veineuse
Chirurgie digestive
10
Dans la moitié des cas, la porte d'entrée infectieuse n'est pas retrouvée

Connaître la démarche initiale du diagnostic microbiologique (Dg positif)

Les hémocultures constituent la modalité d'exploration de référence pour :
- Isoler le micro-organisme responsable
- Déterminer son origine microbiologique
- Orienter la recherche de la porte d’entrée

Les hémocultures doivent être prélevées :

- Au nombre de 3 prélèvements sanguins veineux avec mise en culture sur milieu aéro-anaérobie
- Espacées d’au moins une heure, sur 24 heures (les concentrations bactériennes sanguines fluctuent
dans le temps).
- Y compris en l’absence de fièvre/frissons (une bactériémie n’est pas toujours accompagnée de fièvre).
- Avec un volume de sang suffisamment important (40 à 60 mL chez l’adulte, car cela augmente la
sensibilité de l’examen).
- Et répétées au-delà de 24 heures en présence d'hémocultures négatives notamment dans le cas de la
prise préalable d’antibiotiques

Le laboratoire de microbiologie doit être informé de la suspicion d'endocardite infectieuse.

Prin cip e d e l’an tib io th é rap ie

Les objectifs de l’antibiothérapie sont :

 A très court terme de contrôler la bactériémie pour traiter un sepsis, ou prévenir sa survenue
 Puis d’obtenir l’éradication microbienne définitive au niveau de l’endocarde/végétation (site
primitif) et des localisations secondaires
 Et dans certains cas, d’éradiquer la porte d’entrée de l’EI

l’antibiothérapie doit être :

 Bactéricide
 Prolongée
 A fortes doses (administration parentérale à la phase initiale)
 Adaptée aux résultats microbiologiques
 Prenant en compte l’ensemble des sites infectés
 Débutée après les hémocultures
 Associant parfois des molécules synergiques
 Et adaptée au terrain du patient

L’efficacité de l’antibiothérapie est évaluée :
 o Cliniquement : régression des signes infectieux, de sepsis, ou en lien avec les localisations
secondaires
 o Négativation persistante des hémocultures

11
Chapitre 2 : ANATOMIE FONCTIONNELLE DES
BACTERIES
1. LA DECOUVERTE DU MONDE BACTERIEN
Antoni VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes et
instruments d'optique, découvre et décrit entre 1674 et 1687 le monde microbien ("les
animalcules"). Mais celui-ci n'est véritablement reconnu qu'à partir du milieu du XIXe siècle à la
suite des travaux de Louis PASTEUR et de ses élèves.

En 1866, HAECKEL crée le terme de protistes pour désigner, entre le monde animal et le monde
végétal, les êtres unicellulaires et les êtres pluricellulaires sans tissus différenciés. Les protistes sont
classés en deux catégories :

- Les eucaryotes qui possèdent un double patrimoine génétique, plusieurs chromosomes, un

appareil de mitose et une structure cellulaire complexe (mitochondries, noyau entouré d'une
membrane...).

- Les procaryotes qui ont un chromosome unique, mais pas de noyau ni d'appareil appareil
de mitose, et ont une structure cellulaire élémentaire (pas de mitochondries). Les bactéries font
partie des procaryotes.

En 1878, SEDILLOT crée le terme de microbes parmi lesquels on distinguera ensuite les bactéries
proprement dites et les virus. Le terme virus, qui a désigné dans un premier temps tout agent
infectieux, est maintenant réservé à la catégorie bien particulière de microbes qui ne possèdent
qu'un seul type d'acide nucléique (ARN ou ADN) et qui sont incapables d'assurer à eux seuls la
synthèse de leurs propres constituants.

Aujourd’hui, le monde vivant est partagé en 3 domaines : les eucaryotes, les bactéries, les archées.

Classification biologique contemporaine

Animaux Plantes Archeae Bactéries Virus
Eucaryotes
Animaux Plantes Bactéries / Archeae

Formes macroscopiques Formes macroscopiques ou microscopiques

Organismes pluricellulaires Organismes unicellulaires
Cellules hautement différenciées Cellules Indifférenciées
Liées entre elles Indépendantes
Organisées en tissus
en organes
Croissances = taille augmente Croissance = nombre de cellules augmente

12
 Eucaryotes Bactéries

Membrane nucléaire Présence Absence

Chromosome Plusieurs (2n) Un en général

Mitose Présence Absence

Centre respiratoire Mitochondries Membrane cytoplasmique

Synthèse protéique Réticulum endoplasmique ribosomes

avec ribosomes

Les micro-organismes au sens large

Germes : éléments microscopiques qui, en se développant, produisent des organismes (ferments,
bactéries, œufs, kystes...).

Microbes : nom générique des algues, champignons, protozoaires, bactéries, virus (microbiologie).

Parasites : êtres vivants, animaux ou végétaux qui, pendant une partie de leur existence, vivent aux
dépens des autres êtres organisés.

2. CARACTERISTIQUES GENERALES DES BACTERIES

Les bactéries sont des êtres unicellulaires qui possèdent les éléments essentiels à la vie cellulaire
(Figure1). Leur taille varie de 1 à 10 microns (µm) et leur forme variable : sphérique (cocci), en
bâtonnets (bacilles), hélicoïdale (spirochètes) (Figure 2). Elles ne sont donc visibles qu'au
microscope optique (x103). Naturellement incolores, on les visualise, à l'état frais, en faisant jouer
la source lumineuse du microscope (diffraction) ou après coloration artificielle (ex : coloration de
Gram). Elles peuvent être désintégrées par divers procédés physiques et chimiques, ce qui permet
d'étudier les constituants bactériens ainsi libérés.

Quelques chiffres-clés concernant une bactérie-type, Escherichia coli :

Poids d'une cellule : 10-12 g

Eau : 70 %

Poids sec d'une cellule : 3 x 10-13 g

Principaux constituants (en % du poids sec) : protéines 55 %, lipides 10 %, lipopolysaccharide (LPS)

3 %, peptidoglycane 3 %, ARN 20 %, ADN 3 %.

13
 Figure 1 : Structure générale d’une bactérie

Coques Gram + en amas Bacilles Gram – mobiles péritriches

Coques Gram + en chainettes Bacilles Gram - capsulés

Diplocoques Gram + capsulés Bacille Gram – mobile polaire

14
Diplocoques Gram - intracytoplasmiques

Bacilles Gram + sporulés

Spore centrale Spore terminale

déformante

Spirilles

Vibrions, Campylobacter

Tréponème

Figure 2 : Morphologie bactérienne - quelques exemples

3. L'ADN CHROMOSOMIQUE
Comme tous les protistes procaryotes, les bactéries possèdent un chromosome constitué d'une
double hélice d'ADN circulaire. Cette double hélice est sous forme compactée, surenroulée grâce à
l'action d'enzymes spécifiques, les topoisomérases. Le chromosome contient de l'ordre de 4
megabases (4 x 106 bases) et porte de l'ordre de 1000 gènes.

Les deux chaînes de nucléotides se répliquent selon le schéma classique de Watson et Crick.

L'appareil génétique est composé à 80% d'ADN (le chromosome), à 10% d'acide ribonucléique ou
ARN (rôle de structuration) et à 10% de protéines. Ces dernières sont représentées en particulier
par :

- Les ADN polymérases qui copient les doubles brins d'ADN,

- Les ARN polymérases qui assurent la synthèse des divers ARN,

15
 - Les topoisomérases, (ex. ADN gyrases), qui compactent et déroulent l'ADN pour permettre
l'action des polymérases.

Ces constituants sont la cible d'action de nombreux antibiotiques : les sulfamides et le

triméthoprime inhibent la synthèse des bases puriques et pyrimidiques, les quinolones inhibent les
topoisomérases; les rifamycines inhibent les ARN polymérases; les nitromidazolés entraînent la
fragmentation de l'ADN chez les anaérobies stricts (Tableau 1).

4. L'ADN EXTRA-CHROMOSOMIQUE : LES PLASMIDES

Les plasmides suivants jouent un rôle considérable en pathologie infectieuse :

4.1. Le facteur sexuel ou facteur F

Le facteur sexuel ou facteur de fertilité (facteur F) assure le transfert de fragments de chromosome
bactérien par conjugaison (appariement de deux bactéries).

4.2. Les plasmides de résistance aux antibiotiques (ou facteurs R)

Les gènes portés par les plasmides peuvent coder pour la synthèse de protéines qui confèrent des
propriétés biologiques diverses : résistance aux antibiotiques; résistance aux antiseptiques
mercuriels, aux métaux lourds (antimoine, argent, bismuth...).

Les plasmides portent des gènes qui confèrent aux bactéries la résistance à divers antibiotiques (ß-
lactamines, aminosides, macrolides, phénicolés, cyclines, sulfamides). Fait très important, la
résistance conférée par un plasmide peut concerner des antibiotiques appartenant à plusieurs
familles si le plasmide porte plusieurs gènes de résistance.

La résistance codée par les gènes plasmidiques est souvent liée à la production d'enzymes qui
inactivent les antibiotiques. Par exemple, des plasmides de résistance très fréquents (ex : chez les
staphylocoques, les gonocoques, les colibacilles...) portent un gène qui code pour la production
d'une pénicillinase qui inactive les pénicillines (pénicilline G, ampicilline...), ce qui rend la bactérie
résistante à ces antibiotiques.

Dans le plasmide, les gènes peuvent être organisés au sein de transposons, fragments d'ADN très
mobiles (cf. génétique bactérienne).

4.3 Les plasmides de virulence

La virulence des bactéries peut aussi être à médiation plasmidique :

Certains plasmides sont responsables de la virulence de certaines espèces bactériennes par le biais
de la production de toxines (ex : colibacilles entérotoxinogènes des diarrhées), de système
d'attachement (ex : adhésines du vibrion du choléra) ou de facteur d'invasion tissulaire (ex :
shigelles de la dysenterie bacillaire).

16
 4.4 Autres fonctions portées par les plasmides
Certains gènes plasmidiques peuvent coder pour la synthèse de bactériocines qui inhibent la
croissance d'autres bactéries (ex. : colicines létales pour les entérobactéries), ou pour des fonctions
métaboliques (métabolisme du lactose chez Proteus)

Enfin, les plasmides portent des gènes qui assurent leur réplication autonome. Certains plasmides
portent aussi des gènes qui assurent leur transfert par conjugaison (plasmides conjugatifs).

5. LE CYTOPLASME BACTERIEN
La structure du cytoplasme bactérien est beaucoup plus simple que celle du cytoplasme des
eucaryotes. Le cytoplasme ne contient pas en effet de mitochondries : les enzymes transporteurs
d'électrons sont associés à la membrane cytoplasmique.

Le cytoplasme est particulièrement riche en ARN libre (ARN messager et ARN de transfert) et
surtout en ARN ribosomal. Les ribosomes sont au nombre de 10 000 environ par bactérie,
représentent 20 % du poids sec de la bactérie et 90 % de l'ensemble de l'ARN.

Les ribosomes sont constitués de protéines ribosomales et de plusieurs molécules d'ARN (ARNr16S,
ARNr23S et ARNr5S). Ils sont anatomiquement divisés en 2 sous-unités : la sous-unité 30S est la
cible des aminosides et des cyclines ; la sous-unité 50S est la cible des macrolides et du
chloramphénicol (Tableau 1).

L'ensemble des constituants cytoplasmiques sont placés dans un gel colloïdal constitué
essentiellement d'eau, à une pression interne considérable (> 5 atmosphères) contenue par la
solidité du peptidoglycane (cf. ci-après).

6. LA MEMBRANE CYTOPLASMIQUE
6.1. La membrane cytoplasmique, ou membrane interne, limite le
cytoplasme (figure1).
Elle est constituée d'une double couche de phospholipides et de protéines qui lui sont associées.
Certaines de ces protéines jouent un rôle dans la synthèse du peptidoglycane, structure qui
recouvre la membrane cytoplasmique, et sont appelées protéines de liaison aux pénicillines (PLP)
car elles sont également la cible d'action des bêta-lactamines, famille d'antibiotiques à laquelle
appartient la pénicilline.

6.2. Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

- Fonction respiratoire par transport d'électrons et phosphorylation oxydative dans les espèces
bactériennes aérobies (rôle équivalent à celui des mitochondries des eucaryotes) ;

- Barrière osmotique et transport actif: la membrane est à la fois une barrière osmotique et un lieu
de transport actif grâce à des enzymes spécifiques (perméases) ;

- Efflux actifs de certaines molécules considérées comme toxiques pour la bactérie ; 17

- Excrétion d'enzymes qui dégradent des polymères du milieu extérieur en sous-unités
suffisamment petites pour pouvoir être importées dans la bactérie à travers la membrane
cytoplasmique ;

- Support d'enzymes assurant le transport vers l'extérieur de molécules (précurseurs) qui sont
intégrées dans les polymères de la paroi (ex : peptidoglycane, LPS...).

6.3. Substances antibactériennes capables de léser la membrane

cytoplasmique :
- Certains antiseptiques et désinfectants,

- Certains antibiotiques, comme les polymyxines (colimycine).

7. LA PAROI BACTERIENNE
Malgré la forte pression osmotique (> 5 atmosphères) qui règne à l'intérieur du cytoplasme
bactérien, la bactérie n'éclate pas grâce à l'existence d'une structure-rigide, appelée paroi, de
nature polymérique. Les polymères et leur mode de liaison varient selon les espèces bactériennes.
Toutefois, une substance de base, spécifique des bactéries, est présente chez toutes les bactéries
"rigides" : le peptidoglycane.

7.1. Le peptidoglycane (Figure 3).

Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de la répétition dans les 3 dimensions d'un
assemblage constitué :

- De 2 hexoses N-acétylglucosamine et acide N-acétylmuramique ;

- D'une chaîne peptidique, composée de 4 acides aminés attachés à l'acide N-acétylmuramique;

Ces monomères sont reliés entre eux par :

- Des liaisons entre les hexoses, assurées par des transglycosylases

- Des ponts interpeptidiques" entre les chaînes peptidiques, assurés par des transpeptidases
(appelées PLP ou PBP, localisées dans la membrane cytoplasmique) (cf. ci-dessus).

A titre d'exemple, la figure 3 donne une représentation schématique du peptidoglycane de

Staphylococcus aureus (le staphylocoque doré) et d’Escherichia coli.

18
 Figure 3 : Structure du peptidogycane

7.2. Autres structures de la paroi (figures 4 et 5)

- Chez les bactéries à Gram positif, il y a de nombreuses couches de peptidoglycane qui
représentent jusqu'à 90 % des constituants de la paroi bactérienne. Celle-ci contient aussi un
feutrage (10 à 50 % du poids sec de la paroi) d'acides teichoïques (polymères du glycérol ou du
ribitol phosphate) associés étroitement au peptidoglycane et faisant parfois saillie à la surface de
la bactérie. Certains, les acides lipoteichoïques, sont placés transversalement et s'ancrent dans la
membrane cytoplasmique.

En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi des bactéries à Gram positif. Parmi les
exceptions, notons la protéine A de Staphylococcus aureus et la protéine M de Streptococcus
pyogenes (cf. chapitre sur ces espèces).

- Chez les mycobactéries, qui sont des bactéries à Gram positif très particulières, la paroi contient
en plus du peptidoglycane :

. Un polysaccharide formé d'arabinose et de galactose (arabinogalactane), lié de manière covalente

au peptidoglycane ;

. Des lipides très longs (90 atomes de carbone), les acides mycoliques liés de manière covalente à
l'arabinogalactane.

La paroi des mycobactéries, très riche en lipide, confère à ces bactéries des propriétés particulières:
résistance naturelle à de nombreux antiseptiques et antibiotiques, propriétés tinctoriales ("acido-
alcoolo-résistance" mise à profit dans la coloration de Ziehl) (cf. chapitre mycobactéries).

19
- Chez les bactéries à Gram négatif, il n'y a qu'une ou deux couches de peptidoglycane qui ne
représente que 5 à 20 % des constituants de la paroi bactérienne. Une autre structure complexe
située à l'extérieur du peptidoglycane ("membrane externe") complète la paroi.

La "membrane externe" est constituée d'un feuillet de phospholipides et d'un feuillet de

lipolysaccharides (LPS) et s'y trouvent associés plusieurs types de protéines spécifiques.

 Le LPS est formé du lipide A auquel est attaché un polysaccharide qui est responsable de la
spécificité antigénique (antigène O), mis à profit pour le sérotypage de certaines bactéries
(ex : sérotypage de salmonelles, de E. coli...).

Sur le plan physiopathologique, le LPS est très toxique, c'est l'endotoxine des bactéries à Gram
négatif.

 Les protéines associées à la paroi

- protéines de structure qui consolident la membrane externe ;

- porines (ex. : OmpC et OmpF de E. coli) qui permettent le passage des petites molécules
hydrophiles et en particulier, sur le plan médical, des antibiotiques (ß-lactamines,
tétracyclines, quinolones...).
- lipoprotéines qui assurent le lien entre le peptidoglycane et la membrane externe.

Acides teichoiques
Membrane externe Porine

peptidoglycane

espace périplasmique
Membrane
cytoplasmique

Figure 4 Figure 5
Bactéries à Gram positif Bactérie à Gram négatif

7.3. Rôle de la paroi

- Elle confère à la bactérie sa morphologie. Elle constitue le squelette externe de la bactérie
(équivalent de la cellulose des végétaux) et représente 25 à 35 % du poids sec de la bactérie.

20
- Elle contient la pression osmotique interne. Sans paroi, les bactéries prennent une forme "molle"
sphérique (protoplaste ou sphéroplaste) et peuvent survivre et même se multiplier à condition
d'être placées dans un milieu dont la pression osmotique est équilibrée avec la pression
osmotique qui règne à l'intérieur de la bactérie (ex : à l'intérieur d'une cellule eucaryote).

- Elle joue un rôle déterminant dans la coloration de Gram. Chez les bactéries à Gram positif, la
paroi épaisse empêche la décoloration par l’alcool du premier colorant (violet de gentiane). En
revanche, les bactéries à Gram négatif sont décolorées par l’alcool et peuvent donc se colorer en
rose (deuxième colorant = fuchsine).

- Elle joue un rôle déterminant dans l'antigénicité des bactéries.

- Elle est le support de l'action de certains enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes

(autolysines) et de certains antibiotiques, notamment les bêta-lactamines (pénicillines) et les
glycopeptides (vancomycine) qui inhibent la synthèse du peptidoglycane.

8. STRUCTURES INCONSTANTES (figure 1)

8.1. La capsule
La capsule est un enduit excrété par certaines bactéries. Elle est habituellement de nature
polysaccharidique (ex : pneumocoque) mais dans certains cas (Bacillus anthracis ou bacille du
charbon) elle est polypeptidique.

La capsule joue un rôle important dans le pouvoir pathogène de certaines espèces bactériennes
(Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae de type b, méningocoque, E. coli K1) par son
rôle protecteur contre la phagocytose.

Le caractère antigénique de la capsule permet le sérotypage et peut être mis à profit pour préparer
des vaccins (pneumocoque, méningocoque, Haemophilus influenzae b)

8.2. Cils ou flagelles

Les cils, ou flagelles, sont des appendices filamenteux, composés entièrement de protéines, de 6 à
15 µm de long sur 12 à 30 nanomètres d'épaisseur. Les protéines flagellaires, appelées flagellines,
sont antigéniques (ex : fièvre typhoïde), ce qui est mis à profit pour le sérotypage (ex : salmonelles).

. Les flagelles sont ancrés dans la membrane cytoplasmique et la paroi par une structure complexe.
Ils constituent les organes de locomotion pour les bactéries qui en possèdent.

8.3. Les pili ou fimbriae

De nombreuses bactéries à Gram négatif (exceptionnellement des bactéries à Gram positif)
possèdent des appendices de surface plus courts et plus fins que les flagelles et que l'on appelle pili
(de pilus = poil), ou fimbriae. On en distingue deux catégories :

21
- Les pili communs, sont des structures protéiques filamenteuses, de 2 à 3 µm de long, disposés
régulièrement à la surface de la bactérie. Ils sont constitués par un polymère d’un polypeptidide
appelé piline, assemblé à des polypeptides mineurs dont l'adhésine. L'adhésine peut interagir
avec un récepteur hydrocarboné (glycolipides ou glycoprotéines) présent à la surface d'une cellule
eucaryote et permettre la fixation de la bactérie sur les muqueuses, ce qui conditionne leur
pouvoir pathogène : fixation de Escherichia coli sur la muqueuse vésicale, du gonocoque sur la
muqueuse de l'urètre, du vibrion cholérique sur les entérocytes...

- Les pili sexuels, plus longs mais en nombre plus restreint (1 à 4 par cellule) que les pili communs
sont codés par des plasmides (facteur F). Ils jouent un rôle essentiel dans l'attachement des
bactéries entre elles au cours de la conjugaison (cf. génétique bactérienne).

8.4. Les spores

Les bacilles à Gram positif des genres Bacillus (ex : bacille du charbon) et Clostridium (ex : bacilles
du tétanos ou du botulisme) sont capables de former des spores.

La spore est le résultat d'une différentiation cellulaire en réponse à des conditions d'environnement
défavorables (absence d'aliments, température...). La spore est une cellule bactérienne au repos,
hautement résistante à la dessiccation, à la chaleur, aux agents chimiques, et qui contient tout ce
qui est essentiel à sa survie, dont bien sûr son génome.

Replacée dans des conditions nutritionnelles favorables, la spore germe et redonne une bactérie
identique à celle qui lui a donné naissance. La spore, forme de résistance aux conditions
défavorables de vie, explique le mode de contamination de certaines maladies (tétanos, botulisme,
charbon, Clostridium difficile en milieu hospitalier).

9. LA CROISSANCE BACTERIENNE
9.1 Les besoins
Comme tout être vivant, les bactéries ont besoin de nutriments pour se multiplier. Sur le plan
qualitatif, elles ont besoin des éléments de structure (C, H, O, N, S, P) et d’éléments spécifiques,
notamment de facteurs de croissance comme certains acides aminés, les bases puriques ou
pyrimidiques, de vitamines et de certains métaux comme le fer. Sur le plan énergétique elles
synthétisent de l’ATP à partir de l’ADP par des réactions d’oxydo-réduction dont l’énergie est fournie
essentiellement par le glucose.

9.2 Les conditions physicochimiques

Elles varient selon le genre ou la famille bactérienne :

 La température optimale de croissance des bactéries pathogènes pour l’homme est proche de
37°C ; on dit que ce sont des bactéries mésophiles (optimum de 20°C à 40°C). Certaines bactéries
sont dites psychrophiles car leur optimum de croissance est en dessous de 20° C. Enfin, les
bactéries thermophiles, de découverte récente, se multiplient à des températures supérieures à
60°C voire 80°C.
22
 Le pH optimum de croissance est en général à la neutralité, il est parfois optimum à l’alcalinité (cas
du vibrion cholérique), et plus rarement à l’acidité.

 La pression osmotique joue aussi un rôle dans la croissance bactérienne. En effet des pressions
osmotiques trop fortes comme la saumure (NaCl > 30 %) empêchent la croissance de certaines
bactéries

 La composition gazeuse de l’environnement joue également un rôle dans la croissance

bactérienne, notamment la pression partielle d’02. La capacité des bactéries à croître ou non en
présence d’oxygène permet de déterminer le type respiratoire (Figure 6)

Aéro/Anaerobie Aérobie strict Microaérophile Anaérobie strict

Figure 6 : Culture en fonction du type de respiration

9.3 Etude de la croissance

L’expression de la croissance bactérienne est différente selon le milieu de culture. Si on travaille
avec des milieux solides, la culture n’est visible que lorsqu’on voit une colonie bactérienne, ce qui
correspond au minimum à un million de bactéries (soit 20 générations). En milieu liquide, la
croissance se manifeste par un trouble de plus en plus important dans le milieu.

On peut mesurer cette croissance par la mesure de la densité optique ou par comptage du nombre
bactérien après repiquage sur milieu solide, une colonie correspondant à un individu bactérien
(UFC, Unité Formant Colonie). On peut ainsi établir un taux de croissance (nombre de division/unité
de temps), une courbe de croissance, et un temps de génération.

Quelques exemples de temps de génération

- Escherichia coli : 17 minutes

- Staphylococcus aureus : 30 minutes
- Lactobacillus acidophilus : 75 minutes
- Mycobacterium tuberculosis : 20 heures
- Treponema pallidum : 33 heures
- Mycobacterium leprae : non cultivable in vitro

23
Chapitre 3 : GENETIQUE BACTERIENNE
L'ADN bactérien peut être l'objet de variations génétiques qui se traduisent par l'apparition de
différences héréditaires dans les structures ou les fonctions des bactéries. Les variations
génétiques, dites aussi génotypiques (le génotype est l'ensemble des déterminants génétiques
portés par une cellule), sont transmissibles (héréditaires) à la descendance et résultent de 2
phénomènes :

- mutations affectant des gènes chromosomiques

- apport de gènes extérieurs par transformation, conjugaison ou transduction.

Les variations génétiques doivent être distinguées des variations phénotypiques (le phénotype est
l'ensemble des propriétés observables d'une cellule). Au contraire des variations génotypiques, les
variations phénotypiques sont non transmissibles (non héréditaires) à la descendance, transitoires
et résultent le plus souvent d'une adaptation à diverses conditions extérieures. Les variations
phénotypiques sont en relation avec la régulation de l'activité de certains gènes par des systèmes
plus ou moins complexes : induction (opéron lactose), répression (opéron tryptophane).

1. VARIATIONS GENETIQUES PAR MUTATION

La mutation est une modification du génome bactérien (ADN), spontanée, discontinue (brusque),
héréditaire (stable), rare (10-6 à 10-9) et indépendante du caractère codé par le gène affecté (non
spécifique, aléatoire).

1.1 Caractères de la mutation bactérienne

a) Spontanéité : La mutation est spontanée et n'est pas induite par l'agent sélecteur (antibiotique
par exemple) qui ne fait que "révéler" la conséquence phénotypique de la mutation. Ce caractère
spontané a été formellement établi par le test "des répliques"

b) La culture par réplique de Lederberg et Lederberg (1952) (Figure 1)

Protocole : Cette expérience est basée sur la technique des répliques qui utilise un morceau de
velours stérile, tendu sur un cylindre dont le diamètre est légèrement plus petit qu'une boîte de
gélose (boite de Pétri), qui permet en appuyant légèrement sur la surface d'une gélose portant des
colonies bactériennes de prélever grâce aux fibres du velours une fraction de chaque colonie.

En appliquant ensuite la surface de ce velours sur une autre gélose vierge, on obtient d'un seul coup
un repiquage de chaque colonie présente sur la première gélose.

On étale un grand nombre de E. coli sur une gélose sans antibiotique. Après inoculation, on observe
d'innombrables colonies confluentes sur cette gélose. On en fait des répliques sur d'autres géloses
contenant un antibiotique. De très rares colonies de mutants résistants à l'antibiotique
apparaissent sur ces boîtes.
24
Un fragment de la culture de la gélose sans antibiotique est alors prélevé à l'emplacement
correspondant à une des colonies de mutants observées sur gélose avec antibiotique. Ce fragment
est ensemencé dans un tube de bouillon sans antibiotique. Un échantillon dilué du bouillon est étalé
sur une boîte de gélose sans antibiotique, dont les colonies (encore confluentes) obtenues après
incubation sont à nouveau "répliquées" sur de nouvelles boîtes contenant l'antibiotique. On
constate qu'il y a maintenant une plus grande proportion de colonies résistantes sur ces dernières
boites que la première fois. On prélève à nouveau un fragment de la culture de la gélose sans
antibiotique à l'emplacement correspondant aux colonies résistantes et on ensemence ce fragment
dans un nouveau tube de bouillon.

Si on répète ce processus plusieurs fois, on obtient des cultures de plus en plus riches en mutants
résistants à l'antibiotique.

Finalement, en n'ensemençant qu'un petit nombre (±100) de bactéries sur gélose sans antibiotique
on obtient plusieurs colonies résistantes par réplique sur gélose avec antibiotique. On peut alors,
sur la gélose sans antibiotique, prélever une seule colonie correspondante et vérifier qu'elle est
composée en totalité de cellules bactériennes résistantes à l'antibiotique.

Interprétation : sans aucun contact direct avec l'antibiotique, on a pu sélectionner une sous-
population constituée entièrement de mutants résistants, ce qui prouve que la mutation
conférant la résistance à l'antibiotique est apparue en l'absence de l'antibiotique qui ne joue dans
l'expérience que le rôle d'agent sélecteur.

Figure 1 : Culture par réplique de Lederberg

Milieu sans
antibiotique 2)

Bo it e d e Pé t r i
san s
an tib io tiq u e
Ré p liq u e a v e c
1) Rép l i q u e av ec
tam p on d e
t am p on d e
v e lo u r s

Milieu avec Milieu avec

streptomycine streptomycine
25
Discontinuité (caractère brusque) : La mutation se produit en une seule étape (loi du tout ou rien).
Toutefois la résistance à certains antibiotiques (par exemple résistance de haut niveau aux
quinolones chez E. coli) résulte de l'addition de plusieurs mutations successives survenant dans un
même gène ou dans plusieurs gènes. Chacune de ces mutations se produit en une seule étape et
"augmente" le niveau de résistance. Le processus est appelé "multiple step resistance" ou
"résistance en plusieurs étapes".

Stabilité : Même en l'absence de l'agent sélecteur, le caractère acquis par la mutation est transmis
à la descendance et se maintient dans les subcultures. La stabilité n'exclut cependant pas la
réversibilité de la mutation ("mutation reverse"), qui est au moins aussi rare que la mutation initiale
(parfois beaucoup plus rare).

Rareté : La mutation est un phénomène rare qui n'affecte qu'une faible fraction de l'ensemble des
cellules bactériennes au sein d'une large population.

Pour une même espèce, la proportion de mutants présents (taux de mutation) au sein d'une
population sauvage peut différer beaucoup selon le caractère considéré. Par exemple, chez
Mycobacterium tuberculosis, la proportion de mutants résistants est de 10-5 pour la streptomycine,
10-6 pour l'isoniazide, 10-7 pour la rifampicine

Bien que rares, les mutants peuvent être sélectionnés au sein d'une population bactérienne
sauvage parce qu'ils possèdent un avantage physiologique dit "sélectif" (ex: vitesse de croissance,
pathogénicité, résistance à un antibiotique...).

Indépendance : La mutation d'un caractère donné ne modifie pas la probabilité de mutation d'un
autre caractère : indépendance des mutations. Il en résulte que la probabilité de deux mutations
simultanées est égale au produit des probabilités de chacune des mutations. La possibilité, chez M.
tuberculosis d'une mutation conférant la résistance, est de 10-5 pour la streptomycine, de 10-6 pour
l'isoniazide et de 10-5 x 10-6 = 10-11 pour la streptomycine et l'isoniazide (base de la
polychimiothérapie de la tuberculose).

Spécificité : La mutation n'affecte habituellement qu'un seul caractère en respectant les autres
(ex. : M. tuberculosis résistant à la streptomycine mais sensible aux autres antibiotiques). Dans
certains cas, lorsque les mutations résultent de la modification d'un gène gouvernant plusieurs
caractères phénotypiques (un opéron), elles peuvent affecter plusieurs caractères (mutation dite
pléiotrope).

1.2 La mutation à l'échelon moléculaire

Tout changement dans la séquence nucléotique d'un gène constitue une mutation. La séquence
nucléotidique peut changer soit par substitution d'une paire de bases par une autre, soit par
cassures de de l'ADN avec délétion, addition ou inversion d'une série de bases entre les deux
cassures.

a) Changement de séquence consécutif à la substitution d'une paire de base : il peut s'agir d'une
transition (ex. : AT est remplacé par GC), ou d'une inversion ou transversion (ex : AT‘TA).
26
La plupart des mutations par substitution sont réversibles (par mutations réverses).
Les mutations peuvent introduire un codon faux-sens (mutations nucléotidiques qui modifient la
séquence en acides aminés de la protéine codée par le gène). Certaines mutations sont silencieuses
(mutations nucléotidiques qui ne modifient pas la séquence en acides aminés de la protéine codée
par le gène), en particulier quand la substitution concerne le 3e nucléotide du codon
(dégénérescence du code génétique).

Lorsque la mutation introduit un codon non-sens, (codon STOP qui arrête la traduction), la protéine
est tronquée et sa fonction est perdue.

b) Changement de séquence consécutive à une cassure de l'ADN : la cassure affecte en général une
série séquencielle de bases et aboutit à la délétion (perte) de la séquence, l’insertion (ajout) d'une
nouvelle séquence, ou encore l'inversion de cette séquence. Ces mutations sont en général non
réversibles et sont souvent létales pour la fonction de la protéine.

2. LES VARIATIONS GENETIQUES PAR TRANSFERT DE MATERIEL

GENETIQUE

Des variations génétiques peuvent résulter du transfert de matériel génétique d'une bactérie à une
autre par des processus aussi différents que la transformation, la transduction et la conjugaison.

2.1 La transformation est un transfert passif d'un fragment nu d'ADN d'une bactérie donatrice
à une bactérie réceptrice.

Découverte de la transformation. En 1928, Frederick Griffith démontre que l'inoculation sous-

cutanée à la souris d'un mélange de pneumocoques capsulés (virulents) tués par la chaleur et de
pneumocoques acapsulés (non virulents) vivants, entraîne une septicémie mortelle à
pneumocoques capsulés vivants (Figure 2). Il y a donc eu "transformation" des pneumocoques
acapsulés en pneumocoques capsulés. La transformation est plus facile lorsque les pneumocoques
acapsulés vivants et les pneumocoques capsulés tués sont du même sérotype capsulaire.

