はじめに ライフサイエンス分野の研究により生み出される多様かつ膨大なデータから必要な情報を効率的に得るためには，ばらばらに構築されているデータベースを統合的に扱うための情報基盤の構築が必要不可欠である．連載第1回「データベースの現状と未来」（https://events.biosciencedbc.jp/article/01）では，データベース統合化のための具体的なステップとして，つぎの3つの段階があげられた． 第1段階：データベースを網羅的に収集しメタデータを付与すること 第2段階：それぞれのデータベースにおいてフォーマットと用語の統一を行うこと 第3段階：複数のデータベースを再構築し使いやすいインターフェイスにまとめあげること 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS：Database Center for Life Scien
The RDF Database Market Kendall Clark · Thursday, September 23rd, 2010 Tweet There’s a lot of talk about the purely technical aspects of RDF databases, triple stores, etc. There is considerably less talk about the RDF database market as a software business. As I see it, the commercial RDF database market is comprised of six systems, listed here in random order: Oracle Virtuoso AllegroGraph BigData
Twitterを見れば分かるとおり最近RDF Storeの調査をしているのですが、その過程でOntoWikiを使おうとして色々嵌っているので、ログを残しておきます。現在Ubuntu10.04での動作を確認しています。 Virtuosoのインストール Open Link Virtuosoは複数のデータ形式を統合して扱えるデータベースです。RDF Triple/Quad Storeとしても使え、SPARQLにも対応しています。Open Source版とClosed Source版があり、Closed版ではClusterやSnapshoなどの追加機能があります。ここではOpen Source版を使います。 まずVirtuoso Open Source Editionのインストールです。Ubuntuのrepositoryにあるのが6.1.0で、これだと最新のOntoWikiが不具合起こすので、de
In the course of my diploma thesis, I evaluated the performance of several RDF stores when small pieces of information are requested from a large dataset (DBpedia infoboxes plus two very small sets). The benchmark queries employ varying levels of joins and constraints. As of now, only the configuration for OpenLink Virtuoso has been optimized - this must be taken into consideration when comparing
This started out as an answer at Semantic Overflow on how RDF database systems differ from other currently available NoSQL solutions. I've here expanded the answer somewhat and added some general-audience context. RDF database systems are the only standardized NoSQL solutions available at the moment, being built on a simple, uniform data model and a powerful, declarative query language. These syst
Explorator Wiki Explorator is a tool for exploring RDF data by direct manipulation. Explorator’s web interface allows users to explore a semi-structured RDF database to both gain knowledge and answer specific questions about a domain, through browsing, search, and exploration mechanisms. You can access a demo of Explorator here: http://www.tecweb.inf.puc-rio.br/explorator/demo (doesn't work proper
Berlin SPARQL Benchmark (BSBM) The SPARQL Query Language for RDF and the SPARQL Protocol for RDF are implemented by a growing number of storage systems and are used within enterprise and open web settings. As SPARQL is taken up by the community there is a growing need for benchmarks to compare the performance of storage systems that expose SPARQL endpoints via the SPARQL protocol. Such systems i
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Cooking with Sesame: parsing and writing RDF with Rio