時は1964年。第三次世界大戦が勃発し、核爆弾の一種であるコバルト爆弾の高放射線曝露で北半球の人々の大半は死滅した。深海で潜行中だったために生き残ったアメリカ海軍の原潜スコーピオン号は、放射線汚染が比較的軽微で南半球に位置するオーストラリアのメルボルンへ逃げ込む。そこでは戦争の被害を受けず多くの市民が日常を送っていたが、放射線汚染の脅威は徐々に忍び寄っていた。 やがて、アメリカのシアトル付近から、モールス信号のような不可解な電波が発信されていることが判明する。生存者がいるのではないかと、スコーピオン号艦長でアメリカ海軍中佐ドワイト・ライオネル・タワーズ、オーストラリア科学工業研究所研究員ジョン・S・オスボーン、オーストラリア海軍少佐ピーター・ホームズらはスコーピオン号に乗り込み、その発信源と推定されるワシントン州ピュージェット・サウンドサンタ・マリア島のアメリカ海軍通信学校へ向かう。サンダ