En 1944, Avery Mac Leod et McCarty démontrent que le "principe transformant" est l'ADN
bactérien, (a) en reproduisant in vitro la transformation en présence d'ADN fortement polymérisé
et (b) en montrant que l'activité transformante est perdue en présence de désoxyribonucléase.

27
 Figure 2 : Expérience de Griffith

Caractères de la transformation : La transformation naturelle ou physiologique exige l'état de

compétence de la bactérie réceptrice qui n'apparaît qu'à certains stades de la division cellulaire et
seulement chez une fraction de la population bactérienne. Une transformation artificielle peut être
obtenue par un traitement chimique, enzymatique ou physique de la paroi bactérienne avant sa
mise en contact avec l'ADN.

La transformation naturelle s'observe chez un nombre limité d'espèces bactériennes à Gram positif
(ex : Streptococcus) ou à Gram négatif (ex : Neisseria, Haemophilus).

La transformation se produit selon les phases suivantes (Figure 3) :

- apparition de l'état de compétence de la cellule réceptrice,

- fixation de l'ADN à la surface de cette cellule
- pénétration de l'ADN,
- intégration de l'ADN dans le génome.
Les bactéries transformables sont capables de fixer l'ADN provenant de sources très variées mais
ne sont capables d'intégrer l'ADN que s'il provient d'une espèce génétiquement très proche. Cette
relative spécificité est liée au fait que l'appariement des séquences d'ADN endogènes et exogènes
exige une étroite homologie de ces séquences.

Bien que la transformation ne permette que le transfert d'une petite fraction du génome bactérien
(<1%), soit d'efficacité relativement faible (la fréquence de transfert est de l'ordre de10-4 à 10-6)
et soit limitée à quelques espèces bactériennes, elle est d'un grand intérêt médical et scientifique :
28
- elle joue un rôle important dans l'évolution vers la résistance du pneumocoque, entre autres aux
ß-lactamines,

- elle a permis de mieux comprendre le mécanisme de la synthèse de la capsule, le contrôle

génétique de la résistance aux antibiotiques,

- elle a permis de démontrer l'universalité du code génétique (1961) en infectant des bactéries par
des ADN viraux.

Facteur de

Induction de nucléases
et d’autolysines qui vont
induire l’état de com pétence

Fixation de l’ADN double brin

sur les com plexes

Dégradation d’un des brins de

l’ADN, pénétration de l’autr e
brin dans la cellule et
intégration au chrom osom e

Figure 3 : Les différentes étapes de la transformation bactérienne

29
2.2 La conjugaison, le facteur F, les plasmides conjugatifs

La conjugaison est un transfert actif d'ADN entre une bactérie donatrice et une bactérie réceptrice
qui résulte d'un contact physique entre ces bactéries (Figure 4). La conjugaison repose sur la
présence dans la bactérie donatrice (mâle) d'un facteur de sexualité ou de fertilité (facteur F).
Celui-ci permet la synthèse de pili sexuels et donne la polarité au chromosome.

Mise en évidence de la conjugaison

L'expérience princeps de Lederberg et Tatum (1946) est à l'origine de la découverte de la

conjugaison. Dans un milieu de culture liquide, ces auteurs ont mélangé deux types de mutants
auxotrophes (c'est-à-dire exigeant en élément nutritif) de E.coli, (Figure 4):

- des cellules exigeantes seulement en thréonine (T-) et en leucine (L-)

- des cellules exigeantes seulement en méthionine (M-) et en biotine (B-).

Après plusieurs heures de contact entre les cellules T- L-, (qui sont M+ B+), et les cellules M- B-, (qui
sont T+ L+), ils ont isolé des cellules T+ L+ M+ B+ (environ 100 cellules pour un mélange de 108 cellules
au départ, soit une proportion de 10-6. Il y a donc eu "échange" de caractères : T+ L+ vers les bactéries
T- L- ou de caractères M+ B+ vers les bactéries M- B-.

A (108) B (108) A+B (108)

100 colonies de

bactéries
prototrophes
Milieu minimum

Mutations exclues (proba 10-7/caractère) => il s’agit donc de recombinants

Figure 4 : Conjugaison
30
Caractères de la conjugaison

Spécificité

Le transfert d'ADN par conjugaison ne se produit qu'entre bactéries d'une même espèce ou
d'espèces très proches (spécificité). C'est un mode particulièrement fréquent de transfert
génétique chez les bactéries à Gram négatif telles que les entérobactéries (E. coli, Salmonella...).

Différenciation sexuelle

Le transfert, qui est à sens unique (donatrice -> réceptrice), repose sur la présence chez la bactérie
donatrice du facteur sexuel, ou facteur de fertilité (F), à laquelle il confère la polarité ou le caractère
mâle (F+). Le facteur F est le premier plasmide à avoir été identifié.

L'information génétique du facteur F code pour la biosynthèse de pili sexuels (permet

l'attachement entre bactéries) et pour la mobilisation de l'ADN (transfert vers des bactéries
réceptrices).

Contact ou appariement

Les pili sexuels (2 à 3 par bactérie F+) reconnaissent par leurs extrémités les zones de contact à la
surface des bactéries F- et s'y fixent, puis se rétractent en rapprochant les deux cellules. Ils
permettent ainsi leur contact et la formation d'un pont cytoplasmique de 100 à 300 µm par lequel
va s'opérer le transfert d'ADN (Figure 5).

Pi l i sexu el
F+ F-

Figure 5 : Formation du pont cytoplasmique

NB : les pili F ont un rôle essentiellement d’attachement à la bactérie femelle.

Transfert de l'ADN

Le pont cytoplasmique formé, le transfert d'ADN peut commencer. Il ne porte que sur un brin
d'ADN, ce qui permet de restaurer l'intégrité du génome de la bactérie donatrice par réplication Le
transfert du brin d'ADN est à sens unique, orienté, progressif, parfois total.

31
Il commence par les premiers gènes répliqués, c'est-à-dire ceux situés en aval immédiat de l'origine
de réplication. Le nombre et la nature des caractères transférés dépend de la localisation
du facteur F.

a) Facteur F intégré dans le chromosome bactérien

Dans ce cas, le transfert débute par les gènes chromosomiques en aval immédiat du site
d'insertion et les premiers gènes transférés sont donc à haute fréquence de transfert ("Hfr")
(Figure 6). Le transfert des gènes du facteur F ne peut se produire que lorsque tous les gènes
chromosomiques ont été transférés.

b) Facteur F intégré à un plasmide : plasmides conjugatifs

Lorsque le facteur F est intégré dans un plasmide, le résultat est un plasmide conjugatif
(cf. ci-dessous) capable de transférer les gènes qu'il porte à une bactérie réceptrice : c'est la F-
duction ou sex-duction (Figure 6). De nombreux plasmides portant des gènes de résistance
aux antibiotiques sont des plasmides conjugatifs.

Le transfert d'ADN extra-chromosomique par plasmide conjugatif est plus répandu parmi les
espèces bactériennes et est moins spécifique d'espèce que ne l'est le transfert de gènes
chromosomiques lorsque le facteur F est intégré au chromosome.

Conjugaison, plasmides et évolution

Le transfert de gènes par conjugaison (gènes chromosomiques ou plasmidiques) est un facteur

majeur d'évolution du patrimoine génétique bactérien, qui joue un rôle essentiel en bactériologie
médicale (résistance aux antibiotiques...).

32
 F+ F- Hfr F-

A (croisement F+ x F-) B (croisement Hfr x F-)

Figure 6 : Le mécanisme de la conjugaison bactérienne. Le fragment intégré est en gras

33
2.3 Structure générale des plasmides (Figure 7)

Le terme de plasmide a été créé en 1952 par Lederberg pour désigner tout élément génétique
cytoplasmique extra-chromosomique, comme le facteur F. Les plasmides de résistance aux
antibiotiques ont été découverts en 1956 au Japon à l'occasion d'une épidémie de dysenterie
bacillaire (Shigella dysenteriae) à bacilles résistants.

Les plasmides sont des molécules d'ADN bicaténaire, circulaires et indépendantes du chromosome,
de petite taille (10 à 1000 fois plus petit que le chromosome), se repliant d'une manière autonome
et non indispensables au métabolisme normal de la cellule-hôte. Les plasmides confèrent aux
bactéries qui les hébergent de nombreux caractères génétiques supplémentaires. Ils représentent
un élément essentiel d'adaptation bactérienne. Ils sont responsables d'épidémies de gènes à
travers le monde bactérien, notamment de gènes de résistance aux antibiotiques.

Figure 7 : Structure générale d’un plasmide

34
 2.4 La transduction

La transduction est le transfert d'ADN bactérien par l'intermédiaire de bactériophages (ou phages).
Ceux-ci sont des virus de bactéries, qui existent (Figure 8):

- sous forme virulente : multiplication dans la bactérie

- sous forme tempérée : intégration dans le chromosome bactérien, réplication en même temps
que le chromosome, pas de lyse. Dans ce cas, le bactériophage est appelé prophage et la bactérie
qui en est porteuse est appelée bactérie lysogène.

Dans une population de bactéries lysogènes, un prophage se libère de temps à autre du

chromosome bactérien, devient virulent, se multiplie, provoque la lyse de la bactérie et peut donc
infecter de nouvelles bactéries. Au cours de l'excision du chromosome, le phage peut emporter des
gènes chromosomiques bactériens. Il peut alors assurer le transfert de ces génomes d'une bactérie
à une autre.

infection induction

cycle cycle
Lyse cellulaire
lytique lysogène

formation de nouvelles clone lysogène

particules de phages
prophage

Figure 8 : Cycle lytique ou lysogène d’un phage dans une bactérie

35
Caractères de la transduction

Incidence

La transduction concerne les espèces à Gram positif (staphylocoque, streptocoque) ou à Gram

négatif (entérobactéries).

Résultat de la transduction

Dans certains cas, le génome du bactériophage contient en lui-même un nouveau caractère très
important pour la bactérie réceptrice : sécrétion de la toxine diphtérique par une corynébactérie,
sécrétion de la toxine érythrogène par un streptocoque A (scarlatine). On dit alors qu'il y a eu
conversion lysogénique (Figure 9). La conversion et la transduction sont des phénomènes qui font
tous deux intervenir un bactériophage. Mais, dans le premier cas, c'est le génome du bactériophage
qui est responsable du nouveau caractère acquis par la bactérie ; dans le second cas, le
bactériophage a seulement un rôle de vecteur et le génome transféré provient d'une autre bactérie.

Phage

Bactérie donneuse

Phages hébergeant
des gènes du donneur

Bactérie transduite Recombinaison Bactérie réceptrice

Figure 9 : Conversion lysogénique

Conclusions

Le transfert d'ADN bactérien par transduction a été très utilisé par les généticiens en raison de sa
faible fréquence (10-6), de son caractère partiel (1-2% du génome bactérien) et de sa relative non-
spécificité. Elle a probablement joué, plus que la transformation mais moins que la conjugaison, un
rôle important dans l'évolution bactérienne.

36
3. LES VARIATIONS GENETIQUES PAR REMODELAGE INTERNE

La transposition - Les transposons, les séquences d’insertion

3.1 Les transposons

La constatation, en 1971, par N. Datta, du passage ("saut") d'un gène de résistance aux bêta-
lactamines d'un plasmide à un autre plasmide appartenant à des classes d'incompatibilités
différentes au sein d'une même bactérie a fait découvrir l'existence de gènes "sauteurs" ou mobiles
portés par des transposons.

Le transposon (Figure 10) est constitué d'un fragment d'ADN limité de part et d'autre par des
séquences répétitives inversées (IR) qui encadrent des séquences d'insertion (IS) qui portent les
gènes nécessaires à la transposition par excision/intégration (tnpA). La partie centrale du
transposon porte les marqueurs spécifiques (exemple : gènes de résistance aux antibiotiques). La
transposition joue un rôle majeur dans évolution bactérienne en permettant l'échange de gènes
entre plasmides et entre plasmides et chromosomes.

L'acquisition de ces gènes se traduit par une augmentation de taille du plasmide ou du chromosome
récepteur et l'acquisition de propriétés nouvelles. L'intégration dans le plasmide ou le chromosome
se fait directement en l'absence "d'homologie" de séquence (recombinaison dite "illégitime").

3.2 Les séquences d’insertion (Figure 10)

Une séquence d’insertion s’insère sur une séquence cible, entraînant sa duplication ; en s’excisant,
elle laisse sa trace d’insertion, entraînant le plus souvent l’inactivation du gène ciblé.

Certaines séquences d’insertion apportent dans leur extrémités 3’ des séquences très proches des
séquences « consensus » de promoteurs procaryotes, permettant ainsi l’expression à haut niveau
des gènes en aval de l’insertion, gènes dont l’expression était initialement soit silencieuse soit à bas
niveau (Figure 11).

D’autres séquences d’insertion sont capables au moment de leur déplacement d’emmener une
partie de l’ADN adjacent. En termes de résistance aux antibiotiques, bon nombre de gènes de
résistance provenant du chromosome de bactéries de l’environnement ont été ainsi mobilisés sur
des plasmides conjugatifs.

IRg tnpA IRd

Séquence d’insertion

IRg tnpA IRd R1 IRg tnpA IRd

Transposon composite de type Tn5

37
 Transposon non composite de type Tn3

IRg R2 res tnpR tnpA IRd

Figure 10 : Structure générale des séquences d’insertion et des transposons

Tnp : transposase

-35 -10
nnnTTGAAAnnnnnnnnnnnnnTACAATnnnnnnn

ATG

tnpA
CTX-M-15
ATG

ATG
CMY-4
ISEcp1

Terminal Repeat (IRR)

Figure 11 : La séquence d’insertion ISEcp1 apporte une séquence promotrice

38
Chapitre 4 : FAMILLES D’ANTIBIOTIQUES
Item de connaissances 177 : questions de rang A
Connaître la définition d'un antibiotique
Connaître la définition du spectre antibactérien
Connaitre les différentes classes d'antibiotiques
Connaître les principes du mode d'action d'un antibiotique
Définition et principaux antibiotiques à risque générateur de résistance
Définition et principaux antibiotiques à risque générateur de résistance élevé
Comprendre le bon usage des antibiotiques chez l'adulte
Bactéries les plus fréquentes au cours des infections de l'enfant
Prescription d'une antibiothérapie chez le nourrisson et l'enfant
Comprendre le bon usage des antibiotiques chez l'enfant

Les antibiotiques sont des substances capables de détruire les bactéries (antibiotiques
bactéricides), ou d'en inhiber la croissance (antibiotiques bactériostatiques).
Le spectre antibactérien est l'ensemble des bactéries sur lesquelles l'antibiotique est actif.
La résistance bactérienne aux antibiotiques peut provoquer des infections plus difficiles à traiter
que celles dues à des bactéries non résistantes. Elle entraîne une augmentation des dépenses
médicales, une prolongation des hospitalisations et une hausse de la mortalité.
Dans certaines situations cliniques, les patients ne peuvent être correctement traités par aucun des
antibiotiques disponibles notamment lorsqu’ils sont infectés par des bactéries toto-résistantes aux
antibiotiques. Ces situations peuvent donner lieu à des complications, voire au décès du malade.
La résistance bactérienne aux antibiotiques peut nécessiter l’utilisation chez certains patients
d'antibiotiques plus onéreux, ou ayant des effets secondaires plus graves ou nécessitant davantage
de traitements invasifs (obligeant l’hospitalisation du patient).

Certains antibiotiques sont particulièrement générateurs de résistances bactériennes :

- association amoxicilline-acide clavulanique
- céphalosporines : plus grande préoccupation pour les spécialités administrées par voie orale que
par voie injectable ; plus grande préoccupation pour les céphalosporines de troisième et quatrième
générations
- fluoroquinolones

39
 1. CLASSIFICATION PAR FAMILLE (structure chimique de base)
FAMILLE SOUS-FAMILLE MOLECULES
Pénicilline G (IV ou IM) et V (PO)
β-LACTAMINES PENICILLINES Pénicillines M : (méticilline), oxacilline,
(cycle β-lactame) cloxacilline
Pénicilline A = aminopénicilline : ampicilline,
amoxicilline
Carboxypénicillines : ticarcilline
Uréidopénicillines : pipéracilline
Pénicillines + inhibiteur de β-lactamase :
Amoxicilline + acide clavulanique (Augmentin®)
Pipéracilline + tazobactam (Tazocilline®)
Céphalosporines de 1ère génération (C1G) :
CEPHALOSPORINES céfalotine, céfazoline
Céphalosporines de 2ème génération (C2G) :
céfamandole, céfuroxime
Et céphamycines : céfoxitine
Céphalosporines de 3ème génération (C3G) :
 Injectables : céfotaxime (Claforan®),
ceftriaxone (Rocéphine®), ceftazidime
(Fortum®), céfépime (Axépim®),
ceftaroline
 Orales : céfixime, cefpodoxime-proxétil
Céphalosporine + inhibiteur de β-lactamase :
Ceftazime + avibactam (Zavicefta®)
Ceftolozane + tazobactam (Zerbaxa®)
MONOBACTAMES Aztréonam
CARBAPENEMES Ertapénème, imipénème, méropénème
Gentamicine
AMINOSIDES Tobramycine
Amikacine
Acide nalidixique
QUINOLONES Fluoroquinolones
Ofloxacine, ciprofloxacine
Fluoroquinolones à activité
« antipneumococciques » :
Lévofloxacine, moxifloxacine
GLYCOPEPTIDES Vancomycine
GLYCOPEPTIDES Teicoplanine
et LIPOPEPTIDES Daptomycine
LIPOPEPTIDES

MACROLIDES MACROLIDES Groupes suivant le nombre d’atomes du cycle

et macrolactone :
APPARENTES  14 : érythromycine, clarithromycine
40
  15 : azithromycine
 16 : josamycine, spiramycine
LINCOSAMINES Clindamycine, lincomycine
SYNERGISTINES Pristinamycine (Facteurs A et B)
Quinupristine - Dalfopristine
KETOLIDES Télithromycine
Tétracyclines : tétracycline, minocycline ,
CYCLINES doxycycline
Glycylcyclines : tigécycline
Sulfaméthoxazole + triméthoprime
SULFAMIDES Sulfadiazine + pyriméthamine
Linézolide
OXAZOLIDINONES Tédizolide
Rifampicine
RIFAMYCINES Rifabutine
Colistine
POLYMYXINES
Métronidazole
IMIDAZOLES
Acide fusidique
AUTRES Fosfomycine
Furanes
Phénicolés : chloramphénicol

41
2. MECANISMES D’ACTION

FAMILLES MECANISME D’ACTION CIBLES SPECIFIQUES

Enzymes de synthèse des

Fosfomycine
précurseurs du PG

PLP (protéine de liaison des

β-lactamines Inhibition de la synthèse du
pénicillines)
peptidoglycane (PG)

Glycopeptides Peptide D-ala D-ala

Sulfamides
Inhibition de la synthèse des folates Enzymes de la voie de synthèse
Triméthoprime

Quinolones Inhibition de la réplication de l’ADN Gyrase et topoisomérase IV

Inhibition de la transcription de
Rifamycines ARN polymérase
l’ADN

Aminosides
Ribosomes (sous-unité 30S)
Cyclines

Macrolides Inhibition de la synthèse protéique

Oxazolidinones Ribosomes (sous-unité 50S)

Phénicolés

Altération de la structure Membranes externe +

Polymyxines
membranaire cytoplasmique

Lipopeptides Dépolarisation membranaire

Membrane cytoplasmique
(daptomycine) calcium dépendante

42
Cas des antituberculeux
Parmi ces antibiotiques certains ont un spectre large comme la rifamycine (rifampicine), d’autres
ont un spectre étroit limité aux mycobactéries comme l’isoniazide et le pyrazinamide qui inhibent
la synthèse des acides mycoliques (constituants de la paroi) ou comme l’éthambutol qui empêche
la fixation de ces mêmes acides mycoliques dans la paroi.

3. SPECTRE NATUREL D’ACTIVITE DES ANTIBIOTIQUES

ATTENTION : Ces tableaux ne tiennent pas compte des résistances acquises
Tableau 1- Spectre naturel d’activité des β-lactamines

*Entérobactéries du groupe 0/1 : E. coli, Shigella, Salmonella, Proteus mirabilis

**Entérobactéries du groupe 2 (pénicillinase chromosomique) : Klebsiella pneumoniae, K. oxytoca,
Citrobacter koseri
***Entérobactéries du groupe 3 (céphalosporinase chromosomique) : Enterobacter cloacae,
Citrobacter freundii, Serratia marcescens, Morganella morganii

Activité variable (NB : les entérocoques sont naturellement résistants aux C3G ; (ex : la
ceftazidime est inactive sur les bactéries à Gram positif y compris les staphylocoques)

43
 Tableau 2- Spectre naturel d’activité des autres familles d’antibiotiques

*Entérobactéries du groupe 0/1 : E. coli, Shigella, Salmonella, Proteus mirabilis

**Entérobactéries du groupe 2 (pénicillinase chromosomique) : Klebsiella pneumoniae, K. oxytoca
Citrobacter koseri
***Entérobactéries du groupe 3 (céphalosporinase chromosomique) : Enterobacter cloacae,
Citrobacter freundii, Serratia marcescens, Morganella morganii

1Aminosides : privilégier gentamicine pour les cocci à Gram positif et l’amikacine pour les bacilles à
Gram négatif

2Fluoroquinolones : meilleure activité des FQ « antipneumococcique » pour les cocci à Gram positif

44
4. PROPRIETES PHARMACOCINETIQUES ET PHARMACODYNAMIQUES

Diffusion Activité
Antibiotiques Administration Elimination
tissus os LCR IC* antibactérienne

Bactéricide tps
β-lactamines PO, IM, IV Rénale ++ ++ variable 0
dépendant

Bactéricide Cc
Aminosides IV Rénale + + médiocre +
dépendant

Bactéricide Cc
FQ PO, IV Rénale +++ +++ ++ +++
dépendant

Cyclines PO, IV Biliaire +++ +++ médiocre ++ Bactériostatique

Macrolides &
PO, (IV) Biliaire +++ +++ faible +++ Bactériostatique
apparentés

Teico
IV, IM
++> Bactéricide tps
Glycopeptides possible pour Rénale ++ faible 0
dépendant
teicoplanine Vanco
+

Phénicolés PO Biliaire +++ ++ ++ ++ Bactériostatique

Bactéricide (dans le
Sulfamides-
PO, (IV) Rénale ++ +++ ++ + cadre de
triméthoprime
l’association des 2)

Rifampicine PO, IV, collyre Biliaire +++ +++ +++ ++

*intracellulaire

5. PRINCIPAUX EFFETS INDESIRABLES

 ß-lactamines : allergie
 Aminosides : néphrotoxicité (réversible) et toxicité cochléo-vestibulaire (irréversible)
 Cyclines : phototoxicité, anomalies osseuses et dentaires (coloration brunâtre et hypoplasie
de l’émail) chez l’enfant
 Phénicolés : toxicité hématologigue
 Quinolones : tendinopathies surtout si sujet âgé et corticothérapie, toxicité sur cartilages de
croissance, phototoxicité
 Glycopeptides : « Red Man Syndrome » (perfusion trop rapide), néphrotoxicité
 Daptomycine : rhabdomyolyse
 Oxazolidinones : toxicité hématologique
 Sulfamides : hypersensibilité (syndrome de Stevens-Johnson, Syndrome de Lyell),
hématotoxicité
45
 Macrolides : troubles digestifs
6. PRINCIPALES CONTRE-INDICATIONS

Terrain

Femme enceinte Nouveau-né Enfant < 8ans

β-lactamines ok ok ok

Aminosides CI1 ok ok

Quinolones CI2 CI CI 3

Cyclines CI CI CI

Macrolides & apparentés ok ok ok

Sulfamides & triméthoprime CI CI ok

Phénicolés CI ok ok

CI : contre-indiqué

1 : sauf si le pronostic vital est en jeu

2 : sauf au deuxième trimestre de la grossesse
3 : peuvent être prescrit chez l’enfant en cas d’infection sévère

46
 MOTS CLES et RESUME GENERALITES
ANATOMIE FONCTIONNELLE DES BACTERIES

Bactéries : êtres unicellulaires de type protistes procaryotes ; taille de 1 à 10µm (visibles en

microscopie optique)

Support de l'information génétique : chromosome unique circulaire libre dans le cytoplasme ;

constitué d'ADN et répliqué par une ADN polymérase pour assurer la multiplication bactérienne.
Certaines bactéries possèdent, en plus, des plasmides ou éléments d'ADN extrachromosomiques
ayant une réplication autonome.

Synthèse des protéines : assurée dans le cytoplasme par transcription de l'ADN en ARN messager
(par une ARN polymérase) puis traduction au niveaux des ribosomes.

Paroi des bactéries : à l'extérieur de leur membrane cytoplasmique qui assure la cohésion et la
forme de la bactérie (cocci, bacilles, spirochètes); comporte toujours une structure commune : le
peptidoglycane, polymère de sucres (N-acétyl muramique - N-acetyl glucosamine) et des
tétrapeptides.

Chez les bactéries à Gram négatif (ex. Escherichia coli), le peptidoglycane est recouvert, par une
membrane externe qui contient du lipopolysaccharide (antigénique : antigène O ; très toxique:
endotoxine).

Capsule : présente chez certaines bactéries (en général polysaccharidique) ; facteur de protection
de la phagocytose (pathogénicité) et est antigènique (ex. pneumocoque, méningocoque), ce qui
permet la préparation de vaccins (ex. : pneumocoque, méningocoque, Haemophilus influenzae b).

Structures externes, mobilité et adhésion :

flagelles : organites qui permettent aux bactéries d'être mobiles.
pili (fimbriae) qui leur servent à adhérer (adhésine) aux structures cellulaires de l'hôte
(pathogénicité).

La production d'une substance polysaccharidique exogène (slime) permet à certaines bactéries

d'adhérer à des substances inertes (ex. : prothèses) et de se protéger du milieu extérieur (ex.
staphylocoques).

Spore : Certaines bactéries (Bacillus et Clostridium) ont la possibilité de survivre dans des
circonstances défavorables (état stationnaire sans réplication) sous la forme de spore.

47
PRINCIPE DE LA COLORATION DE GRAM

Coloration qui repose sur la différence fondamentale entre la paroi des bactéries à Gram positif
et à Gram négatif.
Elle repose sur l’utilisation de 2 colorants : 1/ le violet de gentiane, 2/ la fuchsine (rose) et un
agent décolorant (alcool)
Les étapes :
- Les bactéries sont étalées sur une lame de verre (frottis) puis fixées par l’alcool (ou la
chaleur)
- Le frottis est ensuite recouvert du violet de gentiane (30s)
- Le frottis est soumis à l’alcool (étape de décoloration) pendant quelques secondes puis rincé
à l’eau (les bactéries Gram négatif sont décolorées)
- Le frottis est recouvert de la fuchsine (contre-coloration) (30s) puis rincé et séché.
- L’examen de Gram est observé au microscope optique (immersion avec une goutte d’huile
et objectif 100)

Les parois des bactéries à GRAM négatif ont un taux élevé de lipides et une fine couche de
peptidoglycane. L'alcool (décolorant) extrait le lipide, et rend la paroi des bactéries à GRAM négatif
plus poreuse incapable de retenir le violet décolorant ainsi la bactérie.
Le peptidoglycane plus épais et le degré de réticulation plus élevé piège le violet plus efficacement,
ce qui rend la paroi GRAM positif moins sensible à la décoloration.

GRAM NEGATIF GRAM POSITIF

48
ACTION DES ANTIBIOTIQUES

Les antibiotiques sont des substances naturelles ou de synthèse qui empêchent la division
bactérienne (bactériostase) ou arrêtent la vie cellulaire (bactéricidie) en agissant spécifiquement
sur un des constituants bactériens.
Par exemple :
- les ß-lactamines et les glycopeptides inhibent la synthèse du peptidoglycane (paroi)
- les aminosides, les phénicols et les cyclines inhibent la synthèse protéique en interagissant avec
les ribosomes
- les quinolones inhibent la réplication de l’ADN et la transcription en interagissant avec l'ADN
gyrase
- les sulfamides inhibent la synthèse des acides nucléiques
- la rifampicine inhibe la RNA polymérase

DETERMINATION DE LA SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

-Détermination de la CMI en milieu liquide ou solide (dilutions croissantes d’antibiotiques en

contact avec un inoculum standardisé de la bactérie). La CMI est la plus petite concentration
capable d’inhiber la croissance visible à l’œil (bactériostase).
-L’antibiogramme par diffusion en milieu gélosé (méthode des disques) : permet de tester
simultanément plusieurs antibiotiques en une seule opération ; il n’explore que la bactériostase.
l’Inoculum bactérien calibré est déposé à la surface d’une gélose (standardisée) puis des disques
imprégnés d’une quantité définie d’antibiotique sont déposé. L’antibiotique diffuse dans la gélose
et crée un Gradient de concentration autour du disque. Après incubation (18h 35 ± 2°C) la mesure
des zones d’inhibition (diamètre) d’apprécier la CMI (droite de régression). L’interprétation se fait
par rapport à des « bornes » ou concentrations critiques (établies pour chaque antibiotique sur la
base des données microbiologiques, pharmacologiques et épidémiologiques). Dans la majorité des
cas, il y a une concentration critique basse ou c et une concentration critique haute ou C (qui sont
ainsi reliées aux diamètres critiques (d et D).
Il existe des automates réalisant des antibiogrammes automatisés en milieu liquide.

49
Les catégories cliniques

 S : Sensible à la posologie standard. Une bactérie est dite sensible dans ce cas lorsqu’il y a une
probabilité élevée de succès thérapeutique.
 R : Résistant. Une bactérie est dite résistante lorsqu’il y a une forte probabilité d’échec
thérapeutique même en cas de forte exposition de la bactérie à l’antibiotique.
 I (zone d’incertitude) Sensible à forte posologie de l’antibiotique testé. C’est à dire qu’il y a une
forte probabilité de succès thérapeutique si l’exposition de la bactérie à l’antibiotique est
augmentée : soit par l’utilisation de l’antibiotique avec des posologies élevées, soit par une
concentration spontanément élevée de l’antibiotique au niveau du site de l’infection en
raison de ses caractéristiques pharmacocinétiques.

Choix des antibiotiques testés: malgré la grande diversité des antibiotiques disponibles, ils sont
choisis selon leur spectre d’activité, leur capacité à détecter les mécanismes de résistance pour
effectuer une lecture interprétative.

Associations d’antibiotiques

 Élargir le spectre
* surtout dans les prescriptions d’antibiothérapies de 1ère intention (probabilistes)
* infection poly-microbienne
 Diminuer le risque de sélectionner un mutant résistant
* Fonction du germe ex: BK
* Fonction de l’ATB : ex : rifampicine, acide fusidique ( quinolones à ne jamais
prescrire en monothérapie)
 Synergie : obtenir un effet bactéricide plus intense

Dosages d’antibiotiques

 Adapter la posologie pour 1/ Vérifier l’efficacité (taux suffisant) 2/ Sans toxicité

(taux inférieur au seuil établi)
 Dans le sang
 Surtout si 1/ traitement prolongé, 2/ terrain particulier (patient âgé, insuffisant
rénal ou hépatique …)
 ATB toujours dosés : aminosides et glycopetides
 Quand prélever ?
o Au pic sérique (taux maxima)
Efficacité : ATB concentration-D
Fin IV ou perf ; 45 min après IM ; 2-3h si per os
o A la vallée (taux résiduel) = juste avant nouvelle administration
Efficacité : ATB temps-D (glycopeptides)
Toxicité : ATB concentration-D (aminosides) 50
GENETIQUE BACTERIENNE

L'ADN bactérien est l'objet de variations génétiques qui peuvent entraîner des changements
phénotypiques.
Les mutations bactériennes sont des événements spontanés, rares, stables (mais la réversibilité
est possible). Elles peuvent entraîner la sélection des bactéries lorsqu'elles confèrent un "avantage
sélectif », physiologique (ex. : plus grande vitalité), ou du fait de la résistance à l'agent sélecteur
(antibiotique par exemple). Au niveau moléculaire, la mutation correspond soit à la substitution
d'une paire de bases par une autre (transition ou transversion), soit à la perte (délétion), l'addition
ou l'inversion d'un fragment d'ADN.
La bactérie peut également être l'objet de variations génétiques résultant du transfert de matériel
génétique d'une bactérie à une autre par transformation, conjugaison ou transduction.
La transformation est l'acquisition par une bactérie réceptrice en état de compétence d'un
fragment d'ADN exogène qui s'intègre au génome de la cellule réceptrice.
La conjugaison est un transfert orienté d'ADN entre une bactérie donatrice et une bactérie
réceptrice, qui met en jeu des pili sexuels codés par le facteur F (petit plasmide, facteur de fertilité)
permettant un contact physique entre les cellules.
La transduction est le transfert d'ADN bactérien par l'intermédiaire d'un bactériophage (virus des
bactéries).
Enfin, les plasmides (ADN circulaire à réplication autonome) et les transposons (fragments d'ADN
limités par des séquences répétées inversées et codant pour les gènes nécessaires à la
transposition) facilitent la diffusion des gènes qu'ils portent (en particulier gènes de résistance aux
antibiotiques et gènes de pathogénicité) et représentent un mécanisme particulièrement efficace
d'évolution génétique et d'adaptation des bactéries à leur environnement.
Il existe d’autres structures qui participent à la diffusion de gènes comme les transposons et les
intégrons (systèmes de captures de gènes).

51
Chapitre 5 :
LES FLORES MICROBIENNES NORMALES DE
L'HOMME – RELATIONS HOTE/PATHOGENE
Les flores microbiennes constituant des écosystèmes sont composées de micro-organismes divers
comme les bactéries, archées, champignons, protistes et virus.

L’organisme humain abrite des centaines de milliards de bactéries (peau, bouche, nez et tube
digestif) qui constitue un écosystème à part entière, appelé microbiote, (représente 1,5 à 2 kg et
joue un rôle indispensable (métabolisme, immunité, vieillissement...).

L’infection est une maladie provoquée par un agent pathogène. Les maladies infectieuses sont
dues à des interactions variables entre un agent infectieux et un hôte possédant des mécanismes
de défense spécifiques ou non : ces interactions sont nommées « relations hôte-pathogène ».

Le terme de pathogénicité se rapporte à une espèce, le terme virulence se rapporte à l’ampleur de

la propriété pathogène de l’agent infectieux. A ces définitions, s’ajoutent la sensibilité de l’hôte
(homme ou animal) et la réceptivité d’un individu donné de l’hôte sensible.

La virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion qualitative.
Par ex, pour un même pouvoir pathogène, il peut exister des souches plus ou moins virulentes
(Shigella dysenteriae et Shigella flexneri sont responsables de dysenterie bacillaire mais avec des
doses infectantes très différentes : qq bactéries pour SD mais plusieurs milliers nécessaires pour
SF ; SF est donc moins virulente).

1. CLASSIFICATION " FONCTIONNELLE" DES BACTERIES EN INFECTIOLOGIE

1.1 Espèces pathogènes / Espèces intrinsèquement pathogènes :
- Les bactéries pathogènes sont responsables d’une maladie même chez un sujet sain (ex :
tuberculose, choléra, typhoïde, méningite…)

Réservoir : homme malade ± animaux malades ; mais aussi parfois les porteurs
asymptomatiques de bactéries pathogène (ex : le pneumocoque, le méningocoque qui
appartiennent à la flore commensale).

1.2 Espèces commensales :

Espèces comportant les flores de l'homme normal, potentiellement pathogènes (pathogène
opportuniste) pour certaines.
- Réservoir : homme sain
. Pathogènes opportunistes majeurs : Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae,
Staphylococcus aureus
. Pathogènes opportunistes mineurs : streptocoques non hémolytiques, staphylocoques à
52
coagulase négative.
 1.3 Espèces saprophytes :
Espèces de la nature, potentiellement pathogènes pour certaines.
- Réservoir : sol, eau, plantes
. Pathogènes opportunistes majeurs (Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes,
Clostridium tetani, Clostridium botulinum)
. Pathogènes opportunistes mineurs : Serratia, Pseudomonas.

2. LA FLORE BACTERIENNE COMMENSALE OU MICROBIOTE

De nombreuses bactéries sont normalement présentes sur la peau et les muqueuses des sujets
sains. Elles constituent les flores commensales résidentes ou microbiote. Celles-ci participent
activement au maintien de la santé. Par exemple, le microbiote intestinal un rôle dans les fonctions
digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. Il aide à l'absorption des aliments, participe
à la synthèse de certaines vitamines (K, B12), régule différentes voies métaboliques (absorption
des acides gras, du calcium, magnésium). Il est indispensable au rôle de barrière de la paroi
intestinale, qui est confrontée à un flot d’antigènes d’origine alimentaire ou microbienne. Il
prévient par son équilibre la prolifération de bactéries commensales potentiellement dangereuses
(Clostridium difficile) et gêne la colonisation par des bactéries pathogènes.

Les bactéries commensales peuvent être réparties en 4 flores principales (cutanée, respiratoire,
génitale et digestive).

2.1 La flore cutanée est variable en qualité et en quantité (102 à 106/cm2) selon la
topographie.
- La flore résidente est formée d'espèces à Gram + potentiellement peu pathogènes
. Staphylocoques à coagulase négative
. Corynébactéries
- La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des espèces potentiellement
pathogènes provenant du tube digestif ou du rhinopharynx :
. Entérobactéries
. Staphylocoque doré (Staphylococcus aureus).
Les mains portent souvent une flore transitoire abondante, d'où leur rôle essentiel dans la
transmission croisée, par exemple des bactéries multirésistantes (staphylocoque doré résistant
à la méticilline, ou SARM) en milieu hospitalier, ou des pathogènes fécaux dans les collectivités

2.2 La flore de l'arbre respiratoire supérieur est très variable et abondante au

niveau du rhinopharynx (108/ml de sécrétions pharyngées). Elle contient de nombreuses
bactéries commensales potentiellement pathogènes (opportunistes majeures) :

. Streptocoques (groupables ou non, dont S. pneumoniae)

. Haemophilus, dont H. influenzae
. Neisseria (éventuellement Neisseria meningitidis dont le portage est transitoire)
. Staphylocoque doré (fosses nasales antérieures en particulier)
53
. Anaérobies, corynébactéries, lactobacilles.
Au niveau de la trachée, la flore est minime et activement combattue par le mucus, les cils, les
macrophages, etc… L'arbre respiratoire inférieur est stérile.

2.3 La flore génitale joue un rôle de protection, essentiel chez la femme (108/ml de
sécrétions), en particulier entre la puberté et la ménopause. Les oestrogènes favorisent la
constitution au niveau du vagin de réserves de glycogène. Celui-ci sera dégradé par les
lactobacilles en acide lactique, entretenant le pH vaginal à des valeurs très basses et protégeant
le vagin de la colonisation par des germes pathogènes.

Chez la femme en période d’imprégnation oestrogénique, une flore vaginale équilibrée est une
flore dominée par les lactobacilles (bacilles de Döderlein)

De la naissance à la puberté et après la ménopause : la faible sécrétion hormonale entraine un

pH vaginal élevé et une flore commensale variée et équilibrée

Elle peut être composée de :

. Lactobacilles (Flore lactique, bacille de Doderlein) +++
. Streptocoques (Streptocoque B ≈30 % des femmes), entérocoques
. Entérobactéries, staphylocoques, anaérobies

2.4. La flore digestive est la plus abondante et la plus importante. Elle varie en fonction
des différents étages du tube digestif.

Au niveau de la bouche (108/ml salive) peuvent se trouver la plupart des germes présents dans
le rhinopharynx avec comme particularité l'abondance des streptocoques non groupables, la
présence éventuelle d'entérobactéries et d'anaérobies. Les streptocoques jouent un rôle
important dans la genèse de la plaque dentaire et, s’ils passent dans le sang (soins dentaires),
dans le développement des endocardites.

La flore de l'estomac est très pauvre du fait de son acidité (10 à 102/ml).

La flore de l'intestin grêle est limitée en raison du péristaltisme et de l'abondance des sécrétions.
Les germes présents sont essentiellement des streptocoques, staphylocoques et lactobacilles
(108/ml).
11 12
La flore colique est extrêmement variée et abondante. Elle comprend 10 -10 bactéries/g avec
une nette prédominance des anaérobies stricts (flore dominante, 99,9 %), surtout Bacteroïdes
11
(10 par gramme de selle), Bifidobactderium, Clostridium. Viennent ensuite les Entérobactéries
8
(E. coli, 10 /gr), entérocoques et staphylocoques (flore sous-dominante).

La flore colique est habituellement stable et limite l'implantation d'espèces pathogènes telles
que salmonelles, shigelles ou Campylobacter et le développement de bactéries commensales
potentiellement dangereuses (staphylocoque doré).

La flore colique, par son abondance (il y a chez l'homme autant de bactéries dans le colon que
de cellules eucaryotes dans tout le corps) est le "creuset" des échanges génétiques entre
54
 bactéries humaines, ainsi qu'entre bactéries humaines et environnementales (cf. génétique
bactérienne).

L'impact des traitements antibiotiques sur les flores commensales (pression de sélection), est
un élément-clef de l'évolution des résistances bactériennes (l'autre élément-clef est la
transmission croisée). Des antibiothérapies répétées au cours de la vie pourraient également
induire une évolution progressive et définitive du microbiote, potentiellement délétère, même
s’il semblerait que nous ne soyons pas tous égaux devant ce risque.

3. FACTEURS DE DEFENSE CONTRE LES BACTERIES

Non spécifiques
-les barrières s’opposant à l’implantation : les microbicides (mucus, HCl, sels biliaires …), les
facteurs mécaniques (cellules ciliées, péristaltisme, desquamation..) et les flores
commensales/saprophytes.

-les barrières s’opposant à la croissance bactérienne : nutriment (le seul réel est l’accès au Fe3+
non libre chez l’hôte, indispensable aux bactéries et qui nécessite des systèmes de captation =
sidérophores).

-l’immunité innée : cellules phagocytaires, complément … qui sont activés par des composants
bactériens (LPS des Gram négatif par ex) et qui conduisent à la libération de cytokines.

4. FACTEURS DE VIRULENCE DES BACTERIES PATHOGENES

Les différentes étapes (en dehors de l’intoxination) :

1/Colonisation : adhésion aux cellules épithéliales des muqueuses (pili, fimbriae)

2/une fois la porte d’entrée colonisée, il peut exister différents types de pouvoir pathogènes :
 Diffusion d’une toxine agissant à distance –ex : choléra, Escherichia coli entérotoxinogène
(diarrhée du voyageur), Staphylococcus aureus producteur de TSST (syndrome de choc
toxique), Corynebacterium diphteriae (diphtérie).
 Le pouvoir pathogène résulte de la multiplication bactérienne au niveau de la porte d’entrée
qui engendre une inflammation – ex : infections urinaires à E. coli, urétrite à gonocoque, S.
aureus (furoncles, abcès cutanés), angines (streptocoque A), sinusites (pneumocoques,
Haemophilus).
 Le pouvoir pathogène résulte de la dissémination du pathogène à partir de la porte d’entrée :

-bactéries à x intra-cellulaire (souvent dans les macrophages) : Mycobacterium tuberculosis,

Salmonella typhi, Listeria monocytogenes ….

-bactéries à x extra-cellulaire (le plus fréquent) provoquant des septicémies, pneumonies,

pyélonéphrites, méningites, endocardites

55
Chapitre 6 : STAPHYLOCOQUES

1. CLASSIFICATION BACTERIOLOGIQUE

Les bactéries du genre Staphylococcus sont des coques (cocci) à Gram positif aéro-anaérobies
groupés en amas irréguliers. L’espèce de loin la plus pathogène est Staphylococcus aureus. Elle est
la seule à posséder une enzyme appelée coagulase. Les autres espèces, regroupées sous le vocable
de « staphylocoques à coagulase négative » ou SCN sont des pathogènes opportunistes peu
virulents. Le SCN le plus fréquemment rencontré est Staphylococcus epidermidis. Une exception
parmi ces SCN, Staphylococcus saprophyticus, est un uropathogène majeur.

2. HABITAT ET POUVOIR PATHOGENE

Ce sont des commensaux de la peau (le plus abondant étant S. epidermidis) et des muqueuses
(fosses nasales, gorge, intestin, vagin) de l'homme et des animaux. S. aureus est plus
spécifiquement un commensal des muqueuses. On le trouve notamment au niveau de la
muqueuse nasale d'un tiers environ des sujets sains. Eliminés dans le milieu extérieur, les
staphylocoques, bien que bactéries non sporulées, peuvent survivre des mois dans l'environnement
notamment hospitalier (transmission indirecte possible).

2.1 Pouvoir pathogène de S. aureus

2.1.1 Germe pyogène par excellence, S. aureus est responsable d’infections suppuratives.

- Formes cutanées : atteinte plus ou moins sévère des follicules pilo-sébacés (folliculite, furoncle,
anthrax), impétigo, atteinte péri-unguéale (onyxis, périonyxis), atteinte du tissu sous-cutané
(panaris, abcès, phlegmons). S. aureus est aussi un agent de surinfection, des plaies notamment.

- Formes muqueuses : otites, sinusites, mastoïdites, conjonctivites.

- Formes généralisées : bactériémies succédant à un foyer initial cutanéo-muqueux : diffusion dans

le tissu conjonctif et atteinte des veines (séquence : caillot, phlébite suppurée, emboles
septiques). Les bactériémies à S. aureus sont graves (20 à 30 % de mortalité), se compliquent
souvent de localisations viscérales : pleuro-pulmonaire (abcès du poumon), ostéo-articulaire
(ostéomyélite), rénale (abcès), cardiaque (endocardite aiguë), etc.

2.1.2 Certaines pathologies sont dues exclusivement à l’action d’une toxine que peuvent
produire certaines souches de S. aureus :

- Gastroentérite aigue (très fréquente, absence de fièvre) : intoxication alimentaire par absorption
d’entérotoxine staphylococcique thermostable préformée dans des aliments préalablement
56
contaminés par une souche productrice (voir physiopathologie).
- Syndrome de la peau ébouillantée du nouveau-né et du nourrisson : infection initialement
bénigne à S. aureus se compliquant de décollement cutané généralisé liée à la production par la
souche d’une toxine appelée exfoliatine ou épidermolysine (voir physiopathologie).

- Syndrome de choc toxique staphylococcique. Là encore il complique une infection bénigne à S.

aureus et associe une hypotension artérielle avec état de choc, une défaillance multiviscérale, de
la fièvre à au moins 39°C et une érythrodermie diffuse. A cette dernière succède une
desquamation pathognomonique des paumes et des plantes une à deux semaines après le début
de la maladie. Les signes cliniques sont liés à la production et à la diffusion par voie sanguine d'une
toxine superantigénique appelée TSST-1 (voir physiopathologie).

2.1.3 Pouvoir pathogène des staphylocoques à coagulase négative (SCN) : S. saprophyticus

est un uropathogène majeur, responsable de cystites et de pyélonéphrites chez la femme jeune.

Les autres SCN sont peu virulents et se comportent comme des pathogènes opportunistes
responsables d’infections hospitalières avec trois facteurs de risque majeurs : la présence de
matériel étranger, l’immunodépression et l’utilisation répétée d’antibiotiques (qui va les
sélectionner). L’infection la plus classique est la bactériémie liée à l’infection d’un cathéter
intraveineux. D’autres infections surviennent également : ostéoarthrites sur matériel étranger,
endocardite sur prothèse, infection urinaire post-opératoire ou liée à la présence de matériel
étranger, etc…

3. S. AUREUS : PHYSIOPATHOLOGIE – FACTEURS DE VIRULENCE

3.1 Composants de la paroi
En plus du peptidoglycane, la paroi staphylococcique est composée d’acides teichoïques et
lipoteichoïques. Ceux-ci jouent un rôle dans la virulence.

S. aureus est une bactérie capsulée, entraînant une meilleure résistance à la phagocytose De
nombreuses souches de S. aureus (mais aussi de SCN) sont capables in vivo de produire un biofilm
polysaccharidique. Celui-ci est adhérent notamment aux biomatériaux, il entoure et protège les
bactéries. Il leur permet notamment d’infecter ces biomatériaux et de résister aux défenses de
l’hôte et aux antibiotiques (CMI dans le biofilm très supérieures aux CMI de bactéries en milieu
liquide).

3.2 Facteurs d'adhésion

S. aureus colonise la peau et les muqueuses en adhérant aux cellules et aux composants de la
matrice extracellulaire. Cette adhésion se fait par l'intermédiaire de protéines de surface, les
adhésines, qui sont ancrées dans le peptidoglycane. Cinq adhésines ont été bien caractérisées :

- La protéine A, se lie au facteur von Willebrand et permet l’adhésion aux cellules endothéliales.
Elle se lie également au fragment Fc des immunoglobulines.

- La protéine de liaison au collagène

57
- La protéine de liaison à la fibronectine

- La protéine de liaison au fibrinogène. Cette protéine est utilisée pour l’identification rapide de S.
aureus à partir de colonies (test d’agglutination rapide)

- La protéine de liaison à l'élastine.

3.3 Substances élaborées par S. aureus

S. aureus élabore des protéines diffusibles douées soit d'activité toxique, soit d'activité seulement
enzymatique.
3.3.1 Les toxines : Cinq principales toxines sont décrites chez S. aureus :
- Les hémolysines ont une action cytotoxique sur de nombreuses cellules.

- La leucocidine de Panton-Valentine ou LPV : elle détruit les polynucléaires et les macrophages.

Les souches PVL+ sont significativement plus virulentes que les souches PVL –. Ces souches PVL+
peuvent entrainer une pneumonie nécrosante gravissime. Elles causent aussi plus d’ostéites et
d’infections des parties molles et ces infections ont souvent un caractère de sévérité plus marqué.

- L'exfoliatine est responsable du syndrome de la peau ébouillantée du nouveau-né et du

nourrisson (voir supra). Ces lésions bulleuses s’observent surtout dans cette population car
ensuite les sujets ont anticorps protecteurs dans le sérum. Elle provoque une
épidermolyse : décollement intra-épidermique au niveau des couches moyennes de celui-ci.

- Les entérotoxines staphylococciques (plusieurs sérotypes existent) sont des protéines

thermostables et insensibles aux enzymes protéolytiques du suc digestif qui sont responsables
d'intoxications alimentaires (diarrhée, vomissements, douleurs abdominales, absence de fièvre)
qui apparaissent rapidement (quelques heures après l'ingestion).

- La toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1) : Elle se comporte comme un superantigène

qui active simultanément de nombreuses sous-populations lymphocytaires, ce qui entraîne la
libération de médiateurs (interleukines, interféron gamma, TNF alpha) responsables de la
symptomatologie du choc toxique staphylococcique (voir supra). Elle induit la formation
d'anticorps protecteurs présents chez 85 % des sujets adultes.

3.3.2 Les enzymes :

- La coagulase libre coagule le plasma d'homme ou de lapin. Elle est toujours produite par les
souches de S. aureus et non par les SCN. Elle active la prothrombine en thrombine. La thrombine
ainsi activée agit sur le fibrinogène qu'elle transforme en fibrine. C'est un facteur important dans
le pouvoir pathogène en coagulant le plasma autour des bactéries et en les protégeant de la
phagocytose. Elle est aussi à l'origine, en association avec les hémolysines, des thrombophlébites
suppurées. En pratique, sa recherche était auparavant très utilisée pour l'identification d’espèce.

- La staphylolysine. En activant le plasminogène en plasmine, elle provoque la dislocation des

caillots endoveineux avec libération d’emboles septiques, à l’origine de bactériémies et de
localisations septiques secondaires.
58
- Les désoxyribonucléases (ou DNAses) sont des facteurs de destruction des noyaux cellulaires.

- La hyaluronidase hydrolyse l'acide hyaluronique, substance fondamentale du tissu conjonctif : elle

favorise ainsi la diffusion des staphylocoques.

4. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE CLASSIQUE (EXAMEN DIRECT

ET CULTURE)
4.1 Examen direct
Cocci à Gram positif non sporulés, groupés en amas irréguliers ayant la forme de grappes de raisin
(staphylos = grappe de raisin en grec).

Figure 1a : Coloration de Gram d’un pus à staphylocoque

(CNR des Staphylocoques)

Figure 1b : Coloration de Gram d’une hémoculture positive à staphylocoque

(www.microbes-edu.org)

59
 4.2 Culture
S. aureus cultive facilement sur les milieux usuels (c’est une bactérie aéro-anaérobie). Les colonies
de S. aureus se pigmentent habituellement en jaune, typiquement couleur jaune d’or (aureus), alors
que celles des SCN sont le plus souvent non pigmentées.

L'identification de S. aureus repose sur la coagulase (libre et test d’agglutination rapide basé sur la
possession d’une protéine de liaison au fibrinogène) et le plus souvent sur la spectrométrie de
masse.

4.3. Diagnostic bactériologique par d’autres méthodes

Des tests moléculaires rapides permettent la détection de S. aureus dans les hémocultures
positives, ainsi que la détermination de sa sensibilité à la méticilline (voir infra). D’autres tests
rapides permettent de détecter le portage nasal de S. aureus résistant à la méticilline (SARM). Les
SARM sont des bactéries multi-résistantes imposant l’isolement des malades porteurs.

5. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT

5.1 Sensibilité aux antibiotiques
S. aureus est très fréquemment résistant aux pénicillines par production de pénicillinase. Les
pénicillines M (oxacilline, cloxacilline), les associations pénicilline-inhibiteurs de bêta-lactamase les
céphalosporines (celles de première génération comme la céfazoline ayant la meilleure activité
antistaphylococcique) et les pénèmes restent actifs. Certaines souches résistent à l’ensemble des
bêta-lactamines par acquisition d’une nouvelle protéine de lésion aux pénicillines (PLP) insensible
aux bêta-lactamines (appelée PLP-2A). Ceci se voit essentiellement chez des souches hospitalières ;
ces souches sont appelées SARM (S. aureus résistant à la méticilline). Elles sont souvent également
résistantes à d’autres classes d’antibiotiques : on parle alors de bactéries multirésistantes (BMR).

Les macrolides et ses apparentés (lincosamides, streptogramines), les aminosides (gentamicine), les
fluoroquinolones (ofloxacine, ciprofloxacine), la rifampicine sont naturellement actifs sur les
staphylocoques mais des résistances sont possibles. En revanche la résistance des staphylocoques
aux glycopeptides (vancomycine), au linézolide (famille des oxazolidinones) et à la daptomycine
(lipopeptide cyclique) est extrêmement rare.

5.2 Traitement

- Staphylococcies cutanéo-muqueuses, localisées : pénicilline M (oxacilline, cloxacilline) ou

macrolide ou apparenté (lincosamide ou streptogramine).

- Staphylococcies graves : pénicilline M + aminoside (gentamicine) par voie intra-veineuse. S’il s’agit
d’un SARM : vancomycine ou linézolide ou daptomycine.

- Dans tous les cas, la priorité doit être donnée au drainage des collections purulentes
60
Fiche signalétique de l'espèce : S. aureus

Réservoir :
Commensal (occasionnel ou permanent) de la peau et des muqueuses (fosses nasales antérieures :
environ 25% de la population) de l'homme et des animaux

Pathologie(s) provoquée(s) :
- Infections cutanéomuqueuses : folliculite, furoncle, anthrax, panaris, phlegmon, surinfections des
plaies et brûlures
- Infections généralisées : bactériémies avec localisations secondaires : ostéomyélite, abcès
pulmonaire, endocardite aiguë
- Intoxications alimentaires (endotoxines)
- Syndrome de choc toxique (toxines)

Base(s) biologique(s) du pouvoir pathogène :

- Pyogène : hémolysines, leucocidines, coagulase (fibrinogène ‘ fibrine ‘ caillots endoveineux),
fibrinolysine (micro embols septiques ‘ localisations secondaires), hyaluronidase (diffusion dans le
tissu conjonctif)
- Dermatite bulleuse : exfoliatine
- Intoxication alimentaire : entérotoxine
- Choc toxique : toxine TSST-1 (superantigène)

Principaux caractères bactériologiques :

- Cocci à Gram+ en amas (grappe de raisin)
- Culture facile, colonies pigmentées en jaune doré
- Coagulase+ (différence avec les autres staphylocoques dits coagulase – ou dits « blancs »)

Diagnostic bactériologique :
-Examen microscopique des pus et tissus infectés
-Etude de la sensibilité aux antibiotiques : pénicilline-G, oxacilline (pénicilline-M), gentamicine,
macrolides, fluoroquinolones, acide fusidique, rifampicine, glycopeptides

Prévention/traitement :
- Mesures d'hygiène et d'asepsie individuelles (soins de plaies et brûlures)
- Décolonisation des porteurs (ex : pré-chirurgie cardiaque)
- Hygiène dans la préparation des aliments
- Traitement des infections cutanéo-muqueuses : oxacilline
- Traitement des infections généralisées : association de 2 antibiotiques bactéricides : oxacilline +
aminosides (gentamicine) ou fluoroquinolones. Si résistance à l'oxacilline (SARM) : glycopeptides
(vancomycine), daptomycine
- Drainage des collections purulentes

61
Chapitre 7 : LES STREPTOCOQUES,
PNEUMOCOQUES ET ENTEROCOQUES
Les bactéries des genres Streptococcus et Enterococcus sont des cocci à Gram positif, groupés en
chaînettes (voire en diplocoque pour Streptococcus pneumoniae ou pneumocoque), catalase
négative, aéro-anaérobies facultatifs, cultivant mieux en anaérobiose.

Figure 1 : Chainettes de Streptocoques

LES STREPTOCOQUES (autres que le pneumocoque)

1. CLASSIFICATION
La classification des streptocoques par la méthode de Lancefield, est basée sur la structure
antigénique d’un constituant de la paroi streptococcique, le polyoside C. De nombreux groupes sont
décrits. Le caractère hémolytique des colonies de streptocoque constitue un autre mode de
classement. On décrit des streptocoques -hémolytiques (hémolyse vraie, complète), -
hémolytiques (hémolyse incomplète) et non hémolytiques.

Les groupes importants en bactériologie humaine sont les groupes A (Streptococcus pyogènes, -
hémolytique, espèce très virulente), B (Streptococcus agalactiae, bêta-hémolytique, espèce la plus
fréquemment en cause dans les infections néo-natales), C et G (Streptococcus dysgalactiae peut
grouper en C ou en G,  -hémolytique, espèce de virulence non négligeable) et D (les streptocoques
commensaux de l’intestin groupent en D, ainsi que les entérocoques).

62
2. HABITAT ET POUVOIR PATHOGENE
2.1 Habitat
Les streptocoques regroupent de nombreuses espèces :

- Le streptocoque -hémolytique du groupe A (Streptococcus pyogenes) de Lancefield est un

pathogène strict mais un portage sain pharyngé humain existe néanmoins.

- De nombreuses espèces de streptocoque sont des commensaux de l'homme : muqueuse buccale

(streptocoques non groupables et non- ou alpha-hémolytiques), muqueuses génitales
(streptocoque -hémolytique du groupe B ou S. agalactiae), muqueuse intestinale (S. bovis).

- Certaines espèces responsables d’infections humaines sont des commensaux des animaux
(Streptococcus dysgalactiae, streptocoque -hémolytique qui peut grouper en C ou en G).

2.2 Pouvoir pathogène

MALADIES PROVOQUEES PAR LE STREPTOCOQUE A (S. PYOGENES).

S. pyogènes est une bactérie pyogène qui a un pouvoir pathogène varié qu’on peut séparer en
infections invasives et non invasives

 Infections invasives

Elles se définissent par l’isolement de bactéries à partir d’un site normalement stérile ou bien d’un
site normalement non stérile mais en association avec des signes cliniques de syndrome de choc
toxique streptococcique (SCTS). Mais toutes les infections invasives peuvent se compliquer de SCTS,
ce dernier étant de sombre pronostic (mortalité avoisinant 50%). Les plus fréquentes sont les
infections des tissus mous et en particulier l’érysipèle.

L’érysipèle est une dermo-hypodermite aigue non nécrosante touchant principalement les
membres inférieurs. L’infection des tissus mous la plus grave est la redoutable dermo-hypodermite
nécrosante (qui peut compliquer un érysipèle). Viennent ensuite les bactériémies, souvent sans
foyer évident. Les autres infections invasives sont très variées : gynéco-obstétricales (fièvre
puerpérale), ostéoarticulaires, pleuropulmonaires, etc…

A l’échelle mondiale : plus de 500 000 cas par an et plus de 150 000 décès.

 Infections non invasives

- Surtout les angines érythémateuses ou érythémato-pultacées. Le streptocoque A est de loin le

premier agent responsable d’angine bactérienne.

- Scarlatine : l’angine s’accompagne d’une éruption érythémateuse et d’un aspect framboisé de la

langue. Ceci est lié à la sécrétion par la souche d’une toxine érythrogène qui diffuse par voie
sanguine.
63
- Autres infections cutanéo-muqueuses : impétigo, et autres infections bénignes de la peau et des
tissus mous (fréquentes), otites, sinusites, anites, vulvo-vaginites, etc…

 Complications post-streptococciques

Elles surviennent dans les semaines qui suivent une infection à streptocoque A. Les principales sont
le rhumatisme articulaire aigu (RAA) et la glomérulonéphrite aigue (GNA).

MALADIES PROVOQUEES PAR LES AUTRES STREPTOCOQUES

 Infections aiguës :

- Infections de la peau et des parties molles et infections gynéco-obstétricales proches de celles

provoquées par S. pyogènes, mais habituellement moins sévères, où les autres streptocoques -
hémolytiques peuvent être en cause : streptocoques B, C et G.

- Urinaires, à streptocoque B ou à streptocoques non-hémolytiques.

- Néonatales : septicémies, méningites dues au streptocoque du groupe B (Streptococcus

agalactiae). Le streptocoque B est l'agent le plus fréquent des méningites du nouveau-né
(Tableau 2). Celui-ci se contamine au moment de l’accouchement en raison du portage vaginal
possible de streptocoque B. C’est pourquoi il est recommandé de rechercher l’existence d’un tel
portage par un prélèvement vaginal au 3ème trimestre de grossesse.

Tableau 1 : Fréquence relative (%) des différentes bactéries à l’origine des méningites
selon le groupe d’âge, 2006, France métropolitaine

64
  Infections subaiguës dont la plus classique et la plus grave est l’endocardite

Celle-ci est due à la greffe, sur des valves anormales (anomalie congénitale, séquelle de cardiopathie
rhumatismale, prothèse valvulaire, etc..) d'un streptocoque non-hémolytique ou alpha-
hémolytique non groupable comme S. sanguinis ou S. mitis (commensaux de la bouche) ou comme
S. bovis (commensal du tube digestif).

3. PHYSIOPATHOLOGIE – FACTEURS DE VIRULENCE

Le streptocoque A est le streptocoque le plus virulent (voir supra). Il possède une capsule, qui est
un important facteur de virulence par inhibition de la phagocytose. Le streptocoque est également
une bactérie capsulée.

Il possède également de nombreuses protéines de surface qui jouent le rôle d’adhésines. La plus
importante d’entre elles est la protéine M. Il s’agit d’une protéine fibrillaire qui fait saillie (fibrilles)
à la surface de la cellule, (Figure 3). Elle constitue le facteur majeur de la virulence, car en plus de
son rôle d’adhésine, elle confère une résistance importante à la phagocytose indépendamment de
la capsule (dégradation de la fraction C3b du complément qui est opsonisante). La protéine M est
de plus très immunogène, c’est l’antigène majeur du streptocoque A. Le typage antigénique de la
protéine M était auparavant la technique de typage des souches de streptocoque A. Ceci est
maintenant remplacé par le séquençage du gène codant pour la protéine M, gène appelé emm
(génotypage moléculaire).

Figure 3 : Structure de la protéine M au microscope électronique

L’éruption cutanée de la scarlatine est due à la sécrétion par la souche d’une toxine érythrogène,
dont il existe trois types A, B et C. Les types A et C peuvent également avoir une activité
superantigénique et être impliqués dans le choc toxique streptococcique. D’autres protéines à
activité superantigénique, et donc impliquées dans le choc streptococcique, existent chez le
streptocoque A, par exemple, la protéine Ssa.

Le streptocoque A secrète de nombreuses toxines et enzymes (de façon similaire à ce que l’on
observe chez Staphylococcus aureus).

Parmi les toxines, il secrète deux hémolysines, les streptolysines O et S. Celles-ci sont antigéniques
65
et induisent la sécrétion d’anticorps. Le dosage des antistreptolysines O (ASLO) est utile pour faire
le diagnostic de complication post-streptococcique (RAA et GNA : ASLO élevées ou en cours
d’augmentation).

Parmi les enzymes on peut citer la streptokinase (fibrinolysine), la streptodornase (lysant les acides
nucléiques), la hyaluronidase (lysant l’acide hyaluronique du tissu conjonctif et permettant ainsi
une diffusion rapide dans les tissus mous).

4. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE CLASSIQUE

4.1 Examen direct
Les streptocoques sont des cocci à Gram positif, groupés en chainettes plus ou moins longues
(Figure 1).

4.2 Culture
Les streptocoques sont des germes exigeants qui ne cultivent pas sur milieu ordinaires : ceux-ci
doivent être additionnés de sang frais.

Les streptocoques sont des bactéries à métabolisme uniquement anaérobie, mais ils tolèrent la
présence d'oxygène. Ce sont donc des bactéries de culture aéro-anaérobie, mais qui cultivent mieux
en anaérobiose.

4.3 Identification
L’identification des streptocoques a reposé longtemps sur le type d’hémolyse observé sur gélose
au sang et sur le groupage par la méthode de Lancefield. Les streptocoques les plus virulents, ceux
des groupes A, B, C, G, sont dits bêta-hémolytiques. On observe une zone d’hémolyse large et
complète autour des colonies. Les autres streptocoques donnent une hémolyse partielle (hémolyse
dite "alpha") coloration brunâtre ou verdâtre autour de la colonie) ou pas d'hémolyse du tout
(streptocoques non hémolytiques).

Le caractère -hémolytique des colonies est toujours capital pour repérer ces espèces pathogènes
dans les cultures bactériennes sur gélose au sang. L’identification précise repose ensuite sur le
groupage de Lancefield (pour les espèces -hémolytiques) ou, de plus en plus, sur l’identification
par spectrométrie de masse.

5. DIAGNOSTIC PAR D’AUTRES METHODES

5.1 Streptocoque A
Il est recommandé, pour diagnostiquer une angine à streptocoque A, de réaliser (par le médecin,
pendant sa consultation) un test rapide immuno-chromatographique de détection d’antigène du
streptocoque A, dont la fiabilité est très bonne. Cependant des faux négatifs peuvent se voir
(prélèvement mal fait, technique non respectée, quantité d’antigène faible dans la gorge). En
66
conséquence, en cas de suspicion clinique forte, un test rapide négatif doit être confirmé par la
culture d’un prélèvement de gorge.

La recherche d’anticorps antistreptococcique n’a aucun intérêt pour le diagnostic d’une infection à
streptocoque A. En revanche le dosage des ASLO est important pour le diagnostic du RAA et de la
GNA (voir supra).

5.2 Streptocoque B
Le diagnostic rapide de méningite néo-natale à streptocoque B peut se faire par PCR (PCR
syndromique « méningite » notamment).

De même des tests rapides basés sur la PCR permettent le dépistage du portage vaginal chez la
femme enceinte.

6. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT

Les streptocoques, en particulier les streptocoques bêta-hémolytiques des groupes A, C et G sont
naturellement très sensibles aux pénicillines, notamment aux pénicillines G et A. Celles-ci
représentent le traitement de première ligne des infections dues à ces bactéries. Ils sont également
très sensibles aux céphalosporines de 3ème génération. Le streptocoque B est également sensible
aux pénicillines mais avec des CMI plus élevées.

Aucune résistance acquise aux bêta-lactamines n’existe chez les streptocoques -hémolytiques des
groupes A, B, C et G. En revanche une résistance existe chez les streptocoques alpha- ou non-
hémolytiques : streptocoques D (ce sont les streptocoques du groupe « bovis ») et streptocoques
non groupables.

Les alternatives possibles sont les macrolides (mais environ 25% de résistance acquise chez le
streptocoque A), le cotrimoxazole, le linézolide et, dans les bactériémies, les glycopeptides ou la
daptomycine.

Ils sont naturellement résistants aux aminosides mais une synergie bactéricide avec les bêta-
lactamines existe. L’association amoxicilline (pénicilline A) + gentamicine (aminoside) est d’ailleurs
recommandée dans le traitement des bactériémies à streptocoque B ou à streptocoque D ou non
groupable de sensibilité diminuée aux bêta-lactamines.

67
LE PNEUMOCOQUE
1. HABITAT ET POUVOIR PATHOGENE
Le pneumocoque est un streptocoque particulier dénommé Streptococcus pneumoniae.

Caractéristiques spécifiques : diplocoques à Gram positif (plutôt que chainettes), capsulé (capsule
visible en microscopie optique comme un halo clair) qui explique en partie la virulence majeure de
ce pathogène (inhibition de la phagocytose).

Le pneumocoque est un hôte normal (commensal) de l'arbre respiratoire supérieur (rhino-pharynx)

de l'homme. On le trouve d'autant plus souvent que le sujet est jeune (40 % de portage chez les
enfants fréquentant les crèches).

2. POUVOIR PATHOGENE NATUREL

Le pneumocoque peut infecter des sujets sains mais sera encore plus encore plus à craindre en cas
d’immunodépression, de cirrhose, de splénectomie (La rate joue le rôle de filtre). De plus, l'incidence
en est plus élevée avant 4 ans et après 70 ans (Figure 4).

Figure 4 : Relation entre l’âge et l’incidence des infections invasives à pneumocoques (Streptoccus pneumoniae) ici
des bactériémies

Noter : (a) la forme de la courbe, identique en 1920 -1930 et 1986-1987 (incidence élevée avant 4 ans et après 70 ans)
(b) la réduction de l’incidence, d’un facteur 10 environ, entre les deux époques (cf. les axes des incidences)

 Infections loco-régionales

68
. Exacerbations aiguës de BPCO, sinusites, otites moyennes aiguës, conjonctivites. Le pneumocoque
et Haemophilus influenzae sont, de loin, les deux agents les plus fréquemment responsables d’otite
moyenne aiguë.

. Pneumonies franches lobaires aiguës (accompagnées dans 15 à 25 % des cas de bactériémie),

pleurésies purulentes. Les pneumonies à pneumocoque représentent au moins 50% de l’ensemble
des pneumonies bactériennes. Dans les pays tempérés, la fréquence des pneumonies évolue selon
la saison (pic octobre-avril).

 Infections à distance : méningites surtout (éventuellement péritonites, arthrites).

Un caractère général important des infections à pneumocoque est la fréquence des réactions
fibrineuses génératrices de cloisonnements (par exemple pleuraux ou méningés) qui aggravent le
pronostic.

3. PHYSIOPATHOLOGIE
Le pneumocoque est caractérisé par la présence d'une capsule de nature polysaccharidique dont il
existe une centaine de types immunologiques qui joue un rôle capital dans le pouvoir pathogène en
empêchant la phagocytose. En contact avec un anticorps spécifique, le polysaccharide forme un
complexe antigène-anticorps qui se traduit, à l'examen microscopique, par le phénomène du
gonflement de la capsule. Ceci permet le typage sérologique (sérotypage) des pneumocoques isolés
en culture (grand intérêt épidémiologique : choix des sérotypes pour les vaccins).

Au cours d'une infection à pneumocoque, la formation d'anticorps anti-capsule est capitale pour
permettre la phagocytose puis la destruction des pneumocoques par le système immunitaire.

4. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE CLASSIQUE

4.1 Prélèvements
Le diagnostic bactériologique repose sur la mise en évidence du pneumocoque dans les sites
d’infection.

- Sites normalement stériles : LCR (méningite) (ce qui est relativement aisé lorsque l'infection est
une (LCR), une pleurésie (liquide pleural), une otite moyenne aiguë (pus) ou encore lorsqu'une
pneumonie s'accompagne d'une bactériémie (hémoculture).

- En revanche, en raison de la flore oropharyngée et des nombreux streptocoques qui en font partie,
l'analyse bactériologique des crachats n'est pas un moyen très fiable pour faire le diagnostic d'une
pneumonie à pneumocoques.

69
Dans les pneumonies sévères le prélèvement des sécrétions bronchiques doit être fait sous
fibroscopie bronchique : brosse ou ponction distale protégée, lavage broncho-alvéolaire.

70
 4.2. Examen direct

Les pneumocoques apparaissent comme des cocci à Gram positif, en flamme de bougie,
encapsulés, groupés par paire (diplocoque), parfois en courtes chaînettes (Voir Figure 5).

Figure 5 : Streptococcus pneumoniae et sa capsule

(Gram d’un prélèvement respiratoire)
4.3 Culture
La culture du pneumocoque est aussi difficile que celle des autres streptocoques. Sur gélose au sang,
préférentiellement en anaérobiose (colonies alpha-hémolytiques) Comme tous les streptocoques, le
pneumocoque est un germe à métabolisme anaérobie préférentiel mais aérobie tolérant.

A l'inverse des autres espèces de streptocoques, le pneumocoque est sensible à l’optochine (un sel
de cuivre, l'éthyl-hydrocupréine) : cette propriété est utilisée pour l'identification du pneumocoque
au laboratoire.

4.4. Autres méthodes diagnostiques

Il n'y a pas de diagnostic sérologique des infections à pneumocoque.

Pour le diagnostic des pneumonies à pneumocoque, on peut rechercher la présence d’antigène

pneumococcique dans les urines (antigènurie pneumocoque). Mais la valeur diagnostique de ce test
n’est pas très bonne, à la fois en terme de sensibilité et de spécificité.

En revanche le même test réalisé sur le LCR a une excellente valeur diagnostique (équivalente à celle
de la PCR) dans la méningite à pneumocoque

Le diagnostic rapide par PCR de pneumonie ou de méningite à pneumocoque se développe

(notamment avec les trousses de diagnostic syndromique « poumon » ou « méninges »). Dans le
cadre des échantillons respiratoires, l’interprétation doit se faire avec la clinique (cf portage de
pneumocoque dans la flore oro-pharyngée).
71
5. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT
Le pneumocoque est naturellement sensible aux béta-lactamines y compris la pénicillin-G, les
macrolides, sulfamides, glycopeptides.

Un antibiogramme est nécessaire en raison de la fréquence des souches de pneumocoque

résistantes aux antibiotiques qui a beaucoup augmenté depuis 25 ans en France (Tableau 2).
Actuellement, en France en moyenne 30 % des souches sont de sensibilité diminuée à la pénicilline
G et résistantes à l’érythromycine (Figure 7)

Tableau 2 : Résistance acquise de S. pneumoniae aux antibiotiques (données CNR 2013)

Adulte

Enfants

Figure 6 : Evolution de la résistance du pneumocoque dans les infections invasives

de 2001 à 2013

72
L'apparition et la diffusion des souches de pneumocoques résistantes ont été la conséquence d'une
forte consommation des antibiotiques, en particulier chez les jeunes enfants, et d’une transmission
croisée des souches résistantes, surtout dans les collectivités d'enfants (crèches). Des transferts de
matériel génétique par transformation ou par transposition entre les streptocoques commensaux et
les pneumocoques sont à l'origine de la résistance acquise du pneumocoque à la pénicilline.
L'évolution vers la résistance a été beaucoup plus marquée en France et en Espagne que dans les
autres pays européens, ce qui traduit des différences importantes en termes de consommation
d'antibiotiques. La résistance à l'érythromycine et au cotrimoxazole est plasmidique. Il semble
cependant que la situation s’améliore ces dernières années, en partie grâce à la campagne de
sensibilisation sur la prescription des antibiotiques en ville (« les antibiotiques,
c’est pas automatique »).

6. TRAITEMENT
Le traitement des infections pneumococcique repose en première intention sur l’utilisation de bêta-
lactamines : amoxicilline ou céphalosporine de 3ème génération.

Dans la pneumonie à pneumocoque, l’antibiotique de première intention est l’amoxicilline à dose

« classique ». L’amoxicilline reste active sur la grande majorité des souches ayant acquis une
résistance, car le niveau de résistance reste intermédiaire (CMI inférieure ou égale à 2 mg/l). Dans
ce cas les concentrations d’amoxicilline dans le parenchyme pulmonaire sont largement
supérieures à la CMI, d’où la bonne activité conservée de l’antibiotique. Les souches résistantes
(CMI supérieure à 2 mg/l) restent heureusement très rares.

Dans la méningite à pneumocoque, la résistance aux bêta-lactamines pose des problèmes

thérapeutiques. Les concentrations d’amoxicilline dans le LCR sont nettement plus basses que
dans le poumon, même à très forte dose. Ces concentrations sont insuffisantes pour tuer les
pneumocoques de sensibilité diminuée aux bêta-lactamines. C’est pourquoi le traitement
probabiliste de la méningite à pneumocoque repose sur les céphalosporines de 3 ème génération à
très forte dose. En effet le céfotaxime est habituellement plus actif que l’amoxicilline sur les
souches de sensibilité diminuée (CMI plus basse).

Le traitement de l’otite moyenne aiguë à pneumocoque repose sur l’amoxicilline, mais à plus forte
dose que pour le traitement d’une pneumonie. La diffusion dans l’oreille moyenne de
l’amoxicilline est en effet moins bonne que dans le parenchyme pulmonaire. Il faut donc
augmenter la posologie pour pouvoir atteindre des concentrations efficaces sur les souches de
sensibilité diminuée.

73
LES ENTEROCOQUES
Les entérocoques sont des cocci à Gram positif, disposés en chaînettes comme les streptocoques,
commensaux du tube digestif (ils font partie avec les entérobactéries de la flore sous-dominante).

Ils sont responsables d'infections urinaires, d’infections intra-abdominales comme cholécystite,

péritonite, etc. (en association avec les entérobactéries et les bactéries anaérobies de la flore
digestive), mais aussi de bactériémies et d’endocardites. Les deux espèces les plus fréquemment
isolées sont Enterococcus faecalis et, à un moindre degré, Enterococcus faecium.

Les entérocoques cultivent sur milieu ordinaire et même sur milieu hostile (NaCl 6,5 %, bile), ils sont
aéro-anaérobies (en fait anaérobies aérotolérants).

Ils sont intrinsèquement nettement moins sensibles aux antibiotiques que les streptocoques. En
particulier, ils ne sont que modérément sensibles aux pénicillines (activité uniquement
bactériostatique versus activité bactéricide sur les streptocoques) et ils sont naturellement résistants
aux céphalosporines. De plus l’espèce E. faecium développe facilement une résistance acquise aux
pénicillines (mutation entraînant une modification de PLP). Dans ce cas le traitement de première
intention repose sur la famille des glycopeptides (vancomycine).

En 1986, les premières souches d'entérocoque résistantes aux glycopeptides (vancomycine,

téicoplanine) ont été isolées. Cette résistance était liée à l’acquisition d’un gène plasmidique appelé
vanA. Ces souches sont fréquentes dans certains pays européens et aussi aux USA et posent des
problèmes thérapeutiques. Elles sont en émergence en France depuis 2004 : E. faecium résistant aux
glycopeptides fait partie des BHRe (Bactéries Hautement Résistantes émergentes qui nécessitent
des mesures d’hygiène spécifiques pour limiter les transmissions croisées). Les alternatives à la
vancomycine sont le linézolide (oxazolidininone) et la daptomycine (lipopeptide cyclique).

74
Chapitre 8 : NEISSERIA
Les bactéries du genre Neisseria sont des cocci à Gram négatif en diplocoques aérobie stricts.

Le genre Neisseria comprend deux principales espèces pathogènes : Neisseria meningitidis (le
méningocoque) et Neisseria gonorrhoeae (le gonocoque, voir chapitre IST). Le genre Neisseria
comprend également des espèces commensales de la flore oropharyngée (N. mucosa, N. elongata,
N. flavescens, …) non ou peu pathogènes. Le genre Moraxella comporte une espèce également
présente dans la flore oropharyngée et d’intérêt clinique : Moraxella catarrhalis ou Branhamella
catarrhalis.

1. NEISSERIA MENINGITIDIS (MENINGOCOQUE)

1.1 Transmission et épidémiologie
Bilans annuels
N. meningitidis est une bactérie strictement humaine ; elle est commensale du rhinopharynx
(≈10 % Les
de lainfections
population).invasives à méningocoques
La transmission interhumaine se faiten directement
2015 par les sécrétions
rhinopharyngées ; la transmission est favorisée par la répétition et la proximité des contacts.
Nombre de cas et évolution des taux d’incidence
L’acquisition d’un portage asymptomatique (colonisation du rhinopharynx) conduit très rarement
à une En
infection
2015, invasive
469 infections invasives à méningocoque
à méningocoque (IIM, passageont du été
méningocoque
notifiées dont dans
462 la
en circulation
France
métropolitaine (FM) et 7 dans les départements d’outre-mer (DOM). Le taux estimé d’incidence après
sanguine = méningococcémie).
correction pour la sous-notification en France métropolitaine était de 0,79/100 000 habitants, avec une
progression de 11% par rapport à 2014 (Figure 1).
La méningite cérébrospinale est la complication la plus fréquente de la méningococcémie. Elle est
liée à laFigure
propriété du d’incidence
1 : Taux germe à passer la barrière
des infections hémato-méningée.
invasives à méningocoque observé et corrigé pour la sous-
notification, France métropolitaine, 1985-2015
Incidence des infections invasives à méningocoque, France métropolitaine, 1985-2015.

Source : Bilan annuel 2015 InVS (Santé Publique France)

En France, l’incidence des IIM est de 0,9 et 1,6 cas pour 100 000 habitants ; la majorité sont des cas
En 2015, le pic saisonnier de l’incidence a été observé en mars (66 cas), l’incidence étant la plus
sporadiques avec
faible au recrudescence
mois d’août (23 cas) hivernale.
(Figure 2).

Figure 2 : Évolution
Le méningocoque est l'agentmensuelle
pathogène prédominant
des cas déclarésdesd’infections
méningitesinvasives à 25
entre 1 et ans, mais peut
méningocoque
(moyennes mobiles sur 3 mois), France métropolitaine, 2006 – 2015
être en cause à tout âge (Voir Chapitre méningites bactériennes communautaires).

75
otification par années d’âge en 2015 montrent 2 pics : chez les nourrissons de moins de 1 an
,9/100 000 avec 70 cas) et les jeunes adultes de 18-20 ans (1,5/100 000 avec 34 cas) (Figure 4).

gure 4 : Taux de notification des infections invasives à méningocoque par groupes âge
ance entière, 2015
Infections invasives à méningocoque par groupes âge France entière, 2015.

Sur 469 cas, le sérogroupe était connu pour 453 cas (97%) : 242 (53,5%) étaient du B, 118 (26,0 %)
étaient du C, 32 (7,1%) du W, 54 (11,9%) du Y et 7 cas (1,5%) était dus à un sérogroupe plus rare (2
E, 1 X, 3 non groupables et 1 souche non capsulée).
Bilan annuel 2015 InVS (Santé Publique France)
En 2015, les taux de notification pour 100 000 habitants étaient de 0,37 pour les IIM B, 0,18 pour les
IIM C, 0,05 pour les IIM W et 0,08 pour les IIM Y (Figure 3).

Le méningocoque
Après une baisseest une
entrebactérie
2011 etcapsulée
2014, le(voir
tauxinfra) et plusieurs
de notification dessérogroupes
IIM B en 2015capsulaires
(0,37/100 de
méningocoque ont été de
000) était proche individualisés. Enen
celui observé France,
2014 les sérogroupes
(0,35/100 000). capsulaires B (prédominant)
Le taux de notification des IIM etC aC
sont légèrement
impliqués baissé
dans plus
entrede 90 et
2013 % 2015.
des cas d’IIM.
Il faut Le sérogroupe
cependant à l’augmentation
Y est également
noter une tendance associé des
depuis
IIM
Y dont le taux de notification a doublé entre 2010 (0,04/100
quelques années à une proportion significative de cas (10 %). 000) et 2015 (0,08/100 000). Pour les IIM
W, les taux de notification en 2015 (0,05/100 000) est comparable à celui de 2013 mais un peu
supérieur à celui de 2014.

Figure 3 : TauxInfections
de notification des à
invasives infections invasives
méningocoque à aux
liées méningocoque
principaux liées aux principaux
sérogroupes, France entière, 1999-2015
sérogroupes, France entière, 1999-2015

Bilan annuel 2015 InVS (Santé Publique France)

Caractéristiques des cas selon l’âge et le sérogroupe

DansTous
le monde, les sérogroupes
sérogroupes confondus, A,
le B, C, YH/F
ratio et était
W135 dereprésentent plus de
1,1. L’âge médian 99de
était % des souches
19 ans. isolées.
Les taux de
notification par années d’âge en 2015 montrent 2 pics : chez les nourrissons de moins
L’Afrique subsaharienne regroupe à elle seule 90 % des cas d’IIM. Les IIM y évoluent sous la forme de 1 an
(8,9/100 000 avec 70 cas) et les jeunes adultes de 18-20 ans (1,5/100 000 avec 34 cas) (Figure 4).
de bouffées épidémiques (principalement en saison sèche) avec une prédominance des sérogroupes
C (majoritaire),
Figure 4 : ATaux de notification des infections invasives à méningocoque par groupes âge
et W135.
France entière, 2015
76
 1.2 Physiopathologie
La fréquence de portage dans la population générale et la faible incidence des IIM indiquent que la
survenue d’une IIM chez un sujet est un accident ponctuel lié à des :

- Facteurs bactériens : souche hypervirulente (facteurs pathogènes intrinsèques) ;

- Facteurs individuels : susceptibilité incluant certains déficits immunitaires (ex : déficit en fraction
terminale du complément, asplénie) ;
- Facteurs favorisants locaux : « lésions » de l’épithélium rhinopharyngé (infection virale),
favorisant le franchissement de la muqueuse pharyngée par le méningocoque.

Une fois l’épithélium de la muqueuse rhinopharyngée franchi, la bactérie dissémine par voie
hématogène.

Eléments constitutifs de la paroi de N. meningitidis impliqués dans la physiopathologie de la

maladie :

 La capsule polysaccharidique, présente chez les souches virulentes : protège la bactérie de la

phagocytose ;
 Les protéines de la membrane externe et les pili de type IV : adhésion initiale aux cellules
épithéliales du rhinopharynx (protéines) et adhésion aux cellules endothéliales des capillaires
(pili) ;
 Le lipo-oligosaccharide (endotoxine) de la paroi et la libération massive de cytokines secondaire
à la multiplication de la bactérie dans la circulation générale conduisent à un choc septique.

La survenue d’une méningite est liée à la capacité de la bactérie à adhérer aux cellules endothéliales
des capillaires cérébraux, à franchir la barrière hématoencéphalique puis à se multiplier dans le
liquide céphalorachidien (LCR).

1.3 Clinique
Les tableaux cliniques observés dans les IIM sont surtout des méningites et des méningococcémies
(bactériémie à méningocoque). Les formes les plus graves, de mortalité élevée, se compliquent de
choc septique avec souvent présence d’un purpura : cette forme clinique est appelée purpura
fulminans (30%).

Des arthrites, péricardites, pleurésies… sont plus rares.

Présentation de la méningite à méningocoque : syndrome méningé fébrile (raideur de nuque,

céphalées diffuses en casque, vomissements en jet, photo-phonophobie). Aux âges extrêmes de la
vie, la symptomatologie est souvent non spécifique. Les méningites à méningocoque peuvent laisser
des séquelles neurosensorielles (troubles visuels ou auditifs) ou à des troubles du développement
chez l’enfant.

Le purpura fulminans (Figure 1) : apparition d’un syndrome infectieux sévère et purpura (évolution
extensive rapide).
77
 Figure 1 : Purpura fulminans

1.4 Diagnostic bactériologique

1.4.1 Prélèvements bactériologiques :
- Ponction lombaire (en l’absence de contre-indication)
- Hémocultures
- Biopsie cutanée d’une lésion purpurique (en cas de purpura fulminans)
La recherche de NM dans le site rhinopharyngé n’a pas d’intérêt (étant donnée la fréquence du
portage sain).

1.4.2 Examen du LCR (analyse biochimique et bactériologique avec examen direct,

cytologie et mise en culture): prélèvement pris en charge en urgence

- Hyperprotéinorachie associée à hypoglycorachie (rapport glycémie/glycorachie <1/3)

- Habituellement leucocytes > 500-1000/mm3 : formule leucocytaire à prédominance de
polynucléaires
- Présence de diplocoques à Gram négatifs intra- ou extra-leucocytaires à l’examen direct après
coloration de Gram

Figure 2 : Présence de rares diplocoques Gram – dans un LCR

La recherche d’antigènes solubles de N. meningitidis dans le LCR n’est plus recommandée (manque
de sensibilité et manque de spécificité).
78
 1.5 Culture
Le méningocoque est un germe fragile : mise en culture rapide (milieux riches au sang) ; culture
positive en 18/36h. Identification (spectrométrie de masse ou biochimique) et sérogroupage.

1.6 Diagnostic par biologie moléculaire

Recherche de l’ADN de N. meningitidis par PCR dans le LCR, le sang, voire dans les biopsies cutanées
de lésions purpuriques.

1.7 Sensibilité aux antibiotiques et traitement

Le méningocoque est une bactérie sensible aux bêta-lactamines (rares souches de sensibilité
diminuée à la pénicilline-G).

Les bêta-lactamines : traitement de référence des IIM (excellente activité intrinsèque sur
N. meningitidis et bonne diffusion méningée). Dans les IIM, le pronostic est déterminé par la
précocité de la mise en route du traitement (le retard à une antibiothérapie adaptée est fortement
corrélé à un pronostic défavorable et à une augmentation de la mortalité).

L’antibiothérapie est débutée :

- Sans délai pour un purpura fulminans, y compris au domicile du patient : aucun prélèvement ne
doit retarder la mise en route du traitement ;

- Le plus tôt possible et moins d’une heure après l’admission à l’hôpital pour une méningite
bactérienne (penser à faire prélever des hémocultures si la ponction lombaire ne peut être
réalisée avant de débuter les antibiotiques.

Traitement empirique par une céphalosporine de 3e génération ;

En cas de purpura fulminans, le traitement préhospitalier repose sur la ceftriaxone (éventuellement

céfotaxime ou à défaut amoxicilline).

1.8 Prévention – Vaccination

Maladie à déclaration obligatoire : signalement 7/7j - 24 heures/24)

Le traitement préventif (chimiothérapie et vaccination) est indispensable du fait de la sévérité des

IIM et de la contagiosité de l’infection (avec un potentiel épidémique).

- Les sujets contact sont définis ainsi : personnes ayant été exposées directement aux sécrétions
rhinopharyngées d’un cas d’IIM dans les dix jours précédant son hospitalisation ; l’Agence régionale
de santé (ARS) coordonne la prophylaxie des sujets contacts.

- La chimioprophylaxie (objectif : éradiquer rapidement le portage) repose sur la rifampicine.

- La vaccination complète la chimioprophylaxie chez les sujets contacts.

79
 Les vaccins de nature polyosidique capsulaire n’existent que contre les méningocoques des
groupes A, C, Y et W135

Pour le sérogroupe B, il existe un vaccin multi-composant sous-capsulaire (Bexsero®), mais qui n’est
pas recommandé pour les sujets contacts de cas sporadiques d’IIM de sérogroupe B (indications
limitées aux épidémies ou zones géographiques à forte endémie ou patients atteints de certains
déficits immunitaires).

La vaccination systématique de la population générale avec le vaccin méningococcique C conjugué

est recommandée pour tous les nourrissons à l’âge de 12 mois. La vaccination contre l’ensemble des
sérogroupes (B et A, C, Y, W) est également recommandée chez les personnels de laboratoire de
recherche travaillant de façon spécifique sur le méningocoque.

2. BRANHAMELLA CATARRHALIS (MORAXELLA CATARRHALIS)

2.1 Transmission et épidémiologie
B. catarrhalis, initialement Neisseria catarrhalis est un diplocoque à Gram négatif.

B. catarrhalis est présente dans la flore de l’oropharynx (portage sain) : environ 5% des adultes et
70% chez les enfants.

Chez les enfants : 3ème étiologie des otites moyennes aigues après Haemophilus influenzae et
Streptococcus pneumoniae. Elle peut être également l’agent d’infections des voies respiratoires
supérieures, notamment de sinusites.

Chez l’adulte : surtout un agent de surinfection lors de pathologies bronchiques chroniques. B.

catarrhalis est isolée lors d’épisodes aigus chez des patients fragiles sur le plan pulmonaire :
bronchitiques chroniques, BPCO voire DDB.

Autres localisations rares : bactériémies, endocardites, infections oculaires, arthrites septiques…

2.2 Diagnostic bactériologique

2.2.1 Prélèvements : en fonction de la pathologie et de la sphère touchée, essentiellement
prélèvements broncho-pulmonaires, pus de sinus ou pus d’otite moyenne aigue.
2.2.3 Coloration de Gram : B. catarrhalis est un cocci à Gram négatif qui se présente sous
forme arrondies ou ovoïdes, avec des aspects cocco-bacillaires.
2.2.4 Culture : facile sur milieux ordinaires et enrichis.
2.2.5 Sensibilité aux antibiotiques : Cette bactérie est relativement sensible à l’ensemble des
antibiotiques mais 90% des souches produisent une pénicillinase ; les associations avec les
inhibiteurs de bêta-lactamase (ex : Augmentin™) sont très actives, de même que les céphalosporines
de 3ème génération.
80
Chapitre 9 : ENTEROBACTERIES

1. DEFINITION DES ENTEROBACTERIES

La famille des entérobactéries est homogène pour les caractères morphologiques et
biochimiques :

- Bacilles à Gram négatif

- Mobiles avec flagelles péritriches (tout autour de la cellule) ou immobiles,
- Poussant sur milieux de culture ordinaires,
- Aérobies-anaérobies facultatifs,
- Fermentant le glucose,
- Oxydase négatif.

En revanche, la famille des entérobactéries est très hétérogène pour la pathogénie et l'écologie:
- Pathogènes stricts : Shigella, Salmonella, Yersinia pestis
- Commensaux : Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella
- Saprophytes : Enterobacter, Serratia.

2. REPARTITION EN GENRES
Au sein des entérobactéries, on distingue de nombreux genres (Shigella, Escherichia,
Enterobacter, Serratia, etc…). Initialement individualisés par des caractères phénotypiques
communs (caractères biochimiques comme la fermentation du lactose, production d'indole) et
maintenant identifiés par spectrométrie de masse.

3. CARACTERISATION DES ESPECES

Au sein de chaque genre, on individualise des espèces, définies par leur homologie de leur
séquence d’ADN (≥ 70%). Ces espèces partagent également des caractères phénotypiques
communs.

On se sert aussi des caractères antigéniques. En effet, les entérobactéries possèdent toutes des
antigènes de paroi (LPS) ou antigènes O. Les entérobactéries mobiles possèdent en plus des
antigènes de flagelle ou antigènes H. Enfin, certains possèdent un antigène de capsule ou
antigène K.

a) Antigène O

L'antigène O est l'endotoxine des bactéries à Gram négatif (la dose létale pour la souris est de 200
mcg).

81
 L'antigène O est constitué d'une mosaïque d'antigènes. On peut les mettre en évidence par
plusieurs techniques dont la plus courante est l'agglutination sur lame avec des anticorps
spécifiques

b) Antigène H

L'antigène H qui correspond aux flagelles (mobilité) n'est pas toxique. De nature protéique, il est
constitué d'une mosaïque d'antigènes. On peut les mettre en évidence par agglutination sur lame
avec des anticorps de collection (idem que ci-dessus).

c) Antigène K

L'antigène capsulaire K qui entoure la paroi de certaines entérobactéries participe à la résistance

à la phagocytose.

4. ESCHERICHIA COLI
4.1 Définition
Escherichia coli (colibacille) est une entérobactérie mobile capable de produire de l'indole.

4.2 Habitat
E. coli est un commensal du tube digestif de l'homme et des mammifères. Il représente à lui seul
la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin (espèce aérobie dominante) à
raison de 108 par gramme de fèces (flore totale : 1011 à 1012 bactéries par gramme).

4.3 Pouvoir pathogène

4.3.1 Les colibacilles, hôtes normaux de l'intestin, ne provoquent normalement pas de
maladie. Cependant ils possèdent un potentiel pathogène qu'ils expriment dans certaines
circonstances (pathogènes opportunistes) :

- Par pénétration par voie urétrale ascendante (contiguïté) dans l'arbre urinaire (Voir Chapitre
infections urinaires), ils peuvent être à l'origine de cystite (infection "urinaire basse" limitée à la
vessie, sans fièvre) et de pyélonéphrite (infection urinaire "haute" du rein, avec fièvre et
bactériémie). E. coli est responsable de plus des trois-quarts des infections urinaires spontanées
en pratique de ville. La pénétration des colibacilles dans l'arbre urinaire est favorisée chez la
femme par la brièveté de l'urètre. La persistance dans les voies urinaires est favorisée par (1) la
présence de pili ou fimbriae (adhésines) à la surface des bactéries pour lesquels il existe des
récepteurs à la surface des cellules épithéliales urinaires et (2) toute anomalie fonctionnelle de
l'arbre urinaire (stase, obstacle, reflux...).

- Par essaimage à point de départ digestif : (a) régional : cholécystite suppurée, péritonite, (b)
général : bactériémie.
- Par contamination néonatale : méningite du nouveau-né (souche K1 dont la capsule ressemble à
celle du méningocoque B).
82
 4.3.2 Certaines souches de colibacilles ont un pouvoir entéropathogène intrinsèque (Voir
chap. Diarrhées).

5. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
5.1 Dans les infections urinaires, le diagnostic bactériologique repose sur la mise en
évidence
- à l'examen microscopique : d'une réaction inflammatoire avec présence de polynucléaires (≥
104/ml)
- en culture : d'une concentration ≥ à 103/ml qui est suffisante pour établir le diagnostic d'infection
urinaire basse symptomatique à E. coli.
Lors d'une pyélonéphrite, les hémocultures peuvent être positives

5.2 Dans les infections locales autres qu'urinaires (péritonites...), le diagnostic est fait
selon les procédés habituels : prélèvements aseptiques, examen microscopique à la recherche
d'une réaction inflammatoire et de bacilles à Gram négatif, culture, identification et
antibiogramme.

5.3 Dans les diarrhées (voir Chapitre bactéries responsables de diarrhées)

6. TRAITEMENT
6.1 Traitement curatif
Le traitement des infections urinaires repose sur l'antibiothérapie et la correction des facteurs
favorisants (diurèse insuffisante, causes anatomiques, calculs...).

Le traitement des infections péritonéales et biliaires repose sur le drainage et l'antibiothérapie.

6.2 Traitement préventif

La prévention fait surtout appel aux mesures d'hygiène individuelle pour les infections urinaires à
répétition.

7. AUTRES ENTEROBACTERIES COMMENSALES

PROTEUS MIRABILIS
Il s’agit d’une bactérie très mobile (pouvant envahir les milieux de culture). C'est un commensal
du tube digestif.

Proteus mirabilis vient au second rang, après E. coli, dans l'étiologie des infections urinaires de
ville (10% des cas).

83
KLEBSIELLA PNEUMONIAE et KLEBSIELLA OXYTOCA
Ceux sont des espèces commensales du tube digestif et parfois des voies aériennes supérieures ;
K. pneumoniae, provoque des infections urinaires (5 % des infections en ville) et des surinfections
des bronches chez les bronchopathes chroniques, voire des abcès du poumon.

Klebsiella est naturellement résistante à l'ampicilline par production de pénicillinase

chromosomique.

AUTRES ENTEROBACTERIES SAPROPHYTES

Les autres entérobactéries sont des bactéries occasionnelles et transitoires du tube digestif, mais
sont surtout des bactéries saprophytes (environnement). Dénuées de pouvoir pathogène propre,
elles jouent surtout le rôle de bactéries opportunistes lors d'infections nosocomiales (urologie,
réanimation...).

Ce sont essentiellement Enterobacter et Serratia, Citrobacter freundii, Morganella morganii,

Providencia.

Toutes ces espèces sont naturellement résistantes à l'ampicilline et aux céphalosporines de 1ère
génération par production de céphalosporinase chromosomique inductible.

84
Chapitre 10 :
BACILLES A GRAM NEGATIF
EXIGEANTS OU HEMOPHILES

1. CLASSIFICATION
Genre Haemophilus :

- Petits bacilles à Gram négatif, immobiles, aéro-anaérobie facultatifs ;

- Exigeants pour leur croissance de 1 ou 2 facteurs présents dans le sang : Le facteur "V" (lettre "v"
majuscule), thermolabile = coenzyme 1 ou Nicotinamide- Adénine-Dinucléotide (NAD) et le facteur
"X" (lettre "x" majuscule) ou hémine, thermostable = ferroprotoporphyrine.

Le genre est composé d’espèces diverses primitivement commensales des muqueuses de l’homme
et des animaux : muqueuse de l’arbre respiratoire supérieur. Les Haemophilus peuvent également
être commensaux de l’appareil génital.

2. HAEMOPHILUS INFLUENZAE
2.1 Habitat - épidémiologie

H. influenzae (HAI) est commensal de l’oropharynx et nasopharynx.

Souches capsulées pathogènes (sérotypes a à f) : le sérotype b est le plus virulent.

En France, les infections invasives chez l’enfant (méningites, epiglottites, bactériémies, arthrites)
sont devenues rares depuis la vaccination anti-Hib obligatoire (incidence annuelle : enfants âgés de
0 à 4 ans à 2 pour 100.000).

2.2 Pouvoir pathogène

- Méningites purulentes : souches capsulées chez enfant rares depuis vaccin ; souches non capsulées
rapportées chez adulte >60 ans.

- Infections voies aériennes supérieures : rhinopharyngites, sinusites et otites (H. influenzae est
l'agent le plus fréquent des otites moyennes, immédiatement suivi par le pneumocoque) ;
occasionnellement laryngites, laryngo-trachéite, épiglottite.
85
- Infections voies aériennes inférieures : rôle important au cours des exacerbations de BPCO et de
pneumonies compliquant des infections virales.

- Autres localisations : par voie hématogène HAI peut entraîner une endocardite, une arthrite.
Autres infections décrites : urétrites, endométrites, salpingites, infections néo-natales.

2.3 Diagnostic bactériologique

Prélèvements :

- Sécrétions bronchiques prélevées dans de bonnes conditions

- Pus d'otite et de sinusite
- Liquide céphalorachidien en cas de méningite
- Hémocultures en cas de méningite et d'épiglottite

Examen microscopique et cultures

- Au Gram, petit BGN d’aspect coccobacillaire polymorphes, groupé ou non (dits en « banc de
poisson »).
- Culture uniquement sur milieu contenant les facteurs V et X (gélose au sang cuit = gélose chocolat) ;
Sérotypage (6 types a à f) à l’aide d’antisérum spécifiques.

2.4 Sensibilité aux antibiotiques et traitement

En 2013, environ 20% de souches productrices de pénicillinase (résistance aux aminopénicillines),
environ 20% de souches de sensibilité diminuée aux bêta-lactamines (par modification des PLP) et
environ 1% de souches associant les 2 mécanismes.
Traitement

- Amoxicilline+acide clavulanique, céphalosporine de 2ème ou 3ème génération (C3G en 1ère intention

dans les méningites et épiglottites) : céfotaxime ou ceftriaxone.

- Pristinamycine, dans les infections peu sévères si allergie bêta-lactamines.

- Fluoroquinolones en seconde intention (sauf enfant).

Prévention
Vaccination par polysaccharide capsulaire de type b (âge 2, 4 mois et rappel 11 mois).

Prévient les infections invasives mais a peu d'influence sur les infections ORL et respiratoires. La
vaccination a entrainé une diminution spectaculaire, durant les 10 dernières années, de l'incidence
des infections invasives de l'enfant (méningites…).

86
3. AUTRES HAEMOPHILUS
H. ducreyi, est l’agent du chancre mou (voir IST)

H. influenzae biogroupe aegyptius (antérieurement H. aegyptius ou bacille de KOCH-WEEKS) est

l'agent de conjonctivite aiguë épidémique dans les régions tropicales. Il est également responsable
de la fièvre purpurique brésilienne décrite à la fin des années 1980. Il exige les facteurs X et V.

H. aphrophilus, H. paraphrophilus et H. parainfluenzae sont des causes rares d’endocardite ou

d’abcès cérébral. Ils font partie d’un groupe de bactéries classiquement cité comme étant
responsable d’endocardites à hémoculture négatives car d’isolement difficile: le groupe HACCEK.

87
Chapitre 11 :
BACILLES GRAM NEGATIF AEROBIES STRICTS
1. PSEUDOMONAS AERUGINOSA
1.1 Modes de transmission et épidémiologie
Pseudomonas aeruginosa (PA) (couleur vert-de-gris) ou bacille pyocyanique (Gessard en 1882)

1ère guerre mondiale : agent du “pus bleu” à l'origine de la surinfection de plaies chez les soldats.

Années 1960-70, émergence de PA parallèlement au développement de l'hospitalisation et des

techniques invasives d'exploration : pathogène majeur de l'Homme, exemple-type des bactéries
nosocomiales opportunistes.

La dernière enquête de prévalence des infections associées aux soins organisée par Santé publique
France en 2012, classe PA au 3ème rang (8,4%) des espèces nosocomiales, derrière E. coli (26,0%) et
S. aureus (15,9%). Elle est une cause majeure d'infections pulmonaires nosocomiales (18,1%),
notamment dans les services de réanimation.

Réservoir “ubiquitaire”, en étroite relation avec les environnements hydriques riches en matière
organique (piscines, jacuzzi, égouts, lacs, estuaires...). L'hôpital est une niche écologique favorable
(siphons, douches, toilettes, endoscopes, nébulisateurs, humidificateurs, respirateurs...).

La contamination des malades peut être, soit directe à partir des réservoirs environnementaux, soit
indirecte par le matériel médical ou les mains du personnel soignant. Plus rarement, la bactérie peut
être retrouvée dans la flore digestive de l'Homme et s'y maintenir lorsque celle-ci est perturbée
(dysbiose) par la prise d'antibiotiques.

Les souches de PA sont isolées de façon sporadique ou être responsables de véritables épidémies
dans les services de soins (source environnementale).

1.2 Physiopathologie
PA est une bactérie opportuniste peu ou pas virulente chez l'individu sain mais qui peut s'avérer
redoutable chez les sujets dont l'immunité est affaiblie. Son génome, un des plus grands (6,3 millions
de paires de bases) parmi ceux des espèces bactériennes d'intérêt médical, lui permet de s'adapter
aux environnements hostiles et d'infecter divers hôtes dont l'Homme grâce à la production de
facteurs de virulence. On parle de virulence multifactorielle combinatoire (système de
communication intercellulaire, facteurs de virulence). De plus les cellules PA peuvent s'associer
entre elles pour former une structure hétérogène appelée biofilm : les bactéries s'entourent d'une
matrice complexe formée de polymères (ADN, polysaccharides) et de protéines, qui les met à l'abri

88
des défenses immunitaires de l'hôte. Cette forme de vie communautaire sessile s'oppose à la vie
planctonique, libre. La formation de biofilm s'accompagne d'une forte augmentation de la résistance
aux antibiotiques, source de difficultés thérapeutiques, ainsi que d'une chute dans la production de
la plupart des facteurs de virulence. Elle s'observe dans certaines infections chroniques en relation
avec la présence de matériel implanté (sondes urinaires, cathéters, sondes endotrachéales,
prothèses...) ou la production d'un mucus bronchique anormalement épais (cas de la mucoviscidose
ou de la bronchopneumopathie chronique obstructive). Cette forme de vie collective serait à
l'origine de la contamination des réseaux d'eau et, de fait, de cas d'infections nosocomiales en lien
avec ces systèmes de distribution.

1.3 Infections à PA
- Infections communautaires : PA est peu pathogène chez le sujet immunocompétent. Toutefois, à
l'occasion d'une baignade dans des eaux contaminées, il peut être responsable d'infections
communautaires le plus souvent bénignes telles que des folliculites, des surinfections de plaies ou
encore des otites externes. Les kératites méritent cependant une prise en charge anti-infectieuse
précoce pour éviter des séquelles cicatricielles, voire (cas rarissime) une fonte purulente de l'œil.
Les porteurs de lentilles sont plus à risque de développer des kératites à PA.

- Infections opportunistes (patients immunodéprimés, terrains particuliers, brûlés, patients de

réanimation...): PA est la cause de nombreuses infections pulmonaires (18,1%). Le pourcentage de
patients intubés-ventilés colonisés au niveau bronchique par P. aeruginosa augmente avec la durée
d'hospitalisation. Seule une minorité d'entre eux développera une pneumopathie mono- ou
bilatérale qui peut s'avérer fatale. PA est également responsable d'infections urinaires (surtout
patients porteurs de sondes), d'infections cutanées chez les brûlés et les patients présentant des
escarres et d'infections du site opératoire. D'autres types d'infections, moins fréquents,
surviennent régulièrement en milieu hospitalier (endocardites, infections ostéo-articulaires). Les
bactériémies à PA sont peu fréquentes (5,8% des bactériémies nosocomiales) mais à mortalité
élevée (chocs endotoxiniques).

- PA est associé à la mucoviscidose : L'épaississement et la surproduction du mucus bronchique

favorisent la colonisation des voies aériennes par divers microorganismes dont PA. La colonisation
chronique par PA représente un tournant dans l'histoire de la maladie car elle exacerbe
l'inflammation locale et altère la fonction respiratoire. Actuellement en France, l'âge moyen de
primo-colonisation (début de colonisation) des patients mucoviscidosiques par PA est de 8 ans.

1.4 Diagnostic bactériologique

P. aeruginosa est un bacille à Gram négatif non fermentant, aérobie strict, non sporulé, fin, mobile
grâce à une ciliature polaire. Sa culture est aisée, sur des milieux ordinaires. Dans le cadre de
pathologies pulmonaire (mucoviscidose, dilation des bronches, bronchopneumopathie chronique

89
obstructive), les colonies ont un morphotype mucoïde (colonies luisantes, muqueuses, voire
coulantes) est associé à la production d’exopolysaccharide visqueux.

Figure 1 : Culture de P. aeruginosa

L'identification de PA est facilitée une odeur caractéristique d'acacia, et de deux pigments, la

pyocyanine (bleu) spécifique de l'espèce P. aeruginosa et la pyoverdine (pigment vert fluorescent)
(Figure 1). Certaines souches ne sont pas pigmentées, d'autres élaborent un pigment rouge
(pyorubrine) ou noir (pyomélanine).

1.5 Sensibilité aux antibiotiques et traitement

PA est naturellement résistant à de nombreux antibiotiques en raison :

- de la présence d'une membrane externe peu perméable aux petites molécules

- de la production de plusieurs systèmes d'efflux actif
- de la production d'une ß-lactamase inductible (céphalosporinas) à large spectre, AmpC
- de la production d'une enzyme modificatrice des aminosides (APH (3')-IIb)

Antibiotiques habituellement actifs sur PA (peu nombreux et d'usage hospitalier).

ß-lactamines : pénicillines à large spectre : pipéracilline, ticarcilline, ceftazidime, céfépime,

ceftolozane (associé au tazobactam), ceftazidime, aztréonam, imipénème et méropénème
Aminosides : tobramycine et amikacine
Fluoroquinolones : ciprofloxacine
Polymyxines : polymyxine B et colistine

PA est capable de développer de nombreuses résistances, soit par l'activation de ses mécanismes
intrinsèques (naturels), soit par l'acquisition de matériel génétique étranger véhiculé par des
éléments mobiles (plasmides, transposons).

L'antibiothérapie doit être adaptée en fonction des résultats de l'antibiogramme.

90
91
2. ACINETOBACTER BAUMANNII
A. baumannii est une bactérie saprophyte, retrouvée principalement dans l’air et pouvant coloniser
les surfaces et la peau. A. baumannii est l'exemple même de la bactérie nosocomiale (= acquise à
l'hôpital) qui exprime son potentiel pathogène lorsqu’il colonise la peau, la sphère ORL et certains
matériels étrangers.

A. baumannii est un coccobacille à Gram négatif.

Il est naturellement résistant à de nombreuses bêta-lactamines comme les aminopénicillines, les

céphalosporines de première et de deuxième génération ainsi que l’ertapénème (carbapénème). De
nombreux mécanismes de résistance acquise aux bêta-lactamines peuvent se surajouter
(surproduction de sa céphalosporinase chromosomique AmpC, acquisition d'autres ß-lactamases,
production de carbapénèmase …).

A. baumannii est susceptible de coloniser la peau, le tube digestif et l’oropharynx. Bien que son
pouvoir pathogène soit faible, il peut être responsable d’infections nosocomiales sévères comme
des pneumopathies (patients ventilés), des bactériémies ou encore des infections sur cathéter chez
des patients fragilisés, des infections urinaires sur sonde. D’autres localisations sont également
possibles : œil, SNC (méningite post-intervention neuro-chirurgicale). Les personnes à risque sont
les patients hospitalisés en réanimation, les immunodéprimés et les grands brûlés.

L'antibiothérapie doit être adaptée en fonction des résultats de l'antibiogramme.

Des souches de A. baumannii résistantes à l'imipénème (ABRI), souvent associés à des

épidémies difficiles à maîtriser sont en augmentation (transmission manuportée). En réanimation,
du fait du risque de diffusion et de responsabilité dans des infections sévères difficiles à traiter, les
ABRI sont à considérer comme des Bactéries Hautement Résistantes Emergentes (BHRe)

92
Chapitre 12 :
BACTERIES RESPONSABLES DE PNEUMONIES
ATYPIQUES
1. MYCOPLASMA PNEUMONIAE
1.1 Habitat et pouvoir pathogène
Découvert en 1944, M. pneumoniae (MP) a été considéré initialement comme un virus en raison de
sa petite taille.
Germe de transmission interhumaine (microgouttelettes de salive).
MP n’appartient pas à la flore commensale des voies respiratoires.
MP est responsable d’infections respiratoires surtout chez les jeunes enfants et jeunes adultes (5-
35 ans). Les infections sont endémiques avec des poussées épidémiques. MP est responsable de
30% des pneumonies communautaires (PAC) chez l’enfant (jusqu’à 50% entre 5 et 15 ans). MP est
le 2ème agent responsable de PAC après le pneumocoque.
1.2 Manifestations respiratoires
MP est responsable d’infections aiguës : trachéobronchites (majorité des cas) avec toux trainante.
Forme caractéristique : syndrome fébrile, tableau de pneumonie d’installation progressive avec
signes de la sphère ORL et toux sèche.

1.3 Manifestations extra-respiratoires

Sont la conséquence de lésions infectieuses directes et/ou de réactions auto-immunes : les plus
fréquentes sont dermatologiques (érythème polymorphe) et neurologiques (syndrome de Guillain
Barré et encéphalites).

2. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
2.1 Diagnostic direct par culture
Les prélèvements doivent rapporter des cellules auxquelles adhère MP : prélèvement de gorge et
aspiration nasopharyngée (en milieu de transport) ; LBA (éviter les crachats en raison de la forte
contamination par la fore commensale).
Pas d’examen microscopique.
Culture de MP fastidieuse (milieux de culture complexes, 7 à 10 jours) : laboratoires spécialisés.

2.2 Diagnostic moléculaire

Excellents résultats, différents kits commerciaux. Il existe des trousses détectant M. pneumoniae,
Chlamydia pneumoniae et Legionella pneumophila.
93
 2.3 Diagnostic indirect (sérologie)
En primo-infection, apparition des Ac en 7-10 jours (pic à 6 semaines). L’infection aiguë est confirmée
par la présence d’IgM. Les IgM ne sont habituellement plus présentes lors des réinfections.

2.4 Traitement
Du fait de l’absence de paroi, MP est résistant aux bêta-lactamines. MP est sensible aux cyclines, aux
macrolides et aux fluroquinolones.
Le traitement repose sur les macrolides : durée de traitement fonction de la molécule.

3. CHLAMYDIA PNEUMONIAE
3.1 Habitat et pouvoir pathogène
Homme avec transmission exclusivement interhumaine.
La prévalence des anticorps spécifique est de 25-50% à l’âge adulte.

3. 2 Responsable d’infections respiratoires hautes et basses : bronchite,

sinusite, pharyngite, pneumonie atypique. Rôle éventuel dans la genèse de l'athérosclérose en cours
d’étude.

3.3 Diagnostic bactériologique

Direct : La culture est difficile. Il existe des méthodes moléculaires de recherche à partir des
secrétions pharyngées ou respiratoires.

Sérologie : micro-immunofluorescence ; les anticorps spécifiques apparaissent 3 semaines après la

primo-infection (titre significatif > 512). La séroprévalence importante dans la population générale
rend la sérologie souvent difficile à interpréter.

3.4 Traitement : cyclines (doxycycline), macrolides.

4. CHLAMYDIA PSITTACI
4.1 Habitat et pouvoir pathogène
Réservoir de germes : oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et mammifères. Distribution mondiale.

Pouvoir pathogène : La contamination humaine se fait essentiellement par voie respiratoire

(inhalation d’aérosols de poussières ou de fientes contaminées). Elle est favorisée par les contacts
rapprochés avec les oiseaux infectés ou leurs déjections (manipulations, soins, nettoyage des cages,
etc..).
L’ornithose-psittacose est une maladie professionnelle chez les oiseleurs, les éleveurs de poulets,
de canards et les personnes travaillant en abattoir.
94
Après une période d'incubation de 1 à 2 semaines, les Chlamydia spp. se multiplient dans le poumon
et entrainent une pneumonie à la localisation radiologique atypique.

La maladie est souvent bénigne avec un syndrome pseudo-grippal (fièvre, céphalées, myalgie) et
une toux sèche. Elle peut être plus grave avec une pneumopathie atypique sévère (parfois SDRA),
ou plus rarement une forme extra-pulmonaire (rénale, encéphalite, myocardite, glomérulonéphrite
…) ; mortalité 1%.

4.2 Diagnostic bactériologique

Les sérologies sont les méthodes les plus utilisées (ELISA spécifiques de genre et Micro-
immunofluorescence directe, spécifique d'espèce).

4.3 Traitement
Préventif : règlements d'hygiène publique (pigeons) et d'importation des oiseaux d'agrément.
Curatif : antibiotiques qui ont une bonne pénétration cellulaire : cyclines (doxycycline) ou
macrolides.

5. LEGIONELLA PNEUMOPHILA
5.1 Classification
Le genre Legionella comprend environ 60 espèces. L’espèce « type » : Legionella pneumophila
responsable de 90% des cas de légionellose, parmi lesquels le sérogroupe 1 de cette espèce
prédomine (85% des cas).
Le nom de la maladie vient des circonstances de sa découverte en 1976 (Figure 5) chez des anciens
combattants ayant assisté à un congrès dans un hôtel de Philadelphie (Pennsylvanie), aux USA.

5.2 Habitat – pouvoir pathogène - clinique

Les légionelles sont ubiquitaires, présentent en faibles concentrations dans les milieux hydro-
telluriques naturels. La contamination se fait essentiellement par inhalation d’aérosol d’eau
contaminée.
Conditions favorables à leur prolifération : température de l’eau (25-45°C), réseaux d’eau chaude
sanitaire avec stagnation (formation de biofilm).
Sources de contamination diverses : douches, bains à remous, tours aéro-réfrigérantes. La dose
contaminante n’est pas établie ; la survenue d’une infection est fonction de l’état immunitaire du
sujet, de la concentration de légionnelle dans l’eau et de la souche. Pas de contamination inter-
humaine.

95
Facteurs de risque : âge (>50 ans), sexe masculin, tabac, diabète, corticothérapie, traitements
immunosuppresseurs, durée et répétition de l’exposition.
La légionellose est une maladie à déclaration obligatoire (UE6-142).
- Tous les cas de légionellose diagnostiqués doivent être déclarés (médecins et biologistes) aux
autorités sanitaires locales (Agences Régionales de Santé - ARS).
- Fiche de notification, permet une enquête autour du cas : questionnaire standardisé qui permet
de recueillir des informations complémentaires relatives aux caractéristiques du patient et à ses
activités pendant la période d’incubation (jusqu’à 10 jours) et de rechercher d'autres cas liés aux
expositions à risque identifiées. Une enquête environnementale autour du/des cas peut être
menée en complément.

Legionella est responsable de 3 entités cliniques distinctes : la légionellose ou maladie des

légionnaires, la fièvre de Pontiac et les formes extrapulmonaires.
- La légionellose : forme la plus commune, pneumonie aiguë = maladie des légionnaires
- La fièvre de Pontiac : syndrome pseudo-grippal de guérison spontanée en 2 à 5 jours ; pas de
pneumonie associée et infection jamais mortelle ; période d’incubation : 1 à 2 jours / taux
d’attaque important de 90 %.
- Les formes extra-pulmonaires : exceptionnelles, surtout les patients immunodéprimés ; site le
plus fréquent : cœur (myocardite, péricardite, endocardite) ; formes neurologiques, digestives,
rénales, musculaires, cutanées ou articulaires.
Principales caractéristiques épidémiologiques des légionelloses déclarées en France :
(www.santepubliquefrance.fr).
La légionellose est associée à des pneumonies aiguës communautaires (PAC) graves. La totalité
(98%) des cas déclarés en France correspond à des patients hospitalisés ; mortalité globale 15% (30%
pour les patients immunodéprimés).
Grande majorité des cas (90 %) communautaire ; Origine nosocomiale associée à une mortalité
accrue (30%).
La légionellose se situe au 3ème ou 4ème rang des étiologies des PAC hospitalisées : représente 2 à
15 % des PAC nécessitant une hospitalisation. Un total de 1200 à 1500 cas est déclaré chaque année
en France (incidence de 2 cas / 100 000 habitants par an).
La légionellose le plus fréquente est caractérisée par une pneumonie aiguë.
Après une période d’incubation de 2 à 10 jours, le début est progressif (pseudo-grippal avec une
fièvre, des céphalées, des myalgies, une anorexie). A la phase d’état, le tableau associe une fièvre
élevée à 40°C, une dyspnée et une toux importante pouvant s’accompagner d’expectorations. La
pneumonie est souvent associée à des signes digestifs (50%) à type de diarrhée ou douleurs
abdominales et à des signes neurologiques (40%) de type confusion, hallucination(s), signe(s) de
focalisation, coma. Elle peut s'accompagner dans les formes sévères de signes de défaillance multi-
viscérale. Ces signes sont aspécifiques et leur absence n’écarte pas le diagnostic.
96
 5.3 Physiopathologie
Legionella est une bactérie intracellulaire facultative environnementale capable de se multiplier
dans des protozoaires, notamment les amibes, jusqu’à entraîner leur lyse.
Legionella est un pathogène opportuniste qui infecte accidentellement l’homme en se multipliant
dans les macrophages alvéolaires et les cellules épithéliales pulmonaires suite à l’inhalation de
micro-gouttelettes d’eau contaminées.

5.4 Diagnostic bactériologique

Deux méthodes essentielles au diagnostic rapide des légionelloses :
- Détection des antigènes de Legionella dans les urines (tests immuno-chromatographiques) : test
de 1ère ligne permettant de poser un diagnostic rapide, précoce et simple. Ce test est limité à
L. pneumophila sérogroupe 1 (Lp1), mais 80 à 90% des cas de légionellose sont dus à ce
sérogroupe ; la sensibilité des tests est estimée entre 70 et 90 %.
- PCR Legionella réalisée sur prélèvements pulmonaires.
- Diagnostic sérologique : Limitée car ne permet qu’un diagnostic rétrospectif ; son interprétation
impose de mettre en évidence une séroconversion (= élévation du titre des anticorps x4 sur 2
échantillons de sang), les anticorps apparaissant le plus souvent deux semaines voire cinq semaines
après le début de l’infection.

- Culture : Legionella est aérobie et exigeant pour sa croissance (milieux spécifiques très riches) ; la
culture est lente (2 à 5 jours). Culture indispensable pour la comparaison des souches en cas de
cas groupés ou de recherche d’une source unique de contamination.

6. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES – TRAITEMENT –

PREVENTION
L’antibiothérapie repose sur 3 classes d’antibiotiques à activité intracellulaire : macrolides,
fluoroquinolones et rifampicine auxquelles Legionella est constamment sensible.

- Formes peu sévères : macrolides (8-14 jours) ;

- Formes graves et/ou immunodépression : fluoroquinolones ou association (2/3) (Macrolides,

Fluoroquinolones, Rifampicine) 21 jours.

La Prévention repose sur :

- Une surveillance environnementale de la prolifération des légionelles dans l'eau (voir circulaires
ministérielles): maîtrise et contrôle des réseaux d'eau, en particulier d'eau chaude, des tours aéro-

97
 réfrigérantes et des installations d'hydrothérapie : réseaux en boucle, suppression des bras morts,
eau <20°C ou >50°C, désentartrage, entretien...

- Déclaration immédiate des cas communautaires pour identifier les cas reliés ou groupés. En cas de
légionellose nosocomiale : mettre en place une surveillance clinique de tous les patients
hospitalisés susceptibles d’avoir été exposés, afin de mettre en œuvre très rapidement le
traitement approprié si cela s’avère nécessaire.

Item de connaissances 154 : Infections respiratoires

 Connaître les principaux agents infectieux responsables des infections respiratoires basses
et leur fréquence relative, chez l'adulte et chez l'enfant : pneumonies, bronchiolites et
bronchites
 Savoir documenter microbiologiquement l'infection en fonction du tableau clinique et du
terrain
 Examens de première intention à connaître et hiérarchiser en fonction de la gravité et
d'épidémiologie (Antigénuries, hémocultures, ECBC, ponction pleurale PCR ciblées ; PCR
syndromique)
 Connaître les principes du traitement de première intention des infections respiratoires
basses chez l'adulte et l'enfant

98
Chapitre 13 :
BACTERIES RESPONSABLES DE DIARRHEES
Sources : REMIC 2018, PILLY 2016 et 2018, site web Institut Pasteur (site des CNR)

La diarrhée aigüe est définie par l’émission d’au moins 3 selles liquides et/ou molles par jour.

1. FICHE SALMONELLA SPP.

Les salmonelles sont des bacilles à Gram négatif qui appartiennent à la famille des
Enterobacteriaceae. Seule l’espèce Salmonella enterica est pathogène chez l’homme. Cette espèce
se subdivise en de très nombreux sérotypes.

1.1 Clinique
Chez l’homme, les salmonelloses sont responsables de 2 grands types d’infections liés à certains
sérotypes :

1. Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes (maladies à déclaration obligatoire) causées par des
sérotypes de Salmonella strictement adaptés à l'homme, que l’on appelle encore les salmonelles
majeures : Salmonella Typhi (typhoïde), Salmonella Paratyphi A, Paratyphi B et Paratyphi C
(paratyphoïdes). La contamination se fait par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés (péril fécal).

En clinique, après un début progressif, à la phase d’état, la fièvre atteint un plateau à 40°C, associée à
des signes digestifs, neuropsychiques (tuphos), et parfois cutanéo-muqueux. Des formes à début
brutal ou atypiques peuvent se voir.

2. Les gastro-entérite et toxi-infections alimentaires collectives (TIAC)

Les gastro-entérites sont provoquées par les autres sérotypes de Salmonelles, présents chez l’homme
et les animaux, qu’on appelle salmonelles mineures. Le sérotype majoritaire est Typhimurium
(ubiquitaire), puis le sérotype Enteritidis (« filière œuf »). Le principal mode de contamination est
l’ingestion d’aliments non suffisamment cuits.

Les manifestations cliniques sont une fièvre, une diarrhée, des vomissements et des douleurs
abdominales.

1.2 Diagnostic bactériologique

- Hémocultures ++ (Fièvres typhoïdes/paratyphoïdes)
- Coproculture sur milieux sélectifs. La recherche par amplification génique est également possible.
- Identification biochimique (lactose -) et sérotypage (antigène O, antigène H)
- Recherche dans les aliments (cas groupés, TIAC)

99
 1.3 Traitement
- Fièvres typhoïdes/paratyphoïdes : fluoroquinolones ou ceftriaxone. L’azythromycine est une
alternative thérapeutique dans les formes non compliquées en cas de souche de sensibilité diminuée
aux fluoroquinolones

- Gastroentérite : réhydratation. Cette gastro-entérite disparaît généralement sans traitement. Chez

les personnes âgées, les nourrissons, ou les personnes immunodéprimées il est possible de prescrire
des antibiotiques (fluoroquinolones, azythromycine, céphalosporine de 3e génération). L’infection
peut être plus sévère, voire mortelle dans cette population

1.4 Prévention
- Hygiène générale : aliments, eau potable...
- Le vaccin anti-typhoïdique est bien toléré (une seule injection) et est recommandé aux voyageurs
qui se rendent dans des régions à risque.
- Bonne cuisson des aliments (viandes++), lavage des mains après contact avec un animal vivant
(reptiles ++)

2. FICHE SHIGELLA SPP.

Les Shigelles sont des bacilles à Gram négatif qui appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae.
Il existe 4 espèces : Shigella dysenteriae (le type 1 ou bacille de Shiga étant à l’origine de flambées
épidémiques), S. flexneri (le sérotype 2a est responsable de la forme endémique de la maladie dans
les pays en voie de développement), S. boydii et S. sonnei (prévalente dans les pays industrialisés).
Leur classification est basée sur l’antigène O qui permet de distinguer ces 4 « espèces ». Elles sont
retrouvées sous forme endémique dans les pays tropicaux avec parfois des épidémies importantes.
L’homme est le seul réservoir. La contamination se fait par transmission interhumaine directe ou par
ingestion d’aliments ou d’eau contaminés.

2.1 Clinique
La forme dysentérique aiguë typique de l’adulte débute brusquement, après une incubation de 24 à
72h. Elle est caractérisée par des douleurs abdominales, souvent accompagnées de vomissements,
d’épreintes et de l’émission quasi permanente de selles innombrables, glairo-sanglantes et
purulentes, voire parfois hémorragiques. La fièvre est élevée, avec altération de l’état général. Des
complications sont possibles, (nourrisson et jeune enfant ++), responsables de formes graves
pouvant aboutir au décès.

Il existe également des formes bénignes (diarrhée aqueuse sans fièvre souvent due à S. sonnei), et des
formes subaiguës.

100
 2.2 Bases biologiques
- Les shigelles sont très virulentes et quelques dizaines de bacilles suffisent à provoquer la maladie.
Elles envahissent les cellules épithéliales intestinales puis le tissu constituant la muqueuse recto-
colique, conduisant à une inflammation intense et la destruction des tissus (caractère entéro-
invasif).

- Plasmide de virulence

- Certaines souches de S. dysenteriae produisent une toxine (shiga-toxine) codée par un gène
chromosomique et pouvant causer un syndrome hémolytique et urémique (SHU). Ces souches sont
surtout rencontrées dans les pays en voie de développement.

2.3 Diagnostic bactériologique

- Coprocultures sur milieux sélectifs
- La recherche par amplification génique est également possible.
- Identification biochimique (lactose -)
- Identification d’espèce par test d’agglutination antigénique (Antigène O).

2.4 Traitement
Réhydratation et antibiothérapie (en fonction de l’antibiogramme : amoxicilline, cotrimoxazole,
fluoroquinolone ou azithromycine). Cependant des souches multirésistantes émergent. Le recours aux
céphalosporines de 3ème génération peut s’avérer nécessaire.

2.5 Prévention
Hygiène générale : mains, aliments, eau potable (lutte contre le péril fécal).

3. FICHE YERSINIA SPP.

Le genre Yersinia comprend 3 espèces pathogènes pour l’homme : Y. pestis (agent de la peste) et 2
espèces entéropathogènes : Yersinia enterocolitica et Y. pseudotuberculosis qui sont des bacilles à
Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae.

Yersinia est une bactérie ubiquitaire très répandue dans la nature et capable de se multiplier à 4°C. Le
réservoir est principalement animal (porc +++). La transmission est féco-orale après ingestion
d’aliments contaminés.

3.1 Clinique
Yersinia est la 3e cause de diarrhée bactérienne en France (après Campylobacter et Salmonella).

Y. enterocolitica est responsable d’entérite aigue avec fièvre, diarrhées et douleurs abdominales et
prédomine chez l’enfant de moins de 10 ans.
101
Y. pseudotuberculosis touche surtout les personnes de plus de 60 ans. Elle est responsable d’adénite
mésentérique et peut donner un syndrome pseudo-appendiculaire.

Les yersinioses sont souvent sévères chez les personnes de plus de 60 ans qui développent des formes
généralisées souvent mortelles.

Des syndromes post-infectieux sont possibles (érythème noueux, arthrite réactionnelle).

3.2 Diagnostic
Yersinia doit être recherchée à partir des selles sur milieux sélectif (coproculture) devant tout
syndrome digestif même en l’absence de diarrhées. Des hémocultures doivent être réalisées.
L’isolement d’une souche de Y. pseudotuberculosis signe la pathologie infectieuse observée. En
revanche les souches de Y. enterocolitica pathogènes appartiennent à certains sérogroupes
particuliers.
La recherche par amplification génique à partir des selles est également possible.
La sérologie peut être utile dans certains cas (après antibiothérapie, lors de complication
secondaires…).

3.3 Traitement
Y. pseudotuberculosis est habituellement sensible aux antibiotiques utilisés pour traiter les infections
à bacilles à Gram négatif.

Y. enterocolitica est naturellement résistant aux pénicillines et aux céphalosporines de 1 ère et 2eme
génération (pénicillinase et céphalosporinase chromosomiques). Y. enterocolitica est sensible à la
ciprofloxacine (première intention) et à la ceftriaxone (C3G).

4. FICHES ESCHERICHIA COLI (SOUCHES ENTEROPATHOGENES)

Escherichia coli est un bacille à Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae.

E. coli est une bactérie retrouvée dans le tube digestif de l’homme et des animaux à sang chaud. La
plupart des souches de E. coli sont inoffensives, seules quelques-unes sont pathogènes. Les souches
responsables de diarrhées sont classées en 5 pathovars principaux : E. coli entérotoxinogènes (ETEC,
qui produisent des toxines), entéropathogènes (EPEC, qui remanient localement le cytosquelette en
adhérant à la membrane cytoplasmique et détruisent les microvillosités environnantes sans invasion
de la muqueuse), entéroaggrégatifs (EAEC, qui adhèrent aux entérocytes différemment des EPEC),
entérohémorragiques (EHEC ou STEC, qui sont des EPEC qui produisent en plus une shiga-toxine),
entéroinvasifs (EIEC, qui envahissent la muqueuse colique et induisent une réponse inflammatoire
destructrice).

Les E. coli entéro-hémorragiques (EHEC ou E. coli producteurs de shiga-toxines) : STEC sont des
pathogènes associés à des manifestations digestives qui vont de la diarrhée aqueuse bénigne à la

102
colite hémorragique pouvant évoluer vers un syndrome hémolytique et urémique (SHU) en
particulier chez l’enfant. Ils sont responsables de cas sporadiques ou d’épidémies.

Les souches d’EHEC sont responsables d’intoxications alimentaires : consommation de produits

animaux mal cuits ou consommés crus (exemples : steak haché surgelé), de produits laitiers ou même
de fruits et légumes frais ayant été en contact avec ces souches.

La virulence est liée à la production de Shiga toxine (Stx). La technique de référence pour mettre en
évidence une infection à EHEC est la PCR qui détecte les toxines stx1 ou stx2 dans les selles. Les toxines
Stx peuvent aussi être détectées par des tests immunologiques mais leur sensibilité reste encore
insuffisante. Les EHEC doivent être recherchés devant une diarrhée sanglante, le plus tôt possible
après le début de la symptomatologie (brièveté de l’émission de EHEC).

La plupart des antibiotiques sont déconseillés pour traiter les infections à EHEC. En effet ils
entraînent la libération de shiga-toxines dans l’organisme par destruction des bactéries, ce qui peut
déclencher ou aggraver un SHU.

Le traitement des épisodes diarrhéiques est symptomatique : réhydratation.

Les diarrhées aqueuses de retour de voyage (« turista ») sont le plus souvent liées aux E. coli
entérotoxinogènes (ETEC). Ces souches agissent par l’intermédiaire de leur entérotoxine pour
provoquer une diarrhée cholériforme. La recherche de ce pathotype n’est pas réalisée en pratique
courante (possibilité de détection par PCR des gènes des entérotoxines).

Les E. coli entéroinvasifs (EIEC) doivent être recherchés après un voyage récent en « pays tropical ».

Les E. coli entéropathogènes (EPEC) sont surtout cause de gastro-entérites infantiles dans les
maternités ou les crèches.

Les E. coli entéroaggrégatifs (EAEC) sont responsables du même type de diarrhée que les EPEC mais
avec une évolution parfois plus chronique. Ils sont aussi responsables de diarrhée du voyageur.

5. FICHE VIBRIO CHOLERAE

Les vibrions à l’origine de pathologies chez l’homme comprennent :

1/ les « vibrions cholériques », agents du choléra, appartenant aux sérogroupes O1 et O139 de

l’espèce V. cholerae.

2/ les « Vibrions non cholériques » comprenant les sérogroupes autres que O1 ou O139 de l’espèce
V. cholerae ainsi que onze autres espèces du genre Vibrio (ex. V. parahaemolyticus).

5.1 Réservoir, transmission

L’homme est le principal réservoir. La transmission est étroitement liée à un accès inapproprié à l’eau
potable et à des installations d’assainissement de l’eau (bidonvilles, camps de réfugiés…).
103
 5.2 Pathologie(s) provoquée(s)
Le choléra est une bactérie extrêmement virulente qui peut provoquer une diarrhée aqueuse aiguë
sévère (diarrhée profuse, selles aqueuses dites « eau de riz »). Elle peut tuer en quelques heures en
l’absence de traitement (réhydratation).

Les vibrions non cholériques sont responsables de diarrhées aqueuses moins sévères.

5.3 Bases biologiques du pouvoir pathogène

Entérotoxine cholérique, principale responsable de l’importante fuite hydro-électrolytique qui
caractérise l’infection.

5.4 Principaux caractères bactériologiques

- Bacille à Gram négatif fin et incurvé (en virgule)
- Très mobile

5.5 Diagnostic bactériologique

- Présence à l’état frais des selles de petits bacilles incurvés mobiles
- Culture sur milieux sélectifs
- La recherche par amplification génique est également possible.
- Agglutination avec les antisérums O1 ou O139

5.6 Traitement
Réhydratation et traitement antibiotique (la doxycycline est le traitement de première intention mais
l’antibiogramme est nécessaire).

5.7 Prévention
Hygiène générale : eau potable.
Vaccination (efficacité limitée).

6. FICHE CAMPYLOBACTER SPP.

Les Campylobacter sont des bacilles à Gram négatif, fins, incurvés, très mobiles. Ils sont
microaérophiles (nécessitent de l’oxygène pour cultiver mais à une pression partielle inférieure à
celle de l’air ambiant).

Les 2 principales espèces les plus fréquemment rencontrées dans les selles en France sont C. jejuni
et C. coli.

104
Les infections à Campylobacter sont la première cause d’infections bactériennes intestinales ; des
infections systémiques sont décrites. Elles représentent également la première cause du syndrome
de Guillain-Barré (complication post-infectieuse d’ordre neuro-immunologique).

La volaille est la principale source de contamination humaine. Mais d’autres sources sont possibles :
viande d’autres animaux domestiques, contacts avec animaux de compagnie (chats, chiens),
contamination de sources d’eau (pays en voie de développement).

6.1 Diagnostic
- Les selles doivent être acheminées rapidement au laboratoire (fragilité des Campylobacter spp.)

- La culture des selles est faite sur un milieu riche, sélectif, incubé en atmosphère microaérophile.
La recherche par amplification génique est également possible.

- Les tests immuno-chromatographiques rapides sont plus sensibles que la culture et ont une bonne
spécificité. Ils peuvent être utilisés en screening avant la culture.

- Le diagnostic sérologique n’est utile que pour confirmer l’étiologie d’un syndrome de Guillain-
Barré.

6.2 Traitement
L’infection peut guérir spontanément. L’azithromycine est le traitement de première intention.
L’antibiogramme est indispensable du fait de l’augmentation des résistances.

7. FICHE CLOSTRIDIODES DIFFICILE

Clostridium difficile est un bacille à Gram positif, anaérobie strict qui a la capacité de sporuler. Cette
bactérie est retrouvée dans l’environnement et dans l’intestin de l’homme et de nombreux animaux.
La transmission de C. difficile se fait principalement par ingestion de spores (voie féco-orale).

7.1 Pathologie(s) provoquée(s)

C. difficile est responsable de 10 à 25% des diarrhées post-antibiotiques, de 10% des diarrhées
associées aux soins et de 95% des cas de colites pseudo membraneuses. Le spectre clinique
infections à Clostridium difficile (ICD) va de la simple diarrhée à la colite pseudo-membraneuse et à
des complications comme le mégacôlon toxique, la perforation colique ou le choc septique.

Un des aspects caractéristiques des ICD est le taux élevé de récidives (dans les 2 mois, chez environ
20 % des patients après un premier épisode et chez 40% des patients ayant fait une première récidive).

Les principaux facteurs de risques d’infection sont l’âge (≥ 65 ans), l’administration d’antibiotiques
(principalement céphalosporines de troisième génération, amoxicilline associée à l’acide
clavulanique, clindamycine et fluoroquinolones) et l’hospitalisation.

105
 7.2 Base(s) biologique(s) du pouvoir pathogène
La virulence des souches est principalement liée à la sécrétion de 2 toxines : les toxines A et B.

7.3 Diagnostic bactériologique

L’ICD doit être évoquée en cas de diarrhée survenant au cours ou au décours d’une antibiothérapie,
de colite pseudo membraneuse ou de mégacôlon toxique, de diarrhée associée aux soins, mais aussi
de diarrhée aigüe d’origine communautaire. La recherche d’ICD ne doit pas être effectuée chez
l’enfant de moins de 2 ans (interprétation difficile du fait du taux de portage très important).

Le diagnostic des ICD repose sur des arguments cliniques et sur la détection des toxines libres dans
les selles (affirme le diagnostic) ou sur la mise en évidence d'une souche toxinogène (ICD ou portage
d’une souche toxinogène chez un patient qui a la diarrhée pour une autre raison, à confronter au
contexte clinique). Un algorithme en deux étapes composé d'une méthode sensible de dépistage,
suivie d'une méthode de confirmation plus spécifique est recommandée. La recherche de C. difficile
ne fait pas partie de la coproculture standard.

La mise en évidence de de pseudomembranes à l’endoscopie est pathognomonique d’une ICD.

7.4 Traitement
Réhydrater et, si possible arrêter l’antibiotique inducteur ou le remplacer par un antibiotique à
moindre risque. Le métronidazole per os reste le traitement de première intention des formes simples
d’ICD. La vancomycine per os est plus efficace que le métronidazole, en particulier pour les formes
sévères d’ICD. La fidaxomicine peut également être utilisée dans le traitement des ICD. Dans les cas
de récidives multiples la transplantation de microbiote fécal est recommandée.

7.5 Prévention
La prévention primaire repose sur le bon usage des antibiotiques. La prévention secondaire repose
sur la mise en place de précautions contact, l’isolement du patient en chambre seule, la désinfection
quotidienne des locaux par un produit sporicide (chambre), l’utilisation de matériel à usage unique, le
port de gants, l’hygiène des mains.

8. AUTRES BACTERIES RESPONSABLES DE DIARRHEES

D’autres bactéries peuvent être responsables de diarrhées : Aeromonas sp., Plesiomonas
shigelloides, Clostridium perfringens, Bacillus cereus.

Certaines bactéries peuvent être responsables de TIAC par production de toxines présentes dans
l’aliment ingéré : Staphylococcus aureus, B. cereus.

106
9. POINTS CLES DIAGNOSTIC DES DIARREES BACTERIENNES
Diarrhée = ≥ 3 selles/jours non moulées ; la majorité de résolution spontanée avec un traitement
symptomatique (diarrhée aigue = évolution < 2 semaines)
Penser à faire des hémocultures si fièvre
Réalisation d’une coproculture indiquée si : diarrhée fébrile, immunosuppression, signes de gravité
(déshydratation, sepsis, syndrome occlusif…), retour des tropiques ..
Permet la recherche des Salmonelles, Shigella spp., Campylobacter, Yersinia
Une toxi-infection alimentaire (TIAC) = au moins 2 cas dont on peut rapporter la cause à une même
origine alimentaire ; Déclaration obligatoire ; les 3 principales causes de TIAC sont les salmonelles
(non typiques), Staphylococcus aureus et Bacillus cereus.
Prise en charge au laboratoire
 Examen macroscopique : consistance, glaires, pus, sang (les recherches ne sont pas réalisées
sur les selles moulées)
 Examen microscopique : peu informatif sauf vibrio
 Cultures sur milieu sélectif (rechercher un pathogène parmi une flore riche et variée) =
milieux permettant de mettre en évidence une particularité du pathogène recherché ou de
favoriser sa culture/flore digestive
 Milieux d’enrichissement (salmonelles)
 Identifications et antibiogrammes, séroagglutination (salmonelles, shigelles..)
 Développement de méthodes moléculaires plus rapides

Item de connaissances 176 : Diarrhées infectieuses de l'adulte et de l'enfant

 Connaître la définition d'une diarrhée
 Connaître les principales causes, mécanismes et modes de transmission des diarrhées
 Savoir identifier les situations à prendre en charge en urgence
 Connaître les éléments d'orientation étiologique d'une diarrhée aiguë infectieuse -
 Savoir diagnostiquer un syndrome cholériforme, dysentérique et gastroentéritique
 Connaître les principaux examens complémentaires à visée étiologique
 Connaître les principes de l'antibiothérapie
 Connaître les éléments de prévention d'une diarrhée infectieuse
 Connaître la définition d'une toxi-infection alimentaire collective
 Savoir identifier les situations à prendre en charge en urgence

107
Chapitre 13 :
LES INFECTIONS SEXUELLEMENT
TRANSMISSIBLES
INTRODUCTION
Terme : Infection sexuellement Transmissibles (IST) à utiliser plutôt que Maladies Sexuellement
Transmissibles (MST) car prend en compte la notion de formes asymptomatiques.

PRINCIPAUX FAITS (OMS – Février 2019)

 Chaque jour, plus d’un million de personnes contractent une IST
 On estime que, chaque année, 357 millions de personnes contractent l’une des 4 IST
suivantes : chlamydiose, gonorrhée, syphilis ou trichomonase.
 Plus de 500 millions de personnes sont atteintes du virus responsable de l’herpès génital
(HSV2).
 Plus de 290 millions de femmes souffrent d’une infection à papillomavirus humain (VPH).
 Dans la majorité des cas, les IST sont asymptomatiques ou s’accompagnent de symptômes
bénins qui ne sont pas reconnus comme ceux d’une IST.
 Les infections comme l’herpès génital (HSV de type 2) et la syphilis augmentent le risque de
contracter le VIH.
 Plus de 900 000 femmes enceintes ont été infectées par la syphilis en 2012 : complications
dans 350 000 cas pouvant entrainer une mortalité fœtale.
 Dans certains cas, les IST peuvent avoir de graves conséquences sur la santé reproductive
(stérilité, ou transmission materno-foetale).
 La résistance aux antibiotiques, en particulier à ceux actifs sur le gonocoque, est une menace
majeure pour la réduction de l’impact des IST dans le monde.

POINTS FORTS

 Augmentation du nombre de cas d’IST

 Infections asymptomatiques ou pauci-symptomatiques
 Complications ++ (salpingites, prostatites, impact sur la fertilité, neurosyphilis)
 Augmentation du risque de transmission du VIH
 Augmentation des résistances (Gonocoque, Mycoplasma genitalium)
 Recommandations de dépistage

Ne sont traités dans ce chapitre que les IST liées à des bactéries : Gonocoque, Chlamydia, Syphilis,
Mycoplasmes
108
1. INFECTIONS A NEISSERIA GONORRHOEAE

Diplocoque Gram négatif (en grain de café), souvent intracellulaire.

Le gonocoque ou N. gonorrhoeae, (NEISSER en 1879 dans le pus de blennorragie) diffère du

méningocoque par l'absence d'utilisation du maltose et par sa constitution antigénique.

1.1 Habitat
Le gonocoque (NG) est un parasite strict de l'espèce humaine.

1.2 Pouvoir pathogène et clinique

Agent d’une des IST les plus répandues, communément appelée gonococcie ou blennorragie.
Transmission principalement le fait des sujets porteurs asymptomatiques de NG (femmes ou bien
hommes porteurs au niveau pharyngé ou rectal).
Incidence variable des infections selon les pays mais :
-pays développés : nette diminution entre 1985 et 1995 ; recrudescence depuis 1998.
-en France : 70% des cas chez les hommes et 50% chez des hommes ayant des relations sexuelles
avec des hommes (HSH) ; 17% sont co-infectés par le VIH (CNR gonocoque 2012).
-recrudescence de gonococcies anorectales et des localisations pharyngées.

a) Chez l'homme :

2 à 7 jours d’incubation.
Urétrite antérieure aiguë avec écoulement purulent et brûlures vives à la miction ("chaude-pisse").
Dans moins de 5 % des cas, l'infection urétrale est pauci ou asymptomatique.
L'infection peut s'étendre aux glandes urétrales, à la prostate, aux vésicules séminales et à
l'épididyme.
Des bactériémies peuvent se produire, entrainer la dissémination de NG dans l'organisme et être
responsables de lésions cutanées (papules hémorragiques, pustules), d'arthrites ou de
ténosynovites (genou, cheville, poignet), etc...

b) Chez la femme :
L'infection est le plus souvent peu ou pas symptomatique (70% des cas).
Quand elle est symptomatique : urétrite, cervicite, bartholinite, peut donner lieu à un écoulement
purulent.
Extension possible de l'infection qui peut provoquer une salpingite (avec risque d'oblitération
secondaire et de stérilité), une pelvi-péritonite. Ces complications loco-régionales peuvent être les
premières manifestations de l'infection gonococcique chez la femme.

c) Chez l'homme HSH et chez la femme, il faut systématiquement rechercher une

gonococcie pharyngée et anale. La gonococcie pharyngée est le plus souvent asymptomatique.

109
 d) Chez le nouveau-né, l'ophtalmie purulente due à NG est acquise au moment de la
traversée de la filière génitale lorsque la mère est infectée et non traitée. Elle peut conduire à la
cécité.

2. ETUDE BACTERIOLOGIQUE
2.1 Microscope
Les gonocoques sont des cocci à Gram négatif, en diplocoques (grain de café). Dans les produits
pathologiques (pus urétral), NG apparaissent en amas plus ou moins importants à l'intérieur de
polynucléaires altérés (Figure 1). La sensibilité de cet examen est proche de 100% chez l’homme
symptomatique.

Figure 1 : Présence de gonocoques dans les polynucléaires d’un pus urétral

2.2 Culture
Les gonocoques sont des germes fragiles (très sensibles à la dessiccation) et exigeants. La culture
est indispensable pour l’étude de la sensibilité aux antibiotiques.

2.3 Structure chimique et antigénique

Il faut distinguer :
- L'endotoxine de la paroi, similaire à celle de toutes les bactéries à Gram négatif
(cf. méningocoque).
- Des polysaccharides capsulaires à partir desquels on n'a pas encore réussi à préparer un vaccin.
- Des pili qui permettent au gonocoque de se fixer sur les cellules du tractus génito-urinaire. Facteurs
de pathogénicité, ils ne sont présents que chez les souches virulentes. De nature protéique, ils
donnent naissance à des anticorps anti-pili qui protègent contre la souche infectante.

3. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
Le prélèvement bactériologique est indispensable avant la mise en route de tout traitement
antibiotique.

110
 a) Prélèvements : pus et sécrétions à partir de l'urètre, col, muqueuse rectale, pharynx ;
premier jet d’urines (chez l’homme) doit être faits de préférence au laboratoire (avant émission
d'urine ou toilette génito-urinaire).

b) Examen microscopique, après coloration de Gram, est fondamental en cas d’urétrite

purulente chez l’homme (si nombreux diplocoques à Gram négatif à l'intérieur des polynucléaires
altérés  diagnostic à la phase aiguë de la maladie). Dans les autres localisations (pharynx, anus,
col), l'examen microscopique n’est pas contributif.

c) La culture est faite immédiatement après le prélèvement  diagnostic de certitude et

permet de réaliser un antibiogramme.

d) L'antibiogramme avec recherche de la production de ß-lactamase est d'importance capitale

depuis qu'en 1976 on a isolé des gonocoques résistants à la pénicilline par sécrétion d'une bêta-
lactamase plasmidique (20% des souches actuellement). En 1989, il a été isolé pour la première
fois des souches résistantes aux tétracyclines (actuellement 50-60%). De même, la résistance aux
fluoroquinolones est de plus en plus fréquente (45-50%).

e) Détection des acides nucléiques par PCR (TAAN), La détection du gonocoque par PCR est de
plus en plus pratiquée : elle est souvent couplée avec la recherche de Chlamydia trachomatis (et
Mycoplasma genitalium). Elle est plus sensible que la culture mais ne permet pas de réaliser un
antibiogramme.

4. TRAITEMENT
4.1 Base du traitement curatif
Le traitement de NG, repose sur une antibiothérapie précoce et stérilisante, et doit répondre à
plusieurs impératifs :

 Traiter à coup sûr l'infection pour rendre le malade non contagieux, en une prise unique
(traitement minute), seule garantie d'une bonne observance. L’antibiotique utilisé doit être
efficace sur les gonococcies pharyngées.
 Traiter en même temps une éventuelle IST à Chlamydia trachomatis, en raison de la
fréquence de cette infection
 Toujours rechercher une autre IST associée
 S'adresser aux malades mais aussi à leurs partenaires sexuels pour éviter la réinfection (ping-
pong) et la contamination d'autres personnes.
 Le traitement antibiotique doit s’accompagner d’un dialogue entre le praticien et son patient
sur les pratiques sexuelles et leurs risques, ainsi que sur les modes de prévention.

4.2 Traitement
 Le traitement de référence est un traitement minute par une cephalosporine de 3 ème
génération : la Rocéphine (Ceftriaxone) IM (ou IV) en dose unique.
111
  En cas de contre-indication aux bêta-lactamines : gentamicine IM dose unique (ou
ciprofloxacine p.o. dose unique). Attention, compte tenu de la proportion croissante de
souches résistantes à la ciprofloxacine (>40%), cet antibiotique ne peut être utilisé que si l’on
dispose de l’antibiogramme.
Dans tous les cas, les partenaires sexuels doivent être traités en même temps que le malade.

4.3 Prévention
- L'ophtalmie purulente du nouveau-né est prévenue par l'instillation conjonctivale systématique
d'un collyre à l'érythromycine à 0,5 % ou à la tétracycline à 1 %.
- La seule prévention : éducation sexuelle et protection mécanique (préservatifs)

5. INFECTIONS A CHLAMYDIA TRACHOMATIS

5.1 Introduction
Les bactéries du genre Chlamydia sont des bactéries de petite taille parasites intracellulaires
obligatoires. Leur développement dans le cytoplasme d’une cellule dure 48-72h sous forme de corps
élémentaire (pénétration) puis de corps réticulés (multiplication) (Figure 2)

Figure 2 : Inclusions visibles grâce à des anticorps fluorescents

Espèce Réservoir Maladie

C. psittaci Animal oiseaux (pigeon, perroquet, Ornithose Psittacose (infection
perruche) et certains mammifères (ovins, respiratoire chez l’homme)
bovins, chat)
C. pneumoniae Strictement humain Infections respiratoires aigues
C. trachomatis Strictement humain 15 sérovars
A, B, C : trachome endémique
D à K : IST, conjonctivites et infections
néonatales
L1 à L3 : lymphogranulomatose
vénérienne (ou maladie de Nicolas et
Favre).

112
5.2 Caractères généraux des chlamydiae

Les Chlamydiae possèdent des antigènes de genre communs à toutes les espèces, des antigènes
d'espèce différents chez C. trachomatis, C. psittaci et C. pneumoniae, et des antigènes de type
permettant de distinguer parmi l'espèce C. trachomatis les types A, B, C du trachome, D à K des
infections génitales et le type L de la lymphogranulomatose vénérienne (LGV). L'étude des anticorps
spécifiques est intéressant pour le diagnostic sérologique de l'infection par les Chlamydiae, quoique
la positivité du sérodiagnostic puisse traduire l'infection passée et non pas l'activité actuelle du
processus infectieux.

5.3 Pouvoir pathogène et clinique

L’infection génitale à C. trachomatis (CT) est l’IST la plus répandue : 5-10% des femmes sexuellement
actives de moins de 25 ans et des hommes de 20-24 ans. La transmission est interhumaine : contact
direct (sexuel, mains). C. trachomatis est responsable d’environ 70% des stérilités tubaires.

a) Le trachome (sérotypes A, B et C)

Maladie endémique largement répandue dans les zones intertropicales : touche 500 millions de
personnes ; Kérato-conjonctivite franche avec altération conjonctivale (papilles rouges et follicules
translucides pathognomoniques) et cornéenne (pannus=néovascularisation). L’infection évolue vers
la cécité par surinfection bactérienne, complications mécaniques et ulcération cornéenne.

b) Les IST (CT sérotypes D à K)

Chez l’homme :

- Principal agent des urétrites non gonococciques (entre 20 et 50%) ; incubation très variable
(quelques jours à quelques mois).
- Signes cliniques dans environ 50% des cas (urétrite mucopurulente trainante, gène urétrale,
écoulement clair).
- Complication : épididymite aiguë.
- Syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter : arthrite réactionnelle (sex ratio homme 50/1) survenant
après une urétrite et associant conjonctivite bilatérale et signes articulaires (polyarthrite).

Chez la femme

- Infection asymptomatique dans 90% des cas.

- Cervicite (leucorrhées, cystalgies, syndrome urétral possible).
- Complications : salpingite le plus souvent subaiguë ou chronique avec risque de stérilité tubaire
ou grossesse extra-utérine.
- Syndrome de Fitz-Hugh-Curtis : péritonite localisée, le plus souvent périhépatite.
- Risque de transmission à l’accouchement (voir infections néonatales).

113
 Chez l’homme et la femme
- Rectites et rectocolites (surtout chez les HSH).
- CT peut être retrouvé au niveau du pharynx.

Infections néonatales
Transmission materno-fœtale pouvant entrainer : conjonctivite, pneumopathie interstitielle.

c) Lymphogranulomatose vénérienne (LGV) ou maladie de Nicolas et Favre

Sérotypes L (L1, L2, L2a et L3), la maladie de Nicolas et Favre est une IST très particulière : maladie
systémique à point de départ génital des régions tropicales et subtropicales. Dans sa forme rectale,
la LGV est en recrudescence dans les pays industrialisés chez les HSH séropositifs pour le VIH.

Après 3 à 30 jours d'incubation, un micro-chancre apparaît au point d'inoculation (gland, vagin, anus)
qui s'accompagne quelques jours plus tard d'une polyadénopathie inguinale qui va ensuite donner
lieu à de multiples fistules en pomme d'arrosoir.

La forme rectale se manifeste par une rectite aiguë.

5.4 Diagnostic bactériologique

a) Recommandations (HAS 2018)

Le dépistage de CT est un élément clé pour la réduction de la prévalence de l’infection dans la

population et du risque de complications
- Dépistage systématique proposé aux femmes sexuellement actives (15-25 ans) et hommes (<30
ans).
- Dépistage ciblé :
Hommes sexuellement actifs présentant des facteurs de risque, quel que soit l’âge
Femmes sexuellement actives présentant des facteurs de risque
Femmes enceintes consultant pour une IVG, sans limite d’âge
- Facteurs de risques : multipartenaires, changement récent de partenaire, ATCD d’IST, partenaire(s)
diagnostiqué(s) avec une autre IST (NG, syphilis, M. genitalium...), HSH, prostitution, viol.
Les tests recommandés (sensible et spécifique) font appel à la biologie moléculaire.

b) Prélèvements
Un milieu de transport est nécessaire. Il doit être adapté à la technique de détection utilisée par le
laboratoire.
Chez la femme
- Dépistage par réalisation d’un auto-prélèvement vaginal.

114
- Prélèvement de l’endocol (sous spéculum) +/- urétral associé est conseillé (les 2 écouvillons
peuvent être déposés dans le même milieu de transport).
- En cas d’infection génitale haute : prélèvements tubaires sous coelioscopie, biopsie d’endomètre.

Chez l’homme

- Premier jet urinaire pour les techniques de biologie moléculaire

- CT peut être recherché sur un prélèvement urétral (écouvillonnage intra-urétral utilisant un
écouvillon fin qui permet de récupérer des cellules) ; En cas d’infertilité, C. trachomatis peut être
recherché dans le sperme.

Chez l’homme et la femme : possibilité de recherche de CT sur prélèvement anal et pharyngé.

c) Détection par les Techniques de Biologie Moléculaire = détection des acides nucléiques (TAAN :
tests d’amplification des acides nucléiques), sensibles et spécifiques. Plusieurs kits sont disponibles,
la plupart associant la détection simultanée de CT et NG.

d) Culture cellulaire
Technique de référence (laboratoires de référence).
e) Sérologie
Aucun intérêt dans les infections génitales basses. Aide au diagnostic dans les formes compliquées
ou dans la maladie de Nicolas et Favre.

5.5 Traitement
a) Curatif
Les antibiotiques actifs sont ceux qui ont une bonne pénétration cellulaire

 Urétrites ou cervicites non compliquées : doxycycline pendant 7 jours (azithromycine

(macrolide) en monodose)
 LGV : doxycycline pendant 21 jours
 Toujours rechercher une autre IST associée
 La conjonctivite du nouveau-né par l'instillation conjonctivale systématique d'un collyre à
l'érythromycine à 0,5 % ou à la tétracycline à 1 %.
b) Préventif
 Lutte contre les infections vénériennes : éducation, préservatif, dépistage gratuit

115
6. TREPONEMA PALLIDUM, AGENT DE LA SYPHILIS
6.1 Introduction et épidémiologie
Le genre Treponema fait partie des spirochètes qui sont des micro-organismes spiralés (hélicoïdaux),
flexibles, qui se déplacent par ondulations d'un filament axial (Figure 3)

Figure 3 : Treponema pallidum (microscopie à contraste de phase)

Certains sont des commensaux des muqueuses humaines, notamment des muqueuses buccales,
digestives et génitales.
Espèces pathogènes : Treponema pallidum (TP) de la syphilis, Borrelia budgdorferi de la maladie de
Lyme, et Leptospira de la leptospirose.
TP est l'agent de la syphilis :
- Probablement introduite en Europe au 15e siècle par les marins de Christophe COLOMB,
- Mise en évidence pour la première fois en 1905 par SCHAUDINN et HOFFMANN,
- En 1906 WASSERMANN applique au sérodiagnostic de la syphilis la réaction de fixation du
complément décrite par BORDET.
D'autres tréponèmes sont responsables d'infections cutanées dans les zones tropicales ou
désertiques (Pian, Bejel).

La syphilis est en recrudescence depuis les années 2000 (système de surveillance mis en place car
ce n’est plus une maladie à DO). Maladie endémique dans les pays en voie de développement ; en
France, en majorité épidémie urbaine, chez les HSH, infectés par le VIH.

6.2 Bactériologie
- TP se présente sous forme de spires régulièrement espacées (5 à 15 microns de long sur 0,2 micron
de large) ; TP ne se colore pas ; TP peut être visualisé à l'état frais au microscope à fond noir, ou
après fixation avec des anticorps fluorescent.

- TP comme tous les tréponèmes pathogènes, n'a pas encore été cultivé sur milieu artificiel.

- TP entraîne la formation d'anticorps que l'on peut mettre en évidence par immunofluorescence
indirecte, ou hémaglutination passive.

- TP entraîne aussi la formation d'un anticorps - appelé réagine - que l'on peut mettre en évidence
par fixation du complément ou micro-agglutination, en utilisant des antigènes extraits de tissus
animaux (cardiolipides).
116
 6.3 Pouvoir pathogène et clinique
Maladie strictement humaine ; transmission essentiellement vénérienne (chancres, plaques
muqueuses, syphilides érosives, condyloma). Dans 10 % des cas, la lésion primaire est extragénitale
(buccale, rectale). Elle peut être congénitale (contamination transplacentaire dans la seconde moitié
de la grossesse) et exceptionnellement d’origine transfusionnelle.

La syphilis évolue de manière chronique en plusieurs stades, comprenant des périodes

symptomatiques (syphilis primaire, secondaire et tertiaire) et des périodes asymptomatiques
(syphilis latente).
Comme toutes les tréponématoses, elle présente deux stades :
- Syphilis précoce (syphilis primaire et secondaire contagieuse) : évolution depuis moins de 1 ans ;
- Syphilis tardive (non contagieuse) : > 1 an d’évolution depuis le 1er jour du chancre.

a) Syphilis primaire

- Incubation : 3 semaines (10-100 jours)

- Dans les transmissions vénériennes, le chancre est constant (5-20 mm) : ulcération souvent unique
(2/3 des cas), indolore (bords réguliers, surface lisse rosée sur une base indurée), accompagné
d’adénopathies non inflammatoires, inguinales surtout sans fistulisation).

Le chancre siège le plus souvent dans la région génitale (chez l’homme : sillon balanopréputial,
prépuce ...; chez la femme col utérin le plus fréquent ou vulvaire au niveau des grandes ou petites
lèvres). Le chancre peut être extragénital (amygdales, langue, lèvre ou anal).

TP se multiplie au point d'inoculation ; certains tréponèmes essaiment jusqu'aux ganglions

lymphatiques, d'où ils gagnent ensuite la circulation sanguine.

Le chancre et les adénopathies satellites sont riches en tréponèmes

Non traité le chancre guérit spontanément en 3 à 6 semaines, et les adénopathies un peu plus tard.

b) La syphilis secondaire
Elle s’échelonne du 2e mois à la 4e année de la contamination. Les lésions de la syphilis secondaire
sont variées, disséminées et très contagieuses. Elle évolue par vagues et comporte des signes
cutanéo-muqueux, viscéraux et généraux.
La myriade de présentations possibles et la diffusion des lésions font de la syphilis secondaire une
« grande simulatrice », pouvant simuler toute la dermatologie.
- Eruption cutanée (lésions contagieuses++) qui évolue en 2 phases et peuvent durer 6 mois et
récidiver : la roséole puis des manifestations plus tardives (syphilides papuleuses rouge sombre et
cuivrées à base indurée) (Figure 4)

117
 Roséole Syphilides
Figure 4 : Lésions cutanées de la syphilis secondaire

- Plaques muqueuses érythémateuses (muqueuse buccale ou génitale) également contagieuses.

c) La syphilis tertiaire (phase tardive de l'infection syphilitique)

Dans environ 1/3 des cas, la syphilis guérit spontanément. Dans 1/3 des cas, malgré l'absence de
traitement, elle va rester latente et se traduire uniquement par une sérologie positive. Dans les 1/3
des cas, la maladie va évoluer d'une manière asymptomatique vers un stade tertiaire caractérisé
par :
- Le développement de lésions granulomateuses de la peau, des os et du foie : les gommes,
- Des lésions dégénératives du système nerveux central (paralysie générale, tabès) ou du système
cardio-vasculaire (aortite avec parfois formation d'anévrysme, insuffisance aortique).
Dans toutes les lésions tertiaires, les tréponèmes sont rares. Les lésions tissulaires sont attribuées à
un état d'hypersensibilité à l'égard du tréponème.

6.4 Diagnostic
a) Prélèvements
- Des frottis de la sérosité dermique du chancre et des lésions secondaires provoquées par grattage
des lésions avec un vaccinostyle pour recherche microscopique du germe.
- Des prélèvements de sang pour recherche des anticorps (sérodiagnostic).

b) Recherche du tréponème
- Par examen au microscope à fond noir, (tréponèmes typiques, mobiles) immédiatement après le
prélèvement qui doit être effectué en laboratoire, soit par immunofluorescence (fixation par un
sérum antitréponémique marqué par la fluorescéine).
L'examen microscopique est peu sensible mais très spécifique.

c) Sérodiagnostic
Le diagnostic sérologique de la syphilis utilise des antigènes non tréponémiques et des antigènes
tréponémiques.

1. Les antigènes non tréponémiques sont des lipides extraits de tissus normaux de mammifères. On
utilise le cardiolipide qui est un extrait de cœur de bœuf. Il réagit avec une substance présente dans
118
le sérum des sujets atteints de syphilis et que l'on appelle la "réagine" : apparaît dans le sérum des
syphilitiques 1 à 2 semaines après le début du chancre et dans le L.C.R., 4 à 8 semaines après le
début du chancre (fièvre). Des réactions dites de floculation ou d'agglutination, type VDRL sont
couramment utilisés pour mettre en évidence la réagine

Toutes les réactions utilisant des antigènes non tréponémiques peuvent donner des résultats
faussement positifs dus à la présence de réagine dans de nombreuses infections (paludisme, lèpre,
rougeole, mononucléose infectieuse, etc…), à des vaccinations, des maladies du collagène, etc…

2. Les antigènes tréponémiques sont des suspensions ou des extraits de TP. Ils permettent de
mettre en évidence des anticorps spécifiques anti-tréponèmes. Trois réactions sérologiques peuvent
être employées :

- La réaction d'hémagglutination passive des tréponèmes (TPHA) utilise comme antigène des
globules rouges de mouton, sur lesquels a été fixé un sonicat de TP. Cette réaction devient positive
un peu plus tardivement.

Evolution des Ac sans traitement

Evolution des Ac avec traitement

119
Interprétation schématique de la sérologie

TPHA négatif Absence de syphilis

VDRL négatif Période d’incubation
Syphilis primaire dans les 5-10 premiers jours du chancre
TPHA – Faux positif
VDRL +
TPHA+ Syphilis (précoce ou tardive) ou tréponématose non
VDRL + vénérienne (zone d’endémie)
TPHA + Syphilis guérie
VRDL- Séquelle sérologique d’une tréponématose vénérienne
Plus rarement syphilis tardive

6.5 Traitement
a) Syphilis précoce (primaire, secondaire, latente précoce) < 1 ans

- Benzathine-pénicilline 2,4 MU en injection I.M. unique

- Doxycycline pendant 14 jours si allergie à la pénicilline

b) Syphilis tardive (tertiaire, latente tardive) > 1 an repose sur les mêmes antibiotiques mais en
traitement prolongé

c) Neurosyphilis : repose sur la pénicilline mais à plus forte dose et en durée supérieure.

Le traitement doit s'adresser simultanément aux malades et à leurs partenaires sexuels.

La prophylaxie de la syphilis repose sur (1) le dépistage systématique obligatoire (mariage,

grossesse), (2) le traitement adéquat et précoce des malades connus et de leur(s) partenaire(s), (3)
l'hygiène sexuelle individuelle et (4) la prophylaxie mécanique (préservatif) au moment de
l'exposition. Aucun vaccin n'est disponible.

Il faut souligner que plusieurs IST peuvent être acquises simultanément. Par exemple un sujet atteint
de gonococcie peut avoir contracté en même temps la syphilis (ou avoir été infecté par le VIH et ne
pas encore en avoir les signes). Il faut mieux traiter la première maladie par des antibiotiques actifs
sur TP et capables de guérir une syphilis en incubation (ß-lactamines)

120
7. MYCOPLASMES
7.1 Classification
Classe des Mollicutes (de mollis cutis : peau molle) ; germes dépourvus de parois (d’où une
résistance naturelle aux bêta-lactamines) ; 18 espèces décrites chez l’homme dont 14 du genre
Mycoplasma, 2 du genre Ureaplasma et 2 du genre Acholeplasma. Certaines espèces colonisent les
muqueuses (respiratoire et génitale). Les espèces pathogènes chez l’homme sont :

- M. pneumoniae (voir fiche spécifique et infections respiratoires)

- M. hominis (MH) rôle discuté et surtout M. genitalium (MG) : sphère génitale ;
- Ureaplasma parvum, U. urealyticum (regroupés Ureaplasma spp. USP) : sphère génitale.

7.2 Habitat-transmission
- MH – USP sont des commensaux du tractus uro-génital bas; Taux de colonisation variables (race,
âge, hormones, activité sexuelle, niveau socio-économique…). Chez la femme: USP. Peut-être
retrouvé chez 30% de femmes; MH < 10%.

- MG : agent d’IST; son caractère commensal n’est pas établi; en France, portage évalué à 1-3% dans
la population générale ; détecté chez 3.4% des patients dans les campagnes de dépistage de C.
trachomatis. Sa fréquence augmente fortement dans les populations à risque (HSH).

7.3 Infections génitales

- Chez l’homme : USP et MH sont agents d’urétrites non gonococciques (UNG), non chlamydiennes
aigues ou chroniques (seconde cause d’UNG après C. trachomatis). MH n’est pas pathogène.

- Chez la femme: MH et MG sont impliqués dans des salpingites et endométrites. Dans les vaginoses,
MH peut être présent en grande quantité. MG est la seule espèce responsable de cervicites.

- Atteintes extra-génitales :

Les mycoplasmes doivent être recherchés chez les immunodéprimés (USP et MH) ; ils ont été
incriminés au cours de pathologies diverses (voir tableau).

- Troubles de la reproduction

USP (et MH dans moindre mesure) sont incriminés au cours de chorioamniotites, rupture
prématurée des membranes et infections du post-partum ; ils sont associés à un risque plus élevé
de fausses couches spontanées.

- Atteintes néonatales : USP sont incriminés dans prématurité, faible poids de naissance et avec MH
dans des pneumonies, détresses respiratoires et bactériémies. Le rôle de MG reste inconnu.

121
 Pathologie Ureaplasma spp. M. hominis M. genitalium

Infections chez l’homme :

UNG + - +
Prostatites, épididymites +/- - +/-
Infertilité +/- - -
Infections chez la femme
Vaginose bactérienne +/- + +/-
Cervicite - - +
Endométrite - + +
Salpingite - + +
Troubles de la reproduction
Chorioamniotite + +/- ?
Fièvre, endométrite post-partum/abortum + + +/-
Avortement spontané +/- +/- +/-
Retard de croissance fœtale +/- - ?
Infections extragénitales
Arthrites septiques + + +
Arthrites réactionnelles + - +
Pyélonéphrites - + -
Autres (surinfections, abcès SNC, septicémies..) + + -
Atteintes néonatales
Prématurité, retard pondéral + - +/-
Pneumonies, méningites + + ?
Bactériémies, abcès + - ?
Dysplasie bronchopulmonaire
Associations Mycoplasmes urogénitaux et pathologie (d’après C. Bébéar, CNR IST, Bordeaux)
+ : association certaine ou rôle démontré ; +/- association non démontrée, - : pas d’association
documentée ; ?: inconnu

7.4 Diagnostic bactériologique

Les mycoplasmes étant des germes adhérant aux cellules, le prélèvement doit rapporter des cellules.
Les échantillons sont mis en milieu de transport (spécifique à la technique utilisée par le laboratoire).
La coloration de Gram ne permet pas d’observer les mycoplasmes (absence de paroi).

- Prélèvements : urétraux, sperme, premier jet urinaire, prélèvements vaginaux, cervico-vaginaux,

endométriaux, liquide amniotique, placenta. Chez le nouveau-né, les mycoplasmes peuvent être
recherchés dans des prélèvements endo-trachéaux ou nasopharyngés.

- USP et MH sont cultivés en milieu liquide ; la positivité est vérifiée par repiquage sur milieu
gélosé (résultat en UCC, unité changement de couleur). Différentes trousses commercialisées
permettent la culture, la quantification et l’étude de la sensibilité aux antibiotiques.

122
Critère de pathogénicité :

Homme : prélèvement urétral : USP ≥ 104 UCC/ml et ≥103 UCC/ml dans les urines ;
Femme : vaginoses : MH ≥104 UCC/ml.
Nouveau-né : ≥104 UCC/ml mycoplasme dans un prélèvement endotrachéal ou nasopharyngé
est significatif.

- MG est recherché par biologie moléculaire (NON CULTIVABLE) : plusieurs trousses sont
disponibles.

7.5 Sensibilité aux antibiotiques

L’étude de la sensibilité des mycoplasmes est à réaliser dans les situations pathologiques et s’ils sont
isolés de sites normalement stériles ou chez des patients immunodéprimés.

Pour USP et MH : kits commerciaux sont disponibles.

Pour MG, les résistances acquises aux antibiotiques utilisés en thérapeutique peuvent être
détectées par biologie moléculaire (recherche de mutations).

Antibiotiques actifs sur les mycoplasmes : tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK),

fluoroquinolones. La sensibilité aux MLSK est fonction des espèces.

La résistance acquise des mycoplasmes est due à la sélection de mutants résistants (modification
de la cible des antibiotiques ou protection de la cible liée à un transposon).

Chez MG : les tétracyclines sont peu actives malgré une sensibilité in vitro ; la résistance acquise aux
macrolides concerne 40% des cas ; des résistances acquises aux fluoroquinolones sont décrites.

7.6 Traitement
- UNG à USP : tétracyclines en 1ère intention (7 jours) ; macrolide (azithromycine en cas d’échec ou
de résistance).
- Infections à MG : azithromycine sur 5 jours (jamais en monodose du fait du risque de sélection de
mutants résistants). En cas de résistance, floroquinolone (moxifloxacine) 7 jours. La moxifloxacine
est recommandée dans les endométrites et salpingites.

8. AUTRES AGENTS D’IST

Haemophilus ducreyi est l'agent du chancre mou ; incubation d'une semaine en moyenne se
traduit par une ulcération génitale profonde, inflammatoire et douloureuse située dans le sillon
balano-préputial (homme) ou le col (femme) et des adénopathies satellites douloureuses le plus
souvent unilatérales (classique bubon). Cette IST sévit dans les zones intertropicales et
subtropicales. Le diagnostic repose le plus souvent sur l’examen microscopique du prélèvement
car H. ducreyi cultive très mal in vitro.
123
Points clés IST bactériennes
Les IST sont en augmentation (populations à risque +++)

Les IST Dans la majorité des cas, les IST sont asymptomatiques ou s’accompagnent de symptômes
bénins qui ne sont pas reconnus comme ceux d’une IST (surtout chez la femme).
Les IST bactériennes engagent rarement le pronostic vital mais :
Exposent à un risque d’infections hautes (salpingites) et de stérilité (femme)
Exposent à un risque fonctionnel (syphilis)

Les urétrites et cervicites bactériennes sont essentiellement dues à : Chlamydia trachomatis (la
plus fréquente), gonocoque et syphilis
Les ulcérations sont surtout dues à Treponema pallidum (syphilis Iaire).
Les prostatites, orchites et épidydimites sont des formes particulières d’infections urinaires
(surtout E. coli), dont exceptionnellement des IST

Exploration des IST bactériennes

Ulcération Urétrite, cervicite (écoulement, brûlures, Rectite
irritation)
Syphilis Iaire Chlamydia trachomatis (sérotypes D-K) Chlamydia trachomatis (surtout
(Treponema pallidum) Neisseria gonorrhoeae (NG) génotypes L, parfois D-K)
Mycoplasma genitallium (MG)
Sérologie Prélèvement de l’écoulement chez Ecouvillonnage rectal
l’homme (examen microscopique ++ pour Recherche par tests moléculaires
le gonocoque) (TAAN)
Ecouvillonnage vaginal ou endocol chez la
femme
Recherche de NG par culture :
indispensable pour déterminer la
sensibilité

CT : Dépistages systématiques (femmes

<25 ans et homme <30 ans

Recherche par tests moléculaires (TAAN),

tests couplés CT et NG et également CT,
NG, (+/-MG si patients symptomatiques) :
1er jet urinaire chez homme ; autoPV ou
endocol chez la femme

Toute IST doit conduire au:

-dépistage des autres IST
-dépistage des partenaires sexuels
Le Traitement probabiliste des patients symptomatiques doit prendre en compte NG et CT
(association ceftriaxone IM dose unique + doxycycline PO 7 jours)

124
Item de connaissances 162 : Infections Sexuellement Transmissibles (IST)
 Connaître les causes des IST selon leur expression clinique
 Connaitre les mesures préventives des IST
 Connaitre les principes de prise en charge du ou des partenaires
 Connaître les causes des ulcérations génitales infectieuses ou non infectieuses
 Syphilis primaire (chancre)
 Connaitre les signes cliniques de l'urétrite masculine
 Connaitre les signes cliniques d' une infection génitale basse chez la femme
 Connaître les causes d'infections génitales basses chez la femme
 Connaitre les examens complémentaires à réaliser en cas d'IST: ulcérations génitales,
urétrites, orchites, infections basses de la femme, infections hautes de la femme, localisation
extra-génitales
 Connaître les modalités du traitement probabiliste des IST
 Savoir choisir les antibiotiques après documentation microbiologique de l'IST
 Connaître les modalités de prévention des IST
 Connaitre les signes cliniques d’une syphilis précoce
 Connaître et les tests sérologiques au cours de la syphilis
 Savoir traiter la syphilis primaire
 Principales conséquences à long terme des IGH chez la femme

125
Chapitre 15 : MYCOBACTERIES
1. CLASSIFICATION BACTERIOLOGIQUE (Figure 1)
1.1 Pathogènes stricts :
- Complexe Mycobacterium tuberculosis : 11 espèces au total dont les principales retrouvées
en clinique humaine sont :
o M. tuberculosis sensu stricto = bacille de Koch (BK),
o M. bovis (dont la souche vaccinale M. bovis BCG = bacille de Calmette et Guérin,
souche de M. bovis de virulence atténuée)
o M. africanum
- M. leprae (= bacille de Hansen) responsable de la lèpre

1.2 Pathogènes opportunistes :

- Mycobactéries non tuberculeuses (MNT) ou mycobactéries atypiques (environ 200 espèces)
classifiées selon leur vitesse de croissance :
o Croissance rapide (< 7 jours) : complexes M. abscessus, M. fortuitum, M. chelonae
o Croissance lente (> 7 jours) : complexe M. avium, M. xenopi, M. kansasii, M. ulcerans,
M. marinum etc.

Figure 1 : Classification des mycobactéries

126
2. HABITAT
Parasite strict de l’homme pour les pathogènes stricts (à l’exception de M. bovis dont le réservoir est
animal).
Réservoir environnemental pour les pathogènes opportunistes (mycobactéries non tuberculeuses).

2.1 Pouvoir pathogène

2.1.1 Complexe M. tuberculosis
Agents responsables de la tuberculose (TB), maladie contagieuse se traduisant principalement par
une atteinte destructrice du poumon mais pouvant toucher tous les organes (atteinte ganglionnaire
> ostéo-rachidienne > neuro-méningée > séreuse > uro-génitale...)

2.1.2 M. leprae

Agent responsable de la lèpre, maladie infectieuse chronique provoquant des lésions cutanées et
nerveuses conduisant à une invalidité sévère en l’absence de traitement.

2.1.3 MNT

Espèces responsables de mycobactérioses, infections non contagieuses survenant principalement

chez des personnes ayant des facteurs favorisants tels qu’une immuno-dépression locale (pathologie
broncho-pulmonaire chronique par exemple) ou générale (traitement immuno-suppresseur ou
corticothérapie au long cours, maladie immuno-déficiente) ou chez des personnes ayant subi un acte
invasif (blessure, injection, chirurgie).

2.2 Physiopathologie de la tuberculose

Transmission de la maladie essentiellement par voie aérienne au contact d’un malade.
Contamination possible par voie digestive après ingestion de lait non pasteurisé contaminé par M.
bovis (rare).
Après inhalation de bactéries contenues au sein des gouttelettes de Flügge, M. tuberculosis survit et
se multiplie au sein du macrophage alvéolaire. Constitution progressive du granulome élémentaire
avec évolution vers une maladie (dissémination possible à tous les organes par voie bronchogène,
lymphatique ou hématogène) ou contrôle de l’infection (= infection tuberculeuse latente ou ITL)
(Figure 2).

127
 ITL Tuberculose maladie
IDR ou test
libération Positive Positive
interféron
Culture des
prélèvements Négative Positive
respiratoires
Contagiosité Non Oui
Symptômes Non Oui
Traitement Préventif si patient à risque Curatif pour tous
Figure 2 : Différentes atteintes de M. tuberculosis, symptômes, résultats des tests
complémentaires et indication du traitement antibiotique

2.3 Clinique
2.3.1 ITL
- présence persistante de bacilles tuberculeux dans l’organisme
- pas de symptômes cliniques ni d’anomalie à l’imagerie
- pas de contagiosité
- positivité des tests immunologiques (intradermo-réaction à la tuberculine = IDR, tests de libération
de l’interféron)
2.3.2 Tuberculose maladie
- Tuberculose pulmonaire (75% des cas) :
o Symptômes respiratoires : toux chronique, expectorations, hémoptysies, douleur thoracique
en cas d’atteinte pleurale,
o Signes généraux : asthénie, amaigrissement, sueurs nocturnes, fièvre
- Tuberculose extra-pulmonaire : symptomatologie fonction de la localisation
128
 2.4 Diagnostic
2.4.1 Diagnostic bactériologique classique (hors lèpre)
Diagnostic bactériologique difficile en raison de la croissance lente et des exigences nutritives des
mycobactéries (dans 10 à 30% des cas de tuberculose, les analyses bactériologiques restent
négatives).
a) Prélèvements
- A réaliser avant le début du traitement antibiotique.
- A répéter du fait de l’émission irrégulière des bacilles tuberculeux et de la faible quantité de bacilles
dans certains cas.
- Nature variée des échantillons :
o Sécrétions respiratoires si atteinte pulmonaire : expectoration, tubage gastrique,
prélèvements réalisés sous fibroscopie bronchique
o Autres prélèvements selon la localisation : ponction ganglionnaire ou osseuse, liquide de
séreuse, hémoculture, urines…
Éviter :
o Les expectorations salivaires ou de volume insuffisant (<2 mL),
o Les urines sans leucocyturie ni hématurie,
b) Les prélèvements systématiques sans clinique évocatrice
c) Examen microscopique
- Genre bactérien ne prenant pas la coloration de gram.
- Coloration spécifique mettant en évidence la propriété d’acido-alcoolo-résistance conférée par
l’épaisse paroi des mycobactéries riche en lipide : coloration de Ziehl-Neelsen (coloration
historique) ou à l’auramine fluorescente  recherche de bacilles acido-alcoolo-résistants = BAAR
(Figure 3)

Remarques :
o La présence de BAAR ne signifie pas systématiquement tuberculose, il peut s’agir d’une
mycobactériose
o Pas de distinction entre bacilles vivants et bacilles morts
o En cas de tuberculose avec présence de BAAR à l’examen microscopique d’un
prélèvement respiratoire : nécessité de mettre en place des mesures d’isolement
respiratoire pour limiter la transmission de la maladie.

129
 Figure 3 : Coloration de Ziehl-Neelsen (BAAR roses, photos à gauche et au centre)
et coloration à l’auramine (BAAR verts fluorescents, photo de droite)
avec présence de BAAR

d) Culture

- Ne pousse pas sur milieux ordinaires, nécessité de milieux enrichis.

- Cultures faites en milieu solide (ex : Lowenstein-Jensen, Coletsos) et liquide (ex : Middlebrook) et
mises à incuber pendant 6 à 12 semaines à 37°C (Figure 4).
- Croissance lente, en général délai de pousse de 2 à 6 semaines (car division #1/20h).
Remarques :

o Croissance préférentielle à 30 ou 42°C pour certaines MNT

Figure 4 : Culture de M. tuberculosis complex sur milieu Coletsos

e) Identification

- Recherche rapide de l’antigène MPT64 sur culture, spécifique des mycobactéries du complexe
tuberculosis
2.4.2 Diagnostic bactériologique par méthodes génotypiques
- Identification des mycobactéries par amplification génique sur prélèvement (si présence de BAAR
à l’examen microscopique et si forte suspicion de tuberculose) et sur culture positive

- Analyses moléculaires très utilisées aujourd’hui en raison de :

o Rapidité du résultat
130
 o Intérêt diagnostique +++
o Intérêt thérapeutique +++ : permet la recherche de mutations de résistance aux
antituberculeux

Remarques :

o Une amplification génique négative réalisée sur un prélèvement BAAR négatif ne permet pas
d’exclure une tuberculose
o Bonne sensibilité sur les prélèvements respiratoires
o Ne pas faire d’amplification génique sur prélèvements extra-pulmonaires sauf chez sujet
hautement suspect de tuberculose
a) Sérologie

Non indiquée dans la tuberculose

b) Diagnostic de l’ITL

Diagnostic indirect de l’ITL par des tests immunologiques :

- IDR
- Test de libération de l’interféron Gamma (quantiféron®, T-SPOT TB®)

2.5 Sensibilité aux antibiotiques et traitement

- Résistance naturelle aux antibiotiques usuels (béta-lactamines, macrolides, etc.)

- Schéma thérapeutique : polychimiothérapie de 6 mois, 2 phases :

1) phase d’attaque de 2 mois associant rifampicine, isoniazide, éthambutol (pour prévenir

un échec par sélection d’une souche résistance à la rifampicine en cas de résistance
primaire à l’isoniazide) et pyrazinamide (qui a réduit la durée du traitement de 9 à 6 mois).
2) phase d’entretien de 4 mois associant rifampicine et isoniazide

2.6 Prévention primaire et secondaire

1) Vaccination
M. bovis BCG : recommandé en France pour les populations à risque afin de limiter les infections
graves chez l’enfant (méningite et miliaire tuberculeuse)
2) Isolement respiratoire (« précaution complémentaire air ») des malades contagieux en milieu de
soins :
- Hospitalisation en chambre seule
- Port de masque etc.
3) Enquête autour d’un cas
- Mission du CLAT (Centre de Lutte Anti-Tuberculeuse) : recherche d’éventuels cas secondaires et
d’un éventuel cas source

131
4) Traitement de l’ITL
- Indiqué dans certaines situations :
o Sujet immunodéprimé
o ITL récente (contamination dans l’année précédant le diagnostic de l’ITL)
o Enfants < 15 ans
- Repose sur une monothérapie isoniazide pendant 6 à 9 mois ou sur l’association de rifampicine +
isoniazide pendant 3 mois

Item de connaissances 159 : Tuberculose

 Connaître les caractéristiques épidémiologiques de la tuberculose
 Connaître la définition de la tuberculose et les caractéristiques microbiologiques des
mycobactéries
 Connaître les facteurs de risque de la tuberculose
 Connaître les différentes modalités évolutives de la tuberculose
 Indication d'une IDR à la tuberculine, d'un test IGRA (Interferon Gamma Release Assays)
 Connaitre la présentation clinique d'une primo infection tuberculeuse
 Connaitre la présentation clinique d'une tuberculose maladie
 Connaitre la présentation clinique de la tuberculose extra-pulmonaire
 Connaitre les examens complémentaires à réaliser au cours d'une tuberculose maladie
pulmonaire
 Radiographie pulmonaire au cours d’une tuberculose pulmonaire maladie
 Connaître les principes généraux du traitement de la tuberculose
 Connaître les principales caractéristiques des anti tuberculeux (toxicité, interactions
médicamenteuses, contre-indications, surveillance, précaution d'emploi
 Connaitre les principes de prise en charge des sujets contacts et d'isolement du patient
 Savoir que la tuberculose est une maladie à déclaration obligatoire
 Connaitre les modalités de prévention vaccinale de la tuberculose

132
Fiche signalétique de l'espèce : Mycobacterium tuberculosis

Réservoir
Transmission de la maladie essentiellement par voie aérienne au contact d’un malade.
Mycobactéries du complexe tuberculosis

Pathologie(s) provoquée(s) : la tuberculose

Atteinte destructrice du poumon mais pouvant toucher tous les organes (ganglionnaire > ostéo-
rachidienne > neuro-méningée > séreuse > uro-génitale...)

Base(s) biologique(s) du pouvoir pathogène, immunité

Après inhalation de bactéries contenues au sein des gouttelettes de Flügge, M. tuberculosis survit
et se multiplie au sein du macrophage alvéolaire. Constitution progressive du granulome
élémentaire avec évolution vers une maladie (dissémination possible à tous les organes par voie
bronchogène, lymphatique ou hématogène) ou contrôle de l’infection (= infection tuberculeuse
latente ou ITL).

Facteurs de risque
Immunodéprimés (dont VIH), tabagisme, migrants de zone d’endémie, diabète, etc.

Principaux signes cliniques

Primo-infection asymptomatique dans 90% des cas
Tuberculose pulmonaire = toux, AEG, perte de poids, hémoptysie, sueurs nocturnes

Principaux caractères bactériologiques

Coloration spécifique mettant en évidence la propriété d’acido-alcoolo-résistance conférée par
l’épaisse paroi des mycobactéries riche en lipides : coloration de Ziehl-Neelsen (coloration
historique) ou à l’auramine fluorescente  recherche de bacilles acido-alcoolo-résistants = BAAR
Ne pousse pas sur milieux ordinaires, nécessité de milieux enrichis.
Croissance lente, en général délai de pousse de 2 à 6 semaines (car division #1/20h).

Diagnostic bactériologique
Microscopie après coloration spécifique (sécrétions pulmonaires, tubages) : B.A.A.R.
Culture sur milieux spécifiques
PCR sur prélèvements BAAR+ ou si forte suspicion clinique
Antibiogramme phénotypique et génotypique
Pas de sérologie

133
Prévention/traitement
 Traitement tuberculose pulmonaire : isoniazide+rifampicine pendant 6 mois supplémenté par
éthambutol et pyrazinamide pendant les 2 premiers mois (quadrithérapie 2 mois puis bithérapie)
 Prévention :
-Vaccination des enfants à risque
-Isolement respiratoire des cas contagieux
-Dépistage autour des cas de tuberculose (maladie à déclaration obligatoire) et traitement
curatif des cas secondaires ou préventif des cas d’infections tubercules latentes.

134
Chapitre 16 :
DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES
INFECTIONS URINAIRES DE L’ADULTE
- Consensus et recommandation : SPILF 2015 – Diagnostic et antibiothérapie des infections
urinaires bactériennes communautaires de l’adulte/au cours de la grossesse
- Actualisation 2017 des recommandations de 2014
- Recommandations 2015 de bonne pratique pour la prise en charge des Infections Urinaires
Associées aux Soins de l’adulte

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’un des examens les plus prescrits en
bactériologie pour le diagnostic d’infection urinaire. En théorie, d’interprétation facile (urine
normalement stérile), cet examen peut conduire à des résultats peu fiables (prélèvement souvent
incorrect) et donc inciter à instaurer une antibiothérapie non justifiée.

1. DEFINITIONS
1.1 Infection urinaire simple
Une infection urinaire (IU) simple : IU sans risque de complication. Elle concerne la femme jeune
sans facteur de risque (le diabète, même insulino-dépendant, n’est plus considéré comme un facteur
de risque de complication).

1.2 Infection urinaire à risque de complication

L’IU à risque de complication : IU survenant chez un patient ayant au moins un facteur de risque
pouvant rendre l’infection plus grave et le traitement plus complexe.
Ces facteurs de risque de complication résultent soit :

 D’une anomalie fonctionnelle ou organique de l’arbre urinaire

 D’un terrain à risque de complication.
Au-delà de 75 ans, les patients sont, sauf exception, à risque de complication.

1.3 Infection urinaire masculine

L’IU chez l’homme est une entité spécifique. Elle est toujours à risque de complication, du fait de la
fréquence des anomalies anatomiques ou fonctionnelles sous-jacentes. Dans l’IU masculine, la

135
prostate est potentiellement infectée. Ceci implique de prendre en compte ce facteur pour le choix
de l’antibiothérapie pour éviter un passage à la chronicité.

1.4 Infection urinaire grave

L’infection urinaire grave est soit une IU masculine, soit une pyélonéphrite aigue (PNA) associée à un
sepsis grave, ou un choc septique ou une indication de drainage chirurgical.

1.5 Infection urinaire associée aux soins (IUAS)

2 tableaux d’IUAS :

 Les infections survenant plus de 48 heures après une chirurgie au contact de l’urine,
 Les infections survenant en présence d’un dispositif endo-urinaire ou moins de 7 jours après
l’ablation de celui-ci. En l’absence de dispositif endo-urinaire, la symptomatologie est celle
des IU communautaires décrites précédemment.

1.6 Cystite récidivante

Les cystites récidivantes : survenue d’au moins quatre épisodes pendant douze mois consécutifs.

2. EPIDEMIOLOGIE – BACTERIES LES PLUS FREQUENTES

L’IU = 2ème infection communautaire la plus fréquente après les infections bactériennes des voies
respiratoires. C’est la première cause d’IUAS en milieu hospitalier.

2.1 Principaux micro-organismes isolés dans les infections urinaires

Espèces IU communautaire IUAS

Femmes de Tous Dispositif urinaire

Tous patients
15 à 65 ans patients Non Oui
Escherichia coli 75-80% 66-75% 40-54% 25-40% 31-50%
Proteus spp. 4-5% 4-6% 5,5-7% 5-7% 5-7%
Klebsiella spp. 2-3% 4-5% 7,5-10% 7,5-10% 7,5-10%
Enterococcus
2-4% 3-8% 6,5-16% 10-13% 7,5-14%
spp.
Staphylococcus
1-4% 2% < 1% < 1% < 1%
saprophyticus

136
 2.2 Physiopathologie
Le plus souvent, la porte d’entrée est urétrale et l’infection urinaire est ascendante (Figure 1).
Des infections rénales à Staphylococcus aureus peuvent survenir par voie hématogène (ex : patients
atteints d’endocardite). Les infections hématogènes à bacilles Gram négatif sont exceptionnelles.

2.3 IU communautaires
1 / Contamination de la région péri-urétrale et par contiguïté de l'urètre par les bactéries
uropathogènes commensales de l'intestin ;
2/ Migration des bactéries vers la vessie : expression de pili et d'adhésines qui conduit à la
colonisation et à l'invasion des cellules en parapluie (umbrella cells) de l’urothélium ;
3/ Réponse inflammatoire de l'hôte, dont l'infiltration des polynucléaires neutrophiles (PNN), qui
commence à éliminer les bactéries extracellulaires.
Certaines bactéries échappent au système immunitaire, soit par invasion des cellules hôtes, soit par
des modifications morphologiques qui entraînent une résistance aux PNN. Elles peuvent ainsi se
multiplier dans la vessie et former du biofilm.
Ces bactéries produisent des toxines et des protéases qui induisent des lésions aux cellules hôtes
libérant des nutriments essentiels qui favorisent la survie bactérienne et leur migration ascendante
vers les reins. La colonisation du rein entraîne une production de toxine bactérienne et des lésions
tissulaires de l'hôte. Si elles ne sont pas traitées, les IU peuvent évoluer vers la bactériémie si le
pathogène traverse la barrière épithéliale tubulaire du rein.

Figure 1 : Voies de pénétration des bactéries

https://microbiologiemedicale.fr

2.4 IU associées aux soins

Les IUAS dans le cas d’un dispositif endo-urinaire procède des mêmes étapes initiales que celles
décrites pour les IU communautaires. La cause la plus fréquente d’IUAS est le cathétérisme par un
dispositif endo-urinaire (sonde) qui entraine une réponse immunitaire (accumulation de fibrinogène
sur le cathéter = environnement idéal pour la fixation de bactéries uropathogènes, mais aussi
opportunistes). L'infection induit une infiltration de polynucléaires neutrophiles (PNN). Les bactéries
forment ainsi du biofilm et induisent des dommages à l’épithélium : migration possible par voie
ascendante vers les reins. En l’absence de traitement, l’infection peut également évoluer vers la
bactériémie par passage au travers de l’épithélium tubulaire du rein.
137
 2.5 Diagnostic des IU
2.5.1 Le prélèvement
Le prélèvement, la conservation et le transport de l’échantillon au laboratoire sont trois points
critiques de la qualité de l’examen.
Points clés à retenir sur le prélèvement
 Lavage des mains puis toilette minutieuse du méat urétral
- Lavage des mains au savon ou à la solution hydro-alcoolique (SHA)
- Toilette au savon, rinçage, antiseptique (1 geste d’avant en arrière)

 Recueil de l’urine
- 4h après la miction précédente
- 2ème jet ou milieu de jet (le sujet urine en 2 temps)
- Collecteur (poche) ou sondage « aller et retour » (fille) chez l’enfant
- Au niveau de l’opercule de la sonde si patient sondé
- Ponction vésicale sus-pubienne

 Acheminement rapide au laboratoire

- Récipient stérile et en moins de 2h à température ambiante
- A défaut 24h maximum avec conservation à 4°C
- 48h maximum si tube avec conservateur (Acide borique)

2.5.2 La bandelette urinaire

Test permettant de rechercher dans l’urine la présence qualitative et/ou semi-quantitative de
différents paramètres dont les leucocytes et les nitrites. Elle est trempée dans des urines du 2ème jet
fraîchement émis. La valeur seuil de détection des leucocytes est de 104 leucocytes/ml. Les nitrites
ne sont positifs que pour les bactéries pourvues d’une nitrate réductase (majoritairement les
entérobactéries). La bandelette ne peut être utilisée seule que dans les cystites simples (sans facteur
de risque de complication et sans signe de gravité).
Les caractéristiques méthodologiques de ce test diagnostic à retenir sont :

 Chez la femme
- VPN > 95% (en dehors d’un contexte de neutropénie/immunodépression)
- BU positive = IU (valable seulement pour la cystite)
- BU négative = chercher un autre diagnostic
 Chez l’homme
- Une BU + avec leucocytes et/ou nitrites VPP > 85%
- BU positive = ECBU pour confirmer l’IU
- BU négative n’élimine pas le diagnostic

138
 2.5.3 L’ECBU se compose de trois principaux résultats

 L’examen microscopique
o Examen cytologique
 Leucocyturie (GB/ml)
 Hématurie (GR/ml)
 Cellules épithéliales (cellule/ml)  signe de mauvais prélèvement
 Présence de bactéries
o Examen après coloration de Gram
 Morphologie (cocci ou bacilles) et coloration de Gram (positif ou négatif)
 La culture quantitative
- Nombre d’Unités Formant Colonie par ml (UFC/ml)
 Identification bactérienne et antibiogramme si les seuils significatifs sont atteints

2.5.4 Les paramètres de l’ECBU

La leucocyturie significative si elle est ≥104/mL (fréquemment associée à une hématurie ≥104
GR/mL, témoin d’une micro-hémorragie).

 VPN (97%) mais VPP (<50%)

- IU sans leucocyturie
- ECBU trop précoce
- Patient neutropénique
- Prélèvement mal conservé : lyse des GB

 Leucocyturie sans IU : quelques exemples

- IU « décapitée » par un traitement antibiotique
- Urétrite ou vaginite
- Tuberculose urogénitale
- Maladies inflammatoires

1) Bactéries à l'examen direct

Relativement peu sensible (sensibilité de l’ordre de 104 UFC/ml) ; peut orienter l’antibiothérapie
empirique.

2) Culture bactérienne
Culture quantitative = de la bactériurie (UFC/ml). La limite de quantification est de 102 UFC/ml. Il
faut noter que les bactériuries sans leucocyturie peuvent résulter de :

 Contamination
 Colonisation urinaire
 IU débutante
 IU chez patient neutropénique

139
3) Seuils de significativité des cultures

Espèce Femme Homme

Escherichia coli ≥103 ≥103
Staphylococcus saprophyticus ≥103 ≥103
Autres entérobactéries, ≥104 ≥103
entérocoques

4) Interprétation de l'ECBU

Patient communautaire ou IUAS sans dispositif endo-urinaire

 Leucocyturie significative : 104 GB/ml

 Bactériurie significative (voir seuil)
 Les infections urinaires poly-microbiennes sont très rares donc la présence de plusieurs micro-
organismes différents est souvent le signe d’une contamination due à un mauvais
prélèvement.
Patient IUAS avec dispositif endo-urinaire

 Leucocyturie non prédictive (irritation épithélium urétéral par la sonde)

 Seuil de la bactériurie : 105 UFC/ml avec au plus deux micro-organismes différent

2.6 Traitement des IU et PNA

Antibiothérapie de la cystite simple
- 1ère intention : fosmomycine-Trométamol en dose unique
- 2de intention : pivmécillinam pendant 5 jours

Antibiothérapie de la cystite à risque de complication

Les recommandations 2015 privilégient une antibiothérapie adaptée à l’antibiogramme.

Pyélonéphrite sans signe de gravité (absence d’uropathie, d’immunodépression, d’insuffisance

rénale, sujet âgé)
- 1ère intention
o Fluoroquinolone (sauf si ATCD de prise dans les 6 mois)
o Céphalosporine de 3ème génération (céfotaxime, ceftriaxone)

140
Points clefs à retenir sur infection urinaire/ECBU
Cystite simple
 Bandelette urinaire à J0
 Pas d’ECBU à J0 lors d’un 1er épisode, pas de contrôle sauf si évolution défavorable.

Cystite à risque de complication

 Bandelette urinaire à J0 (si négative : autre diagnostic ??)
 Réaliser un ECBU

Pyélonéphrite aigüe (PNA)

 Bandelette urinaire à J0 (si négative: autre diagnostic à évoquer)
 ECBU à J0
 Hémoculture en cas de doute diagnostique ou de signe de gravité.
 ECBU de contrôle en cas d’évolution défavorable

Infection urinaire masculine (prostatite)

 BU + ECBU à J0
 Hémoculture en cas de fièvre

ECBU
 Conditions de réalisation ++
 Paramètres importants : leucocyturie, bactériurie
 Interprétation fonction du germe et du sexe

Item de connaissances 161 : Infections urinaires de l'enfant et de l'adulte

 Savoir définir les différents types d'infections des voies urinaires simple ou à risque
de complication et leur fréquence respective
 Connaître les principaux agents pathogènes à l'origine des infections urinaires et les
principaux mécanismes de résistance aux antibiotiques
 Indications des examens complémentaires de première intention en fonction du type
d'infection urinaire
 Connaître les principes de réalisation de la bandelette urinaire et son interprétation
 Connaitre les principes de réalisation et l'interprétation de l'ECBU
 Connaitre la définition d'une colonisation urinaire
 Connaitre les critères diagnostiques des cystites aigues (simple, à risque de
complication)
 Connaitre les critères diagnostiques des pyélonéphrites aigues (clinique, biologiques,
radiologique) avec ou sans signe de gravité (algorithme)
 Connaitre le traitement des cystites aiguës simple dont suivi et prévention des
récidives
 Connaitre le traitement des pyélonéphrites aigues simple

141
Chapitre 17 :
INFECTIONS RESPIRATOIRES
COMMUNAUTAIRES DE L’ADULTE
Différentes entités existent : les bronchites et bronchiolites aiguës, d’étiologie
essentiellement virale ; les pneumonies aiguës communautaires ; les exacerbations aiguës de
pathologie respiratoire chronique, et notamment de BPCO (bronchopneumopathie chronique
obstructive) ou de mucoviscidose ; les pneumonies nosocomiales. Nous nous concentrerons
sur les pneumonies aiguës communautaires et les exacerbations de BPCO.

PNEUMONIES AIGUËS COMMUNAUTAIRES (PAC)

La PAC se définit comme une infection aiguë du parenchyme pulmonaire survenant en milieu
extra-hospitalier ou moins de 48 h après l’admission à l’hôpital. Les PAC peuvent être graves
et même engager le pronostic vital.

S’il y a des signes de gravité, ou s’il y a au moins deux facteurs de risque de mortalité
(notamment l’âge supérieur à 65 ans) ou bien encore en cas de condition particulière (par
exemple isolement social, etc.) l’hospitalisation est recommandée.

Aucun signe clinique, radiologique ou biologique n’a de valeur discriminante suffisante pour
identifier la bactérie en cause. Mais il existe des éléments d’orientation.

1. BACTERIES RESPONSABLES
Malgré des recherches microbiologiques poussées, actuellement plus de 30% des pneumonies
restent sans étiologie documentée.

Le pneumocoque est l’agent le plus fréquemment identifié (30 à 50% des cas) (Voir fiche
pneumocoque). Les éléments en faveur sont : début brutal, fièvre élevée dès le premier jour,
point douloureux thoracique, opacité alvéolaire systématisée, hyperleucocytose à
polynucléaires neutrophiles.

Les bactéries à développement intracellulaire, dites encore bactéries « atypiques » :

Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia
psittaci (voir fiche spécifique).

Le pneumocoque et L. pneumophila sont toujours à prendre en compte car ces bactéries

peuvent causer des pneumonies graves.

142
En cas de PAC post-grippale, en plus du pneumocoque, d’autres bactéries peuvent être
responsables (mais pas les atypiques) : Staphylococcus aureus, Streptocoque A, Haemophilus
influenzae (voir fiches correspondantes).

De même chez les patients âgés ou avec comorbidités d’autres pathogènes peuvent être
impliqués, notamment les bacilles à Gram négatif de type entérobactérie.

Toujours penser à la possibilité d’une tuberculose pulmonaire (mycobactéries du complexe

tuberculosis). Si ce diagnostic est possible, faire les prélèvements appropriés (voir fiche
tuberculose).

1.2 Prélèvements microbiologiques

Leur performance est conditionnée par l’absence de traitement anti-infectieux préalable et,
pour les prélèvements pulmonaires, par le transport rapide au laboratoire (moins de 2 h
idéalement).

1.3 Expectoration
Ce prélèvement est source d’erreur car les secrétions pulmonaires sont forcément
contaminées par la flore oropharyngée salivaire. Il ne doit pas être réalisé si la PAC est traitée
en ambulatoire.

Pour diminuer l’importance de la contamination il est important que le protocole de recueil

soit bien suivi : après rinçage bucco-dentaire à l’eau stérile, lors d’un effort de toux, aidé si
nécessaire d’une kinésithérapie. S’il est bien réalisé, avant tout traitement antibiotique, et si
les secrétions obtenues sont purulentes, l’examen direct peut être contributif : visualisation
de diplocoques à Gram positif capsulés (= pneumocoque), de cocci à Gram positif en amas
irréguliers (staphylocoque doré), de petits bacilles à Gram négatif (Haemophilus influenzae),
de bacilles à Gram négatif (entérobactérie ou Pseudomonas aeruginosa). La culture se fait sur
le prélèvement dilué, ce qui permet le dénombrement des bactéries présentes dans
l’échantillon : des seuils de significativité ont été définis pour l’expectoration ainsi que pour
les autres prélèvements pulmonaires.

1.4 Lavage broncho-alvéolaire (LBA)

Il est réalisé sous fibroscopie et se compose de deux fractions : bronchique et alvéolaire. Le
LBA permet un important échantillonnage des bronchioles distales et des alvéoles
pulmonaires. Le LBA est utile dans les PAC graves, notamment chez le sujet immunodéprimé.
Chez ces patients, le LBA servira à des recherches spécifiques larges : L. pneumophila, mais
aussi Nocardia (bacille à positif ramifié pouvant causer des pneumonies chez le patient
immunodéprimé), certains champignons (Aspergillus, Pneumocystis jirovecii), mycobactéries.

Il est largement utilisé également dans les pneumopathies nosocomiales, notamment chez
les malades de réanimation, en particulier pour les pneumopathies acquises sous ventilation
mécanique (PAVM).

143
Après blocage du bronchoscope dans une bronche de troisième ou quatrième génération, des
échantillons de 50 ml de sérum physiologique sont injectés 4 à 6 fois : 20 à 60% de la quantité
injectée est recueillie. Le premier aliquote de recueil, représentant la fraction bronchique
(contaminée par la flore) est éliminé.

1.5 Brossage bronchique protégé

Un brossage de la muqueuse bronchique distale sera réalisé sous fibroscopie. La brosse est
protégée par un double cathéter obturé par un bouchon, ce qui évite la contamination de
celle-ci par la flore oropharyngée lors du passage des voies aériennes supérieures. Au site de
prélèvement (visualisation de secrétions purulentes), le cathéter est interne est poussé ce qui
expulse le bouchon et permet la sortie de la brosse et la réalisation du prélèvement. La brosse
est ensuite rentrée dans le cathéter interne. Après la fibroscopie, l’extrémité de la brosse est
coupée aseptiquement et placée dans un tube de 1 ml de sérum physiologique stérile. Les
indications du brossage bronchique protégé sont les mêmes que celles du LBA.

1.6 Liquide pleural

Un épanchement pleural complique une pneumonie dans environ un tiers des cas. S’il est
présent il doit être prélevé pour recherches microbiologiques.

1.7 Autres prélèvements utiles au diagnostic bactériologiques

- Urines (pour le diagnostic de légionellose, voir infra)
- Hémocultures : Elles sont positives pour environ 10% des patients hospitalisés pour PAC.
Les bactéries suivantes peuvent être mises en évidence : pneumocoque, S. aureus,
entérobactéries (notamment Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae), Haemophilus
influenzae, Pseudomonas aeruginosa.

2. PLACE DE LA DETECTION MOLECULAIRE DANS LE

DIAGNOSTIC
La détection de S. pneumoniae ou H. influenzae dans les prélèvements respiratoires a peu
d’intérêt du fait du portage possible de ces bactéries. En revanche, du fait des difficultés à
cultiver les bactéries responsables des infections dites à « atypiques » (L. pneumophila, M.
pneumoniae, C. pneumoniae), des trousses de détection par PCR ont été développées
(diagnostic syndromique). Ces trousses détectent généralement en même temps les virus
respiratoires. Les résultats sont obtenus rapidement avec une bonne valeur prédictive
négative mais leur coût reste élevé.

144
3. BACTERIES RESPONSABLES (VOIR FICHES SPECIFIQUES)
 Pneumocoque
 Mycoplasma pneumoniae
 Staphylococcus aureus
 Moraxella catarrhalis
 Haemophilus influenzae
 Legionella pneumophila :
 Chlamydia pneumoniae (et psittaci)
 Bacilles Gram négatif de type entérobactérie

4. TRAITEMENT
Le traitement est probabiliste, il doit être mis en route rapidement (gravité potentielle), dans
les 4 heures qui suivent le diagnostic. Son efficacité doit impérativement être réévaluée après
48 à 72 heures. La voie orale doit être privilégiée quand elle est possible.

Le pneumocoque doit prioritairement et systématiquement être pris en compte (fréquence,

gravité potentielle). Le traitement repose sur l’amoxicilline à forte dose chez l’adulte, en 3
prises pendant 7 à 14 jours. Les alternatives à l’amoxicilline sont : macrolide, lévofloxacine
(fluoroquinolone antipneumococcique), pristinamycine (synergistine).

En cas de pneumonie post-grippe, ou survenant chez un patient âgé ou avec comorbidité(s),

on traitera plutôt par amoxicilline – acide clavulanique ou céphalosporine de 3ème génération
ou lévofloxacine pour prendre en compte les autres bactéries éventuellement en cause, en
particulier les bacilles Gram négatif.

Le traitement des pneumonies à germes atypiques repose sur un macrolide. Les alternatives
sont une fluoroquinolone ou la pristinamycine.

EXACERBATION AIGUE DE BPCO

Seules certaines exacerbations sont bactériennes et justifient un traitement antibiotique. Les
exacerbations sont un facteur aggravant le cours évolutif de la BPCO, il faut donc les traiter au
mieux.

En cas de BPCO avec dyspnée d’effort (en dehors de toute exacerbation), il faut traiter si
l’expectoration est franchement purulente verdâtre. Le traitement repose sur l’amoxicilline,
ou une céphalosporine orale, ou un macrolide, ou la pristinamycine.

En cas de BPCO avec dyspnée au moindre effort ou dyspnée de repos, l’antibiothérapie sera
systématique : amoxicilline – acide clavulanique ou céphalosporine de troisième génération
injectable ou lévofloxacine (fluoroquinolone anti-pneumococcique). L’échec d’un traitement
bien conduit impose de rechercher l’existence d’une pneumopathie aigue, ainsi que

145
l’implication de Pseudomonas aeruginosa dans les BPCO évoluées (qui nécessite un traitement
spécifique).

Item de connaissances 154 : Infections respiratoires

 Connaître les principaux agents infectieux responsables des infections respiratoires
basses et leur fréquence relative, chez l'adulte et chez l'enfant : pneumonies,
bronchiolites et bronchites
 Savoir documenter microbiologiquement l'infection en fonction du tableau clinique
et du terrain
 Examens de première intention à connaître et hiérarchiser en fonction de la gravité
et d'épidémiologie (Antigénuries, hémocultures, ECBC, ponction pleurale PCR
ciblées ; PCR syndromique)
 Connaître les principes du traitement de première intention des infections
respiratoires basses chez l'adulte et l'enfant

146
 Chapitre 18 :
MENINGITES COMMUNAUTAIRES

1. INTRODUCTION
Méningite : envahissement des méninges et du liquide céphalorachidien par un
microorganisme.
Lorsque l’infection est limitée aux méninges, on parle de méningite (syndrome méningé +
fièvre). Dans certains cas l’infection touche également l’encéphale, et s’accompagne d’autres
signes, troubles des fonctions supérieures et / ou signes de localisation neurologique et l’on
parle alors de méningo-encéphalite.
Méningites d’étiologie virale : les plus fréquentes et les moins sévères.
Méningites bactérienne : urgence vitale ; mise en jeu du pronostic vital ; séquelles
neurologiques ; nécessité de mise en route d’un traitement antibiotique empirique rapide.

Le nombre de méningites bactériennes en France en 2016 était d’environ 1500 (Réseau

EPIBAC); 1/3 des cas avaient moins de 15 ans.
Trois bactéries sont responsables de 90% des méningites bactériennes de l’adulte :
pneumocoque (55% ~700 cas/an), méningocoque (25%) et Listeria (10%).

Les examens primordiaux :

- La ponction lombaire : analyse biochimique et bactériologique

- L’hémoculture

Le traitement repose sur une antibiothérapie bactéricide, intraveineuse à doses méningées.

1.1 Etiologies bactériennes des Méningites communautaires de

l’enfant et l’adulte
- Neisseria meningitidis : portage rhinopharyngé ; cause la plus fréquente des méningites
bactériennes dans la tranche d’âge 15 et 24 ans (90 % des cas).
- Streptococcus pneumoniae : agent principal des contaminations méningées de voisinage
(foyer ORL ou pulmonaire); particulièrement redouté chez l’asplénique et le porteur
d’hémoglobinopathies.

147
- Plus rarement : Haemophilus influenzae (enfant non vacciné), Listeria monocytogenes
(sujet âgé, immunodéprimé).

- Listeria monocytogenes : menigoencéphalite. Transmission par voie digestive (aliments

contaminés) : surtout sujets âgés ou immunodéprimés, maladies chroniques...

1.2 Méningites néonatales (<28 jours)

- Streptocoque du groupe B (Streptococcus agalactiae) : portage par 25 à 35 % des
femmes au niveau vaginal ou rectal ; le sous-type III est surtout retrouvé
- Escherichia coli : lié au portage digestif parfois infection urinaire chez la mère ; sérotype
K1 le plus fréquent
- Listeria monocytogenes : sporadiquement retrouvé au niveau digestif chez la mère suite
à une contamination d’origine alimentaire. Transmission verticale in utero de la mère à
son fœtus par voie transplacentaire suite à une bactériémie maternelle.

148
 Source : SPILF actualisation 2017 de la prise en charge des méningites bactériennes

1.3 Physiopathologie des méningites

Dans la grande majorité des cas, le micro-organisme traverse une première barrière (oro-
pharyngée ou digestive) et passe dans le sang, puis traverse la barrière hémato-méningée
(cellules endothéliales et cellules des plexus choroïdes) pour donner une méningite ou la
barrière hémato-encéphalique (cellules endothéliales jointives et cellules gliales) pour
donner une méningo-encéphalite. Il est donc possible de retrouver le micro-organisme dans
le LCR mais aussi dans le sang.
La traversée de la première barrière se fait le plus souvent à bas bruit. Parfois il existe un foyer
primitif notamment au niveau de l’arbre respiratoire (par exemple, otite, sinusite,
pneumopathie) où le microorganisme peut également être retrouvé.

D’après S. Bonacorsi
149
Signes Cliniques
Syndrome méningé

Raideur méningée

Fièvre, Céphalées
Vomissements
Photophobie

Recherche de lésions purpuriques

Attention, dans les méningites néonatales :

Absence de signe spécifique

2. LES ELEMENTS DU DIAGNOSTIC

2.1 Prélèvements
 Ponction lombaire (PL) entre les vertèbres L4 et L5, acheminement rapide au
laboratoire (germes fragiles) (contre-indication : hypertension intracrânienne)

Conditions d’asepsie +++ ; plusieurs tubes successifs (objective un saignement)

 Hémoculture systématique (étape de bactériémie)

 Glycémie et marqueurs de l’inflammation (CRP et/ou procalcitonine)

2.2 Analyse du LCR

 Cytologie : Dénombrement des hématies et leucocytes par mm3, formule leucocytaire
 Coloration de Gram
- Examen POSITIF dans 60-90% des cas si aucun antibiotique n’a été administré
- Examen POSITIF dans 40-50% des cas si antibiotique préalable, parfois formes
bactériennes atypiques
 Biochimie du LCR; glycorachie et protéinorachie
 Mise en culture du LCR
Dès réception au laboratoire : gélose riches (germes fragiles) + bouillon
d’enrichissement
 Tests antigéniques sur LCR : Test immunochromatographique pour l’antigène
pneumococcique
 Tests moléculaires sur LCR : différents kits de PCR (détection simultanée de
bactéries, virus) = PCR syndromiques

150
 2.3. Interprétation
LCR normal Méningite à LCR Méningite à LCR clair
purulent
Aspect Eau de roche Trouble Clair
Eléments (leucocytes) < 5/mm3 > 20 et en général En général 5-100
et formule >1000/mm3 (parfois 100-
Nouveau-né 0-30 1000/mm3)
PNN>50% Lymphocytes >50%
Protéinorachie <0.40g/l Le plus souvent > 1g/l 1-2g si bactérien
(adulte) (<1g/l : si viral)
Glycorachie >2/3 x glycémie ≤ 0.4 x glycémie < 0.4 x glycémie
(spécificité 98% pour (listéria ou BK)
étiologie bactérienne Normal (>2/3 x
et sensibilité 80%) glycémie) si viral
Attention, aucun critère biologique du LCR (cellules, protides, glucose) ne permet d’exclure
une méningite bactérienne à lui seul.
Il n’y a aucun score prédictif de méningite bactérienne/virale utilisable pour un malade
donné.

2.4 Prise en charge thérapeutique

Traitement urgent, voie parentérale forte dose, ATB bactéricide
Adaptation secondaire de l’antibiothérapie en fonction de l’identification du germe et
antibiogramme

Arguments en faveur d’une méningite purulente (hypoglycorachie et prédominance PNN)

Présence de germes à l’examen microscopique ?

(Coloration de Gram)

POSITIF NEGATIF

Argument en faveur d’une listériose ?

 Cocci Gram+ diplocoque
(Pneumocoque)
C3G + DXM OUI NON

 Cocci Gram- en diplocoque C3G C3G

(Méningocoque) + amoxicilline +
C3G + DXM + gentamicine DXM

DXM : dexaméthasone ;
En cas de forte suspicion de Listériose, la DXM ne doit pas être ajoutée
C3G : (céfotaxime ou ceftriaxone)
151
Item de connaissances 151 : Méningites et méningo-encéphalites
 Définitions : Méningites et méningo-encéphalites infectieuses chez l'adulte et en
pédiatrie, abcès cérébral
 Savoir suspecter cliniquement un syndrome méningé fébrile et connaitre les
particularités sémiologiques en fonction du terrain (enfant, personne âgé)
 Connaitre les principales étiologies et l'épidémiologie bactériennes et virales des
méningites en fonction de l'analyse cytochimique du liquide cérébro-spinal (LCS) et
de l'âge du patient
 Connaître les principales étiologies et l'épidémiologie infectieuses des méningo-
encéphalites
 Méningites et méningo-encéphalites infectieuses chez le nouveau-né et le nourrisson
 Indication d'une ponction lombaire
 Indication et objectifs des examens d'imagerie devant une suspicion de méningite,
d'une encéphalite ou d'un abcès
 Connaitre les signes cliniques de gravité d'une méningite
 Savoir identifier un purpura fulminans
 Connaitre la prise en charge thérapeutique d'un purpura fulminans
 Connaître la prise en charge immédiate en cas de suspicion de méningite
 Connaitre les indications et les modalités de l'antibiothérapie probabiliste devant une
méningite présumée bactérienne
 Connaitre les mesures générales à prendre pour la personne atteinte et son entourage
en cas d'infection invasive à méningocoque

152
 FICHES SIGNALETIQUES DES PRINCIPALES BACTERIES
RESPONSABLE DES MENINGITES

Méningite à méningocoque : Neisseria meningitidis

 Cause la plus fréquente des méningites bactériennes entre 15 et 24 ans (90 % des cas).
5 sérogroupes principaux (A, B, C ? Y, W), en France serogroupe B =60% et C=30%
 Déclaration obligatoire
 Portage asymptomatique : 5-50% de la population
 Diplocoque à Gram négatif

 Transmission par voie aérienne

 Se rencontre à tout âge de façon sporadique ou épidémique, avec une recrudescence
hivernale ; le plus souvent sujet <25 ans
 Arguments cliniques d’orientation
o Rhinopharyngite inaugurale ; injection conjonctivale ; arthralgies
o Purpura pétéchial (membres, tronc, muqueuses)
o Purpura extensif nécrotique (purpura fulminans des bactériémies graves à
ménincocoque).
 LCR : le plus souvent méningite purulente (à PNN), hyperproteinorachie,
hypoglycorachie
 Traitement : C3G
 Prévention : antibioprophylaxie des sujets contacts ; vaccination de l’entourage

 Purpura fulminans = urgence d’antibiothérapie par C3G (ceftriaxone)

o Hémoculture
o Biospie lésion (culture + PCR)

153
Méningite à pneumocoque : Streptococcus pneumoniae
 Diplocoque à Gram positif, encapsulé.

 Première cause de méningite bactérienne (cumul des cas tous âges confondus) et
associée au pronostic le plus grave.
 Recrudescence hivernale.
 Terrain particulier :
o Sujet âgé ;
o Pathologie chronique sous-jacente : diabète, éthylisme chronique, myélome ;
o Immunodépression ; Splénectomie.
 Peut résulter de :
o Brèche ostéoméningée post-traumatique (parfois ancienne) ;
o Foyer infectieux de voisinage : pneumopathie, foyer ORL (sinusite, otite
suppurée, mastoïdite).
 Une rhinorrhée ou des signes d’infection des voies aériennes peuvent accompagner le
tableau clinique.
 LCR : le plus souvent méningite purulente ; hyperprotéinorachie, hypoglycorachie
 La vaccination antipneumococcique des jeunes enfants avant 1 an a fait diminuer la
prévalence des méningites.
 Traitement : C3G

Méningite à Haemophilus influenzae

 Petit bacille à Gram négatif intra- et extracellulaire.

 1ère cause de méningite bactérienne chez le nourrisson et l’enfant de moins de 6 ans

non vaccinés.
 Peut s’accompagner d’une otite, épiglottite, arthrite ou pneumopathie.
 LCR : le plus souvent méningite purulente, parfois une formule panachée peut être
retrouvée.
154
Méningite et méningo-encéphalite à Listeria monocytogenes
 Bacille à Gram positif intracellulaire facultatif.

 Transmission par voie digestive (aliments contaminés).

 Une listériose neuroméningée est possible à tout âge mais doit être particulièrement
évoquée dans certaines situations : sujet âgé ; grossesse ; maladies chroniques :
diabète, alcoolisme, cancer, cirrhose ; immunodépression : corticothérapie,
chimiothérapie, greffe.
 Tableau clinique caractérisé par :
o Un début progressif avec une phase prodromale sur quelques jours associant
fatigue, douleurs abdominales, nausées, vomissements, céphalées ;
o Un syndrome méningé parfois fruste, avec fièvre inconstante ;
o Un tableau de rhombencéphalite par atteinte du tronc cérébral
 LCR : typiquement clair avec pléiocytose à prédominance lymphocytaire ou formule
panachée, hyperprotéinorachie modérée, hypoglycorachie ou normoglycorachie ; plus
rarement aspect purulent.
 Traitement : Amoxicilline+gentamicine (R naturelle aux C3G)

Méningites et méningo-encéphalites tuberculeuses

 La tuberculose neuroméningée peut survenir lors de la dissémination faisant suite à
une primo-infection tuberculeuse ou à distance de celle-ci à partir d’une autre
localisation.
 Diagnostic difficile, souvent retardé.
 Doit être évoquée notamment si : sujet originaire d’une zone d’endémie ; absence de
vaccination par le BCG ; immunodépression ; notion de contage ; tuberculose maladie
autre associée (pulmonaire ou extrapulmonaire…).
 Tableau clinique : début progressif, signes méningés souvent au second plan
 LCR : typiquement clair (parfois trouble) à prédominance lymphocytaire,
hyperprotéinorachie dépassant souvent 1 g/L, hypoglycorachie.

155
Chapitre 19 :
LES INFECTIONS DE LA PEAU ET DES
PARTIES MOLLES

1. INTRODUCTION
Il existe de nombreuses formes cliniques des infections cutanées qui sont classées en fonction
du type et de la profondeur du tissu infecté ou sur la structure cutanée atteinte.

D’un point de vue physiopathologique, on distingue :

-Infections suppuratives : atteinte liée à la multiplication des bactéries (primaire sur peau
saine ou secondaire sur peau lésée (surinfection)
-Mécanisme toxinique : atteinte liée à la production d’une toxine agissant au niveau de la
peau.
 Les infections cutanées superficielles sont très fréquentes, les infections sévères sont
rares.
 Les dermo-hypodermites bactériennes (DHB) sont des infections profondes des tissus
cutanés (autrefois nommées cellulites, terme qui doit être abandonné car regroupe des
entités variables). Les infections cutanées profondes sont souvent poly-microbiennes
(flore aérobie + flore anaérobie).
 Certaines infections cutanées sont consécutives à une morsure : on y retrouve des
pathogènes de la flore commensale buccale de l’animal en cause (ex : morsure, griffure
de chat ou chien : Pasteurella multocida ; morsure humaine : Eikenella corrodens).
 Toute lésion cutanée (traumatique, plaie, post opératoire, brulure, escarre.) ou
dermatose (ex : eczéma ..) peut être le siège d’une surinfection (S. aureus, S. pyogenes
les plus fréquents mais aussi entérobactéries, P. aeruginosa, anaérobies stricts).
 S. aureus est principalement à l’origine d’infections suppuratives mais certaines souches
produisent des toxines responsables de tableaux graves (voir Chap S. aureus):
TSST1 (toxine du choc toxinique staphylococcique : exanthème généralisé puis
desquamation) ;
Exfoliatine : impétigo bulleux et syndrome d’exfoliation généralisée (décollement de la
couche cornée) ;
LPV : dans certains cas, les furonculoses sont dues à des souches de S. aureus
productrices de Leucocidine de Panton & Valentine (LPV ; furonculoses récidivantes et/ou
familiales, abcès et plus rarement pneumonies nécrosantes et ostéites).
 S. pyogenes est essentiellement à l’origine d’infections suppuratives ; elle possède de
nombreux facteurs de virulence (voir Chap. S. pyogenes) et parfois des toxines pyrogènes
superantigéniques.
156
2. CLASSIFICATION, GERMES EN CAUSE et FREQUENCE

IMPETIGO Infection bénigne, lésion initiale Fréquente, milieu défavorisés, contagion

= bulle  croute ++, éviction scolaire
Touche la couche cornée de Le plus souvent S. aureus et/ou S.
l’épiderme pyogenes (streptocoque A), classiquement
impétigo bulleux à S. aureus et crouteux à
streptocoque A
ECTHYMA Forme creusante de l’impétigo Le plus souvent dû au streptocoque A
FOLLICULITE Infection aigue superficielle d’un Fréquent, bénin
kyste pilo-sébacé (orgelet si elle Surtout à S. aureus, plus rarement BGN,
touche un cil, sycosis si c’est un levures
poil de barbe)
FURONCLE Infection suppurée profonde de Fréquent, facteurs favorisants : portage de
l’ensemble du follicule pilo- S. aureus, hygiène, collectivité et facteurs
sébacé (furonculose = répétition locaux (macération, traumatisme,
d’épisodes de furoncles : corticoïdes locaux)
récidive)
ANTHRAX Conglomérat de furoncles
ABCES Collection de pus entourée d’une Surtout S. aureus
coque
PANARIS Infection d’un doigt suite à une Fréquent
inoculation septique (pulpe ou Surtout S. aureus
type péri-onyxis)
HYDROADENITE Infection des glandes sudorales Surtout S. aureus
axillaires ou génito-pubiennes
ERYSIPELE DHB aigue non nécrosante Streptocoque A (S. pyogenes), plus
rarement des streptocoques b-
hémolytiques d’autres groupes (B, C ou G).
DHB Nécrose de l’épiderme avec S. pyogenes est majoritaire dans les DHBN
NECROSANTES thrombose vasculaire. et farcîtes des membres
(DHBN) Secondairement, nécrose du Les DBHN au niveau de l’abdomen ou
derme mais sans atteinte de région périnéale (gangrène de Fournier)
l’aponévrose superficielle sont généralement dues à des associations
FACIITE DHBN avec atteinte de de bactéries aérobies et anaérobies (S.
NECROSANTE l’aponévrose superficielle (+/- aureus, entérocoques, streptocoques,
muscles et fascia entérobactéries).
intermusculaires)
GANGRENE Atteinte primitive ou Le plus souvent, bactéries anaérobies
GAZEUSE et prédominante du muscle strictes : Clostridium perfringens ++
MYONECROSE

157
3. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

Le diagnostic des infections cutanées bactériennes est essentiellement clinique. En cas

d’infection sévère, un prélèvement bactériologique peut être effectué.

Attention, le choix du prélèvement est primordial car les zones superficielles sont
contaminées par la flore commensale cutanée : préférer des échantillons recueillis à la
seringue, pièces opératoires, biopsies aux écouvillons.

Quelques exemples :

- Panaris : drainage souvent réalisé pour éviter les disséminations ; prélèvement utile
uniquement en cas de suspicion de bactérie multi-résistante (ex : SARM, S. aureus
résistant aux -lactamines).
- Furoncles : prélèvement si suspicion de souche toxinogène de S. aureus (recherche de
la LPV).
- Infections après morsure : prélèvement à la seringue (ou écouvillon) pour isolement
de la bactérie responsable (ex : Pasteurella multocida).
- DHB ou faciites nécrosantes : urgence médico-chirurgicale si signes de gravité locaux
(lésions nécrotiques, cyanose, crépitation …) et généraux (altération de l’état général,
sepsis). Le diagnostic repose sur les hémocultures (positives dans 10-20% des cas) et
des prélèvements pré ou per-opératoires. Privilégier les prélèvements profonds ;
importance de l’examen direct (ex si Bacille Gram positif évocateur de Clostridium, ou
cocci Gram + en chainettes).

158